Khảo sát giá trị multiplex real time pcr trong chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƢỢC TP HỒ CHÍ MINH  NGUYỄN THỊ HẰNG KHẢO SÁT GIÁ TRỊ MULTIPLEX REAL TIME PCR TRONG CHẨN ĐOÁN NHIỄM KHUẨN HUYẾT LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – NĂM 2016 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y DƢỢC TP HỒ CHÍ MINH  NGUYỄN THỊ HẰNG KHẢO SÁT GIÁ TRỊ MULTIPLEX REAL TIME PCR TRONG CHẨN ĐOÁN NHIỄM KHUẨN HUYẾT CHUYÊN NGÀNH: Y HỌC CHỨC NĂNG (HÓA SINH) MÃ SỐ: 60 72 01 06 LUẬN VĂN THẠC SĨ Y HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: PGS TS BS LÊ XUÂN TRƢỜNG THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH – NĂM 2016 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tôi, thực dƣới giám sát Thầy hƣớng dẫn Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực chƣa đƣợc cơng bố cơng trình khác Tác giả (đã ký) BS Nguyễn Thị Hằng MỤC LỤC Trang phụ bìa Lời cam đoan Mục lục Danh mục từ viết tắt Danh mục bảng Danh mục hình Danh mục biểu đồ ĐẶT VẤN ĐỀ MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN Y VĂN 1.1 Tổng quan nhiễm khuẩn huyết 1.1.1 Dịch tễ học nhiễm khuẩn huyết 1.1.2 Định nghĩa nhiễm khuẩn huyết 1.1.3 Chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết 1.1.4 Sinh lý bệnh học nhiễm khuẩn huyết 1.1.5 Triệu chứng nhiễm khuẩn huyết 13 1.1.6 Các vi khuẩn thƣờng gây nhiễm khuẩn huyết 17 1.2 Tổng quan PCR 21 1.2.1 PCR 21 1.2.2 Real Time PCR 23 1.2.3 Multiplex Real Time PCR 27 1.3 Các nghiên cứu đƣợc công bố 27 1.3.1 Nghiên cứu nƣớc 27 1.3.2 Nghiên cứu nƣớc 31 CHƢƠNG 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 32 2.1 Đối tƣợng nghiên cứu 32 2.1.1 Dân số mẫu nghiên cứu 32 2.1.2 Tiêu chuẩn chọn mẫu 32 2.1.3 Tiêu chuẩn loại trừ 32 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 33 2.1.1 Thiết kế nghiên cứu 33 2.1.2 Cỡ mẫu 33 2.1.3 Thời gian địa điểm nghiên cứu 33 2.1.4 Qui trình lấy mẫu bảo quản mẫu 34 2.1.5 Cấy máu định danh vi sinh vật mẫu cấy máu 36 2.1.6 Phát máu phƣơng định danh vi khuẩn pháp Multiplex Real Time PCR 43 2.3 Phƣơng pháp phân tích thống kê 47 2.3.1 Thu thập làm số liệu 47 2.3.2 Xử lý số liệu 47 2.4 Y đức nghiên cứu 48 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 49 3.1 Đặc điểm chung nhóm NKH 49 3.1.1 Tuổi bệnh nhân NKH 49 mẫu 3.1.2 Giới tính bệnh nhân 50 3.1.3 Bệnh địa 51 3.1.4 Hội chứng đáp ứng viêm hệ thống 52 3.1.5 Đƣờng nhiễm khuẩn 53 3.2 Kết cấy máu MRT-PCR 55 3.2.1 Tỉ lệ dƣơng tính cấy máu MRT-PCR 55 3.2.2 Vi sinh vật gây bệnh 57 3.3 Tƣơng thích kết cấy máu PCR 60 3.3.1 Tƣơng thích cấy máu PCR/chai cấy 60 3.3.2 Tƣơng thích cấy máu PCR/ống máu 62 3.4 Thời gian trả kết 65 CHƢƠNG 4: BÀN LUẬN 66 4.1 Về đặc điểm chung nhóm NKH 66 4.1.1 Đặc điểm tuổi 66 4.1.2 Đặc điểm giới tính 67 4.1.3 Về bệnh địa 68 4.1.4 Về hội chứng đáp ứng viêm hệ thống 69 4.1.5 Về đặc điểm đƣờng vào vi khuẩn gây NKH 70 4.2 So sánh kết cấy máu MRT-PCR 72 4.2.1 Đặc điểm loại vi khuẩn gây bệnh 72 4.2.2 Về tỉ lệ dƣơng tính cấy máu PCR 75 4.3 So sánh tƣơng hợp cấy máu PCR 77 4.4 So sánh thời gian trả kết 80 KẾT LUẬN 82 KIẾN NGHỊ VÀ KỲ VỌNG 84 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT ACCP: American College of Chest Physicians - Hiệp Hội Lồng ngực Hoa Kỳ ACTH: Adrenocorticotropic hormone BC: blood culture – cấy máu CT: cycle threshold - chu kỳ ngƣỡng DIC: Disseminated Intravascular Coagulation- đông máu nội mạch lan tỏa DNA: deoxyribonucleic acid EDTA: ethylene diamine tetra-acetic acid ICU: Intensive Care Unit - Đơn vị điều trị tích cực IL: interleukin MODS: Multiple Organ Dysfunction Syndrome - Hội chứng rối loạn chức đa quan MRT-PCR: Multiplex Real Time PCR - Real Time PCR đa mồi NKH: nhiễm khuẩn huyết PCR: polymerase chain reaction PCT: procalcitonin SCCM: Society of Critical Care Medicine - Hội Y học Săn sóc tích cực SD: Standard Deviation – độ lệch chuẩn SIRS: Systemic Inflammatory Response Syndrome - Hội chứng đáp ứng viêm toàn thân TNF: tumor necrosis factor - yếu tố hoại tử mô DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Định nghĩa thuật ngữ liên quan đến NKH Bảng 2.1 Các giếng sinh hóa cạc GN định danh vi khuẩn Gram âm máy Vitek 40 Bảng 2.2 Các giếng sinh hóa cạc GP định danh vi khuẩn Gram dƣơng máy Vitek 42 Bảng 3.1 Phân bố theo nhóm tuổi bệnh nhân NKH 49 Bảng 3.2 Phân bố theo giới tính bệnh nhân 50 Bảng 3.3 Tần số tỉ lệ bệnh nhân phân bố theo bệnh 51 Bảng 3.4 Tần số tỉ lệ biểu đáp ứng viêm hệ thống nhóm cấy máu 52 Bảng 3.5 Tần số, tỉ lệ, loại vi sinh vật phân lập đƣợc từ mẫu bệnh phẩm liên quan 53 Bảng 3.6 Đƣờng nhiễm khuẩn nhóm bệnh nhân cấy máu dƣơng 54 Bảng 3.7 Tỉ lệ dƣơng tính cấy máu MRT-PCR 55 Bảng 3.8 Kết cấy máu PCR/ống máu 56 Bảng 3.9 Kết cấy máu PCR/chai cấy 56 Bảng 3.10 Nhóm vi sinh vật gây bệnh tìm đƣợc cấy máu 57 Bảng 3.11 Tần suất tỉ lệ % loại vi khuẩn định danh cấy máu PCR 61 Bảng 3.12 Vi sinh vật tƣơng thích cấy máu PCR/chai cấy 60 Bảng 3.13 Vi sinh vật tƣơng thích cấy máu PCR/ống máu 62 Bảng 3.14 Tƣơng thích PCR cấy máu 64 Bảng 3.15 Thời gian trả kết 65 Bảng 4.1 Bảng tổng hợp nghiên cứu tuổi 66 Bảng 4.2 Tỉ lệ giới NKH nghiên cứu 68 Bảng 4.3 So sánh tỉ lệ bệnh 69 Bảng 4.4 So sánh đƣờng vào NKH 71 Bảng 4.5 So sánh kết vi khuẩn theo nhuộm Gram 72 Bảng 4.6 Tổng hợp chủng vi sinh vật gây NKH 73 Bảng 4.7 So sánh tỉ lệ dƣơng tính cấy máu PCR 75 Bảng 4.8 So sánh tỉ lệ tƣơng hợp cấy máu PCR 77 Bảng 4.9 So sánh thời gian trả kết 80 - 87 - 130(6):870–876 16 Bettina M Rau, M I F., MD (2007), Evaluation of Proaclcitonin for Predicting Septic Multiorgan Failure and Overall Prognosis in Secondary Peritonitis, ARCH SURG, 142, pp.134-142 17 Bloos F, Sachse S, Kortgen A, Pletz MW, Lehmann M, Straube E, Riedemann NC, Reinhart K, Bauer M (2012), Evaluation of a polymerase chain reaction assay for pathogen detection in septic patients under routine condition: an observational study PLoS One 7(9):e46003 18 Bone R, Balk R, Cerra F, Dellinger R et al (1992), Definitions for sepsis and organ failure and guidelines for the use of innovative therapies in sepsis The ACCP/SCCM Consensus Conference Committee American College of Chest Physicians/Society of Critical Care Medicine Chest 101 (6): 1644–55 19 Brun-Buisson C (2000), The epidemiology of the systemic inflammatory response Intensive Care Med 26:64-74 20 Caliendo AM, Gilbert DN, Ginocchio CC, Hanson KE, May L, Quinn TC, Tenover FC, Alland D, Blaschke AJ, Bonomo RA, Carroll KC, Ferraro MJ, Hirschhorn LR, Joseph WP, Karchmer T, MacIntyre AT, Reller LB, Jackson AF (2013), Better tests, better care: improved diagnostics for infectious diseases Clin Infect Dis 57(Suppl 3):S139–S170 21 Chang SS, Hsieh WH, Liu TS, Lee SH, Wang CH, Chou HC, Yeo YH, Tseng CP, Lee CC (2013), Multiplex PCR system for rapid detection of pathogens in patients with presumed sepsis - a systemic review and meta-analysis PLoS One 8(5): e62323 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 88 - 22 Christopher Hale, M.D (2013), Microbiology, Gram Negative, Pathology Outlines.com, Inc http://pathologyoutlines.com/topic/microbiologyescherichiacoli.html 23 Delaloye J, Calandra T (2014), Invasive candidiasis as a cause of sepsis in the critically ill patient Virulence (1): 161–9 24 Dellinger RP, Levy MM, Rhodes A, et al (2013), Surviving Sepsis Campaign: International guidelines for management of severe sepsis and septic shock Critical Care Medicine 41 (2): 580–637 25 Dennis S Hansen, Hazel M Aucken, Titi Abiola, and Rainer Podschun (2004), Recommended Test Panel for Differentiation of Klebsiella Species on the Basis of a Trilateral Interlaboratory Evaluation of 18 Biochemical Tests J Clin Microbiol 42(8): 3665–3669 26 Elfath M Elnifro, Ahmed M Ashshi, Robert J Cooper, and Paul E Klapper (2000), Multiplex PCR: Optimization and Application in Diagnostic Virology Clin Microbiol Rev 13(4): 559–570 27 Ely E Wesley, Goyette Richert E (2005), Ch 46: Sepsis with Acute Organ Dysfunction Principles of Critical Care (3rd ed.) New York: McGraw-Hill Medical 28 Ephraim L Tsalik, Daphne Jones, Bradly Nicholson, Lynette Waring, Oliver Liesenfeld, Lawrence P Park,et al (2010), Multiplex PCR To Diagnose Bloodstream Infections in Patients Admitted from the Emergency Department with Sepsis J Clin Microbiol., 48(1):26-33 29 Guido M, Quattrocchi M, Zizza A, Pasanisi G, Pavone V, Lobreglio G, Gabutti G, De Donno A (2012), Molecular approaches in the diagnosis of sepsis in neutropenic patients with haematological malignances Journal of Preventive Medecine and Hygiene 53(2):104–108 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 89 - 30 Idelevich E, Niederbracht Y, Penner H, Tafelski S, Nachtigall I, Berdel WE, Peters G, Silling G, Becker K (2013), Utility of the LightCycler® SeptiFast test in haematologic patients with neutropenic fever or sepsis: a randomized controlled trial Berlin, Germany: European Conference of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID) 31 Jamal W, Tamaray G, Pazhoor A, Rotimi VO (2006), Comparative evaluation of BacT/ALERT 3D and BACTEC systems for the recovery of pathogens causing bloodstream infections Med Princ Pract, 15:223-227 32 Jawad I, Lukšić I, Rafnsson SB (2012), Assessing available information on the burden of sepsis: Global estimates of incidence, prevalence and mortality Journal of Global Health (1): 010404 33 J Stephan Stapczynski (2001), Septic shock Medicine Journal; 2(7) 34 Katy Chun, Chas Syndergaard, Carlos Damas, Richard Trubey, Amruthavani Mukindaraj Shenyu Qian, Xin Jin, Scott Breslow, Angelika Niemz (2015), Sepsis Pathogen Identification Journal of Laboratory Automation 35 Keith R.Powell (2004) Sepsis and shock Nelson Textbook of Pediatrics 704-707 36 Kirn TJ, Weinstein MP (2013), Update on blood cultures: how to obtain, process, report, and interpret Clin Microbiol Infect 19(6):513–520 37 Klouche M, Schroder U (2008), Rapid methods for diagnosis of bloodstream infections Clin Chem Lab Med, 46:888-908 38 Lamoth F, Jaton K, Prod'hom G, Senn L, Bille J, Calandra T, Marchetti O (2010), Multiplex blood PCR in combination with blood cultures for improvement of microbiological documentation of infection in febrile neutropenia J Clin Microbiol 48(10):3510–3516 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 90 - 39 Lehmann LE, Hunfeld KP, Emrich T, Haberhausen G, Wissing H, Hoeft A, Stüber F (2008), A multiplex real-time PCR assay for rapid detection and differentiation of 25 bacterial and fungal pathogens from whole blood samples Med Microbiol Immunol 197(3):313–324 40 Leonella Pasqualini, Christian Leli, Antonella Mencacci, Paolo Montagna, Angela Cardaccia, Elio Cenci, Ines Montecarlo, Matteo Pirro, Francesco di Filippo, Giuseppe Schillaci, Emma Cistaro, Francesco Bistoni and Elmo Mannarino (2012), Diagnostic Performance of a Multiple Real-Time PCR Assay in Patients with Suspected Sepsis Hospitalized in an Internal Medicine Ward J Clin Microbiol Vol 50 No 4: 1285-1288 41 Levy MM, Fink MP, SCCM/ESICM/ACCP/ATS/SIS Marshall JC International et al Sepsis (2003), 2001 Definitions Conference Critical Care Medicine 31 (4): 1250–6 42 Lodes U, Bohmeier B, Lippert H, König B, Meyer F (2012), PCR-based rapid sepsis diagnosis effectively guides clinical treatment in patients with new onset of SIRS Langenbecks Arch Surg 397(3):447-55 43 Lutz Eric Lehmann, Klaus-Peter Hunfeld, Thomas Emrich, Gerd Haberhausen, Heimo Wissing, Andreas Hoeft, Frank Stüber (2008), A multiplex real-time PCR assay for rapid detection and differentiation of 25 bacterial and fungal pathogens from whole blood samples Med Microbiol Immunol 197:313–324 44 Mancini N, Carletti S, Ghidoli N, Cichero P, Burioni R, Clementi M (2010), The era of molecular and other non-culture-based methods in diagnosis of sepsis Clin Microbiol Rev 23(1):235–251 45 Mancini N, Clerici D, Diotti R, Perotti M, Ghidoli N, De Marco D, Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 91 - Pizzorno B, Emrich T, Burioni R, Ciceri F, Clementi M (2008), Molecular diagnosis of sepsis in neutropenic patients with haematological malignancies J Med Microbiol 57(Pt 5):601–604 46 Munford Robert S, Suffredini Anthony F (2014), Ch 75: Sepsis, Severe Sepsis and Septic Shock Principles and Practice of Infectious Diseases (8th ed.) Philadelphia: Elsevier Health Sciences pp 914–34 47 Nathens AB, Marshall JC (1996), Sepsis, SIRS, and MODS: what's in a name? World J Surg 20:386-91 48 Nimah M, Brilli RJ (2003), Coagulation dysfunction in sepsis and multiple organ system failure Critical Care Clinics 19 (3): 441–58 49 Nora Schaub, Tujana Boldanova, Markus Noveanu, Nisha Arenja, Heinz Hermann, Raphael Twerenbold, Reno Frei, Roland Bingisser, Andrej Trampuz, Christian Mueller (2014), Incremental value of multiplex real-time PCR for the early diagnosis of sepsis in the emergency department Swiss Med Wkly 4;144:w13911 50 O Liesenfeld, L Lehman, K.-P Hunfeld, and G Kost (2014), Molecular diagnosis of sepsis: New aspects and recent developments European Journal of Microbiology & Immunology 4(1): 1–25 51 Patel R, Vetter EA, Harmsen WS, Schleck CD, Fadel HJ, Cockerill FR (2011), 3rd Optimized pathogen detection with 30- compared to 20-milliliter blood culture draws J Clin Microbiol 49(12):4047–4051 52 PM Dark, P Dean, G Warhurst (2009), Bench-to-bedside review: The promise of rapid infection diagnosis during sepsis using polymerase chain reaction-based pathogen detection Critical Care 2009, 13:217 53 Ramachandran, G (2014), Gram-positive and Gram-negative bacterial toxins in sepsis: A brief review Virulence (1): 213–8 54 Regueiro BJ, Varela-Ledo E, Martinez-Lamas L, Rodriguez-Calviđo J, Tn thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 92 - Aguilera A, Santos A, Gomez-Tato A, Alvarez-Escudero J (2010), Automated extraction improves multiplex molecular detection of infection in septic patients PLoS One 13;5(10):e13387 55 Robert S.Munford (2001), Sepsis and septic shock Harrison’s 14th edition, vol.I, pp.799-809 56 Satar, M; Ozlu, F (2012), Neonatal sepsis: A continuing disease burden The Turkish Journal of Pediatrics 54 (5): 449–57 57 Sepsis Questions and Answers cdc.gov Centers for Disease Control and Prevention (CDC) (2014) 58 Su G, Fu Z, Hu L, Wang Y, Zhao Z, Yang W (2015), 16S Ribosomal Ribonucleic Acid Gene Polymerase Chain Reaction in the Diagnosis of Bloodstream Infections: A Systematic Review and Meta-Analysis 21;10(5):e0127195 59 Tomasz Gosiewski1, Danuta Jurkiewicz-Badacz, Agnieszka Sroka1, Monika Brzychczy-Włoch1 and Małgorzata Bulanda (2014), A novel, nested, multiplex, real-time PCR for detection of bacteria and fungi in blood BMC Microbiology, 14 60 Van Gestel A, bekker J, Veraart C PWM et al (2004), Prevalence and incidence of severe sepsis in Dutch intensive care units Crit Care 8:153-62 61 Varani S, Stanzani M, Paolucci M, Melchionda F, Castellani G, Nardi L, Landini MP, Baccarani M, Pession A, Sambri V (2009), Diagnosis of bloodstream infections in immunocompromised patients by real-time PCR J Infect 58(5):346–351 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 93 - 62 Vincent Jean-Louis (2008) Ch 1: Definition of Sepsis and Non-infectious SIRS In Cavaillon, Jean-Marc, Adrie, Christophe, Sepsis and Non-infectious Systemic Inflammation: From Biology to Critical Care John Wiley & Sons p 63 Vincent JL, Rello J, Marshall J, Silva E, Anzueto A, Martin CD, Moreno R, Lipman J, Gomersall C, Sakr Y, Reinhart K (2009 ), International study of the prevalence and outcomes of infection in intensive care units JAMA 2;302(21):2323–2329 64 Wacker C, Prkno A, Brunkhorst FM, Schlattmann P (2013), Procalcitonin as a diagnostic marker for sepsis: A systematic review and meta-analysis The Lancet Infectious Diseases 13 (5): 426–35 65 Westh H, Lisby G, Breysse F, Böddinghaus B, Chomarat M, Gant V, Goglio A, Raglio A, Schuster H, Stuber F, Wissing H, Hoeft A (2009), Multiplex real-time PCR and blood culture for identification of bloodstream pathogens in patients with suspected sepsis Clin Microbiol Infect 15(6):544–551 66 William A Lynn (2000), Chapter 47 – Sepsis Armstrong: Infection Diseases, Frist Edition 67 Zieliński A, Czarkowski MP (2009), Infectious diseases in Poland in 2007 Przegl Epidemiol, 63:161-167 Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 94 - Phụ lục MẪU CAM KẾT ĐỒNG Ý CHO LÀM XÉT NGHIỆM Tôi tên : Sinh năm: Hiện bệnh nhân/thân nhân bệnh nhân Sau đƣợc bác sĩ điều trị giải thích đầy đủ ý nghĩa xét nghiệm nghiên cứu Chúng đồng ý bác sĩ tiến hành việc lấy mẫu thực nghiên cứu ngày tháng năm Ngƣời bệnh/thân nhân bệnh nhân ký tên Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 95 - Phụ lục MẪU BỆNH ÁN NGHIÊN CỨU VỀ MULTIPLEX REAL TIME PCR TRONG CHẨN ĐOÁN NHIỄM KHUẨN HUYẾT Số hồ sơ: I Phần hành chánh: Họ tên bệnh nhân (viết tắt): Mã số bệnh nhân: Giới tính: Nữ:  Nam:  Ngày sinh: Tuổi: Ngày nhập viện: Lý nhập viện: Nhập khoa: Ngày: II Chẩn đoán Chẩn đoán lúc nhập viện: Chẩn đoán sau 24 nhập viện: Chẩn đoán lúc xuất viện: II Tiền sử : Bản thân: Gia đình: III Bệnh sử: Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 96 - Có đƣợc điều trị kháng sinh trƣớc nhập viện:  Không  Có Tên thuốc kháng sinh: IV Những dấu hiệu hội chứng đáp ứng viêm toàn thân lúc đƣợc chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết đƣợc định cấy máu: Nhiệt độ: 0C Nhịp tim: lần/phút Nhịp thở: lần/phút PaCO2: mmHg Số lƣợng bạch cầu trƣớc thời điểm cấy máu: /mm3 Bạch cầu non (nếu có): % V Cấy máu: Mã số bệnh phẩm: Ngày, lấy mẫu: Ngày, phòng xét nghiệm nhận mẫu: Số chai cấy máu: Hiếu khí: chai Kết cấy máu:  Dƣơng tính Kỵ khí: .chai  Âm tính Số chai dƣơng tính: Hiếu khí: chai Kỵ khí: .chai Ngày, báo cấy máu dƣơng với kết nhuộm Gram: Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 97 - Ngày, định danh đƣợc vi sinh vật gây nhiễm khuẩn huyết cấy máu: Tên vi sinh vật gây nhiễm khuẩn huyết định danh từ chai cấy: VI Cấy bệnh phẩm khác: Kết cấy Bệnh phẩm Dƣơng tính Âm tính Vi sinh vật định danh Mủ Đàm Dịch hút phế quản Dịch phết họng Dịch não tủy Dịch chọc dò khác (vị trí) Dịch dẫn lƣu (chi tiết vị trí) Nƣớc tiểu Sond tiểu Phân Dịch mật Mảnh mô (từ phẩu thuật) Khác (chi tiết cụ thể) VII MRT-PCR: Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 98 - Kết MRT-PCR:  Dƣơng tính  Âm tính Tên vi sinh vật định danh PCR: VIII Xác định nguyên nhân tác nhân bệnh lý : Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 99 - Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 100 - BỘ Y TẾ CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM ĐẠI HỌC Y DƢỢC Độc Lập – Tự – Hạnh Phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH GIẤY XÁC NHẬN ĐÃ BỔ SUNG, SỬA CHỮA LUẬN VĂN THEO Ý KIẾN CỦA HỘI ĐỒNG CHẤM LUẬN VĂN THẠC SĨ - Học viên cao học: NGUYỄN THỊ HẰNG - Tên đề tài: “Khảo sát giá trị Multiplex Real Time PCR chẩn đoán nhiễm khuẩn huyết” - Chuyên ngành: Hóa sinh - Ngƣời hƣớng dẫn: PGS TS BS Lê Xuân Trƣờng Luận văn đƣợc bổ sung sửa chữa cụ thể điểm nhƣ sau: Sửa lại phần mục tiêu để làm bật vai trò PCR chẩn đốn nhiễm khuẩn huyết Mơ tả chi tiết phƣơng pháp lấy mẫu Bổ sung tiêu chuẩn loại trừ Phần thực nghiên cứu nêu rõ “ủ qua đêm” thời lƣợng cụ thể “ủ từ 12 đến 24 giờ”, chứng tỏ tính khoa học cụ thể, xác nghiên cứu Phân tích thêm trƣờng hợp PCR/chai cấy (-) cấy máu (+), trƣờng hợp cấy máu (-) PCR/chai cấy (+) Bổ sung số p để nêu rõ so sánh có ý nghĩa thống kê hay khơng cho so sánh cịn thiếu phần Trình bày gãy gọn phần đặt vấn đề sửa lại lỗi tả Phần kiến nghị kỳ vọng: bổ sung kiến nghị tiếp tục nghiên cứu đề tài với số liệu nghiên cứu lớn hơn, nghiên cứu với kit phong phú Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn - 101 - chủng loại phát tác nhân gây bệnh Phần tài liệu tham khảo: cần thiết nghiên cứu công bố Bỏ bớt số tài liệu tham khảo, trình bày lại tài liệu tham khảo theo cách thống đƣợc qui định TP.Hồ Chí Minh, ngày 25 tháng8 năm 2016 Ngƣời hƣớng dẫn Học viên (đã ký) (đã ký) PGS.TS Lê Xuân Trƣờng Nguyễn Thị Hằng Hội đồng chấm luận văn (đã ký) Chủ tịch Hội đồng TS Đỗ Thị Thanh Thủy Tuân thủ Luật sở hữu trí tuệ Quy định truy cập tài liệu điện tử Ghi rõ nguồn tài liệu trích dẫn