Nghiên cứu giải mã một phần hệ gen ty thể của loài sán lá gan nhỏ Opisthorchis viverrini (mẫu Việt Nam) và so sánh với các chủng của thế giới bằng các phương pháp sinh học phân tử

27 840 2
Nghiên cứu giải mã một phần hệ gen ty thể của loài sán lá gan nhỏ Opisthorchis viverrini (mẫu Việt Nam) và so sánh với các chủng của thế giới bằng các phương pháp sinh học phân tử

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

Thông tin tài liệu

Nghiên cứu giải mã một phần hệ gen ty thể của loài sán lá gan nhỏ Opisthorchis viverrini (mẫu Việt Nam) và so sánh với các chủng của thế giới bằng các phương pháp sinh học phân tử

bộ giáo dục v đo tạo viện khoa học v công nghệ việt nam Viện công nghệ sinh học ngô thị hơng Nghiên cứu giải một phần hệ gen ty thể của loi sán gan nhỏ Opisthorchis viverrini (mẫu việt nam) v so sánh với các chủng của thế giới bằng các phơng pháp sinh học phân tử Chuyên ngành: Hóa sinh học số: 62 42 30 15 tóm tắt Luận án tiến sĩ sinh học Hà Nội - 2008 luận án đợc hon thnh tại viện công nghệ sinh học Ngời hớng dẫn khoa học: PGS.TS. Lê Thanh Hòa TS. Triệu Nguyên Trung GS.TSKH. Vũ Thị Minh Thục Phản biện 1: PGS.TS. Nguyn Nghiờm Lut Trng i hc Y H Ni Phản biện 2: PGS.TS. Nguyn Vn Mựi Trng i hc Khoa hc T nhiờn, i hc Quc gia H Ni Phản biện 3: GS.TS. Lờ Bỏch Quang Hc Vin Quõn y Lun ỏn s c bo v trc Hi ng chm lun ỏn cp Nh nc, hp ti: Vin Cụng ngh sinh hc, H Ni vo hi 14 gi ngy 25 thỏng 09 nm 2008 Có thể tìm hiểu luận án tại: - Th viện Quốc gia - Th viện Viện Công ngh sinh học 1 MỞ ĐẦU 1. Tính cấp thiết của đề tài Ký sinh trùng (KST) tập hợp sinh vật rất đa dạng, nên việc phân loại về nhóm, loài, chủng trước đây đã có phần thiếu chính xác, đặc biệt đối với một số loài đồng hình (sibling species), đôi khi đã gộp nhầm những cá thể hoặc quần thểsinh trùng thực chất chúng có những đặc tính di truyền học hoàn toàn khác biệt nhau. Hiện nay các phương pháp sinh học phân tử (SHPT) đ ã bước đầu được ứng dụng trong chẩn đoán phân loại lập phả hệ sinh vật. Trong đó, các chỉ thị di truyền hệ gen ty thể (cox1, nad1, nad3, atp6…) đã được sử dụng phổ biến trong phương pháp phân loại sinh học phân tử. Ưu điểm của gen ty thể thể đơn bội, không tái tổ hợp, di truyền theo dòng mẹ tỷ lệ bi ến đổi nucleotide cao. Do có kích thước nhỏ, lại chứa các gen tối cần thiết cho hoạt động sống của tế bào, nên ADN hệ gen ty thể được coi đối tượng lý tưởng để khảo sát sự biến đổi trong hệ gen phục vụ nghiên cứu về giám định, phân loại lập phả hệ quần thể. Bệnh sán gan nhỏ do Opisthorchis viverrini gây nên (opisthorchiasis), bệnh ký sinh trùng truyền qua đường thức ăn, có ảnh hưởng nghiêm tr ọng đến sức khỏe cộng đồng ở các nước Đông Nam Á bao gồm Thái Lan, Lào, Campuchia Việt Nam. Bệnh này đã được nghiên cứu rộng rãi ở Thái Lan, nơi được coi trung tâm về dịch tễ của O. viverrini, có khoảng 6 triệu người bị nhiễm sán gan. Sự nhiễm bệnh có liên quan đến một số bệnh về gan mật như bệnh đường mật, vàng da tắc mật, to gan, viêm túi mật, bệnh sỏi mậ t O. viverrini được coi tác nhân góp phần gây bệnh ung thư đường mật Sán gan nhỏ O. viverrini đã được xác định có mặt ở một số tỉnh miền Trung, bước đầu đã khảo sát dịch tễ học chẩn đoán, song cho đến nay, các dữ liệu toàn diện về hệ gen ty thể của loài sán nguy hiểm này ở Việt Nam vẫn chưa có hoặc chưa đầy đủ. Do vậy, việc phân tích một phầ n hệ gen ty thể thành phần gen của O. viverrini gây bệnh ở người từ các vùng địa lý khác nhau sẽ góp phần vào nghiên cứusinh trùng phân tửViệt Nam thế giới. Trên cơ sở những kết quả đó cho phép ứng dụng lập bản đồ phân bố dịch tễ học phân tử, tìm hiểu cơ chế sinh bệnh, xây dựng các phương pháp bộ sinh phẩm (kit) chẩn đoán nhanh nhằm nghiên cứu các lo ại thuốc, vacxin để giúp cho việc phát hiện điều trị bệnh này một cách hiệu quả. Xuất phát từ những vấn đề thiết thực về nghiên cứu gen học hệ gen ty thể đã nêu ở trên, chúng tôi tiến hành đề tài: 2 “Nghiên cứu giải một phần hệ gen ty thể của loài sán gan nhỏ Opisthorchis viverrini (mẫu Việt Nam) so sánh với các chủng của thế giới bằng các phương pháp sinh học phân tử” 2. Mục tiêu đề tài : - Giải một vùng gen ty thể chứa một số gen quan trọng của một số phân lập O. viverrini thu nhận tại các vùng địa lý khác nhau ở Việt Nam. - Phân tích, so sánh các gen thu nhận được từ các phân lập của Việt Nam so sánh với các phân lập c ủa thế giới. - Phân tích mối quan hệ phả hệ của các phân lập sán gan nhỏ O. viverrini dựa vào trình tự các gen thu nhận được. - Thẩm định mối quan hệ về loài của O. viverrini trong lớp Trematoda trong ngành sán dẹt (Platyhelminthes) trên cơ sở phân tích vùng gen ty thể. 3. Những đóng góp mới về khoa học thực tiễn của đề tài - Lần đầu tiên trình tự vùng gen ty thể dài 4,2 kb của các phân lập O. viverrini ở những vùng địa lý khác nhau của Việt Nam Qu ảng Nam, Bình Định Phú Yên được xác định. - Lần đầu tiên đặc tính gen học vùng gen ty thể dài 4,2 kb của loài sán gan nhỏ O. viverrini bao gồm trật tự, cấu trúc, tương đồng, thành phần kiến tạo, mối quan hệ phả hệ được phân tích, góp phần quan trọng vào phát triển nghiên cứu sinh học phân tử của ngành ký sinh trùng hiện đại. - Lần đầu tiên mối quan hệ về loài vị trí phân loại của sán gan nhỏ O. viverrini được làm sáng tỏ, giúp hi ểu biết hơn về các loài trong lớp sán (Trematoda) ngành sán dẹt Platyhelminth. Các kết quả thu được từ vùng gen 4,2 kb của các phân lập O. viverrini sẽ giúp ích cho việc xây dựng kit chẩn đoán để phòng chống điều trị bệnh này có hiệu quả ở Việt Nam thế giới. 4. Bố cục luận án Luận án gồm 147 trang (không kể phần phụ lục), kết cấu thành 3 chương - Mở đầu: 3 trang - Chương 1: Tổng quan tài liệu: 47 trang (13 hình, 1 bảng) - Chương 2: Vật liệu phương pháp nghiên cứu: 20 trang (6 hình) - Chương 3: Kết quả thảo luận: 63 trang (23 hình, 18 bảng) - Kết luận kiến nghị: 2 trang - Tài liệu tham khảo: 178 tài liệu (26 tiếng Việt, 152 tiếng Anh) - Phụ lục 3 CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 LỊCH SỬ CỦA BỆNH OPISTHORCHIASIS PHÂN BỐ ĐỊA LÝ Bệnh sán gan nhỏ (opisthorchiasis) do Opisthorchis viverrini gây nên bệnh quan trọng đối với sức khỏe cộng đồng ở các nước Đông Nam Á bao gồm Thái Lan, Lào, Campuchia Việt Nam. Bệnh này đã được nghiên cứu rộng rãi ở Thái Lan, nơi được coi trung tâm về dịch tễ của O. viverrini, có khoảng 6 triệu người bị nhiễm sán gan. Sự nhiễm bệnh có liên quan đến một số bệnh v ề gan mật như bệnh đường mật, vàng da tắc mật, to gan, viêm túi mật, bệnh sỏi mật. Hơn nữa các bằng chứng về thực nghiệm dịch tễ học đã chứng minh sán gan nhỏ tác nhân góp phần gây nên bệnh ung thư đường mật. Ở Việt Nam, sán gan nhỏ O. viverrini được tìm thấy ở một số tỉnh phía Nam (Phú Yên, Bình Định, Quảng Nam, Huế, Đak Lak…) đã được giám định phân tử b ằng chỉ thị di truyền hệ gen ty thể. 1.2 HỆ GEN TY THỂ ỨNG DỤNG TRONG NGHIÊN CỨUSINH TRÙNG Hiện nay đã có rất nhiều loài đã có hệ gen ty thể được giải toàn bộ hoặc một phần, cung cấp nguyên liệu chuỗi nucleotide amino acid cho so sánh giám định các loài cần nghiên cứu. Do có kích thước nhỏ, lại chứa gen tối cần thiết cho hoạt động sống của tế bào, nên ty thể được coi đối tượng lý tưởng để khảo sát sự biến đổi trong hệ gen phục vụ nghiên cứu về giám định, phân loại lập phả hệ quần thể. Các gen trong ty thể lại có hệ số biến đổi nhanh hơn hệ gen nhân tế bào 10-15 lần, nên rất thuận lợi cho nghiên cứu về tiến hoá. Các gen của ty thể trong cùng chủng, cùng loài, thậm chí trong các loài có quan hệ gần về sinh học có sự bảo tồn rất cao, do vậy, bất cứ s ự thay đổi nhỏ nào cũng dấu hiệu giá trị trong giám định phân loại. Nghiên cứu hệ gen ty thể còn có tầm quan trọng trong chẩn đoán, điều trị phòng chống bệnh, vì có nhiều bệnh ở người động vật liên quan đến sự biến đổi ở ty thể. Đối với KST, hiểu biết đầy đủ về hệ gen ty thể, còn có giá trị định hướng trong phòng chống, đặc biệt tìm kiế m hóa chất, hóa dược, hoặc thực nghiệm các loại vacxin thế hệ mới. Đã có nhiều hệ gen ty thể của các loại KST như giun đũa (Ascaris suum), giun chỉ (Onchocerca volvulus), sán máng (Schistosoma mansoni, S. japonicum, S. mekongi, S. haematobium), sán dây (Taenia solium, T. saginata, T. 4 asiatica, T. crasiceps ), sán gan lớn (Fasciola hepatica, F. gigantica), sán gan nhỏ (Clonorchis sinensis, Opisthorchis viverrini), sán ruột (Fasciolopsis buski) đã được giải phân tích cung cấp nguồn dữ liệu cần thiết cho nghiên cứu giám định, phân loại, phả hệ, quần thểsinh trùng. 1.3 TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU SINH HỌC PHÂN TỬ SÁN GAN NHỎ O. VIVERRINIVIỆT NAM Hiện nay đã xác định ít nhất có 8 tỉnh lưu hành Opisthorchis viverrini đó các tỉnh, như Phú Yên, Bình Định, Đak Lak, Đà Nẵng, Quảng Nam, Khánh Hoà Thừa Thiên Hu ế Sán gan nhỏ O. viverrini lần đầu tiên được giám định phân tử bằng chỉ thị di truyền hệ gen ty thể vào năm 2003, trên các mẫu sán được thu thập trên người tại Phú Yên, đến năm 2006, kỹ thuật PCR đa năng được ứng dung để giám định phân biệt 2 loài sán gan nhỏ O. viverrini C. sinensis ở Việt Nam. Hiện nay, trong Ngân hàng gen, theo công bố, chỉ có gen nad3, một số gen ARN vận chuyển trnN, trnP, trnI trnK hoàn chỉnh một phần gen nad1 của O. viverrini được giải trình trình tự. Chưa có toàn bộ hệ gen ty thể giải trình một cách hoàn chỉnh nào của O. viverrini được đăng ký vào Ngân hàng gen. Như vậy, vấn đề đặt ra cần có dữ liệu sinh học phân tử hệ gen ty thể cũng như của hệ gen nhân của sán gan nhỏ của Việt Nam nhằm đáp ứng nhu cầu chẩn đoán giám định nghiên cứu bệnh học. 1.4 TẦM QUAN TRỌNG CỦA VIỆC GIẢI HỆ GEN TY THỂ CỦA LOÀI SÁN GAN NHỎ O. VIVERRINI Việc sử dụng phương pháp sinh học phân tử mà cụ thể ứng dụng phương pháp PCR trong chẩn đoán phân loại bệnh sán gan nhỏ nói riêng bệnh ký sinh trùng nói chungmột ý nghĩa hết sức to lớn. Nhờ phương pháp này người ta có thể chẩn đoán từ rất sớm, rất chính xác tác nhân gây bệnh. Điều này giúp cho các nhà điều trị học lựa chọn phương pháp điều trị hiệu quả ít tốn kém nhất, góp phần ngăn chặn các hậu quả xấu do bệnh gây ra. Việc xác định các cấu trúc một gen hay nhiều gen đặc trưng của sán gan nhỏ còn giúp cho các nhà sinh học xác định được sản phẩm cụ thể của gen đó. Đây sẽ sở cho việc sả n xuất các kháng nguyên đặc hiệu, sử dụng cho phương pháp chẩn đoán bằng miễn dịch học. Nguồn thông tin thu được sẽ giúp cho việc xác định phân bố phân tử của chúng cũng như giúp cho các nghiên cứu về phòng chống điều trị có hiệu quả bệnh này ở Việt Nam thế giới. 5 CHƯƠNG 2 VẬT LIỆU PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU Nguyên liệu nghiên cứu mẫu sán gan nhỏ trưởng thành có kích thước 1,2 x 0,1 cm, màu vàng nhạt, được xác định O. viverrini về mặt hình thái học. Mẫu sán được thu thập từ bệnh nhân tại các địa điểm sau: - Xã An Mỹ, huyện Tuy An, tỉnh Phú Yên. Ký hiệu (OvPY3) - Xã Mỹ Thọ, huyện Phù Mỹ, tỉnh Bình Định. Ký hiệu (OvBD1) - Xã Tam Xuân 1, huyện Núi Thành, tỉnh Quảng Nam. Ký hiệu (OvQN). Đây những nơi được xác định vùng lư u hành bệnh sán gan nhỏ. 2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Để thu nhận được các chuỗi ADN hệ gen ty thể của các phân lập O. viverrini, phương pháp PCR được sử dụng kết hợp, bao gồm PCR thông thường PCR cực đại (long PCR). Các sản phẩm PCR được dòng hóa, giải trình trình tự phân tích theo quy trình tổng quát như sau: 2.2.1. Phương pháp tách chiết ADN tổng số từ mẫu vật: sử dụng bộ sinh phẩm QIAamp DNA Mini kit (QIAGEN Inc, USA). 2.2.2. Phương pháp tiến hành phản ứ ng PCR: phản ứng PCR cực đại được thực hiện trên máy MJ Thermal Cycler PCT-100 (MJ Research, USA), sử dụng bộ hóa chất Elongase kit của hãng Invitrogen theo chu trình nhiệt như sau: 94 o C/5 phút, tiếp theo 35 chu kỳ ở 94 o C/30 giây, 54 o C/1 phút; 68 o C/12 phút. Phản ứng PCR thông thường được thực hiện theo chu trình nhiệt như sau: 94 o C/5 phút, tiếp theo 35 chu kỳ ở 94 o C/30 giây, 52 o C/30 giây; 72 o C/2 phút chu kỳ cuối cùng 72 o C/10 phút. Sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 1%, nhuộm gel bằng Ethidium Bromide 10 phút sau đó quan sát sản phẩm trên máy soi gel Wealtech (Mỹ). 2.2.3. Phương pháp tách dòng giải trình trình tự: sản phẩm PCR tinh sạch được dòng hóa vào vector pCR2.1TOPO (TA-cloning Kit ) của hãng Invitrogen. Các đoạn ADN trong plasmid tái tổ hợp được giải trình trình tự trên máy ABI3100 Avant Genetic Analyzer. 2.2.4. Phương pháp xử lý số liệu: các chuỗi nucleotide được xử lý bằng chương trình SeqEdv1.03, sau đó so sánh sử dụng chương trình AsemblyLIGNv1.9c MacVector8.2 (Accelrys Inc.) trên máy tính Macintosh; các chương trình GENEDOC2.5, MEGA3.1 trên máy tính PC, được sử d ụng để phân tích, so sánh về thành phần nucleotide amino acid cũng như phân tích mối quan hệ phả hệ 6 CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ THẢO LUẬN 3.1. KẾT QUẢ THU NHẬN VÙNG GEN TY THỂ DÀI 4,2 KB CỦA CÁC PHÂN LẬP SÁN GAN NHỎ O. VIVERRINI Phản ứng PCR thông thường PCR cực đại (long PCR) được sử dụng kết hợp để thu nhận vùng gen ty thể có kích thước 4,2 kb của các phân lập O. viverrini của Việt Nam (OvQN, OvBD1, OvPY3) của Thái Lan (OvKK). theo đồ tổng quát giới thiệu ở Hình 3.1. Hình 3.1: đồ tổng quát thu nhận vùng gen dài 4,2 kb của các phân lập OvQN, OvBD1, OvPY3 của.Việt Nam OvKK của Thái Lan. Các chuỗi gen của các phân lập OvQN, OvBD1, OVPY3 OvKK sau khi giải trình trình tự được đưa vào phân tích sử dụng các chương trình SeqEd1.03 AsemblyLIGNv1.9c MacVector8.2 (Accelrys Inc.) để thu nhận toàn bộ trình tự vùng ADN ty thể có độ dài 4,2 kb. 3.2. KẾT QUẢ PHÂN TÍCH VÙNG GEN TY THỂ DÀI 4,2 KB CỦA CÁC PHÂN LẬP O. VIVERRINI CỦA VIỆT NAM THÁI LAN 3.2.1. Phân tích sự biến đổi về thành phần nucleotide giữa các phân lập O. viverrini của Việt Nam Thái Lan trong vùng gen ty thể dài 4,2 kb Kết quả cho thấy, vùng ADN giới hạn giữa cặp mồi Ov8F-OvR có độ dài 4.252 bp ở cả 3 phân lập O. viverrini OvQN, OvPY3 OvKK. Ov8F cox1 rrnL rrnS cox2 nad6 T C Y E R nad 5 G L 1 L 2 S 2 SNR LNR W atp6 nad 2 A V N I F M nad1 P K Q D nad3 cox 3 cob nad 4 H nad4L S 1 4,2 Kb 1,3 kb 2,9 kb OvQN OvBD1 OvPY3 cox1 rrnL rrnS cox2 nad6 T C Y E R nad 5 G L 1 L 2 S 2 SNR LNR W atp6 nad 2 A V N I F M nad1 P K Q D nad3 cox 3 cob nad 4 H nad4L S 1 Ov4R OvN3R Ov15R Ov17R Ov19R Ov21R Ov8F OvR OvF 4,2 Kb 3,7 kb OvQN OvBD1 OvPY3 OvQN OvBD1 OvPY3 OvR OvKK Ov8F SảnphẩmPCR Mồigiải trình trình tự Vùng gen ty thể 4,2 kb của các chủng O. viverrini Ov4R Ov8F OvN3R OvF OvR Ov8F cox1 rrnL rrnS cox2 nad6 T C Y E R nad 5 G L 1 L 2 S 2 SNR LNR W atp6 nad 2 A V N I F M nad1 P K Q D nad3 cox 3 cob nad 4 H nad4L S 1 4,2 Kb 1,3 kb 2,9 kb OvQN OvBD1 OvPY3 OvQN OvBD1 OvPY3 cox1 rrnL rrnS cox2 nad6 T C Y E R nad 5 G L 1 L 2 S 2 SNR LNR W atp6 nad 2 A V N I F M nad1 P K Q D nad3 cox 3 cob nad 4 H nad4L S 1 Ov4R OvN3R Ov15R Ov17R Ov19R Ov21R Ov8F OvR OvF 4,2 Kb 3,7 kb OvQN OvBD1 OvPY3 OvQN OvBD1 OvPY3 OvR OvKK Ov8F SảnphẩmPCR Mồigiải trình trình tự Vùng gen ty thể 4,2 kb của các chủng O. viverrini Ov4R Ov8F OvN3R OvF OvR 7 Riêng đối với phân lập OvBD1, độ dài 4253 nucleotide, do phân lập OvBD1 có đột biến thêm vào một nucleotde (T) tại vị trí 816 so với 3 phân lập còn lại, tuy nhiên sự đột biến này xảy ra ở vùng giao gen nên cũng không gây nên sự thay đổi nào về acid amin. Đăng ký Ngân hàng gen: OvBD1 (số: EU443831), OvQN (số: EU443832), OvPY3 (số: EU443833). Có tất cả 58 vị trí sai khác giữa các phân lập O. viverrini với nhau, chiếm tỷ lệ 1,36% (Bảng 3.1A-B-C-D). Đây tỷ lệ sai khác cho phép giữa các phân lập trong cùng một loài. Trong số 58 đột bi ến, có 9/58 đột biến dị hoán (tranversion), chiếm tỷ lệ 15,5%; 48/58 nucleotide đột biến đồng hoán (transition), chiếm tỷ lệ 84,5%. 3.2.2. Phân tích trật tự các gen trong vùng ADN ty thể dài 4,2 kb Kết quả cho thấy có 5 gen hóa protein đó các gen nad4, atp6, nad2, nad1 nad3; 10 gen hóa cho ARN vận chuyển các amino acid trnQ (glutamine), trnF (phenylalanine), trnM (methionine), trnV (valine), trnA (alanine), trnD (aspartate), trnN (asparagine), trnP (proline), trnI (isoleucine) trnK (lysine). Trật tự các gen được sắp xếp như trình bày ở Bảng 3.2 . 3.2.3. Kết quả phân tích các gen hóa protein nằm trong vùng gen ty thể 4,2 kb a) Kết quả phân tích thành phần nucleotide amino acid đoạn gen nad4 của các phân lập O. viverrini Bảng 3.3: So sánh tỷ lệ (%) tương đồng về nucleotide (trên đường chéo) amino acid (dưới đường chéo) của các phân lập O. viverrini với nhau (một phần gen nad4 dài 807 nucleotide) 999999 OvPY3 999999 OvBD1 999899 OvQN 999999 OvKK OvPY3OvBD1OvQNOvKK 999999 OvPY3 999999 OvBD1 999899 OvQN 999999 OvKK OvPY3OvBD1OvQNOvKK 8 Bảng 3.1 (A,B,C,D): Bảng phân tích các vị trí có sai khác về nucleotide trong vùng gen ty thể 4,2 kb giữa các phân lập O. viverrini của Việt Nam so với phân lập OvKK của Thái Lan, lần lượt theo trật tự các gen. Ghi chú: Dấu (*) vùng giao gen nad2atp6trnM TCCTCTTGGCCCAT OvPY3 CTCTTTTGGTTTGT OvBD1 TCTTCCTGGCTCAC OvQN TCCGCTCTCCTTAT OvKK 16781616158714391407135412581247124612421207114110691019 Các vị trí có thay đổi nucleotide Chủng nad2atp6trnM TCCTCTTGGCCCAT OvPY3 CTCTTTTGGTTTGT OvBD1 TCTTCCTGGCTCAC OvQN TCCGCTCTCCTTAT OvKK 16781616158714391407135412581247124612421207114110691019 Các vị trí có thay đổi nucleotide Chủng (B) trnF*nad4 GC-ACTTTGCTTTT OvPY3 GTTGTCCTATCTAC OvBD1 GC-GCTTAGCTCAT OvQN CC-GCTTTGCTTAT OvKK 9469428168087697297266965164902342093425 Các vị trí có thay đổi nucleotide Chủng trnF*nad4 GC-ACTTTGCTTTT OvPY3 GTTGTCCTATCTAC OvBD1 GC-GCTTAGCTCAT OvQN CC-GCTTTGCTTAT OvKK 9469428168087697297266965164902342093425 Các vị trí có thay đổi nucleotide Chủng [...]... Nguyờn Trung, Nguyn Vn Chng (2006b), Phõn tớch trỡnh t gen nad3 ca h gen ty th cỏc chng sỏn lỏ gan nh (Opisthorchis viverrini) ca Vit Nam v so sỏnh vi mt s chng ca th gii, Tp chớ Cụng ngh Sinh hc 4(2), tr 179-186 3 Ngụ Th Hng, Lờ Thanh Hũa, Triu Nguyờn Trung (2007), Phõn tớch, so sỏnh trỡnh t gen atp6 ca h gen ty th cỏc chng sỏn lỏ gan nh (Opisthorchis viverrini) ca Vit Nam v Thỏi Lan, Tp chớ Y hc Vit Nam... v thnh phn gen ca loi sỏn lỏ gan nh O viverrini, ớt nht l vựng gen ty th di 4,2 kb ny Cỏc gen mó húa protein ca sỏn lỏ gan nh O viverrini u cú mó m u l ATG hoc GTG, õy l cỏc mó m u ph bin c s dng cỏc loi giun sỏn ký sinh; mó kt thỳc ca gen thng l TAG, ú l mt trong cỏc b mó kt thỳc chung cho a s cỏc loi Vic xỏc nh cỏc b mó khi u v mó kt thỳc mt s gen mó húa protein ca sỏn lỏ gan nh O viverrini l... Kt thỳc */TAG Ghi chỳ Vựng giao gen (7bp) 63 Vựng giao gen (12bp) 66 67 516/171 ATG/TAG Vựng giao gen (18bp) 870/289 ATG/TAG Vựng giao gen (14bp) 66 Vựng giao gen (30bp) 62 Vựng giao gen (5bp) 68 Vựng giao gen (4bp) 903/300 GTG/TAG Vựng giao gen (5bp) 69 Vựng giao gen (4bp) 64 Vựng giao gen (16bp) 65 66 Vựng giao gen (1bp) 357/118 27 GTG/TAG Mt phn gen trnS1 11 Bng 3.4: So sỏnh cỏc v trớ cú thay i v... mỏng chõu (Schistosoma japonicum, S mekongi ) Tuy nhiờn, trt t gen li khỏc bit ỏng k so vi sỏn mỏng chõu Phi nh Schistosoma mansoni, S haematobium, S intercalatum, trc õy ó c phỏt hin, ú l cú s sp xp li trt t ca 2 khi gen atp6-nad2 v nad1-nad3 ADN ty th ca cỏc loi sỏn mỏng n v chõu Phi Do ú, vic phõn tớch vựng gen ny cũn giỳp cho vic xỏc nh trt t sp xp ca cỏc gen ny sỏn lỏ gan nh O viverrini ng dng... trỡnh t on gen di 4,2 kb ca 3 phõn lp O viverrini thu nhn ti mt s tnh min Trung Vit Nam l OvQN (Qung Nam), OvBD1 (Bỡnh nh) v OvPY3 (Phỳ Yờn) Vựng gen ny bao gm 15 gen, trong ú cú 5 gen mó húa protein, ú l cỏc gen nad4 (mt phn gen) , ton b cỏc gen atp6, nad2, nad1, nad3 v 10 gen mó húa cho cỏc ARN vn chuyn cỏc amino acid l trnQ, trnF, trnM, trnV, trnA, trnD, trnN, trnP, trnI v trnK Trt t cỏc gen mó húa... phõn lp O viverrini trong vựng gen ty th 4,2 kb ang phõn tớch l khụng cú s thay i so vi cỏc loi sỏn lỏ khỏc ó c nghiờn cu Tt c cỏc ARN vn chuyn ca sỏn lỏ gan nh u cú cu trỳc chun cú hỡnh dng c 3 lỏ clover-leaf tng t nh cu trỳc ca ARN vn chuyn ca h gen trong nhõn 3.3 KT QU PHN TCH MI QUAN H PH H CA CC PHN LP O VIVERRINI CA VIT NAM V THI LAN DA VO MT S GEN TRONG VNG GEN 4,2 KB Trong vựng gen ty th 4,2... mó ny h gen ty th ca cỏc loi giun sỏn ký sinh Trong s 5 gen mó húa protein, chỳng tụi ch thu c phn cui gen nad4 (hng 5-3), cú chiu di l 807 nucleotide, mó húa cho 268 amino acid, cú b mó kt thỳc l TAG Bn gen cũn li l cỏc gen hon chnh Gen atp6 ca tt c cỏc phõn lp O viverrini cú kớch thc l 516 bp, mó hoỏ cho 171 amino acid B mó khi u l ATG v b mó kt thỳc l TAG Gen nad2 ca tt c cỏc phõn lp O viverrini. .. tớch cỏc phõn lp O viverrini khỏc nhau v a lý 22 Vựng gen ty th di 4,2 kb cha khi gen atp6-nad2-nad1-nad3, õy l khi gen c gi l im núng (HOT SPOT) trong h gen ty th ca sỏn dt, im ny ỏnh du cú s o v trớ hay/hoc sp xp li trt t ca cỏc gen Cỏc nghiờn cu trc õy ca mt s tỏc gi trờn mt s loi sỏn dt cho thy trt t cỏc gen mó húa protein ca sỏn lỏ gan nh rt ging vi cỏc loi sỏn dt khỏc nh sỏn lỏ gan ln (Fasciola... v mi quan h phõn loi ca O viverrini vi cỏc loi trong ngnh sỏn dt (Platyhelminthes) Cỏc kt qu thu c t on gen 4,2 kb ca cỏc phõn lp O viverrini ca Vit Nam s l ngun thụng tin cú giỏ tr trong nghiờn cu v gen v h gen, v xõy dng kit chn oỏn, v d liu i chiu so sỏnh trong giỏm nh phõn loi Ngun thụng tin thu c cng cung cp nhng c im sinh hc v dch t hc phõn t ca loi sỏn lỏ gan nh O viverrini, giỳp cho vic xỏc... Vựng gen c nghiờn cu cú di 4.252 nucleotide c 3 phõn lp O viverrini l OvQN, OvPY3 v OvKK ng ký Ngõn hng gen: OvBD1 (s: EU443831), OvQN (s: EU443832), OvPY3 (s: EU443833) Riờng i vi phõn lp OvBD1, di l 4253 nucleotide Cú tt c 58 v trớ sai khỏc gia cỏc phõn lp O viverrini vi nhau, chim t l 1,36% 2 Vựng gen ny bao gm 15 gen, trong ú cú 5 gen mó húa protein, ú l cỏc gen nad4 (mt phn gen) , ton b cỏc gen . sán lá gan nhỏ Opisthorchis viverrini (mẫu Việt Nam) và so sánh với các chủng của thế giới bằng các phương pháp sinh học phân tử 2. Mục tiêu đề tài : - Giải mã một vùng gen ty thể chứa một. khoa học v công nghệ việt nam Viện công nghệ sinh học ngô thị hơng Nghiên cứu giải mã một phần hệ gen ty thể của loi sán lá gan nhỏ Opisthorchis viverrini (mẫu việt nam) v so sánh. gen nhân của sán lá gan nhỏ của Việt Nam nhằm đáp ứng nhu cầu chẩn đoán giám định và nghiên cứu bệnh học. 1.4 TẦM QUAN TRỌNG CỦA VIỆC GIẢI MÃ HỆ GEN TY THỂ CỦA LOÀI SÁN LÁ GAN NHỎ O. VIVERRINI

Ngày đăng: 03/04/2014, 18:34

Từ khóa liên quan

Tài liệu cùng người dùng

  • Đang cập nhật ...

Tài liệu liên quan