Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long Đặc Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus.

Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long Đặc Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus.Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long Đặc Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus.Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long Đặc Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus.Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long Đặc Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus.Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long Đặc Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus.Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long Đặc Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus.Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long Đặc Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus.Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long Đặc Điểm Bệnh Học và Di Truyền Virus.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ HUỲNH MINH TRÍ Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long: Đặc Điểm Bệnh Học Di Truyền Virus LUẬN ÁN TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ HUỲNH MINH TRÍ Mã số NCS: P1014007 Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long: Đặc Điểm Bệnh Học Di Truyền Virus LUẬN ÁN TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH BỆNH LÝ HỌC VÀ CHỮA BỆNH VẬT NUÔI MÃ NGÀNH: 62 64 01 02 Người hướng dẫn PGS TS Nguyễn Ngọc Hải 2022 TÓM TẮT Nghiên cứu thực từ 01/2015 – 12/2018 nhằm xác định lưu hành Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV); xác định đặc điểm bệnh học phân tích di truyền chủng PEDV số tỉnh Đồng sông Cửu Long Kết khảo sát tỷ lệ lưu hành PEDV phương pháp ELISA 431 sở chăn nuôi heo nái chưa tiêm phòng vaccine PED, với 1.605 mẫu huyết heo nái số tỉnh Đồng sông Cửu Long ghi nhận, có 206 sở (47,80%) với 408 mẫu huyết (25,42%) có kháng thể kháng PEDV Trong đó, tỷ lệ lưu hành PEDV cao tỉnh Tiền Giang (33,72%) thấp Đồng Tháp (17,06%) Tỷ lệ cá thể nái có kháng thể kháng PEDV cao qui mô 50 - 100 nái với tỷ lệ 27,04%; 100 nái (26,83%); 20 đến 50 nái (26,76%); 10 đến 20 nái (25,21) thấp qui mô 10 nái (19,75%) Khảo sát hàm lượng kháng thể kháng PEDV cho thấy, trung bình tỷ số S/P sở xảy dịch PED (1,340 – 1,797), sở chưa xảy dịch PED (0,740 – 0,885) Phân tích yếu tố nguy có liên quan đến bệnh PED cho thấy, nguy cao không sát trùng chuồng trại sát trùng chuồng trại tuần/lần (OR = 3,22), khơng có hố sát trùng trước trại (OR = 3,01), khoảng cách với hộ chăn ni có dịch bệnh (OR = 2,26) mua giống bên (OR = 2,06) Khảo sát tình hình dịch bệnh PED số tỉnh Đồng sông Cửu Long cho thấy, 20,76% (109/525) heo nái mắc bệnh tiêu chảy PEDV, tỷ lệ nhiễm PEDV heo theo mẹ mắc bệnh tiêu chảy 27,72% (627/2.262) Tỷ lệ mắc bệnh tỷ lệ chết ổ dịch tiêu chảy cấp heo theo mẹ tương ứng 97,97% (627/640 con) 80,70% (506/627), đó, tỷ lệ bệnh chết cao giai đoạn heo ngày tuổi (tương ứng 100 84,47%), giai đoạn – 10 ngày tuổi (97,71 77,34%) thấp giai đoạn 10 ngày tuổi (88,10 64,86%) Triệu chứng lâm sàng đặc trưng heo theo mẹ ổ dịch PED tiêu chảy phân lỏng, nhiều nước, màu vàng xanh, đơi kèm theo ói Bệnh tích đại thể đặc trưng dày căng phồng, chứa nhiều sữa vón cục khơng tiêu hóa, thành ruột non bị bào mỏng, suốt, ruột già phồng to, thành ruột mỏng Bệnh tích vi thể đặc trưng lơng nhung ruột non bị đứt nát, bong tróc ngắn lại, biểu mô tuyến ruột già đứt nát, niêm mạc dày hoại tử bong tróc, hạch màng treo ruột sung huyết Trên heo nái, triệu chứng lâm sàng chủ yếu tiêu chảy phân lỏng màu xám Khảo sát mức tương đồng trình tự nucleotidevà amino acid gene E 10 chủng thu thập tỉnh Đồng sông Cửu Long cho thấy, mức độ tương đồng trình tự nucleotide từ 98,2 – 100%, 96,1 – 99,7% với chủng tham khảo châu Á, Âu Mỹ Mức tương đồng trình tự amino acid chủng nghiên cứu 97,3 – 100%, 93,4 – 100% với chủng châu Á, Âu Mỹ Dựa gene E, chủng nghiên cứu thuộc nhóm G2 Tương đồng trình tự nucleotide gene M 10 chủng dao động từ 98,6 100%, 97,2 – 99,8% với chủng châu Á, Âu Mỹ Mức tương đồng trình tự amino acid gene M chủng nghiên cứu 98,6 100%, với chủng châu Á, Âu Mỹ 96,9 – 100% Dựa gene M, chủng nghiên cứu thuộc phân nhóm G2 – Gene N chủng có tương đồng trình tự nucleotide từ 97,2 – 100%, 94,6 – 98,7% với chủng châu Á, Âu Mỹ Mức tương đồng trình tự amino acid chủng nghiên cứu 97,9 – 100%, 94,3 – 98,6% với chủng châu Á, Âu Mỹ Dựa gene N, chủng PEDV nghiên cứu xếp vào nhóm: G1 G2 (với phân nhóm G2.1 G2.2) Phân tích gene S cho thấy, tỷ lệ tương đồng chủng trình tự nucleotide dao động từ 97,5 – 99,6%, tương đồng 93,2 – 98,3% với chủng châu Á, Âu Mỹ Mức tương đồng trình tự amino acid chủng nghiên cứu 93,0 – 99,2%, với chủng châu Á, Âu Mỹ 73,5 – 95,5% Dựa gene S, tất chủng nghiên cứu thuộc nhóm G2 Từ khóa: bệnh tiêu chảy cấp heo (PED), heo theo mẹ, heo nái, triệu chứng lâm sàng, bệnh tích, trình tự nucleotide, Đồng sơng Cửu Long iv ABSTRACTS The aim of research was conducted from January 2015 to December 2018 to identify the prevalence of PEDV infection; Determination of the pathological characteristics and genetic analysis of PEDV sampling from some provinces in Mekong Delta By antibody Elisa test, with 1,605 sow serum samples taking from 431 breeding farms in some provinces in Mekong Delta, the results showed that 47.8% (206/431) farms and 25.42% (408/1,605) serum samples was positive for PEDV infection The highest prevalence was found in Tien Giang province (33.72%) and lowest in Dong Thap (17.06%) By the herd size, the highest PEDV infection prevalence was found in the herd from 50 - 100 sows with 27.04%; over 100 sows (26.83%); then 20 to less than 50 sows (26.76%); 10 to less than 20 sows (25.21) and lowest in less than 10 sows (19.75%) By S/P ratio, the results showed that the mean S/P ratios in facilities with PED were above (1,340 - 1,797), whereas these in facilities without PED were less than (0.740 - 0.885) Analysis of risk factors related to PED showed that the highest risk was not disinfecting the barn or disinfecting the barn less than once every weeks (OR = 3.22), not having a disinfection pit in front of the farm (OR = 3.01), distance from diseased livestock households (OR = 2.26) and buying animals from outside (OR = 2.06) Analysing the diarrhea samples of sows and suckling piglets in some provinces in Mekong Delta, the results showed that 20.76% (109/525) of diarrhea sows and 27.72% (627/2,262) of diarrhea suckling piglets were positive with PEDV Morbility and mortality in the acute diarrhea outbreak on piglets was 97.97% (627/640) and 80.70% (506/627) respectively The morbidity and mortality was highest in piglets under days of age (100 and 84.47%), 7-10 days of age (97.71 and 77.34%) and lowest in piglets over 10 days old (88.10 and 64.86%, respectively) Clinical signs in the PED outbreaks were characterized by severe watery diarrhea, yellow and green feces, sometimes accompanied by vomiting Common gross lesions in PEDV infected piglets were limited to the gastrointestinal tract, the stomach filled with undigested milk, thin and transparent intestinal wall Histophathology lesions have been observed in the small intestine with severe damage of intestinal microvilli, intestinal glands, colon glandular epithelium; necrosis of the gastric mucosa; mesenteric lymph nodes hemorrhaged In sows, the clinical sign is diarrhea, gray feces The nucleotide and amino acid sequences of E gene of 10 isolates taken from the provinces in Mekong Delta in 2015-2017 analysis showed that the similarity between strains ranged from 98.2 to 100%; and 96.1 to 99.7% with the strains in Asia, Europe and the US for nucleotide sequence, and was 97.3 100% and 93.4 - 100% for amino acid sequence, respectively Based on E gene, all 10 isolates belongs to G2 group Nucleotide sequence homology of M gene between 10 strains ranged from 98.6 to 100%; and 97.2 to 99.8% with the strains in Asia, Europe and America The amino acid sequences of M gene of 10 strains was 98.6 - 100%, and 96,9 - 100% with those of Asian, European and American strains Based on M gene, all 10 isolates belongs to G2.2 subgroup Within the strains, in the nucleotide sequences, N gene was similary from 97.2 - 100% , and 94.6 - 98.7% with the strains in Asia, Europe and USA The amino acid sequences of N gene of 10 isolates in the study was 97.9 – 100%, and 94.3 – 98.6% with those of Asian, European and American strains Based on N gene, 10 isolates in this study belong to two groups G1 (group of vaccinal strains) and G2 The strains in group G2 belongs to two subgroup G2.1, and G2.2 For the S gene, the results showed the homogeneity of nucleotide sequence ranged from 97.5 - 99.6% between 10 isolates, and 93.2% - 98.3% with the strains in Asia, Europe and America The amino acid sequences of S gene of 10 isolates in the study was 93.0 - 99.2%, and 73.5 - 95.5% with those of Asian, European and American strains Based on S gene, all 10 isolates in this study belong to group G2 Keywords: Porcine epidemic diarrhea (PED), Suckling piglet, Sow, Clinical sign, Lesions, Genomic, Mekong Delta Lời Cảm Tạ Xin thành kính dâng lên Ơng Bà, Cha Mẹ lịng biết ơn sâu sắc kính trọng cao quí Người sinh thành, dưỡng dục với khó nhọc hy sinh để khôn lớn nên người Xin ghi nhớ biết ơn Thầy PGS.TS Nguyễn Ngọc Hải hết lòng yêu thương, bảo, hổ trợ truyền đạt kiến thức q báu để tơi hoàn thành luận án Xin chân thành cảm ơn Thầy PGS.TS Nguyễn Đức Hiền hết lòng dạy bảo, yêu thương, dìu dắt, truyền đạt kiến thức q báu tạo điều kiện học tập, công tác làm luận án tốt nghiệp Xin chân thành cảm ơn Ban giám đốc công ty Cổ Phần Sản Xuất Kinh Doanh vật tư thuốc thú y Vemedim, Ban giám đốc trung tâm nghiên cứu phát triển, tồn thể chú, anh chị em công tác Trung tâm RD tạo điều kiện, tận tình bảo, chia sẻ cơng việc giúp đỡ tơi q trình học tập làm luận án tốt nghiệp Xin bày tỏ lòng biết ơn đến q Thầy Cơ mơn Thú Y, q Thầy Cơ tham gia giảng dạy, hướng dẫn chấm chuyên đề, tiểu luận NCS tận tình bảo truyền đạt kiến thức quí báu Chân thành cảm ơn Ban Giám Hiệu Trường Đại Học Cần Thơ, Ban Chủ nhiệm Khoa Nông Nghiệp, Khoa Sau Đại Học, tạo điều kiện thuận lợi học tập, nghiên cứu thực luận án Chân thành biết ơn anh Võ Tấn Hùng, Nguyễn Thị Phương Bình anh chị cơng tác Phịng xét nghiệm chẩn đoán Thú Y Hàn Việt tạo điều kiện giúp đỡ công tác xét nghiệm Chân thành cảm ơn em sinh viên Trần Văn Minh, Phan Công Hậu, Nguyễn Anh Duy, Nguyễn Nhựt Anh, Lê Thị Cẩm Tú, Ngô Quốc Bảo sinh viên lớp Thú Y Dược Thú Y K39 - Đại Học Cần Thơ, Trần Hoàng Anh Thư, Phạm Thị Tố Li lớp DH13SHA – Đại Học Nông Lâm TP HCM hổ trợ theo dõi, thu thập mẫu chẩn đoán xét nghiệm Chân thành cảm ơn anh chị em phận Chăm Sóc Khách Hàng - Phòng Kinh Doanh Vemedim; anh, bạn em làm kinh doanh công ty thức ăn Greenfeed, Deheus, Cagrill, Anco địa bàn Bến Tre, Vĩnh Long, Sóc Trăng, Hậu Giang; chú, anh chị bạn Chi cục thú y Cần Thơ, Tiền Giang, Bến Tre, Đồng Tháp, Hậu Giang sở chăn nuôi heo Bến Tre, Cần Thơ, Đồng Tháp, Hậu Giang, Sóc Trăng, Tiền Giang Vĩnh Long giúp đỡ thu thập số liệu lấy mẫu xét nghiệm Chân thành cảm ơn anh chị NCS Khóa 2014 giúp đỡ động viên tơi q trình học tập suốt trình làm luận án tốt nghiệp Mục Lục TÓM TẮT i ABSTRACTS iii Lời Cam Đoan v Lời Cảm Tạ vi Mục Lục vii Danh Sách Chữ Viết Tắt ix Danh Sách Hình x Danh Sách Bảng xii CHƯƠNG GIỚI THIỆU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Nội dung nghiên cứu 1.4 Ý nghĩa luận án 1.5 Những điểm luận án .3 CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Tổng quan bệnh tiêu chảy cấp PEDV (Porcine epidemic diarrhea virus) heo 2.1.1 Lịch sử 2.1.2 Tác nhân gây bệnh .4 2.1.3 Dịch tễ học 2.1.4 Miễn dịch 2.1.5 Sinh bệnh học 2.1.6 Triệu chứng lâm sàng 2.1.7 Bệnh tích 2.1.8 Chẩn đoán 12 2.1.9 Phòng trị bệnh .15 2.2 Tình hình nghiên cứu ngồi nước bệnh PED 17 2.2.1 Tình hình nghiên cứu ngồi nước 17 2.2.2 Tình hình nghiên cứu nước 33 2.3 Sơ lược Đồng sông Cửu Long số tỉnh nghiên cứu 36 2.3.1 Bến Tre 36 2.3.2 Cần Thơ 37 2.3.3 Đồng Tháp 37 2.3.4 Hậu Giang 37 2.3.5 Sóc Trăng 38 2.3.6 Tiền Giang 38 2.3.7 Vĩnh Long 38 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .39 3.1 Vật liệu nghiên cứu 39 3.1.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 39 3.1.2 Vật liệu .39 3.2 Phương pháp nghiên cứu 41 3.2.1 Nội dung 1: Khảo sát lưu hành PEDV phương pháp ELISA phân tích yếu tố nguy 41 3.3.2 Nội dung 2: Đánh giá tỷ lệ bệnh PEDV 45 3.2.3 Nội dung 3: Khảo sát tần suất xuất biểu bệnh lý bệnh PED 48 3.2.4 Nội dung 4: Phân tích trình tự gene cấu trúc S, E, M, N PEDV 49 3.3 Các tiêu theo dõi 57 3.4 Phương pháp xử lý số liệu 58 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .59 4.1 Khảo sát tỷ lệ nhiễm PEDV số tỉnh Đồng sông Cửu Long phân tích yếu tố nguy 59 4.1.1 Tỷ lệ nhiễm PEDV heo nái theo địa phương 59 4.1.2 Tỷ lệ nhiễm PEDV heo nái theo qui mô tổng đàn nái 61 4.1.3 Tỷ lệ nhiễm PEDV heo nái theo lứa đẻ 64 4.1.4 Đáp ứng tạo kháng thể kháng PEDV heo nái sở xảy dịch chưa xảy dịch PED 66 4.1.5 Kết khảo sát số yếu tố nguy liên quan đến bệnh PED 67 4.2 Đánh giá tỷ lệ bệnh PEDV heo tiêu chảy số tỉnh đồng sông Cửu Long 70 4.2.1 Đánh giá tỷ lệ bệnh PEDV heo theo mẹ heo nái mắc bệnh tiêu chảy PEDV 70 4.2.2 Tỉ lệ mắc bệnh tỉ lệ chết đàn heo nhiễm PEDV theo địa phương 73 4.2.3 Tỉ lệ mắc bệnh tỉ lệ chết đàn heo nhiễm PEDV theo ngày tuổi 75 4.2.4 Mối tương quan tỷ lệ nhiễm PEDV heo heo mẹ .76 4.3 Đánh giá tần suất biểu bệnh lý PED heo bệnh tiêu chảy cấp .77 4.3.1 Đánh giá tần suất triệu chứng lâm sàng heo mắc bệnh tiêu chảy cấp 77 4.3.2 Đánh giá tần suất bệnh tích đại thể heo theo mẹ mắc PED 82 4.3.3 Đánh giá tần suất bệnh tích vi thể heo theo mẹ mắc PED 85 4.4 Nghiên cứu gene cấu trúc S, E, M, N PEDV 91 4.4.1 Nhân gene E, M, N S PEDV kỹ thuật RT - PCR 91 4.4.2 Tạo dòng gene E, M, N S vào vector pGEM - T Easy 92 4.4.3 Phân tích gene S, E, M, N PEDV 95 Chương Kết Luận Và Đề Nghị 126 5.1 Kết Luận 126 5.2 Đề Nghị 127 Tài Liệu Tham Khảo .128 Phụ Lục 137 Can Tho Ko PED 15 0.7399 B Means that not share a letter are significantly different Tukey 95% Simultaneous Confidence Intervals All Pairwise Comparisons among Levels of SP1 Individual confidence level = 95.00% SP1 = Can Tho co PED subtracted from: SP1 Lower Center Upper Can Tho Ko PED -0.7595 -0.5181 -0.2766 SP1 + + + Can Tho Ko PED ( -* -) + + + -0.60 -0.30 0.00 + + 0.30 One-way ANOVA: Ben Tre S/P versus SP2 Source DF SS MS F P SP2 8.217 8.217 11.22 0.001 Error 78 57.115 0.732 Total 79 65.332 S = 0.8557 R-Sq = 12.58% R-Sq(adj) = 11.46% Level N Mean StDev Ben Tre co PED 61 1.5063 0.9673 Ben Tre Ko PED 19 0.7532 0.2331 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level + + + + Ben Tre co PED ( -* -) Ben Tre Ko PED ( -* ) + + + + 0.35 0.70 1.05 1.40 Pooled StDev = 0.8557 Grouping Information Using Tukey Method SP2 N Mean Grouping Ben Tre co PED 61 1.5063 A Ben Tre Ko PED 19 0.7532 B Means that not share a letter are significantly different Tukey 95% Simultaneous Confidence Intervals All Pairwise Comparisons among Levels of SP2 Individual confidence level = 95.00% SP2 = Ben Tre co PED subtracted from: SP2 Lower Center Upper Ben Tre Ko PED -1.2007 -0.7531 -0.3055 SP2 Ben Tre Ko PED + + ( * ) + + -1.00 -0.50 + + 0.00 + + 0.50 One-way ANOVA: Dong Thap S/P versus SP3 Source DF SP3 Error 41 Total 42 S = 0.4502 SS MS F P 3.726 3.726 18.38 0.000 8.311 0.203 12.037 R-Sq = 30.96% R-Sq(adj) = 29.27% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev N Mean StDev + -+ -+ -+ - Level -Dong Thap co PED Dong Thap Ko PED 26 17 -Pooled StDev = 0.4502 1.3756 0.7735 0.5428 0.2431 ( -* -) ( -* ) + + 0.60 0.90 + 1.20 + 1.50 Grouping Information Using Tukey Method SP3 N Mean Grouping Dong Thap co PED 26 1.3756 A Dong Thap Ko PED 17 0.7735 B Means that not share a letter are significantly different Tukey 95% Simultaneous Confidence Intervals All Pairwise Comparisons among Levels of SP3 Individual confidence level = 95.00% SP3 = Dong Thap co PED subtracted from: SP3 Dong Thap Ko PED SP3 Dong Thap Ko PED Lower Center Upper -0.8857 -0.6021 -0.3185 + + + ( -* ) + + + -0.90 -0.60 -0.30 + + 0.00 One-way ANOVA: Tien Giang S/P versus SP4 Source DF SP4 Error 86 Total 87 S = 1.490 SS MS 13.30 13.30 191.02 2.22 204.32 R-Sq = 6.51% Level Tien Giang co PED Tien Giang Ko PED N 71 17 Mean 1.797 0.812 F 5.99 P 0.016 R-Sq(adj) = 5.42% StDev 1.648 0.233 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev + -+ -+ -+( -* -) ( -* -) + + + +0.60 1.20 1.80 2.40 Pooled StDev = 1.490 Grouping Information Using Tukey Method SP4 N Mean Grouping Tien Giang co PED 71 1.797 A Tien Giang Ko PED 17 0.812 B Means that not share a letter are significantly different Tukey 95% Simultaneous Confidence Intervals All Pairwise Comparisons among Levels of SP4 Individual confidence level = 95.00% SP4 = Tien Giang co PED subtracted from: SP4 Lower Center Upper Tien Giang Ko PED -1.785 -0.985 -0.185 SP4 + + + + Tien Giang Ko PED ( -* -) + + + + -1.60 -0.80 -0.00 0.80 One-way ANOVA: Vinh Long S/P versus SP5 Source DF SP5 Error 70 Total 71 S = 0.5704 SS MS F P 3.113 3.113 9.57 0.003 22.773 0.325 25.885 R-Sq = 12.02% R-Sq(adj) = 10.77% Level Vinh Long co PED Vinh Long Ko PED N 56 16 Mean 1.3043 0.8042 StDev 0.6286 0.2637 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev -+ -+ -+ -+ ( -* -) ( * -) + + + + 0.75 1.00 1.25 1.50 Pooled StDev = 0.5704 Grouping Information Using Tukey Method SP5 N Mean Grouping Vinh Long co PED 56 1.3043 A Vinh Long Ko PED 16 0.8042 B Means that not share a letter are significantly different Tukey 95% Simultaneous Confidence Intervals All Pairwise Comparisons among Levels of SP5 Individual confidence level = 95.00% SP5 = Vinh Long co PED subtracted from: SP5 Vinh Long Ko PED Lower -0.8226 Center -0.5001 Upper -0.1776 SP5 Vinh Long Ko PED + + ( -* ) + + -0.70 -0.35 + + + 0.00 + 0.35 One-way ANOVA: PED - S/P versus SPPED Source DF SS MS SPPED 10.56 2.64 Error 239 281.13 1.18 Total 243 291.69 S = 1.085 R-Sq = 3.62% F 2.25 P 0.065 R-Sq(adj) = 2.01% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev -+ -+ -+ -+ ( * ) Level N Mean StDev ( * ) Ben Tre co PED 61 1.506 0.967 ( -* -) Can Tho co PED 30 1.258 0.445 ( * -) Dong Thap co PED 26 1.376 0.543 ( * -) Tien Giang co PED 71 1.797 1.648 -+ + + + Vinh Long co PED 56 1.304 0.629 0.90 1.20 1.50 1.80 Pooled StDev = 1.085 Grouping Information Using Tukey Method SPPED N Mean Grouping Tien Giang co PED 71 1.797 A Ben Tre co PED 61 1.506 A Dong Thap co PED 26 1.376 A Vinh Long co PED 56 1.304 A Can Tho co PED 30 1.258 A Means that not share a letter are significantly different Tukey 95% Simultaneous Confidence Intervals All Pairwise Comparisons among Levels of SPPED Individual confidence level = 99.36% SPPED = Ben Tre co PED subtracted from: SPPED Lower Center Upper Can Tho co PED -0.914 -0.248 0.417 Dong Thap co PED -0.829 -0.131 0.568 Tien Giang co PED -0.230 0.291 0.811 Vinh Long co PED -0.754 -0.202 0.350 SPPED + + + + Can Tho co PED Dong Thap co PED Tien Giang co PED Vinh Long co PED ( * ) ( -* ) ( * ) ( -* ) + + + + -1.20 -0.60 0.00 0.60 SPPED = Can Tho co PED subtracted from: SPPED Lower Center Upper Dong Thap co PED -0.682 0.118 0.917 Tien Giang co PED -0.111 0.539 1.189 Vinh Long co PED -0.629 0.046 0.721 SPPED + + + + Dong Thap co PED ( * ) Tien Giang co PED ( * ) Vinh Long co PED ( * ) + + + + -1.20 -0.60 0.00 0.60 SPPED = Dong Thap co PED subtracted from: SPPED Lower Center Upper Tien Giang co PED -0.263 0.421 1.105 Vinh Long co PED -0.779 -0.071 0.637 SPPED + + + + Tien Giang co PED ( * ) Vinh Long co PED ( -* -) + + + + -1.20 -0.60 0.00 0.60 SPPED = Tien Giang co PED subtracted from: SPPED Lower Center Upper Vinh Long co PED -1.026 -0.493 0.041 SPPED + + + + Vinh Long co PED ( * ) + + + + -1.20 -0.60 0.00 0.60 One-way ANOVA: Ko PED - S/P versus SPKoPED Source DF SS MS F P SPKoPED 0.3628 0.0605 0.73 0.626 Error 157 13.0075 0.0829 Total 163 13.3703 S = 0.2878 R-Sq = 2.71% R-Sq(adj) = 0.00% Level N Mean StDev Ben Tre Ko PED 19 0.7532 0.2331 Can Tho Ko PED 15 0.7399 0.1752 Dong Thap Ko PED 17 0.7735 0.2431 Hau Giang Ko PED 34 0.8849 0.3735 Soc Trang Ko PED 46 0.7871 0.3035 Tien Giang Ko PED 17 0.8121 0.2325 Vinh Long Ko PED 16 0.8042 0.2637 Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level -+ + + + -Ben Tre Ko PED ( * ) Can Tho Ko PED ( * ) Dong Thap Ko PED ( * -) Hau Giang Ko PED ( * -) Soc Trang Ko PED ( * -) Tien Giang Ko PED ( -* -) Vinh Long Ko PED ( -* ) -+ + + + 0.60 0.70 0.80 0.90 Pooled StDev = 0.2878 Grouping Information Using Tukey Method SPKoPED N Mean Grouping Hau Giang Ko PED 34 0.8849 A Tien Giang Ko PED 17 0.8121 A Vinh Long Ko PED 16 0.8042 A Soc Trang Ko PED 46 0.7871 A Dong Thap Ko PED 17 0.7735 A Ben Tre Ko PED 19 0.7532 A Can Tho Ko PED 15 0.7399 A Means that not share a letter are significantly different Tukey 95% Simultaneous Confidence Intervals All Pairwise Comparisons among Levels of SPKoPED Individual confidence level = 99.67% SPKoPED = Ben Tre Ko PED subtracted from: SPKoPED Lower Center Upper Can Tho Ko PED -0.3100 -0.0133 0.2833 Dong Thap Ko PED -0.2665 0.0203 0.3070 Hau Giang Ko PED -0.1143 0.1317 0.3777 Soc Trang Ko PED -0.2004 0.0339 0.2681 Tien Giang Ko PED -0.2278 0.0589 0.3457 Vinh Long Ko PED -0.2405 0.0510 0.3424 SPKoPED Can Tho Ko PED Dong Thap Ko PED Hau Giang Ko PED Soc Trang Ko PED Tien Giang Ko PED Vinh Long Ko PED + + + ( * -) ( -* ) ( -* -) ( * -) ( * -) ( -* -) + + + -0.25 0.00 0.25 + + 0.50 SPKoPED = Can Tho Ko PED subtracted from: SPKoPED Lower Center Upper Dong Thap Ko PED -0.2706 0.0336 0.3379 Hau Giang Ko PED -0.1212 0.1451 0.4113 Soc Trang Ko PED -0.2082 0.0472 0.3026 Tien Giang Ko PED -0.2320 0.0723 0.3765 Vinh Long Ko PED -0.2444 0.0643 0.3730 SPKoPED + + + + Dong Thap Ko PED ( -* ) Hau Giang Ko PED ( * -) Soc Trang Ko PED ( -* -) Tien Giang Ko PED ( -* -) Vinh Long Ko PED ( * -) + + + + -0.25 0.00 0.25 0.50 SPKoPED = Dong Thap Ko PED subtracted from: SPKoPED Hau Giang Ko PED Soc Trang Ko PED Tien Giang Ko PED Vinh Long Ko PED Lower -0.1437 -0.2302 -0.2560 -0.2685 SPKoPED Hau Giang Ko PED Soc Trang Ko PED Tien Giang Ko PED Vinh Long Ko PED + Center 0.1114 0.0136 0.0386 0.0307 Upper 0.3666 0.2574 0.3332 0.3299 + + ( -* ) ( -* ) ( -* ) ( -* -) + + + -0.25 0.00 0.25 + + 0.50 SPKoPED = Hau Giang Ko PED subtracted from: SPKoPED Soc Trang Ko PED Tien Giang Ko PED Vinh Long Ko PED SPKoPED Soc Trang Ko PED Tien Giang Ko PED Vinh Long Ko PED Lower Center Upper -0.2921 -0.0979 0.0964 -0.3279 -0.0728 0.1823 -0.3411 -0.0807 0.1797 + + + ( -* -) ( -* -) ( * -) + + + -0.25 0.00 0.25 + + 0.50 SPKoPED = Soc Trang Ko PED subtracted from: SPKoPED Tien Giang Ko PED Vinh Long Ko PED SPKoPED Tien Giang Ko PED Vinh Long Ko PED Lower -0.2187 -0.2322 + Center 0.0251 0.0171 Upper 0.2688 0.2664 + + ( -* -) ( -* -) + + + -0.25 0.00 0.25 + + 0.50 SPKoPED = Tien Giang Ko PED subtracted from: SPKoPED Vinh Long Ko PED SPKoPED Vinh Long Ko PED Lower -0.3071 Center -0.0079 Upper 0.2912 + + + ( -* -) + + + -0.25 0.00 0.25 + + 0.50 Phụ lục 4: Phương pháp chẩn đoán bệnh PED-Ag test kit * Nguyên lý: Bộ kít dựa nguyên lý kỹ thuật sắc ký miễn dịch sử dụng phương pháp Direct Sandwich Hai kháng thể (KT) đơn dòng thiết bị kết hợp đặc thù với định kháng nguyên khác kháng nguyên cần chẩn đoán Sau cho bệnh phẩm thấm vào vị trí đệm cellulose thiết bị, kháng nguyên PEDV di chuyển kết hợp với hợp chất thể keo màu vàng chứa kháng thể đơn dòng kháng PEDV, để tạo thành phức chất „KT-KN‟ Sau đó, phức hợp kết hợp với kháng thể đơn dòng kháng PEDV khác màng nitơcellulose thiết bị, để tạo thành phức chất kẹp hoàn chỉnh „KT-KN-KT‟ (“Ab-Ag-Ab” direct sandwich) * Phương pháp thực Chuẩn bị mẫu Lấy mẫu phân (để thăm dò diện PEDV) thực theo hướng dẫn nhà sản xuất kit PED-Ag test kit Thực theo bước Sử dụng que tăm test kit để lấy mẫu phân trực tràng heo Cho que tăm vào lọ mẫu có chứa ml dung dịch pha lỗng (được cung cấp test kit) Khuấy xoay trịn que tăm bơng dung dịch pha lỗng đến phân hòa vào dung dịch (khoảng 10 giây) Lấy dụng cụ xét nghiệm túi bạc, đặt nơi phẳng khô Sử dụng ống nhỏ giọt có sẵn, rút lấy dung dịch lọ mẫu hòa lẫn với phân Nhỏ 4-5 giọt dung dịch phân hòa lẫn vào lỗ tròn dụng cụ thử nghiệm Phản ứng xảy có đường màu tím chạy dọc bảng kết (nằm dụng cụ xét nghiệm) cạnh lỗ tròn chứa dung dịch bệnh phẩm Sau phút khơng thấy có di chuyển màu tím, nhỏ thêm giọt dung dịch bệnh phẩm Đọc kết 5-10 phút Đọc kết Ở phía bên trái giếng kết quả, màu xuất chữ C, có nghĩa bước thực phản ứng cách Kết dương tính có thêm màu xuất chữ T giếng kết (Hình 3.4) Ở giếng kết quả, khơng có xuất màu nào, có nghĩa thao tác thực khơng đúng, không thực hướng dẫn quy định Do đó, phản ứng phải thực lại 244 Phụ Lục 5: Phương pháp thực Hiện Tiêu Bản Vi Thể Chuẩn bị cố định bệnh phẩm Mẫu bệnh phẩm cần nghiên cứu heo bệnh lấy cho mẫu bệnh phẩm vào lọ sạch, cho dung dịch formol 10% ngập bệnh phẩm Thông thường thể tích formol phải đảm bảo gấp 10 lần thể tích bệnh phẩm ngâm Sau 10 -15 ngày lấy bệnh phẩm để làm bước Xử lý bệnh phẩm Cắt bệnh phẩm: lấy bệnh phẩm ngâm formol 10%, cắt thành miếng nhỏ 3-5 mm Rửa formol: rửa vòi nước chảy nhẹ 24h Đưa mẫu vào hệ thống máy chuyển đúc mẫu tự động Hệ thống máy chuyển đúc mẫu tự động gồm 12 bình Bảng PL5 Thành phần hóa chất thời gian chuyển đúc mẫu Bình Hóa chất Cồn 60oC Thời gian (giờ) 1:00 Bình Hóa chất Thời gian (giờ) Cồn 100oC 1:00 Cồn 100 C 1:30 o Cồn 60 C o 1:30 o Cồn 70 C 1:30 Xylen 1:30 Cồn 80oC 1:30 10 Xylen 1:30 Cồn 96oC 1:30 11 Parafin 2:00 Cồn 100oC 1:30 12 Parafin 2:00 Đúc Block Đúc mẫu bệnh phẩm parafin Cắt dán mảnh cố định tiêu Cắt mảnh: máy cắt chuyên dụng Tải mảnh: dàn lát cắt phẳng phiến kính nước ấm 48 C, sau để tủ ấm 37oC đến lát cắt bệnh phẩm khơ, gắn chặt lên phiến kính đem nhuộm o Nhuộm tiêu Khử parafin: cho tiêu qua hệ thống xylen gồm lọ: Xylen I 6h Xylen II 6h Xylen III 12h Khử xylen: cho tiêu qua hệ thống cồn gồm lọ: Cồn 100o lần (mồi lần phút) Cồn 90o lần Cồn 70o lần Cồn 50o lần Khử cồn: cho vòi nước chảy phút Nhuộm haematoxylin (nhuộm nhân) Nhỏ dung dịch haematoxylin ngập tiêu phút, rửa nước Sau cho tiêu qua hệ thống cồn: Cồn 50o lần Cồn 70o lần Cồn 95o Cồn 100 lần o lần Rửa tiêu Nhuộm eosin (nhuộm bào tương) Nhỏ eosin ngập tiêu khoảng 5-10 phút, rửa nước Cho tiêu qua hai lọ cồn 100o lọ phút Tẩy cồn, làm tiêu bản: cho tiêu qua xylen Gắn Baume canada Nhỏ giọt Baume canada lên lamen gắn nhanh lên tiêu xylen tiêu bản, lưu ý gắn lamene cho khơng cịn bọt khí phần bệnh phẩm nhuộm Sau tiến hành đọc tiêu kính hiển vi quang học (William and Linda., 2012) Phụ lục 6: DUNG LƯỢNG MẪU KHẢO SÁT THEO TỶ LỆ BỆNH ƯỚC LƯỢNG TRONG QUẦN THỂ LỚN VỚI ĐỘ TIN CẬY KHÁC NHAU (Thrusfield, 1997) Độ tin cậy Tỷ lệ nhiễm ước lượng 90% 95% 99% Độ xác tuyệt đối Độ xác tuyệt đối Độ xác tuyệt đối 10% 5% 1% 10% 5% 1% 10% 5% 1% 10% 24 97 2435 35 138 3457 60 239 5971 20% 43 173 4329 61 246 6147 106 425 10616 30% 57 227 5682 81 323 8067 139 557 13933 40% 65 260 6494 92 369 9220 159 637 15923 50% 68 271 6764 96 384 9604 166 663 16587 60% 65 260 6494 92 369 9220 159 637 15923 70% 57 227 5682 81 323 8067 139 557 13933 80% 43 173 4329 61 246 6147 106 425 10616 90% 24 97 2435 35 138 3457 60 239 5971 Phụ lục Số biên bản: - BIÊN BẢN LẤY MẪU HUYẾT THANH (Dùng cho trang trại hộ chăn nuôi) 1/ Đặc điểm chung - Tên sở nuôi (hoặc chủ hộ) ……………………………………………………… - Địa chỉ: ĐT: ……………………………… - Tổng đàn ………Trong đó: Nái:…….Nọc:…….Heo thịt: ……Heo con: ……… 2/ Tiền sử bệnh trại Các bệnh truyền nhiễm xảy q trình ni 2013 2014 2015 2016 Heo nọc Heo nái Heo Heo thịt 3/ Tình hình dịch bệnh trại (hộ) chăn nuôi thời điểm lấy mẫu ẻ mạnh ệnh ột số heo bện h đàn * Loại heo bệ ọ ịt ữa ẹ * Các thơng tin tình hình bệnh (nếu trại có heo có bệnh lấy mẫu) - Triệu chứng : ………………………………………………………………… - Bệnh tích (mổ khám)………………………………………………………… - Nghi bệnh: …………………………………………………………………… Số heo bệnh:……Số heo bệnh điều trị khỏi…………Số loại thải…… Thời gian bắt đầu phát bệnh: ………Thời gian bắt đầu điều trị:……………… 4/ Lấy mẫu TT Ký hiệu mẫu Loại heo lấy mẫu lứa lứa lứa lứa lứa Khác Ghi chú: Ký hiệu mẫu bảng phải đồng với ký hiệu mẫu dán mẫu huyết gởi phòng thí nghiệm Ngày …… tháng………năm 2017 Chủ hộ Nhân viên lấy mẫu MẪU ĐIỀU TRA DỊCH BỆNH PED TRÊN HEO (Dùng cho trang trại hộ chăn nuôi) 1/ Đặc điểm chung - Họ tên chủ hộ:……………………………………………………………… - Địa chỉ: …………………………………………ĐT: …………………… - Tổng đàn ……Trong đó: Nái:……Nọc:……Heo thịt: …Heo con: …… 2/ Phương thức nuôi: ỗn hợp (Nái, thịt) ịt ại ni heo ộng vật khác (tên lồi): …… ền ả nuôi nuôi lồng 3/ Đặc điểm chuồng trại: 3.1 : Hình thức xây dựng: ật liệu nhẹ ựng kiên cố ồng đất ả ố Chuồng kênh, mương 3.2 : Tường rào bao che khu trại: Có, khơng đạt 3.3 : Chuồng cách ly gia súc bệnh: ạt 3.4 : Hố sát trùng trước cổng sở ạt ạt 3.5 : Hố sát trùng trước trại: 3.6: Hình thức xử lý phân: ổ bãi rác ốủ ổ xuống ao, mương vườ ổ xuống cố 3.7: Hình thức xử lý nước thải (dội chuồng, tắm heo…) ắng sinh học trước sau thải kênh rạch chung ổ thẳng kênh rạch khơng có ao lắng lọc sinh học ổ trực tiếp xuống hệ thống nước cơng cộng, cống rãnh chung ức khác: ……………………………………………………… 4/ Thực vệ sinh, tiêu độc, sát trùng, trang bị bảo hộ lao động cho: 4.1: Công nhân trực tiếp nuôi ỉ thực có dịch bệnh 4.2: Khách tham quan: ỉ thực có dịch bệnh ỉ thực có dịch bệnh 4.3: Nhân viên thú y: 5/ Địa điểm xây chuồng trại có khoảng cách gần với: 5.1: Nhà (mét) ……………………5.2: Trại (hộ) chăn ni (mét):………………… 5.3: Lị mổ gia súc (km) … … 5.4: Chợ, nơi bán động vật (km): …………… 5.5: Giao thông (mét) …… .5.6: Giao thông thuỷ (mét) ……… ……… 5.7: Cửa hàng thuốc thú y (km):……… 5.8: Trạm thú y ………………………… 6/ Thức ăn chăn nuôi: 6.1 : Nguồn thức ăn: ự phối trộn ỗn hợp bán sẵ dụng thức ăn đậm đặc ận dụng thức ăn thừa (n Có bổ sung rau xanh ại địa phương (xã, huyệ Mua trực tiếp nhà máy sx Nấu chín trướ ống ấu lại thức ăn thừa cho ăn ỉnấu cho ăn ấu lại thức ăn thừa cho ăn 6.2 : Phương thức cho ăn: ứ ả hai hình thức ỏng 6.3 : Nhãn hiệu thức ăn sử dụng : Thức ăn hỗn hợp ……………….Thức ăn đậm đặc: ………………………… Nước chăn nuôi : 7.1: Nguồn nước sử dụng: ạch ớc giếng khoan ớc máy 7.2: Khử trùng nước uống : ờng xuyên 7.3: Khử trùng nước tắm , dội chuồng: ờng xuyên 7.4: Kiểm tra chất lượng nguồn nước Định kỳ :…tháng/lần ực Nguồn giống nuôi 8.1 : Nguồn heo nuôi: ự nhân giố ồn heo ngồi trại 8.2: Giống heo ni (tên giống): …………………………………………………… 8.3 : Địa điểm mua heo giống ệ ại trạ ại chợ ỉnh ỉnh ại hộ dạo 8.4 : Tìm hiểu tình hình dịch bệnh trại (hộ ni) mua heo ni ỉ tìm hiểu có dịch bệnh địa phương 9/ Ni heo sinh sản 9.1 : Cách phối giống: ối trực tiếp 9.2 : Nguồn heo nọc (hoặc tinh heo): ạo Tại trạ ết hợp hai ại 9.3: Thời gian cai sữa: 10/ Tình hình tiêm phịng 10.1 : Tên loại vaccine sử dụng q trình ni tỉ lệ tiêm phòng đạt (trên tổng đàn) Vaccine Đạt % PRRS Dịch tả PTH THT Đ.dấu V.phổi E.coli Parvo PED …… 10.2 : Lịch tiêm vaccine phòng bệnh trại (hộ) nuôi: ệnh chung trạ ệnh xảy chung quanh ệnh xảy trại ợt tiêm phòng Thú y địa phương accine 11 Tình hình tiêu độc, vệ sinh chuồng trại 11.1 Lịch phun thuốc sát trùng: ần/lầ ần/lầ ần/ lần ần ực ỉ thực có xảy bệ ỉ thực có đợt thú y tổ chức 11.2: Vệ sinh chuồng trại trước sát trùng : ờng xuyên Có 11.3: Cách dùng thuốc thuốc sát trùng Rãi vôi quanh chuồng ịt quanh chuồng ịt vào ô chuồng nuôi 12./ Tình hình dịch bệnh tiêu chảy qua năm 12.1: Số lượng heo bệnh Loại heo Số nuôi Năm 2014 Số Số bệnh chết Số loại Số nuôi Năm 2015 Số Số bệnh chết Số loại 2016 - thời điểm điều tra Số Số Số Số nuôi bệnh chết loại Nái Theo mẹ Cai sữa Heo thịt 12.2 Nghi ngờ bệnh tiêu chảy do:: E.coli 12.3: Bệnh xảy vào trường hợp sau ự phát ực chung quanh có heo bệnh ccine ới mua nhập đàn ni Có người ngồi vào trại rường hợp khác ……………… ời điểm giao mùa ất thời điểm năm 12.4: Các triệu chứng thường gặp heo bị tiêu chảy Thông số Theo mẹ Cai sữa Choai Tỷ lệ tiêu chảy Vàng Xanh Phân Xám Bỏ ăn Ói mữa Phân có bọt Heo thịt Heo nái Ngày ……… tháng……… năm…… Chủ hộ (Ký ghi rõ họ tên) Nhân viên điều tra (Ký ghi rõ họ tên) ... DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ HUỲNH MINH TRÍ Mã số NCS: P1014007 Bệnh Tiêu Chảy Cấp Trên Heo (Porcine Epidemic Diarrhea) Tại Đồng Bằng Sông Cửu Long: Đặc Điểm Bệnh Học Di Truyền Virus. .. phịng bệnh Dịch tiêu chảy cấp xuất tỉnh Đồng sông Cửu Long vùng chăn nuôi heo quan trọng khu vực Tây Nam Bộ Do để khẳng định di? ??n PEDV gây dịch bệnh tiêu chảy cấp heo Đồng sông Cửu Long, đồng. .. Kết điện di RT – PCR Heo mẹ nhiễm PED tiêu chảy phân xám Heo theo mẹ nhiễm PED tiêu chảy phân vàng Heo theo mẹ nhiễm PED tiêu chảy phân lỏng Heo theo mẹ nhiễm PED tiêu chảy phân xanh Heo theo mẹ