Phân lập và xác định sơ bộ một số chủng nấmgây bệnh trên cây ớt cay tại bình dương

TRƯỜNG ĐẠI HỌC THỦ DẦU MỘT KHOA KHOA HỌC TỰ NHIÊN BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC CỦA SINH VIÊN THAM GIA CUỘC THI SINH VIÊN NGHIÊN CỨU KHOA HỌC NĂM HỌC 2013-2014 PHÂN LẬP VÀ XÁC ĐỊNH SƠ BỘ MỘT SỐ CHỦNG NẤM GÂY BỆNH TRÊN CÂY ỚT CAY TẠI BÌNH DƯƠNG TRƯỜNG ĐẠI HỌC THỦ DẦU MỘT KHOA KHOA HỌC TỰ NHIÊN BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC CỦA SINH VIÊN THAM GIA CUỘC THI SINH VIÊN NGHIÊN CỨU KHOA HỌC NĂM HỌC 2013-2014 PHÂN LẬP VÀ XÁC ĐỊNH SƠ BỘ MỘT SỐ CHỦNG NẤM GÂY BỆNH TRÊN CÂY ỚT CAY TẠI BÌNH DƯƠNG Sinh viên thực hiện: Phan Trọng Nhân Nam, Nữ: Lớp, khoa: Khoa Học Tự Nhiên Năm thứ: 2/Số năm đào tạo: Ngành học: Sư phạm Sinh học Dân tộc: Nam Kinh Người hướng dẫn: Thạc sĩ Trần Ngọc Hùng UBND TỈNH BÌNH DƯƠNG TRƯỜNG ĐẠI HỌC THỦ DẦU MỘT CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI Thông tin chung: - Tên đề tài: Phân lập xác định sơ chủng nấm gây bệnh ớt cay Bình Dương - Sinh viên thực hiện: Phan Trọng Nhân - Lớp: C12SH01 Khoa: Khoa Học Tự Nhiên Năm thứ: Số năm đào tạo: - Người hướng dẫn: Thạc sĩ Trần Ngọc Hùng Mục tiêu đề tài: - Phân lập xác định số chủng nấm gây bệnh ớt - Giúp sinh viên tiếp cận số phương pháp nghiên cứu liên quan tới nấm bệnh hại trồng, góp phần nắm vững kiến thức mơn học liên quan Tính sáng tạo: Phân lập chủng Colletotrichum Fusarium gây bệnh cho ớt khu vực Bình Dương Sử dụng phương pháp giải trình tự rRNA 28S để xác định loài Kết nghiên cứu: Phân lập chủng Colletotrichum sp gây bệnh trái ớt xanh trái ớt chín Colletotrichum C1, Colletotrichum C2, Colletotrichum C3, Colletotrichum C4, Colletotrichum C5 Trong đó, kết giải trình cho thấy chủng nấm Colletotrichum C1, Colletotrichum C3 thuộc loài Colletotrichum truncatum, chủng Colletotrichum C4 thuộc loài Colletotrichum acutatum Từ mẫu bệnh, phân lập xác định chủng Fusarium sp gây thối gốc ký hiệu Fusarium F2, Fusarium F5 Đóng góp mặt kinh tế - xã hội, giáo dục đào tạo, an ninh, quốc phòng khả áp dụng đề tài: Bước đầu xác định loại nấm gây bệnh thán thư thối gốc ớt địa phương Từ đó, nghiên cứu đặc điểm phát triển, khả gây bệnh loại nấm đề biện pháp sinh học kiểm soát nấm bệnh Hướng tới mục tiêu canh tác hữu bền vững ớt nói riêng hoa màu nói chung Cơng bố khoa học sinh viên từ kết nghiên cứu đề tài (ghi rõ họ tên tác giả, nhan đề yếu tố xuất có) nhận xét, đánh giá sở áp dụng kết nghiên cứu (nếu có): Ngày tháng năm Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài (ký, họ tên) Nhận xét người hướng dẫn đóng góp khoa học sinh viên thực đề tài (phần người hướng dẫn ghi): Xác nhận lãnh đạo Khoa (ký, họ tên) Ngày tháng năm Người hướng dẫn (ký, họ tên) UBND TỈNH BÌNH DƯƠNG TRƯỜNG ĐẠI HỌC THỦ DẦU MỘT CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc THÔNG TIN VỀ SINH VIÊN CHỊU TRÁCH NHIỆM CHÍNH THỰC HIỆN ĐỀ TÀI I SƠ LƯỢC VỀ SINH VIÊN: Họ tên: Phan Trọng Nhân Sinh ngày: 10 Nơi sinh: Bình Dương Ảnh 4x6 tháng 05 năm 1990 Lớp: C12SH01 Khóa: 2012 - 2015 Khoa: Khoa Học Tự Nhiên Địa liên hệ: Lớp C12SH01 – Khoa Khoa Học Tự Nhiên – ĐH Thủ Dầu Một Điện thoại: 0903.967.981 Email: trongnhanvet@hotmail.com II QUÁ TRÌNH HỌC TẬP (kê khai thành tích sinh viên từ năm thứ đến năm học): * Năm thứ 1: Ngành học: Sư phạm Sinh học Khoa: Khoa Học Tự Nhiên Kết xếp loại học tập: Khá Sơ lược thành tích: * Năm thứ 2: Ngành học: Sư phạm Sinh Học Khoa: Khoa Học Tự Nhiên Kết xếp loại học tập: Khá Sơ lược thành tích: Xác nhận lãnh đạo khoa (ký, họ tên) Ngày tháng năm Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài (ký, họ tên) TRƯỜNG ĐẠI HỌC THỦ DẦU MỘT CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM KHOA KHOA HỌC TỰ NHIÊN Độc lập - Tự - Hạnh phúc Bình Dương, ngày 11 tháng 04 năm 2014 Kính gửi: Ban tổ chức Giải thưởng “Tài khoa học trẻ Đại học Thủ Dầu Một” Tên (chúng tôi) là: Phan Trọng Nhân Sinh ngày 10 tháng 05 năm 1990 Sinh viên năm thứ: /Tổng số năm đào tạo: Lớp, khoa : C12SH01 KHOA : ……… KHOA HỌC TỰ NHIÊN Ngành học: .SƯ PHẠM SINH HỌC Thông tin cá nhân sinh viên chịu trách nhiệm chính: Địa liên hệ: Lớp C12SH01 – Khoa Khoa Học Tự Nhiên – ĐH TDM Số điện thoại (cố định, di động): 0903.967.981 Địa email: trongnhanvet@hotmail.com Tơi (chúng tơi) làm đơn kính đề nghị Ban tổ chức cho (chúng tôi) gửi đề tài nghiên cứu khoa học để tham gia xét Giải thưởng “Tài khoa học trẻ Đại học Thủ Dầu Một” năm 2014 Tên đề tài: Phân lập xác định sơ số chủng nấm gây bệnh ớt cay Bình Dương Tơi (chúng tơi) xin cam đoan đề tài (chúng tôi) thực hướng dẫn Thạc sĩ Trần Ngọc Hùng ; đề tài chưa trao giải thưởng khác thời điểm nộp hồ sơ luận văn, đồ án tốt nghiệp Nếu sai, (chúng tôi) xin chịu trách nhiệm trước khoa Nhà trường Xác nhận lãnh đạo Khoa (ký, họ tên) Người làm đơn (Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài ký ghi rõ họ tên) DANH SÁCH NHỮNG THÀNH VIÊN THAM GIA NGHIÊN CỨU ĐỀ TÀI ST T Họ tên Ngô Thị Lành Nguyễn Thị Minh Thanh Hoàng Thị Xuân MSSV Lớp Khoa 1210940049 1210940090 1210940113 C12SH01 C12SH01 C12SH01 KHTN KHTN KHTN MỤC LỤC Trang DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT iv DANH MỤC BẢNG BIỂU v DANH MỤC HÌNH vi MỞ ĐẦU 1 Tổng quan tình hình nghiên cứu thuộc lĩnh vực đề tài 1.1 Những nghiên cứu nấm Colletotrichum sp gây bệnh thán thư ớt 1.2 Những nghiên cứu nấm Fusarium sp gây bệnh thối gốc ớt 2 Lý lựa chọn đề tài Mục tiêu đề tài Phương pháp nghiên cứu i 4.1 Phương pháp phân lập nấm bệnh[3] 4.2 Phương pháp lây bệnh nhân tạo[3] 4.3 Phương pháp xác định loài nấm bệnh Đối tượng phạm vi nghiên cứu 5.1 Đối tượng nghiên cứu 5.2 Phạm vi nghiên cứu 6 Bố cục đề tài CHƯƠNG CƠ SỞ LÝ THUYẾT 1.1 Giới thiệu ớt 1.1.1 Nguồn gốc ớt[3] 1.1.2 Vị trí phân loại[4] ii 1.1.3 Đặc điểm thực vật học ớt 1.1.4 Giá trị dược liệu ớt 1.1.5 Giá trị dinh dưỡng ớt 1.1.6 Những yếu tố ảnh hưởng đến sinh trưởng phát triển [1] 1.1.6.1 Nhiệt độ 1.1.6.2 Ánh sáng 1.1.6.3 Độ ẩm 10 1.1.6.4 Đất dinh dưỡng 10 1.2 Đặc điểm số loài nấm gây bệnh ớt cay 10 1.2.1 Nấm Colletotrichum 10 1.2.1.1 Đặc điểm hình thái nấm Colletotrichum sp.[13] 10 1.2.1.2 Đặc điểm gây hại trồng[21] iii PHỤ LỤC Các mẫu ớt bị bệnh thán thư dùng để phân lập Colletotrichum B A C Hình Các mẫu nấm bệnh thán thư dùng để phân lập Colletotrichum sp A) Bệnh thán thư ớt thiên chín B) Bệnh thán thư ớt sừng trâu chín C) Bệnh thán thư ớt thiên xanh Các mẫu ớt bị bệnh thối gốc dùng để phân lập Fusarium Hình Các mẫu nấm bệnh thối gốc dùng để phân lập chủng Fusarium sp Gây bệnh thán thư nhân tạo trái ớt phát triển Hình Gây bệnh thán thư nhân tạo trái ớt phát triển B A C Hình Kết gây bệnh nhân tạo chủng Colletotrichum C1 trái ớt phát triển (A, B) Trái ớt gây bệnh nhân tạo; (C) Trái đối chứng A B Hình Kết gây bệnh nhân tạo chủng Colletotrichum C2 trái ớt phát triển (A) Trái ớt gây bệnh nhân tạo; (B) Trái đối chứng A B Hình Kết gây bệnh nhân tạo chủng Colletotrichum C3 trái ớt phát triển (A) Trái ớt gây bệnh nhân tạo; (B) Trái đối chứng A B C Hình Kết gây bệnh nhân tạo chủng Colletotrichum C4 trái ớt phát triển (A, B) Trái ớt gây bệnh nhân tạo; (C) Trái đối chứng A B C Hình Kết gây bệnh nhân tạo chủng Colletotrichum C5 trái ớt phát triển (A, B) Trái ớt gây bệnh nhân tạo; (C) Trái đối chứng Kết giải trình tự rRNA 28S chủng Colletotrichum (Trang sau) PHÒNG XÉT NGHIỆM NK- BIOTEK 793/58 TRẦN XUÂN SỌAN, P TÂN HƯNG, Q.7, TP HCM ÑT:  (08) 37715818, (08) 37752252 Fax: (08) 37750583, ( 08) 37752250 Theo định hướng ISO 15189 Email: phhvan.nkbiotek@gmail.com, Số: 135/2014/DVVS namkhoa.biotek@gmail.com KẾT QUẢ THÍ NGHIỆM GP số: 41G8005341 THƠNG TIN VỀ MẪU THỬ Nơi gởi mẫu: ĐẠI HỌC THỦ DẦU MỘT – TRẦN NGỌC HÙNG Mẫu thử: Mẫu nấm C3 Yêu cầu: Định danh phương pháp giải trình tự gen 28S PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN  Giải trình tự gen 28S rRNA tra cứu BLAST SEARCH Kết SAB Kết giải trình tự gen 28S TTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGGC CCAGAGAGGTGGGCAACTACCACTCAGGGCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAGA GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTCTCCGTTGGTGAACCAGCGGAGGGATCATTACTGAGT TACCGCTCATCAACCCTTTGTGAACATACCTTAACTGTTGCTTCGGCGGGTAGGCGTCCCCT AAAAAGGACGTCTCCCGGCCCTCTCCCGTCCGCGGGTGGGGCGCCCGCCGGAGGATAAC CAAACTCTGATTTAACGACGTTTCTTCTGAGTGACACAAGCAAATAATCAAAACTTTTAACA ACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAAT TGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGCATTCTGGCG GGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCTCTGCTTGGTGTTGGGGCTCTACGG TTGACGTAGGCCCTTAAAGGTAGTGGCGGACCCTCTCGGAGCCTCCTTTGCGTAGTAACAT TTCGTCTCGCATTGGGATTCGGAGGGACTCTAGCCGTAAAACCCCCAATTTTACTAAGGTT GACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG AAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAAT CTGGCCCTAGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTTTGGCGCGGTGCCTTCCGAGT TCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTACGGTTGGACACCAAGTCTTTG TAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTG Kết tra cứu BLAST SEARCH Colletotrichum truncatum 18S rRNA gene, 5.8S rRNA gene, 28S rRNA gene (partial), internal  transcribed spacer 1 (ITS1) and internal transcribed spacer 2 (ITS2), strain BBA 70710 Sequence ID: emb|AJ301944.1|Length: 2874Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 1584 to 2522GenBankGraphicsNext MatchPrevious Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 1729 bits(936) 0.0 938/939(99%) 0/939(0%) Plus/Plus Query TTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGG 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1584 TTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGG 1643 Query 61 CCCAGAGAGGTGGGCAACTACCACTCAGGGCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAG 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1644 CCCAGAGAGGTGGGCAACTACCACTCAGGGCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAG 1703 Query 121 AGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTCTCCGTTGGTGAACCAGCGGAGGGATCATTACTGAG 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1704 AGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTCTCCGTTGGTGAACCAGCGGAGGGATCATTACTGAG 1763 Query 181 TTACCGCTCATCAACCCTTTGTGAACATACCTTAACTGTTGCTTCGGCGGGTAGGCGTCC 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1764 TTACCGCTCATCAACCCTTTGTGAACATACCTTAACTGTTGCTTCGGCGGGTAGGCGTCC 1823 Query 241 CCTAAAAAGGACGTCTCCCGGCCCTCTCCCGTCCGCGGGTGGGGCGCCCGCCGGAGGATA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1824 CCTAAAAAGGACGTCTCCCGGCCCTCTCCCGTCCGCGGGTGGGGCGCCCGCCGGAGGATA 1883 Query 301 ACCAAACTCTGATTTAACGACGTTTCTTCTGAGTGACACAAGCAAATAATCAAAACTTTT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1884 ACCAAACTCTGATTTAACGACGTTTCTTCTGAGTGACACAAGCAAATAATCAAAACTTTT 1943 Query 361 AACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATG 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1944 AACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATG 2003 Query 421 TGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGCATT 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2004 TGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGCATT 2063 Query 481 CTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCTCTGCTTGGTGTTGGGGC 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2064 CTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCTCTGCTTGGTGTTGGGGC 2123 Query 541 TCTACGGTTGACGTAGGCCCTTAAAGGTAGTGGCGGACCCTCTCGGAGCCTCCTTTGCGT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2124 TCTACGGTTGACGTAGGCCCTTAAAGGTAGTGGCGGACCCTCTCGGAGCCTCCTTTGCGT 2183 Query 601 AGTAACATTTCGTCTCGCATTGGGATTCGGAGGGACTCTAGCCGTAAAACCCCCAATTTT 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2184 AGTAACATTTCGTCTCGCATTGGGATTCGGAGGGACTCTAGCCGTAAAACCCCCAATTTT 2243 Query 661 ACTAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2244 ACTAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCG 2303 Query 721 GAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAA 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2304 GAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAA 2363 Query 781 ATTTGAAATCTGGCCCTAGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTTTGGCGCGGTGC 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2364 ATTTGAAATCTGGCCCTAGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTTTGGCGCGGTGC 2423 Query 841 CTTCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTACGGTTGGACACC 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2424 CTTCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTACGGTTGGACACC Query 901 AAGTCTTTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTG 939 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2484 AAGTCTTTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTG KẾT LUẬN 2522 Colletotrichum truncatum TP Hồ Chí Minh, ngày 21 tháng 03 năm 2014 TRƯỞNG PHỊNG TS.BS.Phạm Hùng Vân 2483 PHÒNG XÉT NGHIỆM NK- BIOTEK 793/58 TRẦN XUÂN SỌAN, P TÂN HƯNG, Q.7, TP HCM ĐT:  (08) 37715818, (08) 37752252 Fax: (08) 37750583, ( 08) 37752250 Theo định hướng ISO 15189 Email: phhvan.nkbiotek@gmail.com, Số: 136/2014/DVVS namkhoa.biotek@gmail.com KẾT QUẢ THÍ NGHIỆM GP số: 41G8005341 THƠNG TIN VỀ MẪU THỬ Nơi gởi mẫu: ĐẠI HỌC THỦ DẦU MỘT – TRẦN NGỌC HÙNG Mẫu thử: Mẫu nấm C1 Yêu cầu: Định danh phương pháp giải trình tự gen 28S PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN  Giải trình tự gen 28S rRNA tra cứu BLAST SEARCH Kết SAB Kết giải trình tự gen 28S TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGGCC CAGAGAGGTGGGCAACTACCACTCAGGGCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAGAG GAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTCTCCGTTGGTGAACCAGCGGAGGGATCATTACTGAGTTA CCGCTCATCAACCCTTTGTGAACATACCTTAACTGTTGCTTCGGCGGGTAGGCGTCCCCTA AAAAGGACGTCTCCCGGCCCTCTCCCGTCCGCGGGTGGGGCGCCCGCCGGAGGATAACC AAACTCTGATTTAACGACGTTTCTTCTGAGTGACACAAGCAAATAATCAAAACTTTTAACAA CGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATT GCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGCATTCTGGCGG GCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCTCTGCTTGGTGTTGGGGCTCTACGGT TGACGTAGGCCCTTAAAGGTAGTGGCGGACCCTCTCGGAGCCTCCTTTGCGTAGTAACATT TCGTCTCGCATTGGGATTCGGAGGGACTCTAGCCGTAAAACCCCCAATTTTACTAAGGTTG ACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGA AACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATC TGGCCCTAGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTTTGGCGCGGTGCCTTCCGAGTT CCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTACGGTTGGACACCAAGTCTTTGT AAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGC Kết tra cứu BLAST SEARCH Colletotrichum truncatum 18S rRNA gene, 5.8S rRNA gene, 28S rRNA gene (partial), internal  transcribed spacer 1 (ITS1) and internal transcribed spacer 2 (ITS2), strain BBA 70710 Sequence ID: emb|AJ301944.1|Length: 2874Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 1585 to 2529GenBankGraphicsNext MatchPrevious Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 1740 bits(942) 0.0 944/945(99%) 0/945(0%) Plus/Plus Query TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGGC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1585 TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGGC 1644 Query 61 CCAGAGAGGTGGGCAACTACCACTCAGGGCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAGA 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1645 CCAGAGAGGTGGGCAACTACCACTCAGGGCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAGA 1704 Query 121 GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTCTCCGTTGGTGAACCAGCGGAGGGATCATTACTGAGT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1705 GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTCTCCGTTGGTGAACCAGCGGAGGGATCATTACTGAGT 1764 Query 181 TACCGCTCATCAACCCTTTGTGAACATACCTTAACTGTTGCTTCGGCGGGTAGGCGTCCC 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1765 TACCGCTCATCAACCCTTTGTGAACATACCTTAACTGTTGCTTCGGCGGGTAGGCGTCCC 1824 Query 241 CTAAAAAGGACGTCTCCCGGCCCTCTCCCGTCCGCGGGTGGGGCGCCCGCCGGAGGATAA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1825 CTAAAAAGGACGTCTCCCGGCCCTCTCCCGTCCGCGGGTGGGGCGCCCGCCGGAGGATAA 1884 Query 301 CCAAACTCTGATTTAACGACGTTTCTTCTGAGTGACACAAGCAAATAATCAAAACTTTTA 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1885 CCAAACTCTGATTTAACGACGTTTCTTCTGAGTGACACAAGCAAATAATCAAAACTTTTA 1944 Query 361 ACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1945 ACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGT 2004 Query 421 GAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGCATTC 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2005 GAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGCATTC 2064 Query 481 TGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCTCTGCTTGGTGTTGGGGCT 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2065 TGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCTCTGCTTGGTGTTGGGGCT 2124 Query 541 CTACGGTTGACGTAGGCCCTTAAAGGTAGTGGCGGACCCTCTCGGAGCCTCCTTTGCGTA 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2125 CTACGGTTGACGTAGGCCCTTAAAGGTAGTGGCGGACCCTCTCGGAGCCTCCTTTGCGTA 2184 Query 601 GTAACATTTCGTCTCGCATTGGGATTCGGAGGGACTCTAGCCGTAAAACCCCCAATTTTA 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2185 GTAACATTTCGTCTCGCATTGGGATTCGGAGGGACTCTAGCCGTAAAACCCCCAATTTTA 2244 Query 661 CTAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2245 CTAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGG 2304 Query 721 AGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAA 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2305 AGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAA 2364 Query 781 TTTGAAATCTGGCCCTAGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTTTGGCGCGGTGCC 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2365 TTTGAAATCTGGCCCTAGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTTTGGCGCGGTGCC 2424 Query 841 TTCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTACGGTTGGACACCA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2425 TTCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTACGGTTGGACACCA Query 901 AGTCTTTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGC 945 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2485 AGTCTTTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGC KẾT LUẬN 2529 Colletotrichum truncatum TP Hồ Chí Minh, ngày 21 tháng 03 năm 2014 TRƯỞNG PHÒNG TS.BS.Phạm Hùng Vân 2484 PHÒNG XÉT NGHIỆM NK- BIOTEK 793/58 TRẦN XUÂN SỌAN, P TÂN HƯNG, Q.7, TP HCM ĐT:  (08) 37715818, (08) 37752252 Fax: (08) 37750583, ( 08) 37752250 Theo định hướng ISO 15189 Email: phhvan.nkbiotek@gmail.com, Số: 138/2014/DVVS namkhoa.biotek@gmail.com KẾT QUẢ THÍ NGHIỆM GP số: 41G8005341 THƠNG TIN VỀ MẪU THỬ Nơi gởi mẫu: ĐẠI HỌC THỦ DẦU MỘT – TRẦN NGỌC HÙNG Mẫu thử: Mẫu nấm C4 Yêu cầu: Định danh phương pháp giải trình tự gen 28S PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN  Giải trình tự gen 28S rRNA tra cứu BLAST SEARCH Kết SAB Kết giải trình tự gen 28S TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGGCC CAGAGAGGCGGGCAACCGCCACTCAGGGCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAGAG GAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTCTCCGTTGGTGAACCAGCGGAGGGATCATTACTGAGTTA CCGCTCTATAACCCTTTGTGAACATACCTAACCGTTGCTTCGGCGGGCAGGGGAAGCCTCT CGCGGGCCTCCCCTCCCGGCGCCGGCCCCCACCACGGGGACGGGGCGCCCGCCGGAG GAAACCAAACTCTATTTACACGACGTCTCTTCTGAGTGGCACAAGCAAATAATTAAAACTTT TAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATG TGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCTCGCCAGCATTCT GGCGAGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCACCGCTTGGTTTTGGGGCCC CACGGCACACGTGGGCCCTTAAAGGTAGTGGCGGACCCTCCCGGAGCCTCCTTTGCGTAG TAACTAACGTCTCGCACTGGGATCCGGAGGGACTCTTGCCGTAAAACCCCCAAATTTTTTA CAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGG AAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATT TGAAATCTGGCCCCAGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTTTGGCGCGGTGCCTT CCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTACGGTTGGACACCAA GCCTTTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGC Kết tra cứu BLAST SEARCH Colletotrichum acutatum 18S rRNA gene (partial), 5.8S rRNA gene, 28S rRNA gene (partial),  internal transcribed spacer 1 (ITS1) and internal transcribed spacer 2 (ITS2), strain BBA  71292 Sequence ID: emb|AJ301964.1|Length: 1493Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 200 to 1148GenBankGraphicsNext MatchPrevious Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 1742 bits(943) 0.0 947/949(99%) 0/949(0%) Plus/Plus Query TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGGC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 200 TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCTTTCGGACTGGC 259 Query 61 CCAGAGAGGCGGGCAACCGCCACTCAGGGCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAGA 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 260 CCAGAGAGGCGGGCAACCGCCACTCAGGGCCGGAAAGTTATCCAAACTCGGTCATTTAGA 319 Query 121 GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTCTCCGTTGGTGAACCAGCGGAGGGATCATTACTGAGT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 320 GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTCTCCGTTGGTGAACCAGCGGAGGGATCATTACTGAGT 379 Query 181 TACCGCTCTATAACCCTTTGTGAACATACCTAACCGTTGCTTCGGCGGGCAGGGGAAGCC 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 380 TACCGCTCTATAACCCTTTGTGAACATACCTAACCGTTGCTTCGGCGGGCAGGGGAAGCC 439 Query 241 TCTCGCGGGCCTCCCCTCCCGGCGCCGGCCCCCACCACGGGGACGGGGCGCCCGCCGGAG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 440 TCTCGCGGGCCTCCCCTCCCGGCGCCGGCCCCCACCACGGGGACGGGGCGCCCGCCGGAG 499 Query 301 GAAACCAAACTCTATTTACACGACGTCTCTTCTGAGTGGCACAAGCAAATAATTAAAACT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 500 GAAACCAAACTCTATTTACACGACGTCTCTTCTGAGTGGCACAAGCAAATAATTAAAACT 559 Query 361 TTTAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTA 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 560 TTTAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTA 619 Query 421 ATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCTCGCCAGC 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 620 ATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCTCGCCAGC 679 Query 481 ATTCTGGCGAGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCACCGCTTGGTTTTGG 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 680 ATTCTGGCGAGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCACCGCTTGGTTTTGG 739 Query 541 GGCCCCACGGCACACGTGGGCCCTTAAAGGTAGTGGCGGACCCTCCCGGAGCCTCCTTTG 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 740 GGCCCCACGGCACACGTGGGCCCTTAAAGGTAGTGGCGGACCCTCCCGGAGCCTCCTTTG 799 Query 601 CGTAGTAACTAACGTCTCGCACTGGGATCCGGAGGGACTCTTGCCGTAAAACCCCCAAAT 660 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 800 CGTAGTAACTAACGTCTCGCACTGGGATTCGGAGGGACTCTTGCCGTAAAACCCCCAAAT 859 Query 661 TTTTTACAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAA 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 860 TTTTTACAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAA 919 Query 721 GCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCT 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 920 GCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCT 979 Query 781 CAAATTTGAAATCTGGCCCCAGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTTTGGCGCGG 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 980 CAAATTTGAAATCTGGCCCCAGGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGCTTTTGGCGCGG 1039 Query 841 TGCCTTCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTACGGTTGGAC 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1040 TGCCTTCCGAGTTCCCTGGAACGGGACGCCATAGAGGGTGAGAGCCCCGTACGGTTGGAC Query 901 ACCAAGCCTTTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGC 949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1100 ACCAAGCCTTTGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGC KẾT LUẬN 1148 Colletotrichum acutatum TP Hồ Chí Minh, ngày 21 tháng 03 năm 2014 TRƯỞNG PHỊNG TS.BS.Phạm Hùng Vân 1099