Khảo sát một số gen kháng kháng sinh của vi khuẩn đường ruột kháng carbapenem bằng kỹ thuật polymerase chain reaction đa mồi

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - PHẠM THÁI BÌNH KHẢO SÁT MỘT SỐ GEN KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT KHÁNG CARBAPENEM BẰNG KỸ THUẬT POLYMERASE CHAIN REACTION ĐA MỒI LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - PHẠM THÁI BÌNH KHẢO SÁT MỘT SỐ GEN KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT KHÁNG CARBAPENEM BẰNG KỸ THUẬT POLYMERASE CHAIN REACTION ĐA MỒI Ngành: Kỹ thuật Xét nghiệm Y học Mã số: 8720601 LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: TS.BS HUỲNH MINH TUẤN TS LÊ VĂN CHƯƠNG THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – 2020 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu riêng tơi Tất sở liệu, tài liệu tham khảo đề tài hoàn toàn trung thực tuân theo yêu cầu đề tài nghiên cứu Luận văn chưa công bố cơng trình nghiên cứu khác Tác giả luận văn Phạm Thái Bình i MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i MỤC LỤC ii DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT v DANH MỤC CÁC HÌNH vi DANH MỤC CÁC BẢNG vii DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ ix ĐẶT VẤN ĐỀ CÂU HỎI NGHIÊN CỨU MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 ĐẠI CƯƠNG VỀ ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 1.1.1 Vi khuẩn đường ruột 1.1.2 Các loại vi khuẩn thường gặp 1.2 KHÁNG SINH 1.2.1 Định nghĩa 1.2.2 Cơ chế tác động kháng sinh 1.2.3 Cơ chế đề kháng kháng sinh 10 1.3 KHÁNG SINH CARBAPENEM VÀ ENZYM CARBAPENEMASE 12 1.3.1 Kháng sinh carbapenem 12 1.3.2 Enzym carbapenemase 14 1.4 KHÁNG SINH COLISTIN VÀ ENZYM MCR 18 1.4.1 Kháng sinh colistin 18 1.4.2 Enzym MCR (Mobilized colistin resistance determinant) 19 1.5 MỘT SỐ PHƯƠNG PHÁP PHÁT HIỆN GEN KHÁNG KHÁNG SINH 21 i 1.5.1 Thử nghiệm sàng lọc 21 1.5.2 Các thử nghiệm kiểu hình 21 1.5.3 Các thử nghiệm kiểu gen 22 1.6 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU VI KHUẨN ĐƯỜNG RUỘT KHÁNG CARBAPENEM 23 1.6.1 Tình hình nghiên giới 23 1.6.2 Tình hình nghiên cứu nước 24 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 25 2.1 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 25 2.1.1 Dân số mục tiêu 25 2.1.2 Tiêu chuẩn chọn mẫu 25 2.1.3 Tiêu chuẩn loại 25 2.1.4 Địa điểm thời gian nghiên cứu 25 2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 25 2.2.1 Thiết kế nghiên cứu 25 2.2.2 Cỡ mẫu 25 2.3 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP THỰC HIỆN 26 2.3.1 Thiết bị, máy móc 26 2.3.2 Vật tư tiêu hao, hóa chất 26 2.3.3 Phương pháp thực 28 2.4 SƠ ĐỒ TĨM TẮT CÁC CƠNG VIỆC TRONG NGHIÊN CỨU 33 2.5 PHƯƠNG PHÁP THU THẬP VÀ PHÂN TÍCH SỐ LIỆU 33 2.6 ĐẠO ĐỨC NGHIÊN CỨU 33 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ 34 3.1 ĐẶC ĐIỂM CỦA ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 34 3.1.1 Tỷ lệ vi khuẩn họ Enterobacteriaceae gây bệnh 34 3.1.2 Đặc điểm giới nhóm tuổi 34 3.1.3 Đặc điểm loại bệnh phẩm 35 3.1.4 Đặc điểm khoa 36 3.2 TỶ LỆ ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH 37 3.2.1 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh chung 37 3.2.2 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh vi khuẩn E coli 38 3.2.3 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh vi khuẩn K pneumoniae 39 3.2.4 Tỷ lệ đề kháng kháng sinh vi khuẩn Enterobacter spp 40 3.3 KẾT QUẢ THỬ NGHIỆM MULTIPLEX PCR VÀ PHÂN LỚP CARBAPENEMASE 41 3.3.1 Kết thử nghiệm multiplex PCR 41 3.3.2 Kết thử nghiệm multiplex PCR với loại vi khuẩn 42 3.3.3 Kết thử nghiệm multiplex PCR với kiểu gen 43 3.3.4 Phân lớp Carbapenemase 49 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 51 4.1 CÁC ĐẶC ĐIỂM CỦA ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 51 4.1.1 Tỷ lệ tác nhân gây bệnh 51 4.1.2 Đặc điểm giới nhóm tuổi 52 4.1.3 Đặc điểm loại bệnh phẩm 52 4.1.4 Đặc điểm khoa 53 4.2 TỶ LỆ ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ENTEROBACTERIACEAE KHÁNG CARBAPENEM 54 4.3 KẾT QUẢ THỬ NGHIỆM MULTIPLEX PCR VÀ PHÂN LỚP CARBAPENEMASE 55 KẾT LUẬN 60 KIẾN NGHỊ 62 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Viết tắt Diễn giải WHO World Health Organization ESBL Extended spectrum beta-lactamase NMC Not metalloenzyme carbapenemase IMI Imipenem-hydrolyzing beta-lactamase SME Serratia marcescens enzyme GES Guiana extended spectrum KPC Klebsiella pneumoniae carbapenemase GIM German imipenemase SPM Sao Paulo metallo beta-lactamase SIM Seoul imipenemase MBL Metallo beta-lactamase SBL Serin beta-lactamase NDM New Delhi metallo beta-lactamase IMP Imipenem resistant Pseudomonas VIM Verona integron-metallo beta-lactamase OXA Oxacillinase MCR Mobilized colistin resistance determinant DNA Deoxyribonucleic acid CDC Centers for Disease Control and Prevention DHP-1 Dihydropyrimidinase-1 SMART Student for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends ADR Adverse drug reaction (Phản ứng có hại thuốc) ATCC American type culture collection i DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Cơ chế tác động kháng sinh 10 Hình 1.2 Cơ chế đề kháng kháng sinh vi khuẩn 11 Hình 1.3 Cấu trúc hóa học thienamycin 12 Hình 1.4 Cấu trúc hóa học colistin 18 Hình 1.5 Phân bố gen kháng carbapenem colistin 19 Hình 2.1 Kết điện di sản phẩm multiplex PCR 32 i DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Kháng sinh carbapenem phổ tác dụng 13 Bảng 1.2 Phân lớp β-lactamases 14 Bảng 1.3 Tính chất carbapenemase 17 Bảng 1.4 Phân bố gen MCR họ vi khuẩn đường ruột 20 Bảng 2.1 Trình tự mồi dùng nghiên cứu 27 Bảng 2.2 Thành phần phản ứng multiplex PCR 29 Bảng 2.3 Chu kỳ nhiệt phản ứng PCR 30 Bảng 3.1 Tỷ lệ vi khuẩn họ Enterobacteriaceae gây bệnh 34 Bảng 3.2 Đặc điểm giới nhóm tuổi 34 Bảng 3.3 Đặc điểm loại bệnh phẩm 35 Bảng 3.4 Đặc điểm khoa 36 Bảng 3.5 Sự phân bố kiểu gen carbapenemase 41 Bảng 3.6 Số kiểu gen carbapenemase vi khuẩn E coli 42 Bảng 3.7 Số kiểu gen carbapenemase vi khuẩn K pneumoniae 42 Bảng 3.8 Số kiểu gen carbapenemase vi khuẩn Enterobacter spp 43 Bảng 3.9 Tỷ lệ vi khuẩn tiết KPC 43 Bảng 3.10 Tỷ lệ vi khuẩn tiết NDM 44 Bảng 3.11 Tỷ lệ vi khuẩn tiết OXA-48 44 Bảng 3.12 Tỷ lệ vi khuẩn tiết NDM KPC 45 Bảng 3.13 Tỷ lệ vi khuẩn tiết NDM OXA-48 45 Bảng 3.14 Tỷ lệ vi khuẩn tiết KPC OXA-48 46 Bảng 3.15 Tỷ lệ vi khuẩn tiết IMP NDM 47 Bảng 3.16 Tỷ lệ vi khuẩn tiết IMP KPC 47 Bảng 3.17 Tỷ lệ vi khuẩn tiết MCR-1,2 OXA-48 48 Bảng 3.18 Tỷ lệ vi khuẩn chưa xác định kiểu gen 48 ii Bảng 3.19 Phân lớp carbapenemase 49 Bảng 4.1 Tỷ lệ tác nhân gây bệnh 51 Bảng 4.2 So sánh tỷ lệ loại bệnh phẩm 53 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Nguyễn Thanh Bảo, (2010), Vi khuẩn học, Đại học Y Dược TP.HCM, tr 160-168 Nguyễn Thanh Bảo, Cao Minh Nga, (2011), "Chọn lựa kháng sinh ban đầu điều trị nhiễm khuẩn bệnh viện số bệnh viện TP.HCM", Y học TPHCM, Tập 16 (11), tr 206-214 Bộ Y Tế, (2015), Dược Thư Quốc Gia, NXB Y Học Trần Diệu Linh, (2017), "Nghiên cứu mức độ phân tử khả kháng carbapenem số vi khuẩn Gram âm phân lập từ bệnh nhân Bệnh viện Việt Đức Bệnh viện Quân đội 108", Tóm tắc luận án Tiến sĩ, Đại học quốc gia Hà Nội Đào Văn Phan, (2007), Dược lý học, Bộ Y tế, Nhà xuất Hà Nội Lê Văn Phủng, (2009), Vi khuẩn y học, Nhà xuất Giáo dục Việt Nam, tr 198-254 Tiếng Anh Aghapour Z., Gholizadeh P., Ganbarov K., Bialvaei A Z., et al, (2019), "Molecular mechanisms related to colistin resistance in Enterobacteriaceae", Infection and drug resistance, 12, pp 965 AlTamimi M., AlSalamah A., AlKhulaifi M., AlAjlan H., (2017), "Comparison of phenotypic and PCR methods for detection of carbapenemases production by Enterobacteriaceae", Saudi journal of biological sciences, 24 (1), pp 155-161 Balm M N., Ngan G., Jureen R., Lin R T., et al, (2013), "OXA-181producing Klebsiella pneumoniae establishing in Singapore", BMC infectious diseases, 13 (1), pp 58 10 Brennan B M., Coyle J R., Marchaim D., Pogue J M., et al, (2014), "Statewide surveillance of carbapenem-resistant enterobacteriaceae in Michigan", Infection Control & Hospital Epidemiology, 35 (4), pp 342-349 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 11 Bush K., Jacoby G A., (2010), "Updated functional classification of βlactamases", Antimicrobial agents and chemotherapy, 54 (3), pp 969976 12 Carroll K., Hobden J., Miller S., Morse S., et al, (2015), "Chapter 15: Enteric Gram-Negative Rods (Enterobacteriaceae) Jawetz", Melnick, & Adelberg’s Medical Microbiology 13 Carroll K C., (2013), Jawetz, Melnick, & Adelberg's medical microbiology, Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta 14 Centres for Disease Control and Prevention (CDC), (2013), Antibiotic resistance threats in the United States, US Department of Health and Human Services 15 Chuong L V., (2017), Molecular identification of broad spectrum betalactam resistant enterobacteriacea and neisseria gonorrhoeae, Mahidol University 16 Clinicalnd Laboratory Standards Institute (CLSI), (2019), Performance standards for antimicrobial susceptibility testing, Clinical and Laboratory Standards Institute Wayne 17 Díaz A., Ortiz D C., Trujillo M., Garcés C., et al, (2016), "Clinical characteristics of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae infections in ill and colonized children in Colombia", The Pediatric Infectious Disease Journal, 35 (3), pp 237-241 18 Doyle D., Peirano G., Lascols C., Lloyd T., et al, (2012), "Laboratory detection of Enterobacteriaceae that produce carbapenemases", Journal of clinical microbiology, 50 (12), pp 3877-3880 19 Duman Y., Kuzucu C., Tekerekoglu M S., Cakil B., et al, (2018), "Changing trends of carbapenem resistance of escherichia coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from intensive care units, inpatient services and outpatient’s clinics: A five years retrospective analysis", Med Science, (3), pp 532-535 20 Edwards S J., Emmas C E., Campbell H E., (2005), "Systematic review comparing meropenem with imipenem plus cilastatin in the treatment of severe infections", Current medical research and opinion, 21 (5), pp 785-794 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 21 Eichenberger E M., Thaden J T., (2019), "Epidemiology and mechanisms of resistance of extensively drug resistant Gram-negative bacteria", Antibiotics, (2), pp 37 22 Elshamy A A., Aboshanab K M., (2020), "A review on bacterial resistance to carbapenems: epidemiology, detection and treatment options", Future Science OA, (3), pp FSO438 23 Falagas M E., Kasiakou S K., Saravolatz L D., (2005), "Colistin: the revival of polymyxins for the management of multidrug-resistant gramnegative bacterial infections", Clinical infectious diseases, 40 (9), pp 1333-1341 24 Főldes A., Bilca D.-V., Székely E., (2018), "Phenotypic and molecular identification of carbapenemase-producing Enterobacteriaceaechallenges in diagnosis and treatment", Revista Romana de Medicina de Laborator, 26 (2), pp 221-230 25 Gao B., Li X., Yang F., Chen W., et al, (2019), "Molecular epidemiology and risk factors of ventilator-associated pneumonia infection caused by carbapenem-resistant enterobacteriaceae", Frontiers in Pharmacology, 10, pp 262 26 Gauthier L., Bonnin R A., Dortet L., Naas T., (2017), "Retrospective and prospective evaluation of the carbapenem inactivation method for the detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae", PloS one, 12 (2), pp e0170769 27 Ghotaslou R., Sadeghi M R., Akhi M T., Hasani A., et al, (2018), "Prevalence and antimicrobial susceptibility patterns of ESBL, ampC and carbapenemase-producing enterobactericeae isolated from hospitalized patients in Azerbaijan, Iran", Iranian journal of pharmaceutical research: IJPR, 17 (Suppl), pp 79 28 Guh A Y., Bulens S N., Mu Y., Jacob J T., et al, (2015), "Epidemiology of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in US communities, 2012-2013", Jama, 314 (14), pp 1479-1487 29 Hoang C Q., Nguyen H D., Vu H Q., Nguyen A T., et al, (2019), "Emergence of New Delhi metallo-beta-lactamase (NDM) and Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) production by Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Southern Vietnam and Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh appropriate methods of detection: a cross-sectional study", BioMed research international, 2019(1), pp 1-9 30 Hombach M., von Gunten B., Castelberg C., Bloemberg G V., (2015), "Evaluation of the Rapidec Carba NP test for detection of carbapenemases in Enterobacteriaceae", Journal of clinical microbiology, 53 (12), pp 3828-3833 31 Jean S.-S., Hsueh P.-R., Group S A.-P., (2016), "Distribution of ESBLs, AmpC β-lactamases and carbapenemases among Enterobacteriaceae isolates causing intra-abdominal and urinary tract infections in the Asia-Pacific region during 2008–14: results from the Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART)", Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 72 (1), pp 166-171 32 Jean S.-S., Lee W.-S., Lam C., Hsu C.-W., et al, (2015), "Carbapenemase-producing Gram-negative bacteria: current epidemics, antimicrobial susceptibility and treatment options", Future microbiology, 10 (3), pp 407-425 33 Kapoor G., Saigal S., Elongavan A., (2017), "Action and resistance mechanisms of antibiotics: A guide for clinicians", Journal of anaesthesiology, clinical pharmacology, 33 (3), pp 300 34 Katchanov J., Asar L., Klupp E.-M., Both A., et al, (2018), "Carbapenem-resistant Gram-negative pathogens in a German university medical center: Prevalence, clinical implications and the role of novel β-lactam/β-lactamase inhibitor combinations", PLoS One, 13 (4), pp e0195757 35 Kelly A M., Mathema B., Larson E L., (2017), "Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in the community: a scoping review", International journal of antimicrobial agents, 50 (2), pp 127-134 36 Khameneh B., Diab R., Ghazvini K., Bazzaz B S F., (2016), "Breakthroughs in bacterial resistance mechanisms and the potential ways to combat them", Microbial Pathogenesis, 95, pp 32-42 37 Khan A U., Maryam L., Zarrilli R., (2017), "Structure, genetics and worldwide spread of New Delhi metallo-β-lactamase (NDM): a threat to public health", BMC microbiology, 17 (1), pp 101 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 38 Kotra L P., Newton M G., Chu C K., (1998), "Synthesis of 2, 3dideoxy-2, 2-difluoro-L-glycero-pentofuranosyl nucleosides", Carbohydrate research, 306 (1-2), pp 69-80 39 Laolerd W., Akeda Y., Preeyanon L., Ratthawongjirakul P., et al, (2018), "Carbapenemase-producing carbapenem-resistant Enterobacteriaceae from Bangkok, Thailand, and their detection by the Carba NP and modified carbapenem inactivation method tests", Microbial Drug Resistance, 24 (7), pp 1006-1011 40 Lima T., Domingues S., Da Silva G J., (2019), "Plasmid-mediated colistin resistance in Salmonella enterica: a review", Microorganisms, (2), pp 55 41 Literacka E., Herda M., Baraniak A., Żabicka D., et al, (2017), "Evaluation of the Carba NP test for carbapenemase detection in Enterobacteriaceae, Pseudomonas spp and Acinetobacter spp., and its practical use in the routine work of a national reference laboratory for susceptibility testing", European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 36 (11), pp 2281-2287 42 Livermore D., (2008), "Defining an extended‐spectrum β‐lactamase", Clinical Microbiology and Infection, 14, pp 3-10 43 Logan L K., (2012), "Carbapenem-resistant enterobacteriaceae: an emerging problem in children", Clinical infectious diseases, 55 (6), pp 852-859 44 Lutgring J D., Limbago B M., (2016), "The problem of carbapenemaseproducing-carbapenem-resistant-Enterobacteriaceae detection", Journal of clinical microbiology, 54 (3), pp 529-534 45 Malchione M D., Torres L M., Hartley D M., Koch M., et al, (2019), "Carbapenem and colistin resistance in Enterobacteriaceae in Southeast Asia: review and mapping of emerging and overlapping challenges", International journal of antimicrobial agents, 54 (4), pp 381-399 46 Marimuthu K., Ng O T., Cherng B P Z., Fong R K C., et al, (2019), "Antecedent carbapenem exposure as a risk factor for noncarbapenemase-producing carbapenem-resistant Enterobacteriaceae and carbapenemase-producing Enterobacteriaceae", Antimicrobial agents and chemotherapy, 63 (10), pp e00845-00819 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 47 Miller B M., Johnson S W., (2016), "Demographic and infection characteristics of patients with carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in a community hospital: development of a bedside clinical score for risk assessment", American Journal of Infection Control, 44 (2), pp 134-137 48 Nicolau D P., (2008), "Carbapenems: a potent class of antibiotics", Expert opinion on pharmacotherapy, (1), pp 23-37 49 Oteo J., Ortega A., Bartolomé R., Bou G., et al, (2015), "Prospective multicenter study of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae from 83 hospitals in Spain reveals high in vitro susceptibility to colistin and meropenem", Antimicrobial agents and chemotherapy, 59 (6), pp 3406-3412 50 Papp-Wallace K M., Endimiani A., Taracila M A., Bonomo R A., (2011), "Carbapenems: past, present, and future", Antimicrobial agents and chemotherapy, 55 (11), pp 4943-4960 51 Pierce V M., Simner P J., Lonsway D R., Roe-Carpenter D E., et al, (2017), "Modified carbapenem inactivation method for phenotypic detection of carbapenemase production among Enterobacteriaceae", Journal of clinical microbiology, 55 (8), pp 2321-2333 52 Pitout J D., Laupland K B., (2008), "Extended-spectrum β-lactamaseproducing Enterobacteriaceae: an emerging public-health concern", (3), pp 159-166 53 Poirel L., Pitout J D., Nordmann P., (2007), "Carbapenemases: molecular diversity and clinical consequences" 54 Queenan A M., Bush K., (2007), "Carbapenemases: the versatile βlactamases", Clinical microbiology reviews, 20 (3), pp 440-458 55 Reck F., Bermingham A., Blais J., Capka V., et al, (2018), "Optimization of novel monobactams with activity against carbapenem-resistant Enterobacteriaceae–identification of LYS228", Bioorganic & medicinal chemistry letters, 28 (4), pp 748-755 56 Rhouma M., Beaudry F., Theriault W., Letellier A., (2016), "Colistin in pig production: chemistry, mechanism of antibacterial action, microbial resistance emergence, and one health perspectives", Frontiers in microbiology, 7, pp 1789 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 57 Salomão M., Guimarães T., Duailibi D., Perondi M., et al, (2017), "Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in patients admitted to the emergency department: prevalence, risk factors, and acquisition rate", Journal of Hospital Infection, 97 (3), pp 241-246 58 Sanchez G V., Master R N., Clark R B., Fyyaz M., et al, (2013), "Klebsiella pneumoniae antimicrobial drug resistance, United States, 1998–2010", Emerging infectious diseases, 19 (1), pp 133 59 Su C.-F., Chuang C., Lin Y.-T., Chan Y.-J., et al, (2018), "Treatment outcome of non-carbapenemase-producing carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae infections: a multicenter study in Taiwan", European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 37 (4), pp 651-659 60 Sun K., Xu X., Yan J., Zhang L., (2017), "Evaluation of six phenotypic methods for the detection of carbapenemases in Gram-negative bacteria with characterized resistance mechanisms", Annals of laboratory medicine, 37 (4), pp 305-312 61 Tada T., Tsuchiya M., Shimada K., Nga T T T., et al, (2017), "Dissemination of Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae clinical isolates with various combinations of Carbapenemases (KPC-2, NDM-1, NDM-4, and OXA-48) and 16S rRNA Methylases (RmtB and RmtC) in Vietnam", BMC infectious diseases, 17 (1), pp 467 62 Tang H.-J., Hsieh C.-F., Chang P.-C., Chen J.-J., et al, (2016), "Clinical significance of community-and healthcare-acquired carbapenemresistant Enterobacteriaceae isolates", PLoS One, 11 (3), pp e0151897 63 Teo J., Ngan G., Balm M., Jureen R., et al, (2012), "Molecular characterization of NDM-1 producing Enterobacteriaceae isolates in Singapore hospitals", Western Pacific surveillance and response journal: WPSAR, (1), pp 19 64 Tian X., Sun S., Jia X., Zou H., et al, (2018), "Epidemiology of and risk factors for infection with extended-spectrum β-lactamase-producing carbapenem-resistant Enterobacteriaceae: results of a double case– control study", Infection and drug resistance, 11, pp 1339 65 Tran H H., Ehsani S., Shibayama K., Matsui M., et al, (2015), "Common isolation of New Delhi metallo-beta-lactamase 1-producing Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Enterobacteriaceae in a large surgical hospital in Vietnam", European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 34 (6), pp 1247-1254 66 Tzouvelekis L., Markogiannakis A., Psichogiou M., Tassios P., et al, (2012), "Carbapenemases in Klebsiella pneumoniae and other Enterobacteriaceae: an evolving crisis of global dimensions", Clinical microbiology reviews, 25 (4), pp 682-707 67 Wang Q., Wang X., Wang J., Ouyang P., et al, (2018), "Phenotypic and genotypic characterization of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae: data from a longitudinal large-scale CRE study in China (2012–2016)", Clinical Infectious Diseases, 67 (suppl_2), pp 196-205 68 World Health Organization (WHO), (2017), "WHO publishes list of bacteria for which new antibiotics are urgently needed", Retrieved 20/28/2017 69 Zhanel G G., Wiebe R., Dilay L., Thomson K., et al, (2007), "Comparative review of the carbapenems", Drugs, 67 (7), pp 10271052 70 Zhang R., Liu L., Zhou H., Chan E W., et al, (2017), "Nationwide surveillance of clinical carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) strains in China", EBioMedicine, 19, pp 98-106 71 Zhang Y., Wang Q., Yin Y., Chen H., et al, (2018), "Epidemiology of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae infections: report from the China CRE Network", Antimicrobial agents and chemotherapy, 62 (2), pp e01882-17 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC KPC NDM VIM IMP OXA-48 MCR-1,2 Phụ lục 1: Danh sách kết multiplex PCR Klebsiella pneumoniae - + - - + - + - N19-0315279 Klebsiella pneumoniae - + - - + - N19-0253926 Klebsiella pneumoniae - + - - + - A12-0199730 Klebsiella pneumoniae - - - - + - B08-0070033 Klebsiella pneumoniae - - - - + - B05-0010319 Klebsiella pneumoniae - - - - + - N19-0338403 Klebsiella pneumoniae - - - - + - N16-0176141 E.coli + - - - + - 10 A05-0074185 Enterobacter cloacae + - - - - - 11 N17-0064648 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 12 N19-0352637 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 13 N15-0339953 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 14 N19-0328828 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 15 A06-0019421 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 16 A09-0128006 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 17 N19-0069347 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 18 N17-0429822 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 19 N19-0274182 E.coli - - - - + - 20 N19-0349694 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 21 N18-0000312 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 22 N19-0353096 E.coli + + - - - - TT Mã số Vi khuẩn A11-0263792 Klebsiella pneumoniae B17-0001679 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn TT Mã số Vi khuẩn KPC NDM VIM IMP OXA-48 MCR-1,2 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 23 B12-0007808 E.coli + - - - + - 24 N19-0354013 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 25 N19-0372705 E.coli + + - - - - 26 N19-0361051 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 27 A02-0080620 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 28 N18-0225439 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 29 B07-0047371 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 30 A06-0002661 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 31 N16-0050041 E.coli + - - - - - 32 N19-0378860 Klebsiella pneumoniae + - - - - - 33 N18-0102546 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 34 A05-0024477 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 35 N15-0268191 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 36 N19-0370998 E.coli - - - - + - 37 N19-0358347 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 38 N19-0113733 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 39 N19-0191093 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 40 N19-0381396 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 41 N19-0169548 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 42 A11-0116237 E.coli - - - - + - 43 N19-0383675 E.coli - - - - + - 44 N13-0166201 E.coli - - - - + - 45 N15-0282927 E.coli - + - - + - 46 N19-0386928 E.coli - + - - + - Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn TT Mã số Vi khuẩn KPC NDM VIM IMP OXA-48 MCR-1,2 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 47 N14-0176759 E.coli + - - + - - 48 N19-0205431 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 49 N19-0328899 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 50 N19-0387757 Enterobacter aerogenes - - - - + - 51 A06-0140981 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 52 A11-0153810 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 53 N16-0290654 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 54 A10-0023325 E.coli - + - - + - 55 B07-0042559 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 56 N19-0117338 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 57 N14-0121953 E.coli - + - - + - 58 A12-0256692 E.coli - + - - - - 59 N19-0336747 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 60 N15-0257178 E.coli + - - - - - 61 A02-0016906 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 62 N18-0119420 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 63 N18-0408555 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 64 A05-0067610 E.coli - + - - - - 65 A08-0051305 E.coli - - - - - - 66 N19-0403099 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 67 B13-0012895 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 68 N19-0397068 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 69 N19-0346504 E.coli + - - - - - 70 N18-0289813 Klebsiella pneumoniae - - - - + - Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn TT Mã số Vi khuẩn KPC NDM VIM IMP OXA-48 MCR-1,2 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 71 N19-0407547 E.coli - - - - + - 72 N19-0407593 E.coli - - - - + - 73 N19-0238325 E.coli + - - - - - 74 N19-0409935 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 75 N14-0044537 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 76 N18-0365111 E.coli - - - - + - 77 A10-0191431 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 78 N13-0146794 Enterobacter aerogenes + - - - + - 79 N19-0413384 Klebsiella pneumoniae + - - - + - 80 N19-0395484 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 81 N15-0099695 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 82 A11-0301235 E.coli - + - - - - 83 N16-0352240 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 84 A01-0082691 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 85 N19-0374762 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 86 N19-0026362 Klebsiella pneumoniae + - - - - - 87 N14-0275841 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 88 N13-0143481 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 89 N19-0167011 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 90 N19-0402885 Klebsiella pneumoniae + + - - - - 91 A08-0121905 Klebsiella pneumoniae + - - - + - 92 N18-0004402 E.coli + + - - - - 93 A07-0038645 E.coli - + - - - - 94 N19-0138431 E.coli - + - - + - Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn TT Mã số Vi khuẩn KPC NDM VIM IMP OXA-48 MCR-1,2 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 95 A08-0100873 E.coli - - - - + - 96 A11-0136563 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 97 B12-0027551 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 98 A07-0021307 Klebsiella pneumoniae + + - - - - 99 N19-0423093 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 100 N19-0422666 Klebsiella pneumoniae + + - - - - 101 N14-0126912 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 102 B12-0025196 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 103 N19-0090375 E.coli - - - - + - 104 N19-0347167 Enterobacter cloaceae - - - - + - 105 A03-0014292 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 106 N17-0268433 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 107 B05-0029104 Klebsiella pneumoniae - + - + - - 108 N17-0310466 Klebsiella pneumoniae + + - - - - 109 N13-0089049 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 110 N17-0182326 Klebsiella pneumoniae - + - + - - 111 N19-0402184 Klebsiella pneumoniae - + - + - - 112 N20-0001255 E.coli - + - - - - 113 N20-0007402 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 114 N19-0414457 E.coli - - - - + - 115 N19-0418977 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 116 A11-0061513 E.coli - + - - + - 117 N20-0009853 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 118 N15-0121461 Klebsiella pneumoniae + - - - + - Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn KPC NDM VIM IMP OXA-48 MCR-1,2 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 119 A11-0037727 E.coli - + - - - - 120 A10-0034829 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 121 N20-0002423 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 122 N17-0167801 Klebsiella pneumoniae + - - - + - 123 N20-0015637 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 124 N19-0414276 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 125 N20-0015735 Klebsiella pneumoniae + - - - + - 126 A05-0117856 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 127 N20-0015762 E.coli + - - - - - 128 A12-0262155 E.coli - + - - - - 129 N18-0445170 E.coli - - - - + - 130 N19-0149829 E.coli - - - - - - 131 N19-0414711 E.coli - + - - - - 132 N19-0325077 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 133 N19-0403926 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 134 N17-0312560 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 135 B06-0056723 Klebsiella pneumoniae + - - - + - 136 N19-0253339 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 137 N15-0043905 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 138 N19-0422896 Enterobacter aerogenes - - - - + - 139 N16-0247389 Klebsiella pneumoniae + + - - - - 140 N18-0031550 Klebsiella pneumoniae + + - - - - 141 N19-0231462 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 142 N19-0372816 Klebsiella pneumoniae - + - - - - TT Mã số Vi khuẩn Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn KPC NDM VIM IMP OXA-48 MCR-1,2 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 143 N20-0014323 E.coli - - - - + - 144 N20-0016443 E.coli - - - - + - 145 N20-0004913 E.coli - + - - + - 146 N20-0015935 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 147 A13-0034768 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 148 N20-0018817 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 149 N20-0017762 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 150 N19-0047121 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 151 N20-0020968 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 152 A06-0059644 Klebsiella pneumoniae - - - - + - 153 N19-0234975 Klebsiella pneumoniae - + - - - - 154 A05-0102831 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 155 N17-0245370 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 156 N20-0018847 E.coli - + - - - - 157 N19-0353720 Klebsiella pneumoniae - + - - + - 158 B07-0064292 Klebsiella pneumoniae + - - - + - TT Mã số Vi khuẩn Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn