Tiểu luận:Cây sinh dòng virus lở mồm long móng serotybe A ppt

Trong hầu hết trường hợp, mục đích của những nhà nghiên cứu là tạo cDNA ban đầu dài và chứa nhiều thành phần của phân tử bổ sung với trình tự RNA đích.. PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ Hiện n

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC

PHẦN I: ĐẶT VẤN ĐỀ

Nước ta là một nước có nền nông nghiệp phát triển Trong đó ngành chăn nuôi đóng một vài trò quan trọng trong cơ cấu kinh tế của nền nông nghiệp Giai đoạn 2001-

2006, ngành chăn nuôi có mức tăng trưởng bình quân 7-8%/năm; năm 2007 chỉ đạt 4,6%

và năm 2008 đạt 6%.Theo số liệu thống kê 01.10.2008, Việt Nam có gần 2,90 triệu con trâu; 6,34 triệu con bò; 26,701 triệu con lợn; 247,320 triệu con gia cầm; 1,48 triệu con dê, cừu; 121 ngàn con ngựa Tỷ trọng ngành chăn nuôi trong Nông nghiệp đạt 20-24,5% giai đoạn 2001-2006, năm 2007 đạt 24,4% và năm 2008 đạt 27% Bên cạnh đó

do vị trí địa lí , Việt Nam nằm trong vùng khí hậu nhiệt đới, độ ẩm cao là điều kiện thuận lợi cho một số dịch bệnh phát triển

Trong số một số bệnh thường gặp, chúng tôi đặc biệt chú ý đến bệnh lở mồm long móng Đây là một bệnh thường xảy ra trên đàn vât nuôi gây thiệt hại to lớn đối với nền kinh tế nước ta

Trâu bò bị bệnh lở mồm long móng thì phải nghỉ cày kéo, ảnh hưởng đến thời vụ gieo trồng Khi khỏi bệnh phải nghỉ hàng tháng mới lấy lại sức.Những con bị long móng phải đi khập khễnh 2- 3 tháng, có khi thành tật, phải giết thịt.Do bệnh tích của bệnh lở mồm long móng thể hiện ở miệng, ở vùng móng và ở vùng vú Khi gia súc bị bệnh thì núm vú, bầu vú bị sưng, da xung quanh có mụn đỏ và đau, 2- 6 ngày mụn vỡ tạo thành vết loét dễ gây viêm vú nhiễm trùng

Bệnh do virus thuộc giống Aphthovirus, họ Picornaviridae có 7 type virus gây bệnh lở mồm long móng: O, A, C, S.A.T–1, S.A.T- 2, S.A.T- 3 và ASIA-1và hơn 60 subtype Hiện nay ở nước ta có 2 type gây bệnh là A, O Đây là bệnh truyền nhiễm cấp tính lây lan rất nhanh và rất mạnh, rộng cho nhiều loài gia súc, loài nhai lại, heo và người.Các type virus lở mồm long móng phân bố không đều trên thế giới: các type SAT thường ở khu vực châu Phi, type O và A ở khu vực Châu Á,Viễn Đông, Nam Mỹ Type

C ít hơn chỉ có ở khu vực Ấn Độ và Type Asia1 chỉ có ở khu vực Nam Á Các chủng virus lở mồm long móng biến đổi rất nhiều và do sự phân bố rộng, phức tạp của chúng nên thường gặp nhiều khó khăn trong việc xác định nguồn gốc lây lan của chúng

Vì vậy, để kiểm soát dịch bệnh lở mồm long móng, tránh việc lây lan bệnh trên diện rộng thì nhất thiết phải sử dụng những loại vacxin thích hợp cho đàn vật nuôi Chính bởi vì lí do trên, nên chúng tôi thực hiện tiểu luận “ Cây sinh dòng virus lở mồm long móng SEROTYPE A” Mục đích của tiểu luận giúp chúng ta có cái nhìn tổng thể về virus lở mồm long móng serotype A, giúp các nhà quản lí có kế hoạch phòng chống dịch bệnh một cách hiệu quả ngay từ khi mới bùng phát

PHẦN II:TỔNG QUAN 2.1.Bệnh lở mồm long móng

- Virus có sức đề kháng mạnh Ở 600C tồn tại 5-15 phút, ở 1000C virus sẽ chết,

từ 0-40C tồn tại 425 ngày, trong đất ẩm virus sống hàng năm, trong thịt ướp lạnh virus tồn tại khá lâu trong phân virus tồn tại 7 ngày, nước tiểu virus tồn tại 39 ngày

- Virus dễ bị tiêu diệt bởi các loại thuốc sát trùng của công ty ANOVA như: MC.A30, NOVACIDE, NOVADINE, NOVASEPT, NOVAKON và các loại khác như: NaOH 1% diệt virus từ 1-10 phút, formol 2%, nước vôi từ 5-10%

NOVA-2.1.3 Phương thức truyền lây

- Bệnh lây qua đường tiêu hóa, đường hô hấp và sinh dục là đường xâm nhập phụ

Sự truyền bệnh trực tiếp do nuôi nhốt chung, chăn thả chung… hoặc lây gián tiếp qua thức ăn, nước uống, dụng cụ chăn nuôi mang mầm bệnh, người, phương tiện vận chuyển

- Loài mắc bệnh: Trâu bò mắc bệnh nhiều nhất, rồi đến các loài sau: heo, dê cừu, thú hoang dã… Bệnh có thể lây qua cho người, các loài một móng, ngựa, gia cầm không mắc

bệnh này

2.1.4 Triệu chứng

Thời gian nung bệnh từ 2-7 ngày, trung bình là 3-4 ngày, gồm 3 thể bệnh

2.1.4.1 Thể thông thường

- Bệnh hay gặp ở vùng nhiệt đới, thú ủ rũ, lông dựng, da mũi khô, thú sốt cao

40-41 0C kéo dài 3 ngày

- Xuất hiện các mụn nước ở da, vành móng kẻ chân, lưỡi, vú làm thú kém ăn, nhai khó khăn

- Ở miệng: lưỡi có mụn to ở đầu lưỡi gốc lưỡi ở hai bên lưỡi, xoang trong miệng

trong má, lỗ chân răng, môi có mụn lấm tấm bằng hạt ké, hạt bắp Sau đó mụn vỡ và tạo

thành các vết loét đáy nhỏ và phủ màu xám Nước dãi chảy nhiều như bọt xà phòng

- Ở mũi: niêm mạc có mụn nước, đặt biệt là vành mũi có mụn loét, nước mũi lúc

đầu trong sau đục dần

- Ở chân, kẽ móng có mụn nước từ trước ra sau, mụn vỡ làm long móng

- Ngoài da : xuất hiện các mụn loét ở vùng da mỏng như bụng, bẹn, vú, ở đầu

núm vú … Thú giảm sản lượng sữa, sau sữa đổi thành màu vàng, vắt sữa khó gây viêm

vú

- Sau khi hàng loạt mụn nước vỡ dần sẽ dẫn đến nhiễm trùng máu, nhiễm

trùng da, thú sốt cao, suy nhược dần

2.1.4.2 Thể biến chứng

Những biến chứng xảy ra khi điều kiện vệ sinh, chăm sóc kém làm mụn vỡ dẫn

đến nhiễm trùng, chân bị long móng, thối móng, thối xương làm thú què Vú thì bị viêm

tắt sữa Các mụn khác vỡ sẽ gây nhiễm vi khuẩn kế phát, bại huyết

Bệnh lỡ mồm long móng ghép với các bệnh ký sinh trùng hay vi khuẩn khác có

sẵn trong máu (tiêm mao trùng, lê dạng trùng ) có thể làm con vật mau chóng chết

2.1.4.3 Thể ác tính

Trên bê nghé ngoài triệu chứng sốt cao, thú bị tiêu chảy và chết đột ngột trước khi

xuất hiện các mụn nước ở thượng bì do viêm ruột cấp tính, viêm phổi cấp hoặc viêm cơ

tim cấp tính

2.1.5 Bệnh tích

Chủ yếu ở đường tiêu hóa như miệng có các vết loét ở lưỡi, lỗ chân răng, hầu,

thực quản, dạ dày… Ở đường hô hấp gây viêm phế quản Bên trong phủ tạng: tim bị viêm

cấp, van tim bị sùi hoặc loét, lách bị sưng đen, niêm mạc ruột non ruột già xuất huyết

điểm, long móng, rụng xương bàn chân Khi khỏi bệnh thì ở các vết loét sẽ để lại sẹo

2.1.6 Phòng bệnh

- Khi phát hiện dịch phải khai báo ngay với các cơ quan thú y và chính quyền địa phương, cách ly thú bệnh, tránh tiếp xúc với thú khỏe và các loài thú khác

- Phòng bệnh bằng vệ sinh là rất quan trọng, thường xuyên sát trùng chuồng trại, dụng cụ chăn nuôi, bãi chăn thả, bằng các loại thuốc sát trùng của ANOVA như: NOVA-MC.A30, NOVACIDE, NOVASEPT, NOVADINE, NOVAKON

- Khi xảy ra bệnh phải xử lý thật kỹ toàn bộ chuồng trại, dụng cụ chăn nuôi bằng các loại thuốc sát trùng, các gia súc mắc bệnh phải tích cực điều trị phụ nhiễm và tránh lây lan bệnh, xác chết phải được xử lý theo các quy định của ngành thú y Không được phép bán chạy hoặc tự ý giết mổ bán thịt các gia súc mắc bệnh

- Định kỳ tiêm phòng bệnh lỡ mồm long móng bằng vaccin (1 năm tiêm 1-2 lần tùy theo vaccin) Vaccin dùng nên lựa chọn vaccin đa giá có 2 type O và A

- Lịch chủng ngừa: Chủng ngừa lần đầu vào lúc 2 tuần tuổi đối với bê nghé từ mẹ chưa tiêm phòng và 50-70 ngày trên bê nghé từ mẹ đã được tiêm phòng bệnh Sau 3-4

tuần thì tiêm lại lần 2 để nâng cao miễn dịch Chủng ngừa định kỳ 6 tháng một lần

2.1.7 Điều trị

Việc điều trị thường không mang kết quả tốt vì là nguồn bệnh sau này sẽ ảnh hưởng đến các đàn heo nuôi kế tiếp Có thể điều trị các triệu chứng và tăng sức đề kháng cho heo như sau:

- Tiêu độc chuồng trại và xung quanh hàng ngày bằng các lọai thuốc sát trùng như NOVADINE, NOVACIDE, NOVASEPT và liên tục cho đến 2 tuần sau khi gia súc được điều trị khỏi bệnh

- Điều trị các vết thương ở miệng: thoa bằng dung dịch NOVADINE hoặc dùng chanh, khế thoa lên các mụn nước ở lưỡi, môi, nướu răng, mỗi ngày thoa 3-4 lần cho đến khi hết mụn nước

- Trong bệnh lỡ mồm long móng chủ yếu là điều trị triệu chứng và kết hợp sử dụng kháng sinh để tránh nhiễm vi khuẩn kế phát Sử dụng một trong các sản phẩm sau:

+ NOVA-NORCINE: tiêm bắp 1ml/20kg thể trọng, ngày 1 lần, 4-5 ngày liên tục

+ NOVA-GENTASONE 10%: tiêm bắp 1ml/20kg thể trọng, ngày 1 lần, trong 3-4 ngày liên tục

+ NOVASONE: tiêm bắp 1ml/12-15kg thể trọng, ngày 1 lần, trong 3-4 ngày liên tục

+ NOVA-TETRA LA: tiêm bắp 1ml/20kg thể trọng, 2 ngày tiêm 1 lần

+Sử dụng NOVA PREDNI-C để kháng viêm hạ sốt tiêm bắp liều 30kg thể trọng, dùng cho đến khi hết triệu chứng bệnh Kết hợp sử dụng NOVA-B.COMPLEX, NOVA-ATP COMPLEX, NOVASAL để tăng sức đề kháng bệnh và mau hồi phục

1ml/25-2.2.CẤU TRÚC GENOME CỦA VIRUS LỞ MỒM LONG MÓNG (FMDV)

Bộ gen của FMDV là ARN đơn chuỗi (+) gồm 8.5kb, tương ứng với 2,6.106 (dal)

có hệ số lắng 146S Vỏ capsid gồm 4 loại protein vỏ: VP1,VP2, VP3, VP4, mỗi loại gồm

60 copy VP1 có đặc tính sinh miễn dịch Genome FMDV gồm 3 phần: Vùng 5’ không dịch mã (5’ UTR- Untranslated Region) mang một đoạn poly C, vùng mã hóa (coding region), vùng 3’ không dịch mã (3’UTR) và vùng không tương đồng (heteropolymeric)

và một đuôi poly(A) cần thiết cho sự sao chép virus

Toàn bộ genome của FMDV mã hóa cho một protein đơn Sau khi dịch mã, protein này được phân cắt thành 4 sản phẩm sơ cấp: Amino terminal L protease, phân cắt

ở đầu cuối cacboxyl, P1-2A, tiền chất của protein vỏ; sẽ trải qua giai đoạn polyproteinsau dịch mã với sự tham gia của các protease virus để tạo 1 promoter 5 copy của promoter sẽ sắp xếp thành một pentamer 12 pentamer sau đó sẽ sắp xếp với RNA virus để tạo thành một virion 2B2C ,P3 được phân cắt để tạo thành protein sao chép hoặc protein không cấu trúc: 3A, 3B, 3C, và 3D, polymerase RNA phụ thuộc RNA

Việc phân cắt các polyprotein ban đầu đều có sự tham gia của các protease do virus mã hóa, sự phân cắt này diễn ra cực kì nhanh chóng

Việc chuẩn đoán bệnh FMD được thực hiện theo các phương pháp chuẩn hóa được quy định bởi tổ chức dịch tễ thế giới OIE (Office International des Epizooties) Các phương pháp chuẩn đoán bao gồm: Xác định tác nhân gây bệnh ( phân lập, ELISA, xác định acid nhân virus ) Trong mục đích chuẩn đoán tác nhân gây bệnh, loại mẫu tốt nhất

là mẫu biểu mô tại vùng mụn nước chưa bị vỡ hoặc chỉ mới bị vỡ Mẫu phải được bảo quản cẩn thận trong dung dịch glycerol pha với dung dịch đệm photphat pH 7,2-7,6 và kháng sinh; mẫu được giữ trong điều kiện lạnh để vận chuyển về phòng thí nghiệm, tốt nhất là giữ đông lạnh ở -70oC

2.3.RT-PCR

RT - PCR là phản ứng sinh tổng hợp DNA trên khuôn mẫu RNA, do một DNA polymerase là reverse transcriptase (RT enzyme) xúc tác

Tổng hợp cDNA (complementary DNA) trên khuôn RNA gồm ba bước :

- Bước 1: Chiết xuất RNA tổng số, trong đó có RNA của virus

- Bước 2: Tổng hợp sợi cDNA thứ nhất nhờ reverse transcriptase Tùy thuộc vào mục đích thí nghiệm, primer để tổng hợp sợi DNA đầu tiên có thể được lai chuyên biệt với một gen đích hay có thể kết hợp với toàn RNA Có ba loại primer có thể dùng trong tổng hợp cDNA

(1) Oligo (dT): kết hợp với đuôi poly A của mRNA của động vật hữu nhũ

(2) Primer chuyên biệt với trình tự đã chọn trên RNA đích

(3) Random hexanucleotide: có thể khởi đầu sự tổng hợp cDNA ở nhiều điểm trên

RNA khuôn mẫu tạo ra nhiều đoạn bản sao của toàn phân tử RNA Chúng hữu dụng khi RNA đích là quá dài hay chứa quá nhiều cấu trúc bậc hai đến nỗi sự tổng hợp cDNA không bắt đầu hiệu quả bởi oligo (dT) hay primer chuyên biệt Trong hầu hết trường hợp, mục đích của những nhà nghiên cứu là tạo cDNA ban đầu dài và chứa nhiều thành phần của phân tử bổ sung với trình tự RNA đích Do đó primer chuyên

biệt là lựa chọn tốt nhất Tiếp đến là oligo (dT) cũng tốt cho sự lựa chọn Random hexamer không chuyên biệt và tạo ra những phân tử cDNA dài, ngắn khác nhau được sử dụng khi những phương pháp kia không hiệu quả

- Nhân sợi cDNA thứ nhất lên nhiều bản bằng PCR Giai đoạn này gồm có 3 bước như sau:

+ Denature (biến tính): Chuyển dây đôi thành dây đơn

+ Annealing (bắt cặp): Primer gắn vào vị trí trên dây khuôn mẫu có mã đối xứng với nó

+ Extension (kéo dài): Kéo dài chuỗi mới nhờ enzyme polymerase

Ba giai đoạn này lặp lại nhiều lần, để tạo nhiều sản phẩm khuếch đại Ba giai đoạn này xảy ra trong điều kiện nhiệt độ khác nhau (ví dụ: 94oC, 55oC, 72oC) với sự trợ giúp của enzyme polymerase Sự lặp lại theo chu kỳ thường xảy ra khoảng 30 lần để làm tăng lượng sản phẩm Độ dài của sản phẩm PCR tùy thuộc vào số đoạn và chiều dài của primer trong phản ứng, điều kiện chất buffer, nhiệt độ bắt cặp của primer

Reverse transcriptase, là một DNA polymerase phụ thuộc vào RNA làm khuôn mẫu Hiện có hai loại Reverse transcriptase được giới thiệu trên thị trường :

- AMV (Avian myeloblastosis virus) Reverse Transcriptase

- Mo - MLV Reverse Transcriptase (Moloney murine leukemia virus)

Mo - MLV Reverse Transcriptase đ ợc dùng nhiều hơn đối với thực vật Để tổng hợp DNA cần một đoạn primer gắn trên mẫu RNA làm chỗ khởi động

Chú ý, khi làm việc với RNA cần cẩn thận để tạo môi trường không có ribonuclease Ribonuclease hay RNAse có thể ở mọi nơi RNAse rất bền và khó bị bất hoạt Cần duy trì môi trường không có RNAse từ giai đoạn tinh sạch RNA cho đến suốt quá trình phân tích

2.4 PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ

Hiện nay, với trình độ khoa học ngày càng phát triển, phương pháp xác định trình

tự nucleotide ra đời đóng vai trò quan trọng trong nghiên cứu cũng như ứng dụng trong thực tế Hai phương pháp xác định trình tự chính là phương pháp hoá học của Maxam Gilbert (1977) và phương pháp enzyme học của Sanger và cộng sự (1977) Dù rất khác nhau về nguyên tắc, hai phương pháp này có một số điểm chung: hình thành một tập hợp nhiều oligonucleotide có chiều dài khác nhau, mỗi oligonucleotide có xác suất xuất hiện bằng nhau trong phản ứng Các trình tự này sau đó được phân tách dựa vào kích thước bằng phương pháp điện di trên gel polyacrylamide có khả năng phân tách hai trình tự chỉ cách nhau 1 nucleotide Kết quả được đọc trên bảng phóng xạ tự ghi hoặc nhờ một máy dò tự động

2.4.1.Nguyên tắc hóa học : Phương pháp Maxam và Gilbert

Phương pháp này dựa vào sự thủy giải đặc trong phân tử DNA cần xác định trình tự bằng phương pháp hoá học

Trước hết các phân tử DNA đ ợc đánh dấu bằng 32 chia thành 5 phân đoạn, mỗi phân đoạn chịu một xử lý hoá học chuyên biệt có khả năng làm biến đổi đặc trong một loại nucleotide và sau đó cắt phân tử DNA ngay nucleotide ấy Năm nhóm nucleotide bị tác động là: G, A, C, G+A, T+C Kết quả của các xử lý hoá học là sự hình thành năm tập hợp nucleotide, các oligonucleotide trong một tập hợp có kích thước khác nhau nhưng đều chấm dứt tại cùng một loại nucleotide Cuối cùng năm phân đoạn trên được đem phân tách trên gel polyacrylamide Vị trí của các oligonucleotide trên gel tương ứng với kích thước của chúng và đuợc phát hiện nhờ đầu có đánh dấu phóng xạ Kết quả được đọc trên bảng phóng xạ tự ghi

2.4.2 Phương pháp enzyme học thông qua việc sử dụng các

dideoxynucleotide của Sanger

Phương pháp này dựa vào sự tổng hợp nhờ enzyme DNA polymerase mạch bổ sung cho trình tự DNA mạch đơn cần xác định Đặc trưng của phương pháp là ngoài bốn loại nucleotide thông thường còn sử dụng thêm bốn loại dideoxynucleotide là những deoxynucleotide trong đó nhóm 3’OH được thay thế bằng H Điều này khiến các dideoxynucleotide không còn khả năng hình thành các nối phosphodiester và do đó sẽ làm ngừng quá trình tổng hợp

Trình tự DNA cần xác định cần phải được tạo dòng trong một vector mạch đơn (phage M13) DNA polymerase sử dụng có thể là đoạn Klenow của DNA polymerase I, Taq polymerase hay Sequanase Sự tổng hợp mạch mới bắt đầu bằng từ một mồi bắt cặp với một trình tự chuyên biệt trên phage M13, với sự hiện diện của bốn loại nucleotide trong đó một loại được đánh dấu đồng vị phóng xạ (35S) Phản ứng tổng hợp được tiến hành trong bốn phân đoạn riêng Người ta lần lượt cho vào mỗi phân đoạn một trong bốn loại dideoxynucleotide với hàm lượng rất nhỏ Do hàm lượng thấp nên thỉnh thoảng mới có một dideoxynucleotide được sử dụng vào phản ứng tổng hợp một olidonucleotide và lập tức sự tổng hợp oligonucleotide đó ngừng lại Tính xác suất thì trong mỗi phân đoạn sẽ có mặt tất cả các cỡ oligonucleotide ứng với tất cả các nucleotide cùng loại hiện diện trên trình tự DNA Ví dụ: nếu trình tự DNA cần xác định là AATCGATAGGCTTGCATG thì trong phân đoạn có mặt dideoxynucleotide ddC sẽ có

2.4.3.Giải trình tự bằng máy đọc tự động

Hiện nay, đã có những phương pháp cải biên từ phương pháp của Sanger như phương pháp giải trình tự bằng máy tự động qua cloning và trực tiếp từ sản phẩm PCR Ở đây, chúng tôi tiến hành giải trình tự trực tiếp từ sản phẩm PCR bằng máy đọc trình tự tự động ABI PRISM 3100 của công ty AB (Applied Bioscience) Máy hoạt động dựa trên nguyên tắc của Sanger nhưng có một số cải biên Trong kỹ thuật này người ta không đánh dấu bằng các đồng vị phóng xạ mà bằng hoá chất – các fluochrome Mỗi loại dideoxynucleotide được đánh dấu bằng một fluochrome có màu khác nhau Như vậy, tất cả các oligonucleotide cùng chấm dứt tại một loại dideoxynucleotide sẽ có cùng một màu Sau khi điện di trên gel polyacrlamide, kết quả sẽ được đọc qua một hệ thống vi tính

Trước hết, đoạn DNA cần xác định trình tự được khuếch đại bằng phương pháp PCR Sau đó hai mạch của phân tử DNA đựợc tách rời nhau Mỗi mạch được bắt cặp bởi một mồi (có thể là mồi dùng cho phản ứng PCR hay một mồi nằm bên trong đoạn DNA) Phản ứng tổng hợp xảy ra tương tự như trong các phương pháp enzyme học sử dụng dideoxynucleotide Phương pháp đọc trình tự trực tiếp từ sản phẩm PCR chỉ sử dụng khi vùng cần xác định trình tự đã biết tr ớc và ứng dụng chủ yếu là nhằm phát hiện nhanh một đột biến điểm

PHẦN III:VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 3.1.Vật liệu

Trong nghiên cứu này, chúng tôi nghiên cứu trên 82 chủng virus type A trong đó

có 80 chủng được phân lập và phục hồi từ những ổ dịch khác nhau trên 15 bang của Ấn

Độ từ 1984-2000 và 2 chủng đã có vaccine IND/490/97 và A10-Indian Vaccine Strain (A10-IVS) Những chủng này vẫn được lưu giữ tại kho dữ liệu quốc gia của Ấn Độ về FMDV

3.2.Phương pháp

Quy trình chung cho quá trình xây dựng cây sinh dòng của 82 chủng FMDV

3.2.1 Nuôi virus-và thu hoạch tế bào

82 chủng virus được cấy chuyền 3-5 lần trong môi trường tế bào một lớp 21(Baby hamster kidney cell line ) Ta tiến hành thu các tế bào nhiễm bệnh nổi lên trên mặt môi trường đem cất ở 70oC trước khi sử dụng

• Primer (NK61,5’GACATGTCCTCCTGCATCTG-3’) 20pmol

• AMV Reverse Transcriptase 1 µl

pA-1C562,5’TACCAAATTACACACGGGAA) theo hướng dẫn được cung cấp Phản ứng được thực hiện theo chu trình nhiệt: chu kỳ đầu tiên biến tính tại 95oC trong 15 phút theo sau bởi 35 chu kỳ theo chu trình: biến tính tại 94oC trong 1 phút, bắt cặp tại 55oC trong 1 phút, kéo dài tại 72oC trong 1.5 phút Chu kì cuối cùng kéo dài tại 72oC trong 10 phút Sau đó sản phẩm PCR đem điện gi và quan sát dưới tia UV

Trước khi giải trình tự sản phẩm PCR được tinh sạch bằng QIAquick kit(QIAGEN) Sản phẩm PCR sau khi được tinh sạch đem đi giải trình tự với fmol Cycle Sequencing kit(promega) và primer Cy5 đã được đánh dấu (antisense 5’-GAAGGGCCCAGGGTTGGACTC) Trong một vài trường hợp, một primer đánh dấu được thêm vào (pA-1C612,TAGCGCCGGCAAAGACTTTGA) được sử dụng để hoàn thành việc giải trình tự gen 1D Việc giải trình tự được thực hiện trên hệ thống phân tích ALFexpress II DNA (pharmacia)

3.2.4 Phân tích dữ liệu sau khi giải trình tự

Các trình tự phân tử được so sánh dựa trên phần mềm Clustal W sẵn có trong chương trình OMIGATM (Oxford MolecularLtd,England) Phân tích cây sinh dòng được thực hiện bằng phần mềm PHYLIP version 3.5c Trong quá trình phân tích khoảng cách tiến hóa cũng được tính toán bằng phần mềm DNADIST Khoảng cách nền được sử dụng

để tạo cây họ hàng bằng phần mềm NEIGHBOR Cây cuối cùng được vẽ bằng TreeView 1.5.2 Những cây địa hình được đánh giá bằng việc phân tích mối quan hệ từ 100 bản sao của dữ liệu gốc được thiết lập trong chương trình BOOTSTRAP, DNADIST, NEIGHBOUR và CONSENSE O2/Brescia/1947 được kể đến trong phân tích như một loài xa lạ.Một sự so sánh độc lập khác của trình tự nucleotide và cấu trúc phía sau của cây UPGMA được thực hiện bằng chương trình “EpiSeq”( được viết bởi N.J Knowles, Pirbright Laboratory,UK) Các phân tích được thực hiện trên chương trình DNASTAR (DNASTAR, Inc, Hoa Kỳ) Các trình tự được lấy từ GenBank / EMBL hoặc đã được công bố trước đó để so sánh (nhập số accession hoặc số tham khảo trong dấu ngoặc đơn) A10-Holland (M20715), A10-61 (X00429), A12-119b (J02187), IND 17/77 (AF 204108),A5/Spain/86 (M72587), A5/Tubingen , A24/Pirbright , Iran/4/98 (trình tự cung cấp bởi Drs N J Knowles and R P Kitching, IAH, Pirbright), A22/550 Azerbaijan/65 (A22/Azerbaijan/65; X74812), A24/Cruzeiro/Brazil/55 (A24/Brazil/55; K03340), A27/Cundinmarca/Colombia/76 (A27/Colombia/76; K03341), Argentina/79 (K03345), 81/Castellanos/Argentina/87 (Argentina/87; U62255), Madrid (E)/1983 (Madrid/83; M16084), Modena (I)/1984 (Modena/84; M16082), Morocco (MA)/1983 (Morocco/83; M16090), Venceslau/Brazil/76 (Brazil/76; K03344), 4 chủng Trung Quốc (NM/EL/60, NM/ XZ/64, XJ/KT/58, GS/LX/62; AJ131663, AJ131664, AJ131665, AJ131666), A22/Iraq 24/64 , Albania/1996 (Albania/96), Iran/1987, SaudiArabia/1992

Bilbao/Spain/1973 (Spain/73), A1/Bavaria/ 1946 (A1/Bavaria/46), A7(5)/Greece/1954 (A7/Greece/54) , BAN/2/87, Iran/2/97, Iran/ 17/97, MAL/10/97, Turkey/1992 (Turkey/92), Turkey/96 , A5/Westerwald and A32/Venezuela/70

PHẦN IV:KẾT QUẢ 4.1 Sự phân nhóm kiểu gen của virus

Một phần của chuỗi trình tự không thể cung cấp một cách đầy đủ những thông tin trong cây phát sinh loài cho sự phân loại có ý nghĩa của virus Nhiều nhà nghiên cứu đã

đề xuất rằng phải biết ít nhất trình tự 250 nu, nếu không biết trình tự đầy đủ của gen 1D,

để suy xét trong việc phân loại dịch tễ phân tử của FMDV Theo những đề xuất trên, chúng tôi đã phân tích hoàn toàn trình tự gen 1D của 83 chủng virus phân lậ từ Ấn Độ bao gồm cả 3 chủng vacxin (IND 17/77, IND 490/97 and A10-IVS) và 37 trình tự sẵn có trong những dữ kiệu đã được công bố trước đó để xác định sự khác nhau phổ biến giữa những kiểu genotype Ở đây chúng tôi đã xác định các kiểu gen khi một nhóm được phân lập với độ biến động ít hơn 15% Những tiêu chí tương tự đã được sử dụng bởi các tác giả khác để phân loại kiểu gen FMDV sử dụng một phần trình tự Trong cây UPGMA (hình 1), được xây dựng từ trình tự gen 1D, các chủng FMDV được phân thành 10 kiểu gen chính(đánh số thự tự theo thời gian phân lập)

Hình 1: Cây UPGMA xây dựng từ trình tự gen 1D, biểu thị mối quan hệ di truyền của các chủng FMDV serotype A Genotype (kiểu gen) được đánh dấu từ I-X ( theo thứ tự thời gian phân lập) được hiển thị trong các nhánh