Thiết lập quy trình phát hiện streptomycine sử dụng DNA-Aptamer.pdf

Bộ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NGUYỀN TÁT THÀNH KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG NGUYEN TAT THANH KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP THIÉT LẶP QUY TRÌNH PHÁT HIỆN STREPTOMYCINE sử DỤNG DNA APTAMER Sinh viên thực hiện: Phạm Thị Lan Nhi Chuyên ngành: Công nghệ sinh học TP.HCM, tháng năm 2018 Bộ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NGUYỄN TÁT THÀNH KHOA CƠNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MƠI TRƯỜNG c®CŨBO KHĨA LUẬN TĨT NGHIỆP THIẾT LẬP QUY TRÌNH PHÁT HIỆN STREPTOMYCINE sử DỤNG DNA-APTAMER Sinh viên thực : Phạm Thị Lan Nhi Mã số sinh viên : 1411534097 Lớp : 14DSH02 Chuyên ngành : Công nghệ sinh học Giáo viên hướng dần : TS Nguyền Hoàng Dũng TP.HCM, tháng năm 2018 LỜI CẢM ƠN Sau thời gian học tập rèn luyện trường Đại Học Nguyền Tất Thành, biết ơn kính trọng, em xin gửi lời cám ơn chân thành đến Ban Giám hiệu, phòng, Khoa thuộc Trường Giáo sư, p Giáo sư, Tiến sĩ nhiệt tình hướng dẫn, giảng dạy tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ em suốt q trình học tập, nghiên cứu hồn thiện đề tài nghiên cứu khoa học Đặc biệt em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới thầy Nguyền Hoàng Dũng, người thầy trực tiếp hướng dẫn, giúp đỡ em trình thực đề tài Xin chân thành cảm ơn gia đình, bạn bè tão điều kiện thuận lợi đế trình em thực đề tài Tuy nhiên điều kiện lực thân hạn chế, chuyên đề nghiên cứu khoa học chắn khơng tránh khỏi thiếu sót Kính mong nhận đóng góp ý kiến từ thầy cô giáo, bạn bè đồng nghiệp đe nghiên cứu cùa em hoàn thiện Em xin trân trọng cám ơn Phạm Thị Lan Nhi Khoa công nghệ sinh học môi trường Trường Đại Học Nguyền Tất Thành MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i MỤC LỤC ii TÓM TẤT iv DANH MỤC CÁC CHỪ VIẾT TẨT vii DANH MỤC CÁC HÌNH viii DANH MỤC CÁC BẢNG ix ĐẶT VÁN ĐỀ X CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan DNA - aptamer 1.2 Tổng quan tình hình sử dụng kháng sinh 1.3 Tổng quan streptomycine 1.4 Tình hình nghiên cứu DNA-aptamer the giới 1.5 Tình hỉnh nghiên cứu DNA-aptamer Việt Nam CHƯƠNG NỘI DƯNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cửu 2.1 Nội dung nghiên cứu 2.2 Địa điểm thời gian nghiên cứu 2.4 Vật liệu 2.5 Phuơng pháp nghiên cứu 12 2.5.1 Tổng họp DNA aptamer 13 2.5.2 Tong họp dung dịch nano vàng 13 2.5.3 Khảo sát ành hưởng cùa yếu tố 15 2.5.4 Xác nhận diện streptomycine bang DNA aptamer hạt nano vàng 15 2.5.5 Thừ nghiệm kiểm tra mẫu sữa 16 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 18 3.1 Tổng họp nano vàng 18 3.3 Khảo sát nong độ kháng sinh đến quy trình phát streptomycine 23 3.4 Thử nghiệm loại kháng sinh khác 25 ii 3.5 Thử nghiệm mầu sữa 26 TÀI LIỆU THAM KHẢO 30 PHỤ LỤC 32 iii TĨM TẮT Aptamer lớp chất có nhiều tiềm hi vọng để tạo KIT chẩn đoán không gây miền dịch với khả tiếp cận tổng hợp Hơn nữa, aptamer lựa chọn thơng qua quy trình lựa chọn tốt mục tiêu sinh học quan trọng Đặc biệt mục tiêu phân tử nhỏ chuyển hóa hữu cơ, ion kim loại chất sinh học khác Đe tài: “ Thiết lập quy trình phát streptomycine sử dụng DNA-aptamer ’’được thực từ tháng 1/2018 đến tháng 6/2018 phòng sinh học phân tử trường Đại học Nguyền Tất Thành với mục tiêu xây dựng quy trình phát streptomycine sử dụng DNA-aptamer, định hưóưg ứng dụng sản xuất kit phát nhanh streptomycine thực phàm Đề tài có năm nội dung: Tổng họp DNA-aptamer; Tổng họp dung dịch hạt nanao vàng; Xác định diện streptomycine DNA-aptamer hạt nano vàng; Khảo sát ảnh hưởng yếu tố; Thử nghiệm mầu sữa Những kết đạt sau tháng nghiên cứu: Tổng họp DNA aptamer với trình tự 5'-TAG GGA ATT CGT CGA CGG ATG CGG GGT CTG GTG TTC TGC TTT GTT CTG TCG GGT CGT CTG CAG GTC GAC TGC GCC G-3' Tống họp nano vàng với đường kính trung bình 13,1 nm, nồng độ nano vàng sau tổng họp 1,842 nM Khảo sát so yếu tố ảnh hưởng đến khả nhận biết streptomycine nồng độ DNA nồng độ muối NaCl Chọn nồng độ DNA thích hợp 50 nM; nồng độ muối NaCl Thích họp 0,1 M Ngưỡng phát kháng sinh streptomycine 0,27 pM; 0,5 pM; 0,83 pM; 1,1 pM; 1,38 pM iv Thử nghiệm kiểm tra mầu sữa dựa quy trình: 30 gl DNA, 50gl AuNP, 50 gl kháng sinh streptomycine, 50 |11 NaCl V SUMMARY Aptamer is the most potential to created diagnosis KIT and not immigration with integrated access Furthermore, the new aptamer can be selected through a well-selected process for any important biological goal Particularly small molecular targets such as organic metabolites, metal ions or other biological substances Topics: "Establishment of streptomycin detection using DNA-aptamer "Was conducted from January 2018 to June 2018 at the molecular biology laboratory of Nguyen Tat Thanh University with the aim of developing a process for the detection of streptomycin using DNA-aptamer, Rapid detection of streptomycin in foods Topics include: DNA-aptamer synthesis; Synthetic gold nanoparticle solution; Determination of the presence of streptomycin by DNA-aptamer and gold nanoparticles; Survey the influence of factors; Tested on milk vi DANH MỤC CÁC CHỦ VIẾT TẢT STR : Streptomycine TETRA: Tetracyline AMP : Ampicillin DNA : Deoxyribonucleic acid pH : Potential of Hydrogen CHLO : Chloramphenicol vii DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Quy trình tạo DNA aptamer Hình 1.2 Cấu trúc hóa học streptomycine Hình 2.1 Quy trình nghiên cứu Hình 2.2 Quy trình tổng hợp nano vàng Hình 2.3 Quy trình xử lí sơ mầu sừa Hình 3.1 Quá trình tống họp nano vàng Hình 3.2 Phổ uv vis quét buớc sóng từ 400 - 700 nm dung dịch nano vàng Hình 3.3 Kích thuớc hạt nano vàng chụp hình TEM độ phân giải khác (a) độ phân giải 20 nm, (b) độ phân giải 50 nm, (c) độ phân giải 100 nm Hình 3.4 Biểu đồ giá trị OD cùa nồng độ NaCl Hình 3.5 Biểu đồ giá trị OD cùa nồng độ DNA Hình 3.6 Đồ thị OD nồng độ kháng sinh Hình 3.7 Biểu đồ OD dãy kháng sinh Hình 3.8 Quy trình phát kháng sinh mẫu sữa Hình 3.9 Mầu sừa sau xử lí Hình 3.10 Ket phát streptomycine mẫu sữa viii ... tài: ? ?Thiết lập quy trình phát streptomycine sử dụng DNA- aptamer Mục tiêu đề tài xây dựng quy trình phát streptomycine sử dụng DNAaptamer, định hướng ứng dụng sản xuất kit phát nhanh streptomycine. .. qua quy trình lựa chọn tốt mục tiêu sinh học quan trọng Đặc biệt mục tiêu phân tử nhỏ chuyển hóa hữu cơ, ion kim loại chất sinh học khác Đe tài: “ Thiết lập quy trình phát streptomycine sử dụng. .. trường Đại học Nguyền Tất Thành với mục tiêu xây dựng quy trình phát streptomycine sử dụng DNA-aptamer, định hưóưg ứng dụng sản xuất kit phát nhanh streptomycine thực phàm Đề tài có năm nội dung: Tổng