HOÀN THIỆN PHƢƠNG PHÁP và NGHIÊN cứu sự đa DẠNG DI TRUYỀN của cây mắm ĐEN (avecinnia officinalis) ở KHU dự TRỮ SINH QUYỂN RỪNG NGẬP mặn cần GIỜ BẰNG kỹ THUẬT RAPD

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP HỒN THIỆN PHƢƠNG PHÁP VÀ NGHIÊN CỨU SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÂY MẮM ĐEN (Avecinnia officinalis) Ở KHU DỰ TRỮ SINH QUYỂN RỪNG NGẬP MẶN CẦN GIỜ BẰNG KỸ THUẬT RAPD Ngành học: CƠNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa: 2003 - 2007 Sinh viên thực hiện: NGÔ TRẦN VŨ Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH BỘ MƠN CƠNG NGHỆ SINH HỌC ************ KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP HỒN THIỆN PHƢƠNG PHÁP VÀ NGHIÊN CỨU SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA CÂY MẮM ĐEN (Avecinnia officinalis) Ở KHU DỰ TRỮ SINH QUYỂN RỪNG NGẬP MẶN CẦN GIỜ BẰNG KỸ THUẬT RAPD Giáo viên hƣớng dẫn: Sinh viên thực hiện: TS BÙI MINH TRÍ NGƠ TRẦN VŨ Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com LỜI CẢM TẠ Con xin thành kính ghi ơn Ba, Mẹ ngƣời thân gia đình ln quan tâm, tạo điều kiện động viên suốt q trình học tập Tơi xin chân thành cảm ơn: - Ban giám hiệu trƣờng Đại học Nông Lâm tạo điều kiện cho suốt thời gian học tập thực tập - Các Thầy, Cô giáo môn CNSH Thầy, Cô trực tiếp giảng dạy suốt trình học tập năm qua - Thầy Bùi Minh Trí tận tình hƣớng dẫn động viên suốt thời gian thực đề tài - Các anh chị Trung tâm Phân tích Hố sinh Trƣờng Đại học Nơng Lâm tận tình giúp đỡ tơi suốt thời gian thực đề tài - Các anh chị Ban quản lý rừng Cần Giờ tận tình giúp đỡ tơi thời gian làm đề tài - Toàn thể lớp CNSH29 thân yêu động viên giúp đỡ suốt năm học Tp Hồ Chí Minh Tháng năm 2007 Sinh viên thực Ngô Trần Vũ iii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com TÓM TẮT Ngơ Trần Vũ, Đại Học Nơng Lâm Tp Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 “HOÀN THIỆN PHƢƠNG PHÁP VÀ NGHIÊN CỨU SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÂY MẮM ĐEN (Avecinnia officinalis) Ở KHU DỰ TRỮ SINH QUYỂN RỪNG NGẬP MẶN CẨN GIỜ BẰNG KỸ THUẬT RAPD” Giáo viên hƣớng dẫn: TS BÙI MINH TRÍ Rừng ngập mặn Cần Giờ đƣợc xem “lá phổi xanh” Thành phố với chức điều hịa khơng khí, giảm nhiễm mơi trƣờng xử lý nƣớc thải Thành phố, thu nhận khí CO2 cho khí O2 hoạt động cơng nghiệp Để có chiến lƣợc lâu dài bền vững việc đánh giá mức độ di truyền quần thể nhằm có chiến lƣợc bảo tồn nguồn gen quý Kết đạt đƣợc: - Thu thập 50 mẫu mắm đen với đặc điểm hình thái khác - Xác định điều kiện bảo quản cho tối ƣu - Hồn thiện qui trình ly trích DNA - Primer OPA10 OPA5 không cho kết phản ứng RAPD-PCR - Primer OPD18 cho sản phẩm nhƣng chƣa đƣợc tối ƣu - Primer cho band kích thƣớc 400bp nên khơng có ý nghĩa nghiên cứu đa dạng di truyền - Bƣớc đầu khảo nghiệm primer OPAC10, xác định điều kiện tối ƣu cho primer - Nghiên cứu đa dạng di truyền mắm primer OPAC10 11 mẫu thu đƣợc trung bình 5,4 band/mẫu Tỷ lệ đồng hình 62,5% tỷ lệ đa hình 37,5% band đồng hình band đa hình Phân tích phân mềm NTSYSpc 2.1, phân nhóm di truyền cho đồng hình cao Cây phân nhóm di truyền chia làm nhóm, nhóm I có hệ số đồng dạng di truyền cao 0,875-1 Nhóm thu đƣợc nhánh khơng đủ điều kiện thực nhiều mẫu iv LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com SUMMARY Ngo Tran Vu, Nong Lam University, 9/2007 “RESEARCH ON METHOD DEVELOPMENT AND GENETIC DIVERSITY EVALUATION OF Avecinnia officinalis IN CAN GIO MANGROVE BIOPHERE RESERVE AREA BY RAPDPCR” Supervisor: Bui Minh Tri Can Gio mangrove forest was economic and environmental value, it was very important for air-condition and waste water treatment of Ho Chi Minh City Can Gio mangrove forest had rich and diversified floristic composition So, studying genetic diversity of Avecinnia officinalis tree aimed conserve genetic resource gene The obtained results were: - To collect 50 samples leaf with many tree different characteristic - Optimized process extraction DNA for Avecinnia officinalis tree - Optimized RAPD-PCR reaction for primer OPAC10 - To use software NTSYSpc 2.1 analyses for 11 samples Polymorphism had band and rate 37, 5%, isomorphism had band and rate 62, 5% v LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com MỤC LỤC Trang tựa Lời cảm tạ iii Tóm tắt iv Summary v Mục lục vi Danh sách bảng ix Danh sách hình x Danh sách chữ viết tắt xi Chƣơng 1: GIỚI THIỆU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích, yêu cầu giới hạn đề tài 1.2.1 Mục đích 1.2.2 Yêu cầu 1.2.3 Giới hạn đề tài Chƣơng 2: TỒNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Tổng quan khu dự trữ sinh rừng ngập mặn 2.1.1 Giới thiệu khu vực dự trữ sinh rừng ngập mặn 2.1.2 Vai Trò khu dự trữ sinh rừng ngập mặn Cần Giờ 2.2 Một số khái niệm đa dạng sinh học 2.2.1 Đa dạng sinh học 2.2.2 Sự đa dạng di truyền 2.2.3 Ý nghĩa việc nghiên cứu bảo vệ đa dạng di truyền 2.3 Đặc điểm sinh vật học hình thái học mắm đen 2.3.1 Hình thái học 2.3.2 Phân bố 2.3.3 Vai trò rừng mắm 2.4 Các kỹ thuật tách chiết DNA 2.4.1 Các thông tin di truyền 2.4.2 Phƣơng pháp tách chiết DNA 10 vi LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 2.4.3 Đánh giá chất lƣợng DNA 11 2.4.3.1 Định lƣợng DNA quang phổ kế 11 2.4.3.2 Định tính DNA phƣơng pháp điện di 12 2.5 PCR (polymerase chain reaction) 12 2.5.1 Nguyên tắc 12 2.5.2 Thành phần phản ứng PCR 14 2.5.3 Các yếu tố ảnh hƣởng tới PCR 14 2.5.4 Ƣu điểm nhƣợc điểm 14 2.6 Một số thị phân tử nghiên cứu đa dạng sinh học 15 2.6.1 Chỉ thị RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) 15 2.6.2 Chỉ thị RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) 16 2.6.3 Chỉ thị AFLP 17 Chƣơng 3: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP 20 3.1 Nội dung đề tài 20 3.2 Thời gian thực đề tài 20 3.3 Vật liệu 20 3.3.1 Mẫu mắm đen 20 3.3.2 Hóa chất thí nghiệm 21 3.3.2.1 Các hóa chất dùng ly trích DNA 21 3.3.2.2 Hóa chất dùng kiểm tra định lƣợng DNA 22 3.3.2.3 Hóa chất dùng định tính DNA 22 3.3.2.4 Hóa chất dùng để phản ứng RAPD 22 3.3.3 Trang thiết bị 22 3.4 Phƣơng pháp 23 3.4.1 Đối tƣợng nghiên cứu 23 3.4.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 23 3.4.3 Cách bố trí thí nghiệm 23 3.4.4 Phƣơng pháp ly trích DNA 23 3.4.4.1 Quy trình ly trích mẫu tƣơi Doyle Doyle (1988) 23 3.4.4.2 Quy trình ly trích DNA nitơ lỏng 24 3.4.4.3 Định tính DNA phƣơng pháp điện di 25 vii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 3.4.4.4 Phƣơng pháp định lƣợng DNA quang phổ kế 25 3.4.5 Thực phản ứng RAPD-PCR 26 3.4.5.1 Primer sử dụng 26 3.4.5.2 Bố trí thí nghiệm 26 3.4.6 Phân tích kết phần mềm NTSYSpc 30 Chƣơng 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 32 4.1 Thu thập mẫu tiểu khu rừng ngập mặn Cần Giờ 32 4.2 Bảo quản ly trích vật liệu di truyền 33 4.2.1 Bảo quản 33 4.2.2 Ly trích vật liệu di truyền 33 4.3 Kết phản ứng RAPD-PCR 37 Chƣơng 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 45 5.1 Kết luận 45 5.2 Đề nghị 45 Chƣơng 6: TÀI LIỆU THAM KHẢO 47 viii LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH SÁCH CÁC BẢNG Bảng 3.1 Thành phần hóa chất dung dịch ly trích EB 19 Bảng 3.2 Thành phần hóa chất TE 1X 19 Bảng 3.3 Danh sách primer dùng nghiên cứu 23 Bảng 3.4 Thành phần hóa chất cho phản ứng RAPD-PCR thí nghiệm 24 Bảng 3.5 Chu trình nhiệt cho phản ứng RAPD-PCR thí nghiệm 24 Bảng 3.6 Thành phần hóa chất cho phản ứng RAPD-PCR thí nghiệm 25 Bảng 3.7 Chu trình nhiệt cho phản ứng RAPD-PCR thí nghiệm 25 Bảng 3.8 Thành phần hóa chất cho phản ứng RAPD-PCR thí nghiệm 26 Bảng 3.9 Chu trình nhiệt cho phản ứng RAPD-PCR thí nghiệm 26 Bảng 3.10 Thành phần hóa chất cho phản ứng RAPD-PCR thí nghiệm 27 Bảng 3.11 Chu trình nhiệt cho phản ứng RAPD-PCR thí nghiệm 27 Bảng 4.1 Bảng OD mẫu nghiền theo qui trình cải tiến 34 ix LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com DANH SÁCH CÁC HÌNH Hình 2.1 Hình dáng mắm đen Hình 2.2 Lá hoa mắm đen Hình 2.3 Trái mắm đen Hình 2.4 Nguyên tắc hoạt động phản ứng PCR 12 Hình 2.5 Nguyên tắc kỹ thuật RFLP 14 Hình 2.6 Nguyên tắc hoạt động kỹ thuật RAPD 15 Hình 4.1 Bản đồ vị trí lấy mẫu mắm đen Cần Giờ 32 Hình 4.2 Ly trích DNA theo qui trình Doyle Doyle (1988) 33 Hình 4.3 Ly trích theo qui trình Doyle Doyle (1988) cải tiến 34 Hình 4.4 Ly trích DNA theo qui trình nitơ lỏng 36 Hình 4.5 Kết điện di sản phẩm phản ứng RAPD-PCR với primer OPA10 OPA5 37 Hình 4.6 Kết điện di sản phẩm phản ứng RAPD-PCR với primer RAH8 38 Hình 4.7 Kết điện di sản phẩm phản ứng RAPD-PCR với primer 39 Hình 4.8 Kích thƣớc band phản ứng RAPD-PCR primer 39 Hình 4.9 Kết điện di sản phẩm phản ứng RAPD-PCR với primer OPAC10 40 Hình 4.10 Kết điện di sản phẩm thí nghiệm 41 Hình 4.11 Kết điện di sản phẩm thí nghiệm 41 Hình 4.12 Kết điện di sản phẩm RAPD-PCR mồi OPAC10 tối ƣu 42 Hình 4.13 Cây phân nhóm di truyền 11 mẫu mắm đen 43 x LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 40 làm cho Taq DNA polymerase hoạt động gần hết Do vậy, mà vị trí khác lƣợng Taq DNA polymerase khơng đủ hoạt tính - Chu trình nhiệt chƣa phù hợp - Nồng độ MgCl2 cao làm hạn chế hoạt động Taq DNA polymerase Do vậy, cần có điều chỉnh kết phù hợp dùng nghiên cứu đa dạng di truyền  Thí nghiệm : Chúng tơi tiến hành khảo sát ảnh hƣởng nồng độ primer OPAC10 lên kết RAPD-PCR Kết thu đƣợc nhƣ sau : Hình 4.10 Kết điện di sản phẩm thí nghiệm Nghiệm thức ta thu đƣợc - band, band phân tách rõ độ sáng band Điều cho thấy, nồng độ primer 0,8 pM/µl 0,6 pM/µl cho kết phản ứng RAPD-PCR tốt Tuy nhiên, có số band chƣa có phân tách rõ số band mờ Điều hàm lƣợng MgCl2 chƣa thật tối ƣu Taq DNA polymerase hoạt động tốt Do vậy, cần phải điều chỉnh nồng độ MgCl2  Thí nghiệm 3: Sử dụng primer OPAC10 làm thí nghiệm tối ƣu Chúng tiến hành khảo sát ảnh hƣởng nồng độ MgCl2 hai nồng độ mồi thu đƣợc kết sau LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 41 Hình 4.11 Kết điện di sản phẩm thí nghiệm Kết điện di cho thấy nghiệm thức cho sản phẩm RAPD-PCR ổn định Số band đạt từ band/mẫu, độ sáng band tƣơng đối Do vậy, ta làm nồng độ nghiên cứu  Thí nghiệm : Sử dụng primer OPAC10 làm thí nghiệm cho nghiên cứu đa dạng di truyền Kết thu đƣợc nhƣ sau: đa hình đồng hình Hình 4.12 Kết điện di sản phẩm RAPD-PCR mồi OPAC10 tối ƣu Kết điện di cho thấy sản phẩm PCR tƣơng đối tốt band sáng rõ, nhiên độ đa hình không cao Chúng thực phản ứng RAPD-PCR primer OPAC10 11 mẫu kết điện di thu đƣợc 5,4 band/mẫu Trong band đồng hình band chiếm tỷ lệ 62,5% band đa hình có band chiếm tỷ lệ 37,5% Kích thƣớc band sản phẩm 150bp – 1000bp, kích thƣớc band đồng hình ln xuất 150bp, 250bp, 350bp 550bp 650bp Kích thƣớc band đa hình 400bp, 750bp 1000bp Tuy nhiên lƣợng mẫu LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 42 nghiên cứu không lớn 11 mẫu chƣa thấy đƣợc hết đa dạng di truyền mắm đen Từ kết điện di chúng tơi mã hóa số liệu theo dạng nhị phân mẫu có band khơng có band theo phụ lục 4.3 Kết xử lý đƣợc phân tích phần mềm NTSYTpc phiên 2.1 thu đƣợc kết sau a Nhóm I b Nhóm II Hình 4.13 Cây phân nhóm di truyền 11 mẫu mắm đen Từ phân nhóm di truyền cho thấy hệ số đồng dạng di truyền cao từ 0,54 đến phân nhóm di truyền đƣợc chia làm hai nhóm phân biệt nhóm I nhóm II Trong nhóm I gồm có nhóm a, nhóm b mẫu mắm đen A4 Nhóm II có mẫu mắm đen A19 Từ bảng ma trận tƣơng đồng phụ lục 4.4 ta thấy hệ số đồng dạng di truyền nhóm a nhóm b cao 0,875 điều có nguồn gốc giống bố mẹ từ tự nhiên Xem xét vị trí lấy mẫu nhận thấy mẫu lấy đợt đƣờng Điều nguyên nhân thuận lợi gió trùng giúp cho giao phấn chéo cận huyết phát tán có nguồn gốc bồ mẹ, mà ta thấy rõ mẫu A1, A7, A8, A10, A12 nhóm a chủ yếu thuộc tiểu khu 17 21 hay A15, A17, A18, A20 nhóm b chủ yếu thuộc tiểu khu 10 5B có vị trí lấy mẫu gần hệ đồng dạng di truyền nhóm a hay nhóm b 100% Trong tƣơng lai gần không du nhập giống từ địa phƣơng khác vào nguy LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 43 nhóm a nhóm b đạt hệ số đồng dạng di truyền tăng dần Điều không tốt, gây nguy hại cho quần thể chết hàng loạt nhiễm bệnh Trong nhóm II có mẫu A19 có hệ số đồng dạng di truyền so với nhóm I 0,54 Xem xét vị trí lấy mẫu A19 thuộc tiểu khu 5B , mẫu lấy gần nhóm b nên hệ số đồng dạng di truyền so với nhóm 0,625 Cịn nhóm a tƣơng đối xa hệ số đồng dạng di truyền có khác biệt 0,5 Điều tất yếu, khoảng cách có khác biệt nên trình thụ phấn chéo bị ảnh hƣởng Nhìn chung A19 có khác biệt với nhóm I Điều nguyên nhân bị ảnh hƣởng môi trƣờng làm bị biến đổi cặp alen trình giao phấn với khác Tuy nhiên, thời gian khơng có du nhập giống từ địa phƣơng khác vào có hệ số tƣơng đồng di truyền cao làm cho nguồn gene mắm đen khu vực ngày nghèo nàn Do vậy, cần phải có sách quản lý phù hợp cho khu vực Nên đƣa giống từ địa phƣơng khác vào, trồng xen kẽ tiểu khu nhằm mục đích làm giảm hệ số đồng dạng di truyền cho quần thể LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 44 Chƣơng KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 Kết luận Từ kết thu đƣợc, đƣa số kết luận sau  Bảo quản mẫu Mẫu bảo quản -200C, trƣởng thành bảo quản tuần Cịn non việc bảo quản lâu không tốt, thƣờng hay bị hóa nâu hợp chất Phenol  Về quy trình ly trích DNA Quy trình ly trích DNA nghiền nitơ lỏng cho kết tốt quy trình ly trích DNA nghiền dịch EB DNA thu đƣợc từ quy trình nghiền nitơ lỏng cho bị smear, tạp lắng tốt hàm lƣợng DNA thu đƣợc cao  Về phản ứng RAPD-PCR Chỉ có primer RAH8, primer OPAC10 cho sản phẩm phản ứng RAPDPCR Trong primer cho sản phẩm phản ứng RAPD-PCR band đồng hình loại mắm kích thƣớc 400pb Primer OPAC10 thích hợp nồng độ 0.6 pM/µl nồng độ MgCl2 mM hay 2.5 mM  Về phân nhóm di truyền Các mẫu mắm đen khảo sát có hệ số đồng dạng di truyền cao biến thiên từ 0,54 đến Các mẫu mắm đen bắt nguồn từ tự nhiên khơng có du nhập giống vào 5.2 Đề nghị - Cần tối ƣu qui trình RAPD-PCR cho primer OPD18 - Cần phân tích nhiều mẫu dùng primer OPAC10 - Cần khảo nghiệm nhiều primer để thấy mức độ đa dạng di truyền mắm đen - Cần giải trình tự band 400bp dùng primer 1để nghiên cứu sâu mắm LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 45 - Cần có sách bảo vệ phát triển giống cách cho lai tạo với địa phƣơng khác - Cần nghiên cứu nhiều có đặc điểm hình dạng khác Do trình lấy mẫu tập trung bên đƣờng sông chƣa sâu vào bên Do vậy, không khảo sát đƣợc bên khu rừng LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 46 Chƣơng TÀI LIỆU THAM KHẢO Nguyễn Quỳnh Anh, 2005 Bước đầu đánh giá đa dạng di truyền quần thể điều (Anacardium occidental L.) tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu kỹ thuật RAPD AFLP, luận văn tốt nghiệp Kĩ sƣ công nghệ sinh học, Đại học Nông Lâm Tp Hồ Chí Minh Lê Huy Bá, 1998 Môi trường Nhà xuất Đại học Quốc gia Tp Hồ Chí Minh Phạm Văn Bình, 2005 Đánh giá sơ mức độ đa dạng di truyền quần thể điều (Acanardium occidentale L) trồng tĩnh ninh thuận kỹ thuật RAPD AFLP Luận văn tốt nghiệp Kĩ sƣ công nghệ sinh học, Đại học Nơng Lâm Thành phố Hồ Chí Minh Bùi Chí Bửu Nguyễn Thị Lang, 1999 Di truyền phân tử, nguyên tắc chọn giống trồng Nhà xuất Nông nghiệp Hồ Huỳnh Thùy Dƣơng, 2003 Sinh học phân tử ( khái niệm- phương phápứng dụng) Nhà xuất Giáo dục Lê Văn Khôi cs, 2005 Khôi phục phát triển bền vững hệ sinh thái rừng ngập mặn Cần Giờ Thành phố Hồ Chí Minh (1978 – 2000) Giải thƣởng Hồ Chí Minh Khoa học Cơng nghệ năm 2005 Nhà xuất Nông nghiệp Nguyễn Thị Lang, 2002 Phương pháp nghiên cứu công nghệ sinh học Nhà xuất Nơng nghiệp Tp Hồ Chí Minh Nguyễn Thị Lang Bùi Chí Bửu, 2005 Sinh học phân tử giới thiệu phương pháp ứng dụng Nhà xuất Nơng nghiệp Tp Hồ Chí Minh Lƣu Phúc Lợi, 2005 Bài giảng : Học phần sinh tin học ứng dụng Đại học Nông Lâm Tp Hồ Chí Minh 10 Nguyễn Phƣớc Nhuận cs, 2003 Giáo trình sinh hóa học( phần sinh hóa học tĩnh) Nhà xuất Đại học Quốc gia Tp Hồ Chí Minh LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 47 11 http://www.mekonginfo.org/mrc_en/contact.nsf/0/8902A71A698A3DE180256 6860066E546/$FILE/Mamldong.htm 12 http://www.dulichvn.org.vn/thongtinquanly/dautudulich/kdl_cangio.htm 13 http://www.clst.ac.vn/AP/tapchitrongnuoc/hdkh/2000/so02/6.htm 14 http://www.hochiminhcity.gov.vn/home/left/gioi_thieu/gioi_thieu_chung/tong_ quan/xa_hoi/dia_ly_thu_muc/ba_he_sinh_thai_rung/mldocument_view 15 http://vi.wikipedia.org/wiki/M%E1%BA%AFm_(c%C3%A2y) LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Phục lục 4.1 Toạ độ đặc điểm mắm lấy mẫu Tên mẫu Đặc điểm Tiều GPS khu 48P: UTM: A1 A2 A3 A4 Cây cao khoảng m, nhiều nhánh, có vết 17 0707448 bệnh đốm trắng lá, khơng có trái 1150623 Cây cao khoảng 2,3 m, có vết bệnh đốm 17 0707448 trắng, khơng có trái 1152105 Cây cao khoảng 3,5 m, ngọn, nhiều 21 0706752 nhánh, khơng có trái 1154072 Cây cao lớn 17 O706799 1154233 A5 A6 A7 Cây cao khoảng 10 m, đƣờng kính 35 cm, có 17 0706898 nhiều nhánh, 1156443 Cây cao khoảng m, có nhiều vết đốm 21 0706380 trắng, khơng có trái 1157741 Cây cao khoảng 10 m, đƣờng kính gốc 15 11 0705765 cm, chết phần m, nhánh nhỏ ít, 1158774 khơng trái A8 A9 AO10 A11 A12 Cao khoảng 2,5 m, đƣờng kính gốc khoảng 11 0705441 3,5 cm, tốt, khơng trái 1159250 Cây bụi cao khồng m, khơng có vết bệnh, 11 0705161 có trái 1159715 Cây bụi cao khoảng 3,5 m không sâu bệnh, 11 0704086 trái 1161940 Cây cao khoảng 4,5 m, non tốt, gẫy 10 0703881 mọc nhiều nhánh nhỏ gốc, có bơng 1162362 Cây cao khoảng 1,6 m khơng trái, tốt 10 0703258 1162362 A13 Cây cao khoảng m, có vết bệnh đốm trắng 10 0702913 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com A14 A15 ít, có bơng, trái nhiều 1163559 Cây cao khoảng m, đƣờng kính cm, 10 0702489 khơng sâu bệnh, không hoa trái 1164263 Cây cao khoảng m, tốt, không hoa trái 10 0702486 1164263 AO16 A17 A18 A19 Cây cao koảng 10 m, đƣờng kính gốc 30 cm, 10 0700452 nhánh to lớn, có nhánh to lớn, có nhiều trái 1165786 Cây cao khoảng 2,5 m, khơng hoa trái, 5B 0700650 tốt 1166971 Cây cao khoảng m, có vài trái, bị đốm 5B 0700167 trắng 1167848 Cây cao 8-9 m, không trái, bị đốm trắng 5B 0699673 1169619 A20 Cây cao 7-8 m, không trái, bị đốm trắng 5B 0699710 1169129 A21 Lá nhỏ, không trái 10B 0704645 1161886 A22 Lá bị đốm trắng 10A 0704353 1132004 A23 Cây thấp, chết nửa 10A 0704558 1162782 A24 Lá nhỏ, tốt 6B 0705498 1163894 A25 Lá tốt, nhỏ 6B 0706049 1163668 A26 Cây to, tốt 6B 0706393 1163652 A27 Cây nhỏ, tốt 6B 0706852 1163693 A28 Cây cao nhỏ, nhỏ 6B 0707424 1163700 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com A29 Lá bị thủng có đốm trắng 6B 0707851 1163576 A30 Cây cao, nhỏ bị thủng nhiều, 6B 0708594 1163382 A31 Cây nhỏ, tốt 6B 0708849 1163504 A32 Lá tốt 13 0709814 1164396 A33 Lá tốt, nhỏ 0710845 1165053 A34 Lá tốt, có trái 0711177 1165656 A35 Lá nhỏ, tốt 0711394 1166150 A36 Cây nhỏ, tốt 0711567 1166759 A37 Lá bị thủng nhiều lổ, không tốt 0711726 1166759 A38 Lá tốt, nhỏ, trái nhiều 2B 0711903 1167160 A39 Cây bị chết phần ngọn, bình thƣờng 0712166 1167219 A40 Cây to, nhiều nhánh, tốt 2B 0742166 1167411 A41 Cây nhỏ, tốt 0712901 1167384 A42 Cây nhỏ, bị thủng lổ 0713150 1167524 A43 Lá có vệt đóm trắng, thủng lổ 2B 0713389 1168187 A44 Cây mọc thành bụi tốt 0714263 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com 1168125 A45 Cây nhỏ, to tốt 2B 0714899 1168188 A46 Cây nhỏ, tốt 2B 0715333 1168845 A47 Cây to, bình thƣờng, có nhiều trái 2B 0714707 1169317 A48 Cây cao, nhỏ 2B 0713958 1169946 A49 Cây cao, thân nhỏ, nhỏ 2B 0712242 1172242 A50 Lá bị đốm màu trắng, to 2B 0711195 1170319 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Phục lục 4.2 Kết đo OD 30 mẫu ly trích nitơ lỏng Thứ tự 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 Mẫu A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8 A9 A10 A11 A12 A15 A17 A18 A19 A20 A21 A22 A23 A24 A25 A26 A27 A28 A29 A30 A31 A32 A33 OD260nm 0,039025 0,019541 0,069912 0,03195 0,085824 0,129195 0,089419 0,082825 0,079003 0,130555 0,066317 0.02657 0,161185 0,097597 0,085418 0,019357 0,052336 0,082312 0,027186 0,03076 0,030292 0,053079 0,034748 0,036206 0,022952 0,046816 0,016743 0,022952 0,036206 0,028186 OD280nm OD260/OD280 lƣợng DNA 0,018796 2,07629 177,8028 0,011348 1,722053 82,06189 0,040837 1,711998 292,7351 0,021093 1,514756 125,0325 0,050984 1,683352 356,2906 0,084802 1,523499 507,3512 0,050833 1,759091 379,4485 0,042523 1,947792 367,8883 0,040393 1,955883 351,5159 0,068373 1,909467 575,05 0,040988 1,617961 269,5771 0.012482 1.654943 84.99733 0,082766 1,94749 715,8979 0,054689 1,784598 417,0065 0,047293 1,806164 367,0262 0,012365 1,565467 77,24153 0,02757 1,89833 229,9432 0,046935 1,753763 348,7783 0,015949 1,704612 113,5853 0,021201 1,450909 117,1586 0,017777 1,704047 126,5413 0,037237 1,425456 199,8155 0,023311 1,490659 134,6471 0,021187 1,708918 151,4643 0,012214 1,879232 100,3995 0,024597 1,90336 205,9252 0,007573 2,210881 78,05067 0,012214 1,879232 100,3995 0,021187 1,708918 151,4643 0,015949 1,767314 119,8753 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Phụ lục 4.3 Bảng mã hóa kết điện di thí nghiệm Kích thƣớc 1000bp 750bp 650bp 550bp 400bp 350bp 250bp 150bp A1 A4 A7 A8 A10 A12 A15 A17 A18 A19 A20 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Phục lục.4.4 Bảng ma trận tƣơng đồng 11 mẫu mắm đen LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com ... NGHIÊN CỨU SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÂY MẮM ĐEN (Avecinnia officinalis) Ở KHU DỰ TRỮ SINH QUYỂN RỪNG NGẬP MẶN CẨN GIỜ BẰNG KỸ THUẬT RAPD? ?? Giáo viên hƣớng dẫn: TS BÙI MINH TRÍ Rừng ngập mặn Cần Giờ đƣợc... Tổng quan khu dự trữ sinh rừng ngập mặn 2.1.1 Giới thiệu khu vực dự trữ sinh rừng ngập mặn 2.1.2 Vai Trò khu dự trữ sinh rừng ngập mặn Cần Giờ 2.2 Một số khái niệm đa dạng sinh học... quan khu dự trữ sinh rừng ngập mặn 2.1.1 Giới thiệu khu vực dự trữ sinh rừng ngập mặn Khu dự trữ sinh Cần Giờ nằm vùng ven biển vịnh Gềnh Rái cửa sông Đồng Nai với hệ sinh thái rừng ngập mặn đặc