(CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH CÁC BIẾN THỂ SỐ LƯỢNG BẢN SAO (COPY NUMBER VARIATIONS) CHO ĐOÀN HỆ 5.008 THAI KỲ VIỆT NAM

(CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH CÁC BIẾN THỂ SỐ LƯỢNG BẢN SAO (COPY NUMBER VARIATIONS) CHO ĐOÀN HỆ 5.008 THAI KỲ VIỆT NAM Ths BS Tăng Hùng Sang Cộng Sự Viện Di Truyền Y Học _Genesolutions Nội dung trình bày • CNV ứng dụng phát CNV lâm sàng • Phương pháp phát CNV từ NGS (CNV-seq) • Tỷ lệ phổ di truyền chẩn đoán CNV-seq 5008 ca thai Nguyên nhân bất thường bẩm sinh 55% nguyên nhân bất thường di truyền 7-8% 6-7% THOMPSON & THOMPSON GENETICS IN MEDICINE 8th condition, 2016 Mục tiêu sàng lọc chẩn đoán trước sinh cung cấp thông tin cho phụ nữ mang thai cặp vợ chồng nguy sinh bị dị tật bất thường di truyền với đầy đủ lựa chọn cách quản lý rủi ro TÍNH HỮU DỤNG LÂM SÀNG CỦA CHẨN ĐỐN TRƯỚC SINH • Chấm dứt thai kỳ vs tiếp tục thai kỳ • Quản lý trước sinh chu sinh • Tư vấn nguy tái phát • Các phương án quản lý/chăm sóc sức khoẻ sinh sản ACMG CONFERENCE 2023 Copy number variation - CNV Là biến thể số lượng có kích thước ≥ kilobase so với gen chuẩn (Radon et al 2006) Vi đoạn Vi lặp đoạn Vi lặp đoạn nhỏ Chuyển đoạn ​Copy​Number​Variation​(CNV)​–​National​Human​Genome​Research​Institute CNV syndromes - diseases Syndrome Name Location Size 22q11 deletion syndrome (Velocardiofacial / DiGeorge syndrome) 22:19022279-21098156 GRCh38 2.08 Mb Angelman syndrome 15:22677345-28193120 GRCh38 5.52 Mb Charcot-Marie-Tooth syndrome type 1A (CMT1A) 17:14194598-15567589 GRCh38 1.37 Mb Cri du Chat Syndrome (5p deletion) 5:10001-12533192 GRCh38 12.52 Mb Miller-Dieker syndrome (MDS) 17:150208-2685615 GRCh38 2.54 Mb Prader-Willi syndrome 15:22677345-28193120 GRCh38 5.52 Mb RCAD (renal cysts and diabetes) 17:36459259-37856298 GRCh38 1.40 Mb Williams-Beuren Syndrome (WBS) 7:73330452-74728334 GRCh38 1.40 Mb Wolf-Hirschhorn Syndrome 4:1567470-2108509 GRCh38 541.04 kb ? Tất CNV gây bệnh Liều lượng gen - Dosage sensitivity Gene Non-dosage-sensitive genes Dosage sensitive genes Haploinsufficiency 100% Triplosensitivity 100% 150% Enough function in haploinsufficiency 50% Max dosage in triplosensitivity 50% 100% 0% 0% Enough function in haplosufficiency 0% AA AA- A- A - AA AA- A- A- AA AA+ A+A+ So sánh xét nghiệm phát CNV Xét nghiệm Kích thước Khảo sát Thời gian trả kết Chi phí Karyotype 5-10 Mb Toàn NST 2-3 tuần $ FISH 100 kb Sử dụng mồi ngày $$ MLPA >1 exon Sử dụng mồi 3-4 ngày $$ Microarray 20-200kb Toàn NST 10-14 ngày $$$ NGS 100 kb-150kb Toàn NST 4-6 ngày $$ NGS cho ưu vượt trội độ xác cao, chi phí thấp, thời gian trả kết ngắn Hướng dẫn chun mơn Phân tích CMA/CNV có độ phân giải chẩn đốn gấp khoảng 100 lần so với karyotyping, giúp tăng tỷ lệ phát biến thể số lượng có ý nghĩa lâm sàng : • 6% thai nhi có dị tật cấu trúc • 1,2%–1,7% trường hợp mang thai có cấu trúc bình thường lấy mẫu để chẩn đốn thai phụ cao tuổi, sàng lọc dương tính thai phụ lo lắng Các xét nghiệm giải trình tự gen hệ (NGS) giải trình tự tồn exome (WES) giúp tăng tỷ lệ chẩn đoán khoảng 14% thai nhi có bất Society for Maternal-Fetal Medicine "Committee Opinion No 682: Microarrays and next-generation sequencing technology: the use of advanced genetic diagnostic tools in obstetrics and gynecology." Obstetrics and gynecology 128.6 (2016): e262-e268 Levy, Brynn, et al "Chromosomal microarrays and next-generation sequencing for diagnosis of fetal abnormalities." Human Reproductive and Prenatal Genetics Academic Press, 2023 767-787 thường cấu trúc chẩn đốn karyotype CMA/CNV bình thường Phạm vi khảo sát phù hợp CNV Các bất thường CNV nên khảo sát độ phân giải lớn 400kb South, S., Lee, C., Lamb, A. et al. ACMG Standards and Guidelines for constitutional cytogenomic microarray analysis, including postnatal and prenatal applications: revision 2013. Genet Med 15, 901–909 (2013) https://doi.org/10.1038/gim.2013.129 Phân loại CNV Lành tính Chưa rõ chức Gây bệnh Quy trình đánh giá CNV So sánh với hội chứng biết ghi nhận y văn ACMG / CNV guidelines So sánh với hệ thống liệu ghi nhận CNV tương tự CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH CÁC BIẾN THỂ SỐ LƯỢNG BẢN SAO (COPY NUMBER VARIATIONS) CHO ĐOÀN HỆ 5.008 THAI KỲ VIỆT NAM National Hospital of Obstetrics and Gynecology, Ha Noi, Vietnam 2Gene Solutions, Ho Chi Minh, Vietnam 3Medical Genetics Institutes, Ho Chi Minh, Vietnam 4Hanoi Obstetrics and Gynecology, Ha Noi, Vietnam Tu Du Hospital, Ho Chi Minh, Vietnam 6Hung Vuong Hospital, Vietnam 7University Medical Center, Ho Chi Minh, Vietnam 8University of Medicine and Pharmacy, Hue University, Hue, Vietnam Hanoi Medical University, Ha Noi, Vietnam 10Vinmec Hospital, Ha Noi, Vietnam 11University of Medicine and Pharmacy at Ho Chi Minh City, Vietnam https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-2410361/v1 TỔNG QUAN MỤC TIÊU Khảo sát tỷ lệ đặc điểm CNV bất thường 5008 mẫu sinh phẩm thai nhi thai phụ Việt Nam chỉ định làm xét nghiệm chẩn đoán trước sinh xâm lấn PHƯƠNG PHÁP  Nghiên cứu mô tả cắt ngang-hồi cứu, đa trung tâm  Thời gian chọn mẫu: 10/2018 – 5/2021  Đối tượng: thai phụ phát có bất thường hình thái thai nhi siêu âm trước sinh (quý 1-2-3) thai kỳ, tư vấn di truyền đồng ý tiến hành chẩn đoán trước sinh xét nghiệm CVNseq QUY TRÌNH ỨNG DỤNG: GIẢI TRÌNH TỰ MƠ GAI NHAU/ ỐI/ MƠ THAI SẨY DNA gen Chuẩn bị thư viện NGS QC thư viện Giải trình tự NGS QC liệu Xác định biến thể gây bệnh Bất thường lệch bội NST Bất thường vi mất/lặp đoạn NST Rehm et al ACMG clinical laboratory standards for NGS Genet Med., 2013 Roy et al Standards and guidelines for Validating NGS Bioinformatics pipelines AMG-CAP, 2018 17 KẾT QUẢ - BÀN LUẬN Tỉ lệ chẩn đoán: 13.1% Pathogenic (n=231) Pathogenic size