Phát hiện và xác định một số đặc điểm di truyền của Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV) gây bệnh trên hoa cúc tại tỉnh Lâm Đồng.pdf

NTTU-NCKH-04 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN BỘ - GIẢNG VIÊN 2019-2020 Tên đề tài: PHÁT HIỆN VÀ XÁC ĐỊNH MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN CỦA TOMATO SPOTTED WILT VIRUS (TSWV) GÂY BỆNH TRÊN HOA CÚC TẠI TỈNH LÂM ĐỒNG Số hợp đồng: 2020.01.046/HĐ-KHCN Chủ nhiệm đề tài: Nguyễn Thanh Việt Đơn vị công tác: Viện kỹ thuật công nghệ cao NTT Thời gian thực hiện: 06 tháng (từ 01/2020 đến 06/2020) TP Hồ Chí Minh, ngày 10 tháng 10 năm 2020 CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc Đơn vị chủ trì: Trường Đại học Nguyễn Tất Thành BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NCKH DÀNH CHO CÁN BỘ - GIẢNG VIÊN 2020 Tên đề tài: PHÁT HIỆN VÀ XÁC ĐỊNH MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN CỦA TOMATO SPOTTED WILT VIRUS (TSWV) GÂY BỆNH TRÊN HOA CÚC TẠI TỈNH LÂM ĐỒNG Số hợp đồng: 2020.01.046/HĐ-KHCN Chủ nhiệm đề tài: Nguyễn Thanh Việt Đơn vị công tác: Viện kỹ thuật công nghệ cao NTT Thời gian thực hiện: 06 tháng (từ 01/2020 đến 06/2020) TP Hồ Chí Minh, ngày 10 tháng 10 năm 2020 MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu chung Tomato spotted wilt virus 1.1.1 Lịch sử virus héo đốm cà chua 1.1.2 Phân loại TSWV 1.1.3 Phổ ký chủ TSWV 1.1.4 Quá trình xâm nhập nhân lên TSWV tế bào thực vật 1.1.5 Điều kiện bệnh phát triển 1.1.6 Triệu chứng bệnh 1.1.7 Cấu trúc virus 1.1.8 Bộ gene 1.1.9 Trung gian truyền bệnh 1.2 Cây hoa Cúc (Chrysanthemum) 1.2.1 Phân loại 1.2.2 Đặc điểm hình thái 1.3 Tình hình nhiễm bệnh héo đốm virus hại hoa cúc Việt Nam 13 1.4 Các nghiên cứu TSWV 14 CHƯƠNG NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 15 2.1 Nơi thực 15 2.3 Đối tượng nghiên cứu 15 2.4 phương pháp nghiên cứu 15 2.4.1 Thu mẫu 15 2.4.2 Tách chiết RNA 16 2.4.3 Phản ứng tổng hợp chuỗi polymerase chép ngược(RT-PCR) 16 2.4.4 Phương pháp điện di 18 2.4.5 Chuẩn bị gel agarose nồng độ 1,2 % 18 2.4.6 Bơm mẫu vào giếng chạy điện di 18 2.4.7 Giải trình tự 18 2.4.8 Phân tích nucleotide, amino acid, phả hệ 19 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 20 3.1 Thu Mẫu 20 3.2 Phát TSWV mẫu hoa cúc bệnh phản ứng RT- PCR 21 3.3 Kết giải trình tự gen N 21 3.3 So sánh tương đồng trình tự nucleotide (nt) 22 3.4 Xây dựng phả hệ 23 TÀI LIỆU THAM KHẢO 27 PHỤ LỤC 29 DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT TSWV: Tomato spotted wilt virus RT- PCR: Reverse transcription polymerase chain reaction PCR: Polymerase Chain Reaction GRSV: Groundnut ringspot virus INSV: Impatiens necrotic spot virus WSMoV: Wattermelon silver molt virus RNA: Ribonucleic acid cDNA: Complementary DNA DANH MỤC CÁC BẢNG BIỂU, SƠ ĐỒ, HÌNH ẢNH Hình 1.1 Các đặc điểm bệnh tích TSWV gây hại hoa cúc……………………… Hình 1.2 Lược đồ cấu trúc Bunyavirales virion.………………………………………………6 Hình 1.3 Lược đồ cấu trúc gene Bunyavirales virion………………………………… Hình 1.4 Bọ Frankliniella occidentalis…………………………………………………………8 Hình 1.5 Mơ tả mối quan hệ bọ trĩ Tospoviruses ………………………………… Hình 1.6 Hoa cúc.………………………………… ……………………………………………….9 Hình 3.1 Bệnh tích đặc trưng hoa cúc nhiễm bệnh TSWV gây ra………………20 Hình 3.2 RT- PCR chẩn đoán phát chủng TSWV mẫu hoa cúc nhiễm bệnh………………………………………………………………………………………………… 21 Hình 3.3 Kết BLAST trình tự GenBank-NCBI………………………………… 22 Hình 3.4 Cây phả hệ phân tích mối tương quan nucleocapsid (N) chủng TSWV nghiên cứu (in đậm) với chủng TSWV tham chiếu GenBank………25 DANH MỤC CÁC BẢNG BIỂU Bảng 2.1 Mồi sử dụng nghiên cứu…………………………………………………………17 Bảng 0.2 Các thành phần phản ứng PCR……………………………………………………17 Bảng 0.3 Chu kì nhiệt phản ứng PCR.……………………………………………………….17 Bảng 3.1 Mức độ tương đồng nucleotide gen N chủng TSWV nghiên cứu với chủng TSWV tham chiếu từ GenBank…………………………………………………………….23 TÓM TẮT KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU Sản phẩm thực đạt Sản phẩn đăng ký thuyết minh  Báo cáo tổng hợp kết đề tài  Báo cáo tổng hợp kết đề tài  Bài báo khoa học gửi đăng tạp chí  Bài báo khoa học đăng tạp chí Khoa học Cơng nghệ, Đh Nguyễn Tất Thành (phụ lục) khoa học chuyên ngành MỞ ĐẦU Việt Nam quốc gia nơng nghiệp, nằm vùng khí hậu nhiệt đới có phù sa lượng mưa hàng năm tạo điều kiện thuận lợi cho trồng phát triển Trong đó, tỉnh Lâm Đồng vùng chuyên canh rau, hoa, chè lớn nước Vùng chuyên canh hoa với diện tích 7.400 sản lượng thu hoạch 2.352 triệu cành Thị trường tiêu thụ rau, hoa Đà Lạt nước Nhật bản, Singapore, Đài loan, Úc, Thái lan, Bỉ, Hà lan, EU, Mĩ, Trung Quốc Những năm gần đây, để phát huy mạnh điều kiện tự nhiên thuận lợi nguồn lao động dồi dào, địa phương tỉnh Lâm Đồng chuyển dịch cấu trồng từ hướng sản xuất hàng hóa sang trồng hoa, góp phần giải việc làm, nâng cao thu nhập cho bà nông dân Tuy nhiên thách thức lớn tỉnh Lâm Đồng tác động loại bệnh tăng từ ảnh hưởng đến xuất chất lượng loại trồng (https://snnptnt.lamdong.gov.vn/) Cây hoa cúc (Chrysanthemum sp.) thuộc họ Asteraceae, lồi trồng có giá trị thương mại cao sử dụng để cắt cành, trang trí sân vườn trang trí chậu, trồng phổ biến giới, trồng lâu đời tiêu dùng phổ biến Việt Nam Cây hoa cúc dễ trồng đa dạng, trồng vườn hoa công viên, trồng hoa bồn, hoa thảm, hoa chậu, hoa cắt cành làm hoa bó, hoa bát hay lẵng hoa Trong năm trở lại đây, nhu cầu cầu thị trường tăng nên diện tích trồng hoa Đà Lạt tăng lên đáng kể diện tích trồng hoa cúc hàng năm khoảng 2.100 chiếm gần 70% diện tích hoa cúc tỉnh Lâm Đồng Đối với hoa cúc, tình trạng chung người dân trồng hoa khơng có thời gian nghỉ đất, khơng có thời gian ln canh loại trồng khác họ Do đó, loại bệnh hại tồn phát triển đất ngày gia tăng Tomato spotted wilt virus (TSWV) thuộc chi Tospovirus, họ Bunyaviridae loại virus gây bệnh thực vật quan trọng toàn giới TSWV có phổ ký chủ rộng 1090 lồi thực vật, thuộc 15 họ thực vật mầm, 69 họ thực vật hai mầm họ pteridophytes TSWV lây lan chủ yếu qua bọ trĩ, loài bọ trĩ lan truyền TSWV gồm Frankliniella occidentalis, Thrips palmi Năm 2019, theo thống kê Trung tâm nông nghiệp, thành phố Đà Lạt có 520 nhiễm bệnh virus héo đốm cà chua (chiếm 24,7% diện tích canh tác) 312 nhiễm nhẹ (tỷ lệ hại