Nghiên cứu hệ gen ty thể, đơn vị mã hóa ribosome của sán lá phổi họ paragonimidae tại việt nam và một số khu vực châu á

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - NGHIÊN CỨU HỆ GEN TY THỂ, ĐƠN VỊ MÃ HÓA RIBOSOME CỦA SÁN LÁ PHỔI HỌ PARAGONIMIDAE TẠI VIỆT NAM VÀ MỘT SỐ KHU VỰC Ở CHÂU Á LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội – 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC V V HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - NGHIÊN CỨU HỆ GEN TY THỂ, ĐƠN VỊ MÃ HÓA RIBOSOME CỦA SÁN LÁ PHỔI HỌ PARAGONIMIDAE TẠI VIỆT NAM VÀ MỘT SỐ KHU VỰC Ở CHÂU Á Chuyên ngành: Hóa sinh học Mã sỗ: 42 01 16 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: Hà Nội – 2022 i LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án này, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới: - GS TS , nguyên Trưởng Phòng Miễn dịch học, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, người thầy rất tâm huyết tận tình trực tiếp hướng dẫn, định hướng nghiên cứu, tạo điều kiện tối đa truyền dạy kiến thức, kinh nghiệm, động viên giúp đỡ tơi q trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận án - TS , Trưởng phòng Miễn dịch học, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, người thầy, người chị tận tình dạy đồng hướng dẫn khoa học thời gian học tập nghiên cứu Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành nhất tới đồng nghiệp Phòng Miễn dịch học Phòng thí nghiệm trọng điểm Cơng nghệ gen, Viện Cơng nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam nhiệt tình tạo điều kiện giúp đỡ tơi hồn thành luận án Tơi xin trân trọng cảm ơn: - Ban lãnh đạo Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam tạo điều kiện cho học tập nghiên cứu - Ban Giám đốc, Khoa Cơng nghệ sinh học, Phịng Quản lý Đào tạo - Học viện Khoa học Công nghệ tạo điều kiện giúp đỡ tơi suốt q trình học tập - Cám ơn hỗ trợ kinh phí Quỹ Phát triển Khoa học công nghệ Quốc gia (NAFOSTED) đề tài mã số 108 02-2017 09 108 02-2020 07 GS TS Lê Thanh Hòa chủ nhiệm - TS , Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam; GS TS , Trường Đại học Kochi, Nhật Bản; GS TS David Blair; GS TS , Trường Đại học Y Hà Nội PGS TS , Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, giúp đỡ hợp tác trao đởi thu mẫu, thí nghiệm nghiên cứu hình thái học cho nghiên cứu giúp đỡ khác ii cơng bố hồn thành luận án Cuối tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới gia đình ln chỗ dựa vững chắc, giúp đỡ chia sẻ khó khăn cho tơi suốt q trình thực luận án Tôi xin chân thành cảm ơn chồng tơi ln khún khích truyền nhiệt hút cho tơi thêm sức mạnh để giúp tơi hồn thành trình học tập nghiên cứu Hà Nội, ngày 13 tháng năm 2022 Tác giả iii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Đây cơng trình nghiên cứu tơi một số kết cộng tác với cộng khác; Các số liệu kết trình bày luận án trung thực, một phần công bố tạp chí khoa học chuyên ngành với đồng ý cho phép đồng tác giả; Phần cịn lại chưa cơng bố bất kỳ cơng trình khác Hà Nội, ngày 13 tháng năm 2022 Tác giả iv MỤC LỤC Lời cảm ơn Tr i Lời cam đoan iii Mục lục iv Danh mục chữ viết tắt viii Danh mục bảng xi Danh mục hình xiii MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU Tình hình nghiên cứu sán phổi họ Paragonimidae 111 Phân loại sán phổi họ Paragonimidae 112 Phân bố địa lý sán phổi họ Paragonimidae 113 Đặc điểm sinh học sán phởi họ Paragonimidae 114 Tình hình nghiên cứu sán phổi họ Paragonimidae giới 13 115 Tình hình nghiên cứu sán phởi họ Paragonimidae Việt Nam 18 Giới thiệu ty thể, ribosome của ty thể hệ gen ty thể 21 121 Giới thiệu ty thể, nguồn gốc, cấu tạo chức 21 122 Cấu trúc sắp xếp gen hệ gen ty thể 23 123 Mitoribosome của ty thể thành phần cấu tạo 26 124 Đặc điểm gen học hệ gen ty thể 26 11 12 13 Cấu trúc đơn vị mã hóa ribosome của hệ gen nhân 31 131 Cấu trúc ribosome của tế bào 31 132 Đơn vị mã hóa ribosome của hệ gen nhân tế bào 32 133 Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử của đơn vị mã hóa ribosome 36 14 Sự cần thiết nghiên cứu đặc điểm gen hệ gen ty thể đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi Paragonimus ……………………… CHƯƠNG ĐỐI TƯƠNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 38 41 Đối tượng, mục tiêu, nội dung địa điểm nghiên cứu 41 211 Đối tượng nghiên cứu ……………………………………………………… 41 212 Mục tiêu nghiên cứu 41 213 Nội dung nghiên cứu ……………………………………… ……………… 41 214 Địa điểm thời gian nghiên cứu 44 22 Vật liệu nghiên cứu ………………………………………………… 44 221 Nguồn vật liệu mẫu sán phổi nghiên cứu 44 21 v 222 223 Vật liệu khuôn DNA loại mồi sử dụng Hóa chất, sinh phẩm, dụng cụ 45 45 224 Trang thiết bị 46 Phương pháp nghiên cứu gen hệ gen ty thể (mtDNA) ……… 46 23 231 Phương pháp xác định cấu trúc sắp xếp gen hệ gen ty thể của sán phổi Paragonimus heterotremus P ohirai ………………………… 232 233 Phương pháp phân tích đặc điểm gen RNA ribosome ty thể (MRG)… 47 48 Phương pháp phân tích đặc điểm gen RNA vận chuyển ty thể (tRNA) 48 234 Phương pháp phân tích vùng không mã hóa hệ gen ty thể ………… 49 235 Phân tích phương thức sử dụng nucleotide tính toán giá trị độ lệch (skew/skewness) hệ gen ty thể ……………………………………… 236 Phương pháp tính khoảng cách di truyền giữa lồi sán phởi dựa ch̃i nucleotide của hệ gen ty thể …………………………………… 237 Phương pháp nghiên cứu gen học đơn vị mã hóa ribosome (rTU) 56 Phương pháp xác lập phả hệ dựa phân tích cộng hợp ch̃i gen 18S+28S rRNA tồn phần (~5,8 kb)…………………… CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ……………………………………… 31 56 Phương pháp xác lập phả hệ dựa phân tích chuỗi gen 28S rRNA toàn phần (~3,8 kb) …………………… 248 56 Phương pháp phân tích tương đồng nucleotide của gen 18S+28S rRNA phần mã hóa ribosome (rTU*) của sán phổi họ Paragonimidae … 247 55 Phương pháp phân tích phương thức sử dụng nucleotide giá trị độ lệch (“skew”) đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi châu Á … 246 54 Phương pháp phân tích đặc điểm cấu trúc bậc hai vùng giao gen (ITS-1 ITS-2) của Paragonimus heterotremus sán phổi châu Á …… 245 54 Phương pháp phân tích đặc điểm cấu trúc bậc hai gen 18S 28S rRNA của Paragonimus heterotremus P ohirai …………………… 244 53 Phương pháp xác định độ dài, đặc điểm gen/vùng giao gen đơn vị mã hóa ribosome …………………………………………………………… 243 52 53 Phương pháp xác định cấu trúc sắp xếp gen đơn vị mã hóa ribosome của Paragonimus heterotremus sán phổi châu Á ……… 242 51 Phương pháp phân tích phả hệ dựa chỉ thị cộng hợp toàn 12 PCG của mtDNA …………………………………………………………… 24 241 50 Phương pháp phân tích đặc điểm gen mã hóa protein sự “thiên vị” sử dụng mã ………………………………………………………………… 238 49 Kết nghiên cứu đặc điểm hệ gen ty thể của sán phổi châu Á 57 59 vi Paragonimus heterotremus P ohirai họ Paragonimidae ……… 311 59 Cấu trúc sắp xếp hệ gen ty thể của sán phổi Paragonimus heterotremus (mẫu Việt Nam) P ohirai (mẫu Nhật Bản) …………… 59 312 Phân tích đặc điểm cấu trúc gen RNA ribosome của ty thể (MRG)… 65 313 Phân tích đặc điểm cấu trúc gen RNA vận chuyển ty thể (tRNA)…… 67 314 Phân tích vùng không mã hóa (NCR) hệ gen ty thể của P heterotremus P ohirai …………………………………………………… 315 Phương thức sử dụng nucleotide giá trị “độ lệch” (skew) hệ gen ty thể của P heterotremus, P ohirai sán phổi khác …… 316 77 Kết nghiên cứu đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi họ Paragonimidae ……………………………………………………… 321 76 Phân tích phả hệ sán phổi họ Paragonimidae dựa dữ liệu amino acid cộng hợp của 12 PCG ……………………………… 32 72 Khoảng cách di truyền giữa P heterotremus loài sán phổi châu Á dựa chuỗi nucleotide phần mã hóa của hệ gen ty thể …… 318 70 Phân tích đặc điểm gen mã hóa protein sự “thiên vị” sử dụng mã hệ gen ty thể của P heterotremus, P ohirai sán phổi châu Á … 317 69 81 Cấu trúc sắp xếp gen đơn vị mã hóa ribosome của loài sán phổi Paragonimus châu Á (P heterotremus, P ohirai, P iloktsuenensis, P miyazakii P westermani) ……………………… 322 Độ dài gen rRNA vùng giao gen đơn vị mã hóa ribosome của lồi sán phởi Paragonimus châu Á ……………………………………… 323 95 Phân tích phả hệ sán phổi họ Paragonimidae dựa dữ liệu cộng hợp gen 18S+28S rRNA toàn phần ………………………………………… CHƯƠNG BÀN LUẬN …………………………………………………… 41 94 Phân tích phả hệ sán phổi họ Paragonimidae dựa dữ liệu đơn gen 28S rRNA toàn phần …………………………………………………… 328 92 Kết phân tích tương đồng nucleotide của gen rRNA phần mã hóa ribosome của sán phổi họ Paragonimidae …………………… 327 89 Kết phân tích phương thức sử dụng nucleotide giá trị “độ lệch” (skew) đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi châu Á ……………… 326 87 Đặc điểm cấu trúc vùng giao gen (ITS-1 ITS-2) của loài P heterotremus P ohirai …………………………………………………… 325 83 Đặc điểm cấu trúc gen rRNA (18S 28S rRNA) của loài P heterotremus P ohirai …………………………………………………… 324 81 Về nghiên cứu gen/hệ gen ty thể của sán phổi Paragonimus 98 101 vii heterotremus Paragonimus ohirai ……………………………… 411 Về thu nhận dữ liệu gen/hệ gen ty thể của Paragonimus heterotremus Paragonimus ohirai …………………………………………………… 412 106 Về đặc điểm thành phần gen ty thể của sán phổi Paragonimus heterotremus Paragonimus ohirai……………………………………… 414 103 Về đặc điểm cấu trúc của gen hệ gen ty thể sán phổi Paragonimus heterotremus Paragonimus ohirai…………………… 413 103 109 Về ứng dụng mtDNA nghiên cứu phân loại phả hệ tiến hóa của sán phổi châu Á ……………………………………………………… 112 415 Về xây dựng sở dữ liệu mtDNA của họ Paragonimidae 114 42 Về nghiên cứu đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi châu Á … 118 421 Về thu nhận dữ liệu gen/vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi châu Á ……………………………………………………… 422 Về đặc điểm cấu trúc của gen rRNA vùng giao gen đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi châu Á …………………………………………… 423 120 Về đặc điểm thành phần gen của đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi châu Á …………………………………………………………………… 424 425 118 Về ứng dụng đơn vị mã hóa ribosome nghiên cứu phân tích phả hệ 122 123 Về xây dựng sở dữ liệu đơn vị mã hóa ribosome của họ Paragonimidae 124 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 127 DANH SÁCH CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ 129 TÀI LIỆU THAM KHẢO 130 PHỤ LỤC cox3(645) * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120 * 140 * 160 * 180 Phet-GX-C : ATGAGATGATTGCCTTTATATAACTCTTGATTATTTTTTGTAGCTCTTTTGAGGTTATTTCTTTGGAAGCTTATTGGGGTCTTCTCTCTTCTGGGGTTGGTGACTCTTTCTATTTTTTTTTTGATTCGTGAGGTTATGCCTTATAAGGTTCATTACGAATTTGGCTTTTGGCTTTTTATT : * 200 * 220 * 240 * 260 * 280 * 300 * 180 320 * 340 * Phet-GX-C : CTTAGAGAGGTTGCTATTTTTGGTACTTTGTTTGTGATGTGTCTTTGGAGTATGGATGGTGCTACGGAGCCTATTTCTAGGATGATGGAGCTTCCTCTTCTGGGCTCTTTTTTATTAATTGGTTCTTCCATAACCGCTACTACTTATCATCATTGCCGGGGTTTGGAGTTTAGCTGGATT : * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * 480 * 500 * Phet-GX-C : TTCCTAGTTGTTACTATTGTTCTTGGCCTTAGGTTTATCCTGTTGCAGATTTTTGAGTTTTATGACTGTGAGTGTGATGTTTTAAGGAATGTGTACTATGCGGGGGCCTTTTCTACGGTGGGTTTGCATTTTAGTCATGTTTTTGTGGGAGTCTCTGGTCTGATTGTTTTAATGATGTTG : Phet-GX-C : GGGAGAGAGCTTATTTGTATGGCTTATTCGCTATCTTCATATCTGAGGTGTTACTTTTATCTTTGTTTTGTTTTTCATTCATATGGGTCGGGCTTTGTACTATTCTAGGTATAGGAAGGTGGCTGTTTGAAAAGTTGGTTTTATTCTGTATCTTTTGATGATGGTTGAGGCTTTTTTGGG * 1100 * 1120 * 1140 * 1160 * 1180 * 1200 * 1220 * 1240 * Phet-GX-C : GTATATTTTGCCTTGGCATCAGATGTCTTATTGGGCTGCTACGGTTTTAACCTCTATTCTTAACAGGGTTCCAGTGGTTGGGGGCAGGGTTTATACTTTTATAGTTGGTGGCTTTGGTGTGACAAATGCTACGTTGGTTCGGGTGTTTTCTGCGCATGTTTGTTTAGCTTTTGTTATCGT * 1300 * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 540 cob(1119) 700 * 720 720 * 1040 1280 * 540 trnH(His)67 * 560 * 580 * 600 * 620 * 640 * 660 * 680 * Phet-GX-C : GGCGCTAATGTGGTTAAGCAGTGTTATGTTAAAGTTGCTGTGTGGTATTGGCATTTTGTGGACTATGTGTGGTTGTTTGTTTTTCTCTTGCTTTATTTTTTGTAGGTTTCTTCTCTAGGTTAATTTCGTAAACTACTGGTTTGTGGGGCCGGAGATCTTGGTTTTAGGAGGGGAACGTAT * 740 * 760 * 780 * 800 * 820 * 840 * 860 Phet-GX-C : GCTGTCTTTGTTGCGTCATAAAGTTGTGGATTTGCCTACGAATCTGTCGTTGAGGTATTTTTGATGTGGAGGTTTTATGATTAGGAGGTTCTTGGCATTGCAATTGGGCTCGGGGGTTGTGCTGTCTTTGCTTTATGTAGCTGATTCGGATATGAGGTTTGGTTGTGTTTTGGATTTTAC * 920 * 940 * 960 * 980 * 1000 * 1020 * * 360 360 520 880 * * 1060 900 * 900 1080 1080 1260 1260 1440 * Phet-GX-C : TGGTTTTAGGGTTATTCACTTGTTTTATCTTCATAAGGCTGGTTCTAATAATCCATTATTTGTGAGGGGTGGTTATAGGGATGTCGTGTTGTTTCATAGGTTTTTTACTAATAAGGATGGTTTGGTGTTAATGGCTCTTTTGATGCTGCTTAGGGGTTTTATGTGGGTTTGTCCAGATTT * 1460 * 1480 * 1500 * 1520 * 1540 * 1560 * 1580 * 1600 * 1620 Phet-GX-C : GGTGTTAGATGTTGAGAGGTATTTGCAGGCGGATCCTTTGGTGACGCCTGTTTCTATAAAGCCTGAGTGGTATTTCTTGGCCTTTTATGCTATGCTTCGTTCGATAGAGTCTAAGATTGGTGGACTAGTTTTGGTGTTAGTTTTTCTTTTTATTCTTTGATTGCCTAGGTTTAAAGGCTC * 1640 * 1660 * 1680 * 1700 * 1720 * 1740 * 1400 * 1420 1760 * 1780 * 1620 1440 * 1800 Phet-GX-C : CTGTTCCTACTTTTTGGGTCGTCAGTATATTTTCTGGGGCGTTTCTTCAATGTTCTTCCTTCTTAGGTATTTGGGGGCCTGTCATCCAGAGGATCCTTATGTTTTAGTTAGAAAGCTTTGTAGTCTTTTTGTGGTGGTTTTTCTGTTTTTGTTTAAGGGGTTGTGGGTGGTTCCTTATTC 1800 nad4L(264) * 1820 * 1840 * 1860 * 1880 * 1900 * 1920 * 1940 * 1960 * 1980 Phet-GX-C : TTTTGGTGTCCCTTCCGGTGGAAAGGGTGCTTTGTAGAGTTTTGTGCGGGATGAGGAGCAATGTTTTGTTTTTGGGGAGCCTGGTTGTGCTATGCGGCCTTGTTTTATCTTTAGCTCGTTTTTTGAATTGCTTGATTATTGTTGAGAATTTTAAAGTTTTATTGCTCTTTTCGGCGATCT : 1980 nad4(1260) Phet-GX-C : * 2000 * 2020 * 2040 * 2060 * 2080 * 2100 * 2120 * 2140 * 2160 CTCAGCAGTGGCAGGAAAGCCACATTCTGTTTATTGCCTTAATGGTGATTTTTACCGTTGAGGTTGTCTTGGGTTTGGTTGTGCTTACTCGATTGTGAGATTTGGGAAGTTTGATTGGGTTAGTTGGTTGATAGGTGTAGGGATTGTTGGGGGCTTGTTCTTTGTTGGTGGCGGTTTGTG * 2180 * 2200 * 2220 * 2240 * 2260 * 2280 Phet-GX-C : Phet-GX-C : Phet-GX-C : 2160 * 2300 Phet-GX-C : * 2320 * 2340 2340 CGTTCCTTTAGTGGGAGGTCTAGAGGGTTTGGTTTTTTGTTTTGATGTCTTGAGGTTTTATCTCGGAGGGTTGTCGTTAATTTTGGGGTTGTCTCTGATTTTTTGGCAAAGATGTTTTAGGGGGGCATCCCGTTTTATGATTTCTTTGAGATTGTGTTGTTCTCTGCTCAGGTATTGTTG * 2360 * 2380 * 2400 * 2420 * 2440 * 2460 * 2480 * 2500 * 2520 2520 2660 * 2880 2680 * Phet-GX-C : Phet-GX-C : 2700 TGTCCACTCTCTGGGGTTTTGAGTTTTTTATGAGGGTGCAATATTGCCGCTCCTATTTTTATTGATTCGGGAGTCACCATACTCGGAGCGGTATGTGGCGGCTTGATACCTGTTGGGATACGTTGTTTTAACTAGACTCCCAATGCTCCTTTGTTTGTTCTATCTTTCTGTGGAAGTTGG * 2540 * 2560 * 2580 * 2600 * 2620 * 2640 * 2700 AAGGTTTAGGCTGTGTTATTGAGGGGATGTTTCCTTAGGGGGGTTTAGGGTCATCTTGTTGTTATCGGTGCTCTTTATAACTAAGATTCCGTTACCCCCTTTTCACGTTTGGTTGCCAATTGTTCATGCGGAGGCGAGGAGTCCTGTGTCGGTTTGTTTGAGGGGTTACATAATGAAGTT * 2720 * 2740 * 2760 * 2780 * 2800 * 2820 * 2840 3060 * GGGGCTGTTGGGGGTGTATCGTTTTTGTTCGTGATTGTTACCTAGACATGTTTTTTCTGTTTTTTACGTGGGGGTTTGCGTGGCGTTGACTCTTCTGTTTTTTTTTAGGGCTTCTTTAGAGTTGGATGGGAAGCGTTGATTGGCATTTATGAGGTTGGCTCATATCTTGGTTCCTGCGGT * 2900 * 2920 * 2940 * 2960 * 2980 * 3000 * 3020 GTGTCTTTGTGTTAGGGGGTTCGACAATTTAGGGGTTTCCTTTCTTTATTGTTTGGGTCATGGGGTTTCTGCGGCCGCAACATTTCTCTTTTTGTGGTTGGCTTATGAGGTATCGGGTAGCCGTAATTGGGCTGTGTTGAAGTTTAGGTTTTCTAGGAGTTTGTTGATGCGGTTTTTGGT * 3080 * 3100 * 3120 * 3140 * 3160 * 3180 * * 3200 3040 * * 3220 2860 * 3240 2880 3060 * 3240 TGGAGCATGTCTTTGTACGGTGGCTTCTCTTCCACCCACAGTGCAGTTTTTCTGTGAGGTTCATACTTTGTGAGAAGCTGGGCCGCTTGCGGCTTGTTTTGTTCTTGGTCTCTTCTGTTATTTATTTTGTGGGGGGTTGGTGCCTATTTTTACGCTGGGGGGGGTGTTGTCTCGGCATTA trnQ(Gln)65 * 3260 * 3280 * 3300 * 3320 * 3340 * 3360 * 3380 * 3400 * 3420 Phet-GX-C : CAGTATTGGGTTTGGTCCCGGGTCTATTTTTATGGGGTTACTTTCGGTGTTACTTCTTTTGATGTGGAGGTTTGTCTTGTTTTTGATTGGGTAGTAGGGTGATGCGGATACAGCTTGGTGTTTGTGTTGCATCTTATGTTTTGGTCATAGGGGTAGTTTGTTGCTAGCTGTAGTGTTTGG : trnF(Phe)66 trnM(Met)64 3420 atp6(516) * 3440 * 3460 * 3480 * 3500 * 3520 * 3540 * 3560 * Phet-GX-C : TCTAGGCTCTCGTCTAGCTTATTTTAAAGCACTAGTTTGAAGAGCTGGGGAAATAATTGTTTATGGGGGAGAGGCTGGGGAGGTAAGTTAAGTTATAAACTGTATGGTTCATGCCCATATAATACATTTTGTCCTCCCCTATGAATATGACTCGCTTAAAAGGTGTTGGAAGGTTTTTGT : * 3620 * 3640 * 3660 * 3680 * 3700 * 3720 * 3740 Phet-GX-C : GAGGTCTGATAAGAGGCGGGGGTGGTGATTTTGTTTATCGTATCGTGTTATGTGGTCTGCTTTTTTGTTTTTTGAGCCTCCGTTTTCCTTATCTTTTTGGCTTGAGAGGATTTGGCTTGTTTCTTTTCTTCGTAATACTGCCCTTGTTTTTGTCTCTCTTTCTTTCTCGTCTCTTGGATG : 3580 * 3600 3600 * 3760 * 3780 3780 * 3800 * 3820 * 3840 * 3860 * 3880 * 3900 * 3920 * 3940 * 3960 Phet-GX-C : GTGGGGTTGTTTCGTTTTTCTCCTCGTTTGTGCCGGAGGGAACGCCTCTTTGAATTGCTCCATTCGTTTGTATGGCGGAAACTCTAAGTTATCTGGTCCGTCCGGTGGTTTTAATGATTCGTCCATTTGTTAATCTTTCCATGGGTGCGATGGGAGGCTATGTTTTGGGTTTGCTCAGGT : 3960 nad2(867) * Phet-GX-C : 3980 * 4000 * 4020 * 4040 * 4060 * 4080 * 4100 Phet-GX-C : TTCGCTTGGAGTGGGTGGCTTTTTTTTTGTTTCTCCTTTTTTTTTATGAGGTCTTTGTTGCGATTGTGCATTGATTTATAGTTTGTAACATTTTGTCTTTCTCCGAGGATCATTAGATGTGGGGGTATTTTTTGAGGTTGGTTAGCATAATGGGGGTGGTTTTTTTTTCTGTTTGTTTGT * 4160 * 4180 * 4200 * 4220 * 4240 * 4260 * 4280 * Phet-GX-C : TTTTAAGGGATAGCTTGGGATTGTTCTGGTTGTTTCTAGAATTGAGGACTTTGTCTCTGGTCCCGTCCTTTTTTTTACGTTTGGGGGGTGGTGTGTTGGAGGCTTTGTTTAATTATTTGGTTGTCTCGAGGATTTCTTCTTCTTTGATGATATGTGGGTTCTTGTATGACAGTCTGCTTT Phet-GX-C : Phet-GX-C : * 4120 * 4140 4140 4300 * 4340 * 4360 * 4380 * 4400 * 4420 * 4440 * 4320 4320 4500 * 4460 * 4480 * 4500 4640 * 4660 * 4680 4680 TTCTTTGTTTTTTGGGTTTGTTGGTAAAGTTTGGTGTTTTTCCGTTTCAGGGTTGAGTTTATAAGGTTTTGTTAAGGTCCGGTTGAGTCGTTGTGTGAGGTTTTTCTGTTTTTTTGAAGGTTCCTTTTTTGTTTATGTGCTTTTTTTTGGGCAGTGGTGGAAGACTTCTTTTGAAAGTGG * 4520 * 4540 * 4560 * 4580 * 4600 * 4620 * CCTGTGTCTTGTCTTTTTTTTTGTTGGGAGGGTTATTTTGGTGTTATAGGTTTAGTTGGTGTCATTGCTGATGTCATATGATGCTCTCGTCTAGTGCTGCGTTGATGGCTATGTCGGTTAGCGGTTCAGCGGACGTCTTATTCTATCTCTTTGTTGTTTATGGTTTTTGGAGTAGGGCTG * 4700 * 4720 * 4740 * 4760 * 4780 * 4800 * 4820 * 4840 TTGTGTTATTTCTTAGCCATCTCGAGGATATGGGTTTGACGGGAGTGGGGGCCTATTTTCTGTTTTTGATGTTGTTGGTTTCTTTGCCTATTTCTGTTTCTGTTTTTTACAAGGTGTGGATGGCGGTTGGAATCTATTTCTGCTATTTTCCGGTTTTTGTTGCGTGGTGTGTTTATAGTG * 4860 4860 trnV(Val)64 * 4880 * 4900 * 4920 * 4940 * 4960 * trnA(Ala)68 4980 * 5000 * 5020 * 5040 Phet-GX-C : TGTCGGAACAGTTGTTTTTGTTTAGGTGGCTTATTAAGGATAGTGTGGCGTGTGAAACTTATAGGGGCGTTTTGTTGGGGTAGTTGGCGAGATAGTTTAATTAAAAACGTCTATCTTACACGTAGGAGTTGATTTGGTGTCTATCGCCAGAATATGGGAATGGCATAGTTTAATCTTAGA : trnD(Asp)66 * Phet-GX-C : Phet-GX-C : Phet-GX-C : 5060 * 5080 * 5100 * 5120 * 5140 * 5040 nad1(906) 5160 * 5180 * 5200 * 5220 GATGGCTGCTCTGCAAGTAGCCGGTGAGGCTGGGCCTCTGCCGTTGGAAGGAGGGGAACGGTCTTAGTTTAGTCGTAGAATAGTAGCTTGTCGTGCTATAGGTGGGTTTAGTCTCAGGCTGTGATGGTTTCTTTGTTGGTGAGGAGGTATCTGTTTTTAAGGACGTTTCTTTCTTTTGGT * 5240 * 5260 * 5280 * 5300 * 5320 * 5340 * 5360 * 5380 * 5220 5400 TTGATTATGTTGTTTGTGGCCTTCTTTATTTTAGGGGAGCGTAAGGTGTTGGGATATATCCAGTTTCGGAAGGGGCCTAATAAGGTTGGTGTGAGGGGGTTGTTGCAGAGTTTTGCAGATCTTTTAAAGTTAGTGATAAAGTTGAAGGTTTCTTCTTTTCAGGGTCGTAGTTGACTTTCT * 5420 * 5440 * 5460 * 5480 * 5500 * 5520 * 5580 5540 Phet-GX-C : 5400 * 5560 * 5760 5580 TGATGGGGGGTGTATGCTTTGATATTTTTGGGAAGGCTTTACTGCGTTTTTTTTTCTCTTAGTCATTCTGGTTTAAGAAGAAGTAACAGTGCGCTTTGGTTGTTGGTGATAACTAGCATTACTGGTTATAGCTTATTGAGGGTTGGTTGAGGATCCTATAAAAAGTATGCTCTGCTAAGG Phet-GX-C : * 5600 * 5620 * 5640 * 5660 * 5680 * 5700 5940 * 5720 TGCTTGCGTTCTGCATTTGGTTCTATTACTTTTGAGGCGTGTTTCATGTGTGTTGTTCTTTTATTGGCTATTATTAGTGGCGTCTACTCGTTGGGCCCTTACTTGGAGCGCTCTTTTCTTGTTTTTTTAGTCTTGCCGTCTTGTTATGCTCTTTGGCTGGTTGGGATTTTGTGTGAGTGT * 5780 * 5800 * 5820 * 5840 * 5860 * 5880 * 5900 * 5920 AATCGTACACCTTTGGACTATGCGGAGGCTGAGAGAGAGCTTGTCAGTGGTTTGAATACGGAGTATTGCAATGTGCCGTTTACGTGTCTTTTCGCTTGTGAATACCTGATAATGTTTATTTTCTCTTGGTTAGGGGGTGTGATTTTTTGAGGAGGTGCTGGTGTGTTGATGTTGTCGGTT * * 5740 * 5760 5940 trnN(Asn)71 * 5960 * 5980 * 6000 * 6020 * 6040 * 6060 * 6080 * 6100 Phet-GX-C : CTTCATGTTGTTTTTTTTATTTGGTCTCGTGCTACGTTGCCGCGGATCCGTTATGATTATTTTGTTCGGTTTATGTGGAAGTGGGCTGTGTTGGTGCTTGTTTTTTCTTTTTTTTTGGTTTTGGTGTAGCGGGGTTGTGTAGATTATTTCTTTAAATCCTAAGGCTGTTAACCTTAAGAA : trnP(Pro)66 * 6120 6120 trnI(Ile)62 trnK(Lys)65 * 6140 * 6160 * 6180 * 6200 * 6220 * 6240 * 6260 * Phet-GX-C : GAATTTTGTTGATTCTGCGGCCGCAACAGAGTAGTCTAGTTTTGAGGATTCGAGTTTTGGGGACTTGGGGCCCCGTAAGGGCTTGTTGACATATTGCCGATTGGGCTGCGCTAGCAGGCTGCTGTGATATAGCGGTTGTAGGATTTTTCTTCGTCGGTAAATTTCTGAAAGTAGCTTATT : 6280 * 6300 6300 nad3(357) * 6320 * 6340 * 6360 * 6380 * 6400 * 6420 * 6440 * Phet-GX-C : TTTAAAGTTTGGGATTCTTACTCCTAGGATGTTGTTTTAACCTTTTGGGGTAATGGGGGTTTTGCTTTGTGGCGTGGGTTTAGGGGGTTTGCTTTTTTTTCTGGTTTGTGTGTTTCATGGCTTTTTTTGGAATGTTGGTGAGGGTTCTAGGTCTGGTCTTCGTTCTTGGGTAAGTTCTTT : * 6500 * 6520 * 6540 * 6560 * 6580 * 6600 * Phet-GX-C : TGAGTGTGGTTTTGTATCTCAGCGGGGGGTGGAGGATTATTTCAGACATACTTATTTTGTCTTGTTAGTTTTTTTTGTTATCTTCGATTTGGAGGTCTCTTTATTGTTAAAAATGCCTTTGCAGGGTGTTTTGTACAAGAATTTGGGTTTTTATGTCCTTTTTTTGCTTTTGTTAGCGCT : trnS1-AGN(Ser)60 6460 * 6480 6480 6620 * 6640 * 6660 6800 * 6820 * 6840 6660 trnW(Trp)68 * 6680 * 6700 * 6720 * 6740 * 6760 * 6780 * Phet-GX-C : TGGTTTTGGTGTAGAGATTTATAAGGGTTATGCTGAGTGGGAGTATTAGGGTTTTGAGAATTGGTTAGTTGTCGCTGCTAACGATGATTAGGGCATTTAATTTGTCCGGTTCTCTGTGAGAATGGTCTAGGTTATTTTTTTGACTGTCTGTTTTCAAAACAGAAGGGGGCTTTGTAAGCC : 6840 cox1(1536) * Phet-GX-C : 6860 * 6880 * 6900 * 6920 * 6940 * 6960 * 6980 * 7000 * 7020 GTCCGTTGGTTATGTTTACTTGGTTGTTTACTTTAGATCATAAGCGTATAGGTGTGATTTACATGGTCTTGGGTGTGTGGGGTGGATTTTTGGGGCTCTCTTTAAGGATGTTGATTCGCTTGAACTACTTAGATCCTTACTACAATATTGTTTCGTCGGAGGTTTACAATTACGTGATAA * 7040 * 7060 * 7080 * 7100 * 7120 * 7140 * 7020 7160 Phet-GX-C : * 7180 * 7200 7200 CGAATCATGGTGTTGCTATGATTTTTTTCTTTTTGATGCCTGTCTTGATAGGTGGTTTTGGTAATTATCTTCTTCCGTTGTTGTTAGGTATTCCTGACCTGAAACTTCCTCGTCTGAAAGCTCTTAGGGCTTGATTAATGCTTCCTTCGGCGGTTTGCCTTAGTGTGAGAATGTTAGGAG Phet-GX-C : Phet-GX-C : * 7220 * 7240 * Phet-GX-C : Phet-GX-C : Phet-GX-C : Phet-GX-C : Phet-GX-C : Phet-GX-C : * 7540 * 7940 * 7960 * 7980 * 8000 * 8020 * 8040 * 7900 * 7720 * 7740 8280 rrnL(974) * 8080 * 8100 8460 8640 8820 trnT(Thr)64 8300 * 8320 * 9000 8340 * 8360 * 8380 * 8400 * 8420 * 8440 * 8460 TTGTTGGTGTTTGGGGTACTAAAGCCCTGGTTATGAATGCTTTAGTTACTCCAGTCCCCCATCATAGTGTTTATATCAGTGGGCCGTCTCGTTGGCTTTCTTTTTAGGAAGTGTAGTTTATCTCAGAATGCTGTTTTTGTAAAGCAGTGGTGTGATCTTGTCGACTTCTTTGGTTTTGAG * 8480 * 8500 * 8520 * 8540 * 8560 * 8580 * 9180 8600 * 8620 * GCCGTAGTCTAGTTCTTGTGTTTAGTAGGTGTCGTACCTTTTGCATCATGATTCTTTGAGGGGGTTTAATTATCTTATTATTCCGAAAGGTAGCGATTTAAATCTGTCTTGTTTTAGGGCTTAGGGGTTAGCGGGTAGCTAATCTTTAGAGATGGGTTTGGAGGCGATAAGTAATGCGTG * 8660 * 8680 * 8700 * 8720 * 8740 * 8760 * 8780 * CTACTTTATAGCTGATTGTTGAGTGTTTTTTGTTTTAACTTCGTTGCTTGGATGTGGCGAGGTGTTTAAGAGAGTTTATGGGGGTAGACAGAGGCGGGGTTAAAAGTACCCTGTTTTAGTTTCGTGTTATAACGATCGTCTTCTCTAGGTCCTCTTTAGTTTAGCGCTTGACTTATTTTA * 8840 * 8860 * 8880 * 8900 * 8920 * 8940 * 8960 ACAGTGTTTTGAAGTATGGGGGGATAAGTAGTTTAAATGGTTTCTTTCTTTCTCGAAGCTCTCCGGTCTGTTTCTTAAAAACATTTCCATCATCTTGTGAAGTTTTGATGGTAGTGCCTGCTCGATGTTTTAATAAATGGCCGCAGTATTTTGACTGTGCTAAGGTAGCATAATTAGTTG * 9020 * 9040 * 9060 * 9080 * 9100 * 9120 * * 9140 8980 * 8800 * 9000 * 9160 * 9180 9500 * TGAGCCAGGTCGGTTCTTATCTTTTATTGTTGCGGTTTCGTACGAAAGGAGCATCCGTAGTTTAGGTTGGGTGGGATATGTGTCTTGCATAGTTTACTCTGCAAAGGTGAATTGGGCCTTTTGCCCCCACCCTGGTTCAATTTAATTCTGGTTGTGG bAAGAGATGTTAATCAGTGCTACA : 9540 9520 * 9540 * 9560 * 9580 * 9600 * 9620 * 9640 * 9660 * 9680 TAGGTTCTGTTTTGAGGTCAAAACCAATAGATTTTTGGTAGTTGAGCCTAGTGGTTGGGTCTTGGTTTTTGAGGTAACTCAGATTGGGCTGTTTTAATTGGGGTGGATAGTTCGCAGTGCCAGCATCCGCGGTTATTCTGTTAATCCCCTCTTCTGTTTGGTTTAAATGTTTTGTAGGGT : 9720 * 9740 * 9760 * 9780 * 9800 * 9820 * 9840 * 9860 * 9880 * 9900 ATTCTGACTTTTGGGTAGAATTCTTGTCTTGTTGAGATATGCCTACATTTCTTGGAGTGTTTTTTTAGGAAAAGGATTAGAGACCCTTGTACTAGGTGGAGTATTTTGTGTCCATGGTGTAAACTAAAAGGATTTGGCAGCCGACGAGGTTCTTCCGGGGGAGTGTGTGGTTTAAGAGAT : 9900 * 9920 * 9940 * 9960 * 9980 * 10000 * 10020 * 10040 9700 * 9720 10060 * 10080 CCTTATAATTGAAGGATTGTTTGAATGGTTTGACTAGGGGGGTGTTTTAGATGGGGGCTATTGTTGAAATTAGGTGGCCGGTGCAGATCCCGGTGTTTTTTAATTAGACGGAAAGACCCCGAGAGCTTTAACATTTTTGTTTTACTTGGGGCAAGGGCATATGCTTCATATGCTTTTGGA * 9200 * 9220 * 9240 * 9260 * 9280 * 9300 * 9320 * 9340 * 9360 TCCTTTGGGAAAGAGGTTTAGTTACCTCGGGGATAACTAGGTAAGAGACGAGGAGAGGTCTTATCGATTTGTCTGTTTGCTATCTCGATGTTGACTTAGGGTTAGCATGGGGGTGTAGGAGCTCTTATGTTAGGGTCTGTTCGACCGTAGTTCCCTTCATGAGTTGAGTTAAGACCGGCG trnC(Cys)65 * Phet-GX-C : Phet-GX-C : Phet-GX-C : 8100 7920 * 8060 TTTTGGATAGTCTGTTACATGATACCTGGTTTGTTGTTGCCCACTTTCACTATGTTCTATCTCTGGGATCTTATAGAACTGTGGTGATATCGCTCTTGTGATGATGGCCGGTTGTCACCGGGTTTAGCTTGAATAAGTATTTGTTGCAGGGTCACTGGGTGGCATCGATGGTGGGGTTTA * 8120 * 8140 * 8160 * 8180 * 8200 * 8220 * 8240 * 8260 * 8280 ATCTGTGTTTTTTCCCTATGCATTATCTTGGGGCTTATGGTCTTCCTCGGCGGGTGTGTAACTATGAGCCTGCTTTTCAGTGGCTAAACAATGTTTCTTCTGTTGGTGCCTTGGTTTCTGTGGTTAGGGCCTTTTTTTTGGTTTTTATTCTATGGGAGTCTTTGGTTGTGGGTAATCGTG * 9380 * 9400 * 9420 * 9440 * 9460 * 9480 7740 7920 * TGTATGTTTTAATTTTGCCTGGATTTGGTGTTGTGAGACATATCTGCATGACTTTGACTAATAAAGATTCTTTGTTTGGTTATTATGGCTTGGTTTTTGCCATGGGGGCTATTGTGTGTTTGGGGAGGGTTGTTTGAGCGCACCATATGTTTATGGTTGGTTTAGATGTTAAGACTGCTG * 7760 * 7780 * 7800 * 7820 * 7840 * 7860 * 7880 TTTTTTTTAGTTCTGTTACTGGGGTGATTGGGATTCCCACAGGGATTAAGGTTTTTTCTTGGTTGTTTATGTTGGGGGGCACTCGTTTACGGTTTTGAGATCCGGTGGTTTGGTGAATTTTAGGCTTTATTTTTCTTTTTACTATTGGTGGTGTAACTGGGATTATTTTGTCTTCTTCTA Phet-GX-C : Phet-GX-C : 7560 TAATTGTTTGGGCCTATCTTTTTACGTCTATCTTGTTGCTTCTTTCTTTGCCAGTGCTTGCTGCTGCGATTACCATGCTTTTGTTTGATCGAAAATTTAGTTCTGCTTTTTTTGACCCCCTTGGCGGCGGGGATCCTGTTTTATTTCAACACCTTTTTTGGTTTTTTGGCCATCCGGAGG * 7580 * 7600 * 7620 * 7640 * 7660 * 7680 * 7700 * Phet-GX-C : 7560 7520 Phet-GX-C : Phet-GX-C : 7380 7260 * 7280 * 7300 * 7320 * 7340 * 7360 * 7380 GTGCGGGAGTGGGGTGAACTTTTTATCCTCCTCTTTCGGGTGGTGATTATTCTGGTTGGGGTACGGATTTTTTGATGTTTTCTCTTCATTTGGCTGGTCTTTCTAGTCTTTTTGGTTCGTTGAAATTTATTTGTACTATCGTCAGGGCATTGTGTGAGCATACTGTGGGTCGGAGGTCTA * 7400 * 7420 * 7440 * 7460 * 7480 * 7500 * rrnS(737) * AGTCCGCTTAGGATCTTGCCGCCGCTATTAGTTAGTGTATATCCGGTTTAAGATTCGTGATTTGTGTCATTGAGTGTCATTTTATTTTAATTGAATCCAGGTCAATGTGCTGCTTATGCGGTGGTGCTTATGCACTACTTTTAAAAGGTTCCTTGGTGTAATCTGGGGAGGTTTAGGACT : 10080 cox2(600) * * 8820 8640 9360 * 10100 * 10120 * 10140 * 10160 * 10180 * 10200 * 10220 Phet-GX-C : CGGAAGTAGGTGGATTGAGGTTTGTTCTATCGAATGTTGGATTTAGTTGGGGTACATACCGCCCGTCACCCAGGGTGTTAACTGTGGTAAGTCGTAACATGGTAATGTTGGGGGAACCGGACATTAGTTGGTATGGCTCGTTTTAGGGCGTGCCTATGTACGTGTATACGCCTCTGTATT * Phet-GX-C : ATTTGGGTTGTTTGGGTAATGATTTAATCTTAAAGACGCGTGGTCTGGTTAAGGTGATTGGTCGTCAGTGGTATTGGAGTTATGACCTAAAAGATGGTCAGGGGTTATACGATTCTGTGATGAGAGATTTTATCGATGGGGTAGATAAGCCTTTGCGTGTTTATGCGGATACCCCTTATA * 10640 * 10660 * 10680 * 10700 * 10720 * 10740 * 10760 * 10780 Phet-GX-C : ATCTTTCGATAACGTCTAGAGATGTCATCCATTCTTTTGCCCTTCCTGTTGTTAACTTGAAGGTTGATGCAATACCGGGACGCTTGAATAAAACTTTTTTCTGTATGAACCATGTTGGTATTTTTGTTGGTTACTGTAGAGAGTTGTGTGGTGCAGGGCATGCATACATGCCTATAGTGG 10240 * 10260 : 10260 * 10280 * 10300 * 10320 * 10340 * 10360 * 10380 * 10400 * Phet-GX-C : CTGAGATGGTGGGTTATATTTCTTTCTTGTCCGCTTTTATTCCTATCTGGGTTTTTCTGGTTTTGGGTTGGCAGCTGTGTAGTAGGTATGGGACCGCGGCGCTTCGTAATGAGAGGGATTTGTTAGAATTTTTTTGGACGGTTGTTCCGAGGGTTTGCGTAGGGTTTCTCTGTTTTTTGA * 10460 * 10480 * 10500 * 10520 * 10540 * 10560 * 10580 10420 * 10440 : 10440 * 10600 * 10620 : 10620 * 10800 : 10800 nad6(453) * 10820 * 10840 * 10860 * 10880 * 10900 * 10920 * 10940 Phet-GX-C : TGGAGGCTGTTGAAAAGGCCTTTATTAAGGATTAGGTGAAGAGTTTTCTTTTAAGTCTCTATTTTTCGAGATTGGTTGGGTTTTCTTTCGTCGGCCATCCGGTGGTTTATTGTATTCTCTTGTTGGCGAGTGCTTTAAGAATTAGTGGGTATTTATACCTTGTGTTAGGTATGTCGTGGT : 10980 * 11000 * 11020 * 11040 * 11060 * 11080 * 11100 * 11120 Phet-GX-C : ATTTAGCATTGTTTTGTTTGGTCTATGTTGGTGGTATTTATGTCCTATTCATTTTCGTCTCCGTGCATATCTCTAATCCTATGCCCGCAAGGGGTAGGAGGGGGTTTGTGTTTTTGGCAACGCTGGGATTATTTTTGCTATTTTTGGGGAGAGGTCTTGATCGCAAAGTTATGGGATTTT : 11160 * 10960 * * 11140 * 10980 11160 trnY(Tyr)63 * 11180 * 11200 * 11220 * 11240 * 11260 * 11280 * 11300 * 11320 * 11340 Phet-GX-C : GTGAGGAAAGTCATTACCTGTGTTCCTATTATGAAGGATTTTCCTATTGTTTATTTTGCTTGGTCCTGATGATCGGTTTTGTTGGTGTCAGCATCGTTTCGGGTGAGAAGGATTCCTTTTTTCGTTAAGCTCGCCGGCTTAGTATATTTTTGAGTGCGTGAGATTGTAAATCTTGAGGGG : 11340 trnL1-CUN-66 * 11360 * 11380 trnS2-UCN-63 * 11400 * 11420 * 11440 trnL2-TAA-65 * 11460 * 11480 * 11500 * 11520 10 Phet-GX-C : GTTTTCCAGTCGGAAGTTGGGACATTAAGAGTGCCAGATAAAATGGGTTTGATTTAGGATTAAATGATGGCTGTTTTTTGCCCTCTTGCGGGCAAGGGGTTCCAGGAGGAATTTGAAATTCTTTCTTTCGTTTAGTTAACGATGCCCGCTTGTATGTTTGTTTAAAAGGGCACACGGGTG : 11520 trnR(Arg)67 * 11540 * 11560 * 11580 * 11600 * nad5(1578) 11620 * 11640 * 11660 * 11680 Phet-GX-C : CCAGATAAAATGGGTTGGTTTTAAGCATCAAATATGAGGATTTTCTTCCCCGTGTGGTCTGATATCCTGAACACGGGATTACGTTTCGGCCGTAATTGTGAGCAATGTTGTTGTTCTATCAGAGGTGTTGGGGTTGAGGATGATGTTGGTTTTAGGGATGCTGGTTTTCTGGGGGAGTAA * 11720 * 11740 * 11760 * 11780 * 11800 * 11820 * * 11700 : 11700 11840 * 11860 * 11880 Phet-GX-C : ATGAAGGGGCCTGGAAGCCTCTGTAAAACTTTGGAGATATTGTTGGAAGGAGGGTAGAGAGTTATTGGTGTTTGATGAGGTTAGTTTGATTTGTTTTTTCATGCTTTTTTGTTGTGGCAGACTTGCCCTTTTATACTGCTACCACTACTTAGGGGTTTCTTTGGAGGGAGAGCGTCTATT * 11900 * 11920 * 11940 * 11960 * 11980 * 12000 * 12020 * 12040 * 12060 Phet-GX-C : CCCACTGATGGTTTGGTTTCTGGGCGTGATGGGTATTTTAATTTTTAGCGGTAGTCTCGTTTTTTCGTTAGTTTTATGAGAATACCTGGGATTGGTAAGATTTCTGTTGATTTTGTTTTATTCCAACAGGAGTAGCGCCCGGGCTGCCCTTGTAACTTTGTTTGCATCTCGATTCGGCGA * 12080 * 12100 * 12120 * 12140 * 12160 * 12180 * Phet-GX-C : TGTTTCGCTGTTTATGCTAATTCTTTGATGTGGTGTGTGGTGAGGGAATAGGGGTTTCCTTTTTTTCTTTTTTTTTCTCCTCGTTGTTTTGACTAAGAGTGCGGCGTATCCTTTTATTTCTTGACTTTTGGAGGCCATGCGTGCTCCGACCCCGGTGAGCTCTCTTGTGCATTCTTCTAC * 12260 * 12280 * 12300 * 12320 * 12340 * 12360 * 12380 * 12400 Phet-GX-C : TCTTGTTGCTGCCGGGGTTTGGTTTCTTTTGCGTTATCAGGGGTCTGTTGATTCTGTAGTGAGTGGGGTGTTGTGTTTGGTTTGTATCTTGACGATTGTTGTGAGTGGCGTTTGTGCGTCTCTTTTTAAAGATTTAAAGAAGGTGGTTGCGCTGTCTACGTGTAATAACATTTCTTGGTG * 12440 * 12460 * 12480 * 12500 * 12520 * 12540 * : 11880 : 12060 12200 * * 12240 : 12240 * 12420 : 12420 12560 * Phet-GX-C : TGTGATTTTTTTTGTTTGTGGGGATTTGGCTCTTTGTTTGTTGCAACTTTTAACTCATGGGGTTTGTAAGTGCTATCTTTTTATGTCTGTGGGGGATCTTATGTCTCAGTCTGGTGGGAGCCAGAGGTCTGTAGGTGTTTATGGCTCTCGTTATACGGGGGTGTTTGGTCCTTTTTTGCA * 12620 * 12640 * 12660 * 12680 * 12700 * 12720 * 12740 Phet-GX-C : AAGTATTTTGATCTTTTCTTTGTCTGGTTTACCGTTTATGGGTGTCTTTTTTAGGAAGCATGGTCTTTTTTCGGTTGTTTCCTATTGTTATGGGGTTGGGTTTGTGCTGGTTTTTTGGTTGGCTTTTTTCCTGACCTATGTTTACTCTGTTCGTTTAAGGTTATTGCTGTTGAAGAGTTT * 12800 * 12820 * 12840 * 12860 * 12880 * 12900 * 12920 * 12940 Phet-GX-C : TAGTGGATTGTCCAGGGGTTATTCTAGAGCGTTTTTTTGCATAGGGGGTTTATGTCTGTTAGGGATTTTTTTGAATTGGATGGGTTTAGTTTTGTTTGATGAGAGGTTCGGGCTAAATGTCTGGTGGAGAATTATTATGCTTTTGGTTCAGGGTCTAGGTTGTTTGTTTGGTTGAATTCT * 12980 * 13000 * 13020 * 13040 * 13060 * 13080 * Phet-GX-C : GTTTAGTGGTGTGGGGGGTTTTAGATGGGGGATTATTTGAAGTTCTTTATTGTGGGGTAGAGATTGTTTGGTAAGGGCGTTTTATGCTGTTTTTTTGGGTTTATCGGAGGTGGCGGTGCTTTCTTTTTATCGTTGGGAGCTTTATGGTTTGGGGCTTGTTCCGGCAGGAGGCGGTTTTTT 12220 12580 * 12600 : 12600 * 12760 * 12780 * 13140 : 12780 * 12960 : 12960 13100 * 13120 : 13140 trnG(Gly)68 * 13160 * 13180 * 13200 * 13220 * 13240 * 13260 * 13280 * 13300 * Phet-GX-C : TAGAAAGGTTTTTACTTCTTTGAAATTACTGGTATTGGGGGTGGTTTTTGTTGTCTTCTTATTTTCCTTGTCTTTCTGTTAGTTAGGGTGCGTGTTAGTAGTATAAGGTTAGAGTATTCTGTCTTTCCAAGTCAGAGGTCCGTTTATTTGGTTAACATATGTTGGGTGGTTTGAAGCGAT : 13320 13320 trnE(Glu)66 * 13340 * 13360 * 13380 * 13400 * 13420 * 13440 * 13460 * 13480 Phet-GX-C : GGGGCCGTTTTAGCTTTGTTGTGTCGGTTAGGTGTAGGAGATGCATGTTAATTTTTCGTGTTAGAGGTAGTTTTAAAGTTATCCGACATCGGGTGTAAAATTTTTTGTAAGGGGGGGGTGTTGTGAAAAGTTTTTTTTTTGAGAATTTGCAGCTTTTTTCGGGTGTACTTGAGATGGCTT : 13500 * 13520 * 13540 * 13560 * 13580 * 13600 * 13620 * 13640 Phet-GX-C : TTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAAGAGACAGGTGCATTCTTTAATCCTATGCCCGCAAGGGGTAGGAGCTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAAGAGACAGGTCTGGGGTTTATTACTAATATTGGGAGGACCTAGAGAAGAGAGATGGTTTGTGTTGGTTTATGCCA : 13680 * 13700 * 13720 * 13740 * 13760 * 13780 * 13800 * 13820 * 13840 * 13860 * * 13500 13660 * 13680 Phet-GX-C : GGTCTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAATAGTCTTTCTTATCCCGAGCCTCTGTGTGGGGGGTGCGAGAAGGTATGTCTGGGGTTTATTACTAATATTGGGAGGACCTAGAGAAGAGAGATGGTTTGGGGGGACTATAGGGGGGCCGTAGGAGATATCTAACATATTTCCCCGC : 13860 * 13880 * 13900 * 13920 13927 bp ======================================= Phet-GX-C : CGTGCTGTGTTTGAGTCTTAGTGTGTTTGGTGGGCGAGTTGGGGCGTTCGAGTGATGTGACTAGGAG : ĐƠN VỊ MÃ HĨA RIBOSOME Hình PL3 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome loài Paragonimus heterotremus của Việt Nam (chủng Phet-LC-VN), thiếu IGS (7 661 bp; ITS1 chứa 7 TRU) 18S (1977) * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120 * 140 * 160 * 180 =PhD3-TUco : AACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACATACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC * 200 * 220 * 240 * 260 * 280 * 300 * 320 * 340 =PhD3-TUco : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGTGGCTTCGGCTGCTTCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCACTGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTACGATGGTAGGTGACCTGCCTA * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * 480 * =PhD3-TUco : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA * 560 * 580 * 600 * 620 * 640 * 660 * 180 * 360 360 500 * 520 * 540 540 680 =PhD3-TUco : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTTTG * 740 * 760 * 780 * 800 * 820 * 840 * 860 * 880 =PhD3-TUco : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGTTTTGCAGGTGCTGACTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTTCCAGATGCCTTTAAACGGGTGTCGGGGGCGGACGGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG * 920 * 940 * 960 * 980 * 1000 * 1020 * * * 700 * 720 720 900 900 1040 * 1060 * 1080 1400 * 1420 * 1440 =PhD3-TUco : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCGAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA * 1100 * 1120 * 1140 * 1160 * 1180 * 1200 * 1220 * 1240 * 1260 =PhD3-TUco : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC * 1280 * 1300 * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 * =PhD3-TUco : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAACGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG * 1460 * 1480 * 1500 * 1520 * 1540 * 1560 * 1580 * 1600 =PhD3-TUco : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCTCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCcTCTTCGGGGGTGGTGGCGTTGTTCGCCGGCGGGTGCTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT * 1640 * 1660 * 1680 * 1700 * 1720 * 1740 * =PhD3-TUco : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTTCAAGTCATAAGCTTGCGATGATTACGTCCCTGCCCT : 1080 : 1260 : 1440 * 1620 : 1620 1760 * 1780 * 1800 : 1800 ITS1 (1371) * 1820 * 1840 * 1860 * 1880 * 1900 * 1920 * 1940 =PhD3-TUco : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGTTTCGGCAGCTCGACCGGCGCTGAGAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACA : 1980 Int seq * 1960 * 1980 (75) * 2000 * 2020 * 2040 * TRU12060 * 2080 * 2100 * 2120 * 2140 * 2160 =PhD3-TUco : GAATTCCCAAAATTCAAAATGCCTCAATGAGCATATGGGCAAGTATTCTCCACGGGTAGTCATACTCGTTAAATGCAGCCTCGTCTGCCTCAGGTGGAGCGTCTCTCCTCTGCCATTTGATTCGACTGTGCCTGGCACACTCGTGTGCCTACGTACAGTTAGATCTTTTCCGATGAGCCT : 2160 * 2180TRU2 * 2200 * 2220 * 2240 * 2260 * 2280 * 2300TRU3 =PhD3-TUco : TCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCAGGTGGAGCGTCTCTCCTCTGCCATTTGATTCGACTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTAGATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCAGGTGGAGCGTCTCTCCTCTGCCATTT * 2360 * 2380 * 2400 * 2420TRU4 * 2440 * 2460 * 2480 * 2500 * 2520 =PhD3-TUco : GATTCGACTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTGGATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCAGGTGGAGCGTCTCTCCTCTGCCATTTGATTCGACTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTAGATCTTTTCCGATGAG * 2540TRU5 * 2560 * 2580 * 2600 * 2620 * 2640 * 2660TRU6 * 2320 * 2340 * 2680 * 2700 : 2340 : 2520 =PhD3-TUco : CCTTCGGGTTTGtTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCAGGTGGAGCGTCTCTCCTCTGCCATTTGATTCGACTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTAGATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCAGGTGGAGCGTCTCTCCTCTGCCA * 2720 * 2740 * 2760 * 2780TRU7 * 2800 * 2820 * 2840 * 2860 * 2880 =PhD3-TUco : TTTGATTCGACTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTGGATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCAGGTGGAGCGTCTCTCCTCTGCCATTTGATTCGACTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTGGATCTTTTCCGAT : 2700 : 2880 Int * 2900TRU7 * 2920 * 2940 * 2960 * 2980 * 3000 * 3020 * =PhD3-TUco : GAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCAGGTGGAGCGTCTCTCCTCTGCCATTTGATTCGACTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTATGCTTGCAGCAGGGTGCCTACCCGTCTGATGCTCTTTGATTTGCTTGCCATTTTCGGATGGTCAGTCCATCT : 3060 seq 3040 * 3080 * 3100 * 3120 * 3140 * 3160 * 3180 * 3200 * 3220 * =PhD3-TUco : CGGGAGTGACGGGTTGTGCTGTCCTCATAGACAGCGCTAGGCTTAATGAGTGGTAAGGCATATTGAGCTACGGCTCGACCACCGCCCTGTTTTGTTTCAATTTATGCCATTTTACACTGTTCAAGTGGTTCAGGTCGGCCTGTCTGACTTGGTCCATTGCCCGACATGCACCCGGTCCCG : 3240 (349bp) * 3060 3240 8S (160) * 3260 * 3280 * 3300 * 3320 * 3340 * 3360 * 3380 * 3400 * =PhD3-TUco : TACTGGACTGCATGTACAGTCGCCTGGCGGTGCCTTATCCCGGGCTTGACTGGTTAACCATACATCGTTCGTCTGGGTGACCGGATGTTCGGTGTGAGTACAACTCTGTGCGGTGGATCACTCGGCTCGTGTGTCGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGTGAACTGCATAC : 3420 3420 ITS2 (283) * 3440 * 3460 * 3480 * 3500 * 3520 * 3540 * 3560 * 3580 * 3600 =PhD3-TUco : TGCTTTGAACATCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCCTGTCCGAGGGTCGGCTTATAAACTATCGCGACGCCCAAAAAGTCGCGGCTTGGGTTTTGCCAGCTGGCGTGATTTCCCCAACGTGGCCTTGTGTCTGTGGGGTGCCAGATCTGTGGCGT : 3600 * 3620 * 3640 * 3660 * 3680 * 3700 * 3720 * 3740 * 3760 * 3780 =PhD3-TUco : TTCCCTAACAAATCCGGGCGTATCCATGTTGTGGCTGAAAGCCTTGATGGGGATGTGGCAACGGAGTCGTGGCTCAGTGAATGATTTATGTGCACGTTCCGCTGTCCCGTCATCATCTATGGTTGAAGTTGCGCGTGGTGTGTCCGATGCTGACCTATATATGTGCCATGTGGCTCATTT : 3780 28S (3881) * 3800 * 3820 * 3840 * 3860 * 3880 * 3900 * =PhD3-TUco : TCCTGACCTCGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTGAGTAACGGCGAGTGAACAGGGAAAAGCCCAGCACCGAAGCCTGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTACT 3920 * 3940 * 3960 * 3980 * 4000 * 4020 * 4040 * 4060 * 4080 * 4100 * 4120 * 4140 =PhD3-TUco : GCTCCACCCTAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCAC * 4160 * 4180 * 4200 * 4220 * 4240 * 4260 * =PhD3-TUco : GAGTCCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGTAAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAGTTGAACTGCAAGCTTTGAGGATTCAGCTGGTGAGTGTGGTTTGGGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGAGGTCTGTGTAGC * 4340 * 4360 * 4380 * 4400 * 4420 * 4440 * 4460 * 4480 * 4500 4280 * 4300 * 4320 =PhD3-TUco : AGCAGGTCTCTGCCCTCGGGTAGGGATGCGCGATACACTTATCAAGTGTTGTGCGCCTCTTTGTTTATCGGGCCAATTTGCCAGTGCACTTTCTCAGAGTGTTCACCACGACCGGCACTGCTGTCTGACTACTGTGGTTAAACCGGACTTACAGAGCACTTGTGGCTTTGTATGGCCGGG * 4520 * 4540 * 4560 * 4580 * 4600 * 4620 * =PhD3-TUco : AAGGCAGGTAGCTCGTTGGCTAGCTTGTGGTTTACTGCAGGCGTTTGGTTTTCGAGTGTAATTAGCTGACCACGATTGTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTGTGGTACTTGCGTGCGTGCCGGTCCTGCTGGCGTGTTCGGGTTTGGTTGCCATGTTGCTTGTGAATGCAGGC 4640 * 4660 : 3960 : 4140 : 4320 : 4500 * 4680 : 4680 * 4700 * 4720 * 4740 * 4760 * 4780 * 4800 * 4820 =PhD3-TUco : CTGGTGATAGCTCGGATTCGTTTGGTTGGCGGTTGCGTATGTGATACCGTTAAGGGCCAACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGACTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGAGTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGCGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGG * 4880 * 4900 * 4920 * 4940 * 4960 * 4980 * 5000 * =PhD3-TUco : CCTGGCTTGTCTAGGCTGAGGTGAGATCCTGTCGTTTTCACGCATGGTACCGCCAAGCAACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAGTCTTCGGACCAGTGCACCGTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCT * 5060 * 5080 * 5100 * 5120 * 5140 * 5160 * 5180 * 4840 * 4860 : 4860 5020 * 5040 : 5040 * 5200 * 5220 * 5560 * 5580 =PhD3-TUco : TGCGCAGGTTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAATAAACAGTTTTATCCGGTAA * 5240 * 5260 * 5280 * 5300 * 5320 * 5340 * 5360 * 5380 * 5400 =PhD3-TUco : AGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAA * 5420 * 5440 * 5460 * 5480 * 5500 * 5520 * =PhD3-TUco : CGCGACGCTCATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGAGTCGG * 5600 * 5620 * 5640 * 5660 * 5680 * 5700 * 5720 * 5740 * 5760 =PhD3-TUco : TAATGTGTGGTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAGGAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAG * 5780 * 5800 * 5820 * 5840 * 5860 * 5880 * : 5220 : 5400 5540 : 5580 : 5760 5900 * 5920 =PhD3-TUco : GGTTCCATGGGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTCGGTACAGAGACGGGGTGCCTGACATTGTCAGTATTGCTGCTCGTATTGTTGCAAGGCAGCCCCCTGTAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTACAT * 5960 * 5980 * 6000 * 6020 * 6040 * 6060 * 6080 =PhD3-TUco : TCCGGTCTTGTACTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGGCAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCACCATCCCCTGGAATCGGGTTGTCCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAAC =PhD3-TUco : TGCTTCCTTCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGATCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGG * 6680 * 6700 * 6720 * 6740 * 6760 * 6780 * =PhD3-TUco : GAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGA * 6860 * 6880 * 6900 * 6920 * 6940 * 6960 * 6980 * 7000 * 7020 =PhD3-TUco : CTTTGTGAGGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGGTCTTTCGGGATTTGGCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATCGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTGCCAATTTTGGTTCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTC * 7040 * 7060 * 7080 * 7100 * 7120 * 7140 * =PhD3-TUco : ATGTCAGATGAGCCGTGGTTTTCGGCTGCGGTGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACCCGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCCAAGGTAAGCTCAGCCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAA * 7220 * 7240 * 7260 * 7280 * 7300 * 7320 * 7340 =PhD3-TUco : AAGCTTACTTGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCG * 7400 * 7420 * 7440 * 7460 * 7480 * 7500 * 7520 =PhD3-TUco : GCTCTCCCTAGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAGTACAATGAAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGG * 7580 * 7600 * 7620 * 7640 * 7660 6100 * 6120 : 6120 * 6280 * 6300 : 6300 6440 * 6460 * 6480 * 6820 * 6840 : 6480 6660 : 6660 6800 : 6840 : 7020 7160 * 7180 * 7200 : 7200 * 7360 * 7380 : 7380 * 7540 7661 bp ///-IGS-/// ======================================= =PhD3-TUco : AACCGCAGGTTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCTACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : 5940 : 5940 * 6140 * 6160 * 6180 * 6200 * 6220 * 6240 * 6260 =PhD3-TUco : GCTCTTGTCGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTAAGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAA * 6320 * 6340 * 6360 * 6380 * 6400 * 6420 * =PhD3-TUco : ATGGGCTGGGATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGAGGCTGGTTTTTCTGTTGCTCTGTTCGCTTCGGTGGATGGGGTTGATGGGGTTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGACGATCTCAGCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCATCGTGCGTGGGAAACCGCGTGCGTCTGTGGCCT * 6500 * 6520 * 6540 * 6560 * 6580 * 6600 * 6620 * 6640 * * * * 7560 : 7560 11 Hình PL3 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome (rTU) loài Paragonimus ohirai của Nhật Bản (Pohi-Kino-JP), thiếu IGS (7 422 bp; ITS1 chứa 5,7 TRU) 18S (1977) * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120 * Pohi-Kino- : AACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACATACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC * 200 * 220 * 240 * 260 * 280 * 300 140 * 160 * 180 320 * 340 * 360 180 * Pohi-Kino- : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGCGGCCTCGGCTGCTTCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCACTGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTACGATGGTAGGTGACCTGCCTA * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * 480 * 500 * 520 Pohi-Kino- : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA * 560 * 580 * 600 * 620 * 640 * 660 * * 360 540 540 720 680 * 700 * 720 900 Pohi-Kino- : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTTTG * 740 * 760 * 780 * 800 * 820 * 840 * 860 * 880 * 900 Pohi-Kino- : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGTTTTGCAGGTGCCGGCTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTTCCAGATGCCTTTAAACGGGTGTCGGGGGCGGACGGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG * 920 * 940 * 960 * 980 * 1000 * 1020 * Pohi-Kino- : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCGAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA * 1100 * 1120 * 1140 * 1160 * 1180 * 1200 * 1220 * Pohi-Kino- : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGgAAGTATGGTtGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATGGACGGAAGGGC * 1280 * 1300 * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 * Pohi-Kino- : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATGGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG * 1460 * 1480 * 1500 * 1520 * 1540 * 1560 * Pohi-Kino- : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCCCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCCTCTTCGGGGGTGGTGGTGTCGTTCACCGGCGGGTGCTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT 1040 * 1060 * 1080 : 1080 1240 * 1260 : 1260 1400 * 1420 * 1440 : 1440 1580 * 1600 * 1620 : 1620 * 1640 * 1660 * 1680 * 1700 * 1720 * 1740 * 1760 * 1780 Pohi-Kino- : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCT * 1800 : 1800 ITS1 (1119) * 1820 * 1840 * 1860 * 1880 * 1900 * 1920 * 1940 * 1960 * 1980 * 2320 * 2340 * 2680 * Pohi-Kino- : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGTTTCGGCAGCTCGACCGGCGCTGAGAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACA : 1980 Int seq (77) * 2000 * 2020 * 2040 * 2060TRU1 * 2080 * 2100 * 2120 * 2140 Pohi-Kino- : GAATTCCCTAAATTAAAAGTGCCTAGATGGGCAAATGGGCAAGTGTTTTCTAAGCGAGTAGTCATACTCGCTAAATGTAGCCTCGGCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGC * 2180TRU2 * 2200 * 2220 * 2240 * 2260 * 2280 * 2300TRU3 * 2160 : 2160 Pohi-Kino- : CTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGTGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCAT * 2360 * 2380 * 2400 * 2420TRU4 * 2440 * 2460 * 2480 * 2500 * 2520 Pohi-Kino- : TCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATG * 2540TRU5 * 2560 * 2580 * 2600 * 2620 * 2640 * 2660TRU5 Pohi-Kino- : AGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGC Int seq : 2340 : 2520 2700 : 2700 (349bp) * 2720 * 2740 * 2760 * 2780 * 2800 * 2820 * 2840 * 2860 Pohi-Kino- : CATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGCGCCTACGCACAGTCATGCTTTCAGCAGGGTGCCTATCCGTCTGATGCTCTTTGTTTTGCTTGCCATCTTCGGATGGTCAGTCCATCTCGGGAGTGACGGGTTGTACTGTCTTCATAGATAGTGCTAGGCTTAATGAGTGGTGAGGCA : 2880 * 2900 * 2920 * 2940 * 2960 * 2980 * 3000 * 3020 Pohi-Kino- : TACTGAGCTACGGCTCGGCCACCGCCCTGTTTGTTTCAATTTATGCCGTTTCACACTGTTCAAGTGGTTCGGGTCATCCTGTTTGGCCTGTTCCATTGCCCGACATGCACCCGGTCCCGTACTGGACTGCATGTACAGTCGCCTGGCGGTGCCTTATCCCGGGCTCGACTGGTTAACCAT : 3060 * 2880 * 3040 * 3220 * 3060 8S (160) * 3080 * 3100 * 3120 * 3140 * 3160 * 3180 * 3200 Pohi-Kino- : ACGTCGTTCGTCCGGGTGACCGAATGTTCGATGTGAGTACAACTCTGTGCGGTGGATCACTCGGCTCGTGTGTCGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGCGAACTGCATACTGCTTTGAGCATCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCC : 3240 * 3240 ITS2 (285) * 3260 * 3280 * 3300 * 3320 * 3340 * 3360 * 3380 Pohi-Kino- : TGTCCGAGGGTCGGCTTATAAACTATCGCGACGCCCAAAAAGTCGCGGCTTGGGTTTTGCCAGCTGGCGTGATTTCCCCAATCTGACCATGTGTTGGTGGGGTGCCAGATCTATGGCGTTTCCCTAACCTATCCGGGCGTACCCATGTTGTGGCTGAAGGCCTTGGTGGGGATGTGGCAA : 3420 * 3400 * 3420 28S (3881) * 3440 * 3460 * 3480 * 3500 * 3520 * 3540 * 3560 * 3580 * 3600 Pohi-Kino- : CGGAATCGTGGCTCAGTGGATTATTTATGTGCGCGTTCCGTTGTCCTATCATCATCTATGGTTGATGCTGCGCATGGTGTGCGTCCGACGCCAACCTACGTATGGGCCGTGTGGCTCATTCTCCTGACCTCGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGG * 3620 * 3640 * 3660 * 3680 * 3700 * 3720 * Pohi-Kino- : AAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTGAGTAACGGCGAGTGAACAGGGAAAAGCCCAGCACCGAAGCCTGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTGCTGCTCCACCCTAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAA * 3800 * 3820 * 3840 * 3860 * 3880 * 3900 * 3920 * 3940 * Pohi-Kino- : AGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGT * 3980 * 4000 * 4020 * 4040 * 4060 * 4080 * Pohi-Kino- : AAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAATTGAACTGCAAGCTTTGAGGATTCAGCTGGTGAGTGTGGTTTGGGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGAGGTCTGTGTAGCAGCAGGTCTCTGCCCCCGGGCAGGGATGCGCGATACACTTATCAAGTGTTGTGCGCCTC * 4160 * 4180 * 4200 * 4220 * 4240 * 4260 * Pohi-Kino- : TTTGTTTATCGGGCCAGCTTGCCAGTGCACTTTCTCAGAGTGTTCACCACGACCGGCACTGCTGTCTGACTGCTGTGGTTAAACCGGACTTACAGAGCACCTGTGGCTTTGTATGGCCGGGAAGGCAGGTAGTTCGTTGGCTAGCTTGTGGTTTACCATAGGCGTTTGGCTTCCGAGCGT * 4340 * 4360 * 4380 * 4400 * 4420 * 4440 * 4460 * Pohi-Kino- : AATTCGCTGACCACGATTGTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTGTGGTGCGTGCATGCGTGCCGGTTCTGCTGGCGTGTTCGGGTTTGGTTGCCATGTTGCTTGTGAATGCAAGCCTGGTGATGGCTCGGATTCGTTTAGTTGACGGTTGCGTGTGTGGTGCCGTTAAGGGCCA * 4520 * 4540 * 4560 * 4580 * 4600 * 4620 * Pohi-Kino- : ACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGATTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGAGTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGCGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGGCTTGGCTTGTCCAGGCTGAGGTGAGATCCCGTCGTTTTCATGCATGGTACCACCAAGCA * 4700 * 4720 * 4740 * 4760 * 4780 * 4800 * 4820 * 4840 * 4860 Pohi-Kino- : ACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAGTCTTCGGACCAGTGCACCGTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGTTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAA * 4880 * 4900 * 4920 * 4940 * 4960 * 4980 * : 3600 3740 * 3760 * 3780 : 3780 3960 : 3960 4100 * 4120 * 4140 : 4140 4280 * 4300 * 4320 * 4680 : 4320 4480 * 4500 : 4500 4640 * 4660 : 4680 : 4860 5000 * 5020 * 5040 Pohi-Kino- : ATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAGTAAACAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAAT * 5060 * 5080 * 5100 * 5120 * 5140 * 5160 * 5180 * 5200 * Pohi-Kino- : GGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAACGCGACGCTCATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGC * 5240 * 5260 * 5280 * 5300 * 5320 * 5340 * Pohi-Kino- : CATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGGGTCGGTAATGTGTGGTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAG * 5420 * 5440 * 5460 * 5480 * 5500 * 5520 * Pohi-Kino- : GAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGGTTCCATGGGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTC * 5600 * 5620 * 5640 * 5660 * 5680 * 5700 * 5720 * : 5040 5220 : 5220 5360 * 5540 * 5380 5400 : 5400 5560 * 5580 : 5580 5740 * 5760 Pohi-Kino- : GGTACAGAGACGGGGTGCCTGACACTGTCAGGATTGCTGCTCGTACTGTTGCAAGGCAGCCCCCTGTAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTGTATTCCGGTCATGTGCTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGG * 5780 * 5800 * 5820 * 5840 * 5860 * 5880 * Pohi-Kino- : CAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCATCCATCCCCTGGAATCGGGTTGTCCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAACGCTCTTGTCGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTA 5900 * 5920 * 5940 * 5960 * 5980 * 6000 * 6020 * 6040 * 6060 * 6080 * 6100 * 6120 Pohi-Kino- : CCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTAAGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAAATGGGCTGGGATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGGGGCTGGTTTTTCTGTTGCTCTG * 6140 * 6160 * 6180 * 6200 * 6220 * 6240 * Pohi-Kino- : TTCGCTTCGGTGGATGGAGTTGATGGGATTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGACGATCTCAGCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCGTCGTGCGTGGGAAACCGTGTGCGTCTGCGGCCTTGCTTCCTTCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATC * 6320 * 6340 * 6360 * 6380 * 6400 * 6420 * 6440 * 6460 * 6260 * 6280 * 6300 Pohi-Kino- : CGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGACCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGC * 6500 * 6520 * 6540 * 6560 * 6580 * 6600 * Pohi-Kino- : ATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAGGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGATCTCTCGAGATTTG 6620 * 6800 * * 6680 * 6700 * 6720 * 6740 * 6760 * 6780 * Pohi-Kino- : GCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATTGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTACCAATTTTGGTCCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTCATGTCAGATGAGCCGTGGCTTCGGCTGCGACGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACC * : 5760 : 5940 : 6120 : 6300 6480 : 6480 6640 * 6660 : 6660 6820 * 6840 : 6840 * 6860 * 6880 * 6900 * 6920 * 6940 * 6960 * 6980 * Pohi-Kino- : CGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCCAAGGTAAGCTCAGTCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTTACTTGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGA * 7040 * 7060 * 7080 * 7100 * 7120 * 7140 * 7160 7000 * 7020 : 7020 * 7180 * 7200 Pohi-Kino- : TCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTCCCTAGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATA * 7220 * 7240 * 7260 * 7280 * 7300 * 7320 * 7340 * 7360 * 7380 Pohi-Kino- : GGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAGTACAATGAAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCT * 7400 * 7420 : 7200 : 7380 7422 bp (5,7 ITS1-TRU) ///-IGS-/// Pohi-Kino- : ACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : ======================================= Hình PL3 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome loài Paragonimus iloktsuenensis của Nhật Bản (Pilo-Amami-JP), thiếu IGS (7 543 bp; ITS1 chứa 6,7 TRU) 18S (1977) * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120 * PILO-JP-rT : AACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACATACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC * 200 * 220 * 240 * 260 * 280 * 300 * 320 * PILO-JP-rT : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGCGGCCTCGGCTGCTTCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCACTGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTACGATGGTAGGTGACCTGCCTA * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * 480 * 140 * 160 340 * 360 * 180 180 500 * 360 520 * 540 540 PILO-JP-rT : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA * 560 * 580 * 600 * 720 620 * 640 * 660 * 680 * 700 * 720 PILO-JP-rT : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTTTG * 740 * 760 * 780 * 800 * 820 * 840 * 900 860 PILO-JP-rT : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGTTTTGCAGGTGCCGGCTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTTCCAGATGCCTTTAAACGGGTGTCGGGGGCGGACGGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG * 920 * 940 * 960 * 980 * 1000 * 1020 * 1040 * 1060 * PILO-JP-rT : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCGAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA * 1100 * 1120 * 1140 * 1160 * 1180 * 1200 * PILO-JP-rT : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGGGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC 880 * 900 1080 : 1080 1220 * 1240 * 1260 : 1260 * 1280 * 1300 * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 * 1400 PILO-JP-rT : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG * 1460 * 1480 * 1500 * 1520 * 1540 * 1560 * 1580 * PILO-JP-rT : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCCCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCCTCTTCGGGGGTGGTGGTGTCGTTCACCGGCGGGTGCTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT * 1640 * 1660 * 1680 * 1700 * 1720 * 1740 * * * 1420 * 1440 : 1440 1600 * 1620 : 1620 1760 * 1780 * 1800 PILO-JP-rT : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCT : 1800 ITS1 (1240) * 1820 * 1840 * 1860 * 1880 * 1900 * 1920 * 1940 * 1960 * 1980 PILO-JP-rT : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGTTTCGGCAGCTCGACCGGCGCTGAGAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACA : 1980 Int seq (77) * 2000 * 2020 * 2040 * 2060 TRU1 * 2080 * 2100 * 2120 PILO-JP-rT : GAATTCCCTAAATTAAAAGTGCCTAGATGGGCAAATGGGCAAGTGTTTTCTAAGCGAGTAGTCATACTCGCTAAATGTAGCCTCGGCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGC * 2180 TRU2 * 2200 * 2220 * 2240 * 2260 * 2280 * 2300 PILO-JP-rT : CTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGTGCATTGGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCAT * 2360 * 2380 * 2400 * 2420 TRU4 * 2440 * 2460 * 2480 * 2500 * 2140 * 2160 * 2320 * 2340 : 2160 TRU3 : 2340 * PILO-JP-rT : TCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATG * 2540 TRU5 * 2560 * 2580 * 2600 * 2620 * 2640 * 2660 PILO-JP-rT : AGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGC 2520 : 2520 TRU6 * 2680 * 2700 : 2700 Int * 2720 * 2740 * 2760 * 2780 TRU6 * 2800 * 2820 * 2840 * 2860 * 2880 PILO-JP-rT : CATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTgCCTGGCGCATTCGTGCGCCTACGCACAGTCATGCTTTCAGCA : 2880 * 2900 * 2920 * 2940 * 2960 * 2980 * 3000 * 3020 PILO-JP-rT : GGGTGCCTATCCGTCTGATGCTCTTTGTTTTGCTTGCCATCTTCGGATGGTCAGTCCATCTCGGGAGTGACGGGTTGTACTGTCTTCATAGATAGTGCTAGGCTTAATGAGTGGTGAGGCATACTGAGCTACGGCTCGGCCACCGCCCTGTTTGTTTCAATTTATGCCGTTTCACACTGT : 3060 * 3040 * 3060 seq (356) 12 8S (160) * 3080 * 3100 * 3120 * 3140 * 3160 * 3180 * 3200 PILO-JP-rT : TCAAGTGGTTCGGGTCATCCTGTTTGGCCTGTTCCATTGCCCGACATGCACCCGGTCCCGTACTGGACTGCATGTACAGTCGCCTGGCGGTGCCTTATCCCGGGCTCGACTGGTTAACCATACGTCGTTCGTCCGGGTGACCGAATGTTCGATGTGAGTACAACTCTGTGCGGTGGATCA : 3240 * 3220 * 3240 * 3600 ITS2 (285) * 3260 * 3280 * 3300 * 3320 * 3340 * 3360 * 3380 ITS2 PILO-JP-rT : CTCGGCTCGTGTGTCGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGCGAACTGCATACTGCTTTGAGCATCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCCTGTCCGAGGGTCGGCTTATAAACTATCGCGACGCCCAAAAAGTCGCGGCTTGGGTTTTG : 3420 * 3440 * 3460 * 3480 * 3500 * 3520 * 3540 * 3560 PILO-JP-rT : CCAGCTGGCGTGATTTCCCCAATCTGACCATGTGTTGGTGGGGTGCCAGATCTATGGCGTTTCCCTAACCTATCCGGGCGTACCCATGTTGTGGCTGAAGGCCTTGGTGGGGATGTGGCAACGGAATCGTGGCTCAGTGGATTATTTATGTGCGCGTTCCGTTGTCCTATCATCATCTAT : 3600 * * 3400 * 3420 3580 28S (3881) * 3620 * 3640 * 3660 * 3680 * 3700 * 3720 * 3740 * 3760 * 3780 PILO-JP-rT : GGTTGATGCTGCGCATGGTGTGCGTCCGACGCCAACCTACGTATGGGCCGTGTGGCTCATTCTCCTGACCTCGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTGAGTAACGGCGAGTGAACAGGGAAAAGCCCAGCAC * 3800 * 3820 * 3840 * 3860 * 3880 * 3900 * 3920 * 3940 PILO-JP-rT : CGAAGCCTGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTGCTGCTCCACCCTAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCG * 3980 * 4000 * 4020 * 4040 * 4060 * 4080 * PILO-JP-rT : GGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGTAAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAATTGAACTGCAAGCTTTGAGG * 4160 * 4180 * 4200 * 4220 * 4240 * 4260 * 4280 * 4300 * 4320 PILO-JP-rT : ATTCAGCTGGTGAGTGTGGTTTGGGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGAGGTCTGTGTAGCAGCAGGTCTCTGCCCCCGGGCAGGGATGCGCGATACACTTATCAAGTGTTGTGCGCCTCTTTGTTTATCGGGCCAGCTTGCCAGTGCACTTTCTCAGAGTGTTCACCACGACCGGCAC * 4340 * 4360 * 4380 * 4400 * 4420 * 4440 * PILO-JP-rT : TGCTGTCTGACTGCTGTGGTTAAACCGGACTTACAGAGCACCTGTGGCTTTGTATGGCCGGGAAGGCAGGTAGTTCGTTGGCTAGCTTGTGGTTTACCATAGGCGTTTGGCTTCCGAGCGTAATTCGCTGACCACGATTGTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTGTGGTGCGTG * 4520 * 4540 * 4560 * 4580 * 4600 * 4620 * 4640 * 4660 PILO-JP-rT : CATGCGTGCCGGTTCTGCTGGCGTGTTCGGGTTTGGTTGCCATGTTGCTTGTGAATGCAAGCCTGGTGATGGCTCGGATTCGTTTAGTTGACGGTTGCGTGTGTGGTGCCGTTAAGGGCCAACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGATTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG * 4700 * 4720 * 4740 * 4760 * 4780 * 4800 * PILO-JP-rT : AGAGTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGCGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGGCTTGGCTTGTCCAGGCTGAGGTGAGATCCCGTCGTTTTCATGCATGGTACCACCAAGCAACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAGTCTTCGGACCA * 4880 * 4900 * 4920 * 4940 * 4960 * 4980 * PILO-JP-rT : GTGCACCGTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGTTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGT * 5060 * 5080 * 5100 * 5120 * 5140 * 5160 * 5180 * 5200 PILO-JP-rT : TCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAGTAAACAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGG * 5240 * 5260 * 5280 * 5300 * 5320 * 5340 * : 3780 * 3960 : 3960 4100 * 4120 * 4140 : 4140 : 4320 4460 * 4480 * 4500 : 4500 * 4680 : 4680 4820 * 4840 * 4860 : 4860 5000 * 5020 * 5040 5380 * 5400 : 5040 * 5220 : 5220 5360 * PILO-JP-rT : CCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAACGCGACGCTCATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCC * 5420 * 5440 * 5460 * 5480 * 5500 * 5520 * 5540 * 5560 * 5580 PILO-JP-rT : CTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGGGTCGGTAATGTGTGGTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAGGAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGG : 5400 : 5580 * 5600 * 5620 * 5640 * 5660 * 5680 * 5700 * PILO-JP-rT : TGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGGTTCCATGGGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTCGGTACAGAGACGGGGTGCCTGACACTGTCAGGATTGCTGCTCGTACTGTTGCAAGGCAG * 5780 * 5800 * 5820 * 5840 * 5860 * 5880 * 5900 * 5920 PILO-JP-rT : CCCCCTGTAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTGTATTCCGGTCATGTGCTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGGCAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCATCCATCCCCTGGAATC 5720 * 5960 * 5980 * 6000 * 6020 * 6040 * 6060 * PILO-JP-rT : GGGTTGTCCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAACGCTCTTGTCGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTA * 6140 * 6160 * 6180 * 6200 * 6220 * 6240 * PILO-JP-rT : AGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAAATGGGCTGGGATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGGGGCTGGTTTTTCTGTTGCTCTGTTCGCTTCGGTGGATGGAGTTGATGGGATTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGAC * 6320 * 6340 * 6360 * 6380 * 6400 * 6420 * 6440 * 6460 6080 * 5740 * 5760 : 5760 * 6100 * 6120 : 6120 6260 * 6280 * 6300 : 6300 * 6480 PILO-JP-rT : GATCTCAGCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCGTCGTGCGTGGGAAACCGTGTGCGTCTGCGGCCTTGCTTCCTTCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGACCGGTTTTGACGCAATGTG * 6500 * 6520 * 6540 * 6560 * 6580 * 6600 * PILO-JP-rT : ATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCA 6620 * 6640 * 6660 * 6680 * 6700 * 6720 * 6740 * 6760 * 6780 * 6800 * 6820 * 6840 PILO-JP-rT : AGGGAACGGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAGGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGATCTCTCGAGATTTGGCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATTGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTAC * 6860 * 6880 * 6900 * 6920 * 6940 * 6960 * PILO-JP-rT : CAATTTTGGTCCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTCATGTCAGATGAGCCGTGGCTTCGGCTGCGACGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACCCGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGT * 7040 * 7060 * 7080 * 7100 * 7120 * 7140 * 7160 * 7180 6980 * 7000 * 7020 PILO-JP-rT : AACGCAGGTGTCCCAAGGTAAGCTCAGTCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTTACTTGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGG * 7220 * 7240 * 7260 * 7280 * 7300 * 7320 * PILO-JP-rT : GATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTCCCTAGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAG * 7400 * 7420 * 7440 * 7460 * 7480 * 7500 * : 6480 : 6660 : 6840 : 7020 * 7200 : 7200 7340 * 7360 * 7380 : 7380 7520 * 7540 7543 PILO-JP-rT : TACAATGAAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCTACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : (7,7 TRU) ///-IGS-/// 5940 : 5940 * ======================================= Hình PL3 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome (rTU) loài Paragonimus miyazakii của Nhật Bản (Pmiy-OkuST1-JP), thiếu IGS (6 932 bp; ITS1 chứa RU) 18S (1974) * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120 * 140 * 160 * 180 Pmiy-OkuST : AACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACATACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC * 200 * 220 * 240 * 260 * 280 * 300 * Pmiy-OkuST : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGTGGTTTCGGCTGCTTCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCACTGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTACGATGGTAGGTGACCTGCCTA * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * 480 * 500 * 520 * 540 Pmiy-OkuST : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA * 560 * 580 * 600 * 620 * 640 * 660 * Pmiy-OkuST : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTTTG 180 320 * 340 680 * 700 * 360 360 540 * 720 720 * 740 * 760 * 780 * 800 * 820 * 840 * 860 Pmiy-OkuST : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGTTTTGCAGGTGCTGACTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTTCCGGATGCCTTTAAACGGGTGTCGGGGGCGGACGGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG * 920 * 940 * 960 * 980 * 1000 * 1020 * 1040 * Pmiy-OkuST : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCGAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA * 1100 * 1120 * 1140 * 1160 * 1180 * 1200 * 1220 * 880 * 1080 * 900 900 1060 : 1080 * 1240 * 1260 Pmiy-OkuST : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC * 1280 * 1300 * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 * 1400 * 1420 * 1440 Pmiy-OkuST : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG * 1460 * 1480 * 1500 * 1520 * 1540 * 1560 * Pmiy-OkuST : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCTCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCCTCTTCGGGGGTGGTGGCGCCGTTCGCCGGCGGGTGCTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT * 1640 * 1660 * 1680 * 1700 * 1720 * 1740 * 1760 * 1780 * 1800 Pmiy-OkuST : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCTGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCT : 1260 : 1440 1580 * 1600 * 1620 : 1620 : 1800 ITS1 (634) 1820 * 1840 * 1860 * 1880 * 1900 * 1920 * 1940 * 1960 * 1980 Pmiy-OkuST : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGTTTCGGCAGCTCGACCGGCGCTGAGAAGACGACCAAATTTGAACATTTAGAAGTGAAAGTCGTGACAAAGTTTCCGTAGGTGAACCTGGAGAAGGATCATTAGAGAA * 2000 * 2020 * 2040 * 2060 * 2080 * 2100 * 2120 * 2140 Pmiy-OkuST : TTGCCGAAATTCAAAATGCCTCGATGAGCAAATGGGCAAGTGTTCTCCACGGGTAGTCATACGCCTTAAATGCAGCTTCGGCTGCCTCAGGTAGAGCGTCTCTCCCCTGCCATTTGATTCAGCTGTGTCTGGCGAACTCCAGTGGCTGCATTCAGTTGAATCTTTTCCGACGAGCCTTCA * 2180 * 2200 * 2220 * 2240 * 2260 * 2280 * Pmiy-OkuST : GTTTTGTTGGATGCAACCTCATCTGCATCAGGTGGAGCGTCTTTCCTATGCCATTTAATCCAGCTGTACCTGGCGCACATGCGTGCCAATGTACAGTTATCCTTGCAGCAAGGCACCTACCTATCCGATGCTCTTTGAGTTGCTTGCCATTTTCGGATAGCGAATGCATCTCGGGAGTGA * 2360 * 2380 * 2400 * 2420 * 2440 * 2460 * 2480 * 2500 * 2520 : 1980 * 2160 : 2160 2300 * 2320 * 2340 : 2340 Pmiy-OkuST : CGGGTTGTACTGTGCTCATAGACAGCGCCAGGCTTAATGGGTGGTGAGGCATATTGAGCTACAGATCGGCCACCGCCATGTTTTGTTCCAATCTATGCCATTTCACACTGTTCAAGTGGTCCAGGTCGGCCTGTCTGAATTGGTCCATTGCCCGACATGCATCCGGTTCCGTACTGGACT : 2520 8S (160) * 2540 * 2560 * 2580 * 2600 * 2620 * 2640 * 2660 * 2680 Pmiy-OkuST : GCATGTACAGTCGACTGGCGGTGCCTGATCCCGGGCTTGACTGGCTAACCATACGTCGTTCTTCTGGCTGACTGGATGTTCCATGTGAGTATAGCTCTGTATGGTGGGTCACTTGGCTCGTGTGTTGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGTGAAATGCATACTGCTTTGAA : 2700 * 2700 ITS2 (283) * 2720 * 2740 * 2760 * 2780 * 2800 * 2820 * 2840 * 2860 * 2880 Pmiy-OkuST : CATCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCCTGTCCGAGGGTCGGCTTATAAACTATCGCGACGCCCAAAAAGTCGCGGCTTGGGTTTTGCCAGCTGGCGTGATTTCCCCAACCTGGCCTCGTGGCTGTGGGGTGCCAGATCTGTGGCGTTTCCCTAAC : 2880 28S (3881) * 2900 * 2920 * 2940 * 2960 * 2980 * 3000 * Pmiy-OkuST : ATATCCGGGCGTACCCATGTTGTGGCTGAAAGCTTTGATGGGGATGTGGCAACGGAATCGTGGCTCAGTGATTGATTTGTGCGCGTTCCGCTATCCTATCATCGTCTATGGTTGATGTTGCGCGTGGTGTGTGCCCGATGCTGACCTATGTATGTGCCATGTGGCTCATTCTCCTGACCT * 3080 * 3100 * 3120 * 3140 * 3160 * 3180 * 3200 * 3220 * 3240 Pmiy-OkuST : CGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTGAGTAACGGCGAGTGAACAGGGAAAAGCCCAGCACCGAAGCCTGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTGCTGCTCCACCC * 3260 * 3280 * 3300 * 3320 * 3340 * 3360 * 3020 * 3040 * 3380 * 3400 * : 3060 : 3240 Pmiy-OkuST : TAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGAT * 3440 * 3460 * 3480 * 3500 * 3520 * 3540 * 3560 * Pmiy-OkuST : AGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGTAAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAGTTGAACTGCAAGCTTTGGGGATTCAGCTGGTGAGTGTGGTTTGAGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGGGGTCTGTGTAGCAGCAGGTCT * 3620 * 3640 * 3660 * 3680 * 3700 * 3720 * Pmiy-OkuST : CTGCCCTTGGGCAGGGATGCGCGATGCACTTATCAGGTGTTGTGCGCCTCTTTGTTTATCGGGCCAATTTGCCAGTGCACTTTCTCAGAGTGTTCACCACGACCGGCACTGCTGTCTGACTACTGTGGTTAAACCGGACTTACAGAGCACTTGTGGTTTTGTATGGCCGGGAAGGCAGGT * 3800 * 3820 * 3840 * 3860 * 3880 * 3900 * Pmiy-OkuST : AGCTCGTTGGCTAGCTTGTGGTTTACTGCAGGCGTTTGGTTTTCGAGTGTAATTAGCTGACCACGATTGTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTGTGGTACTTGCGTGCGTGCCGGTCCTGCTGGCGTGTTCGGGTTTGGTTGCCATGTTGCTTGTGAATGCAGGCCTGGTGATA * 3980 * 4000 * 4020 * 4040 * 4060 * 4080 * 4100 * 4120 Pmiy-OkuST : GCTCGGATTCGTTCGGTTGGCGGTTGCGTGCGTGGTGCCGTTAAGGGCCAACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGACTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGAGTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGCGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGGCCCGGCTTG * 4160 * 4180 * 4200 * 4220 * 4240 * 4260 * 3060 3420 : 3420 3580 * 3600 : 3600 3740 * 3760 * 3780 : 3780 3920 * 3940 * 3960 4320 : 3960 * 4140 : 4140 4280 * 4300 * 4640 * 4660 * Pmiy-OkuST : TCCAGGCTGAGGTGAGATCCTGTCGTTTTCACGCATGGTACCACCAAGCAACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAATCTTCGGACCAGTGCACCGTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGT * 4340 * 4360 * 4380 * 4400 * 4420 * 4440 * 4460 * 4480 * 4500 Pmiy-OkuST : TGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAATAAACAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGA * 4520 * 4540 * 4560 * 4580 * 4600 * 4620 * Pmiy-OkuST : TTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAACGCGACGCT * 4700 * 4720 * 4740 * 4760 * 4780 * 4800 * 4820 * Pmiy-OkuST : CATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGAGTCGGTAATGTGTG * 4880 * 4900 * 4920 * 4940 * 4960 * 4980 * Pmiy-OkuST : GTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAGGAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGGTTCCATG * 5060 * 5080 * 5100 * 5120 * 5140 * 5160 * Pmiy-OkuST : GGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTCGGTACAGAGACGGGGTGCCTGACATTGTCAGGATTGCTGCTCGTATTGTTGCAAGGCAGCCCCCTGTAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTGTATTCCGGTCTT * 5240 * 5260 * 5280 * 5300 * 5320 * 5340 * 5360 * 5380 Pmiy-OkuST : GTGCTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGGCAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCATCCATCCCCTGGAATCGGGTTGTCCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAACGCTCTTGT * 5420 * 5440 * 5460 * 5480 * 5500 * 5520 * Pmiy-OkuST : CGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTAAGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAAATGGGCTG * 5600 * 5620 * 5640 * 5660 * 5680 * 5700 * 5720 * 5740 * 5760 Pmiy-OkuST : GGATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGGGGCTGGTTTTTCTGTCACTCTGTTCGCTTCGGTGGATGGGGTCGATGGGATTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGACGATCTCAGCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCATCGCGCGTGGGAAACTGTGTGCGTTTGTGGCCTTGCTTCCT * 5780 * 5800 * 5820 * 5840 * 5860 * 5880 * Pmiy-OkuST : TCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGACCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACT * 5960 * 5980 * 6000 * 6020 * 6040 * 6060 * 6080 * 6100 Pmiy-OkuST : ATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGA * 6140 * 6160 * 6180 * 6200 * 6220 * 6240 * Pmiy-OkuST : GGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGGTCCTTCGGGGTTTGGCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATTGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTGCCAATTTTGGTCCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTCATGTCAGA * 6320 * 6340 * 6360 * 6380 * 6400 * 6420 * Pmiy-OkuST : TGAGCCGTGGCTTCGGCTGCGGTGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACCCGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCCAAGGTAAGCTCAGCCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTTACT * 6500 * 6520 * 6540 * 6560 * 6580 * 6600 * 6620 * 6640 Pmiy-OkuST : TGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTCCCT * 6680 * 6700 * 6720 * 6740 * 6760 * 6780 * Pmiy-OkuST : AGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAGTACAATGAAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGGAACCGCAGG * 6860 * 6880 * 6900 Pmiy-OkuST : TTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCTACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : * 6920 : 4320 : 4500 4680 : 4680 4840 * 4860 : 4860 5000 * 5020 * 5040 : 5040 5180 * 5200 * 5220 5560 * 5580 : 5220 * 5400 : 5400 5540 * : 5580 : 5760 5900 * 5920 * 5940 : 5940 * 6120 : 6120 6260 * 6280 * 6300 : 6300 6440 * 6460 * 6480 6820 * 6840 : 6480 * 6660 : 6660 6800 * * 6932 bp (0 TRU) ///-IGS-/// : 6840 * 13 Hình PL3 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome (rTU) loài Paragonimus westermani (2n) của Ấn Độ (Pwes-Megha(2n)-IN), thiếu IGS (8 616 bp; ITS1 chứa 15,7 TRU) 18S (1977) * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120 * Pwes(2n)-I : AACATGGGTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACATACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC * 200 * 220 * 240 * 260 * 280 * 300 * 320 * 340 * 360 Pwes(2n)-I : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGTGGCCTTGGCTGCATCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCACTGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTGCGATGGTAGGTGACCTGCCTA * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * 480 * 140 * 160 * 180 360 500 * 520 * Pwes(2n)-I : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA * 560 * 580 * 600 * 620 * 640 * 660 * 680 * Pwes(2n)-I : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTGTG * 740 * 760 * 780 * 800 * 820 * 840 180 540 540 700 * 720 720 * 860 * 880 * 900 1040 * 1060 * 1080 * 1420 * 1440 900 Pwes(2n)-I : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGGTTCACAGGTGCTGACTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTCCCACATGCCTTTAAACGGGTGTCTgGGGCGGACTGCACgTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAgGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG * 920 * 940 * 960 * 980 * 1000 * 1020 * Pwes(2n)-I : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCgGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCgAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGTCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGgATCGCCGcCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA * 1100 * 1120 * 1140 * 1160 * 1180 * 1200 * 1220 * 1240 * Pwes(2n)-I : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC * 1280 * 1300 * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 * Pwes(2n)-I : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG : 1080 1260 : 1260 1400 : 1440 * 1460 * 1480 * 1500 * 1520 * 1540 * 1560 * 1580 * 1600 * 1620 Pwes(2n)-I : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCCCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCCTCTTCGGGGGTAGTGGTGTCGTTCGCCGGCGGGTACTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT * 1640 * 1660 * 1680 * 1700 * 1720 * 1740 * Pwes(2n)-I : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCT : 1620 1760 * 1780 * 1800 : 1800 ITS1 (2313) * 1820 * 1840 * 1860 * 1880 * 1900 * 1920 * 1940 * 1960 * 1980 Pwes(2n)-I : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGCTTCGGCAGCTCGACCGGCGCTGACAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACA : 1980 Int seq (77) * 2000 * 2020 * 2040 * 2060 TRU1 * 2080 * 2100 * 2120 Pwes(2n)-I : GAATTCCCAAATCTAAAGGTGCCTAAATGAGCACAAGGGCAAGTGTTTTCTCAACGAGCAGTCATGCTCGTCAATTGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCC : 2160 * 2180TRU2 * 2200 * 2220 * 2240 * 2260 * 2280 * 2300TRU3 Pwes(2n)-I : TTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTG : 2340 * 2140 * 2160 * * 2360 * 2380 * 2400 * 2420TRU4 * 2440 * 2460 * 2480 * 2500 * 2520 Pwes(2n)-I : ATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCC : 2520 * 2540TRU5 * 2560 * 2580 * 2600 * 2620 * 2640 * 2660TRU6 Pwes(2n)-I : TTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTG : 2700 * 2720 * 2740 * 2760 * 2780TRU7 * 2800 * 2820 * 2840 * 2860 * 2880 Pwes(2n)-I : ATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCC : 2880 * 2900TRU8 * 2920 * 2940 * 2960 * 2980 * 3000 * 3020TRU9 Pwes(2n)-I : TTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTG : 3060 * 2680 2320 * * 2340 2700 * 3040 * 3080 * 3100 * 3120 * 3140TRU10 * 3160 * 3180 * 3200 * 3220 * 3240 Pwes(2n)-I : ATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCC : 3240 * 3260TRU11 * 3280 * 3300 * 3320 * 3340 * 3360 * 3380TRU12 Pwes(2n)-I : TTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTG : 3420 * 3440 * 3460 * 3480 * 3500TRU13 * 3520 * 3540 * 3560 * 3580 * 3600 * * 3400 * 3420 Pwes(2n)-I : ATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCC : 3600 * 3620TRU14 * 3640 * 3660 * 3680 * 3700 * 3720 * 3740TRU15 Pwes(2n)-I : TTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTG : 3780 * 3760 * 3780 Int 3060 seq (350) * 3800 * 3820 * 3840 * 3860TRU15 * 3880 * 3900 * 3920 * 3940 * 3960 Pwes(2n)-I : ATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTATGCTTGCAGCAGGGTGCC : 3960 * 3980 * 4000 * 4020 * 4040 * 4060 * 4080 * 4100 * 4120 Pwes(2n)-I : TACCTGTCTGATGCCCTTCGTTTTGCTTGCCATCTTTTGATGGTCAGTCCATCTCGTGGGTGACGGGTTGTACTGTCTTCATGGACAGTGCTAGGCTTAATGAGTGGTACGGCATATTGAGCTACGGCTCGGCCACCGCCCTGTTTGTTATAATTTATGCCATTTTACACTGTTCAAGTG : 4140 * 4140 8S (160) * 4160 * 4180 * 4200 * 4220 * 4240 * 4260 * 4280 * 4300 * 4320 Pwes(2n)-I : GTTCAGGTCAGCTCGTCTGGGCTGTTCCATTGCCCGACATGCACCCGGTCTCGTACTGGACTGCATGTACAGTCGCCTGGCGGTGCCTTATCCCGGGCTAGACTGGTTAACCATACGTCGTTCGTCTGGGTGACTGGATGTTCGATGTGAGTACAACTCTGTGCGGTGGATCACTCGGCT : 4320 ITS2 (285) * 4340 * 4360 * 4380 * 4400 * 4420 * 4440 * 4460 Pwes(2n)-I : CGTGTGTCGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGCGAACTGCATACTGCTTTGAACATCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCCTGTCCGAGGGTCGGCTTATAAACTATCGCGACGCCCAAAAAGTCGCGGCTTGGGTTTTGCCAGCTG : 4500 * 4520 * 4540 * 4560 * 4580 * 4600 * 4620 * 4640 * 4660 * Pwes(2n)-I : GCGTGATCTCCCCAATCTGGTCTTGTGCCTGTGGGGTGCCAGATCTATGGCGTTTCCCTAACATACTCGGGCGCACCCACGTTGCGGCTGAAAGCCTTGACGGGGATGTGGCGACGGAATCGTGGCTCAGTAAATGATTTATGTGCGCGTTCCGCTGTCCTGTCTTCATCTGTGGTTCAT : 4680 * 4480 * 4500 4680 28S (3881) * 4700 * 4720 * 4740 * 4760 * 4780 * 4800 * 4820 * Pwes(2n)-I : GTTGCGCGTGGTCTGCGTTTGATGCTGACCTATGTATGTGCCATGTGGCTCATTCTCCTGACCTCGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAGAGAAACTAACAAGGATTCCCTGAGTAACGGCGAGTGAACAGGGAAAAGCCCAGCACCGAAGCC * 4880 * 4900 * 4920 * 4940 * 4960 * 4980 * 5000 Pwes(2n)-I : TGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTGCTGCTCCACCCTAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCGGGTTGTT * 5060 * 5080 * 5100 * 5120 * 5140 * 5160 * 5180 * 5200 * 5220 Pwes(2n)-I : TGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGTAAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAGTTGAACTGCAAGCTCTGGGAATTCAGC * 5240 * 5260 * 5280 * 5300 * 5320 * 5340 * Pwes(2n)-I : TGGTGAATGTGGTTTGGGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGAGGTCTGCGTACCGGCAGGTCTTTACCCTCGGGTAAGGATGCGCGATACACTTATCAAGTGTTGTGCGCCTCTTTGTTTATCGGGCCAATTCGCCAGTGCACTTTCTCGGAGTGTTCACCACGACCGGCACTGCTGTC * 5420 * 5440 * 5460 * 5480 * 5500 * 5520 * 5540 * 5560 * 5580 Pwes(2n)-I : TGATTGCTGTGGTTAAACCGGACTTACAGGGCTCTTGTGGCGTTGTATGGCCGGGAAGGCAGGTAGCTCGTTGGCTAGCTTGCGGTTTACCGCTGGCGTTCGGTCTTCGAGTGTAAATAGCTGACCACGATATTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTTTGGTACGTGCGTGCGT * 5600 * 5620 * 5640 * 5660 * 5680 * 5700 * 4840 * 4860 : 4860 * 5020 * 5040 * 5380 * 5400 : 5040 : 5220 5360 : 5400 : 5580 5720 * 5740 Pwes(2n)-I : GCTGGTTCTGCTGGCGTGTCCGGGTTTGGTTGCCATGTTGCTTGTGAATGCAGGCCTGGCAATGGTTCGGATTCGTTTGGTGGGCGGTTGCGTATGTGGTGCCGTTAAGGGCCAACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGACTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGAGTAA * 5780 * 5800 * 5820 * 5840 * 5860 * 5880 * 5900 * 5760 : 5760 * Pwes(2n)-I : CATGTGCGCGAGTCATTGGGCGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGGCTTGACTTGTTCAGGCTGAGGTGAGATCCTGTCGTTTTCACGCATGGTGCCACCAAGCAACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAATCTTCGGACCAGTGCACC * 5960 * 5980 * 6000 * 6020 * 6040 * 6060 * 6080 Pwes(2n)-I : GTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGTTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCC * 6140 * 6160 * 6180 * 6200 * 6220 * 6240 * Pwes(2n)-I : GAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAGTAAACAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGGCCATTTT * 6320 * 6340 * 6360 * 6380 * 6400 * 6420 * 6440 * 6460 * 6480 Pwes(2n)-I : TGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAACGCGACGCTCATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCCCTGAAAA * 6500 * 6520 * 6540 * 6560 * 6580 * 6600 * 5920 * 5940 : 5940 * 6100 * 6120 : 6120 6260 * 6280 * 6300 6620 * 6640 * 6660 : 6300 : 6480 Pwes(2n)-I : TGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGGGTCGGTAATGTGTGGTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAGGAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGAT * 6680 * 6700 * 6720 * 6740 * 6760 * 6780 * 6800 * 6820 * 6840 Pwes(2n)-I : CTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGGTTCCATGGGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTCGGTACAGAGACGGGGTGCCTGACATTGTCAGGATTGCTGCTCGTATTGTTGCAAGGCAGCCCCCTG : 6660 : 6840 * 6860 * 6880 * 6900 * 6920 * 6940 * 6960 * 6980 Pwes(2n)-I : TAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTGTATTCCGGTCTTGTGCTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGGCAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCATCCATCCCCTGGAATCGGGTTGT * 7040 * 7060 * 7080 * 7100 * 7120 * 7140 * 7160 Pwes(2n)-I : CCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAACGCTCTTGTCGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTAAGGGAAG * 7220 * 7240 * 7260 * 7280 * 7300 * 7320 * 7340 * Pwes(2n)-I : TCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAAATGGGCTGGGATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGGGGCTGGTTTTTCTGTCACTCTGTTCGCTTCGGTGGATGGGGTCGATGGGATTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGACGATCTCA * 7400 * 7420 * 7440 * 7460 * 7480 * 7500 * Pwes(2n)-I : GCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCATCGCGCGTGGGAAACTGTGTGCGTTTGTGGCCTTGCTTCCTTCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGACCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTG * 8500 * 8520 * 8540 * 8560 * 8580 * * 7020 : 7020 * 7180 * 7200 : 7200 7360 * 7380 * 7540 * 7560 7880 * 7900 * 7920 8240 * 8260 : 7560 Pwes(2n)-I : GGTCCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTCATGTCAGATGAGCCGTGGCTTCGGCTGCGGTGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACCCGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAG * 8120 * 8140 * 8160 * 8180 * 8200 * 8220 * Pwes(2n)-I : GTGTCCCAAGGTAAGCTCAGCCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTTACTTGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACT * 8300 * 8320 * 8340 * 8360 * 8380 * 8400 * 8420 Pwes(2n)-I : GGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTCCCTAGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAGTACAATG 8480 7000 : 7380 7520 * 7580 * 7600 * 7620 * 7640 * 7660 * 7680 * 7700 * 7720 * Pwes(2n)-I : CCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAAC * 7760 * 7780 * 7800 * 7820 * 7840 * 7860 * Pwes(2n)-I : GGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAGGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGGTCCTTCGGGGTTTGGCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATTGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTGCCAATTTT * 7940 * 7960 * 7980 * 8000 * 8020 * 8040 * 8060 * 8080 * 8100 * * 7740 : 7740 : 7920 : 8100 * 8280 : 8280 * 8440 * 8460 : 8460 8600 * 8616 bp Pwes(2n)-I : AAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCTACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : (15,7 TRU) ///-IGS-/// ======================================= Hình PL3 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome (rTU) loài Paragonimus westermani (3n) của Hàn Quốc (Pwes-Bogil(3n)-KR), thiếu IGS (7 292 bp; ITS1 chứa 4,7 TRU) 18S (1977) * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120 * 140 Pwes-KR(3n : AACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACCTACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC * 200 * 220 * 240 * 260 * 280 * 300 * 320 * 340 * 360 Pwes-KR(3n : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGTGGCTCCGGCTGCATCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCAATGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTACGATGGTAGGTGACCTGCCTA * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * 480 * * 160 * 180 180 360 500 * 520 * Pwes-KR(3n : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA * 560 * 580 * 600 * 620 * 640 * 660 * 680 * Pwes-KR(3n : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTGTG * 740 * 760 * 780 * 800 * 820 * 840 * 540 540 700 * 720 720 860 * 880 * 900 1040 * 1060 * 1080 1420 * 1440 900 Pwes-KR(3n : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGGTTCACAGGTGCTGACTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTTCCAGATGCCTTTAAACGGGTGTCGGGGGCGGACGGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG * 920 * 940 * 960 * 980 * 1000 * 1020 * Pwes-KR(3n : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCGAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA * 1100 * 1120 * 1140 * 1160 * 1180 * 1200 * 1220 * 1240 Pwes-KR(3n : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC * 1280 * 1300 * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 * Pwes-KR(3n : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG * 1460 * 1480 * 1500 * 1520 * 1540 * 1560 * 1580 * 1600 * 1620 Pwes-KR(3n : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCCCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCCTCTTCGGGGGTAGTGGTGCCGTTCGCCGGCGGGTACTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT * 1640 * 1660 * 1680 * 1700 * 1720 * 1740 * Pwes-KR(3n : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCT : 1080 * 1260 : 1260 1400 * : 1440 : 1620 1760 * 1780 * 1800 : 1800 ITS1 (989) 14 * 1820 * 1840 * 1860 * 1880 * 1900 * 1920 * 1940 * 1960 * 1980 Pwes-KR(3n : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGCTCCGGCAGCTCGACCGGCGCTGAGAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACA : 1980 Int seq (73) * 2000 * 2020 * 2040 * TRU1 2060 * 2080 * 2100 * 2120 * 2140 * 2160 Pwes-KR(3n : GAATTCCCAATTCTGAAACTGCCTCAATGAGCACAAAGGCGTGTTCTAAACGAGCAGTCATGCTCGTCAAACGCAGACTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGTTTCGGCTGTGCCTGGCACACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGGATCTTCTCCGATGAGCCTTCG : 2160 * TRU2 2180 * 2200 * 2220 * 2240 * 2260 * 2280 * TRU3 2300 * 2320 * 2340 Pwes-KR(3n : GGTTTGTTGGATGCAGCCTTGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGTTTCGGCTGTGCCTGGCACACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGGATCTTCTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTTGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGTTTC : 2340 * 2360 * 2380 * 2400 * TRU4 2420 * 2440 * 2460 * 2480 * 2500 * 2520 Pwes-KR(3n : GGCTGTGCCTGGCACACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGGATCTTCTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTTGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGTTTCGGCTGTGCCTGGCACACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGGATCTTCTCCGATGAGCCTTCG : 2520 Int *TRU4 72540 * 2560 * 2580 * 2600 * 2620 * 2640 * seq (350) 2660 * 2680 * 2700 Pwes-KR(3n : GGTTTGTTGGATGCAGCCTTGTCTGCCTCAGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGTTTCGGCTGTGCCTGGCACACTCGTGTGCCTACGTACAGTTATACTTGCAGCAGGGTGCCTACCTGTCTGATGCTCTACGTTTTGCTTGCCATTTTCGGATGGTCAGTCCATCTCGTGGGTGAC : 2700 * 2720 * 2740 * 2760 * 2780 * 2800 * 2820 * 2840 * 2860 * 2880 Pwes-KR(3n : GGGTTGTGCTGTCTTCACCGACAGTGCTAGGCTTAATGAGTGGTATGGCATATTGAGCTACGGCTCGGCCACCGCCCTGTTTGTTTCAATTTATGCCATTTTACACTGTTCAAGTGGTTCAGGTCAGCTCGTCTGAGCTGTTCCACTGCCCGACATGCACCCGGTCTCGTGCTGGACTGC : 2880 8S (160) * 2900 * 2920 * 2940 * 2960 * 2980 * 3000 * 3020 * 3040 * Pwes-KR(3n : ATGTACAGTCGCCTGGCGGTGCCTTATCCCGGGCTAGACTGGTTAACCATACATCGTTCGTCTGGGTGACTGGATGTTCGATGTGAGTACAACTCTGTGCGGTGGATCACTCGGCTCGTGTGTCGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGCGAACTGCATACTGCTTTGAACA : 3060 3060 ITS2 (285) * 3080 * 3100 * 3120 * 3140 * 3160 * 3180 * 3200 * 3220 * 3240 Pwes-KR(3n : TCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCCTGTCCGAGGGTCGGCTTATAAACTATCGCGACGCCCAAAAAGTCGCGGCTTGGGTTTTGCCAGCTGGCGTGATCTCCCCAATCTGGTCTTGTGCCTGTGGGGTGCCAGATCTGTGGCGTTTCCCTAACAT : 3240 28S (3881) * 3260 * 3280 * 3300 * 3320 * 3340 * 3360 * Pwes-KR(3n : ACTCGGGCGCACCCACGTTGCGGCTGAAAGCCTTGACGGGGATGTGGCAACGGAATCGTGGCTCAGTGAATGATTTATGTGCGCGTTCCGCTGTCCTGTCTTCATCTGTGGTTTATGTTGCGCGTGGTCTGCTTTCGATGCTGACCTACGTATGTGCCATGTGGTTCATTCTCCTGACCT * 3440 * 3460 * 3480 * 3500 * 3520 * 3540 * 3560 * 3580 * 3600 Pwes-KR(3n : CGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAGAGAAACTCACAAGGATTCCCTGAGTAACGGCGAGTGAACAGGGAAAAGCCCAGCACCGAAGCCTGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTGCTGCTCCACCC * 3620 * 3640 * 3660 * 3680 * 3700 * 3720 * Pwes-KR(3n : TAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGAT * 3800 * 3820 * 3840 * 3860 * 3880 * 3900 * 3920 * 3940 Pwes-KR(3n : AGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGTAAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAGTTGAACTGCAAGCTTCGGGAATTCAGCTGGTGAGTGTGGTTTGGGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGAGGTCTGTGTAGCGGCAGGTCT * 3980 * 4000 * 4020 * 4040 * 4060 * 4080 * Pwes-KR(3n : TTACTTTCGGGTAAGGATGCGCGATACACTTATCAAGTGTTGTGCGCCTCTTTGTTTATCGGGCCAATTTGCCAGTGCACTTTCTCGGAGTGTTCACCACGACCGGCACTGCTGTCTGATTGCTGTGGTTAAACCGGACTTACAGGGCTCTTGTGGCGTTGTATGGCCGGGAAGGCAGGT 3380 * 3400 * 3420 3740 * 3760 * 3780 : 3420 : 3600 : 3780 * : 3960 4100 * 4120 * 4140 : 4140 * 4160 * 4180 * 4200 * 4220 * 4240 * 4260 * Pwes-KR(3n : AGCTCGTTGGCTAGCTTGCGGTTTACCGCTGGCGTTTGGTTTTCGAGTGTAAATAGCTGACCACGATATTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTGTGGTACGTGCGTGCGTGCCGGTTCTGCTGGCGTGTCCGGGTTTGGTTGTCATGTTGCTTGTGAATGCAGGCCTGGCAATG * 4340 * 4360 * 4380 * 4400 * 4420 * 4440 * 4460 * 4480 Pwes-KR(3n : GTTCGGATTCGTTTGGTGGGCGGTTGCGTATGTGGTGCCGTTGAGGGCCAACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGACTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGAGTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGTGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGGCTTGGCTTG 4280 * 4520 * 4540 * 4560 * 4580 * 4600 * 4620 * Pwes-KR(3n : TCCAGGCTGAGGTGAGATCCTGTCGTTTTCACGCATGGTGCCACCAAGCAACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAATCTTCGGACCAGTGCACCGTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGT * 4700 * 4720 * 4740 * 4760 * 4780 * 4800 * 4820 * 4840 * 4860 Pwes-KR(3n : TGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAGTAAACAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGA * 4880 * 4900 * 4920 * 4940 * 4960 * 4980 * 4640 * 4660 * 4680 5000 * 5020 * 5040 * 4300 * 4320 : 4320 * 4500 : 4500 : 4680 : 4860 Pwes-KR(3n : TTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAACGCGACGCT * 5060 * 5080 * 5100 * 5120 * 5140 * 5160 * 5180 * 5200 Pwes-KR(3n : CATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGGGTCGGTAATGTGTG * 5240 * 5260 * 5280 * 5300 * 5320 * 5340 * Pwes-KR(3n : GTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAGGAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGGTTCCATG * 5420 * 5440 * 5460 * 5480 * 5500 * 5520 * Pwes-KR(3n : GGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTCGGTACAGAGACGGGGTGCCTGACATTGTCAGGATTGCTGCTCGTATTGTTGCAAGGCAGCCCCCTGTAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTGTATTCCGGTCTT * 5600 * 5620 * 5640 * 5660 * 5680 * 5700 * 5720 * 5740 Pwes-KR(3n : GTGCTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGGCAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCATCCATCCCCTGGAATCGGGTTGTCCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAACGCTCTTGT * 5780 * 5800 * 5820 * 5840 * 5860 * 5880 * Pwes-KR(3n : CGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTAAGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAAATGGGCTG * 5960 * 5980 * 6000 * 6020 * 6040 * 6060 * 6080 * 6100 * 6120 Pwes-KR(3n : GAATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGGGGCTGGTTTTTCTGTTACTCTGTTCGCTTCGGTGGATGGGGTCGATGGGATTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGACGATCTCAGCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCATCGCGCGTGGGAAACCGTGTGCGTTTGTGGCCTTGCTTCCT * 6140 * 6160 * 6180 * 6200 * 6220 * 6240 * Pwes-KR(3n : TCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGACCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACT * 6320 * 6340 * 6360 * 6380 * 6400 * 6420 * 6440 * : 5040 * * 6680 * 6700 * 6720 * 6740 * 6760 * 6780 * Pwes-KR(3n : TGAGCCGTGGCTTCGGCTGCGGTGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACCCGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCCAAGGTAAGCTCAGCCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTTACT * 6860 * 6880 * 6900 * 6920 * 6940 * 6960 * 6980 * Pwes-KR(3n : TGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCTAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTCCCT * 7040 * 7060 * 7080 * 7100 * 7120 * 7140 * * 5380 * 5400 : 5400 5540 * 5560 * 5580 : 5580 * 5760 : 5760 5900 * 5920 * 5940 6260 * 6280 * 6300 : 5940 : 6120 : 6300 * * 6640 * 6660 : 6660 6800 * 6820 * 6840 * 7200 : 6840 7000 * 7020 : 7020 7160 * 7180 7292 bp (7,7 TRU) ///-IGS-/// ======================================= 6480 : 6480 6620 Pwes-KR(3n : AGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAGTACAATGAAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGGAACCGCAGG * 7220 * 7240 * 7260 * 7280 * Pwes-KR(3n : TTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCTACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : 5220 : 5220 5360 6460 Pwes-KR(3n : ATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGA * 6500 * 6520 * 6540 * 6560 * 6580 * 6600 * Pwes-KR(3n : GGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGGTCCTTCGGGGTTTGGCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATTGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTGCCAATTTTGGTCCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTCATGTCAGA 3960 : 7200 15 PHỤ LỤC II PL2 Phương pháp tách chiết DNA tổng số từ mẫu nghiên cứu DNA tổng số từ SLP trưởng thành Paragonimus spp nguyên từng mẫu riêng biệt tách chiết bằng bộ sinh phẩm DNeasy Blood and Tisue kit (Qiagen Inc Mỹ) GeneJET™ Genomic DNA Purification Kit (Thermo Scientific Inc , MA, USA) theo hướng dẫn nhà sản xuất DNA tởng số thu nhận với dung tích khoảng 100 µL/mẫu, hàm lượng DNA 50 ng/µL Mơ tả cụ thể tách chiết DNA tổng số sinh phẩm DNeasy Blood and Tissue kit (Qiagen Inc Mỹ) : - Mỗi mẫu sán ruột nhỏ (1 con) nghiền 180 µL dung dịch Tissue Lysis buffer (ATL) bở sung 20 µL Proteinase-K (100mg/ml) ủ 56oC/2 giờ cho đến mơ phân giải hồn tồn - Tiếp tục bở sung 200 µL dung dịch AL lắc ủ 56oC/30 phút - Thêm 200 µL Ethanol (100%), trộn đều, sau chuyển tồn bộ hỗn dịch sang cột có màng lọc ly tâm 10 000 vịng/phút phút, loại bỏ phần dịch phía dưới cột lọc - Thêm 500 µL dung dịch Washing buffer (AW1) vào cột lọc, ly tâm 13 000 vòng/phút phút, bỏ dịch ly tâm bên dưới cột lọc - Tiếp tục thêm 500 µL dung dịch Washing buffer (AW2) vào cột lọc để rửa DNA, ly tâm 13 000 vòng/phút phút, bỏ dịch bên dưới, ly tâm lại 13 000 vòng/phút phút để làm khô màng - Chuyển cột sang Eppendorf mới, thêm 60 µL dung dịch Elution buffer (EL), để nhiệt độ phịng khoảng 2–3 phút, sau ly tâm 13 000 vòng/phút phút Bỏ cột, thu dịch bên dưới DNA tổng số, ghi ký hiệu mẫu bảo quản mẫu DNA –20oC cho đến sử dụng - Kiểm tra hàm lượng DNA tổng số bằng cách đo hấp phụ quang học (OD, optical density) máy đo quang phở kế NanoDrop®ND-1000 UV-Vis Spectrophotometer (Thermo Scientific Inc ) DNA tổng số pha thành nồng độ 50 ng/µL, sử dụng 1–2 µL cho phản ứng PCR có dung tích 50 µL PL2 Phương pháp thiết kế mồi chung và mồi đặc hiệu mtDNA Các mồi chung (hay gọi mồi ty thể chung cho sán dẹt, universal- 16 platyhelminth primers) sử dụng cho đề tài thu toàn bộ mtDNA SLP từ thiết kế liệt kê công bố trước (Le et al , 2002; 2016; 2019) hoặc/và cải tiến bổ sung thêm để thực PCR dài (long-PCR/ L-PCR) với mục tiêu thu nhận đoạn mtDNA có độ dài cao nhất có thể, 4–6 kb dài (Bảng PL2 1) Một số cặp mồi đặc hiệu mtDNA từng loài Paragonimus spp thiết kế để thu nhận sản phẩm PCR ngắn (1,5–3 kb) từ khuôn DNA tổng số hoặc/và từ khuôn sản phẩm LPCR thu nhận primer sử dụng để giải trình tự Chuỗi mồi thiết kế bằng chương trình Primer3Plus (https://www bioinformatics nl/cgi-bin/primer3plus/ ) Mồi chung sử dụng để thu nhận mtDNA của P heterotremus P ohirai: Sử dụng cặp mồi chung: i) URNLF/URNSR thu vùng gen rrnL-rrnS (~1000 bp); ii) TRECOBF/TRECOBR thu đoạn gen cob (~650 bp); iii) PNAD1F/JNAD1R thu đoạn gen nad1 (~400 bp); iv) JB3F/JB4 5R thu đoạn gen cox1 (444 bp) giải trình tự Các chuỗi sử dụng để thẩm định loài theo danh pháp tiếp tục thiết kế mồi đặc hiệu khởi điểm cho phản ứng PCR/LPCR Một số gen có mức độ bảo tồn cao 16S (rrnL) hay 12S (rrnS) hay chuỗi nucleotide tRNAGly định vị sau gen nad5 sử dụng thiết kế mồi lần lượt UNI16F UNI16R (trên rrnL), UNI12F UNI12R (trên rrnS), GLYF GLYR (trên tRNAGly) cho phản ứng L-PCR qua vùng mã hóa khơng mã hóa mtDNA (Bảng PL2 1) Bảng PL2 liệt kê tất mồi chung mồi đặc hiệu từng loài thiết kế sử dụng để thu sản phẩm PCR/LPCR có kích thước khác mtDNA P heterotremus P ohirai Trên sở trình tự nucleotide chuỗi thu nhận, tiếp tục thiết kế mồi giải trình tự bằng phương pháp kế tiếp lồng vào nhau, hay gọi phương pháp “lao mồi” trực tiếp từ sản phẩm hoặc/và sau tách dịng Giải trình tự thực sở dịch vụ: Macrogen (Hàn Quốc) (https://www macrogen com/en/main/); Công ty Nam Khoa (Việt Nam): (http://biotechem com vn/) PL2 Phương pháp thiết kế mời giải trình tự đơn vị mã hóa ribosome Bảng PL2 liệt kê tất mồi sử dụng để thu sản phẩm PCR/LPCR kích thước khác rTU chủng/5 loài P heterotremus, P ohirai, P iloktsuenensis, P miyazakii loài P westermani (2 chủng) Trên sở trình tự 17 nucleotide chuỗi thu nhận, tiếp tục thiết kế mồi giải trình tự bằng phương pháp kế tiếp lồng vào nhau, hay cịn gọi phương pháp “lao mời” trực tiếp từ sản phẩm hoặc/và sau tách dòng Giải trình tự thực sở dịch vụ: Macrogen (Hàn Quốc) (https://www macrogen com/en/main/); Công ty Nam Khoa (Việt Nam): (http://biotechem com vn/) Mồi sử dụng để thu nhận rTU chủng/5 loài P heterotremus, P ohirai, P iloktsuenensis, P miyazakii loài P westermani (2 chủng) (Bảng PL2 3) kế thừa từ nghiên cứu trước thiết kế bổ sung dựa một số công bố rTU có Ngân hàng gen liệu chúng tơi cơng bố có (Le et al , 2017; 2020b) sưu tầm để kết hợp sử dụng (Olson et al , 2003; Tkach et al , 2016) PCR/LPCR áp dụng bằng cách phối hợp cặp mồi khác lệch để thu phần DNA (phân đoạn) dài ngắn khác Toàn bộ đơn vị rTU (5’18S-ITS1-5 8S-ITS2-28S-IGS 3’) sán lá, biết cho đến có độ dài khoảng từ 7–8 cho đến 9–10 kb, tùy thuộc loài Phần mã hóa (coding region), tạm ký hiệu rTU* tính từ đầu 5’ gen 18S cho đến hết đầu 3’ gen 28S, độ dài thường khoảng 6–7 kb, dài ngắn khác tùy loài Paragonimus Các gen 18S, 8S, 28S rRNA có độ dài cố định lồi một chi, thậm chí một họ Tuy nhiên, vùng ITS-1 (giữa gen 18S gen 8S) ITS-2 (giữa gen 8S gen 28S) vùng lề IGS, một số lồi có nhiều cấu trúc lặp liền kề có số lượng khác nhau, nên tởng kích thước sẽ khác Có một số mẫu thu giải trình tự tồn bộ phần mã hóa rTU*, khơng thu vùng lề (IGS) PL2 Thành phần phản ứng, thực PCR và kiểm tra sản phẩm Phản ứng PCR điều chỉnh thành phần chu trình nhiệt phù hợp để thu sản phẩm PCR tốt nhất thu nhận phân đoạn mtDNA rTU Chúng tơi giới thiệu phản ứng có hiệu śt tốt nhất thực Phản ứng có tởng thể tích 50 µL, gồm: 25 µL PCR mastermix (Thermo Fisher Scientific, MA, USA), µL loại mồi (10 pmol/µL), µL khn DNA (25–50 ng/µL), µL DMSO (dimethyl sulfoxide) 17 µL nước khử ion DEPC, thực máy MJ PTC-100 (USA) Chu trình nhiệt gồm: chu kỳ 95oC/5 phút, 35 chu kỳ [94oC/1 phút, 52oC/1 phút; 72oC/2–6 phút], chu kỳ cuối 72oC/10 phút 18 Phản ứng L-PCR thực với enzyme Phusion DNA polymerase (Thermo Fisher Scientific Inc ), sản phẩm thu có độ dài 4–6 kb với chất lượng tốt Sản phẩm PCR/LPCR thu được điện di kiểm tra thạch agarose 1% nhuộm ethidium bromide, so sánh độ dài với thị DNA Lamda (HindIII) Sản phẩm PCR đơn băng tinh trực tiếp bằng bộ sinh phẩm GeneJET PCR Purification Kit (Thermo Scientific Inc ) Với sản phẩm đa băng, băng DNA với kích thước dự tính phân lập từ thạch agarose bằng bộ sinh phẩm GeneJET Gel Extraction Kit (Thermo Scientific Inc ) Các sản phẩm PCR tinh bằng bộ sinh phẩm GeneJET™ PCR Purification Kit gửi giải trình tự sở dịch vụ giới thiệu PL2 Phương pháp thu nhận DNA ribosome loài sán phổi L-PCR áp dụng thu nhận toàn bộ một phần ba (1/3) đến một nửa (½) vùng chép rTU (độ dài khoảng kb đến 4–5 kb, đến kb cho sản phẩm) với enzyme bộ sinh phẩm Phusion (Thermo Fisher Scientific) Các sản phẩm có kích thước dự tính có chất lượng tốt (rõ, đậm thạch agarose) tiếp tục sử dụng giải trình tự trực tiếp từ hai đầu biên hoặc/và làm khn cho PCR/LPCR mới bên để có sản phẩm tiếp tục giải trình tự Phần lớn sản phẩm PCR giải trình tự trực tiếp sau tinh sử dụng bộ sinh phẩm GeneJET PCR Purification Kit (Thermo Scientific Inc , MA, USA) theo hướng dẫn nhà sản xuất Chuỗi nucleotide từng phân đoạn sau biên tập (editing) bằng chương trình ChromasPro, lồng nối liên tiếp với để thu nhận hoàn tồn trình tự rTU lồi Sử dụng chuỗi nucleotide biên tập cuối để xác định gen, phân tích cấu trúc, xếp gen, vùng biên, đặc điểm chuỗi nucleotide nội gen vùng giao gen Các chương trình ChromasPro, BioEdit, GENEDOC2 sử dụng để thu nhận, xử lý, phân tích chuỗi nucleotide, đặc điểm gen ribosome (18S, 8S, 28S) vùng giao gen gồm ITS-1 ITS-2 vùng lề IGS PL2 Phương pháp tách dòng, thu DNA plasmid tái tở hợp Sản phẩm PCR giải trình tự trực tiếp, nếu có chất lượng tốt hàm lượng đủ theo yêu cầu Một số sản phẩm tách dòng sử dụng vector TA cloning thương mại pCR2 1TOPO (Invitrogen) TOPO® XL PCR Cloning Kit (Invitrogen Inc) (nếu sản phẩm PCR kb, cho đến kb), chọn lọc 19 plasmid tái tở hợp để giải trình tự DNA plasmid tái tở hợp tách chiết với bộ hố chất GeneJET Plasmid Miniprep Kit (Thermo Fisher Scientific Inc ) Nối sản phẩm PCR vào plasmid vector: Do sản phẩm PCR (sử dụng enzyme Taq DNA polymerase) thông thường gắn thêm Adenine (A) đầu 3’, nên nối với vector có đầu lồi Thymine (T) hãng sinh phẩm thiết kế từ trước, hai nucleotide sẽ gắn nối bổ sung cho nhờ enzyme nối T4-DNA ligase enzyme topoisomerase Vị trí để nối sản phẩm PCR vào bố trí chuỗi gen lacZ, gen mã hóa sản xuất enzyme β-galactosidase, có tác dụng xúc tác thủy phân một loại hóa chất có tên gọi X-gal để tạo nên dẫn chất có màu xanh Vi kh̉n khơng mang plasmid tái tổ hợp sẽ tạo nên khuẩn lạc màu xanh Khi sản phẩm nối vào vị trí nối thành cơng, đoạn DNA ngoại lai làm bất hoạt gen lacZ không cho gen sản xuất enzyme β-galactosidase Do vậy, vi khuẩn mang plasmid tái tổ hợp sẽ enzyme β-galactosidase phân giải chất X-gal tạo màu xanh, nên khuẩn lạc sẽ mang màu trắng nuôi mơi trường có chứa X-gal Chủn nạp ni cấy thạch: Tế bào sử dụng để chuyển nạp tế bào khả biến (competent cells) E coli chủng DH5αT1 Top10 (Invitrogen) Lấy 2– µL sản phẩm phản ứng nối-ghép, chuyển vào ống chứa 50 µL 100 µL tế bào khả biến DH5αT1; Ủ đá 45 phút, xử lý nhiệt (heat-shock) 42oC/45 giây lập tức chuyển vào đá để phút Thêm 150 µL dung dịch SOC (dung dịch giàu dinh dưỡng), lắc 200 vòng/phút 37oC/1 giờ 30 phút; tiếp tục lấy toàn bộ hỗn hợp dàn mặt thạch (LB agar 1,5%) có chứa kháng sinh Kanamycin (hay Ampicillin) X-gal ủ tủ ấm 37oC 18–20 giờ Sau ủ, nếu có khuẩn lạc phát triển mặt thạch (sau 18–20 giờ), đưa đĩa thạch vào khoang lạnh (10oC) tủ lạnh để X-gal phân giải hoàn toàn, giúp nhận biết dễ dàng khuẩn lạc trắng xanh trình chọn lọc khuẩn lạc Chọn lọc khuẩn lạc nuôi cấy môi trường lỏng: Chọn lấy một số khuẩn lạc màu trắng (4–6 khuẩn lạc) để nuôi cấy ống chứa mơi trường LB lỏng có kháng sinh Kanamycin (10 µL Kanamycin (50mg/mL) cho ống LB ni cấy) Chọn khuẩn lạc màu trắng ngà tốt nhất Bở sung thêm µL X-gal (40mg/ml) vào mơi trường để phân biệt vi khuẩn tái tổ hợp phát triển (khơng có màu xanh) loại bỏ vi kh̉n khơng tái tở hợp (ống có màu xanh) Sau cấy 20 khuẩn lạc, ống môi trường lắc 220 vòng/phút 16–20 giờ 37oC cho vi khuẩn nhân lên Tách chiết DNA plasmid tái tổ hợp: Sử dụng bộ kit QIAprep Spin Miniprep hãng QIAGEN theo hướng dẫn nhà sản xuất - Lấy 1,5 mL dung dịch tế bào vi khuẩn tái tổ hợp ni cấy qua đêm, ly tâm 10 000 vịng/phút 4–5 phút để thu cặn tế bào Thêm 250 µL dung dịch P1 để hòa tan cặn, hút nhẹ nhàng lên xuống vài lần cho tiếp 250 µL dung dịch P2; để nhiệt độ phòng 3–4 phút - Thêm 350 µL dung dịch N3, trộn nhẹ; ly tâm 13 000 vòng/phút 10 phút Thu dịch bên (~ 800 µL) cho lên bề mặt màng cột lọc đặt ống hứng (collection tube); ly tâm 13 000 vòng/phút phút, bỏ dịch bên dưới - Thêm 500 µL dung dịch PB lên màng lọc để rửa màng lọc có DNA plasmid; ly tâm 13 000 vòng/phút phút, bỏ phần dịch bên dưới - Thêm 750 µL dung dịch PE lên màng lọc để tiếp tục rửa màng lọc; ly tâm 13 000 vòng/phút phút, bỏ phần dịch bên dưới - Cuối cùng, ly tâm tiếp 13 000 vòng/phút phút cho màng chứa DNA plasmid tái tổ hợp thật khô, bỏ phần dịch bên dưới Chuyển cột lọc sang ống Eppendorf mới thêm 50 µL dung dịch EB lên màng lọc, để nhiệt độ phòng 3–4 phút - Ly tâm 13 000 vòng/phút 1–2 phút DNA plasmid tái tổ hợp “thôi” với dung dịch EB (50 µL) thu DNA plasmid tái tở hợp ống, ký hiệu bảo quản –20oC cho đến sử dụng Cắt kiểm tra DNA tái tở hợp: Lấy µL DNA plasmid tái tở hợp, dùng enzyme giới hạn EcoRI cắt DNA plasmid, ủ 37oC giờ; điện di thạch agarose 1% kiểm tra độ dài băng thu để tính tốn độ dài sản phẩm PCR ngoại lai có plasmid vector Sản phẩm DNA plasmid tái tở hợp giải trình tự sử dụng mồi chung M13F (5´- GTAAAACGACGGCCAG-3´) M13R (5´CAGGAAACAGCTATGAC-3´) PL2 Phương pháp giải trình tự và xử lý ch̃i nucleotide Sản phẩm PCR ngắn (1,3 kb, đến vài kb), nếu sản phẩm có chất lượng đơn nhất, rõ, tốt, ngồi cặp mồi hai đầu biên tham gia giải trình tự, thiết kế mồi kế tiếp cho chuỗi sau lồng bám vào chuỗi trước (gọi “lao mồi”, “primer-walking” strategy) (Le et al , 2017) để thu chuỗi hai chiều Với đoạn DNA chèn vào plasmid tái tổ hợp, sử dụng mồi chung M13F (5´- GTAAAACGACGGCCAG-3´) M13R (5´-CAGGAAACAGCTATGAC-3´), mồi thiết kế thêm bên (internal primers) để giải trình tự Chuỗi nucleotide sơ cấp sở dịch vụ cung cấp biên tập (editing) từ giản đồ trình tự (chromatogram) để thu chuỗi thứ cấp bằng chương trình ChromasPro (http://technelysium com au/wp/chromaspro/ bằng chương trình GENEDOC Phân tích phả hệ bằng ), sau xếp thu chuỗi cuối (http://www nrbsc org/gfx/genedoc/ chương (https://www megasoftware net/ trình MEGA ) MEGA X ) sử dụng phương pháp ”kết nối liền kề” (Neighbor- Joining, NJ) ”tiếp cận cực đại” (Maximum likelihood, ML) với hệ số tin cậy (bootstrap) 1000 lần lặp lại (Kumar et al , 2016; 2018) PL2 Phương pháp truy cập thu thập chuỗi so sánh và sắp xếp chỉnh Sau có chuỗi cuối cùng, việc đầu tiên xác định chuỗi có chuỗi lồi cần khơng Việc giám định chuỗi thực bằng cách truy cập vào Ngân hàng gen sử dụng chương trình BLAST (https://blast ncbi nlm nih gov/Blast cgi ) để xem xét thu nhận chuỗi tương ứng khác loài/chi/họ để so sánh đối chiếu Nhiều trường hợp, chuỗi giám định bằng cách so sánh với chuỗi kho liệu chúng tơi (Dữ liệu lồi sán dẹt) Một số lượng vài chục chuỗi (nếu có) chủng /loài gần gũi chủng /loài chi/họ/liên họ/phân bộ tương ứng thu nhận từ nguồn để sử dụng xếp chỉnh (alignment) Sắp xếp chỉnh thực trực tuyến (online) qua chương trình Gene Infinity (http://www geneinfinity org/) chương trình so sánh chuỗi có trang Web Expasy (https://www expasy org/) Tuy nhiên sử dụng chương trình GENEDOC MEGA MEGA X Từng trường hợp sử dụng sẽ giới thiệu chi tiết mục tương ứng ... mtDNA của họ Paragonimidae 114 42 Về nghiên cứu đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi châu Á … 118 421 Về thu nhận dữ liệu gen/ vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi châu. .. Nam châu Á, tiến hành đề tài: ? ?Nghiên cứu hệ gen ty thể, đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi họ Paragonimidae Việt Nam số khu vực châu Á”, với mục tiêu là: “Thu được toàn hệ gen ty. .. sắp xếp gen hệ gen ty thể 23 123 Mitoribosome của ty thể thành phần cấu tạo 26 124 Đặc điểm gen học hệ gen ty thể 26 11 12 13 Cấu trúc đơn vị mã hóa ribosome của hệ gen nhân 31