ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC TẠ THỊ THU HẰNG SÀNG LỌC IN SILICO CÁC HỢP CHẤT ANTIVIRAL THIÊN NHIÊN CÓ TÁC DỤNG ỨC CHẾ VIRUS SARS-COV-2 HƯỚNG ĐIỀU TRỊ COVID-19 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƯỢC HỌC Hà Nội - 2022 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC Người thực hiện: TẠ THỊ THU HẰNG SÀNG LỌC IN SILICO CÁC HỢP CHẤT ANTIVIRAL THIÊN NHIÊN CÓ TÁC DỤNG ỨC CHẾ VIRUS SARS-COV-2 HƯỚNG ĐIỀU TRỊ COVID-19 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC (NGÀNH DƯỢC HỌC) Khóa : QH.2017.Y Người hướng dẫn : PGS.TS Bùi Thanh Tùng Hà Nội - 2022 LỜI CẢM ƠN Đầu tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc gửi lời cảm ơn chân thành tới PGS.TS Bùi Thanh Tùng, Trưởng môn Dược lý, Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội, người đồng hành tôi, động viên, bảo cho từ bước chập chững đường nghiên cứu khoa học suốt quãng thời gian thực khóa luận Tơi xin gửi lời cảm ơn tới ban lãnh đạo, thầy cô Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội giúp đỡ, tạo điều kiện để học tập, nghiên cứu, rèn luyện suốt năm qua thực đề tài nghiên cứu Sau cùng, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới bố mẹ, gia đình bạn bè ln bên yêu thương, ủng hộ, động viên suốt trình học tập, nghiên cứu để tơi có ngày hơm nay! Mặc dù có nhiều cố gắng, song với kiến thức, kỹ thời gian hạn chế, khóa luận tơi khó tránh khỏi thiếu sót Tơi mong nhận nhận xét, góp ý thầy để khóa luận tơi hồn thiện Tơi xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 04 tháng 06 năm 2022 Sinh viên Tạ Thị Thu Hằng DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT ACE2 Angiotensin-converting enzyme Enzym chuyển angiotensin ADMET Absorption, Distribution, Hấp thu, Phân bố, Chuyển hóa, Metabolism, Excretion, Toxicity Thải trừ, Độc tính ALI Acute lung injury Tổn thương phổi cấp tính ARDS Acute respiratory distress syndrome Hội chứng suy hơ hấp cấp tính CD Connector domain Miền gắn kết CDC Centers for Disease Control and Prevention Trung tâm Kiểm sốt Phịng ngừa Dịch bệnh CH Central helix Chuỗi xoắn trung tâm COVID-19 Coronavirus infectious disease 2019 Bệnh coronavirus 2019 CT Cytoplasmic tail Đuôi tế bào chất ERGIC ER-Golgi intermediate cavity Khoang trung gian ER-Golgi FDA Food and Drug Administration Cục quản lý Thực phẩm Dược phẩm Hoa Kỳ FP Fusion peptide Peptid dung hợp HCoV Human coronavirus Coronavirus người HR1 Hepeptide repeat Hepeptide lặp lại HR2 Hepeptide repeat Hepeptide lặp lại LQTS Long QT syndrome Hội chứng kéo dài QT bẩm sinh MD Molecular dynamics Động lực học phân tử MODS Multiple organ dysfunction syndrome Hội chứng rối loạn chức đa quan Mpro Main protease NSP Nonstructural protein Protein phi cấu trúc NTD N-terminal domain Miền đầu cuối N ORF Open reading frame Khung đọc mở RBD Receptor binding domain Miền liên kết thụ thể RdRp RNA-dependent RNA polymerase ARN polymerase phụ thuộc ARN RMSD Root-mean-square deviation Độ lệch bình phương trung bình gốc SARS-CoV-2 Severe acute respiratory syndrome Hội chứng hơ hấp cấp coronavirus tính nghiêm trọng TM Transmembrane domain Miền xuyên màng TMPRSS2 Transmembrane protease serine Enzym xuyên màng protease serine URTI Upper respiratory tract infections Nhiễm trùng đường hô hấp VEGF Vascular endothelial growth factor Yếu tố tăng trưởng nội mô mạch máu VLP Virus-like particle Các hạt giống virus WHO World Health Organization Tổ chức Y tế Thế giới DANH MỤC HÌNH VẼ Hình 1.1 Q trình xâm nhập lây nhiễm virus SARS-CoV-2 Hình 1.2 Sơ đồ cấu trúc spike protein SARS-CoV-2 (A), Cấu trúc CryoEM spike protein SARS-CoV-2 (B): Trạng thái đóng (PDB: 6VXX) (trái); trạng thái mở (PDB: 6VYB) (phải) Hình 1.3 Sơ đồ cấu trúc spike protein SARS-CoV-2 (A), Cấu trúc CryoEM spike protein SARS-CoV-2 (B): Trạng thái đóng (PDB: 6VXX) (trái); trạng thái mở (PDB: 6VYB) (phải) 10 Hình 1.4 Các thuốc, liệu pháp điều trị số mục tiêu tiềm virus SARSCoV-2 11 Hình 2.1 Cấu trúc 3D phức hợp (A) enzym chuyển angiotensin (ID: 1R4L), (B) spike protein (ID: 6VSB), (C) main protease (ID: 6W63) (D) ARN polymerase phụ thuộc ARN (ID: 6M71) tải từ ngân hàng liệu protein RCSB 23 Hình 2.2 Nội dung trình nghiên cứu in silico thực 25 Hình 3.1 Tóm tắt kết trình sàng lọc in silico tìm kiếm hợp chất ức chế virus SARS-CoV-2 29 Hình 3.2 Kết re-dock phối tử đồng kết tinh phức hợp 6W63 (trái) 1R4L (phải) 30 Hình 3.3 Tương tác chứng dương với acid amin đích tương ứng: X77 main protease (A), XX5 ACE2 (B), remdesivir RdRp (C), artemisinin spike protein (D) 32 Hình 3.4 Mơ hình ảnh 13 hợp chất tiềm chứng dương tương ứng vùng hoạt động spike protein (A), ACE2 (B), RdRp (C) main protease (D) .34 Hình 3.5 Tương tác hợp chất cho lượng liên kết tự âm với đích tương ứng biểu diễn 2D 3D 36 Hình 3.6 Đồ thị biểu diễn giá trị RMSD phức hợp ACE2-Sotetsuflavon (A) Main protease-Sotetsuflavon (B) 600ps mô động học phân tử 40 Hình 3.7 Đồ thị biểu diễn lượng liên kết tự phức hợp ACE2Sotetsuflavon (A) Main protease-Sotetsuflavon (B) 600ps mô động học phân tử 41 Hình 4.1 Cấu trúc hóa học hợp chất Sotetsuflavon 43 Hình 4.2 Cấu trúc hóa học hợp chất Acid morellic 45 Hình 4.3 Cấu trúc hóa học hợp chất Digitoxin 46 Hình 4.4 Cấu trúc hóa học hợp chất Hinokiflavon 47 Hình 4.5 Cấu trúc hóa học ba hợp chất Mulberroside C, Daphnoretin Hypericin 48 DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Một số cơng cụ dự đốn thuộc tính ADMET hợp chất .20 Bảng 2.1 Danh sách phần mềm sử dụng nghiên cứu .23 Bảng 3.1 Kết lượng liên kết tự 13 hợp chất antiviral tự nhiên tiềm bốn đích phân tử chất chứng dương tương ứng .32 Bảng 3.2 Kết đánh giá dược động học độc tính 37 Bảng 4.1 Khả tạo liên kết sotetsuflavon, chứng dương với acid amin ACE2, spike protein, RdRp main protease 44 MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC HÌNH VẼ DANH MỤC BẢNG MỞ ĐẦU CHƯƠN G TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan COVID-19 1.1.1 Một vài nét COVID-19 1.1.2 Cấu trúc virus SARS-CoV-2 1.1.3 Cơ chế xâm nhập lây nhiễm virus SARS-CoV-2 .4 1.1.4 Tổng quan đích phân tử virus SARS-CoV-2 .5 1.1.5 Các thuốc điều trị COVID-19 .10 1.2 Tổng quan nhóm hợp chất antiviral thiên nhiên 14 1.3 Tổng quan nghiên cứu in silico .14 1.3.1 Docking phân tử (Molecular docking) .15 1.3.2 Động lực học phân tử (Molecular dynamics) 17 1.3.3 Quy tắc Lipinski hợp chất giống thuốc 18 1.3.4 Dự đoán ADMET 19 CHƯƠN G ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 22 2.1 Đối tượng, nguyên liệu, thiết bị, phần mềm nghiên cứu 22 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 22 2.1.2 Nguyên liệu, thiết bị, phần mềm 22 2.2 Nội dung nghiên cứu .24 2.3 Phương pháp nghiên cứu .25 2.3.1 Sàng lọc hợp chất giống thuốc 25 2.3.2 Mô docking phân tử 25 2.3.3 Nghiên cứu dự đốn dược động học độc tính (ADMET) .27 2.3.4 Mô động lực học phân tử 28 CHƯƠN G KẾT QUẢ 29 3.1 Sàng lọc hợp chất giống thuốc .29 3.2 Mô docking phân tử 30 3.2.1 Đánh giá mơ hình docking 30 3.2.2 Mô docking hợp chất antiviral thiên nhiên .30 3.3 Dự đốn dược động học độc tính (ADMET) 37 3.4 Mô động lực học phân tử 40 CHƯƠN G BÀN LUẬN 42 4.1 Về phương pháp 42 4.2 Về kết 42 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ XUẤT 49 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC STT TÊN Nhóm Nhóm Khối cho liên nhận liên lượng kết kết LogP phân hydrogen hydrogen tử (HBD) (HBA) Độ khúc xạ mol (MR) Hợp chất giống thuốc 191 1-Caffeoylquinic acid 354 -0,66 82,519 Có 192 1,4-Dicaffeoylquinic acid 516 12 1,030 125,198 Có 193 Caffeic acid 180 1,196 46,441 Có 194 Forsythoside A 624 15 -1,02 147,095 Không 195 Chicoric acid 474 12 1,228 112,643 Có 196 Ethyl ferulate 222 1,977 Có 197 Lithospermic acid 538 12 2,769 131,650 198 Neochlorogenic acid 354 199 3,4,5-Tricaffeoylquinic acid 678 15 2,705 167,877 Không 200 Isochlorogenic acid C(4,5) 516 12 1,030 125,198 Có 201 Methyl 3-O-feruloylquinate 382 -0,26 91,786 Có 202 Caffeic acid phenethyl ester 284 2,897 79,911 Có 203 4-Methoxycinnamaldehyde 162 1,907 48,092 Có 204 Calceolarioside B 478 11 0,132 115,874 Có 205 Elemicin 208 2,441 59,999 Có 206 3,5-Di-O-caffeoylquinic acid methyl ester 530 12 1,118 129,578 Có 530 12 1,118 129,578 Có 207 4,5-Di-O-caffeoylquinic acid methyl ester -0,6 60,326 82,519 Khơng Có NHÓM LIGNAN 208 Wulignan A1 342 3,483 92,886 Có 209 Podophyllotoxin 414 2,177 102,472 Có 210 Deoxypodophyllotoxin 398 2,686 101,216 Có 211 Nortrachelogenin 374 1,804 96,124 Có 212 Yatein 400 3,015 104,010 Có 213 Niranthin 432 3,751 116,803 Có STT TÊN Nhóm Nhóm Khối cho liên nhận liên lượng kết kết LogP phân hydrogen hydrogen tử (HBD) (HBA) Độ khúc xạ mol (MR) Hợp chất giống thuốc 214 Gomisin G 536 4,958 142,299 Có 215 Gomisin J 388 4,170 107,152 Có 216 Gomisin M2 386 4,184 105,058 Có 217 R(+)-Gomisin M1 386 4,184 105,058 Có 218 Interiotherin A 504 5,555 133,859 Có 219 Rubrisandrin A 388 4,170 107,152 Có 220 (-)-beta-Peltatin 414 2,391 102,881 Có 221 Schisantherin C 514 4,610 135,965 Có 222 Kadsulignan L 414 4,515 109,104 Có 223 Nirtetralin 430 3,422 114,009 Có 224 Trachelogenin 388 2,107 101,012 Có 225 Herpetone 522 4,330 136,377 Có 226 (+)-Nortrachelogenin 374 1,804 96,124 Có NHĨM MISCELLANEOUS 227 Coclauril 151 0,118 39,467 Có 228 Epigoitrin 129 0,446 35,671 Có 229 Lithospermoside 329 -3,09 73,490 Có 230 1-Deoxynojirimycin 163 5 -2,97 36,897 Có 231 Tenofovir disoproxil 519 15 3,166 122,271 Có 232 N-Acetylneuraminic acid 309 10 -3,87 64,786 Có 233 Rengynic acid 174 0,127 41,677 Có 234 Rhuscholide A 462 8,793 144,118 Có 235 Allicin 162 2,621 45,996 Có 236 Desoxygambogenin 600 8,205 173,352 Có 237 Morellic acid 560 5,513 151,264 Có 238 Humulone 362 4,252 101,824 Có STT TÊN Nhóm Nhóm Khối cho liên nhận liên lượng kết kết LogP phân hydrogen hydrogen tử (HBD) (HBA) Độ khúc xạ mol (MR) Hợp chất giống thuốc 239 Phoyunnanin C 482 5,259 135,463 Có 240 Tiglic acid 100 1,037 27,067 Có NHÓM STEROID 241 Ergosterol peroxide glucoside 590 4,298 156,721 Có 242 Ergosterol peroxide 428 6,474 124,088 Có 243 Stigmastane-3,5,6-triol 448 3 6,190 131,090 Có 244 Digitoxin 764 12 4,670 200,332 Có 245 Cinobufagin 442 3,676 114,973 Có 246 Cerevisterol 430 3 5,496 126,355 Có 247 Lanatoside C 984 20 2,472 243,168 Không 248 Sodium cholate 430 2,114 107,408 Có NHĨM SESQUITERPENOID 249 2-Desoxy-4-epi-pulchellin 250 2,291 67,746 Có 250 Shizukaol C 634 10 2,509 160,143 Có 251 4,5-Dihydroblumenol A 226 1,680 62,957 Có 252 Catalpalactone 258 2,550 67,469 Có 253 Patchouli alcohol 222 1 3,610 66,067 Có 254 Germacrone 218 4,358 69,363 Có 255 Artesunate 384 2,602 89,790 Có 256 Triptonine B 967 23 2,322 220,778 Có NHĨM CHALCONE 257 Xanthohumol 354 4,217 100,930 Có 258 Helichrysetin 286 2,708 77,795 Có 259 Isoliquiritigenin 256 2,699 71,243 Có 260 Bavachromene 322 4,178 93,319 Có 261 3-Deoxysappanchalcone 270 3,002 76,130 Có STT 262 TÊN Asebotin Nhóm Nhóm Khối cho liên nhận liên lượng kết kết LogP phân hydrogen hydrogen tử (HBD) (HBA) Độ khúc xạ mol (MR) Hợp chất giống thuốc 450 10 0,101 109,812 Có NHĨM ANTHRAQUINONE 263 Chrysophanol 8-O-glucoside 416 -0,34 100,546 Có 264 Hypericin 504 4,267 134,460 Có 265 Sennoside A 862 12 20 -1,99 199,238 Không 266 Emodin 270 1,887 69,480 Có 267 Digiferruginol 254 1,660 67,337 Có 268 Xanthopurpurin 240 1,873 63,079 Có NHĨM KHÁC 269 Furomollugin 242 3,078 66,724 Có 270 Isomangiferin 422 11 -0,64 95,770 Có 271 Oleuropein 540 13 -0,63 126,123 Có 272 Ligustroside 524 12 -0,34 124,458 Có 273 8-O-Acetylharpagide 406 11 -2,89 88,100 Có PHỤ LỤC 02 Kết docking phân tử 241 hợp chất antiviral chứng dương bốn đích phân tử main protease, spike protein, RdRp ACE2 STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 NHÓM ALKALOID Periglaucine A 24879468 -6,7 -8,3 -6,4 -9,5 Fangchinoline 73481 -8,4 -8,1 -8,7 -7,8 Methyl chanofruticosinate 91895274 -7,0 -9,0 -6,7 -9,5 STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 Sophocarpine 115269 -6,6 -7,2 -5,9 -7,9 Oxymatrine 114850 -6,7 -7,3 -6,3 -8,2 6Acetonyldihydrochelerythrine 185516 -7,6 -8,5 -6,9 -10,1 Strictosamide 10345799 -8,1 -8,3 -8,6 -11,0 Sanguinarine 5154 -8,2 -9,1 -7,4 -10,8 Palmatine 19009 -7,0 -7,5 -6,4 -9,1 10 Pseudolycorine 443689 -7,0 -7,4 -6,4 -8,0 11 Cordycepin 6303 -6,5 -6,4 -6,0 -7,3 12 Benzoylmesaconine 24832659 -7,4 -8,6 -7,3 -9,5 13 Isotetrandrine 457825 -9,2 -7,7 -8,0 -4,3 14 gamma-Fagarine 107936 -6,0 -6,2 -5,6 -7,2 15 Oteromycin 6475379 -8,2 -8,6 -7,4 -10,5 16 Norcepharadione B 189168 -7,9 -8,0 -7,1 -9,1 17 Europine N-oxide 323256 -5,9 -6,7 -6,0 -7,1 18 Sophoridine 165549 -6,6 -6,9 -6,4 -8,1 19 Odorinol 6440456 -6,7 -7,0 -6,2 -8,6 20 Trigonelline 5570 -4,6 -4,6 -4,4 -5,4 21 Lycorine 72378 -7,4 -7,7 -6,4 -8,7 22 Glaucine 16754 -7,3 -7,8 -6,3 -8,9 23 Oxoglaucine 97662 -7,4 -8,0 -6,5 -9,2 24 (+)-Sophoranol 12442899 -7,2 -7,3 -6,1 -7,7 25 Cytidine 6175 -6,0 -6,3 -5,8 -6,8 26 Cephalotaxine 65305 -7,1 -7,8 -6,0 -9,0 27 3,4-Di-O-caffeoylquinic acid methyl ester 10392218 -8,9 -8,9 -8,0 -10,0 STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 28 Harringtonine 276389 -7,4 -8,4 -7,0 -9,7 29 Periglaucine B 129316816 -6,7 -8,3 -6,4 -9,5 30 Arborinine 5281832 -6,6 -6,9 -6,4 -7,9 31 1-Hydroxyacridone 10899903 -6,6 -6,9 -6,3 -8,1 32 Sophocarpine 115269 -6,5 -7,2 -5,9 -7,9 NHÓM FLAVONOID 33 3',5,5',7-Tetrahydroxy-4',6dimethoxyflavone 10337658 -7,9 -8,2 -6,6 -9,0 34 (-)-Epigallocatechin gallate 65064 -8,6 -8,6 -8,0 -9,7 35 3-O-Methylquercetin 5280681 -7,7 -8,0 -6,8 -8,5 36 Catechin 9064 -7,5 -7,4 -6,9 -9,2 37 3',5,5',7Tetrahydroxyflavanone 52945930 -7,6 -7,9 -6,9 -9,0 38 Formononetin 5280378 -7,0 -7,0 -6,4 -8,5 39 Scutellarein 5281697 -7,5 -7,8 -6,9 -9,1 40 Glabranin 124049 -7,4 -8,2 -6,6 -9,2 41 Orobol 5281801 -7,4 -7,7 -6,6 -9,1 42 Pinostrobin 4101463 -7,1 -7,6 -6,3 -8,7 43 Hyperoside 5281643 -8,4 -8,9 -7,3 -10,0 44 Chrysoeriol 5280666 -7,4 -8,0 -6,6 -8,6 45 Galangin 5281616 -7,1 -7,4 -6,8 -8,8 46 Penduletin 5320462 -7,0 -7,5 -6,5 -8,1 47 Chrysosplenetin 5281608 -7,1 -7,6 -6,7 -8,2 48 Mulberrin 5481958 -8,1 -9,4 -7,4 -9,0 49 Homoplantaginin 5318083 -8,3 -8,9 -7,8 -9,9 50 Kurarinone 254774821 -8,0 -8,6 -7,0 -9,6 STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 51 Hinokiflavon 5281627 -8,9 -9,5 -9,1 -11,6 52 Sikokianin A 21636083 -8,3 -10,0 -8,2 -10,4 53 Norwogonin 5281674 -7,5 -7,7 -6,7 -9,2 54 Baicalin methyl ester 15223582 -8,3 -9,6 -7,8 -10,0 55 Leachianone G 5275227 -7,8 -8,5 -7,2 -9,5 56 Kurarinol 44563198 -8,4 -8,9 -6,6 -9,5 57 Kushenol K 5318897 -8,2 -8,4 -6,7 -9,5 58 Sanggenol A 15233693 -8,3 -8,6 -7,6 -9,8 59 7-Hydroxyflavone 5281894 -6,9 -7,2 -6,1 -8,6 60 8-Prenylluteone 471687 -8,3 -8,2 -7,5 -9,4 61 Tsugafolin 45273057 -7,3 -7,4 -6,4 -8,5 62 Sotetsuflavon 5494868 -9,6 -9,3 -9,5 -11,1 63 Isosinensetin 632135 -7,0 -7,8 -6,7 -8,5 64 Mosloflavone 471722 -7,0 -7,2 -6,5 -8,6 65 Corymbosin 10970376 -7,2 -7,8 -6,5 -8,4 66 Licoflavonol 5481964 -7,8 -8,0 -7,2 -9,9 NHÓM TERPENOID 67 Beta-pinene 440967 -5,2 -5,0 -4,6 -5,5 68 Isoborneol 6321405 -5,0 -4,7 -4,5 -5,7 69 Labd-13-ene-8,15-diol 5471228 -6,4 -7,0 -6,3 -8,3 70 Przewalskin 14139388 -7,0 -7,5 -7,0 -8,1 71 Tripterifordin 72369 -8,0 -8,7 -6,8 -10,0 72 Dehydroandrographolide 78577438 -6,9 -7,5 -6,4 -8,4 73 Andrographolide 5318517 -7,2 -8,2 -6,8 -8,8 74 Vitexilactone 21636178 -7,0 -7,6 -6,4 -8,8 75 Ingenol 442042 -7,2 -8,2 -6,8 -8,9 STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương 76 Tanshinone IIA-sulfonic sodium 77 Sugiol 78 -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 23669322 -8,5 -8,8 -8,4 -11,1 94162 -7,4 -7,7 -6,6 -9,3 Bruceine D 71463728 -7,9 -9,2 -8,1 -9,5 79 Ingenol 3-Angelate 6918670 -6,8 -9,3 -6,7 -10,0 80 Yadanziolide A 10320238 -7,6 -9,0 -8,0 -9,3 81 Caesalmin E 10480816 -6,9 -8,5 -6,4 -8,7 82 Neotripterifordin 134714949 -7,1 -8,5 -7,0 -8,5 83 Bonducellpin D 10835061 -7,9 -8,7 -7,3 -9,4 84 Bruceine B 161496 -7,3 -8,6 -7,1 -9,6 85 Bruceantinol 5281305 -7,8 -7,9 -7,8 -10,7 86 Bruceantin 5281304 -7,7 -7,5 -7,7 -10,9 87 Ganoderol A 13934284 -7,1 -8,0 -7,7 -9,9 88 Ganodermanontriol 73177 -7,6 -7,0 -7,8 -10,0 89 Ganodermanondiol 73294 -8,0 -7,6 -7,8 -10,2 90 Ganoderiol F 471008 -7,2 -8,2 -7,6 -9,6 91 Limonin 179651 -8,3 -9,3 -8,4 -11,2 92 Pomolic acid 382831 -8,0 -8,5 -8,0 -10,0 93 Dammarenediol II 10895555 -7,2 -8,6 -6,8 -9,6 94 21-Episerratenediol 12309682 -7,8 -10,4 -7,7 -9,5 95 Nomilin 72320 -8,2 -8,1 -7,9 -10,4 96 Shoreic acid 12315515 -7,8 -8,4 -7,4 -10,1 97 Coronalolide methyl ester 5468948 -7,5 -8,4 -7,0 -9,4 98 Coronalolide 6479499 -7,9 -8,8 -7,4 -9,4 99 Cabraleahydroxylactone 44421648 -8,2 -9,0 -8,2 -10,6 100 Crategolic acid 73659 -8,1 -7,8 -8,1 -9,9 STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 101 Betulonic acid 122844 -7,9 -8,3 -7,3 -10,8 102 Betulinic acid 64971 -7,7 -7,2 -7,4 -10,7 103 Betulin 72326 -7,6 -7,6 -6,8 -9,3 104 Oleanolic acid 10494 -8,2 -8,0 -8,3 -9,3 105 Echinocystic acid 73309 -8,0 -8,4 -7,9 -8,6 106 3-Epicorosolic acid 15917998 -8,3 -8,0 -8,4 -10,4 107 Myriceric acid B 15767724 -8,3 -7,9 -8,2 -11,0 108 beta-Amyrin 73145 -8,0 -8,8 -8,5 -9,6 109 Eichlerianic acid 12315516 -8,1 -8,2 -7,2 -10,1 110 Ursonic acid 9890209 -8,2 -7,9 -8,3 -10,8 111 beta-Amyrone 6454747 -8,0 -8,9 -8,4 -9,3 112 Moronic acid 489941 -8,0 -7,7 -7,8 -8,4 113 Momordicoside G 91895422 -8,2 -8,9 -8,2 -10,0 114 3-Oxotirucalla-7,24-dien-21oic acid 158100 -7,6 -7,2 -7,6 -10,1 115 Ganoderic acid Y 57397445 -7,9 -7,4 -7,8 -10,3 116 Ganoderic acid Z 10601916 -8,4 -8,0 -8,5 -10,2 117 Ganolucidic acid A 475412 -8,0 -8,5 -7,7 -10,2 118 Ganoderone A 274954916 -7,7 -8,7 -7,9 -10,7 119 20(R)-Ginsenoside Rh2 54580480 -8,2 -8,1 -8,2 -9,2 120 Nigranoic acid 10814237 -6,9 -8,0 -6,5 -9,3 121 Ganoderic acid F 23247895 -7,1 -7,8 -8,1 -10,6 122 Schisanlactone A 435759 -7,9 -9,5 -8,6 -10,6 123 Momordicoside K 57330180 -8,1 -8,1 -8,2 -10,1 124 3-Epidehydrotumulosic acid 10005581 -7,3 -8,2 -8,0 -9,6 125 Salaspermic acid 44593364 -8,3 -8,4 -8,6 -10,4 STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 126 Lucidadiol 10789991 -7,5 -8,0 -7,4 -9,8 127 Rosamultin 21122581 -7,9 -7,6 -8,6 -10,5 128 2alpha,19alpha-Dihydroxy-3oxo-urs-12-en-28-oic acid 637229 -8,2 -9,2 -8,7 -10,6 129 Morolic acid 489944 -7,9 -8,0 -7,8 -10,0 130 Kajiichigoside F1 14019178 -7,9 -8,1 -8,5 -10,5 NHÓM PHENOL 131 Bakuchiol 5468522 -6,0 -6,1 -5,3 -7,4 132 Mulberroside C 190453 -9,0 -9,2 -8,9 -10,5 133 Oxyresveratrol 5281717 -6,9 -6,6 -6,1 -7,8 134 Platyphyllonol 13347312 -5,9 -6,4 -5,3 -6,8 135 Koaburaside 5318820 -6,7 -7,1 -6,2 -8,0 136 Bergenin 66065 -7,1 -7,7 -6,7 -8,3 137 Daurichromenic acid 6475854 -7,6 -7,6 -7,1 -9,1 138 4-Hydroxybenzoic acid 135 -4,9 -4,7 -4,8 -5,7 139 Gnetin D 10814212 -8,1 -9,3 -8,0 -10,7 140 Methyl 4Hydroxyphenylacetate 518900 -4,9 -4,7 -4,9 -6,0 141 Methyl gallate 7428 -5,3 -5,3 -5,8 -6,4 142 Sulochrin 160505 -6,4 -7,0 -5,6 -7,7 143 Euparin 119039 -6,0 -6,3 -5,7 -7,1 144 Protosappanin A 128001 -7,1 -8,0 -6,7 -8,4 145 3,4',5-Trimethoxystilbene 5388063 -6,3 -6,1 -5,4 -7,6 146 Gallic aldehyde 83651 -4,9 -5,1 -5,6 -6,1 454259 -7,1 -7,9 -6,8 -8,6 NHÓM COUMARIN 147 Calanolide E STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương 148 Angelicin 149 6,7,8-Trimethoxycoumarin 150 -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 10658 -5,9 -6,2 -5,6 -7,3 3083928 -5,8 -5,9 -5,5 -6,6 Psoralen 6199 -6,0 -6,0 -5,8 -7,1 151 Isoscopoletin 69894 -5,9 -6,0 -5,3 -6,8 152 Daphnoretin 5281406 -8,6 -8,5 -7,4 -9,7 153 12-Oxocalanolide A 463613 -7,9 -8,8 -6,8 -10,1 154 Cleomiscosin B 156875 -7,7 -8,5 -7,2 -9,4 155 Toddacoumaquinone 10046907 -7,9 -9,2 -7,5 -10,5 156 Mesuol 5277586 -7,8 -8,3 -6,6 -9,4 157 Rutamarin 26948 -7,2 -7,5 -6,9 -9,3 158 Glycyrin 480787 -7,9 -7,7 -7,0 -8,9 159 Glycycoumarin 5317756 -7,9 -7,9 -7,1 -9,1 NHÓM PHENYLPROPANOID 160 Rosmarinic acid 5281792 -7,7 -7,4 -6,4 -8,9 161 Chlorogenic acid 1794427 -7,5 -7,5 -7,1 -8,5 162 Isochlorogenic acid A 6474310 -9,2 -9,3 -8,3 -10,5 163 Isochlorogenic acid C 274951298 -8,9 -8,4 -7,9 -9,9 164 1-Caffeoylquinic acid 10155076 -7,3 -7,4 -6,8 -8,2 165 1,4-Dicaffeoylquinic acid 12358846 -8,7 -9,2 -7,9 -10,6 166 Caffeic acid 689043 -5,8 -5,5 -5,4 -6,4 167 Chicoric acid 5281764 -7,8 -8,0 -7,4 -8,6 168 Ethyl ferulate 736681 -5,6 -5,5 -5,1 -6,6 169 Neochlorogenic acid 5280633 -7,1 -7,4 -6,9 -8,7 170 Isochlorogenic acid C(4,5) 6474309 -8,4 -8,6 -7,6 -10,4 171 Methyl 3-O-feruloylquinate 24813764 -7,3 -7,2 -6,9 -8,7 172 Caffeic acid phenethyl ester 5281787 -6,5 -6,2 -5,6 -8,2 STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 173 4-Methoxycinnamaldehyde 641294 -5,0 -4,8 -4,7 -5,8 174 Calceolarioside B 5273567 -8,4 -8,3 -8,3 -8,9 175 Elemicin 10248 -5,0 -5,2 -4,3 -6,0 176 3,5-Di-O-caffeoylquinic acid methyl ester 10075681 -8,5 -8,9 -7,9 -9,8 177 4,5-Di-O-caffeoylquinic acid methyl ester 460892 -8,3 -9,0 -8,0 -9,7 13844295 -7,5 -8,3 -6,9 -8,9 NHÓM LIGNAN 178 Wulignan A1 179 Podophyllotoxin 10607 -8,0 -8,4 -6,8 -9,2 180 Deoxypodophyllotoxin 345501 -8,1 -8,2 -7,0 -9,6 181 Nortrachelogenin 394846 -7,4 -7,9 -6,2 -8,5 182 Yatein 442835 -7,6 -5,7 -7,0 -9,0 183 Niranthin 13989915 -6,7 -6,4 -4,7 -7,6 184 Gomisin G 14992067 -6,7 -6,9 -6,3 -9,9 185 Gomisin J 3001686 -6,9 -8,0 -6,1 -8,1 186 Gomisin M2 14992068 -7,7 -8,3 -6,4 -8,9 187 R(+)-Gomisin M1 5321170 -7,7 -7,8 -6,4 -8,8 188 Interiotherin A 177359 -8,3 -9,8 -7,1 -10,8 189 Rubrisandrin A 44481243 -7,1 -8,5 -6,0 -8,0 190 (-)-beta-Peltatin 92122 -8,1 -8,9 -6,8 -9,8 191 Schisantherin C 6443826 -6,5 -8,8 -6,3 -9,1 192 Kadsulignan L 44575997 -6,8 -8,0 -5,8 -9,4 193 Nirtetralin 182644 -7,0 -7,4 -5,7 -8,2 194 Trachelogenin 452855 -7,6 -7,9 -6,2 -8,5 195 Herpetone 102004856 -8,4 -8,9 -8,2 -10,9 STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương 196 (+)-Nortrachelogenin -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 479756 -7,5 -7,5 -6,3 -8,4 NHÓM MISCELLANEOUS 197 Coclauril 15927877 -5,4 -5,1 -5,2 -6,3 198 Epigoitrin 3032313 -4,1 -3,8 -3,6 -4,6 199 Lithospermoside 10065132 -6,5 -7,2 -6,4 -8,4 200 1-Deoxynojirimycin 29435 -4,8 -4,8 -5,1 -5,5 201 Tenofovir disoproxil 5481350 -6,9 -6,5 -6,1 -8,5 202 N-Acetylneuraminic acid 445063 -6,4 -6,5 -6,5 -7,1 203 Rengynic acid 54033324 -5,0 -5,1 -5,0 -5,9 204 Rhuscholide A 73298903 -7,3 -8,2 -6,1 -9,5 205 Allicin 65036 -3,5 -3,6 -3,4 -4,1 206 Desoxygambogenin 10438560 -8,4 -9,5 -7,6 -9,9 207 Morellic acid 54580250 -9,5 -10,3 -7,8 -12,1 208 Humulone 442911 -7,2 -6,9 -5,6 -8,0 209 Phoyunnanin C 16220719 -8,9 -9,6 -8,2 -11,3 210 Tiglic acid 125468 -4,1 -3,9 -4,2 -4,6 NHÓM STEROID 211 Ergosterol peroxide glucoside 10745980 -8,4 -8,2 -8,5 -12,3 212 Ergosterol peroxide 5351516 -8,1 -7,3 -7,4 -10,9 213 Stigmastane-3,5,6-triol 3036251 -7,3 -7,7 -7,0 -9,6 214 Digitoxin 441207 -9,6 -10,3 -9,0 -9,3 215 Cinobufagin 11969542 -8,3 -8,7 -7,3 -10,3 216 Cerevisterol 10181133 -8,1 -8,7 -7,3 -10,0 217 Sodium cholate 23668194 -7,7 -9,2 -8,0 -10,8 10399864 -6,6 -7,3 -6,1 -8,2 NHÓM SESQUITERPENOID 218 2-Desoxy-4-epi-pulchellin STT TÊN ID Main PUBCHEM protease X77 Chứng dương -8,6 Spike protein RdRp Artemisinin Remdesivir -7,3 -7,3 ACE2 XX5 -8,7 219 Shizukaol C 71591590 -7,7 -9,1 -7,7 -8,3 220 4,5-Dihydroblumenol A 21630916 -5,8 -6,2 -5,0 -6,5 221 Catalpalactone 3014018 -6,7 -7,7 -6,5 -8,2 222 Patchouli alcohol 10955174 -5,9 -6,6 -5,4 -6,6 223 Germacrone 6436348 -6,4 -6,5 -5,4 -7,5 224 Artesunate 6917864 -7,7 -8,5 -7,0 -9,2 225 Triptonine B 274954276 -5,4 -6,3 -7,6 -6,1 NHÓM CHALCONE 226 Xanthohumol 639665 -7,3 -7,2 -6,8 -9,1 227 Helichrysetin 6253344 -7,1 -7,2 -6,2 -7,8 228 Isoliquiritigenin 638278 -6,8 -7,0 -5,9 -7,8 229 Bavachromene 5321800 -7,5 -8,0 -7,7 -9,3 230 3-Deoxysappanchalcone 5319688 -6,9 -7,1 -5,9 -7,9 231 Asebotin 11190157 -7,7 -8,4 -7,2 -9,5 442731 -8,5 -9,1 -7,6 -10,1 NHÓM ANTHRAQUINONE 232 Chrysophanol 8-O-glucoside 233 Hypericin 3663 -9,2 -9,3 -8,7 -10,2 234 Emodin 3220 -7,2 -7,7 -6,5 -9,0 235 Digiferruginol 32209 -6,8 -7,0 -6,5 -8,5 236 Xanthopurpurin 196978 -7,2 -8,0 -6,2 -8,9 NHÓM KHÁC 237 Furomollugin 10354359 -6,2 -6,9 -5,8 -8,0 238 Isomangiferin 5318597 -8,0 -9,1 -8,0 -9,3 239 Oleuropein 5281544 -7,1 -8,5 -7,5 -9,6 240 Ligustroside 14136859 -7,7 -7,6 -7,2 -9,2 241 8-O-Acetylharpagide 9978650 -7,0 -7,5 -6,6 -8,3 ... tài ? ?Sàng lọc in silico hợp chất antiviral thiên nhiên có tác dụng ức chế virus SARS-CoV -2 hướng điều trị COVID- 19? ?? tiến hành với mục tiêu là: Sàng lọc hợp chất antiviral “giống thuốc” có nguồn... HẰNG SÀNG LỌC IN SILICO CÁC HỢP CHẤT ANTIVIRAL THIÊN NHIÊN CÓ TÁC DỤNG ỨC CHẾ VIRUS SARS-COV -2 HƯỚNG ĐIỀU TRỊ COVID- 19 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC (NGÀNH DƯỢC HỌC) Khóa : QH .20 17.Y Người hướng. .. liệu protein RCSB 23 Hình 2. 2 Nội dung trình nghiên cứu in silico thực 25 Hình 3.1 Tóm tắt kết trình sàng lọc in silico tìm kiếm hợp chất ức chế virus SARS-CoV -2 29 Hình 3 .2 Kết