Ứng dụng kỹ thuật quét hình ảnh tiêu bản vào ngoại kiểm xét nghiệm ký sinh trùng đường ruột

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH NGUYỄN TIẾN VIỄN ỨNG DỤNG KỸ THUẬT QUÉT HÌNH ẢNH TIÊU BẢN VÀO NGOẠI KIỂM XÉT NGHIỆM KÝ SINH TRÙNG ĐƯỜNG RUỘT LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – NĂM 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC TP HỒ CHÍ MINH NGUYỄN TIẾN VIỄN ỨNG DỤNG KỸ THUẬT QUÉT HÌNH ẢNH TIÊU BẢN VÀO NGOẠI KIỂM XÉT NGHIỆM KÝ SINH TRÙNG ĐƯỜNG RUỘT Ngành: Kỹ thuật xét nghiệm y học Mã số: 8720601 Luận văn Thạc sĩ kỹ thuật xét nghiệm y học NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS NGÔ QUỐC ĐẠT PGS.TS LÊ THÀNH ĐỒNG THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – NĂM 2020 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu luận văn hoàn toàn trung thực tuân theo yêu cầu đề cương nghiên cứu Nghiên cứu chưa cơng bố cơng trình khác Tác giả luận văn NGUYỄN TIẾN VIỄN MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i DANH MỤC CÁC BẢNG vi DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ vii DANH MỤC CÁC HÌNH viii ĐẶT VẤN ĐỀ MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU .4 1.1 Tình hình nhiễm giun sán thế giới Việt Nam 1.2 Kỹ thuật xét nghiệm phân trực tiếp 1.3 Cơng nghệ qt hình ảnh tiêu kính hiển vi 1.4 Ngoại kiểm tra chất lượng xét nghiệm 10 1.5 Tiêu chuẩn mẫu ngoại kiểm 17 1.6 Tình hình ngoại kiểm thế giới Việt Nam 20 CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 24 2.1 Phương pháp nghiên cứu 24 2.2 Đối tượng nghiên cứu 24 2.3 Địa điểm nghiên cứu 24 2.4 Thời gian nghiên cứu 24 2.5 Dân số nghiên cứu 24 2.6 Cỡ mẫu nghiên cứu 24 2.7 Phương pháp chọn mẫu 24 2.8 Tiêu chí chọn mẫu 25 2.9 Thu thập số liệu 25 2.10 Vật liệu nghiên cứu 25 2.11 Đánh giá mật độ KST ĐR phân giả định 26 2.12 Đánh giá độ ổn định mẫu tiêu sản xuất thử nghiệm 26 2.13 Quy trình sản xuất mẫu tiêu ký sinh trùng đường ruột cho kỹ thuật quét tiêu 27 2.14 Phương pháp thực quét tạo tiêu kỹ thuật số dùng mẫu ngoại kiểm 32 2.15 Xây dựng quy trình ngoại kiểm ký sinh trùng ruột tiêu kỹ thuật số34 2.16 Thiết kế đợt thử nghiệm đánh giá 34 2.17 Vấn đề y đức tính ứng dụng 38 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ 40 3.1 Đánh giá chất lượng mẫu tiêu lame kính 40 3.1.1 Đánh giá chất lượng mẫu tiêu sau sản xuất 40 3.1.2 Đánh giá độ ởn định dài hạn hình thái ký sinh trùng 42 3.1.3 Độ ổn định điều kiện vận chuyển 43 3.2 Kết phản hồi mẫu thử nghiệm từ đơn vị 43 3.2.1 Kết phản hồi mẫu thử nghiệm đợt (tiêu lame kính) 44 3.2.2 Kết phản hồi mẫu thử nghiệm đợt (tiêu kỹ thuật số) 46 3.3 So sánh kết sử dụng tiêu lame kính tiêu kỹ thuật số 50 3.3.1 Thời gian từ lúc gửi mẫu đến nhận mẫu thực mẫu 50 3.3.2 So sánh kết đọc tiêu lame kính tiêu kỹ thuật số 51 3.4 Thiết kế đánh giá quy trình ngoại kiểm ký sinh trùng đường ruột tiêu kỹ thuật số 52 3.4.1 Sử dụng website xây dựng chương trình ngoại kiểm xét nghiệm KST đường ruột 52 3.4.2 Đánh giá quy trình ngoại kiểm xét nghiệm ký sinh trùng đường ruột tiêu kỹ thuật số 52 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 58 4.1 Đánh giá chất lượng mẫu tiêu lame kính sản xuất 59 4.1.1 Đánh giá chất lượng mẫu tiêu sau sản xuất 59 4.1.2 Đánh giá độ ổn định dài hạn hình thái ký sinh trùng 60 4.1.3 Độ ổn định điều kiện vận chuyển 61 4.2 Kết phản hồi mẫu thử nghiệm từ đơn vị 62 4.2.1 Kết phản hồi mẫu thử nghiệm đợt (tiêu lame kính) 62 4.2.2 Kết phản hồi mẫu thử nghiệm đợt (tiêu kỹ thuật số) 63 4.3 So sánh kết sử dụng tiêu lame kính tiêu kỹ thuật số 64 4.3.1 Thời gian từ lúc gửi mẫu đến nhận mẫu thực mẫu 64 4.3.2 So sánh kết đọc tiêu lame kính tiêu kỹ thuật số 64 4.4 Thiết kế đánh giá quy trình ngoại kiểm ký sinh trùng đường ruột tiêu kỹ thuật số 66 4.4.1 Sử dụng website xây dựng chương trình ngoại kiểm xét nghiệm KST đường ruột 66 4.4.2 Đánh giá quy trình ngoại kiểm xét nghiệm ký sinh trùng đường ruột tiêu kỹ thuật số 67 KẾT LUẬN 72 KIẾN NGHỊ 73 TÀI LIỆU THAM KHẢO 74 DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Viết tắt Tiếng Anh Tiếng Việt BYT Bộ Y Tế ĐR Đường ruột EQA External Quality Assessment Ngoại kiểm tra chất lượng IQC Internal Quality Control Nội kiểm tra chất lượng ISO Internationnal Standard Organization Tổ chức tiêu chuẩn hóa quốc tế KST Ký sinh trùng NEQAS National External Quality Assessment Scheme Chương trình ngoại kiểm Quốc gia PT Proficiency Testing Thử nghiệm thành thạo QA Quality Assurance Đảm bảo chất lượng QC Quality Control Kiểm soát chất lượng QM Quality Management Quản lý chất lượng QMS Quality Management System Hệ thống quản lý chất lượng Tiêu chuẩn Việt Nam TCVN DANH MỤC CÁC THUẬT NGỮ Tiếng Anh Tiếng Việt Department of Clinical Parasitology Phòng ký sinh trùng lâm sàng Digital Slide Tiêu kỹ thuật số Digital Slide Scanning Quét tiêu kỹ thuật số National Proficiency Testing Scheme Chương trình Thử nghiệm Thành thạo Quốc gia On-site evaluation Đánh giá chỗ Rechecking/Retesting Kiểm tra lại/ phân tích lại DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Các thiết bị dụng cụ dùng trình sản xuất 25 Bảng 2.2 Các loại hoá chất sinh phẩm sử dụng sản xuất 26 Bảng 2.3 Bộ mẫu ngoại khiểm đợt 36 Bảng 2.4 Bộ mẫu ngoại khiểm đợt 37 Bảng 3.1 Theo dõi ổn định tiêu trứng/ấu trùng giun sán theo thời gian 41 Bảng 3.2 Kết đánh giá tính độ ổn định điều kiện vận chuyển 43 Bảng 3.3 Tỷ lệ xác đơn vị thực mẫu thử nghiệm đợt 45 Bảng 3.4 Tỷ lệ xác đơn vị thực mẫu thử nghiệm đợt 48 Bảng 3.5 Kết kiểm định Fisher’s exact Stata 52 Bảng 4.1 So sánh với kết tác giả Nguyễn Hồ Phương Liên Cs .60 Bảng 4.2 So sánh với kết nghiên cứu Alassiri A cộng 65 Bảng 4.3 So sánh phương pháp triển khai chương trình ngoại kiểm 66 DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ Biểu đồ 3.1 Độ ởn định hình dạng trứng/ấu trùng giun sán theo thời gian ở 25-28oC 42 Biểu đồ 3.2 Thời gian từ lúc gửi mẫu đến lúc nhận mẫu hoàn thành trả kết đợt 44 Biểu đồ 3.3 Tỷ lệ xác đơn vị thực thử nghiệm đợt 1…… 45 Biểu đồ 3.4 Tỷ lệ tìm thấy trứng/ấu trùng giun sán đơn vị tham gia đợt 46 Biểu đồ 3.5 Thời gian từ lúc gửi mẫu đến lúc nhận mẫu hoàn thành trả kết đợt 47 Biểu đồ 3.6 Tỷ lệ xác đơn vị thực mẫu thử nghiệm đợt 48 Biểu đồ 3.7 Tỷ lệ tìm thấy trứng/ấu trùng giun sán đơn vị tham gia đợt 49 Biểu đồ 3.8 So sánh thời gian gửi mẫu đợt đợt 50 Biểu đồ 3.9 So sánh thời gian từ lúc gửi mẫu đến lúc hoàn thành trả kết quả… 51 Biểu đồ 3.10 Phân loại thiết bị sử dụng 53 Biểu đồ 3.11 Đánh giá giao diện website 53 Biểu đồ 3.12 Đánh giá độ ởn định q trình thu phóng 54 Biểu đồ 3.13 Đánh giá chất lượng hình ảnh tiêu kỹ thuật số 54 Biểu đồ 3.14 Đánh giá đơn vị độ tiện lợi phương pháp .55 Biểu đồ 3.15 Đánh giá đơn vị thời gian thực phương pháp 55 Biểu đồ 3.16 Thời gian phù hợp để đọc tiêu kỹ thuật số 56 Biểu đồ 3.17 Mức độ ủng hộ ứng dụng tiêu kỹ thuật số vào ngoại kiểm 56 Biểu đồ 3.18 Khả tham gia chương trình ngoại kiểm đơn vị 57 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Mơ tả kỹ thuật qt hình ảnh tiêu Hình 1.2 Minh họa giao diện xem tiêu quét website kst-qccump.com Hình 1.3 Kính hiển vi Nikon E200 camera Nikon DS-Fi3 dùng nghiên cứu Hình 1.4 Sơ đồ khối đơn giản hệ thống kính hiển vi sử dụng để quét tiêu Hình 2.1 Quy trình xử lý mẫu phân 28 Hình 2.2 Quy trình xử lý mẫu phân (tt) 29 Hình 2.3 Mơ tả quy trình tạo tiêu quét 30 Hình 2.4 Các tiêu đạt yêu cầu dán tem 31 Hình 2.5 Bảo quản tiêu hộp chứa 31 Hình 2.6 Sơ đồ mơ tả phương pháp qt chụp hình ảnh tiêu kính hiển vi 32 Hình 2.7 Giao diện phần mềm điều khiển quét tiêu NIS-Elements D 34 Hình 2.8 Bộ mẫu tiêu thử nghiệm đợt (bộ tiêu lame kính) 37 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 36 Rakha E A, Bennett R L, Coleman D, Pinder S E, et al, (2017), "Review of the national external quality assessment (EQA) scheme for breast pathology in the UK", Journal of clinical pathology, 70 (1), pp 51-57 37 Sergi C M Digital Pathology: The Time Is Now to Bridge the Gap between Medicine and Technological SingularityInteractive Multimedia-Multimedia Production and Digital Storytelling IntechOpen 38 Snell J, (1994), "Problems in susceptibility testings—findings of UK NEQAS for microbiology", Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 33 (1), pp 1-4 39 UK NEQAS, Bacteriology and Mycology Specific Scoring, UK NEQAS for Microbiology 40 Wayne, (2011), Clinical and laboratory standard institute (CLSI), Quality Management System: A model for laboratory serrvice 41 WHO, "Overview of External Quality Assessment", Content Sheet, Module 10 pp 1-11 42 Yang F, Deng Z-S, Fan Q-H, (2013), "A method for fast automated microscope image stitching", Micron, 48 pp 17-25 43 Huy V Q, Trung T T, Tuan H M, Thanh V C, et al, (2018), "Development and Testing of Trial Samples for Specific Serodiagnosis of Fasciola gigantica via External Quality Assessment", Journal of Bacteriology & Parasitology, 10(1) pp 1-4 44 Aeffner F, Adissu H A, Boyle M C, Cardiff R D, et al, (2018), "Digital microscopy, image analysis, and virtual slide repository", ILAR journal, 59 (1), pp 66-79 45 Berge Kristensen G B, Meijer P, (2017), "Interpretation of EQA results and EQA-based trouble shooting", Biochemia medica: Biochemia medica, 27 (1), pp 49-62 46 Boeras D I, Peeling R W, Onyebujoh P, Yahaya A A, et al, (2016), "The WHO AFRO external quality assessment programme (EQAP): Linking laboratory Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh networks through EQA programmes", African journal of laboratory medicine, (2), pp 1-6 47 Ghaznavi F, Evans A, Madabhushi A, Feldman M, (2013), "Digital imaging in pathology: whole-slide imaging and beyond", Annual Review of Pathology: Mechanisms of Disease, pp 331-359 48 GP26 C, (2004), "A3 Application of a Quality Management System Model for Laboratory Services", Approved Guideline–, 49 Harnden P, Coleman D, Moss S, Kodikara S, et al, (2011), "Evaluation of the use of digital images for a national prostate core external quality assurance scheme", Histopathology, 59 (4), pp 703-709 50 Lamberty A, Emons H, (2010), "The third edition of ISO Guide 34: what were the drivers for the revision and what is new?", Accreditation and quality assurance, 15 (11), pp 647-652 51 Rojo M G, García G B, Mateos C P, García J G, et al, (2006), "Critical comparison of 31 commercially available digital slide systems in pathology", International journal of surgical pathology, 14 (4), pp 285-305 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn