Sự phân bố kiểu gen kháng thuốc carbapenem và một số đặc điểm lâm sàng của nhiễm khuẩn do acinetobacter baumannii tại bệnh viện đại học y dược thành phố hồ chí minh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH CAO THỊ PHỤNG SỰ PHÂN BỐ KIỂU GEN KHÁNG THUỐC CARBAPENEM VÀ MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG CỦA NHIỄM KHUẨN DO Acinetobacter baumannii TẠI BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH CAO THỊ PHỤNG SỰ PHÂN BỐ KIỂU GEN KHÁNG THUỐC CARBAPENEM VÀ MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG CỦA NHIỄM KHUẨN DO Acinetobacter baumannii TẠI BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH CHUYÊN NGÀNH: KHOA HỌC Y SINH (HÓA SINH) MÃ SỐ: 8720101 LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS ĐƯỜNG THỊ HỒNG DIỆP THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022 i LỜI CAM ĐOAN Nghiên cứu thực dựa đề tài: “Các đặc điểm lâm sàng dịch tễ học phân tử Acinetobacter kháng carbapenem từ bệnh viện đại học miền Nam Việt Nam” TS Đường Thị Hồng Diệp làm chủ nhiệm đề tài Các kết nghiên cứu trình bày luận văn trung thực, khách quan chưa cơng bố cơng trình nghiên cứu khác Tác giả luận văn Cao Thị Phụng ii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i MỤC LỤC ii DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT iv DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH viii DANH MỤC BIỂU ĐỒ ix DANH MỤC SƠ ĐỒ ix ĐẶT VẤN ĐỀ Chương TỔNG QUAN 1.1 Nhiễm khuẩn bệnh viện 1.2 Tổng quan vi khuẩn Acinetobacter baumannii 1.3 Kháng sinh nhóm Carbapenem 17 1.4 Cơ chế kháng carbapenem A baumannii 19 1.5 Các kỹ thuật phát gen kháng thuốc nghiên cứu 24 1.6 Một số nghiên cứu có liên quan đề kháng carbapenems A baumannii 31 Chương ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 35 2.1 Thiết kế nghiên cứu 35 2.2 Đối tượng nghiên cứu 35 2.3 Thời gian địa điểm nghiên cứu 35 2.4 Cỡ mẫu nghiên cứu 35 2.5 Định nghĩa biến số 36 2.6 Phương pháp công cụ đo lường, thu thập số liệu 38 2.7 Quy trình nghiên cứu 48 2.8 Phương pháp phân tích liệu 48 2.9 Đạo đức nghiên cứu 49 Chương KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 51 iii 3.1 Đặc điểm chung đối tượng nghiên cứu 51 3.2 Tỷ lệ kháng kháng sinh A baumannii 53 3.3 Sự phân bố gen kháng thuốc carbapenem nghiên cứu 55 3.4 Một số đặc điểm lâm sàng mối liên quan 59 Chương BÀN LUẬN 73 4.1 Các đặc điểm chung 73 4.2 Tình hình đề kháng kháng sinh A baumannii 73 4.3 Sự phân bố gen kháng thuốc 78 4.4 Một số đặc điểm lâm sàng mối liên quan với phân bố gen 87 KẾT LUẬN 94 KIẾN NGHỊ 96 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH ĐÃ CƠNG BỐ CĨ LIÊN QUAN 97 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC iv DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT Từ viết tắt Từ đầy đủ ABC Acinetobacter baumannii- Tiếng Việt calcoaceticus complex AMR Antimicrobial Resistance Kháng thuốc (AMR) bp Base pair Đơn vị đo trọng lượng phân tử DNA BV CAUTI CDC CRAB CSAB Bệnh viện Catheter-associated Urinary Nhiễm trùng đường tiết niệu Tract Infections liên quan đến ống thông Centers for Disease Control Trung tâm Kiểm sốt Phịng and Prevention ngừa Dịch bệnh Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii đề Acinetobacter baumannii kháng carbapenem Carbapenem-sensitive Acinetobacter baumannii nhạy Acinetobacter baumannii cảm carbapenem ĐHYD Đại học Y Dược DNA Deoxyribonucleic acid GC Global Clone ICU Intensive care unit Đơn vị chăm sóc đặc biệt KTC Khoảng tin cậy KTPV Khoảng tứ phân vị LPS Lipolysaccharide v MBL metallo-β-lactamase MDR Multiple drug resistant NDM-1 New Delhi metallo-β- Đa kháng thuốc lactamase NGS Next generation sequencing NKBV OECD Giải trình tự hệ Nhiễm khuẩn bệnh viện Organisation for Economic Tổ chức Hợp tác Phát triển Co-operation and Kinh tế Development OmpA Outer membrane protein A Protein màng A OMV Outer Membrane Vesicle Túi màng OR Odds ratio Tỉ số chênh OXA Oxacillinase PBP Penicillin-Binding Proteins Protein liên kết penicillin PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi polymerase PL Phospholipase SSI Surgical Site Infection ST Sequence types TPHCM VAP Nhiễm trùng vết mổ Thành phố Hồ Chí Minh Ventilator-associated Viêm phổi liên quan đến thở Pneumonia máy XDR Extensively drug-resistant Kháng thuốc rộng rãi WHO World Health Orgnization Tổ chức Y tế Thế giới vi DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Phân loại học A baumannii Bảng 1.2 Kháng sinh carbapenem phổ tác dụng 18 Bảng 1.3 Các β-lactamase chủng A baumannii 19 Bảng 2.1 Bảng đoạn mồi cho ba gen blaOXA-23, blaOXA-48, blaNDM-1 41 Bảng 3.1 Đặc điểm tuổi 51 Bảng 3.2 Phân bố đề kháng carbapenem biến thể blaOXA-51 57 Bảng 3.3 Mối quan hệ loại gen tính kháng carbapenem 57 Bảng 3.4 Đặc điểm tổ hợp gen 58 Bảng 3.5 Mối liên quan đặc điểm phân bố tổ hợp gen đề kháng carbapenem 58 Bảng 3.6 Đặc điểm số ngày nằm viện 59 Bảng 3.7 Đặc điểm sử dụng kháng sinh trước nhiễm A baumannii 61 Bảng 3.8 Đặc điểm sử dụng kháng sinh sau nhiễm A baumannii 62 Bảng 3.9 Đặc điểm phân bố gen theo khoa lâm sàng gửi mẫu 63 Bảng 3.10 Đặc điểm phân bố gen thời gian nằm viện 63 Bảng 3.11 Đặc điểm phân bố gen theo loại mẫu bệnh phẩm 64 Bảng 3.12 Đặc điểm phân bố gen theo bệnh lý nhiễm trùng 64 Bảng 3.13 Đặc điểm phân bố gen tình trạng viện 65 Bảng 3.14 Mối liên quan phân bố tổ hợp gen kháng thuốc với thời gian nằm viện 65 Bảng 3.15 Mối liên quan phân bố tổ hợp gen kháng thuốc với loại mẫu bệnh phẩm 66 Bảng 3.16 Mối liên quan phân bố tổ hợp gen kháng thuốc với loại can thiệp y tế 66 vii Bảng 3.17 Mối liên quan phân bố tổ hợp gen kháng thuốc với loại nhiễm trùng A baumannii 67 Bảng 3.18 Mối liên quan phân bố tổ hợp gen kháng thuốc với khoa lâm sàng gửi mẫu 67 Bảng 3.19 Mối liên quan phân bố tổ hợp gen kháng thuốc với phân bố gen kháng thuốc với tình trạng viện 68 Bảng 3.20 Mối liên quan số yếu tố đến tình trạng viện 68 Bảng 3.21 Hồi quy đơn biến đa biến yếu tố dự đốn liên quan đến tình trạng viện xấu bệnh nhân nhiễm A baumanii 71 Bảng 4.1 So sánh tình hình kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii số nghiên cứu nước 75 Bảng 4.2 So sánh tỉ lệ phân bố gen kháng thuốc 79 viii DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Tỉ lệ NKBV nước có thu nhập cao năm 1995-2010 Hình 1.2 (a) Kính hiển vi điện tử qt tế bào A baumannii gắn bề mặt tế bào biểu mơ phế nang A549 người (b) Kính hiển vi điện tử quét tế bào A baumannii gắn bề mặt sợi nấm Candida albicans Hình 1.3 Sinh học A baumannii 11 Hình 1.4 Sự phân bố theo vùng địa lý tỷ lệ kháng thuốc kháng sinh trường hợp nhiễm A baumannii với imipenem (%) theo hai thời kỳ 16 Hình 1.5 Cấu trúc hóa học (a) imipenem, (b) meropenem, (c) biapenem, (d) ertapenem (e) doripenem 17 Hình 1.6 Phân bố theo địa lý chủng sản xuất NDM 22 Hình 1.7 Phân nhỏ DNA gắn index lên đoạn DNA 27 Hình 1.8 Bead bắt dính với DNA 28 Hình 1.9 Thôi rửa sản phẩm tinh 28 Hình 1.10 Khuếch đại bắc cầu thủy tinh 29 Hình 1.11 Cơ chế đọc nucleotide 30 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 91 Illumina Nextera XT DNA Library Prep Reference Guide Updated May 2019 Accessed March 1st, 2022 92 Ezra S DNA SEQUENCING: ILLUMINA WORKFLOW PART-2 (DNA TAGMENTATION, AMPLIFICATION, AND CLEANUP) Disease Profiling Project Updated 2018 Feb Accessed July 20, 2022 https://upcvmda-pl480.weebly.com/educational-articles/dna-sequencingillumina-workflow-part-2-dna-tagmentation-amplification-and-cleanup 93 Metzker ML Sequencing technologies — the next generation Nature Reviews Genetics 2010/01/01 2010;11(1):31-46 doi:10.1038/nrg2626 94 Freeman R, Moore LS, Charlett A, Donaldson H, Holmes AH Exploring the epidemiology of carbapenem-resistant Gram-negative bacteria in west London and the utility of routinely collected hospital microbiology data J Antimicrob Chemother Apr 2015;70(4):1212-1218 doi:10.1093/jac/dku500 95 Hu F, Guo Y, Yang Y, et al Resistance reported from China antimicrobial surveillance network (CHINET) in 2018 Eur J Clin Microbiol Infect Dis Dec 2019;38(12):2275-2281 doi:10.1007/s10096-019-03673-1 96 Al-Agamy MH, Jeannot K, El-Mahdy TS, et al First Detection of GES-5 Carbapenemase-Producing Acinetobacter baumannii Isolate Microb Drug Resist Jul 2017;23(5):556-562 doi:10.1089/mdr.2016.0152 97 Mathlouthi N, El Salabi AA, Ben Jomàa-Jemili M, et al Early detection of metallo-β-lactamase NDM-1- and OXA-23 carbapenemase-producing Acinetobacter baumannii in Libyan hospitals Int J Antimicrob Agents Jul 2016;48(1):46-50 doi:10.1016/j.ijantimicag.2016.03.007 98 Joshi PR, Acharya M, Kakshapati T, Leungtongkam U, Thummeepak R, Sitthisak S Co-existence of blaOXA-23 and blaNDM-1 genes of Acinetobacter baumannii isolated from Nepal: antimicrobial resistance Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh and clinical significance Antimicrobial Resistance & Infection Control 2017/02/07 2017;6(1):21 doi:10.1186/s13756-017-0180-5 99 Ning Nz, Liu X, Bao CM, et al Molecular epidemiology of blaOXA-23producing carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii in a single institution over a 65-month period in north China BMC Infect Dis 2017/01/05 2017;17(1):14 doi:10.1186/s12879-016-2110-1 100 Han L, Lei J, Xu J, Han S blaOXA-23-like and blaTEM rather than blaOXA-51-like contributed to a high level of carbapenem resistance in Acinetobacter baumannii strains from a teaching hospital in Xi’an, China Medicine 2017;96(48) 101 Moosavian M, Sirous M, Shams N Phenotypic and Genotypic Detection of Extended Spectrum β-lactamase and Carbapenemases Production Including bla TEM, bla PER and bla NDM-1 Genes Among Acinetobacter baumannii Clinical Isolates Research Article Jundishapur J Microbiol 2017;10(12):e58206 doi:10.5812/jjm.58206 102 Chen Y, Yang Y, Liu L, et al High prevalence and clonal dissemination of OXA-72-producing Acinetobacter baumannii in a Chinese hospital: a cross sectional study BMC Infect Dis 2018/09/29 2018;18(1):491 doi:10.1186/s12879-018-3359-3 103 Oliveira EA, Paula GR, Mondino PJJ, Chagas TPG, Mondino SSB, Mendonca-Souza CRV High rate of detection of OXA-23-producing Acinetobacter from two general hospitals in Brazil Rev Soc Bras Med Trop Sep 2019;52:e20190243 doi:10.1590/0037-8682-0243-2019 104 Wareth G, Linde J, Nguyen NH, et al WGS-Based Analysis of Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii in Vietnam and Molecular Characterization of Antimicrobial Determinants and MLST in Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Southeast Asia Antibiotics (Basel) 2021;10(5):563 doi:10.3390/antibiotics10050563 105 Tada T, Miyoshi-Akiyama T, Shimada K, et al Dissemination of clonal complex Acinetobacter baumannii strains co-producing carbapenemases and 16S rRNA methylase ArmA in Vietnam BMC Infect Dis 2015;15:433 doi:10.1186/s12879-015-1171-x 106 Nguyễn Ánh Tuyết, Trần Cát Đông, Đặng Công Hân, et al Khảo sát tỉ lệ phân lập đề kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii Bệnh viện Nhân dân Gia Định năm 2018-2018 Tạp chí Y học TPHCM 2019;23(6):138-143 107 Alrahmany D, Omar AF, Alreesi A, Harb G, Ghazi IM Acinetobacter baumannii Infection-Related Mortality in Hospitalized Patients: Risk Factors and Potential Targets for Clinical and Antimicrobial Stewardship Interventions Antibiotics 2022;11(8):1086 doi:10.3390/antibiotics11081086 108 Gu H, Liu D, Zeng X, et al Aging exacerbates mortality of Acinetobacter baumannii pneumonia and reduces the efficacies of antibiotics and vaccine Aging (Albany NY) 2018;10(7):1597-1608 doi:10.18632/aging.101495 109 Al-Mathkhury H Imipenem-Resistant Acinetobacter baumannii isolated from patients and hospitals environment in Baghdad Iraqi Journal of Science 01/01 2013;54:803-812 110 Magiorakos AP, Srinivasan A, Carey RB, et al Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an international expert proposal for interim standard definitions for acquired resistance Clinical Microbiology and Infection doi:10.1111/j.1469-0691.2011.03570.x Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 2012;18(3):268-281 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 111 Tarafdar F, Jafari B, Azimi T Evaluating the antimicrobial resistance patterns and molecular frequency of bla (oxa-48) and bla (GES-2) genes in Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii strains isolated from burn wound infection in Tehran, Iran New Microbes New Infect 2020;37:100686 doi:10.1016/j.nmni.2020.100686 112 Lê Tiến Dũng, Võ Thị Kim Tuyến Đề kháng in vitro vi khuẩn gây viêm phổi bệnh viện Bệnh viện Đại học Y Dược TPHCM năm 2015 Tạp chí Y học TPHCM 2016;20(2):192-197 113 Trần Thị Mộng Lành, Hoàng Tiến Mỹ Khảo sát đề kháng kháng sinh vi khuẩn gây viêm phổi bệnh nhân thở máy Bệnh viện Đa khoa Kiên Giang Tạp chí Y học TPHCM 2019;23(1):75-81 114 Hồng Thị Minh Hịa, Nguyễn Thị Xun, Nguyễn Huy Hồng, Nguyễn Thị Đoan Trinh, Lê Nguyễn Nguyên Hạ Nghiên cứu tính kháng kháng sinh chủng trực khuẩn gram âm gây bệnh thường gặp phân lập Bệnh viện Đa khoa vùng Tây Nguyên Tạp chí y học cộng đồng 2020;2 (55):136-142 115 Nguyen M, Joshi SG Carbapenem resistance in Acinetobacter baumannii, and their importance in hospital-acquired infections: a scientific review Journal of Applied Microbiology 2021/12/01 2021;131(6):2715-2738 doi:10.1111/jam.15130 116 Trần Văn Ngọc, Phạm Thị Ngọc Thảo, Trần Thị Thanh Nga Khảo sát đặc điểm kháng thuốc Pseudomonas Aeruginosa & Acinetobacter baumannii gây viêm phổi bệnh viện Thời y học 03/2017 2016;20(1):85-90 117 Nasiri MJ, Zamani S, Fardsanei F, et al Prevalence and Mechanisms of Carbapenem Resistance in Acinetobacter baumannii: A Comprehensive Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Systematic Review of Cross-Sectional Studies from Iran Microbial Drug Resistance 2020/03/01 2019;26(3):270-283 doi:10.1089/mdr.2018.0435 118 Đặng Văn Ninh, Trần Văn Ngọc, Phạm Hùng Vân Đề kháng carbapenem Pseudomonas Aeruginosa & Acinetobacter baumannii gây viêm phổi bệnh viện viêm phổi thở máy khoa Hồi sức tích cực Bệnh viện Nguyễn Tri Phương Tạp chí Y học TPHCM 2016;20(1):85-90 119 Lê Thị Ánh Phúc Nhi, Nguyễn Thanh Bảo Tình hình kháng kháng sinh Acinetobacter baumannii phân lập Bệnh viện Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh Tạp chí Y học TPHCM 2017;21(2):137-141 120 Lv Q, Deng Y, Zhu X, Ruan J, Chen L Effectiveness of Cefoperazonesulbactam alone and Combined with Tigecycline in the Treatment of Multi-drug Resistant Acinetobacter Baumannii Pulmonary Infection J Coll Physicians Surg Pak Mar 2020;30(3):332-334 doi:10.29271/jcpsp.2020.03.332 121 Hou C, Yang F Drug-resistant gene of blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-51 and blaOXA-58 in Acinetobacter baumannii Int J Clin Exp Med 2015;8(8):13859-13863 122 Rafei R, Pailhoriès H, Hamze M, et al Molecular epidemiology of Acinetobacter baumannii in different hospitals in Tripoli, Lebanon using blaOXA-51-like sequence based typing BMC Microbiology 2015/05/16 2015;15(1):103 doi:10.1186/s12866-015-0441-5 123 Figueiredo S, Poirel L, Papa A, Koulourida V, Nordmann P Overexpression of the naturally occurring blaOXA-51 gene in Acinetobacter baumannii mediated by novel insertion sequence ISAba9 Antimicrobial agents and doi:10.1128/AAC.00292-09 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn chemotherapy 2009;53(9):4045-4047 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 124 Turton JF, Ward ME, Woodford N, et al The role of ISAba1 in expression of OXA carbapenemase genes in Acinetobacter baumannii FEMS Microbiology Letters 2006;258(1):72-77 doi:10.1111/j.1574- 6968.2006.00195.x 125 Zander E, Nemec A, Seifert H, Higgins PG Association between βlactamase-encoding bla(OXA-51) variants and DiversiLab rep-PCRbased typing of Acinetobacter baumannii isolates J Clin Microbiol Jun 2012;50(6):1900-4 doi:10.1128/jcm.06462-11 126 Boral B, Unaldi Ö, Ergin A, Durmaz R, Eser ÖK A prospective multicenter study on the evaluation of antimicrobial resistance and molecular epidemiology of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii infections in intensive care units with clinical and environmental features Annals of clinical microbiology and antimicrobials 2019;18(1):19 doi:10.1186/s12941-019-0319-8 127 Hua X, Shu J, Ruan Z, Yu Y, Feng Y Multiplication of blaOXA-23 is common in clinical Acinetobacter baumannii, but does not enhance carbapenem resistance Journal of Antimicrobial Chemotherapy 2016;71(12):3381-3385 doi:10.1093/jac/dkw310 128 Poirel L, Héritier C, Tolün V, Nordmann P Emergence of oxacillinasemediated resistance to imipenem in Klebsiella pneumoniae Antimicrob Agents Chemother Jan 2004;48(1):15-22 doi:10.1128/aac.48.1.1522.2004 129 Poirel L, Bonnin Rémy A, Nordmann P Genetic Features of the Widespread Plasmid Coding for the Carbapenemase OXA-48 Antimicrobial Agents and Chemotherapy 2012/01/01 2012;56(1):559562 doi:10.1128/AAC.05289-11 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 130 Romanin P, Palermo RL, Cavalini JF, et al Multidrug- and Extensively Drug-Resistant Acinetobacter baumannii in a Tertiary Hospital from Brazil: The Importance of Carbapenemase Encoding Genes and Epidemic Clonal Complexes in a 10-Year Study Microbial Drug Resistance 2019/11/01 2019;25(9):1365-1373 doi:10.1089/mdr.2019.0002 131 Hirvonen VHA, Spencer J, van der Kamp MW Antimicrobial Resistance Conferred by OXA-48 β-Lactamases: Towards a Detailed Mechanistic Understanding Antimicrobial agents and chemotherapy 2021;65(6):e00184-21 doi:10.1128/AAC.00184-21 132 Khuntayaporn P, Kanathum P, Houngsaitong J, Montakantikul P, Thirapanmethee K, Chomnawang M Predominance of international clone multidrug-resistant Acinetobacter baumannii clinical isolates in Thailand: a nationwide study Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials 03/20 2021;20 doi:10.1186/s12941-021-00424-z 133 Leungtongkam U, Thummeepak R, Wongprachan S, et al Dissemination of blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-58, and blaNDM-1 Genes of Acinetobacter baumannii Isolates from Four Tertiary Hospitals in Thailand Microbial Drug Resistance 2018/01/01 2017;24(1):55-62 doi:10.1089/mdr.2016.0248 134 Wu W, He Y, Lu J, Lu Y, Wu J, Liu Y Transition of blaOXA-58-like to blaOXA-23-like in Acinetobacter baumannii Clinical Isolates in Southern China: An 8-Year Study PLOS ONE 2015;10(9):e0137174 doi:10.1371/journal.pone.0137174 135 Nguyen AT, Pham SC, Ly AK, Nguyen CVV, Vu TT, Ha TM Overexpression of blaOXA-58 Gene Driven by ISAba3 Is Associated with Imipenem Resistance in a Clinical Acinetobacter baumannii Isolate Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh from Vietnam BioMed Research International 2020/08/03 2020;2020:7213429 doi:10.1155/2020/7213429 136 Yehouenou C, Bogaerts B, Vanneste Kevin, et al First detection of a plasmid-encoded New-Delhi metallo-beta-lactamase-1 (NDM-1) producing Acinetobacter baumannii using whole genome sequencing, isolated in a clinical setting in Benin Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials 2021/01/06 2021;20(1):5 doi:10.1186/s12941-02000411-w 137 Dương Hữu Phước, Trương Thiên Phú, Lê Văn Chương, Ngô Quốc Đạt, Huỳnh Minh Tuấn Hiệu in vitro phối hợp colistin với minocycline colistin với doxycycline vi khuẩn Acinetobacter baumannii đa kháng Tạp chí Y học Việt Nam 2021;508(1):343-346 138 Thirapanmethee K, Srisiri-a-nun T, Houngsaitong J, Montakantikul P, Khuntayaporn P, Chomnawang MT Prevalence of OXA-Type βLactamase Genes among Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii Clinical Isolates in Thailand Antibiotics 2020;9(12) doi:10.3390/antibiotics9120864 139 Xu L, Deng S, Wen W, et al Molecular typing, and integron and associated gene cassette analyses in Acinetobacter baumannii strains isolated from clinical samples Experimental and Therapeutic Medicine 06/19 2020;20.doi:10.3892/etm.2020.8911 140 Vũ Đình Ân, Nguyễn Đức Trọng, Nguyễn Thị Thu Phương, Phạm Thị Ngọc Thảo, Hồ Hồng Kim, Lê Minh Khơi Tình hình viêm phổi liên quan thở máy khoa Hồi sức tích cực Bệnh viện Quân y 175 Tạp chí Y học TPHCM 2018;22(2):51-57 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 141 Trần Thanh Bình, Trần Hiếu, Trần Thị Thanh Thúy Viêm phổi liên quan đến thở máy khoa Hồi sức tích cực chống độc Bệnh viện Nguyễn Tri Phương Tạp chí Y học TPHCM 2020;24(5):127-132 142 Park JM, Yang KS, Chung YS, et al Clinical Outcomes and Safety of Meropenem-Colistin versus Meropenem-Tigecycline in Patients with Carbapenem-Resistant Acinetobacter baumannii Pneumonia Antibiotics (Basel) Jul 23 2021;10(8)doi:10.3390/antibiotics10080903 143 Sheng WH, Liao CH, Lauderdale TL, et al A multicenter study of risk factors and outcome of hospitalized patients with infections due to carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii International Journal of Infectious Diseases 2010;14(9):e764-e769 doi:10.1016/j.ijid.2010.02.22 54 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 1: PHIẾU KHẢO SÁT THƠNG TIN Tên bệnh nhân (viết tắt tên): Mã số bệnh nhân: Hồ sơ bệnh án: _ _ _ _ _ _ / _ THÔNG TIN BỆNH NHÂN - Giới tính: £ Nam £ Nữ - Tuổi: _ - Nơi cư trú: £ TPHCM £ Tỉnh khác (ghi rõ: _) Các thủ thuật xâm lấm trước nhiễm Acinetobacter baumanii (AB) Đắt ống thông tĩnh mạch trung tâm £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Cắt dày qua da £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Thở máy £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Đặt ống thơng tiểu £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Phẫu thuật £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Mở khí quản £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Thay thận £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Đặt ống lưu dẫn lồng ngực £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Phẫu thuật ống lưu dẫn £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Truyền dinh dưỡng £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Các thủ thuật khác £ Có £ Khơng (nếu có, ghi rõ số ngày: _) Bệnh nhiễm trùng Thời gian lưu lại bệnh viện trước nhiễm AB _ngày (ghi rõ ngày) Sử dụng kháng sinh trước Sử dụng kháng sinh sau Kháng sinh phát AB phát AB Cephalosporins hệ Carbapenems Glycopeptides Fluoroquinolones Colistin Oxazolidinones (linezolid) Aminoglycosides Macrolide Penicillins/ ức chế betalactamase Khác (ghi rõ) Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tình trạng viện Tình trạng: £ Cịn sống £ Tử vong £ Không đổi £ Nặng thêm £ Giảm £ Khỏi Tổng thời gian nằm viện: _ _ _ ngày (ghi rõ ngày) THÔNG SỐ CẬN LÂM SÀNG KHI NHIỄM TRÙNG AB Mẫu bệnh phẩm: £ Máu £ CSF £ Đàm/dịch hút phế quản £ Nước tiểu £ Phân £ Mẫu khác, _ Mã số mẫu: _ _ _ _ _ _ _ _ _ Khoa lâm sàng nơi vi khuẩn phân lập: Kháng sinh đồ Các kiểu hình nhạy cảm với số loại kháng sinh Imipenem £S £I £R Meropenem £S £I £R Amikacin £S £I £R Gentamicin £S £I £R Ampicillin/sulbactam £S £I £R Cefoperazone/sulbactam £S £I £R Piperacillin/tazobactam £S £I £R Cefotaxime £S £I £R Ceftriaxone £S £I £R Ceftazidime £S £I £R Levofloxacin £S £I £R Trimethoprim/Sulfamethoxazole £S £I £R Colistin £S £I £R KẾT QUẢ PCR OXA-23: £ Có £ Khơng OXA-48: £ Có £ Khơng NDM1: £ Có £ Khơng Giải trình tự OXA-51: £ Có £ Khơng Biến thể OXA-58: £ Có £ Khơng Biến thể Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn