Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của salmonella spp phân lập từ thực phẩm tại tp hcm

BỘGIÁODỤCVÀĐÀOTẠO TRƯỜNGĐẠIHỌCNƠNGLÂM TP.HCM TRƯƠNGHUỲNHANHVŨ NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH Ở MỨC ĐỘPHÂNTỬCỦASALMONELLASPP PHÂN LẬP TỪTHỰCPHẨMTẠITHÀNHPHỚ HỜ CHÍMINH Chunngành:CƠNGNGHỆSINHHỌC Mãsốngành:9.42.02.01 ḶNÁNTIẾNSĨCƠNGNGHỆSINHHỌC ThànhphốHồChíMinh–Năm2022 BỘGIÁODỤCVÀĐÀOTẠO TRƯỜNGĐẠIHỌCNƠNGLÂMTP.HCM  TRƯƠNGHUỲNHANHVŨ NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH Ở MỨC ĐỘPHÂNTỬCỦASALMONELLASPP PHÂN LẬP TỪTHỰCPHẨMTẠITHÀNHPHỚ HỜ CHÍMINH Chunngành:CơngnghệSinh học Mãsố:9.42.02.01 ḶNÁNTIẾNSĨCƠNGNGHỆSINH HỌC Ngườihướngdẫnkhoahọc:PGS.TS.NGUYỄNHỒNGKHTÚ ThànhphốHồChíMinh–Năm2022 LỜICAMĐOAN Tơixincamđoanluậnán“NghiêncứutínhkhángkhángsinhởmứcđộphântửcủaSalmonel laspp.phânlậptừthựcphẩmtạithànhphốHờChíMinh”làcơngtrìnhcủatơithựchiệnvớisựhướng dẫncủaPGS.TSNguyễnHồngKhTú.Cácsốliệuvàkếtquảtrìnhbàytrongluậnánnàylàtrungthựcvàchưatừng đượcngườikháccơngbốtrongbấtkỳcơngtrìnhnàokhác TÁCGIẢḶNÁN TRƯƠNGHUỲNHANHVŨ LỜICẢMƠN Đểhồnthànhluậnánnày,trướctiên tơixinchânthànhbàytỏlịngbiếtơnsâusắcđếnCơPGS TS Nguyễn Hồng Kh Tú dành nhiều thời gian, cơng sức vàtậntìnhhướngdẫn,truyềnđạtnhữngkiếnthức,kinhnghiệmqbáutrongsuốtthờigianthựchi ệnluậnán Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám hiệu Trường Đại học Nông Lâm TP.HCM; quý Thầy/Cô Khoa Khoa học Sinh học; Phòng Đào tạo Sau đại học đãnhiệt tình giúp đỡ, hướng dẫn thực thủ tục theo quy chế đào tạo nghiên cứusinhđểtơicóthểhồnthànhchương trìnhhọctậpđúngtiếnđộ TơixinchânthànhcảmơnBanGiámđốcSởKhoahọcvàCơngnghệ;QuỹPháttriển Khoa học Công nghệ TP HCM; Ban Giám đốc tồn thể Anh/Chị/EmPhịngVisinh;PhịngHànhchínhQuảntrị,TrungtâmDịchvụPhântíchThínghiệmTP HCMđãủnghộvàhỗtrợvềkinhphí,trangthiếtbị,dụngcụ,hóachất,…đểthựchiệnnghiêncứu Tơi xin cảm ơn Ban Giám đốc Trung tâm Kiểm nghiệm Vệ sinh An toàn ThựcphẩmKhuvựcphíaNam,ViệnYtếCơngcộngTP.HCM;qThầy/Cơvàcácbạsinh n viên Viện Cơng nghệ Sinh học Thực phẩm, Đại học Cơng nghiệp TP HCMđãđộngviên,giúpđỡ chia sẽkinhnghiệmtrongqtrìnhthựchiệnluậnán Cuối cùng, sự thành công luận án khơng kể đến sự đóng gópkhơngnhỏcủacácthànhviêntronggiađình,nhữngngườilnủnghộ,độngviênvàgiúptơiv ượt qua rấtnhiềukhókhăn,trở ngại trongsuốt thờigianhọctập Chânthànhcámơn./ TĨMTẮT Luận án “Nghiên cứu tính kháng kháng sinh mức độ phân tử củaSalmonellaspp.phânlậptừthựcphẩmtạithànhphốHờChíMinh”đượcthựchiệntạiTrungtâm DịchvụPhântíchThínghiệmthànhphốHờChíMinh.TỷlệnhiễmSalmonellaspp.củacácnhómthực phẩm thu thập tại chợ bán lẻ địa bàn thành phố HờChí Minh từ 09/2019 đến 09/2020 16,84% (256/1.520) Nhóm mẫu thịt có tỷ lệ nhiễmcaonhất,tiếptheolànhómmẫuthủyhảisảnvàcuốicùnglànhóm mẫuraucủquảcó tỷ lệ 43,16% (164/380), 23,95% (91/380), 0,26% (01/380) Chưa ghinhận trường hợp thuộc nhóm mẫu trứng có nhiễmSalmonella.Các kháng sinhTE, AMP, STR, C SXT có tỷ lệSalmonellaspp kháng từ 34,67% đến 52,00%.Ngược lại, 96,00% nhạy với CAZ Từ 21 chủng Salmonellaspp có kiểu hình đakhángđịnhdanhđược07serovar,phổbiếnnhấtlàS.Kentucky(8chủng);S.Infantis(4 chủng);S.Agona vàS.Potsdam (2 chủng);S.Saintpaul,S Braenderup vàS.Indiana (01 chủng) Các integron nhóm 1, và serovarSalmonellađa khángđượcpháthiệnlần lượtlà100%(21/21),52,38%(11/21)và100%(21/21).TỷlệSalmonellamang lúc ba nhóm integron 52,38% (11/21) Kết khảo sátvùnggencassettedươngtínhvớiintegronnhóm1chiếm85,71%;nhóm2là72,73%.Kết khảo sát phát 100% serovar mang plasmid không tương hợp.Serovar mang nhiều plasmid Kentucky (08 plasmid); Potsdam (07 plasmid);Infantis,Saintpaul,Braenderup,Agonavà7:1,z6:UT(05plasmid);IndianavàO MF:1,z6:UT (04 plasmid) Gen mã hóa sinh ESBL phát thìblaTEMchiếm tỷ lệ cao 52,38%, đột biến tại vị trí codon 90 (Asp90Gly) chủngSA11/193497.GenblaCTXcótỷlệ19,05%,độtbiếntạivịtrícodon80(Ala80Val)trên cácchủngSA07/201066,SA07/201067vàSA12/191600.Genkhángnhómquinolon, đột biến phát gengyrA (Ser83Phe; Asp87Asn) vàparC(Thr57Ser; Ser80Ile; Ser395Asn; Ala469Ser; Thr620Ala) Ngoài ra, chúng tơi cịnghi nhận tính đa kháng cácSalmonella entericasups serovar Kentucky có liênquan đến yếu tố di truyền chuyển vị làTn21 mã hóaUrf2 bốnàomơtảchitiếtchứcnănghoạtđộngcủachúng chưa có cơng SUMMARY The thesis “Research on molecular characteristics of antibiotic resistance inSalmonellaspp.isolatedfromfoodinHoChiMinhCity”wasperformedattheCenter of Analytical Service and Experimentation Ho Chi Minh City The results showedthatthecontaminatedrateofSalmonellaspp.was16.84%(256/1,520).Meatsampleshadthe highestcontaminationrate,followedbytheseafoodsamplesandfinallyfruitand vegetable samples which were 43.16% (164/380), 23.95% (91/380), 0.26%(01/380),respectively.TherewasnoSalmonelladetectedintheeggsamples.Testingtheanti bioticsensitivityof150isolatedSalmonellastrainsshowedthatoftheresistanttratestoAMP,S TR,C,andSXTwerefrom34.67%to52.00%.Incontrast,Salmonellaspp were highly susceptible to CAZ (96.00%) There were 07 serovarphenotypes determined from 21 strains of multidrug-resistantSalmonellaspp inwhich the most common ones wereS Kentucky (8 strains);S Infantis (4 strains);S.Agona andS.Potsdam (2 strains);S.Saintpaul,S.Braenderup, andS.Indiana integrons III) (I, II, and (01strain) were found Specifically, in all multidrug- resistantSalmonellaserovarsisolatedfromfoodgroupsat100%(21/21),52.38%(11/21),and10 0%(21/21),respectively.TherateofSalmonellacarryingallthreeintegrongroupswas52.38%(11/21) The assessment of the gene cassette region of integron Iwasaccountedfor85.71%;group2was72.73%.Wefoundthat100%ofserovarscarriedplasmid sincompatibility.Serovarcarryingthemostplasmidswas Kentucky(8plasmids);Potsdam(7plasmids);Infantis,Saintpaul,Braenderup,Agonaand7:1 ,z6:UT(5plasmids);IndianaandOMF:1,z6:theUT(4plasmids).InthedetectionofESBLenco dinggenes,theblaTEMgeneaccountedforthehighestrateof52.38%,mutations at codon position 90 (Asp90Gly)onstrainSA11/193497.TheblaCTXgene had the rate of 19.05%, mutations varying at codon position 80 (Ala80Val) onstrains SA07/20 1066, SA07/20 1067 and SA12/19 1600.The resistance genesagainstthequinolonegroup,mutationsweredetectedinthegyrA(Ser83Phe;Asp87 Asn)andparC(Thr57Ser;Ser80Ile;Ser395Asn;Ala469Ser;Thr620Ala)genes.I n t e r e s tingly,wenotedthemultiresistanceofSalmonellaentericasups Kentuckyserovarswhichwerer e l a t e d t o thet r a n s l o c a t i o n geneticf a c t o r Tn2 1encodingUrf2that wasnotstudiedordescribedthefunctionindetail KÝHIỆUVÀCHỮ VIẾTTẮT Viếttắt Ala AMC AMP Asn Asp AX C CAZ CRO CS CI CIP CLSI CTX DNA ECDC EFSA ESBL FX Gly GM Ile K kbp MLST MIC m-PCR NA NARMS TiếngAnh Alanine Amoxicillin/Clavunicacid Ampicillin Asparagine Asparticacid Amoxicillin Chloramphenicol Ceftazidime Ceftriaxone Conservedsegment ConfidenceInterval Ciprofloxacin ClinicalandLaboratoryStandards Institute Cefotaxime DeoxyribonucleicAcid EuropeanCentreforDisease PreventionandControl EuropeanFoodSafetyAuthority ExtendedSpectrum Betalactamase Furazolidone Glycine Gentamycin Isoleucine Kanamycin Kilobasepairs MultiLocusSequenceTyping MinimalInhibitedConcentration Multiplex-PCR Nalidixicacid NationalAntimicrobialResistance MonitoringSystem TiếngViệt KhángsinhAmoxicillin/Clavunicacid KhángsinhAmpicillin KhángsinhAmoxicillin KhángsinhChloramphenicol KhángsinhCeftazidime KhángsinhCeftriaxone Vùngbảotồn Khoảngtincậy KhángsinhCiprofloxacin Việntiêuchuẩnlâm sàngvàxét nghiệm KhángsinhCefotaxime Trungtâm PhịngchốngDịchbệnh châu CơquanAntồn Thực phẩmchâu Âu Betalactamasephổrộng KhángsinhFurazolidone KhángsinhGentamycin KhángsinhKanamycin Cặpbazơ Giảitrìnhtựnhiềulocus Nờngđộứcchếtối thiểu PCRđamời KhángsinhNalidixicacid Hệthốnggiámsátkhángkhuẩnquốc giaHoaKỳ NOR NTS OFX orf P PCR Phe RA RNA RNAi Ser SMZ SPI SPT STR Norfloxacin Non-typhoidalSalmonella Ofloxacin Openreadingframe Penicillin PolymeraseChainReaction Phenylalanine PlasmidMediatedQuinone Resistance PartsPerMillion Quaternaryammonium compounds Rifampin RibonucleicAcid RNAinterference Serine Sulphamethoxazole SalmonellaPathogenicityIslands Spectinomycin Streptomycin SXT Sulfamethoxazole/Trimethoprim PMQR ppm qac s-PCR T TE Thr TMP TOB Val WHO Simplex-PCR Oxytetracycline Tetracycline Threonine Trimethoprim Tobramycin Valine WorldHealthOrganization KhángsinhNorfloxacin Salmonellakhônggây sốtthươnghàn KhángsinhOfloxacin Khungđọcmở KhángsinhPenicillin Phảnứngchuỗipolymerase Genkhángquinolonenằmtrên plasmid Phầntriệu Hợpchấtamonibậc4 KhángsinhRifampin SựcanthiệpRNA KhángsinhSulphamethoxazole ĐảogâybệnhSalmonella KhángsinhSpectinomycin KhángsinhStreptomycin Khángsinh Sulfamethoxazole/Trimethoprim PCRđơnmồi KhángsinhOxytetracycline KhángsinhTetracycline KhángsinhTrimethoprim KhángsinhTobramycin Tổchứcytếthếgiới MỤCLỤC TRANG LỜICẢMƠN i TÓMTẮT iiSUMMARY iiiKÝHIỆUVÀCHỮVIẾT TẮT v MỤCLỤC viiDANHMỤCCÁCBẢNG xiMỞĐẦU Đónggópmới luậnán 2CHƯƠNG 3TỔNGQUAN 1.1 Tìnhhìnhthựcphẩm nhiễmSalmonellaspp.trên thếgiới 1.2 TìnhhìnhthựcphẩmnhiễmSalmonellaspp.tạiViệtNam -4 1.3 Thựctrạngsử dụngvàtồndư khángsinh 1.4 TìnhhìnhkhángkhángsinhcủaSalmonellaspp.trênthếgiới -6 1.5 TìnhhìnhkhángkhángsinhcủaSalmonellaspp.tạiViệtNam 1.6 ĐặcđiểmsinhhọccủaSalmonellaspp -9 1.6.1 Đặcđiểmhìnhthái 1.6.2 Đặctínhnicấy 1.6.3 Đặctínhsinhhóa 1.6.4 Phânloại 10 1.6.5 HệgencủaSalmonellaspp 11 1.7 CơchếkhángaminoglycosidecủaSalmonellaspp -12 1.8 Cơchếkhángβ-lactamcủaSalmonellaspp 13 1.9 CơchếkhángphenicolcủaSalmonellaspp 14 ... Bảng3.5 .Mức? ?ộkhángkhángsinhcủaSalmonellaspp .43 Bảng3.6 Mức? ?ộkhángkhángsinhcủaSalmonellaspp từthịtheo, gà,bò 44 Bảng3.7 Mức? ?ộkhángkhángsinhcủaSalmonellaspp.từcá,mực,tôm 45 Bảng3.8 Mức? ?ộkhángtừngloạikhángsinhcủaSalmonellaspp... KhảnăngkhángtừngloạikhángsinhcủacácchủngSalmonellaspp 46 3.2.3 KhảnăngkhángtừngloạikhángsinhcủacácchủngSalmonellaspp.theong̀nphânlập 49 3.2.4 Kiểuhìnhkhángkhángsinh củacácchủngSalmonellaspp... TRƯỜNGĐẠIHỌCNƠNGLÂMTP .HCM  TRƯƠNGHUỲNHANHVŨ NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH Ở MỨC ĐỘPHÂNTỬCỦASALMONELLASPP PHÂN LẬP TỪTHỰCPHẨMTẠITHÀNHPHỚ HỜ CHÍMINH Chunngành:Cơngngh? ?Sinh học Mãsố:9.42.02.01