Sàng lọc in silico các chất có khả năng ức chế hoạt tính intreleukin 36γ trong điều trị các bệnh tự miễn báo cáo nghiên cứu khoa học

TRƯỜNG ĐẠI HỌC LẠC HỒNG KHOA DƯỢC BÁO CÁO NGHIÊN CỨU KHOA HỌC ĐỀ TÀI: SÀNG LỌC IN SILICO CÁC CHẤT CĨ KHẢ NĂNG ỨC CHẾ HOẠT TÍNH INTERLEUKIN-36γ TRONG ĐIỀU TRỊ CÁC BỆNH TỰ MIỄN ĐỒNG NAI, THÁNG 7/2020 TRƯỜNG ĐẠI HỌC LẠC HỒNG KHOA DƯỢC BÁO CÁO NGHIÊN CỨU KHOA HỌC ĐỀ TÀI: SÀNG LỌC IN SILICO CÁC CHẤT CĨ KHẢ NĂNG ỨC CHẾ HOẠT TÍNH INTERLEUKIN-36γ TRONG ĐIỀU TRỊ CÁC BỆNH TỰ MIỄN ĐỒNG NAI, THÁNG 7/2020 LỜI CẢM ƠN Để hồn thành nghiên cứu khoa học này, xin gửi lời cảm ơn chân thành đến Th.S bên cạnh hỗ trợ, truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm cho suốt q trình hồn thành nghiên cứu Cũng xin gửi lời cảm ơn đến anh hỗ trợ trình chỉnh sửa làm anh giúp đỡ tơi q trình dịch tìm kiếm nguồn tài liệu để hồn thiện nghiên cứu Cảm ơn gia đình, người thân bạn bè bên cạnh động viên ủng hộ tinh thần khoảng thời gian vừa qua Xin chân thành cảm ơn! MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN iii MỤC LỤC iv DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT vi DANH MỤC HÌNH vii DANH MỤC BẢNG ix MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 TỔNG QUAN VỀ INTERLEUKIN 1.2 TỔNG QUAN VỀ INTERLEUKIN 36 1.2.1 Tổng quan Interleukin 36γ 1.2.2 Vai trò interleukin-36γ bệnh lý 1.3 TỔNG QUAN VỀ CÁC PHƯƠNG PHÁP 10 1.3.1 Mơ hình 3d-pharmacophore 10 1.3.2 Mơ hình mơ tả phân tử docking 12 1.4 CÁC THUỐC ỨC CHẾ INTERLEUKIN HIỆN NAY 13 1.4.1 Các thuốc phổ biến có mặt thị trường 13 1.4.2 Các phân tử nhỏ có khả ức chế Interleukin-36γ 15 CHƯƠNG PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 17 2.1 MƠ HÌNH 3D-PHARMACOPHORE 17 2.1.1 Các bước xây dựng mơ hình 3D-pharmacophore MOE 2015.10 17 2.1.2 Chuẩn bị sở liệu để sàng lọc qua mơ hình 3D-pharmacophore 18 2.2 SÀNG LỌC ẢO TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆU 19 2.3 DOCKING BẰNG PHẦN MỀM LeadIT 20 2.3.1 Quy trình xây dựng mơ hình mơ tả phân tử docking 20 2.3.2 Đánh giá kết docking 22 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 23 3.1 CƠ SỞ DỮ LIỆU THU THẬP SÀNG LỌC ẢO 23 3.2 MƠ HÌNH 3D-PHARMACOPHORE 24 3.2.1 Mô hình 3D-Pharmacophore 24 3.2.2 Kết sàng lọc ảo qua mơ hình 3D-Pharmacophore 26 3.3 MƠ HÌNH PHÂN TỬ DOCKING 27 3.3.1 Mơ hình mơ tả phân tử docking IL-36γ 27 3.3.2 Kết docking sở liệu 28 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 48 TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC PHỤ LỤC C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Ý nghĩa Chữ viết tắt Chữ nguyên aa Acid amin IL Interleukin Interleukin IL-36α Interleukin-36α Thụ thể Interleukin-36 tiểu đơn vị α IL-36β Interkeukin-36β Thụ thể Interleukin-36 tiểu đơn vị β IL-36γ Interleukin-36γ Thụ thể Interleukin-36 tiểu đơn vị γ DC Dendritic cell Tế bào tua LC Langerhans cell Tế bào Langerhans MyD88 Myeloid differentiation Protein đáp ứng tế bào tủy biệt hóa primary response protein sơ cấp 88 88 PBECs Primary bronchial Tế bào biểu mô phế quản epithelial cells AARDA American Autoimmune Hiệp hội bệnh tự miễn Hoa Kỳ Related Diseases Association Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Cơ chế bệnh sinh Interleukin-36 Hình 2.2 Cấu trúc Interleukin-36γ Hình 2.3 Cơ chế trình viêm da gây Interleukin-36 Hình 2.4 Các vị trí xuất Interleukin-36 Hình 2.5 Phương pháp pharmacophore từ xây dựng đến ứng dụng [25] 12 Hình 2.6 Cấu trúc phân tử nhỏ A-552 15 Hình 2.7 Sự tương tác A-552 với acid amin quan trọng bề mặt gắn kết 16 Hình 3.8 Quy trình sàng lọc ảo 20 Hình 4.9 Các acid amin quan trọng mơ hình 3D 24 Hình 4.10 Mơ hình 3D-Pharmacophore 25 Hình 4.11 Sự gióng hàng mơ hình 3D-pharmacophore khoảng cách nhóm liên kết 25 Hình 4.12 Tỷ lệ chất thỏa mơ hình 3D-Pharmacophore từ sở liệu 26 Hình 4.13 Khoang gắn kết bao gồm acid amin quan trọng IL-36γ 27 Hình 4.14 Tỷ lệ thành cơng thất bại chất docking thành công từ DB 29 Hình 4.15 Tỷ lệ số chất docking thành cơng DB theo khoảng điểm số docking 29 Hình 4.16 Sự tương tác DB01 với acid amin quan trọng bề mặt gắn kết30 Hình 4.17 Tỷ lệ thành công thất bại chất docking thành công từ MAY 31 Hình 4.18 Tỷ lệ số chất dock thành công MAY theo khoảng điểm số docking 32 Hình 4.19 Sự tương tác MAY01 với acid amin quan trọng bề mặt gắn kết 33 Hình 4.20 Tỷ lệ thành cơng thất bại chất docking thành công từ TCM 34 Hình 4.21 Tỷ lệ số chất dock thành cơng TCM theo khoảng điểm số docking 34 Hình 4.22 Sự tương tác TCM60D với acid amin quan trọng bề mặt gắn kết36 Hình 4.23 Sự tương tác TCM24297 với acid amin quan trọng bề mặt gắn kết 36 Hình 4.24 Tỷ lệ thành cơng thất bại chất docking thành cơng từ ZINC 37 Hình 4.25 Tỷ lệ chất dock thành công ZINC theo khoảng điểm số docking 38 Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an Hình 4.26 Sự tương tác ZINC83444114 với acid amin quan trọng bề mặt gắn kết 42 Hình 4.27 Sự tương tác ZINC94746223 với acid amin quan trọng bề mặt gắn kết 42 Hình 4.28 Sự tương tác ZINC55182590 với acid amin quan trọng bề mặt gắn kết 47 Hình 4.29 Sự tương tác ZINC08442579 với acid amin quan trọng bề mặt gắn kết 47 Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Các thuốc ức chế Interleukin thị trường 14 Bảng 4.2 Số chât sàng lọc từ sở liệu 23 Bảng 4.3 Kết sàng lọc sở liệu 26 Bảng 4.4 Số lượng hợp chất docking thành công thất bại từ sở liệu 28 Bảng 4.5 Các chất docking thành công tiềm DB 30 Bảng 4.6 Các chất docking thành công tiềm MAY 32 Bảng 4.7 Các chất docking thành công tiềm TCM 35 Bảng 4.8 Các hợp chất tiềm docking thành công vào acid amin quan trọng Thư viện ZINC 38 Bảng 4.9 Các chất tiềm gắn vào acid amin quan trọng điểm số docking tốt 43 Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an MỞ ĐẦU Chúng ta đối mặt với nhiều bệnh nguy hiểm ung thư, tiểu đường, HIV/AIDS, ebola, đại dịch Coronavirus,… Những điều làm thúc đẩy trình sáng tạo tinh thần làm việc chuyên gia giới việc tìm cách giải toán phức tạp Và số nguyên nhân dẫn đến vấn đề phức tạp vấn đề miễn dịch, Y Dược đại trọng vấn đề bệnh tự miễn Trong thể chúng ta, tế bào tác động qua lại với qua đường hóa học Điều cịn đặc biệt rõ ràng q trình đáp ứng miễn dịch Một chất hóa học tế bào tiết hoạt hóa ức chế tác dụng tế bào khác có tên cytokin Cytokin chất protein nhiều tế bào tiết ra, đa dụng, đa hướng, đa năng, cytokin tác dụng lên tế bào tiết chúng nhiều loại tế bào khác Do vậy, tên gọi chung cytokin chúng cịn có nhiều tên gọi khác, số tên gọi theo chức sinh học cytokin Interleukin – chất tác động bạch cầu [1] Interleukin có nhiều loại khác nhau, q trình viêm, nhiều yếu tố hóa học sinh có macrophage – đại thực bào yếu tố hoạt hóa sinh Interleukin Hiện nay, theo nhiều thống kê tìm 100 loại bệnh tự miễn bật số Lupus ban đỏ, vẩy nến, viêm khớp dạng thấp,… Theo thống kê 2008, bệnh Lupus ban đỏ hệ thống có ảnh hưởng từ 161.000 đến 322.000 người Mỹ số tiếp tục tăng lên năm gần [17] Tương tự vậy, năm 2005 thống kê khảo sát số lượng người mắc bệnh vảy nến Mỹ cho thấy tỷ lệ mắc bệnh người da trắng 2,5% 1,3% người Mỹ gốc Phi [14] Theo thống kê cập nhật đến tháng năm 2019 có khoảng 5% đến 8% tỷ lệ dân số toàn quốc mắc bệnh tự miễn[35] Theo thống kê AARDA, có 50 triệu người mắc bệnh tự miễn, tỷ lệ mắc bệnh phụ nữ cao nam giới, số ước tính cho biết 75% người bị mắc bệnh phụ nữ [36] Con số thực tế cịn cao báo cáo tăng lên cách chóng mặt ngày tháng sau đó, điều cho thấy đáng quan ngại đến mức báo động bệnh tự miễn Thuốc chống viêm không steroid (NSAID), glucocorticoid, thuốc chống thấp khớp tác dụng chậm (DMARD) sử dụng điều trị bệnh tự miễn NSAID glucocorticoid có Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an [36] Autoimmune Disease Statistics, American Autoimmune Related Diseases Association https://www.aarda.org/ Truy cập ngày: 13/06/2020, [37] ChemDiv, http://www.chemdiv.com/ Truy cập ngày: 17/02/2020, [38] Chemical Computing Group Inc., Molecular Operating Environment (MOE) 2015.10 https://www.chemcomp.com/ Truy cập ngày: 18/03/2020, [39] Drug Bank Database, www.drugbank.ca Truy cập ngày: 18/02/2020, [40] Maybridge, http://www.maybridge.com/ Truy cập ngày: 20/02/2020, [41] MOE 2015.10, Tutorial, https://www.chemcomp.com Truy cập ngày: 22/01/2020, [42] The Protein Data Bank (PDB), https://www.rcsb.org/ Truy cập ngày: 17/12/2019, [43] The Universal Protein Resource (UniProt), https://www.uniprot.org/ Truy cập ngày: 17/12/2019, Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an DANH MỤC PHỤ LỤC PHỤ LỤC 1:Bảng viết tắt chuẩn acid amin [36] PL-2 PHỤ LỤC 2: Trình tự acid amin IL-36γ PL-3 PHỤ LỤC 3: Các chất dock thất bại từ sở liệu PL-4 PHỤ LỤC 4: Kết sàng lọc PL-14 Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-2 PHỤ LỤC 1:Bảng viết tắt chuẩn acid amin [36] STT Acid amin Viết tắt chữ Viết tắt chữ Alanin Ala A Cystein Cys C Aspartic acid Asp D Glutamic acid Glu E Phenylalanin Phe F Glycin Gly G Histidin His H Isoleucin Ile I Lysin Lys K 10 Leucin Leu L 11 Methionin Met M 12 Asparagin Asn N 13 Prolin Pro P 14 Glutamin Gln Q 15 Arginin Arg R 16 Serin Ser S 17 Threonin Thr T 18 Valin Val V 19 Tryptophan Trp W 20 Tyrosin Tyr Y Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-3 PHỤ LỤC 2: Trình tự acid amin IL-36γ MRGTPGDADGGGRAVYQSMCKPITGTINDLNQQVWTLQGQNLVAVPRSDSVTP VTVAVITCKYPEALEQGRGDPIYLGIQNPEMCLYCEKVGEQPTLQLKEQKIMDLY GQPEPVKPFLFYRAKTGRTSTLESVAFPDWFIASSKRDQPII Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-4 PHỤ LỤC 3: Các chất dock thất bại từ sở liệu STT Cơ sở liệu MAY Cấu trúc N-(1,2-dimethyl-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)-2((6aR,7R,8R,9aS)-8-(4-fluorophenyl)-9a-methyl-2oxodecahydro-1H-cyclopenta[b]azocin-7yl)acetamid MAY (1S,2R,3aS,5S,7aR)-5-(2-((2-(1H-benzo[d]imidazol2-yl)ethyl)amino)-2-oxoethyl)-3a-acetamido-2methyl-1-phenyloctahydro-1H-isoindol-2-ium MAY (1R,2R,3aR,5S,7aR)-3a-acetamido-5-(2-((2,3dihydrobenzo[b][1,4]dioxin-6-yl)amino)-2oxoethyl)-2,7a-dimethyl-1-phenyloctahydro-1Hpyrrolo[3,4-c]pyridin-2,5-diium Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-5 MAY MAY (1S,2R,3aR,5S,7aR)-3a-acetamido-5-(2-((3,4dihydro-2H-benzo[b][1,4]dioxepin-7-yl)amino)-2oxoethyl)-2-methyl-1-phenyloctahydro-1Hpyrrolo[3,4-c]pyridin-2,5-diium MAY (1S,2R,3aR,5R,7aR)-3a-acetamido-5-(2-((3acetamido-4-methylphenyl)amino)-2-oxoethyl)-2methyl-1-phenyloctahydro-1H-pyrrolo[3,4c]pyridin-2,5-diium Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-6 MAY (1R,3R,4S)-1-(2-((3,4-dihydro-2Hbenzo[b][1,4]dioxepin-7-yl)amino)-2-oxoethyl)-3(4-fluorophenoxy)-4-hydroxy-4-isobutylpiperidin-1ium MAY (1S,3S,4S)-3-(3-chlorophenoxy)-4-hydroxy-4methyl-1-(2-oxo-2-((3-(piperidin-1ylsulfonyl)phenyl)amino)ethyl)piperidin-1-ium MAY 5-(3-((1R,3R,4S)-4-hydroxy-4-pentyl-3phenoxypiperidin-1-ium-1-yl)-2-oxopropyl)-1,2dimethyl-4,5-dihydro-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-5ium-4-id Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-7 10 MAY (1R,3R,4S)-1-(2-((3,4-dihydro-2Hbenzo[b][1,4]dioxepin-7-yl)amino)-2-oxoethyl)-4hydroxy-4-pentyl-3-phenoxypiperidin-1-ium 11 MAY (1S,3S,4S)-4-hydroxy-1-(2-oxo-2-((3-(piperidin-1ylsulfonyl)phenyl)amino)ethyl)-4-pentyl-3phenoxypiperidin-1-ium 12 MAY (1R,3R,4S)-4-hydroxy-1-(2-oxo-2-((3-((tetrahydro2H-pyran-4-yl)sulfonyl)phenyl)amino)ethyl)-4pentyl-3-phenoxypiperidin-1-ium Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-8 13 TCM 1-((5aR,14aS,15aS,15bR)-5-(((3H-pyrrol-5yl)amino)methyl)-12-hydroxy5a,8,13,14,14a,15,15a,15b-octahydro-7l4benzo[5',6']oxepino[1',2':1,6]pyrano[4,3-e]indol-6yl)-4-(3-(cyclopentyloxy)-4-hydroxyphenyl)butan-2on 14 TCM (5aS,19aS,19bR)-5-(1-((3H-pyrrol-5yl)amino)ethyl)-11-(cyclopentyloxy)-12-hydroxy7,8,9,16,17,18,19a,19b-octahydro-12l5,19l4chromeno[4'',5'':5',6',7']oxecino[1',2':1,6]pyrano[2,3e]indol-6(5aH)-on 15 TCM (2R)-1-(((2S,3R)-1-((5Z,7Z,9Z)-13-((S)-sec-butyl)12,15-dioxo-3,3a,11,12,13,14,15,15aoctahydropyrrolo[3,2- Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-9 b][1]oxa[5,8]diazacyclotetradecin-1(2H)-yl)-3methyl-1-oxopentan-2-yl)amino)-N,N-dimethyl-1oxo-3-phenylpropan-2-aminium 16 TCM (1R)-1-((15R,Z)-8-((R)-hydroxy(phenyl)methyl)-14methyl-15-(l1-oxidaneyl)-7,10-dioxo-2-oxa-6,9diaza-1(3,2)-pyrrolidina-3(1,4)benzenacycloundecaphan-4-en-15-yl)-N,Ndimethyl-2-phenylethan-1-aminium 17 TCM (1R)-1-((15R,Z)-8-((S)-hydroxy(phenyl)methyl)-14methyl-15-(l1-oxidaneyl)-7,10-dioxo-2-oxa-6,9diaza-1(3,2)-pyrrolidina-3(1,4)benzenacycloundecaphan-4-en-15-yl)-N,N-dimethyl2-phenylethan-1-aminium 18 DB N-(4-amino-5-cyano-6-ethoxypyridin-2-yl)-2-(4bromo-2,5-dimethoxyphenyl)acetamid Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-10 19 DB (S)-N-(1-(1H-indol-3-yl)-2-methylpropan-2-yl)-3-(2cyanophenoxy)-2-hydroxypropan-1-aminium 20 ZINC (1r,4S)-4-((benzo[d][1,3]dioxol-5-yl-l2azaneyl)carbonyl)-1-((S)-1-((2,3dihydrobenzo[b][1,4]dioxin-6-yl)-l2-azaneyl)-1oxopropan-2-yl)piperidin-1-ium 21 ZINC (1r,4R)-1-((R)-1-((4-methyl-3(morpholinosulfonyl)phenyl)-l2-azaneyl)-1oxopropan-2-yl)-4-((methylsulfonyl)-l2azaneyl)piperidin-1-ium 22 ZINC (1r,4R)-1-((R)-1-((3-(N,Ndimethylsulfamoyl)phenyl)-l2-azaneyl)-1oxopropan-2-yl)-4-((phenyl-l2azaneyl)carbonyl)piperidin-1-ium Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-11 23 ZINC (1r,4S)-1-((S)-1-((3-(N,Ndimethylsulfamoyl)phenyl)-l2-azaneyl)-1oxopropan-2-yl)-4-((phenyl-l2azaneyl)carbonyl)piperidin-1-ium 24 ZINC (E)-2-((3-((2-nitrobenzoyl)-l2-azaneyl)-4-oxo-2thioxothiazolidin-5-ylidene)methyl)-2Hbenzo[d]imidazole-1,3-diium 25 ZINC (1r,4S)-4-((3-methoxybenzoyl)-l2-azaneyl)-1-((S)-1oxo-1-((1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-l2azaneyl)propan-2-yl)piperidin-1-ium 26 ZINC (1r,4S)-1-((S)-1-((3-(N,Ndimethylsulfamoyl)phenyl)-l2-azaneyl)-1oxopropan-2-yl)-4-(((1-ethyl-1H-pyrazol-4-yl)-l2azaneyl)carbonyl)piperidin-1-ium Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-12 27 ZINC (1r,4R)-1-((R)-1-((3-(N,Ndimethylsulfamoyl)phenyl)-l2-azaneyl)-1oxopropan-2-yl)-4-(((1-ethyl-1H-pyrazol-4-yl)-l2azaneyl)carbonyl)piperidin-1-ium 28 ZINC 1-(3,4-dimethoxyphenethyl)-5-((1S,2R,9aS)-2methyl-2,3,4,9a-tetrahydro-1H-pyrido[3,4-b]indol2,9-diium-1-yl)-2,6-dioxo-1,6-dihydro-2H-3l2pyrimidin-4-olat 29 ZINC 1-(3,4-dimethoxyphenethyl)-5-((1S,2R,9aS)-2-ethyl2,3,4,9a-tetrahydro-1H-pyrido[3,4-b]indol-2,9diium-1-yl)-2,6-dioxo-1,6-dihydro-2H-3l2pyrimidin-4-olat Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an PL-13 30 ZINC 1-(4-methoxyphenethyl)-5-((1S,2R,9aS)-2-methyl2,3,4,9a-tetrahydro-1H-pyrido[3,4-b]indol-2,9diium-1-yl)-2,6-dioxo-1,6-dihydro-2H-3l2pyrimidin-4-olat 31 ZINC 11,13,24,26-tetraoxo1l2,4,7l2,10l2,14l2,17,20l2,23l2octaazacyclohexacosan-4,17-diium Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn C.33.44.55.54.78.65.5.43.22.2.4 22.Tai lieu Luan 66.55.77.99 van Luan an.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.C.33.44.55.54.78.655.43.22.2.4.55.22 Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an.Tai lieu Luan van Luan an Do an Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhd 77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77.77.99.44.45.67.22.55.77.C.37.99.44.45.67.22.55.77t@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn.Stt.010.Mssv.BKD002ac.email.ninhddtt@edu.gmail.com.vn.bkc19134.hmu.edu.vn