Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của salmonella spp phân lập từ thực phẩm tại thành phố hồ chí minh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HCM TRƯƠNG HUỲNH ANH VŨ NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH Ở MỨC ĐỘ PHÂN TỬ CỦA SALMONELLA SPP PHÂN LẬP TỪ THỰC PHẨM TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Chun ngành: CƠNG NGHỆ SINH HỌC Mã số ngành: 9.42.02.01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh – Năm 2022 download by : skknchat@gmail.com BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HCM  TRƯƠNG HUỲNH ANH VŨ NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH Ở MỨC ĐỘ PHÂN TỬ CỦA SALMONELLA SPP PHÂN LẬP TỪ THỰC PHẨM TẠI THÀNH PHỚ HỜ CHÍ MINH Chun ngành: Cơng nghệ Sinh học Mã số: 9.42.02.01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS NGUYỄN HOÀNG KHUÊ TÚ Thành phố Hồ Chí Minh – Năm 2022 download by : skknchat@gmail.com LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan luận án “Nghiên cứu tính kháng kháng sinh mức độ phân tử Salmonella spp phân lập từ thực phẩm tại thành phố Hờ Chí Minh” cơng trình tơi thực với sự hướng dẫn PGS TS Nguyễn Hoàng Khuê Tú Các số liệu kết trình bày luận án trung thực chưa từng người khác công bố cơng trình khác TÁC GIẢ ḶN ÁN TRƯƠNG HUỲNH ANH VŨ download by : skknchat@gmail.com LỜI CẢM ƠN Để hồn thành luận án này, trước tiên tơi xin chân thành bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến Cơ PGS TS Nguyễn Hồng Kh Tú dành nhiều thời gian, cơng sức tận tình hướng dẫn, truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm quý báu suốt thời gian thực luận án Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám hiệu Trường Đại học Nông Lâm TP HCM; quý Thầy/Cô Khoa Khoa học Sinh học; Phịng Đào tạo Sau đại học nhiệt tình giúp đỡ, hướng dẫn thực thủ tục theo quy chế đào tạo nghiên cứu sinh để tơi hồn thành chương trình học tập tiến độ Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc Sở Khoa học Công nghệ; Quỹ Phát triển Khoa học Cơng nghệ TP HCM; Ban Giám đốc tồn thể Anh/Chị/Em Phịng Vi sinh; Phịng Hành Quản trị, Trung tâm Dịch vụ Phân tích Thí nghiệm TP HCM ủng hộ hỗ trợ kinh phí, trang thiết bị, dụng cụ, hóa chất,…để thực nghiên cứu Tôi xin cảm ơn Ban Giám đốc Trung tâm Kiểm nghiệm Vệ sinh An tồn Thực phẩm Khu vực phía Nam, Viện Y tế Công cộng TP HCM; quý Thầy/Cô bạn sinh viên Viện Công nghệ Sinh học Thực phẩm, Đại học Công nghiệp TP HCM động viên, giúp đỡ chia kinh nghiệm trình thực luận án Cuối cùng, sự thành công luận án không kể đến sự đóng góp khơng nhỏ thành viên gia đình, người ln ủng hộ, động viên giúp tơi vượt qua nhiều khó khăn, trở ngại suốt thời gian học tập Chân thành cám ơn./ i download by : skknchat@gmail.com TÓM TẮT Luận án “Nghiên cứu tính kháng kháng sinh mức độ phân tử Salmonella spp phân lập từ thực phẩm tại thành phố Hờ Chí Minh” thực tại Trung tâm Dịch vụ Phân tích Thí nghiệm thành phố Hờ Chí Minh Tỷ lệ nhiễm Salmonella spp nhóm thực phẩm thu thập tại chợ bán lẻ địa bàn thành phố Hờ Chí Minh từ 09/2019 đến 09/2020 16,84% (256/1.520) Nhóm mẫu thịt có tỷ lệ nhiễm cao nhất, nhóm mẫu thủy hải sản cuối nhóm mẫu rau củ có tỷ lệ 43,16% (164/380), 23,95% (91/380), 0,26% (01/380) Chưa ghi nhận trường hợp thuộc nhóm mẫu trứng có nhiễm Salmonella Các kháng sinh TE, AMP, STR, C SXT có tỷ lệ Salmonella spp kháng từ 34,67% đến 52,00% Ngược lại, 96,00% nhạy với CAZ Từ 21 chủng Salmonella spp có kiểu hình đa kháng định danh 07 serovar, phổ biến S Kentucky (8 chủng); S Infantis (4 chủng); S Agona S Potsdam (2 chủng); S Saintpaul, S Braenderup S Indiana (01 chủng) Các integron nhóm 1, serovar Salmonella đa kháng phát 100% (21/21), 52,38% (11/21) 100% (21/21) Tỷ lệ Salmonella mang lúc ba nhóm integron 52,38% (11/21) Kết khảo sát vùng gen cassette dương tính với integron nhóm chiếm 85,71%; nhóm 72,73% Kết khảo sát phát 100% serovar mang plasmid không tương hợp Serovar mang nhiều plasmid Kentucky (08 plasmid); Potsdam (07 plasmid); Infantis, Saintpaul, Braenderup, Agona 7:1,z6:UT (05 plasmid); Indiana OMF:1,z6:UT (04 plasmid) Gen mã hóa sinh ESBL phát blaTEM chiếm tỷ lệ cao 52,38%, đột biến tại vị trí codon 90 (Asp90Gly) chủng SA11/19 3497 Gen blaCTX có tỷ lệ 19,05%, đột biến tại vị trí codon 80 (Ala80Val) chủng SA07/20 1066, SA07/20 1067 SA12/19 1600 Gen kháng nhóm quinolon, đột biến phát gen gyrA (Ser83Phe; Asp87Asn) parC (Thr57Ser; Ser80Ile; Ser395Asn; Ala469Ser; Thr620Ala) Ngồi ra, chúng tơi cịn ghi nhận tính đa kháng Salmonella enterica sups serovar Kentucky có liên quan đến yếu tố di truyền chuyển vị Tn21 mã hóa Urf2 chưa có cơng bố mơ tả chi tiết chức hoạt động chúng ii download by : skknchat@gmail.com SUMMARY The thesis “Research on molecular characteristics of antibiotic resistance in Salmonella spp isolated from food in Ho Chi Minh City” was performed at the Center of Analytical Service and Experimentation Ho Chi Minh City The results showed that the contaminated rate of Salmonella spp was 16.84% (256/1,520) Meat samples had the highest contamination rate, followed by the seafood samples and finally fruit and vegetable samples which were 43.16% (164/380), 23.95% (91/380), 0.26% (01/380), respectively There was no Salmonella detected in the egg samples Testing the antibiotic sensitivity of 150 isolated Salmonella strains showed that of the resistantt rates to AMP, STR, C, and SXT were from 34.67% to 52.00% In contrast, Salmonella spp were highly susceptible to CAZ (96.00%) There were 07 serovar phenotypes determined from 21 strains of multidrug-resistant Salmonella spp in which the most common ones were S Kentucky (8 strains); S Infantis (4 strains); S Agona and S Potsdam (2 strains); S Saintpaul, S Braenderup, and S Indiana (01 strain) Specifically, all integrons (I, II, and III) were found in multidrug-resistant Salmonella serovars isolated from food groups at 100% (21/21), 52.38% (11/21), and 100% (21/21), respectively The rate of Salmonella carrying all three integron groups was 52.38% (11/21) The assessment of the gene cassette region of integron I was accounted for 85.71%; group was 72.73% We found that 100% of serovars carried plasmids incompatibility Serovar carrying the most plasmids was Kentucky (8 plasmids); Potsdam (7 plasmids); Infantis, Saintpaul, Braenderup, Agona and 7:1,z6:UT (5 plasmids); Indiana and OMF:1,z6:the UT (4 plasmids) In the detection of ESBL encoding genes, the blaTEM gene accounted for the highest rate of 52.38%, mutations at codon position 90 (Asp90Gly) on strain SA11/19 3497 The blaCTX gene had the rate of 19.05%, mutations varying at codon position 80 (Ala80Val) on strains SA07/20 1066, SA07/20 1067 and SA12/19 1600 The resistance genes against the quinolone group, mutations were detected in the gyrA (Ser83Phe; Asp87Asn) and parC (Thr57Ser; Ser80Ile; Ser395Asn; Ala469Ser; Thr620Ala) genes Interestingly, we noted the multi-resistance of Salmonella enterica sups iii download by : skknchat@gmail.com Kentucky serovars which were related to the translocation genetic factor Tn21 encoding Urf2 that was not studied or described the function in detail iv download by : skknchat@gmail.com KÝ HI Viết tắt Ala AMC AMP Asn Asp AX C CAZ CRO CS CI CIP Tiếng Anh Alanine Amoxicillin/Clavunic Ampicillin Asparagine Aspartic acid Amoxicillin Chloramphenicol Ceftazidime Ceftriaxone Conserved segment Confidence Interval Ciprofloxacin Clinical and Laborator CLSI Institute Cefotaxime Deoxyribonucleic Aci European Centre for D CTX DNA ECDC Prevention and Contro European Food Safety Extended Spectrum B EFSA ESBL lactamase Furazolidone Glycine Gentamycin Isoleucine Kanamycin Kilobase pairs Multi Locus Sequence Minimal Inhibited Con Multiplex-PCR Nalidixic acid National Antimicrobia FX Gly GM Ile K kbp MLST MIC m-PCR NA NARMS Monitoring System v download by : skknchat@gmail.com NOR NTS OFX orf P PCR Phe Norfloxacin Non-typhoidal Salmonella Ofloxacin Open reading frame Penicillin Polymerase Chain Reaction Phenylalanine Plasmid Mediated Quinone PMQR Resistance Parts Per Million Quaternary ammonium ppm qac RA RNA RNAi Ser SMZ SPI SPT STR compounds Rifampin Ribonucleic Acid RNA interference Serine Sulphamethoxazole Salmonella Pathogenicity Isla Spectinomycin Streptomycin SXT Sulfamethoxazole/Trimethop s-PCR T TE Thr TMP TOB Val WHO Simplex-PCR Oxytetracycline Tetracycline Threonine Trimethoprim Tobramycin Valine World Health Organization vi ... án ? ?Nghiên cứu tính kháng kháng sinh mức độ phân tử Salmonella spp phân lập từ thực phẩm tại thành phố Hờ Chí Minh? ?? thực tại Trung tâm Dịch vụ Phân tích Thí nghiệm thành phố Hờ Chí Minh. ..  TRƯƠNG HUỲNH ANH VŨ NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH Ở MỨC ĐỘ PHÂN TỬ CỦA SALMONELLA SPP PHÂN LẬP TỪ THỰC PHẨM TẠI THÀNH PHỐ HỜ CHÍ MINH Chun ngành: Cơng nghệ Sinh học Mã số: 9.42.02.01... sinh Salmonella spp .43 Bảng 3.6 Mức độ kháng kháng sinh Salmonella spp từ thịt heo, gà, bò 44 Bảng 3.7 Mức độ kháng kháng sinh Salmonella spp từ cá, mực, tôm 45 Bảng 3.8 Mức độ kháng