CHẨN ĐOÁN PHÂN BIỆT, LẤY MẪU BỆNH PHẨM CÁC XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN COVID 19

27 January 2020 ĐÀO TẠO LÂM SÀNG NHIỄM TRÙNG HÔ HẤP CẤP NẶNG (SARI) CHẨN ĐOÁN PHÂN BIỆT, LẤY MẪU BỆNH PHẨM & CÁC XÉT NGHIỆM CHẨN ĐOÁN Dịch sang tiếng Việt từ tiếng Anh Đào tạo lâm sàng Nhiễm trùng hô hấp cấp nặng, 2020 WHO không chịu trách nhiêm nội dung tính xác dịch Trong trường hợp có khơng quán dịch tiếng Việt tiếng Anh, tiếng Anh thức Translated from Vietnamese from Clinical Care Severe Acute Respiratory Infection, 2020 WHO is not responsible for the content or accuracy of this translation In the event of any inconsistency between the English and the Vietnamese, the original English version shall be the binding and authentic version HEALTH EMERGENCIES programme Mục tiêu học tập Kết thúc học này, bạn có thể: • Chẩn đoán phân biệt cho bệnh nhân viêm phổi nặng • Phát bệnh nhân SARI virus hơ hấp có khả gây đại dịch • Mơ tả thời gian loại bệnh phẩm cần thu thập mẫu để làm xét nghiệm chẩn đốn • Mơ tả đặc điểm xét nghiệm chẩn đoán nhiễm virus đường hơ hấp HEALTH | EMERGENCIES programme Chẩn đốn phân biệt viêm phổi nặng • Virus đường hơ hấp, bao gồm tác nhân có khả gây đại dịch • Căn nguyên vi khuẩn: – Căn nguyên mắc phải từ cộng đồng (CAP): theo mơ hình dịch tễ học địa phương yếu tố bệnh nhân – Căn nguyên mắc phải từ bệnh viện (HAP): khởi phát SARI sau nhập viện bệnh khác nhân viên y tế làm việc Theo dịch tễ địa phương yếu tố từ bệnh nhân HEALTH EMERGENCIES programme Các virus hơ hấp có khả gây đại dịch • Cúm mùa A B: – Khi virus cúm biết nghi ngờ lưu hành cộng đồng • Cúm A lây từ động vật sang người (H5N1, H5N6, H7N9): – Nếu có yếu tố phơi nhiễm nguy • Nhiễm MERS, SARS: – Nếu có yếu tố phơi nhiễm nguy • Virus đường hơ hấp nổi: COVID-2019 – Nếu có triệu chứng lâm sàng dịch tễ HEALTH EMERGENCIES programme Virus đường hơ hấp khác Căn ngun phổ biến: •Virus hợp bào đường hô hấp (RSV), parainfluenza virus, rhinoviruses, adenovirus, enterovirus (EVD68), human metapneumovirus, bocavirus Ít phổ biến, trừ có yếu tố nguy cơ: •Varicella zoster, sởi, human coronavirus, hantavirus Ở người suy giảm miễn dịch (như nhiễm HIV): •Cytomegalovirus, herpes simplex viruses, với nguyên HEALTH EMERGENCIES programme Mắc phải từ cộng đồng: nguyên vi khuẩn Căn nguyên phổ biến nhất: • Phế cầu (Streptococcus pneumonia), Hemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Legionella pneumophila, nonpneumophila Legionella, Chlamydia pneumonia, Mycoplasma pneumoniae, Klebsiella pneumonia, Tụ cầu vàng (Staphylococcus aureus) Ít phổ biến hơn, trừ có yếu tố nguy nước có tỷ lệ mắc cao: •Lao (Mycobacterium tuberculosis), Burkholderia pseudomallei, nhiễm Rickettsial, Coxiella burnetti (sốt Q), Leptospira spp, Chlamydia psittaci, Bortedella pertussis Salmonella sp HEALTH EMERGENCIES programme Căn nguyên từ bệnh viện: nguyên vi khuẩn Các yếu tố nguy với nguyên đa kháng thuốc*: • Dùng kháng sinh đường tĩnh mạch vịng < 90 ngày • Ở viện dưỡng lão Các nguyên đa kháng thuốc bao gồm: •S aureus kháng methicillin (MRSA) •Các vi khuẩn không lên men: Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii •Vi khuẩn sinh beta-lactamase phổ rộng (ESBL) E coli, Klebsiella, Enterobacter HEALTH * Aliberti S et al Clinical Infect Dose 2012;54(4):470-478 EMERGENCIES programme Viêm phổi nguyên nấm Bệnh nhân HIV mắc bệnh suy giảm miễn dịch khác: •Pneumocystis jirovecii, Penicilliosis, Aspergillosis, cryptococcosis, Mucormycosis, Fusarium Nhiễm trùng dịch địa phương: •Histoplasmosis, Coccidiodomycosis, Blastomycosis, Paracoccidiomycosis, Sporotrichosis HEALTH EMERGENCIES programme Nếu nghi ngờ nhiễm trùng vấn đề y tế cơng cộng quốc tế: • Cách ly bệnh bệnh nhân áp dụng biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn thích hợp • Lấy mẫu bệnh phẩm • Bắt đầu điều trị hỗ trợ • Bắt đầu điều trị theo kinh nghiệm, sớm tốt • Thơng báo cho quan quản lý y tế HEALTH EMERGENCIES programme Lấy mẫu bệnh phẩm HEALTH EMERGENCIES programme Lấy bệnh phẩm khác để xét nghiệm chẩn đốn • Lấy cơng thức máu để đếm số lượng bạch cầu máu • Cấy đờm tìm vi khuẩn: – Bao gồm lao nước có tỷ lệ mắc cao nấm bệnh nhân suy giảm miễn dịch, vv • Các bệnh phẩm khác từ vị trí khác nhiễm có chứa mầm bệnh, theo định lâm sàng: – Nước tiểu, dịch não tủy, phân, dịch màng phổi, dịch màng bụng,vv… • Cấy mẫu máu tìm vi khuẩn vi trí khác (nếu có thể) cho bệnh nhân sepsis HEALTH | EMERGENCIES programme Bổ sung bệnh phẩm cho y tế dự phịng mục đích nghiên cứu • Thảo luận với quan y tế dự phòng địa phương cần lấy thêm mẫu bệnh phẩm khoảng thời gian cần xét nghiệm lại, nghi ngờ nhiễm trùng nổi: – Lấy bệnh phẩm máu để phát virus giúp tiên lượng thực thêm biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn (IPC) – Lấy mẫu bệnh phẩm lặp lại giúp hiểu biết nhân lên virus đáp ứng cho phương pháp điều trị thử nghiệm cho mục đích nghiên cứu (sử dụng phác đồ chuẩn) – Việc lấy mẫu cần phải phần đề cương chuẩn (ví dụ: ISARIC protocol) HEALTH | EMERGENCIES programme Xét nghiệm HEALTH EMERGENCIES programme 27 January 2020 Xét nghiệm chẩn đốn COVID-19 (1/3) • Đây lĩnh vực phát triển nhanh chóng PCR thời gian thực (RT-PCR) khuyến cáo để chẩn đoán bệnh nhân nghi ngờ nhiễm COVID-19 – Vì trình tự chuỗi gen COVID-19 gần có sẵn, xét nghiệm PCR thiết kế cặp mồi để phát trình tự gen • Để biết thông tin tham khảo khuyến cáo từ phòng xét nghiệm quốc gia y tế từ trang web WHO • https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019 • https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technicalguidance HEALTH EMERGENCIES programme 27 January 2020 Xét nghiệm chẩn đoán cho COVID-19 • Phịng xét nghiệm muốn sử dụng phân tích tồn coronavirus để khuếch đại, sau giải trình tự khuếch đại đoạn trình tự từ vùng khơng bảo tồn để nhận diện khẳng định • Điều quan trọng cần để khẳng định kết xét nghiệm với đoạn mồi toàn coronavirus nhấn mạnh thực có loài coronavirus người (HcoVs) gây dịch phân bố tồn cầu: HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1 cịn gọi HCoV-OC43 – Hai loại sau betacoronavirus Hai loại betacoronavirus khác gây nhiễm trùng từ động vật sang người MERS-CoV tiếp xúc với lạc đà SARS nguồn gốc lây truyền từ cầy hương dơi móng ngựa HEALTH EMERGENCIES programme 27 January 2020 Xét nghiệm chẩn đoán cho COVID-19 • Ngồi ra, khuếch đại phát trình tự đặc hiệu COVID-19 chẩn đốn mà khơng cần thiết trình tự khác • Nếu xét nghiệm khơng thực phịng xét nghiệm chuyên sâu/tham chiếu nên gửi mẫu để khẳng định tới phòng xét nghiệm khu vực, quốc gia hay quốc tế có khả phát tồn coronavirus COVID-19 – WHO hỗ trợ quốc gia thành viên xác định phịng xét nghiệm cung cấp hỗ trợ • Nếu cần quản lý ca bệnh, nên tầm soát nguyên thường gặp khác gây bệnh đường hô hấp theo hướng dẫn chỗ, đồng nhiễm xảy HEALTH EMERGENCIES programme RT-PCR để phát cúm virus đường hơ hấp khác • RT-PCR khuyến cáo xét nghiệm hàng đầu để chẩn đoán nhiễm virus cúm cách xác kịp thời: – phát hiện ARN virus mẫu bệnh phẩm đường hô hấp (hoăc mẫu bệnh phẩm lâm sàng khác) – độ nhạy cao (86–100%) độ đặc hiệu cao – phân biệt cúm A – yêu cầu mồi probe để xác định cụ thể virus  Hạn chế – Yêu cầu phòng thí nghiệm chuyên sâu – Thường xét nghiệm theo đợt – Có thể 6-8 để thực xét nghiệm; kết bị trả chậm vận chuyển theo đợt xét nghiệm HEALTH | EMERGENCIES programme 27 January 2020 Xét nghiệm test nhanh cúm • Xét nghiệm miễn dịch số (DIAs) hay xét nghiệm khuếch đại acid nucleic nhanh RIDTs với máy phân tích – Có sẵn sở lâm sàng cho kết vịng 30 phút – Một nghiên cứu tổng hợp gần gây báo xét nghiệm phát kháng nguyên nhanh (NAATs, DIAs) có độ nhạy cao để phát cúm A B RIDTs mà không cần dùng máy phân tích người lớn trẻ em (lần lượt 91.6%, 80% 54.4 %)16 • Xét nghiệm phân tử nhanh với độ nhạy cao DIAs phát virus cúm bệnh phẩm đường hơ hấp có sẵn thị trường để sử dụng đơn vị lâm sàng, báo tổng hợp gần gây ghi nhận độ nhạy tổng hợp 90.9%17 HEALTH EMERGENCIES programme Dùng RIDT để phát virus cúm • Xét nhiệm cúm nhanh, dựa kháng nguyên có độ nhạy khác nhau: – nhanh, định hướng điều trị – có kết vòng 15-30 phút – định phát cúm cộng đồng tình có khả bùng phát dịch Nếu âm tính, nên lấy bệnh phẩm đường hô hấp để xét nghiệm kỹ thuật RT-PCR  Hạn chế – Độ nhạy dao động (10%70%) nên bỏ sót nhiều trường hợp – Âm tính giá xảy thường xun – Khơng thể phân biệt virus cúm đặc hiệu với loại khác (một số phân biệt typ A B) – Dương tính giả phổ biến ngồi mùa cúm Xét nghiệm nhiều mẫu HEALTH | EMERGENCIES programme Các phương pháp xét nghiệm khác Phương pháp Xét nghiệm IFA - Immunoflourescence Thời gian Đánh giá IFA Phát kháng nguyên 2–4 • Độ nhạy trung bình, độ đặc hiệu cao Phân lập virus Phân lập virus Vài ngày • • • • Độ nhạy trung bình, độ đặc hiệu cao Đặc trưng di truyền Đặc trưng kháng nguyên Đánh giá độ nhạy cảm thuốc Huyết Phát kháng thể Vài ngày • Tốn thời gian, thường không liên quan đến lâm sàng trừ RT-PCR khơng chẩn đốn chẩn đốn chậm > 14 ngày) • Yêu cầu cặp huyết thanh, khoảng cách 14-21 ngày • Cần phịng xét nghiệm chun sâu HEALTH | EMERGENCIES programme Điều trị theo kinh nghiệm bệnh nhân nhiễm trùng hơ hấp cấp (SARI) (1/2) • Bệnh nhân nhiễm trùng hơ hấp cấp (SARI) chẩn đốn cúm mùa dựa theo lâm sàng bối cảnh cộng đồng có cúm mùa A/B hoạt động – sử dụng cơng thức chẩn đoán slides để chẩn đoán • Bệnh nhân nhiễm trung hơ hấp cấp nghi ngờ nhiễm cúm gia cầm (ví dụ: H5N1, H7N9) có tiếp xúc gần với gia cầm khu vực dịch lưu hành; chẩn đoán xác định cần thiết • Bệnh nhân SARI nghi ngờ COVID-19 có chuyến gần đến khu vực bị ảnh hưởng (định nghĩa ca bệnh) xét nghiệm chẩn đoán xác định cần thiết HEALTH | EMERGENCIES programme 27 January 2020 Xét nghiệm điều trị: khoa cấp cứu thời gian biết nghi ngờ dịch cúm lưu hành Bệnh nhân nghi ngờ có có nguy mắc bệnh nặng nhiễm virus cúm Xét nghiệm PCR sinh học phân tử tương đương có sẵn cho kết < 24 Xét nghiệm PCR sinh học phân tử tương đương khơng có sẵn kết