Xác định một số vùng Gene để nhận diện loài Lan Hài Hồng (Paphiopedilum delenatii Guillaumin, 1924) đặc hữu Việt Nam.pdf

NTTU-NCKH-04 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐÈ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 2018 Tên đề tài: XÁC ĐỊNH MỘT SỐ VÙNG GENE ĐÊ NHẬN DIỆN LOÀI LAN HÀI HỒNG (Paphiopedilum delenatii Guillaumin, 1924) ĐẶC HỪLJ VIỆT NAM Số hợp đồng: 2017.01.53/HĐ-KHCN Chủ nhiệm đề tài: Vũ Thị Huyền Trang Đơn vị công tác: Khoa CNSH&MT, Đại học Nguyền Tất Thành Thời gian thực hiện: 12 tháng TP Hồ Chỉ Minh, ngày 16 tháng 11 năm 2018 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỔNG KÉT ĐÈ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN Bộ - GIẢNG VIÊN 201 Tên đề tài: XÁC ĐỊNH MỘT SĨ VÙNG GENE ĐẾ NHẬN DIỆN LỒI LAN HÀI HỒNG (Paphỉopedỉhim delenatỉi Guillaumin, 1924) ĐẶC HỮU VIỆT NAM Sổ hợp đồng : 2017.01.53/HĐ-KHCN Chủ nhiệm đề tài: Vũ Thị Huyền Trang Đơn vị công tác: Khoa CNSH&MT, Đại học Nguyễn Tất Thành Thời gian thực hiện: 12 tháng Các thành viên phổi hợp cộng tác: STT Họ tên Chuyên ngành Cơ quan công tác Vũ Thị Huyền Trang Lê Anh Khoa Công nghệ Sinh học Công nghệ Sinh học ĐH Nguyễn Tất Thành ĐH Nguyễn Tất Thành Ký tên MỤC LỤC MỞĐẰU CHƯƠNG TÓNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu • ian Hài 1.1.1 VỊ trí phân loại lan Hài (Paphiopedilutn) 1.1.2 Đặc điểm hình thái lan Hài 1.1.3 Phân bố điều kiện sinh thái lan Hài 1.1.4 Giá trị lan Hài 1.2 Úng dụng trình tự DNA nghiên cứu phân định lồi họ Orchideacea5 CHƯƠNG NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cứu 2.1 Nội dung nghiên cứu 2.2 Phương pháp nghiên cứu 2.2.1 Thu thập mẫu, xử lý bảo quản mầu 2.2.2 Chọn lọc thiết kế vùng trình tự nhận diện lan Hài 2.2.3 Tách chiết DNA khuếch đại vùng trình tự nhận diện 10 2.2.4 Giải hiệu chỉnh trình tự 11 2.2.5 Phân tích tính đặc trưng trình tự 11 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 13 3.1 Ket thu thập, xử lý mẫu tách chiết DNA 13 3.2 Khuếch đại, giải hiệu chỉnh trình tự mẫu nghiên cứu 14 3.3 Khoảng cách di truyền mẫu lan Hài hồng nguyên nghiên cứu với loài lan Hài giới 17 3.4 So sánh tính đa hình trình tự lan Hài hồng (Paphiopedilum delenatìì) Việt Nam nghiên cứu trình tự lan Hài hồng lấy từ genbank 18 3.5 Phân biệt đặc điểm đa hình trình tự lồi Paphiopedilunt delenatìi lồi lan Hài lân cận Việt Nam 19 3.5.1 So sánh vùng ITS 19 3.5.2 So sánh vùng matK 21 3.5.3 So sánh vùng trnL 22 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 24 TÀI LIỆU THAM KHẢO 25 PHỤ LỤC 26 DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIÉT TẮT bp Base pair kb kilobase pair DNA Deoxyribonucleic Acid PCR Polymerase Chain Reaction ITS Internal Transcribed spacer matK Maturase K gene tmL tRNA-Leu gene SSR Simple sequence repeat DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 3.2 Lan Hài hồng (Paphiopediulum delenatiĩ) Ket giải trình tự tốt Kết khuếch đại vùng rpoB mầu lan Hài hồng nguyên thể Ket khuếch đại vùng rpoC mẫu lan Hài hồng nguyên Hình 3.3 Ket khuếch đại vùng tmH-psbA mầu lan Hài hồng nguyên the Hình 3.4 Ket điện di vùng ITS Hình 3.5 Ket điện di vùng matK Ket điện di vùng trnL Hình 1.1 Hình 2.1 Hình 3.1 Hình 3.6 Hình 3.8 Cây phát sinh lồi dựa vào vùng trình tự ITS Cây phát sinh lồi dựa vào vùng trình tự matK Hình 3.9 Cây phát sinh lồi dựu vào vùng trình tự trnL Hình 3.7 DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Bảng 2.1 Bảng 2.2 Bảng 3.1 Bảng 3.2 Bảng 3.3 Thống kê lan Hài Việt Nam nơi phân bố Các mồi sử dụng đe tài Chu trình nhiệt khuếch đại vùng trình tự nhận diện Các mầu thu đuợc sử dụng nghiên cứu Thống kê hiệu suất tách DNA, PCR giải trình tự Khoảng cách di truyền loài (intra- specific distance) khoảng cách di truyền loài (inter-specific distance) mầu lan Hài hồng nguyên the với loài lan Hài giới Bảng 3.5 Các vị trí đa hình trình tự vùng matK mầu lan Hài hồng Các vị trí đa hình trình tự vùng ITS giũa mầu lan Hài hồng với Bảng 3.6 mầu lan Hài lân cận Việt Nam Các vị trí đa hình trình tự vùng matK mầu lan Hài hồng với Bảng 3.7 mầu lan Hài lân cận Việt Nam Các vị trí đa hình trình tự vùng tmL mầu lan Hài hồng với Bảng 3.4 mầu lan Hài lân cận Việt Nam TÓM TẮT KÉT QUẢ NGHIÊN cửu Sản phẩm thực đạt Trình tự vùng gen rpoB, rpoC 1, tmHpsbA mẫu Hài hồng Paphiopedilum delenatii nguyên thể Sán phẩm đăng ký thuyết minh Trình tự số vùng gen cùa loài lan Hài hồng Việt Nam Trình tự vùng gen rpoB, rpoC 1, trnHpsbA, ITS, matK tmL cùa 11 mẫu thuộc lồi lan Hài Việt Nam Hài hơng Paphiopedilum delenatii, Hài mốc hồng p micranthum, Hài mốc vàng p armeniacum Hài Việt Nam p vỉetncimense Trình tự ba vùng ITS, matK tmL trình tự nhận diện phân biệt lan Hài hồng loài lan Hài khác nghiên cứu - 01 báo đăng Tạp chí Nơng nghiệp Phát triển Nơng thơn 12/2017 Đặc điểm trình tự nhận diện phân biệt với loài lan Hài khác (Thơng tin variation đề nhận diện trình tự đặc trưng) 01 Bài báo khoa học - 01 báo đăng Tạp chí Khoa học Cơng nghệ - ĐH NTT - 01 đăng Tạp chí Cơng nghệ Sinh học 01 luận văn tốt nghiệp cử nhân ngành CNSH 01 Luận văn tốt nghiệp cử nhân ngành Công nghệ Sinh học Thời gian đăng ký : từ ngày 4/2017 đển ngày 1/10/2018 Thòi gian nộp báo cáo: ngày 16.11.201 MỞ ĐẦU Ngày nay, đặc điểm nhận dạng di truyền học loài sinh vật sống kiến thức khoa học vô cần thiết với ngành đặc biệt ngành liên quan đến sinh học Loài Lan Hài hồng lồi lan vơ q hiêm Việt Nam ta bờ vực tuyệt chủng, chúng tơi thực đê tài đe tìm hiêu rõ hon đặc trưng di truyền số vùng trình tự genome lan Hài hồng so sánh đe phân biệt với số loài lan Hài có quan hệ gần với Hìa hơng nhăm xác định trình tự nhận diện cho lồi lan này, góp phân làm cho cơng tác bảo tồn thuận lợi hiệu Đe tài thu 11 mầu gồm mầu thuộc loài lan Hài hồng đặc hữu sổ loài lan Hài Việt Nam Chúng tơi khảo sát vùng trình tự gồm rpoB, rpoCl, tmH-psbA, ITS, matK tmL Ba vùng trình tự rpoB, rpoCl, trnH-psbA khơng có tiêm làm vùng trình tự nhận diện Các vùng ITS, matK tmL đêu cho khả nhận diện rât hiệu lồi lan Hài hơng Paphiopedilum delenatii sơ lồi lan Hài khác Việt Nam CHƯƠNG TÔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu lan Hài 1.1.1 Vị trí phân loại lan Hài (Paphiopedilum) Hình 1.1 Lan Hài hồng (Paphiopediulum delenatiĩ) (Averyanov ctv., 2004) Giới (regnucleotidem): Plantae Thực vật Ngành (phyla): Magnoliophyta Ngọc Lan Lớp (classis): Lillopsida Hành tỏi Bộ (ordo): Asparagales Măng tây Họ (familia): Orchidaceae Phong Lan Phân họ (subfamilia): Cypripedioideae lan Hài Chi (genucleotides): Paphiopedilum lan Hài Lan Hài Việt Nam thuộc phân họ Cypripedioideae Dưới họ gồm năm chi: Cypripedỉỉum, Selenipediỉum, Phragmỉpedilum, Mexipedihim, Paphiopedilum Lan Hài Việt Nam thuộc chi Paphiopedilum 1.1.2 Đặc điểm hình thái lan Hài Paphiopediỉum sống phụ sinh bờ đá, vách núi, thân gồ, Cây gần khơng có thân thân rât ngăn, mọc chụm lại với thành cụm Lá lan Hài thường có dạng hình bầu dục thn hay trứng tim ngược mở rộng thành hai hàng xêp thành hình quạt Lá lan Hài chia làm hai nhóm: nhóm có màu xanh lục khơng đốm nhóm có đốm xanh bạc, xanh trắng Một số lồi mép thường có lơng, sơ khác có cứng, dày mọng nước Tùy vào mơi trường sơng điều kiện sinh thái mà hình dạng có diem khác biệt lồi Hầu hết Paphiopedilum thường mang hoa riêng lẻ, có lồi có hoa đặc biệt từ đên hoa Trên hoa có túi nhở, túi tạo thành diêm riêng biệt cho lan Hài Cụm hoa thường mọc thắng đứng hay cong, mọc vách đá cụm hoa năm ngang hay chúc xng phía Trục phát hoa trô từ gôc cao khoảng 10 - 30cm thường mang đơn, lớn so với thân cây, đêu có lông tơ dày ngăn Tuy nhiên sô lồi trục phát hoa lại có lơng nhung gân ... dung 1: Giải trình tự số vùng gen lồi lan Hài hồng số loài lan Hài khác - Thu thập mầu loài lan Hài hồng số loài lan Hài khác từ khu vực khác Việt Nam (3-5 mầu) Định danh hình thái - Tách chiết DNA... Hài hồng Các vị trí đa hình trình tự vùng ITS giũa mầu lan Hài hồng với Bảng 3.6 mầu lan Hài lân cận Việt Nam Các vị trí đa hình trình tự vùng matK mầu lan Hài hồng với Bảng 3.7 mầu lan Hài lân... thuộc loài lan Hài Việt Nam Hài hông Paphiopedilum delenatii, Hài mốc hồng p micranthum, Hài mốc vàng p armeniacum Hài Việt Nam p vỉetncimense Trình tự ba vùng ITS, matK tmL trình tự nhận diện