NGHIÊN cứu sự PHÁT TRIỂN của VIRUT cúm

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ Nguyễn Văn Sáu NGHIÊN CỨU SỰ PHÁT TRIỂN CỦA VIRUT CÚM KHỐ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC HỆ CHÍNH QUY Ngành: khoa học máy tính HÀ NỘI – 2009 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Mục lục Mục lục Lời nói đầu Chương I Giới thiệu sinh học phân tử tin-sinh học Giới thiệu sinh học phân tử Giới thiệu tin-sinh học 2.1 Sắp hàng đa chuỗi 2.2 Cây tiến hóa Chương II Virut cúm 1.Sơ lược virut cúm Các loại virut cúm Cấu trúc tính chất Một số thống kê lây lan virut cúm 10 4.1 Một số thống kê dịch cúm 10 4.2 Sự lây lan virut cúm 12 Chương III Ngân hàng gene virut cúm 13 Giới thiệu tổng quan 13 Các chức xây dựng 13 2.1 Quá trình xây dựng ngân hàng gene 14 2.1.1 Quá trình thu thập liệu chi tiết cho Việt Nam 15 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm 2.1.2 Xây dựng sở liệu 16 2.2 Tìm kiếm chuỗi 21 2.3 Tiện ích tải chuỗi 23 2.4 Tiện ích hàng đa chuỗi 23 2.5 Tiện ích xây dựng tiến hóa 24 2.6 Bản đồ phân bố virut cúm 25 2.6 Biểu đồ thống kê virut cúm 28 Tài liệu tham khảo 31 Các hình ảnh tham khảo 33 Các bảng tham khảo 35 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Lời nói đầu Tin-sinh học (Bioinformatics) lĩnh vực nghiên cứu phát triển mạnh mẽ Tin-sinh học áp dụng phương pháp tin học để giải toán sinh học phân tử Với phát triển mạnh mẽ công nghệ sinh học, khối lượng lớn liệu sinh học phân tử (gene, protein, genome) thu thập, lưu trữ chia sẻ ngân hàng liệu giới NCBI (National Center for Biotechnology Information) Tin sinh học ứng dụng phổ biến sinh học phân tử, y-dược học, nông nghiệp, cơng nghệ thực phẩm, mơi trường kiểm sốt bệnh Hiện nay, tin-sinh học ứng dụng rộng việc phát kiểm soát bệnh Một ứng dụng cụ thể kiểm soát bệnh cúm, với dịch bệnh lây lan cúm gia cầm H5N1, cúm H1N1 Để góp phần vào việc cung cấp thơng tin, cơng cụ phân tích cho việc kiểm soát bệnh cúm Việt Nam, đề tài tập trung vào mục tiêu sau: (1) cung cấp liệu cúm giới Việt Nam, (2) cung cấp cơng cụ phân tích tìm kiếm, hàng đa chuỗi, xây dựng tiến hóa, (3) cung cấp liệu virut cúm chi tiết tới tỉnh thành Việt Nam, (4) cung cấp đồ phân tán virut cúm giới cho tỉnh thành Việt Nam, (5) cung cấp biểu đồ thống kê virut cúm cho vùng Việt Nam, giới” Đề tài hy vọng góp phần vào việc nghiên cứu kiểm soát dịch bệnh liên quan đến virut cúm Việt Nam LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Chương I Giới thiệu sinh học phân tử tin-sinh học Giới thiệu sinh học phân tử Mọi thể sống cấu tạo từ tế bào Tế bào có cấu tạo gồm vỏ nhân, nhân tế bào chứa ADN (hoặc ARN) Hình mơ tả cấu tạo tế bào ADN (acid deoxyribo nucleic) mang thông tin di truyền, cấu tạo từ thành phần (gọi nucleotide – Brown, 2000) Adenine (A), Cytosine (C), Guanine (G), Thymine (T) hình Trong chuỗi ADN, số đoạn gọi gene mang thông tin di truyền loài sinh vật Các nucleotide gene kết hợp với để tổng hợp protein Cụ thể là, ba nucleotide liên tiếp tạo axit amin Có 20 loại axit amin khác (Brown, 2002) Phe (Phenylalanine), Leu (Leucine), Ser (Serine), Tyr (Tyrosine), Cys (Cysteine), Trp (Tryptophan), Pro (Proline), His (Histidine), Gln (Glutamine), Arg (Arginine), Ile (Isoleucine), Thr (Threonine), Asn (Asparagine), Lys (Lysine), Val (Valine), Ala (Alanine), Asp (Aspartic Acid), Glu (Glutamic Acid), Gly (Glycine) Hình mơ tả kết hợp ADN để tạo axit amin Từ axit amin tạo nên protein cách liên kết với Sự xếp khác số lượng khác axit amin tạo thành vô số protein khác LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm ARN (Ribonucleic acid) tương tự ADN thành phần T thay U (Uracil) Giới thiệu tin-sinh học Trong phần trình bày số tốn tin-sinh học Sắp hàng đa chuỗi, Cây tiến hóa 2.1 Sắp hàng đa chuỗi Trong q trình tiến hóa lồi sinh vật, chuỗi ADN bị biến đổi phép biến đổi (Brown, 2002) Thay vài nucleotide bị thay vài nucleotide khác chuỗi Chèn vài nucleotide chèn thêm vào chuỗi cũ Xóa một vài nucleotide bị xóa chuỗi cũ Do phép biến đổi làm cho ADN sinh vật bị thay đổi Vì thế, để biết mối quan hệ loài sinh vật (ADN) phải dùng hàng đa chuỗi để tìm mối quan hệ Gióng hàng chuỗi ADN, ARN hay protein cách gióng cho chúng giống Các chuỗi sau gióng hàng có chiều dài Trường hợp đơn giản gióng hàng hàng chuỗi LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Sắp hàng chuỗi trường hợp riêng hàng đa chuỗi Ví dụ có hai chuỗi ADN Human Chimpanzee bảng Sau gióng hàng hai chuỗi hai chuỗi có chiều dài bảng bên (Waterman, 2000) Gióng hàng đa chuỗi thực tìm giống nhiều chuỗi thay cho cặp gióng hàng chuỗi Ví dụ, ta có gióng hàng đa chuỗi chuỗi sau bảng (Waterman, 2000; Higgins, 2003) LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Hiện có số phần mềm hàng đa chuỗi sử dụng rộng rãi MUSCLE (Edgar, R.C., 2004), CLUSTALAW (Thompson et al., 1994) TCOFFEE (Notredame et al., 2000) Sắp hàng đa chuỗi tạo tệp kết đầu vào ta tìm tiến hóa lồi Cây tiến hóa biểu diễn trực quan mối quan hệ lồi 2.2 Cây tiến hóa Cây tiến hóa biểu diễn mối quan hệ tiến hóa loài sinh vật cách trực quan dạng Dựa vào tiến hóa người ta xác định lồi có quan hệ nguồn gốc với loài Trong nghiên cứu virut cúm, thơng qua tiến hóa người ta xác định lồi virut có quan hệ tiến hóa từ lồi virut nào, tức xác định lây lan virut từ nơi qua nơi khác thông qua quan hệ nguồn gốc chúng Từ đó, người ta đề biện pháp phòng, chống lây lan dịch tốt Trong hình ví dụ mơ tả tiến hóa lồi virut cúm Việt Nam từ năm 2001 đến 2007 (Wan X-F, Nguyen T, Davis -CT, Smith CB, Zhao Z-M, et al, 2008), ta thấy virut HK79-like, GX22-like, F1-like có chung gốc nằm nhánh nên chúng có quan hệ nguồn gốc với Hiện có phần mềm thơng dụng sinh tiến hóa CLUSTALAW (Thompson et al., 1994), PHYLIP (Joe Felsenstein, mid-1995) phần mềm xem tiến hóa TreeView (Roderic D M Page, 2000) LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Chương II Virut cúm 1.Sơ lược virut cúm Virut cúm biết đến từ trận dịch cúm xuất phát từ chim Tây Ban Nha vào năm 1918 giết chết khoảng 40-50 triệu người (khoảng nửa dân số giới vào thời điểm - Theo thống kê tổ chức y tế giới WHO) Cho đến ngày hôm nay, nhà khoa học giải mã cách mà loại virut cúm làm kinh hoàng giới cách lây từ vật sang người gây bệnh, vượt qua ranh giới loài Virut cúm tên khoa học influenza virus, thường gọi cúm (flu), tác nhân gây bệnh truyền nhiễm từ chim động vật có vú, virut ARN thuộc họ Orthomyxoviridae (Voyles, 2002) Dưới ta tìm hiểu lồi virut thường gặp Các loại virut cúm Virut cúm virut ARN họ Orthomyxoviridae (Voyles, 2002), gồm có loại cúm A, cúm B, cúm C (CDC) Cúm A loại virut cúm phổ biến thường gặp trận dịch (hầu hết trận dịch xảy cúm A hình 5) Cúm A có 15 từ H1 đến H15 (CDC) Cho đến tất tuýp virut cúm biết tìm thấy loài chim di cư chim sống gần nước (xem hình 5) Chúng xâm nhập mà khơng gây triệu chứng đường ruột, dày vật chủ LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Cúm B loại virut cúm thường gây bệnh người, thường gây bệnh nhẹ xảy so với cúm A Người ta phát loài vật khác bị nhiễm cúm B lồi hải cẩu Loại cúm B có tần số thay đổi 2-3 lần thay đổi cúm A Cúm C loại virut cúm gây bệnh chủ yếu người lợn, gây ốm lây lan cục Cúm C gặp hai loại cúm A, cúm B nhiều thường gây ốm nhẹ trẻ em Tính chất dễ gây bệnh lây lan virut đặc điểm cấu trúc genome virut gây nên Dưới nói rõ cấu trúc tính chất Cấu trúc tính chất Cúm A, B C có cấu trúc tương tự Chúng có chiều dài khoảng 80-120 nanomet thường có hình cầu, có hình sợi (NBCI GenBank) Genome thành phần lõi virut Virut cúm có đoạn (với cúm A B) đoạn (đối với cúm C) genome chúng (Nippon Rinsho, 1997) Trong GenBank người ta ký hiệu đoạn theo số từ đến (PB2), (PB1), (PA), (HA), (NP), (NA), (M1 M2), (NS1 NS2) cúm A B Đối với cúm C đoạn (PB2), (PB1), (P3), (HE), (NP), (MP), (NS) (Nippon Rinsho, 1997) Genome cúm A B mã hóa 11 loại protein hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), nucleoprotein (NP), M1, M2, NS1, NS2 (NEP), PA, PB1, PB1-F2 PB2 Còn genome cúm C LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm 200) “Max.length” (ví dụ chiều dài lớn 1000) thơng tin có phần “name” chuỗi tìm phần “Search by a string” (ví dụ Vietnam/2003) Tìm kiếm theo accession cho trường “Search by accession” cho phép tìm kiếm theo “accession” (accession key sở liệu ngân hàng gene quy định chung cho ngân hàng gene giới) Tìm kiếm với lựa chọn phần “Get sequences” cho phép tìm kiếm chuỗi với điều kiện chọn đầu tiên, không bao hàm phần “search by string” Kết nhận tìm kiếm hình 12 bên Phần tìm kiếm genomset tìm kiếm giống phần tìm kiếm chuỗi nêu Hình 13 giao diện trang tìm kiếm genomeset Kết tìm kiếm genoset hình 14 Sau tìm kiếm chuỗi xong 22 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm việc người dùng cần việc tải chuỗi tìm kiếm theo ý muốn Dưới phần tiện ích tải chuỗi 2.3 Tiện ích tải chuỗi Trong phần kết tìm kiếm chuỗi ‘protein’, ‘nucleotide’, ‘coding region’ hay ‘genome set’ người dùng lựa chọn tải chuỗi theo loại ‘protein’, ‘nucleotide’ hay ‘coding region’ danh sách ‘accesion’ ‘protein’ ‘nucleotide’ với lựa chọn tích phần trước tên accession Hình ảnh minh họa tải tệp tin dạng FASTA người dùng nhấp vào lựa chọn tải chuỗi hình 15 bên Dạng tệp tin FASTA tải có định dạng bảng 18 Tệp tin chứa chuỗi tải đầu vào cho phần “sắp hàng đa chuỗi” để tìm quan hệ nguồn gốc lồi sinh vật (xem thêm phần 2.1.Sắp hàng đa chuỗi, chương I trên) 2.4 Tiện ích hàng đa chuỗi Phần mềm xây dựng sử dụng phần mềm MUSCLE (Multiple squence comparison by log epectation) (Edgar, 2004) version 3.6 tải địa chỉ: http://www.drive23 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm 5.com/muscle để thực hàng đa chuỗi chuỗi tìm kiếm người dùng Phần mềm cho phép người dùng trực tuyến sử dụng hàng đa chuỗi tối đa cho 1000 chuỗi Nếu vượt số gặp thông báo lỗi đưa địa trang web cho người dùng tải công cụ “muscle” dùng máy người dùng với đầu vào tệp tin FASTA chứa chuỗi mà người dùng tải theo tiện ích Hình 16 minh họa kết hàng đa chuỗi Mục đích “Sắp hàng đa chuỗi”(MSA) đầu vào cho tạo tiến hóa (phylogentic tree) sau (xem thêm tiến hóa mục 2.2 Cây tiến hóa, chương I bên trên) 2.5 Tiện ích xây dựng tiến hóa Cây tiến hóa xây dựng từ tệp MSA Nhìn vào “cây tiến hóa” mà dễ nhận lồi có quan hệ nguồn gốc từ lồi Từ đó, phịng chống dịch cúm người ta phát lây lan, nguồn gốc loài virut xuất đề biện pháp phòng chống lây lan dịch cúm Hình 17 ví dụ tiến hóa 24 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Trong phần tích hợp cơng cụ xây dựng tiến hóa này, chúng tơi dùng gói PHYLIP (do Joe Felsenstein viết tải địa http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html) Trước hết, dùng phần mềm MUSCLE (Edgar, 2004) tạo tệp tin hàng đa chuỗi với định dạng hộ trợ phần mềm phylip ví dụ là: “alignment.phyi” Sau dùng chương trình “protdist” hàng đa chuỗi protein dùng chương trình “dnadist” (nếu hàng đa chuỗi protein) để tạo tập tin ma trận MSA làm đầu vào cho chương trình tạo “neighbor” “Neighbor” chương trình tạo dựa phương pháp “neighbor-joining” (Saitou and Nei, 1987) để tạo tiến hóa Kết sinh tệp tin “outfile” (tệp tin chứa dạng biểu diễn dạng toán học) “outtree” (cây vẽ dạng đơn giản) Người dùng tải tệp tin “tree.zip” (như hình 18) dùng chương trình xem view tree,… để xem Để làm trực quan phân bố virut cúm phần xây dựng “bản đồ phân bố virut cúm” giúp người dùng dễ dàng có nhìn trực quan phân bố virut cúm Việt Nam hay giới 2.6 Bản đồ phân bố virut cúm Người dùng xem phân bố virut cúm nước giới hay tỉnh thành Việt Nam phần “prediction” từ trang chủ Hình 19 trang web cho phép người dùng lựa chọn xem phân bố cúm 25 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Từ trang này, người dùng chọn xem phát tán virut cúm theo loại cúm A, cúm B hay cúm C loại cúm loại cúm Người dùng chọn cúm gia cầm (Avian) hay cúm “Blow fly”,…và lựa chọn phát tán virut từ năm (ví dụ từ năm 2000) đến năm (ví dụ đến năm 2009) hai trường “From year” “To year” Trong phần “Country/Region” người dùng chọn “Viet Nam” để xem phát tán Việt Nam “any” để xem phát tán virut cúm giới 26 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Kết minh họa người dùng xem phân bố cúm Việt Nam giới hình 20, 21, 22 23 bên Phần sử dụng kiến thức tảng “google map API” (Google http://code googlemap.com) gói GoogleMapAPI.class.php v.1.63 (viết Monte Ohrt tải địa http://www.phpinsider.com/php/code/Google27 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm MapAPI) hộ trợ php để xây dựng đồ phát tán virut Người dùng dùng chuột để kéo đồ để xem vị trí khác nhau, kích đúp chuột để phóng to hình ảnh lên, sử dụng cơng cụ bên trái để phóng to thu nhỏ hình ảnh Người dùng biết thơng tin “số lượng chuỗi” tên “địa điểm” việc nhấp chuột (hoặc rê chuột) vào vị trí có màu đỏ da cam đồ, màu xanh khơng có chuỗi Số lượng chuỗi tượng trưng thông qua màu đồ, màu da cam có kích thước nhỏ chuỗi màu da cam có kích thước lớn màu da cam có kích thước lớn có chuỗi vịng trịn màu đỏ có kích thước nhỏ vịng trịn màu đỏ có kích thước nhỏ chuỗi vịng trịn màu đỏ có kích thước lớn Phần cung cấp cho người dùng nhìn trực quan phân bố virut cúm, phần “biểu đồ thống kê virut cúm” cung cấp cho người dùng số liệu thống kê virut cúm Việt Nam giới 2.6 Biểu đồ thống kê virut cúm Trong trang “prediction” nhấp vào tab “Statistic” vào trang thống kê virut cúm hình 24 Chương trình thống kê virut cúm có sử dụng gói chương trình “ChartDirector v.5.0”(phần mềm công ty Advanced Software Engineering Limited, 2008, tải theo địa http://www.advsofteng.com/download.html) Thống kê virut cúm cho vùng Việt Nam, chọn năm thống kê từ năm (ví dụ năm 2000) đến năm (ví dụ năm 2009) trường 28 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm “From year” “To year” bên dưới, mặc định trường thống kê tất năm tìm thấy sở liệu Hình 25 minh họa thống kê virut cúm vùng Việt Nam Ngoài ra, cịn thống kê virut cúm cho Việt Nam qua năm chọn năm thống kê từ năm đến năm trường “From year” “To year” bên dưới, mặc định trường thống kê tất năm tìm thấy sở liệu Chúng ta xem số chuỗi tìm thấy sở liệu cách rê chuột qua cột biểu diễn 29 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Ngoài lựa chọn thống kê virut cúm Việt Nam cịn có thêm phần thống kê virut cúm giới qua năm phần “World” Để thống kê, chọn năm thống kê từ năm đến năm thông qua trường “From year” (ví dụ năm bắt đầu 2000) “To year” (ví dụ thống kê đến năm 2009) bên cửa sổ thống kê Mặc định chương trình thống kê tất năm có sở liệu Hình 27 minh họa thống kê virut cúm giới qua năm Chúng ta xem số liệu (số chuỗi tìm thấy) thống kê qua cách rê chuột qua cột muốn xem 30 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Tài liệu tham khảo [1] Brown, T (2002) Genomes BIOS Scientific Publishers Ltd, Oxford, UK, Second edn [2] CDC - Trung tâm ngăn chặn kiểm soát dịch: http://www.cdc.gov/flu/avian/gen-info/flu-viruses.html, http://www.cdc.gov/ncidod/eid/vol12no01/051254.htm [3] Edgar, R C (2004) MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput Nucl Acids Res., 32, 1792-1797 Link tải phần mềm MUSCLE: “www.drive5.com/muscle/” [4] Higgins, D (2003) Multiple alignment In Salemi, M and Vandamme, A.-M (eds.), The Phylogenetics Handbook A Practical Approach to DNA and Protein Phylogeny, pages 45–60, Cambridge University Press, Cambridge [5] NCBI Thông tin sở liệu NCBI ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/INFLUENZA/README, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/FLU.html [6] Nippon Rinsho, 1997 Oct Influenza virus genome structure and encode proteins, J Med Biol Res, 55(10): 2542-6 [7] Notredame, C., Higgins, D and Heringa, J (200) T-COFFEE: A novel method for multiple sequence alignments Journal of Molecular biology, 302, 2005-217 [8] Roderic D M Page Division of Environmental and Evolutionary Biology Institute of Biomedical and Life Sciences University of Glasgow, Glasgow G12 QQ, Scotland, UK Link tải phần mềm địa http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html [9] Thompson, J.D., Higgins, D G and Gibson, T J (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice Nucleic Acids Res, 22 31 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm [10] Saitou N, Nei M (1987) "The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees" Mol Biol Evol (4): 406-425 [11] Voyles, 2002: The biology of Viruses Mc Graw Hill [12] Thống kê tổ chức y tế giới WHO: http://www.euro.int / influeza/20080702_9, Cumulative Number of Confirmed Human Cases of A-vian Influenza A/(H-5N) Reported to WHO April 2008, http://www.who.int/csr/disease/avian_influenza/en/ [13] Wan X-F, Nguyen T, Davis CT, Smith CB, Zhao Z-M, et al, (2008) Evolution of Highly Pathogenic H5N1 Avian Influenza Viruses in Vietnam between 2001 and 2007 Plos ONE 3(10): e3462 doi: 10.1371/journal.pone.0003462, 3, 112 [14] Waterman, M S (2000) Introduction to Computational Biology Chapman and Hall, London, UK, first crc press edn 32 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Các hình ảnh tham khảo Hình Cấu trúc tế bào (http://www.harlemschool.com/10TH/sci_pdf/graphics/animal_cell.gif) Hình Mơ hình cấu trúc phân tử ADN(http://www.scp.ubc.ca/wpcontent/dna.gif) Hình Cách mã hóa 20 axit amin ( http://plato.standford.edu/entries/informationbiological/G-enticCode.png ) Hình Cây tiến hóa(Wan X-F, Nguyen T, Davis -CT, Smith CB, Zhao Z-M, et al, 2008, Evolution of Highly Pathogenic H5N1, Avian Influenza Viruses in Vietnam between 2001 and 2007 Hình Một số virut xuất trận dịch ( http://www.news.cornell.edu/stories/Oct05/pademic_timeline.jpg ) .9 Hình Quá trình phát triển virut cúm (http://www.csc-scc.gc.ca/text/pblct/hsbulletin/2005/no2/vol3no2-2005_image001_e.gif) .12 Hình Mơ hình làm việc chương trình 14 Hình Ví dụ thơng tin chi tiết vi rút cúm Việt Nam báo pubmed 15 Hình Giao diện trang đăng nhập vào để quản lý cập nhật liệu 16 Hình 10 Tự động cập nhật liệu .17 Hình 11 Tran chủ tìm kiếm chuỗi 21 Hình 12 Kết tìm kiếm Protein/Nucleotide/Coding region 22 Hình 13 Phần tìm kiếm genomeset 22 Hình 14 Kết tìm kiếm genomeset 22 33 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Hình 15 Kết sau chọn download file FASTA 23 Hình 16 Sắp hàng đa chuỗi 24 Hình 17 Ví dụ tiến hóa “http://coltech.vnu.edu.vn/courses/Bioinformatics/” 24 Hình 18 Download file tree.zip sau thực build tree .25 Hình 19 Trang xem phân bố virut cúm 26 Hình 20 Phân bố cúm tỉnh/miền Việt Nam 27 Hình 21 Phóng to hình ảnh phân bố cúm Việt Nam 27 Hình 22 Phân bố cúm nước giới 27 Hình 23 Phóng to hình ảnh phân bố cúm nước giới 27 Hình 24 Giao diện chương trình thống kê virut cúm 28 Hình 25 Thống kê virut cúm cho vùng Việt Nam 29 Hình 26 Thống kê virut cúm cho Việt Nam 29 Hình 27 Thống kê virut cúm giới 30 34 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Các bảng tham khảo Bảng Ví dụ chuỗi gene Human Chimpanzee .6 Bảng Sau hàng chuỗi Bảng Ví dụ gióng hàng đa chuỗi Bảng Thống kê trận đại dịch giới (theo thống kê tổ chức y tế giới WHO http://www.euro.who.int/influenza/20080702_9 ) 11 Bảng Thống kê trận dịch cúm năm gần (theo thống kê tổ chức y tế giới WHO “Cumulative Number of Confirmed Human Cases of Avian Influenza A/(H5N) Reported to WHO April 2008 ” – http://www.who.int/csr/disease/avian_influenza/en/) 11 Bảng Ví dụ chuẩn hóa thơng tin tỉnh thành Việt Nam 16 Bảng Thông tin tệp genomeset.dat 17 Bảng Thông tin tệp influenza.cds 18 Bảng Thông tin tệp influenza.dat 18 Bảng 10 Thông tin tệp influenza.faa 18 Bảng 11 Thông tin tệp influenza.fna 18 Bảng 12 Thông tin tệp influenza_aa.dat 19 Bảng 13 Thông tin tệp influenza_na.dat 19 Bảng 14 Bảng “genomeset” 19 Bảng 15 Bảng “coding_region” 20 Bảng 16 Bảng “nucleotide” 20 35 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Bảng 17 Bảng “protein” .20 Bảng 18 Dạng file FASTA 23 36 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com ... luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Chương III Ngân hàng gene virut cúm Giới thiệu tổng quan Luận án nghiên cứu phát triển virut cúm Công việc luận án xây dựng ngân hàng gene virut cúm cho... hiểu rõ virut cúm truyền bệnh nào, tìm hiểu phần ? ?sự lây lan virut cúm? ?? phần 11 LUAN VAN CHAT LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm 4.2 Sự lây lan virut cúm. .. LUONG download : add luanvanchat@agmail.com Nghiên cứu phát triển virut cúm Chương II Virut cúm 1.Sơ lược virut cúm Virut cúm biết đến từ trận dịch cúm xuất phát từ chim Tây Ban Nha vào năm 1918 giết