Đang tải... (xem toàn văn)
Untitled TAÏP CHÍ PHAÙT TRIEÅN KH&CN, TAÄP 20, SOÁ T2 2017 Trang 39 Phân tích trên quy mô hệ gene họ NIN like protein (NLP) ở cây ngô (Zea mays L ) bằng phương pháp tin sinh học Cao Phi Bằng Trường[.]
TẠP CHÍ PHÁT TRIỂN KH&CN, TẬP 20, SỐ T2- 2017 Phân tích quy mơ hệ gene họ NIN-like protein (NLP) ngô (Zea mays L.) phương pháp tin sinh học Cao Phi Bằng Trường Đại học Hùng Vương, Phú Thọ ( Bài nhận ngày 22 tháng 08 năm 2016, nhận đăng ngày 04 tháng 05 năm 2017) TÓM TẮT hết protein nhỏ Các protein NLP ngơ có vùng bảo thủ cao phía đầu Nterminal đầu C-terminal có vùng RWP-RK PB1 đặc trưng Căn vào phả hệ nhận thấy ba kiện nhân gene quy mô hệ gene diễn sau thời điểm phát sinh lồi ngơ Tất gene NLP biểu tất mô ngô giai đoạn phát triển khác nhau, từ giai đoạn hạt nảy mầm tới hạt chín nghiên cứu Các gene ZmNLP5, ZmNLP6 ZmNLP7 gene biểu yếu so với gene cịn lại phần lớn mơ Các NIN-like protein (NLP) thuộc họ tác nhân điều hòa phiên mã RWP-RK mang đặc điểm giống với NIN (Nodule INception) Các NLP điều hòa biểu gene liên quan đến tín hiệu nitrate thực vật Trong cơng trình này, chúng tơi phân tích họ gene NLP quy mô hệ gene ngô (Zea mays L.) thông qua cách tiếp cận tin sinh học Trong hệ gene ngơ có tổng số chín gene mã hóa NLP Các gene có ba bốn intron, dài từ 2855 tới 8092 nucleotide Các trình tự protein suy diễn có chiều dài từ 786 tới 945 amino acid Giá trị pI hầu Từ khóa: NIN-like protein (NLP), biểu gene, cấu trúc, tiến hóa, ngơ MỞ ĐẦU Tác nhân điều hịa phiên mã NIN (Nodule INception) phát lần đầu đậu dại năm 1999, giữ vai trò quan trọng hình thành nốt sần [6] Phân tử protein NIN có vùng bảo thủ gắn DNA đặc trưng vùng RWP-RK [6] Các protein gần giống NIN (NIN-Like Protein, NLP) có vùng C-terminal vùng Nterminal tương đồng với NIN [7] Tuy nhiên, vai trò NLP chủ yếu điều hịa gene cảm ứng tín hiệu nitrate [5] Sự tiến hóa NLP A thaliana, đậu dại lúa báo cáo Schauser et al (2005) [7] Trong báo cáo này, A thaliana, đậu dại lúa có chín, năm ba gene thuộc họ NLP Cây ngô biết lương thực quan trọng giới Hệ gene lồi hồn thành giải trình tự năm 2009 [8], nhờ phân tích họ gene NLP hay họ gene khác quy mô hệ gene ngô Chúng cảm ơn nhà khoa học giải trình tự hệ gene hệ mã phiên loài lương thực quan trọng này, mở đường thúc đẩy nhiều nghiên cứu mức phân tử việc ứng dụng kết nghiên cứu vào thực tiễn sản xuất Trong nghiên cứu này, hướng tới việc sử dụng phương pháp nghiên cứu tin sinh học để phân tích đặc điểm họ gene NLP ngơ Những phân tích quy mơ hệ gene bổ sung nhiều thông tin khoa học họ NLP vốn cịn chưa biết lồi VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP Cơ sở liệu trình tự hệ gene của lúa ngô Trong nghiên cứu sử dụng hệ gene giải trình tự ngơ [8] Trang 39 Science & Technology Development, Vol 20, No.T2-2017 Xác định phân tích các gene thuộc họ NLP ngô Chúng sử dụng gene NIN đậu dại (Lotus japonica) [6] làm khn dị để tìm kiếm gene tương đồng hệ gene ngô Các protein suy diễn kiểm tra vùng bảo thủ với Pfam [1] Các đặc điểm protein nghiên cứu khảo sát nhờ công cụ ExPASy [2] Cấu trúc exon/intron xây dựng nhờ GSDS (Gene Structure Display Server) 2.0 [3] Xây dựng phả hệ Cây phả hệ xây dựng từ protein NLP ngô (Pv), đậu dại (Lj), A thaliana (At) lúa (Os) nhờ sử dụng phần mềm MEGA5 [11], sau chúng dãy MAFFT (Multiple Alignment using Fast Fourier Transform) [4], với tham biến: thuật tốn Maximum Likelihood, mơ hình JonesTaylor-Thornton (JTT), phương pháp Bootstrap với 1000 lần lặp lại Phân tích biểu gene Cơ sở liệu hệ mã phiên ngô sử dụng để phân tích biểu gene NLP lấy từ liệu microarray Sekhon et al (2010) [9] KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Các NLP ngô Trên quy mô hệ gene, phát ngơ có tổng số chín gene mã hóa NLP tìm kiếm gene tương đồng với khn dị gene NIN đậu dại Để kiểm tra có mặt vùng bảo thủ trình tự protein suy diễn, chứng sử dụng Pfam, server chứa liệu họ protein có vùng bảo thủ xác định [1] Các protein suy diễn có mang vùng bảo thủ RWP-RK đặc trưng cho NLP Khi so sánh với số khác, kích thước họ gene NLP ngô lớn đậu dại (5 gene) với A thaliana (9 gene) [7] Các gene mã hóa NLP ngơ có chiều dài khác nhau, khoảng từ 2855 nucleotide (gene ZmNLP5) tới 8092 nucleotide (gene ZmNLP6) (Bảng 1) Cấu trúc exon/intron gene mã hóa NLP ngơ xây dựng nhờ GSDS 2.0 [3] (Hình 1) Các gene NLP ngơ mã hóa khơng liên tục, có ba (ZmLNP3, ZmLNP5 ZmLNP7) bốn intron (ZmNLP1, ZmLNP2, ZmLNP4, ZmLNP6, ZmLNP8 ZmLNP3) Bảng Các gene thuộc họ NLP ngô đặc điểm chúng Gene Tên locus Kích thước gene (bp) Chiều dài protein (aa) Khối lượng phân tử protein (kDa) pI Nhiễm sắc thể Số lượng intron ZmLNP1 GRMZM2G109509 3681 922 102,7 5,6 ZmLNP2 GRMZM2G031398 3854 925 100,6 6,0 ZmLNP3 GRMZM2G048582 4239 851 93,3 6,5 ZmLNP4 GRMZM2G475305 4060 916 101,0 6,0 ZmLNP5 GRMZM2G042278 2855 786 82,9 5,9 3 ZmLNP6 GRMZM2G176655 8902 873 97,6 7,7 ZmLNP7 GRMZM2G053298 4058 851 93,4 6,3 ZmLNP8 GRMZM2G375675 5196 927 102,1 5,6 ZmLNP9 GRMZM2G105004 3904 945 102,8 6,1 10 Trang 40 TẠP CHÍ PHÁT TRIỂN KH&CN, TẬP 20, SỐ T2- 2017 Hình Cấu trúc exon/intron NLP ngô Các protein suy diễn NLP ngơ có chiều dài từ 786 tới 945 amino acid, khối lượng phân tử chúng khoảng từ 82,9 tới 102,8 kDa Giá trị pI protein nhỏ ngoại trừ ZmNLP6, protein có pI 7,7 (Bảng 1) Các đặc điểm lí hóa NLP lần mô tả báo cáo Các vùng bảo thủ protein NLP ngô thể Hình S1 Sáu vùng bảo thủ protein NLP ngô tương tự vùng bảo thủ mô tả đậu dại A thaliana [7, 10] Các vùng bảo thủ đánh dấu xám Vùng bảo thủ đầu N-terminal NLP ngô giống nhau, không bị biến đổi nhiều trình tiến hóa Hiện tượng giống A thaliana khác với đậu dại [7], loài thuộc họ Đậu có khả cố định đạm nhờ vi sinh vật cộng sinh nốt sần Ở lồi này, có đoạn vùng bảo thủ phía đầu Nterminal bị biến đổi nên khơng cịn chức điều hòa gene cảm ứng với nitrate tham gia cảm ứng hình thành nốt sần [7, 10] Hai vùng bảo thủ cuối đầu C-terminal vùng RWP-RK vùng PB1, vùng RWPRK có chức gắn với deoxyribonucleic acid (DNA), vùng PB1 giữ chức tương tác protein - protein [7, 10] Cây phả hệ tiến hóa các NLP ngô Cây phả hệ từ protein NLP A thaliana, đậu dại, lúa [7] ngô xây dựng nghiên cứu (Hình 2) Trên phả hệ có ba nhánh, nhánh có đại diện loài Kết xác định giả thuyết có ba gene NLP tồn tổ tiên chung thực vật mầm thực vật hai mầm nêu Schauser et al (2005) [7] Thực vậy, phả hệ xây dựng từ protein NLP A thaliana lúa đậu dại nghiên cứu Schauser et al (2005) có ba nhánh Mỗi nhánh có đại diện NLP lúa A thaliana Riêng đại diện NLP đậu dại phân bố vào hai ba nhánh phả hệ Do nghiên cứu mình, Schauser et al (2005) xác định ba gene NLP từ ngân hàng DNA bổ sung (cDNA) Nhờ có sẵn hệ gene đậu dại, xác định thêm hai gene khác (LjNLP3 LiNLP4), gene LjNLP4 phân bố vào nhánh thứ ba phả hệ Trên nhánh phả hệ xây dựng nghiên cứu có gene NLP ngô, lúa (cây mầm) A thaliana, đậu dại (cây hai mầm), thấy có ba gene NLP tổ tiên chung mầm hai mầm chúng tiến hóa khác sau thời điểm phát sinh loài hai lớp thực vật Ở nhánh có chứa gene NIN họ Đậu, ngơ có ba gene Số gene lúa, Arabidopsis đậu dại gene, năm gene hai gene Ở nhánh giữa, lúa có gene, lồi cịn lại có số lượng gene (cùng có hai gene) Cuối cùng, nhánh cịn lại, ngơ có nhiều Trang 41 Science & Technology Development, Vol 20, No.T2-2017 gene so với khác Vị trí gene NLP ngô phả hệ cho phép xác định ba kiện nhân gene quy mơ hệ gene sau thời điểm biệt hóa lồi lúa ngơ (hình thành cặp gene ZmNLP2 ZmLNP9, ZmNLP3 ZmNLP7, ZmNLP4 ZmLNP8) Hình Cây phả hệ xây dựng từ protein NLP ngô (Pv), đậu dại (Lj), A thaliana (At) lúa (Os) với tham biến: thuật tốn Maximum Likelihood, mơ hình Jones-Taylor-Thornton (JTT), phương pháp Bootstrap với 1000 lần lặp lại, giá trị bootstrap thể nhánh, tỷ lệ xích số amino acid thay vị trí Sự biểu của các gene NLP các mơ của ngơ Chúng tơi phân tích biểu gene NLP ngô hệ mã phiên ngô non, giai đoạn hoa tạo hạt xây dựng Sekhnon et al (2011) [9] Trong tác giả phân tích cách tổng quan hệ mã phiên, đưa thông tin tổng quan hệ mã phiên mô khác nhiều giai đoạn phát triển Bên cạnh đó, tác giả bước đầu tập trung phân tích biểu gene liên quan đến trình sinh tổng hợp lignin Trang 42 Sự biểu gene khác, có NLP, chưa tác giả phân tích cách chi tiết Hệ mã phiên ngô Sekhnon et al (2011) tài liệu quý, cho phép khám phá phân tích chức gene ngơ Với mục đích bước đầu tìm hiểu chức gene NLP ngô, khai thác hệ mã phiên để tìm hiểu biểu gene nghiên cứu TẠP CHÍ PHÁT TRIỂN KH&CN, TẬP 20, SỐ T2- 2017 Ở hạt nảy mầm ngơ non, tất NLP biểu với cường độ khác tùy gene theo mô khác (Bảng 2) Gene biểu yếu hạt nảy mầm mầm ZmNLP5 Gene ZmNLP6 biểu yếu Trong gene biểu mạnh hạt nảy mầm ZmNLP9 gene biểu mạnh mầm ZmNLP3 Gene gene biểu mạnh rễ sơ cấp Căn vào động thái biểu gene rễ sơ cấp theo thời gian phát triển, xếp gene NLP ngơ thành ba nhóm, nhóm 2653 1800 8567 4047 463 504 1992 7920 1361 2843 2487 10662 4727 426 450 1985 7841 1658 8066 4799 8950 7916 268 81 1196 19914 4141 9852 13017 3716 7006 12136 12651 9585 8532 810 435 126 116 3637 624 25919 21193 7466 7615 Gốc lá thứ hai 2585 3055 9189 7438 454 718 1490 9180 3466 Đuôi lá thứ hai 2989 3024 2742 2455 8697 10915 5751 4536 396 343 658 687 2081 2887 7464 6296 2182 1621 Lá bẹ lá lá Chồi 5248 9074 16073 10449 252 891 6889 12813 4565 Lá non cao Rễ sơ cấp 4620 4222 8857 5513 443 121 1106 11097 3625 Gióng thân thứ lá Rễ sơ cấp 1361 2915 7635 5347 558 426 2665 6168 1787 Đỉnh sinh trưởng Rễ sơ cấp mầm 1970 2296 6204 3457 748 534 1156 4234 2257 Chồi Cây mầm ZmLNP1 5510 ZmLNP2 8772 ZmLNP3 3415 ZmLNP4 3896 ZmLNP5 594 ZmLNP6 145 ZmLNP7 1132 ZmLNP8 4576 ZmLNP9 20201 Gene Chồi Hạt nảy mầm 24 h Bảng Sự biểu gene NLP mô ngô non microarrays (đơn vị tính: số mã phiên) 1728 5188 7980 7306 395 114 863 8039 2783 gene biểu giảm dần có gene, ZmNLP5, nhóm gene biểu giảm từ thời kì mầm tới sau biểu tăng lên ba có hai gene, ZmNLP6 ZmNLP7 Các gene cịn lại biểu tăng dần theo thời kì phát triển Ở đỉnh sinh trưởng, biểu gene phức tạp hơn, nhiên hai gene ZmNLP5 ZmNLP6 hai gene biểu yếu Xu hướng cịn tiếp diễn mơ năm Gene biểu mạnh chồi lóng thân ZmNLP3, gene biểu mạnh mơ cịn lại ZmNLP8 3167 5326 10580 3495 656 648 1309 6513 3047 3890 10413 3246 3900 1545 144 1236 11482 5526 17587 14890 15565 5364 146 200 1723 16842 17528 Lá bao 4530 6184 6232 6837 442 1482 835 9648 3229 Lá bao 11497 5808 7400 2574 275 50 1830 11848 6091 Lá bao Bắp 4DAF 3378 5728 4613 3648 156 89 1267 7391 3716 Lá 13 Bao phấn 2989 3746 6298 3954 502 966 923 6959 3509 Bắp 18 Cờ 18 ZmLNP1 ZmLNP2 ZmLNP3 ZmLNP4 ZmLNP5 ZmLNP6 ZmLNP7 ZmLNP8 ZmLNP9 Râu ngô 4DAF Gene Cờ 15 Bảng Sự biểu gene NLP mô ngô thành thục thu từ microarray (đơn vị tính: số mã phiên) 4240 8056 7670 4196 519 140 1177 8513 5064 6395 9457 3582 3775 262 421 2876 7759 5200 8802 8878 4032 3237 511 287 3518 11361 7271 Chú thích : Cờ 15 = Cờ non (cây 15 lá), Cờ 18 = Cờ thành thục (cây 18 lá), Bắp 18 = Bắp ngô non (cây 18 lá), Bắp 4DAF = Bắp ngô trước thụ phấn (4 ngày sau nở hoa), Râu 4DAF = Râu ngô (4 ngày sau nở hoa), Lá 13 = Lá thứ 13 (chín sớm quả), Lá bao = Lá bao bắp (cây có hoa nở đầu tiên), Lá bao = Lá bao bắp (chín sớm quả), Lá bao ngồi = Lá bao ngồi bắp (chín sớm quả) Trang 43 Science & Technology Development, Vol 20, No.T2-2017 Nội nhũ 18 DAP Nội nhũ 20 DAP Nội nhũ 22 DAP Nội nhũ 24 DAP 2981 8659 15968 3123 560 1205 5800 5058 6018 Nội nhũ 16 DAP 2367 6394 16111 3594 313 1504 4882 5265 5330 Nội nhũ 14 DAP 2257 5510 13735 4194 347 1147 5036 5101 4010 Nội nhũ 12 DAP Phôi 24 DAP 1961 4443 8598 3643 854 949 3504 4706 3546 Phôi 22 DAP 2315 4735 7542 3609 1208 1007 3254 4996 3364 Phôi 20 DAP Phôi 16 DAP Gene ZmLNP1 ZmLNP2 ZmLNP3 ZmLNP4 ZmLNP5 ZmLNP6 ZmLNP7 ZmLNP8 ZmLNP9 Phôi 18 DAP Bảng Sự biểu gene NLP hạt (phôi nội nhũ) thu từ microarray (đơn vị tính: số mã phiên) 2935 4606 2306 1949 224 442 292 3804 2237 2407 4902 3179 1526 373 146 253 3038 1276 3124 6297 3457 1494 1398 131 252 3385 996 2889 5489 5160 1952 465 160 468 4491 1034 3143 5765 4338 1598 786 108 235 3730 577 3404 5858 5130 1916 605 262 223 4553 583 3330 5516 3250 2438 501 173 275 4822 713 Chú thích : DAF = ngày sau nở hoa Ở ngô thành thục, tất gene NLP tiếp tục biểu tất phận nghiên cứu (Bảng 3) Hai gene ZmNLP5 ZmNLP6 biểu yếu số gene NLP hầu hết phận Gene ZmNLP3 biểu mạnh cờ chưa thành thục cờ giai đoạn giảm phân (cây có 18 lá) gene biểu mạnh ZmNLP8 Gene biểu mạnh số gene bao phấn, bắp ngô non, râu ngô, bao bắp giai đoạn nở hoa, bao ngồi bắp giai đoạn chín sớm Khi xét biểu gene loại mơ, có năm tổng số chín gene biểu mạnh thứ 13 giai đoạn chín sớm Ngồi chín gene NLP ngơ biểu phôi, nội nhũ hạt nguyên vẹn suốt thời kì phát triển sau thụ phấn (Bảng Bảng 5) Tuy nhiên, cường độ biểu gene biến đổi phức tạp, không chiều ngược chiều phát triển Các gene ZmNLP5, ZmNLP6 ZmNLP7 gene biểu yếu mô nghiên cứu Lần biểu gene NLP mức sở số lượng lớn mơ phân tích cách chi tiết Gene Hạt DAP Hạt DAP Hạt DAP Hạt DAP Hạt 10 DAP Hạt 12 DAP Hạt 14 DAP Hạt 16 DAP Hạt 18 DAP Hạt 20 DAP Hạt 22 DAP Hạt 24 DAP Bảng Sự biểu gene NLP hạt (vỏ hạt) thu từ microarray (đơn vị tính: số mã phiên) ZmLNP1 ZmLNP2 ZmLNP3 ZmLNP4 ZmLNP5 ZmLNP6 ZmLNP7 ZmLNP8 ZmLNP9 2718 4985 7308 3566 623 806 1323 5971 3288 3682 7872 7729 3764 641 687 1342 5886 3661 4507 5197 6529 3947 509 1229 1438 7950 4217 4719 6725 6696 3388 645 933 1455 5965 3717 4763 7885 3282 2886 591 629 1094 6296 3258 4022 6398 2717 2489 640 457 836 6407 3450 3665 6282 2275 1394 479 202 423 3942 2298 3139 8365 4887 1979 1378 141 552 4914 2883 3126 5002 4346 2460 382 190 543 3683 1361 3442 5172 6522 1981 462 210 911 4651 1799 4098 6099 8010 2354 415 332 979 5024 2254 4088 5867 8134 2256 425 264 1450 5146 2670 Chú thích : DAP = ngày sau thụ phấn, Trang 44 TẠP CHÍ PHÁT TRIỂN KH&CN, TẬP 20, SOÁ T2- 2017 KẾT LUẬN Trong nghiên cứu này, họ gene NLP ngơ phân tích quy mô hệ gene nhờ sử dụng phương pháp tin sinh học Họ NLP ngơ gồm có chín thành viên Các protein suy diễn chúng có vùng bảo thủ tương đồng cao đầu N-terminal mang vùng bảo thủ đặc trưng cho NLP thực vật RWP-RK PB1 đầu C-terminal Cây phả hệ xác định có ba NLP tổ tiên chung phát sinh thực vật mầm hai mầm Ít ba kiện nhân gene NLP sau thời điểm phát sinh loài phát ngô Sự biểu gene họ NLP quan sinh dưỡng quan sinh sản ngô báo cáo cơng trình Những kết góp phần bổ sung thông tin khoa học họ NLP thực vật mầm Lời cảm ơn: Cơng trình hồn thành với hỗ trợ kinh phí từ chương trình nghiên cứu khoa học Trường Đại học Hùng Vương, tỉnh Phú Thọ Genome-wide analysis of NIN-like protein (NLP) family in maize (Zea mays L.) by using bioinformatic methods Cao Phi Bang Hung Vuong University, Phu Tho ABSTRACT The theoretical isoelectric point values of most The NIN-like proteins (NLP) belong to RWPdeduced protein were less than The maize NLP RK transcription factor family and possess the proteins possessed conserved regions of plant similarity characteristics of NIN (Nodules NLP at N-terminal as well as at C-terminal INception) The NLPs regulate the expression of including the RWP-RK and PB1 domains Based genes which are involved in nitrate signaling in on the phylogenic analysis, we detected three plants In this work, we have performed current whole-genome gene duplication events a genome-wide analysis of the NLP gene family which occurred in maize genome apter speciation in maize (Zea mays L.) through the bioinformatic point All of NLP genes expressed in tissues at methods We identified a total of nine NLP different development stages, from germinating encoding genes in whole genome of maize The seed to maturation seed were examined The genomic sequences of these genes were from ZmNLP5, ZmNLP6 and ZmNLP7 were weakly 2855 to 8092 nucleotides in length and contained expressed in comparison to others genes in most three or four introns Their predicted protein examined tissues sizes ranged in size from 786 to 945 amino acids Keywords: NIN-like protein (NLP), gene expression, structure, evolution, maize TÀI LIỆU THAM KHẢO [1] R.D Finn, A Bateman, J Clements, P [2] E Gasteiger, C Hoogland, A Gattiker, M.R Coggill, R.Y Eberhardt, S.R Eddy, A Wilkins, R.D Appel, A Bairoch, Protein Heger, K Hetherington, L Holm, J Mistry, identification and analysis tools on the E.L Sonnhammer, J Tate, M Punta, Pfam: ExPASy server, In The Proteomics Protocols the protein families database, Nucleic Acids Handbook, Springer, New Jersey, 571–607 Res., 4, 2, D222–D230 (2014) (2005) Trang 45 Science & Technology Development, Vol 20, No.T2-2017 [3] B Hu, J Jin, A.Y Guo, H Zhang, J Luo, G Gao, GSDS 2.0: an upgraded gene feature visualization server, Bioinformatics, 31, 8, 1296–1297 (2015) [4] K Katoh, D.M Standley, MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability, Mol Biol Evol., 30, 4, 772–780 (2013) [5] M Konishi, S Yanagisawa, Arabidopsis NIN-like transcription factors have a central role in nitrate signalling, Nat Commun., 4, 1617 (2013) [6] L Schauser, A Roussis, J Stiller, J Stougaard, A plant regulator controlling development of symbiotic root nodules Nature, 402, 6758 191–195 (1999) [7] L Schauser, W Wieloch, J Stougaard, Evolution of NIN-like proteins in Arabidopsis, rice, and Lotus japonicus, J Mol Evol., 60, 2, 229–237 (2005) Trang 46 [8] P.S Schnable, D Ware, R.S Fulton, J.C Stein, F Wei, et al., The B73 maize genome: complexity, diversity, and dynamics, Science, 326, 1112–1115 (2009) [9] R.S Sekhon, H Lin, K.L Childs, C.N Hansey, C.R Buell, N de Leon, S.M Kaeppler, Genome-wide atlas of transcription during maize development, Plant J., 66, 4, 553–563 (2011) [10] W Suzuki, M Konishi, S Yanagisawa, The evolutionary events necessary for the emergence of symbiotic nitrogen fixation in legumes may involve a loss of nitrate responsiveness of the NIN transcription factor, Plant Signal Behav., 8, 10 (2013) [11] K Tamura, D Peterson, N Peterson, G Stecher, M Nei, S Kumar, MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods Mol Biol Evol., 28, 2731–2739 (2011) TẠP CHÍ PHÁT TRIỂN KH&CN, TẬP 20, SỐ T2- 2017 Hình S1 Kết dãy protein NLP ngô Các vùng bảo thủ tô màu xám Vùng RWP-RK vùng PB1 ghi hình Trang 47 ... NIN-like protein (NLP) family in maize (Zea mays L.) by using bioinformatic methods Cao Phi Bang Hung Vuong University, Phu Tho ABSTRACT The theoretical isoelectric point values of most The NIN-like. .. which occurred in maize genome apter speciation in maize (Zea mays L.) through the bioinformatic point All of NLP genes expressed in tissues at methods We identified a total of nine NLP different... characteristics of NIN (Nodules NLP at N-terminal as well as at C-terminal INception) The NLPs regulate the expression of including the RWP-RK and PB1 domains Based genes which are involved in nitrate