Khảo sát tỷ lệ kháng carbapenem và sự phân bố gen tiết carbapenemase của pseudomonas aeruginosa bằng kỹ thuật real time pcr đa mồi

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NGUYỄN THỊ THANH MAI KHẢO SÁT TỶ LỆ KHÁNG CARBAPENEM VÀ SỰ PHÂN BỐ GEN TIẾT CARBAPENEMASE CỦA Pseudomonas aeruginosa BẰNG KỸ THUẬT REAL-TIME PCR ĐA MỒI LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – NĂM 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƯỢC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - NGUYỄN THỊ THANH MAI KHẢO SÁT TỶ LỆ KHÁNG CARBAPENEM VÀ SỰ PHÂN BỐ GEN TIẾT CARBAPENEMASE CỦA Pseudomonas aeruginosa BẰNG KỸ THUẬT REAL-TIME PCR ĐA MỒI Chuyên ngành: Kỹ thuật xét nghiệm y học Mã số: 8270601 LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC Hướng dẫn khoa học: PGS.TS.BS ĐOÀN MAI PHƯƠNG TS LÊ VĂN CHƯƠNG THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – NĂM 2020 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan luận văn nghiên cứu riêng tơi Các tài liệu trích dẫn, số liệu nghiên cứu hoàn toàn trung thực tuân theo yêu cầu nghiên cứu Luận văn chưa cơng bố cơng trình khác Đề tài chấp thuận mặt đạo đức nghiên cứu từ Hội đồng Đạo đức nghiên cứu y sinh học Đại Học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh Tác giả luận văn Nguyễn Thị Thanh Mai ii LỜI CẢM ƠN Đầu tiên xin gửi lời cảm ơn chân thành đến thầy PGS.TS.BS Vũ Quang Huy, Giám đốc Trung tâm Kiểm chuẩn Xét nghiệm - trường Đại Học Y Dược TP Hồ Chí Minh quan tâm tạo điều kiện thuận lợi cho q trình học tập hồn thành luận văn Xin cảm ơn quý thầy cô nhiệt tình giảng dạy cung cấp kiến thức chuyên ngành kiến thức liên quan để tơi có đủ điều kiện hồn thành luận văn tốt nghiệp Tơi xin trân trọng cảm ơn thầy hướng dẫn TS Lê Văn Chương, PGS.TS.BS Đồn Mai Phương, thầy TS.BS Trương Thiên Phú nhiệt tình hướng dẫn, động viên, trực tiếp giúp đỡ tơi suốt q trình nghiên cứu hồn thành luận văn Xin chân thành cảm ơn anh chị nhân viên Khoa Vi sinh – Bệnh viện Đại học Y Dược TP Hồ Chí Minh giúp đỡ tơi q trình thu thập mẫu, thu thập số liệu, q trình thực luận văn Tơi xin chân thành cảm ơn! TP Hồ Chí Minh, ngày 07 tháng 10 năm 2020 Nguyễn Thị Thanh Mai iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN .ii MỤC LỤC …………………………………………………………………………iii DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT v DANH MỤC HÌNH vii DANH MỤC BẢNG viii DANH MỤC BIỂU ĐỒ, SƠ ĐỒ ix ĐẶT VẤN ĐỀ CÂU HỎI NGHIÊN CỨU MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đại cương vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa 1.1.1 Giới thiệu chung 1.1.2 Đặc điểm sinh học 1.1.3 Chẩn đốn phịng thí nghiệm 1.1.4 Tình hình đề kháng kháng sinh vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa 1.2 Cơ chế lan truyền tính kháng thuốc 12 1.3 Kháng sinh nhóm carbapenems chế đề kháng kháng sinh Pseudomonas aeruginosa 14 1.3.1 Kháng sinh nhóm carbapenems 14 1.3.2 Cơ chế đề kháng 18 1.4 Enzyme carbapenemase gen đề kháng 21 1.5 Phương pháp xác định kiểu hình kiểu gen Pseudomonas aeruginosa 25 1.5.1 Thử nghiệm kiểu hình 25 1.5.2 Phương pháp multiplex real-time PCR 27 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 29 2.1 Đối tượng nghiên cứu 29 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 29 2.1.2 iv Tiêu chuẩn chọn mẫu 29 2.2 Phương pháp nghiên cứu 30 2.2.1 Thiết kế nghiên cứu 30 2.2.2 Cỡ mẫu 30 2.2.3 Vật liệu hóa chất nghiên cứu 31 2.2.4 Quy trình thực thử nghiệm khử hoạt tính carbapenemase (mCIM) 32 2.2.5 Quy trình thực thử nghiệm realtime PCR 34 2.3 Phương pháp phân tích số liệu 39 2.4 Tiến trình thực 40 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 42 3.1 Tỷ lệ vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa tổng số vi khuẩn phân lập được…… 42 3.2 Đặc điểm loại bệnh phẩm phân lập P aeruginosa 43 3.3 Tình hình kháng kháng sinh 44 3.4 Tỷ lệ kháng kháng sinh khoa Hồi sức tích cực (ICU) non-ICU 46 3.5 Kết thử nghiệm khử hoạt tính carbapenemase (mCIM) 47 3.5.1 Số lượng mẫu mCIM (+) mCIM (-) 47 3.5.2 Tỷ lệ kháng kháng sinh thử nghiệm mCIM 48 3.6 Tỷ lệ mang gen sản xuất carbapenemase Pseudomonas aeruginosa 49 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 52 4.1 Đặc điểm phân bố loại bệnh phẩm Pseudomonas aeruginosa 52 4.2 Tình hình đề kháng kháng sinh Pseudomonas aeruginosa 53 4.3 Giá trị thử nghiệm khử hoạt tính carbapenemase (mCIM) 58 4.4 Tỷ lệ mang gen sản xuất carbapenemase Pseudmonas aeruginosa 60 KẾT LUẬN 66 KIẾN NGHỊ 67 TÀI LIỆU THAM KHẢO 68 PHỤ LỤC………………………………………………………………………… 76 v DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT TIẾNG VIỆT HSTC : Hồi sức tích cực (ICU) KS : Kháng sinh TB : Tế bào VK : Vi khuẩn TIẾNG ANH ADH : Arginine dehydrolase AIM : Australian imipenemase CDC : Centers for Disease Control and Prevention: Trung tâm phòng chống dịch bệnh Hoa Kỳ CDDT : The combined disk diffusion test CLSI : Clinical and Laboratory Standards Institute - Viện tiêu chuẩn lâm sàng xét nghiệm Hoa Kỳ CRPA : Carbapenem resistant Pseudomonas aeruginosa DIM-1 : Dutch imipenemase DNA : Deoxyribonucleic acid EDTA : Ethylene diamin tetraacetic acid ESBL : Extended spectrum beta-lactamase ETA : Exotoxin A EU/EEA : European Union/ European Economic Area GEL Gelatinase : vi GIM : German imipenemase H2S : Hydrogen sulfide ICU : Intensive Care Unit: Đơn vị hồi sức cấp cứu, điều trị tích cực IMP : Imipenemase LDC : Lysine decarboxylase LPS : Lipopolysaccharide mCIM : Modified carbapenem inactivation method: Phương pháp khử hoạt tính carbapenemase MCR : Mobile colistin resistance MDR : Multi Drug Resistance: Đa kháng thuốc MβL : Metallo-β-lactamase NDM : New Delhi metallo-β-lactamas ODC : Ornithine decarboxylase PBP : Penicillin-binding proteins PCR : Polymerase Chain Reaction: Phản ứng chuỗi polymerase PDR : Pan Drug Resistance: Kháng thuốc toàn RNA : Ribonucleic acid SIM : Seul Imipenemase SPM : São Paulo metallo-β-lactamase VAP : Ventilator Associated Pneumonia: Viêm phổi liên quan thở máy VIM : Verona integron-encoded metallo-β-lactamase WHO : World Health Organization: Tổ chức Y Tế Thế giới vii DANH MỤC HÌNH Hình 1: P aeruginosa Hình 2: Pseudomonas aeruginosa sinh sắc tố Hình 3: Đề kháng kháng sinh quốc gia EU/EEA 10 Hình 4: Cấu tạo kháng sinh A (penicillin), B (carbapenem) 15 Hình 5: Nhóm kháng sinh Carbapenem 16 Hình 6: Phân loại enzyme β-lactamase carbapenemase 23 Hình 1: Quy trình thực mCIM 33 Hình 2: Kết thử nghiệm mCIM vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa 34 Hình 1: Kết kiểu hình mCIM……………………………………………… 47 Hình 1: Kết báo cáo P aeruginosa kháng carbapenem theo quốc gia… 55 viii DANH MỤC BẢNG Bảng 1: Trắc nghiệm sinh hóa Pseudomonas aeruginosa Bảng 2: Một số gen mã hóa enzyme carbapenemase P aeruginosa 24 Bảng 1: Chương trình khuếch đại………………………………………… …….37 Bảng 2 Phân tích liệu thuốc thử MDR MBL (VIM,IMP,NDM) Real-TM 37 Bảng Phân tích liệu thuốc thử MDR KPC/OXA Real-TM 38 Bảng Giải thích kết thuốc thử MDR MBL (VIM,IMP,NDM) Real-TM 39 Bảng Giải thích kết thuốc thử MDR KPC/OXA Real-TM 39 Bảng 1: Tỷ lệ P aeruginosa mẫu bệnh phẩm………………………….43 Bảng 2: Tỉ lệ kháng kháng sinh P aeruginosa (n=159) 44 Bảng 3: Kết thử nghiệm mCIM 47 Bảng 4: Tần suất loại gen sản xuất carbapenemase vi khuẩn P aeruginosa (n=25) 49 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 17 CLSI, (2018), "Clinical and Laboratory Standards Institute ", Performance standards for antimicrobial susceptibiblity testing (29th edition CLSI standard M100), Wayne, PA, pp 98-122 18 CLSI, (2019), "Clinical and Laboratory Standards Institute ", Performance standards for antimicrobial susceptibiblity testing (29th edition CLSI standard M100), Wayne, PA, pp 98-122 19 Anil C, Shahid R M, (2013), "Antimicrobial susceptibility patterns of Pseudomonas aeruginosa clinical isolates at a tertiary care hospital in Kathmandu, Nepal", Asian J Pharm Clin Res, (3), pp 235-238 20 Baron S, (1996), Alphaviruses (Togaviridae) and Flaviviruses (Flaviviridae) Medical Microbiology, University of Texas Medical Branch at Galveston, pp 21 Bergen P J, Bulman Z P, Landersdorfer C B, Smith N, et al, (2015), "Optimizing polymyxin combinations against resistant gram-negative bacteria", Infectious diseases and therapy, (4), pp 391-415 22 Bush K, (2015), "A resurgence of β-lactamase inhibitor combinations effective against multidrug-resistant Gram-negative pathogens", International journal of antimicrobial agents, 46 (5), pp 483-493 23 Bush K, Jacoby G A, (2010), "Updated functional classification of βlactamases", Antimicrobial agents and chemotherapy, 54 (3), pp 969976 24 Chew K L, Tay M K, Cheng B, Lin R T, et al, (2018), "Aztreonamavibactam combination restores susceptibility of aztreonam in dualcarbapenemase-producing Enterobacteriaceae", Antimicrobial agents and chemotherapy, 62 (8), pp 25 Cuzon G, Naas T, Nordmann P, (2011), "Functional characterization of Tn4401, a Tn3-based transposon Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn involved in blaKPC gene Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh mobilization", Antimicrobial agents and chemotherapy, 55 (11), pp 5370-5373 26 De Araújo Jácome P R L, Alves L R, Cabral A B, Lopes A C S, et al, (2012), "First report of KPC-producing Pseudomonas aeruginosa in Brazil", Antimicrobial agents and chemotherapy, 56 (9), pp 4990-4990 27 ECDC, EFSA, EMA, (2017), "ECDC, EFSA and EMA Joint Scientific Opinion on a list of outcome indicators as regards surveillance of antimicrobial resistance and antimicrobial consumption in humans and food‐producing animals", Efsa Journal, 15 (10), pp e05017 28 Erfani Y, Yaghuobi S, Fallah F, Rahbar M, et al, (2017), "Detection of bla NDM-1, bla VIM, and bla IMP genes in multidrug-resistant Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa from clinical isolates in Tehran hospitals", Int J Adv Biotechnol Res, pp 500-506 29 Ezadi F, Ardebili A, Mirnejad R, (2019), "Antimicrobial susceptibility testing for polymyxins: challenges, issues, and recommendations", Journal of Clinical Microbiology, 57 (4), pp 30 Hoffnung L A, Burdelova E, Adler A, (2017), "Evaluation of two commercial real-time PCR assays for detection of carbapenemase genes in Enterobacteriaceae", Journal of Medical Microbiology, 66 (11), pp 1612-1615 31 Hombach M, von Gunten B, Castelberg C, Bloemberg G V, (2015), "Evaluation of the Rapidec Carba NP test for detection of carbapenemases in Enterobacteriaceae", Journal of clinical microbiology, 53 (12), pp 3828-3833 32 Hong D J, Bae I K, Jang I-H, Jeong S H, et al, (2015), "Epidemiology and characteristics of metallo-β-lactamase-producing Pseudomonas aeruginosa", Infection & chemotherapy, 47 (2), pp 81-97 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 33 Khosravi Y, Tay S T, Vadivelu J, (2010), "Metallo-β-lactamase– producing imipenem-resistant Pseudomonas aeruginosa clinical isolates in a university teaching hospital in Malaysia: detection of IMP-7 and first identification of IMP-4, VIM-2, and VIM-11", Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 67 (3), pp 294-296 34 Kitchel B, Rasheed J K, Patel J B, Srinivasan A, et al, (2009), "Molecular epidemiology of KPC-producing Klebsiella pneumoniae isolates in the United States: clonal expansion of multilocus sequence type 258", Antimicrobial agents and chemotherapy, 53 (8), pp 3365-3370 35 Landman D, Bratu S, Kochar S, Panwar M, et al, (2007), "Evolution of antimicrobial resistance among Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii and Klebsiella pneumoniae in Brooklyn, NY", Journal of antimicrobial chemotherapy, 60 (1), pp 78-82 36 Meletis G, Exindari M, Vavatsi N, Sofianou D, et al, (2012), "Mechanisms responsible for the emergence of carbapenem resistance in Pseudomonas aeruginosa", Hippokratia, 16 (4), pp 303 37 Moazami-Goudarzi S, Eftekhar F, (2013), "Assessment of Carbapenem Susceptibility and Multidrug-Resistance in Pseudomonas aeruginosa Burn Isolates in Tehran", Jundishapur Journal of Microbiology, pp 38 Mohamed S E R, Alobied A, Hussien W M, Saeed M I, (2018), "blaOXA48 carbapenem resistant Pseudomonas aeruginosa clinical isolates in Sudan", Journal of Advances in Microbiology, pp 1-5 39 Morteza M, Roya S, Hamed H, Amir Z, et al, (2019), "Synthesis and evaluation of polymeric micelle containing piperacillin/tazobactam for enhanced antibacterial activity", Drug delivery, 26 (1), pp 1292-1299 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 40 Mulvey M R, Grant J M, Plewes K, Roscoe D, et al, (2011), "New Delhi metallo-β-lactamase in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli, Canada", Emerging infectious diseases, 17 (1), pp 103 41 Nordmann P, Cuzon G, Naas T, (2009), "The real threat of Klebsiella pneumoniae carbapenemase-producing bacteria", The Lancet infectious diseases, (4), pp 228-236 42 Organization W H, (2019), "Carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa infection–Mexico", Weekly Epidemiological Record, 94 (17), pp 210-212 43 Pang Z, Raudonis R, Glick B R, Lin T-J, et al, (2019), "Antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa: mechanisms and alternative therapeutic strategies", Biotechnology advances, 37 (1), pp 177-192 44 Papp-Wallace K M, Bonomo R A, (2016), "New β-lactamase inhibitors in the clinic", Infectious Disease Clinics, 30 (2), pp 441-464 45 Pierce V M, Simner P J, Lonsway D R, Roe-Carpenter D E, et al, (2017), "Modified carbapenem inactivation method for phenotypic detection of carbapenemase production among Enterobacteriaceae", Journal of clinical microbiology, 55 (8), pp 2321-2333 46 Pollini S, Maradei S, Pecile P, Olivo G, et al, (2013), "FIM-1, a new acquired metallo-β-lactamase from a Pseudomonas aeruginosa clinical isolate from Italy", Antimicrobial agents and chemotherapy, 57 (1), pp 410-416 47 Potron A, Poirel L, Nordmann P, (2015), "Emerging broad-spectrum resistance in Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii: mechanisms and epidemiology", International journal of antimicrobial agents, 45 (6), pp 568-585 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 48 Sachdeva R, Sharma B, Sharma R, (2017), "Evaluation of different phenotypic tests for detection of metallo-β-lactamases in imipenemresistant Pseudomonas aeruginosa", Journal of laboratory physicians, (4), pp 249 49 Sarhangi M, Motamedifar M, Sarvari J, (2013), "Dissemination of Pseudomonas aeruginosa Producing blaIMP1, blaVIM2, blaSIM1, blaSPM1 in Shiraz, Iran", Jundishapur Journal of Microbiology, (7), pp 50 Shanthi M, Sekar U, (2009), "Multi-drug resistant Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii infections among hospitalized patients: risk factors and outcomes", The Journal of the Association of Physicians of India, 57 pp 636, 638-640, 645 51 Simner P J, Johnson J K, Brasso W B, Anderson K, et al, (2018), "Multicenter evaluation of the modified carbapenem inactivation method and the Carba NP for detection of carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii", Journal of clinical microbiology, 56 (1), pp 52 Tamma P D, Opene B N, Gluck A, Chambers K K, et al, (2017), "Comparison of 11 phenotypic assays for accurate detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae", Journal of clinical microbiology, 55 (4), pp 1046-1055 53 Van der Zwaluw K, de Haan A, Pluister G N, Bootsma H J, et al, (2015), "The carbapenem inactivation method (CIM), a simple and low-cost alternative for the Carba NP test to assess phenotypic carbapenemase activity in gram-negative rods", PloS one, 10 (3), pp e0123690 54 Van Duin D, Bonomo R A, (2016), "Ceftazidime/avibactam and ceftolozane/tazobactam: second-generation Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn β-lactam/β-lactamase Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh inhibitor combinations", Clinical Infectious Diseases, 63 (2), pp 234241 55 Voor A F, Severin J A, Lesaffre E M, Vos M C, (2014), "A systematic review and meta-analyses show that carbapenem use and medical devices are the leading risk factors for carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa", Antimicrobial agents and chemotherapy, 58 (5), pp 2626-2637 56 Walters M S, Grass J E, Bulens S N, Hancock E B, et al, (2019), "Carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa at US emerging infections program sites, 2015", Emerging infectious diseases, 25 (7), pp 1281 57 Watanabe M, Iyobe S, Inoue M, Mitsuhashi S, (1991), "Transferable imipenem resistance in Pseudomonas aeruginosa", Antimicrobial agents and chemotherapy, 35 (1), pp 147-151 58 Zavascki AP, Carvalhaes CG, Picao R C, Gales A C, (2010), "Multidrugresistant Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii: resistance mechanisms and implications for therapy", Expert review of anti-infective therapy, (1), pp 71-93 59 Zhanel G G, Lawrence C K, Adam H, Schweizer F, et al, (2018), "Imipenem–relebactam and meropenem–vaborbactam: two novel carbapenem-β-lactamase inhibitor combinations", Drugs, 78 (1), pp 6598 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC PHỤ LỤC 1: MỘT SỐ HÌNH ẢNH KIỂU HÌNH mCIM Mẫu E10 mCIM (-): d = 22mm Mẫu E8 mCIM (+): d = 6mm Mẫu 24B7 mCIM (-): d = 20mm Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 2: KẾT QUẢ THỬ NGHIỆM REAL-TIME PCR (MDR MBL) Fam Hex Rox Cy5 (VIM) (IMP) (IC) (NDM) STT MÃ SỐ MẪU 04-A4 (MDR MBL) 25.1 23.6 25,1 04-A8 (MDR MBL) 11.5 23.4 22,5 04-B4 (MDR MBL) 23.3 32,8 04-C07 (MDR MBL) 27,4 23.1 12,1 04-D10 (MDR MBL) 7,1 23.2 11,1 04-E02 (MDR MBL) 16,6 23.3 26,1 04-E04 (MDR MBL) 32 23.1 12,1 04-E08 (MDR MBL) 14,9 22.8 30.7 04-F03 (MDR MBL) 15,7 23.8 10 04-F07 (MDR MBL) 11 04-H01 (MDR MBL) 12 32,6 23.8 10,2 15,9 23.3 20,6 04-H02 (MDR MBL) 15,9 23.2 28,1 13 04-H05 (MDR MBL) 16 23.6 31,6 14 04-I1 (MDR MBL) 30,6 23.8 10 15 04-I3 (MDR MBL) 25 23.0 9,1 16 04-J8 (MDR MBL) 8,3 23.2 10 17 04-J9 (MDR MBL) 8,2 23.6 18 24-A4 (MDR MBL) 9,4 23.4 19 24-A6 (MDR MBL) 9,4 23.3 20 24-A7 (MDR MBL) 26,4 23.1 10,8 21 24-A10 (MDR MBL) 9,2 23.2 10,7 22 24-B9 (MDR MBL) 23.3 9,9 23 24-B10 (MDR MBL) 24 24-D1 (MDR MBL) 25 24-G2 (MDR MBL) Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 17,4 14,7 30.8 23.1 22.8 9,1 23.8 2,3 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 3: KẾT QUẢ THỬ NGHIỆM REAL-TIME PCR (MDR KPC/OXA) MÃ SỐ MẪU STT Fam Hex Rox (KPC) (OXA-48) (IC) 36,3 22.9 04-A4 (MDR KPC/OXA) 04-A8 (MDR KPC/OXA) 22.8 04-B4 (MDR KPC/OXA) 22.9 04-C07 (MDR KPC/OXA) 23.0 04-D10 (MDR KPC/OXA) 22.7 04-E02 (MDR KPC/OXA) 04-E04 (MDR KPC/OXA) 22.7 04-E08 (MDR KPC/OXA) 22.7 04-F03 (MDR KPC/OXA) 23.0 10 04-F07 (MDR KPC/OXA) 11 04-H01 (MDR KPC/OXA) 12 04-H02 (MDR KPC/OXA) 13 04-H05 (MDR KPC/OXA) 14 04-I1 (MDR KPC/OXA) 22.5 15 04-I3 (MDR KPC/OXA) 22.9 16 04-J8 (MDR KPC/OXA) 23.0 17 04-J9 (MDR KPC/OXA) 22.7 18 24-A4 (MDR KPC/OXA) 19 24-A6 (MDR KPC/OXA) 20 24-A7 (MDR KPC/OXA) 35,5 22.7 21 24-A10 (MDR KPC/OXA) 33,8 23.0 22 24-B9 (MDR KPC/OXA) 22.4 23 24-B10 (MDR KPC/OXA) 22.9 24 24-D1 (MDR KPC/OXA) 22.8 25 24-G2 (MDR KPC/OXA) 23.1 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn 33,2 35,7 34,5 23.1 22.4 22.9 22.8 34,4 33,4 23.1 23.1 22.7 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 4: DANH SÁCH BỆNH NHÂN STT Họ Tên Giới tính Khoa Số hồ sơ Mẫu thử TRẦN VĂN NG Nam HỒI SỨC TÍCH CỰC N19-0277849 Đàm NGUYỄN THỊ L Nữ N15-0282927 Đàm LÂM THỊ MỸ L Nữ HỒI SỨC TÍCH CỰC HƠ HẤP N17-0047124 Nước tiểu HUỲNH THÙY NH Nữ N19-0346504 Đàm NGUYỄN THỊ M Nữ N19-0179260 Nước tiểu LÃ THỊ MINH T Nữ N15-0331230 Đàm VŨ THỊ M Nữ N14-0176759 ĐỖ TẤN T Nam N19-0352637 Nước Tiểu Đàm TRẦN VĂN H Nam N19-0400740 Đàm 10 PHAN THIÊN T Nam N19-0352073 11 NGUYỄN TIẾN A Nam HỒI SỨC TÍCH CỰC NGOẠI TRÚ HỒI SỨC TÍCH CỰC LÃO CSGN HỒI SỨC TÍCH CỰC THẦN KINH TAI MŨI HỌNG CẤP CỨU 12 LÊ THANH H Nữ N19-0320188 13 VŨ MINH 14 15 TRƯƠNG TRUNG NGUYỄN MINH THẦN KINH NG Nam THẦN KINH M Nam HỒI SỨC TÍCH CỰC T Nam GMHS Mủ Các Loại Nước Tiểu Đàm 16 PHẠM QUỐC L N19-0374762 Nam HỒI SỨC TÍCH CỰC Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn N19-0375485 N19-0122278 N15-0268191 N19-0327732 Nước Tiểu Đàm Dịch Các Loại Nước Tiểu Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 17 ĐẶNG VĂN Nam HỒI SỨC TÍCH CỰC NH Nữ HỒI SỨC TÍCH CỰC NG Nam HỒI SỨC TÍCH CỰC D Nữ NGOẠI THẦN KINH B12-0027551 Đàm 18 NGÔ THỊ CẨM N16-0247998 Đàm 19 MÃ VINH A01-0082691 Đàm 20 HỒ NGỌC N17-0182326 Đàm 21 PHẠM THỊ B Nữ N19-0402885 22 NGUYỄN CÔNG TH A13-0024716 23 TRẦN MINH Y B07-0065782 Máu 24 TRÀ THỊ L A10-0034829 25 NGUYỄN THỊ L Dịch Các Loại Đàm 26 NGUYỄN THỊ D Nam HỒI SỨC TIM Nữ NỘI TIM MẠCH Nữ HỒI SỨC TÍCH CỰC Nữ HỒI SỨC TÍCH CỰC Nữ NỘI TIẾT Nước Tiểu Máu 27 PHAN HỮU T 28 LÊ THỊ 29 HỒ VĂN 30 ĐINH VĂN 31 ĐỖ 32 TH CẤP CỨU N19-0372816 N19-0376258 N17-0050303 NGUYỄN XUÂN Nam HỒI SỨC TÍCH CỰC T Nữ KHOA GMHS M Nam HỒI SỨC TÍCH CỰC KH Nam HỒI SỨC TÍCH CỰC B Nam TIM MẠCH CAN THIỆP NG Nam NỘI TIẾT 33 NGUYỄN TUẤN T N19-0389256 34 LÊ XUÂN Đ Nam THẦN KINH Nam HỒI SỨC TÍCH CỰC Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn A07-0083158 Nước Tiểu Đàm N19-0231462 Dịch Các Loại Dịch Các Loại Đàm A05-0102831 Đàm A12-0318111 Mủ Các Loại Nước Tiểu Đàm N19-0386742 N20-0019888 Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 35 NGUYỄN T B11-0035395 H Nam NGOẠI TRÚ Nam NGOẠI TRÚ Nam NỘI TIẾT 36 LÊ QUANG T 37 LÊ VĂN 38 DƯƠNG THỊ M Nữ N15-0113357 39 BÙI NGUN TH HỒI SỨC TÍCH CỰC Nam HƠ HẤP 40 PHẠM VĂN B Nam HÔ HẤP N18-0027283 41 PH Nữ NỘI TIẾT B08-0028058 42 NGUYỄN THỊ HỒNG HỒ VIẾT TH Nam GMHS N20-0037025 43 LÊ THỊ L Nữ B09-0020456 44 TỪ MINH T XƯƠNG KHỚP CHỈNH HÌNH Nam GMHS 45 CÙ VĂN L Nam NỘI TIẾT N19-0250499 46 BÙI THỊ L Nữ N20-0034673 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn THẦN KINH N20-0030977 N19-0026362 N20-0016781 N20-0040813 Nước Tiểu Nước Tiểu Mủ Các Loại Đàm Dịch phế quản Đàm Nước Tiểu Mủ Các Loại Dịch Các Loại Dịch Các Loại Nước Tiểu Dịch Các Loại Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh PHỤ LỤC 5: DANH SÁCH MẪU KHẢO SÁT KHÁNG SINH STT Tên BN Mã mẫu Pseudomonas aeruginosa Kết kháng sinh AMK FEP CAZ DOR LEV MEM TZP GEN NG 04-A04 R R R R R R R R L 04-A05 S S S R R R S S L 04-A08 R R R R R R R R NH 04-B2 S S S S R R S S M 04-B4 S S S S R I I S T 04-C06 S S S R S R S S M 04-C07 S S R R R R R S T 04-D4 R R R R R R R R H 04-D10 R R R R R R R R 10 T 04-E02 R R R R R R S R 11 A 04-E04 R R R R R R R R 12 H 04-E08 R R R R R R S R 13 NG 04-E10 S S S S S I S S 14 M 04-F03 R R R R R R R R 15 T 04-F04 S S S S S I S S 16 L 04-F07 R R R R R R R R 17 TH 04-G1 S S S S S R S S 18 NH 04-G2 R R R R R R R R 19 NG 04-G5 R R R R R R I R 20 D 04-G7 S S R R R R S R 21 B 04-H01 S R R R R R S S 22 TH 04-H02 R R R R R R S R 23 Y 04-H05 R R R R R R S R 24 L 04-H07 R R R R R R I R 25 L 04-H9 R R R R R R S R 26 D 04-I1 R R R R R R R R Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh 27 T 04-I3 R R R R R R R R 28 T 04-I4 S S S S R I S I 29 M 04-J1 S S S R S R S S 30 KH 04-J5 R R R R R R R R 31 B 04-J7 S S S I R R S R 32 NG 04-J8 R R R R R R R R 33 T 04-J9 R R R R R R R R 34 Đ 24-A4 R R R R R R R I 35 T 24-A6 R R R R R R R R 36 T 24-A7 R R R R R R R R 37 H 24-A10 R R R R R R I R 38 M 24-B1 S S R R R R S R 39 TH 24-B2 S S S S S R S S 40 B 24-B7 R R R R R R R R 41 PH 24-B8 R R R R R R R R 42 TH 24-B9 R R R R R R R R 43 L 24-B10 R R R R R R S R 44 T 24-C5 S R R R R R S R 45 L 24-D1 R R R R R R I R 46 L 24-G2 R R R R R R S R Ghi chú: Tên kháng sinh viết tắt: amikacin (AMK), cefepime (FEP), ceftazidime (CAZ), doripenem (DOR), levofloxacin (LEV), meropenem (MEM), piperacillin/tazobactam (TZP), gentamicin (GEN) Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn Bản quyền tài liệu thuộc Thư viện Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn