(Luận án tiến sĩ) nghiên cứu hệ gen ty thể, đơn vị mã hóa ribosome của sán lá phổi họ paragonimidae tại việt nam và một số khu vực châu á

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Nguyễn Thị Khuê NGHIÊN CỨU HỆ GEN TY THỂ, ĐƠN VỊ MÃ HÓA RIBOSOME CỦA SÁN LÁ PHỔI HỌ PARAGONIMIDAE TẠI VIỆT NAM VÀ MỘT SỐ KHU VỰC Ở CHÂU Á LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội – 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - N g u y ễ n Thị Khuê Lê Th an h Hò a NGHIÊN CỨU HỆ GEN TY THỂ, ĐƠN VỊ MÃ HÓA RIBOSOME CỦA SÁN LÁ PHỔI HỌ PARAGONIMIDAE TẠI VIỆT NAM VÀ MỘT SỐ KHU VỰC Ở CHÂU Á TS Đ oà n Th ị Th an h H ươ ng Chuyên ngành: Hóa sinh học Mã sỗ: 42 01 16 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: GS TS Hà Nội – 202 i LỜI CẢM ƠN Để hồn thành luận án này, tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới: - GS.TS Lê Thanh Hồ, ngun Trưởng Phịng Miễn dịch học, Viện Cơng nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, người thầy rất tâm huyết tận tình trực tiếp hướng dẫn, định hướng nghiên cứu, tạo điều kiện tối đa truyền dạy kiến thức, kinh nghiệm, động viên giúp đỡ tơi q trình học tập, nghiên cứu hoàn thành luận án - TS Đồn Thị Thanh Hương, Trưởng phịng Miễn dịch học, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, người thầy, người chị tận tình dạy đồng hướng dẫn khoa học thời gian học tập nghiên cứu Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành nhất tới đồng nghiệp Phịng Miễn dịch học Phịng thí nghiệm trọng điểm Công nghệ gen, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam nhiệt tình tạo điều kiện giúp đỡ tơi hồn thành luận án Tơi xin trân trọng cảm ơn: - Ban lãnh đạo Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam tạo điều kiện cho học tập nghiên cứu - Ban Giám đốc, Khoa Cơng nghệ sinh học, Phịng Quản lý Đào tạo - Học viện Khoa học Công nghệ tạo điều kiện giúp đỡ tơi suốt q trình học tập - Cám ơn hỗ trợ kinh phí Quỹ Phát triển Khoa học công nghệ Quốc gia (NAFOSTED) đề tài mã số 108.02-2017.09 108.02-2020.07 GS.TS Lê Thanh Hòa chủ nhiệm - TS Đặng Tất Thế, Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam; GS.TS Takeshi Agatsuma, Trường Đại học Kochi, Nhật Bản; GS.TS David Blair; GS.TS Nguyễn Văn Đề, Trường Đại học Y Hà Nội PGS.TS Phạm Ngọc Doanh, Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam, giúp đỡ hợp tác trao đổi thu mẫu, thí nghiệm nghiên cứu hình thái học cho nghiên cứu giúp đỡ khác ii cơng bố hồn thành luận án Cuối tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình ln chỗ dựa vững chắc, giúp đỡ chia sẻ khó khăn cho tơi suốt q trình thực luận án Tơi xin chân thành cảm ơn chồng ln khún khích truyền nhiệt hút cho tơi thêm sức mạnh để giúp tơi hồn thành q trình học tập nghiên cứu Hà Nội, ngày 13 tháng năm 2022 Tác giả Nguyễn Thị Khuê iii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Đây cơng trình nghiên cứu tơi một số kết cộng tác với cộng khác; Các số liệu kết trình bày luận án trung thực, một phần công bố tạp chí khoa học chuyên ngành với đồng ý cho phép đồng tác giả; Phần cịn lại chưa cơng bố bất kỳ cơng trình khác Hà Nội, ngày 13 tháng 2022 Tác giả Nguyễn Thị Khuê năm iv MỤC LỤC Tr Lời cảm ơn i Lời cam đoan iii Mục lục iv Danh mục chữ viết tắt viii Danh mục bảng xi Danh mục hình xiii MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tình hình nghiên cứu sán phổi họ Paragonimidae 1.1.1 Phân loại sán phổi họ Paragonimidae 1.1.2 Phân bố địa lý sán phổi họ Paragonimidae .5 1.1.3 Đặc điểm sinh học sán phổi họ Paragonimidae 1.1.4 Tình hình nghiên cứu sán phổi họ Paragonimidae giới 13 1.1.5 Tình hình nghiên cứu sán phởi họ Paragonimidae Việt Nam .18 1.2 Giới thiệu ty thể, ribosome của ty thể hệ gen ty thể 21 1.2.1 Giới thiệu ty thể, nguồn gốc, cấu tạo chức 21 1.2.2 Cấu trúc sắp xếp gen hệ gen ty thể 23 1.2.3 Mitoribosome của ty thể thành phần cấu tạo 26 1.2.4 Đặc điểm gen học hệ gen ty thể 26 1.3 Cấu trúc đơn vị mã hóa ribosome của hệ gen nhân 31 1.3.1 1.3.2 1.3.3 Cấu trúc ribosome của tế bào 31 Đơn vị mã hóa ribosome của hệ gen nhân tế bào 32 Nghiên cứu ứng dụng chỉ thị phân tử của đơn vị mã hóa ribosome 36 1.4 Sự cần thiết nghiên cứu đặc điểm gen hệ gen ty thể đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi Paragonimus ……………………… CHƯƠNG ĐỐI TƯƠNG, VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 2.1.1 2.1.2 2.1.3 2.1.4 2.2 2.2.1 38 41 Đối tượng, mục tiêu, nội dung địa điểm nghiên cứu 41 Đối tượng nghiên cứu ……………………………………………………… 41 Mục tiêu nghiên cứu 41 Nội dung nghiên cứu ……………………………………… ……………… 41 Địa điểm thời gian nghiên cứu 44 Vật liệu nghiên cứu ………………………………………………… 44 Nguồn vật liệu mẫu sán phổi nghiên cứu 44 v 2.2.2 2.2.3 2.2.4 2.3 2.3.1 Vật liệu khuôn DNA loại mồi sử dụng 45 Hóa chất, sinh phẩm, dụng cụ 45 Trang thiết bị 46 Phương pháp nghiên cứu gen hệ gen ty thể (mtDNA) ……… 46 Phương pháp xác định cấu trúc sắp xếp gen hệ gen ty thể của sán phổi Paragonimus heterotremus P ohirai ………………………… 47 2.3.2 Phương pháp phân tích đặc điểm gen RNA ribosome ty thể (MRG)… 48 2.3.3 Phương pháp phân tích đặc điểm gen RNA vận chuyển ty thể (tRNA) 48 2.3.4 Phương pháp phân tích vùng không mã hóa hệ gen ty thể ………… 49 2.3.5 Phân tích phương thức sử dụng nucleotide tính toán giá trị độ lệch (skew/skewness) hệ gen ty thể ……………………………………… 49 2.3.6 Phương pháp tính khoảng cách di truyền giữa loài sán phổi dựa chuỗi nucleotide của hệ gen ty thể …………………………………… 50 2.3.7 Phương pháp phân tích đặc điểm gen mã hóa protein sự “thiên vị” sử dụng mã ………………………………………………………………… 51 2.3.8 Phương pháp phân tích phả hệ dựa chỉ thị cộng hợp toàn 12 PCG của mtDNA …………………………………………………………… 52 2.4 Phương pháp nghiên cứu gen học đơn vị mã hóa ribosome (rTU) 53 2.4.1 Phương pháp xác định cấu trúc sắp xếp gen đơn vị mã hóa ribosome của Paragonimus heterotremus sán phổi châu Á ……… 53 2.4.2 Phương pháp xác định độ dài, đặc điểm gen/vùng giao gen đơn vị mã hóa ribosome …………………………………………………………… 54 2.4.3 Phương pháp phân tích đặc điểm cấu trúc bậc hai gen 18S 28S rRNA của Paragonimus heterotremus P ohirai …………………… 54 2.4.4 Phương pháp phân tích đặc điểm cấu trúc bậc hai vùng giao gen (ITS-1 ITS-2) của Paragonimus heterotremus sán phổi châu Á …… 55 2.4.5 Phương pháp phân tích phương thức sử dụng nucleotide giá trị độ lệch (“skew”) đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi châu Á … 56 2.4.6 Phương pháp phân tích tương đồng nucleotide của gen 18S+28S rRNA phần mã hóa ribosome (rTU*) của sán phổi họ Paragonimidae … 56 2.4.7 Phương pháp xác lập phả hệ dựa phân tích chuỗi gen 28S rRNA toàn phần (~3,8 kb) …………………… 56 2.4.8 Phương pháp xác lập phả hệ dựa phân tích cộng hợp ch̃i gen 18S+28S rRNA tồn phần (~5,8 kb)…………………… 57 CHƯƠNG KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU ……………………………………… 59 3.1 Kết nghiên cứu đặc điểm hệ gen ty thể của sán phổi châu Á v 3.1.1 3.1.2 3.1.3 3.1.4 3.1.5 3.1.6 3.1.7 3.1.8 Paragonimus heterotremus P Cấu trúc sắp xếp hệ gen ty thể heterotremus (mẫu Việt Nam) P Phân tích đặc điểm cấu trúc ge Phân tích đặc điểm cấu trúc ge Phân tích vùng không mã hóa (NC heterotremus P ohirai ………… Phương thức sử dụng nucleotide gen ty thể của P heterotremus, P Phân tích đặc điểm gen mã hóa p hệ gen ty thể của P heterotremu Khoảng cách di truyền giữa P he châu Á dựa chuỗi nucleotide Phân tích phả hệ sán phổi họ P acid cộng hợp của 12 PCG ……… 3.2 Kết nghiên cứu đơn vị mã h Paragonimidae ………………… 3.2.1 Cấu trúc sắp xếp gen đơn vị phổi Paragonimus châu Á (P hete P miyazakii P westermani) … 3.2.2 Độ dài gen rRNA vùng giao ge lồi sán phởi Paragonimus châ 3.2.3 Đặc điểm cấu trúc gen rRNA heterotremus P ohirai ………… 3.2.4 Đặc điểm cấu trúc vùng giao heterotremus P ohirai ………… 3.2.5 Kết phân tích phương thức sử (skew) đơn vị mã hóa ribosome 3.2.6 Kết phân tích tương đồng nuc hóa ribosome của sán phổi họ 3.2.7 Phân tích phả hệ sán phởi họ P gen 28S rRNA tồn phần ………… 3.2.8 Phân tích phả hệ sán phổi họ P hợp gen 18S+28S rRNA toàn phầ CHƯƠNG BÀN LUẬN …………………………………………………… 4.1 Về nghiên cứu gen/hệ gen ty Phet-GX-C : TTGTGTTATTTCTTAGCCATCTCGAGGATATGGGTTTGACGGGAGTGGGGGCCTATTTTCTGTTTTTGATGTTGTTGGTTTCTTTGCCTATTTCTGTTTCTGTTTTTTACAAGGTGTGGATGGCGGTTGGAATCTATTTCTGCTATTTTCCGGTTTTTGTTGCGTGGTGTGTTTATAGTG : trnV(Val)64 * Phet-GX-C : TGTCGGAACAGTTGTTTTTGTTTAGGTGGCTTATTAAGGATAGTGTGGCGTGTGAAACTTATAGGGGCGTTTTGTTGGGG trnD(Asp)66 * Phet-GX-C : GATGGCTGCTCTGCAAGTAGCCGGTGAGGCTGGGCCTCTGCCGTTG * Phet-GX-C : TTGATTATGTTGTTTGTGGCCTTCTTTATTTTAGGGGAGCGTAAGGTGTTGGGATATATCCAGTTTCGGAAGGGGCCTAATAAGGTTGGTGTGAGGGGGTTGTTGCAGAGTTTTGCAGATCTTTTAAAGTTAGTGATAAAGTTGAAGGTTTCTTCTTTTCAGGGTCGTAGTTGACTTTCT : * Phet-GX-C : TGATGGGGGGTGTATGCTTTGATATTTTTGGGAAGGCTTTACTGCGTTTTTTTTTCTCTTAGTCATTCTGGTTTAAGAAGAAGTAACAGTGCGCTTTGGTTGTTGGTGATAACTAGCATTACTGGTTATAGCTTATTGAGGGTTGGTTGAGGATCCTATAAAAAGTATGCTCTGCTAAGG : * Phet-GX-C : TGCTTGCGTTCTGCATTTGGTTCTATTACTTTTGAGGCGTGTTTCATGTGTGTTGTTCTTTTATTGGCTATTATTAGTGGCGTCTACTCGTTGGGCCCTTACTTGGAGCGCTCTTTTCTTGTTTTTTTAGTCTTGCCGTCTTGTTATGCTCTTTGGCTGGTTGGGATTTTGTGTGAGTGT : * Phet-GX-C : AATCGTACACCTTTGGACTATGCGGAGGCTGAGAGAGAGCTTGTCAGTGGTTTGAATACGGAGTATTGCAATGTGCCGTTTACGTGTCTTTTCGCTTGTGAATACCTGATAATGTTTATTTTCTCTTGGTTAGGGGGTGTGATTTTTTGAGGAGGTGCTGGTGTGTTGATGTTGTCGGTT : trnN(Asn)71 * Phet-GX-C : CTTCATGTTGTTTTTTTTATTTGGTCTCGTGCTACGTTGCCGCGGATCCGTTATGATTATTTTGTTCGGTTTATGTGGAAGTGGGCTGTGTTGGTGCTTGTTTTTTCTTTTTTTTTGGTTTTGGTG trnP(Pro)66 * Phet-GX-C : GAATTTTGTTGATTCTGCGGCCG nad3(357) * Phet-GX-C : TTTAAAGTTTGGGATTCTTACTCCTAGGATGTTGTTTTAACCTTTTGGG * Phet-GX-C : TGAGTGTGGTTTTGTATCTCAGCGGGGGGTGGAGGATTATTTCAGACATACTTATTTTGTCTTGTTAGTTTTTTTTGTTATCTTCGATTTGGAGGTCTCTTTATTGTTAAAAATGCCTTTGCAGGGTGTTTTGTACAAGAATTTGGGTTTTTATGTCCTTTTTTTGCTTTTGTTAGCGCT : trnS1-AGN(Ser)60 * Phet-GX-C : TGGTTTTGGTGTAGAGATTTATAAGGGTTATGCTGAGTGGGAGTAT cox1(1536) * Phet-GX-C : GTT ATG TTTACTTGGTTGTTTACTTTAGATCATAAGCGTATAGGTGTGAT * Phet-GX-C : CGAATCATGGTGTTGCTATGATTTTTTTCTTTTTGATGCCTGTCTTGATAGGTGGTTTTGGTAATTATCTTCTTCCGTTGTTGTTAGGTATTCCTGACCTGAAACTTCCTCGTCTGAAAGCTCTTAGGGCTTGATTAATGCTTCCTTCGGCGGTTTGCCTTAGTGTGAGAATGTTAGGAG : * Phet-GX-C : GTGCGGGAGTGGGGTGAACTTTTTATCCTCCTCTTTCGGGTGGTGATTATTCTGGTTGGGGTACGGATTTTTTGATGTTTTCTCTTCATTTGGCTGGTCTTTCTAGTCTTTTTGGTTCGTTGAAATTTATTTGTACTATCGTCAGGGCATTGTGTGAGCATACTGTGGGTCGGAGGTCTA : * Phet-GX-C : TAATTGTTTGGGCCTATCTTTTTACGTCTATCTTGTTGCTTCTTTCTTTGCCAGTGCTTGCTGCTGCGATTACCATGCTTTTGTTTGATCGAAAATTTAGTTCTGCTTTTTTTGACCCCCTTGGCGGCGGGGATCCTGTTTTATTTCAACACCTTTTTTGGTTTTTTGGCCATCCGGAGG : * Phet-GX-C : TGTATGTTTTAATTTTGCCTGGATTTGGTGTTGTGAGACATATCTGCATGACTTTGACTAATAAAGATTCTTTGTTTGGTTATTATGGCTTGGTTTTTGCCATGGGGGCTATTGTGTGTTTGGGGAGGGTTGTTTGAGCGCACCATATGTTTATGGTTGGTTTAGATGTTAAGACTGCTG : * Phet-GX-C : TTTTTTTTAGTTCTGTTACTGGGGTGATTGGGATTCCCACAGGGATTAAGGTTTTTTCTTGGTTGTTTATGTTGGGGGGCACTCGTTTACGGTTTTGAGATCCGGTGGTTTGGTGAATTTTAGGCTTTATTTTTCTTTTTACTATTGGTGGTGTAACTGGGATTATTTTGTCTTCTTCTA : * Phet-GX-C : TTTTGGATAGTCTGTTACATGATACCTGGTTTGTTGTTGCCCACTTTCACTATGTTCTATCTCTGGGATCTTATAGAACTGTGGTGATATCGCTCTTGTGATGATGGCCGGTTGTCACCGGGTTTAGCTTGAATAAGTATTTGTTGCAGGGTCACTGGGTGGCATCGATGGTGGGGTTTA : * Phet-GX-C : ATCTGTGTTTTTTCCCTATGCATTATCTTGGGGCTTATGGTCTTCCTCGGCGGGTGTGTAACTATGAGCCTGCTTTTCAGTGGCTAAACAATGTTTCTTCTGTTGGTGCCTTGGTTTCTGTGGTTAGGGCCTTTTTTTTGGTTTTTATTCTATGGGAGTCTTTGGTTGTGGGTAATCGTG : trnT(Thr)64 * Phet-GX-C : TTGTTGGTGTTTGGGGTACTAAAGCCCTGGTTATGAATGCTTTAGTTACTCCAGTCCCCCATCATAGTGTTTATATCAGTGGGCCGTCTCGTTGGCTTTCTTTT * Phet-GX-C : GCCGTAGTCTAGTTCTTGTGTTTAGTAGGTGTCGTACCTTTTGCATCATGATTCTTTGAGGGGGTTTAATTATCTTATTATTCCGAAAGGTAGCGATTTAAATCTGTCTTGTTTTAGGGCTTAGGGGTTAGCGGGTAGC Phet-GX-C : CTACTTTATAGCTGATTGTTGAGTGTTTTTTGTTTTAACTTCGTTGCTTGGATGTGGCGAGGTGTTTAAGAGAGTTTATGGGGGTAGACAGAGGCGGGGTTAAAAGTACCCTGTTTTAGTTTCGTGTTATAACGATCGT Phet-GX-C : ACAGTGTTTTGAAGTATGGGGGGATAAGTAGTTTAAATGGTTTCTTTCTTTCTCGAAGCTCTCCGGTCTGTTTCTTAAAAACATTTCCATCATCTTGTGAAGTTTTGATGGTAGTGCCTGCTCGATGTTTTAATAAATG Phet-GX-C : CCTTATAATTGAAGGATTGTTTGAATGGTTTGACTAGGGGGGTGTTTTAGATGGGGGCTATTGTTGAAATTAGGTGGCCGGTGCAGATCCCGGTGTTTTTTAATTAGACGGAAAGACCCCGAGAGCTTTAACATTTTTG Phet-GX-C : TCCTTTGGGAAAGAGGTTTAGTTACCTCGGGGATAACTAGGTAAGAGACGAGGAGAGGTCTTATCGATTTGTCTGTTTGCTATCTCGATGTTGACTTAGGGTTAGCATGGGGGTGTAGGAGCTCTTATGTTAGGGTCTG * * * * trnC(Cys)65 * Phet-GX-C : TGAGCCAGGTCGGTTCTTATCTTTTATTGTTGCGGTTTCGTACGAAAGGAGCATCCGTAGTTTAGGTT * Phet-GX-C : TAGGTTCTGTTTTGAGGTCAAAACCAATAGATTTTTGGTAGTTGAGCCTAGTGGTTGGGTCTTGGTTTTTGAGGTAACTCAGATTGGGCTGTTTTAATTGGGGTGGATAGTTCGCAGTGCCAGCATCCGCGGTTATTCT Phet-GX-C : ATTCTGACTTTTGGGTAGAATTCTTGTCTTGTTGAGATATGCCTACATTTCTTGGAGTGTTTTTTTAGGAAAAGGATTAGAGACCCTTGTACTAGGTGGAGTATTTTGTGTCCATGGTGTAAACTAAAAGGATTTGGCA Phet-GX-C : AGTCCGCTTAGGATCTTGCCGCCGCTATTAGTTAGTGTATATCCGGTTTAAGATTCGTGATTTGTGTCATTGAGTGTCATTTTATTTTAATTGAATCCAGGTCAATGTGCTGCTTATGCGGTGGTGCTTATGCACTAC * * cox2 * Phet-GX-C : CGGAAGTAGGTGGATTGAGGTTTGTTCTATCGAATGTTGGATTTAGTTGGGGTACATACCGCCCGTCACCCAGGGTGTTAACTGTGGTAAGTCGTAACATGGTAATGTTGGGGGAACCGGACATTAGTTGGTATGGCTCG * Phet-GX-C : CTGAGATGGTGGGTTATATTTCTTTCTTGTCCGCTTTTATTCCTATCTGGGTTTTTCTGGTTTTGGGTTGGCAGCTGTGTAGTAGGTATGGGACCGCGGCGCTTCGTAATGAGAGGGATTTGTTAGAATTTTTTTGGACGGTTGTTCCGAGGGTTTGCGTAGGGTTTCTCTGTTTTTTGA : 10440 * Phet-GX-C : ATTTGGGTTGTTTGGGTAATGATTTAATCTTAAAGACGCGTGGTCTGGTTAAGGTGATTGGTCGTCAGTGGTATTGGAGTTATGACCTAAAAGATGGTCAGGGGTTATACGATTCTGTGATGAGAGATTTTATCGATGGGGTAGATAAGCCTTTGCGTGTTTATGCGGATACCCCTTATA : 10620 * Phet-GX-C : ATCTTTCGATAACGTCTAGAGATGTCATCCATTCTTTTGCCCTTCCTGTTGTTAACTTGAAGGTTGATGCAATACCGGGACGCTTGAATAAAACTTTTTTCTGTATGAACCATGTTGGTATTTTTGTTGGTTACTGTAGAGAGTTGTGTGGTGCAGGGCATGCATACATGCCTATAGTGG : 10800 nad6 * Phet-GX-C : TGGAGGCTGTTGAAAAGGCCTTTATTAAGGAT * Phet-GX-C : ATTTAGCATTGTTTTGTTTGGTCTATGTTGGTGGTATTTATGTCCTATTCATTTTCGTCTCCGTGCATATCTCTAATCCTATGCCCGCAAGGGGTAGGAGGGGGTTTGTGTTTTTGGCAACGCTGGGATTATTTTTGCTATTTTTGGGGAGAGGTCTTGATCGCAAAGTTATGGGATTTT : 11160 trnY(Tyr)63 * Phet-GX-C : GTGAGGAAAGTCATTACCTGTGTTCCTATTATGAAGGATTTTCCTATTGTTTATTTTGCTTGGTCCTGATGATCGGTTTTGTTGGTGTCAGCATCGTTTCGGGTGAGAAGGATTCCTTTTTTCGT trnL1-CUN-66 * 10 Phet-GX-C : GTTTTCCAGTCGGAA GTTGGGACA * 11540 CCAGATAAAATGGGTTGGTTTTAAGCATCAAATATGAGGATTTTCTTCCCCGTGTG * 11720 Phet-GX-C : ATGAAGGGGCCTGGAAGCCTCTGTAAAACTTTGGAGATATTGTTGGAAGGAGGGTAGAGAGTTATTGGTGTTTGATGAGGTTAGTTTGATTTGTTTTTTCATGCTTTTTTGTTGTGGCAGACTTGCCCTTTTATACTGCTACCACTACTTAGGGGTTTCTTTGGAGGGAGAGCGTCTATT * 11900 Phet-GX-C : CCCACTGATGGTTTGGTTTCTGGGCGTGATGGGTATTTTAATTTTTAGCGGTAGTCTCGTTTTTTCGTTAGTTTTATGAGAATACCTGGGATTGGTAAGATTTCTGTTGATTTTGTTTTATTCCAACAGGAGTAGCGCCCGGGCTGCCCTTGTAACTTTGTTTGCATCTCGATTCGGCGA * 12080 Phet-GX-C : TGTTTCGCTGTTTATGCTAATTCTTTGATGTGGTGTGTGGTGAGGGAATAGGGGTTTCCTTTTTTTCTTTTTTTTTCTCCTCGTTGTTTTGACTAAGAGTGCGGCGTATCCTTTTATTTCTTGACTTTTGGAGGCCATGCGTGCTCCGACCCCGGTGAGCTCTCTTGTGCATTCTTCTAC * 12260 Phet-GX-C : TCTTGTTGCTGCCGGGGTTTGGTTTCTTTTGCGTTATCAGGGGTCTGTTGATTCTGTAGTGAGTGGGGTGTTGTGTTTGGTTTGTATCTTGACGATTGTTGTGAGTGGCGTTTGTGCGTCTCTTTTTAAAGATTTAAAGAAGGTGGTTGCGCTGTCTACGTGTAATAACATTTCTTGGTG * 12440 Phet-GX-C : TGTGATTTTTTTTGTTTGTGGGGATTTGGCTCTTTGTTTGTTGCAACTTTTAACTCATGGGGTTTGTAAGTGCTATCTTTTTATGTCTGTGGGGGATCTTATGTCTCAGTCTGGTGGGAGCCAGAGGTCTGTAGGTGTTTATGGCTCTCGTTATACGGGGGTGTTTGGTCCTTTTTTGCA * 12620 Phet-GX-C : AAGTATTTTGATCTTTTCTTTGTCTGGTTTACCGTTTATGGGTGTCTTTTTTAGGAAGCATGGTCTTTTTTCGGTTGTTTCCTATTGTTATGGGGTTGGGTTTGTGCTGGTTTTTTGGTTGGCTTTTTTCCTGACCTATGTTTACTCTGTTCGTTTAAGGTTATTGCTGTTGAAGAGTTT * 12800 Phet-GX-C : TAGTGGATTGTCCAGGGGTTATTCTAGAGCGTTTTTTTGCATAGGGGGTTTATGTCTGTTAGGGATTTTTTTGAATTGGATGGGTTTAGTTTTGTTTGATGAGAGGTTCGGGCTAAATGTCTGGTGGAGAATTATTATGCTTTTGGTTCAGGGTCTAGGTTGTTTGTTTGGTTGAATTCT * 12980 Phet-GX-C : GTTTAGTGGTGTGGGGGGTTTTAGATGGGGGATTATTTGAAGTTCTTTATTGTGGGGTAGAGATTGTTTGGTAAGGGCGTTTTATGCTGTTTTTTTGGGTTTATCGGAGGTGGCGGTGCTTTCTTTTTATCGTTGGGAGCTTTATGGTTTGGGGCTTGTTCCGGCAGGAGGCGGTTTTTT Phet-GX-C : * Phet-GX-C : TAGAAAGGTTTTTACTTCTTTGAAATTACTGGTATTGGGGGTGGTTTTTGTTGTCTTCTTATTTTCCTTGTCTTTCTGT : 11880 : 12060 : 12240 : 12420 : 12600 : 12780 : 12960 : 13140 13160 * 13340 Phet-GX-C : GGGGCCGTTTTAGCTTTGTTGT * 13520 Phet-GX-C : TTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAAGAGACAGGTGCATTCTTTAATCCTATGCCCGCAAGGGGTAGGAGCTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAAGAGACAGGTCTGGGGTTTATTACTAATATTGGGAGGACCTAGAGAAGAGAGATGGTTTGTGTTGGTTTATGCCA : 13680 * 13700 Phet-GX-C : GGTCTGTCTCTTATACACATCTAGATGTGTATAATAGTCTTTCTTATCCCGAGCCTCTGTGTGGGGGGTGCGAGAAGGTATGTCTGGGGTTTATTACTAATATTGGGAGGACCTAGAGAAGAGAGATGGTTTGGGGGGACTATAGGGGGGCCGTAGGAGATATCTAACATATTTCCCCGC : 13860 * 13880 13927 bp ======================================= Phet-GX-C : CGTGCTGTGTTTGAGTCTTAGTGTGTTTGGTGGGCGAGTTGGGGCGTTCGAGTGATGTGACTAGGAG : ĐƠN VỊ MÃ HĨA RIBOSOME Hình PL3.4 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome loài Paragonimus heterotremus của Việt Nam (chủng Phet-LC-VN), thiếu IGS (7.661 bp; ITS1 chứa 7.7 TRU) 18S (1977) * =PhD3-TUco : AACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACATACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC : * =PhD3-TUco : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGTGGCTTCGGCTGCTTCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCACTGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTACGATGGTAGGTGACCTGCCTA : * =PhD3-TUco : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA : * =PhD3-TUco : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTTTG : * =PhD3-TUco : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGTTTTGCAGGTGCTGACTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTTCCAGATGCCTTTAAACGGGTGTCGGGGGCGGACGGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG : * =PhD3-TUco : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCGAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA : 1080 * =PhD3-TUco : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC : 1260 * =PhD3-TUco : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAACGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG : 1440 * =PhD3-TUco : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCTCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCcTCTTCGGGGGTGGTGGCGTTGTTCGCCGGCGGGTGCTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT : 1620 * =PhD3-TUco : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTTCAAGTCATAAGCTTGCGATGATTACGTCCCTGCCCT : 1800 ITS1 (1371) * =PhD3-TUco : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGTTTCGGCAGCTCGACCGGCGCTGAGAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATT * =PhD3-TUco : GAATTCCCAAAATTCAAAATGCCTCAATGAGCATATGGGCAAGTATTCTCCACGGGTAGTCATACTCGTTAA * =PhD3-TUco : TCGGG TTTGTTGG * =PhD3-TUco : GATTCGACTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTGGATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGG * =PhD3-TUco : CCTTCGGG TTTGtTGGATGCAGCC * =PhD3-TUco : TTTGATTCGACTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTGGATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGG * =PhD3-TUco : GAGCCTTCGGG * =PhD3-TUco : CGGGAGTGACGGGTTGTGCTGTCCTCATAGACAGCGCTAGGCTTAATGAGTGGTAAGGCATATTGAGCTACGGCTCGACCACCGCCCTGTTTTGTTTCAATTTATGCCATTTTACACTGTTCAAGTGGTTCAGGTCGGCCTGTCTGACTTGGTCCATTGCCCGACATGCACCCGGTCCCG : 3240 * =PhD3-TUco : TACTGGACTGCATGTACAGTCGCCTGGCGGTGCCTTATCCCGGGCTTGACTGGTTAACCATACATCGTTCGTCTGGGTGACCGGATGTTCGGTGTGAGTACAACTCTGTGCGGTGGATCACTCGGCTCGTGTGTCGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGTGAACTGCATAC : 3420 * =PhD3-TUco : TGCTTTGAACATCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCCTGTCCGAGGGTCGGCT * =PhD3-TUco : TTCCCTAACAAATCCGGGCGTATCCATGTTGTGGCTGAAAGCCTTGATGGGGATGTGGCAACGGAGTCGTGGCTCAGTGAATGATTTATGTGCACGTTCCGCTGTCCCGTCATCATCTATGGTTGAAGTTGCGCGTGGTGTGTCCGATGCTGACCTATATATGTGCCATGTGGCTCATTT 28S * =PhD3-TUco : TCCTGACCTCGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAAA * =PhD3-TUco : GCTCCACCCTAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCAC : 4140 * =PhD3-TUco : GAGTCCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGTAAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAGTTGAACTGCAAGCTTTGAGGATTCAGCTGGTGAGTGTGGTTTGGGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGAGGTCTGTGTAGC : 4320 * =PhD3-TUco : AGCAGGTCTCTGCCCTCGGGTAGGGATGCGCGATACACTTATCAAGTGTTGTGCGCCTCTTTGTTTATCGGGCCAATTTGCCAGTGCACTTTCTCAGAGTGTTCACCACGACCGGCACTGCTGTCTGACTACTGTGGTTAAACCGGACTTACAGAGCACTTGTGGCTTTGTATGGCCGGG : 4500 * =PhD3-TUco : AAGGCAGGTAGCTCGTTGGCTAGCTTGTGGTTTACTGCAGGCGTTTGGTTTTCGAGTGTAATTAGCTGACCACGATTGTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTGTGGTACTTGCGTGCGTGCCGGTCCTGCTGGCGTGTTCGGGTTTGGTTGCCATGTTGCTTGTGAATGCAGGC : 4680 * =PhD3-TUco : CTGGTGATAGCTCGGATTCGTTTGGTTGGCGGTTGCGTATGTGATACCGTTAAGGGCCAACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGACTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGAGTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGCGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGG : 4860 * =PhD3-TUco : CCTGGCTTGTCTAGGCTGAGGTGAGATCCTGTCGTTTTCACGCATGGTACCGCCAAGCAACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAGTCTTCGGACCAGTGCACCGTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCT : 5040 * =PhD3-TUco : TGCGCAGGTTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAATAAACAGTTTTATCCGGTAA : 5220 * =PhD3-TUco : AGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAA : 5400 * =PhD3-TUco : CGCGACGCTCATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGAGTCGG : 5580 * =PhD3-TUco : TAATGTGTGGTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAGGAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAG : 5760 * =PhD3-TUco : GGTTCCATGGGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTCGGTACAGAGACGGGGTGCCTGACATTGTCAGTATTGCTGCTCGTATTGTTGCAAGGCAGCCCCCTGTAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTACAT : 5940 * =PhD3-TUco : TCCGGTCTTGTACTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGGCAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCACCATCCCCTGGAATCGGGTTGTCCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAAC : 6120 * =PhD3-TUco : GCTCTTGTCGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTAAGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAA : 6300 * =PhD3-TUco : ATGGGCTGGGATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGAGGCTGGTTTTTCTGTTGCTCTGTTCGCTTCGGTGGATGGGGTTGATGGGGTTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGACGATCTCAGCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCATCGTGCGTGGGAAACCGCGTGCGTCTGTGGCCT : 6480 * =PhD3-TUco : TGCTTCCTTCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGATCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGG : 6660 * =PhD3-TUco : GAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGA : 6840 * =PhD3-TUco : CTTTGTGAGGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGGTCTTTCGGGATTTGGCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATCGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTGCCAATTTTGGTTCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTC : 7020 * =PhD3-TUco : ATGTCAGATGAGCCGTGGTTTTCGGCTGCGGTGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACCCGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCCAAGGTAAGCTCAGCCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAA : 7200 * =PhD3-TUco : AAGCTTACTTGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCG : 7380 * =PhD3-TUco : GCTCTCCCTAGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAGTACAATGAAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGG : 7560 * 7661 bp ///-IGS-/// ======================================= =PhD3-TUco : AACCGCAGGTTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCTACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : 11 Hình PL3.5 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome (rTU) loài Paragonimus ohirai của Nhật Bản (Pohi-Kino-JP), thiếu IGS (7.422 bp; ITS1 chứa 5,7 TRU) 18S (1977) * Pohi-Kino- : AACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACATACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC : * Pohi-Kino- : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGCGGCCTCGGCTGCTTCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCACTGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTACGATGGTAGGTGACCTGCCTA : * Pohi-Kino- : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA : * Pohi-Kino- : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTTTG : * Pohi-Kino- : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGTTTTGCAGGTGCCGGCTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTTCCAGATGCCTTTAAACGGGTGTCGGGGGCGGACGGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG : * Pohi-Kino- : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCGAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA : 1080 * Pohi-Kino- : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGgAAGTATGGTtGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATGGACGGAAGGGC : 1260 * Pohi-Kino- : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATGGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG : 1440 * Pohi-Kino- : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCCCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCCTCTTCGGGGGTGGTGGTGTCGTTCACCGGCGGGTGCTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT : 1620 * Pohi-Kino- : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCT : 1800 ITS1 (1119) * Pohi-Kino- : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGTTTCGGCAGCTCGACCGGCGCTGAGAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATT * Pohi-Kino- : GAATTCCCTAAATTAAAAGTGCCTAGATGGGCAAATGGGCAAGTGTTTTCTAAGCGAGTAGTCATACTCGCTAAATGTAGCCTCGGCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGC : 2160 * Pohi-Kino- : * Pohi-Kino- : TCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATG : 2520 * Pohi-Kino- : AGCCTTCGG GTTTGTTGG * Pohi-Kino- : CATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGCGCCTACGCACAGTC * Pohi-Kino- : TACTGAGCTACGGCTCGGCCACCGCCCTGTTTGTTTCAATTTATGCCGTTTCACACTGTTCAAGTGGTTCGGGTCATCCTGTTTGGCCTGTTCCATTGCCCGACATGCACCCGGTCCCGTACTGGACTGCATGTACAGTCGCCTGGCGGTGCCTTATCCCGGGCTCGACTGGTTAACCAT : 3060 * Pohi-Kino- : ACGTCGTTCGTCCGGGTGACCGAATGTTCGATGTGAGTACAACTCTGTGCGGTGGATCACTCGGCTCGTGTGTCGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGCGAACTGCATACTGCTTTGAGCATCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCC : 3240 ITS * Pohi-Kino- : TGTCCGAGGGTCGGCT * Pohi-Kino- : CGGAATCGTGGCTCAGTGGATTATTTATGTGCGCGTTCCGTTGTCCTATCATCATCTATGGTTGATGCTGCGCATGGTGTGCGTCCGACGCCAACCTACGTATGGGCCGTGTGGCTCATTCTCCTGACCTCGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGG * Pohi-Kino- : AAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTGAGTAACGGCGAGTGAACAGGGAAAAGCCCAGCACCGAAGCCTGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTGCTGCTCCACCCTAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAA * Pohi-Kino- : AGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGT * Pohi-Kino- : AAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAATTGAACTGCAAGCTTTGAGGATTCAGCTGGTGAGTGTGGTTTGGGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGAGGTCTGTGTAGCAGCAGGTCTCTGCCCCCGGGCAGGGATGCGCGATACACTTATCAAGTGTTGTGCGCCTC * Pohi-Kino- : TTTGTTTATCGGGCCAGCTTGCCAGTGCACTTTCTCAGAGTGTTCACCACGACCGGCACTGCTGTCTGACTGCTGTGGTTAAACCGGACTTACAGAGCACCTGTGGCTTTGTATGGCCGGGAAGGCAGGTAGTTCGTTGGCTAGCTTGTGGTTTACCATAGGCGTTTGGCTTCCGAGCGT * Pohi-Kino- : AATTCGCTGACCACGATTGTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTGTGGTGCGTGCATGCGTGCCGGTTCTGCTGGCGTGTTCGGGTTTGGTTGCCATGTTGCTTGTGAATGCAAGCCTGGTGATGGCTCGGATTCGTTTAGTTGACGGTTGCGTGTGTGGTGCCGTTAAGGGCCA * Pohi-Kino- : ACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGATTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGAGTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGCGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGGCTTGGCTTGTCCAGGCTGAGGTGAGATCCCGTCGTTTTCATGCATGGTACCACCAAGCA * Pohi-Kino- : ACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAGTCTTCGGACCAGTGCACCGTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGTTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAA * Pohi-Kino- : ATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAGTAAACAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAAT * Pohi-Kino- : GGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAACGCGACGCTCATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGC * Pohi-Kino- : CATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGGGTCGGTAATGTGTGGTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAG * Pohi-Kino- : GAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGGTTCCATGGGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTC * Pohi-Kino- : GGTACAGAGACGGGGTGCCTGACACTGTCAGGATTGCTGCTCGTACTGTTGCAAGGCAGCCCCCTGTAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTGTATTCCGGTCATGTGCTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGG * Pohi-Kino- : CAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCATCCATCCCCTGGAATCGGGTTGTCCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAACGCTCTTGTCGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTA * Pohi-Kino- : CCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTAAGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAAATGGGCTGGGATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGGGGCTGGTTTTTCTGTTGCTCTG * Pohi-Kino- : TTCGCTTCGGTGGATGGAGTTGATGGGATTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGACGATCTCAGCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCGTCGTGCGTGGGAAACCGTGTGCGTCTGCGGCCTTGCTTCCTTCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATC * Pohi-Kino- : CGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGACCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGC * Pohi-Kino- : ATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAGGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGATCTCTCGAGATTTG * Pohi-Kino- : GCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATTGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTACCAATTTTGGTCCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTCATGTCAGATGAGCCGTGGCTTCGGCTGCGACGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACC * Pohi-Kino- : CGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCCAAGGTAAGCTCAGTCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTTACTTGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGA * Pohi-Kino- : TCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTCCCTAGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATA * Pohi-Kino- : GGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAGTACAATGAAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCT * : 3600 : 3780 : 3960 : 4140 : 4320 : 4500 : 4680 : 4860 : 5040 : 5220 : 5400 : 5580 : 5760 : 5940 : 6120 : 6300 : 6480 : 6660 : 6840 : 7020 : 7200 : 7380 Pohi-Kino- : ACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : ======================================= Hình PL3.6 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome loài Paragonimus iloktsuenensis của Nhật Bản (Pilo-Amami-JP), thiếu IGS (7.543 bp; ITS1 chứa 6,7 TRU) 18S (1977) *20*40*60*80*100*120*140*160*180 PILO-JP-rT : AACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACATACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC : 180 * PILO-JP-rT : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGCGGCCTCGGCTGCTTCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCACTGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTACGATGGTAGGTGACCTGCCTA : * PILO-JP-rT : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA : * PILO-JP-rT : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTTTG : * PILO-JP-rT : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGTTTTGCAGGTGCCGGCTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTTCCAGATGCCTTTAAACGGGTGTCGGGGGCGGACGGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG : * PILO-JP-rT : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCGAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA : 1080 * 1100 * 1120 * 1140 * 1160 * 1180 * 1200 * 1220 * 1240 * 1260 PILO-JP-rT : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGGGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC : 1260 * 1280 * 1300 * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 * 1400 * 1420 * 1440 PILO-JP-rT : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG : 1440 * 1460 * 1480 * 1500 * 1520 * 1540 * 1560 * 1580 * 1600 * 1620 PILO-JP-rT : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCCCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCCTCTTCGGGGGTGGTGGTGTCGTTCACCGGCGGGTGCTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT : 1620 * 1640 * 1660 * 1680 * 1700 * 1720 * 1740 * 1760 * 1780 * 1800 PILO-JP-rT : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCT : 1800 ITS1 (1240) * 1820 * 1840 * 1860 * 1880 * 1900 * 1920 * 1940 * 1960 * 1980 PILO-JP-rT TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGTTTCGGCAGCTCGACCGGCGCTGAGAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTACA : 1980 : Int seq (77) * 2000 * 2020 * 2040 * 2060 TRU1 * 2080 * 2100 * 2120 * 2140 * 2160 GAATTCCCTAAATTAAAAGTGCCTAGATGGGCAAATGGGCAAGTGTTTTCTAAGCGAGTAGTCATACTCGCTAAATGTAGCCTCGGCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGC * 2180 TRU2 * 2200 * 2220 * 2240 * 2260 * 2280 * 2300 TRU3 * 2320 * 2340 CTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGTGCATTGGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCAT * 2360 * 2380 * 2400 * 2420 TRU4 * 2440 * 2460 * 2480 * 2500 * 2520 TCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATG * 2540 TRU5 * 2560 * 2580 * 2600 * 2620 * 2640 * 2660 TRU6 * 2680 * 2700 AGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGC PILO-JP-rT : 2160 PILO-JP-rT : 2340 PILO-JP-rT : 2520 PILO-JP-rT : 2700 : : : : Int seq (356) PILO-JP-rT PILO-JP-rT * : CATTCGGTCCGGCTGTGCCTGGCGCATTCGTGTGCCTGCGCACAGTCGGATCTTTTCTGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGACTCGTCTGCCTAAGGTGGAGCGTTTCTCCTCTGCCATTCGGTCCGGCTGTgCCTGGCG * : GGGTGCCTATCCGTCTGATGCTCTTTGTTTTGCTTGCCATCTTCGGATGGTCAGTCCATCTCGGGAGTGACGGGTTGTACTGTCTTCATAGATAGTGCTAGGCTTAATGAGTGGTGAGGCATACTGAGCTACGGCTCGGCCACCG 12 5.8S (160) * 3080 * 3100 * 3120 * 3140 * 3160 * 3180 * 3200 * 3220 * 3240 PILO-JP-rT : TCAAGTGGTTCGGGTCATCCTGTTTGGCCTGTTCCATTGCCCGACATGCACCCGGTCCCGTACTGGACTGCATGTACAGTCGCCTGGCGGTGCCTTATCCCGGGCTCGACTGGTTAACCATACGTCGTTCGTCCGGGTGACCGAATGTTCGATGTGAGTACAACTCTGTGCGGTGGATCA : 3240 * 3260 PILO-JP-rT : CTCGGCTCGTGTGTCGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGCGAACTGCATACTGCTTTGAGCATCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCCTGTCCGAGGGTCGGCTTATAAACTATCGCGACGCCCAAAAAGTCGCGGCTTGGGTTTTG : 3420 * 3440 * 3460 * 3480 * 3500 * 3520 * 3540 * 3560 * 3580 * 3600 PILO-JP-rT : CCAGCTGGCGTGATTTCCCCAATCTGACCATGTGTTGGTGGGGTGCCAGATCTATGGCGTTTCCCTAACCTATCCGGGCGTACCCATGTTGTGGCTGAAGGCCTTGGTGGGGATGTGGCAACGGAATCGTGGCTCAGTGGATTATTTATGTGCGCGTTCCGTTGTCCTATCATCATCTAT : 3600 28S (3881) * 3620 * 3640 * 3660 * 3680 * 3700 * 3720 * 3740 * 3760 * 3780 PILO-JP-rT : GGTTGATGCTGCGCATGGTGTGCGTCCGACGCCAACCTACGTATGGGCCGTGTGGCTCATTCTCCTGACCTCGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTGAGTAACGGCGAGTGAACAGGGAAAAGCCCAGCAC : 3780 * 3800 * 3820 * 3840 * 3860 * 3880 * 3900 * 3920 * 3940 * 3960 PILO-JP-rT : CGAAGCCTGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTGCTGCTCCACCCTAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCG : 3960 * 3980 * 4000 * 4020 * 4040 * 4060 * 4080 * 4100 * 4120 * 4140 PILO-JP-rT : GGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGTAAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAATTGAACTGCAAGCTTTGAGG : 4140 * 4160 * 4180 * 4200 * 4220 * 4240 * 4260 * 4280 * 4300 * 4320 PILO-JP-rT : ATTCAGCTGGTGAGTGTGGTTTGGGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGAGGTCTGTGTAGCAGCAGGTCTCTGCCCCCGGGCAGGGATGCGCGATACACTTATCAAGTGTTGTGCGCCTCTTTGTTTATCGGGCCAGCTTGCCAGTGCACTTTCTCAGAGTGTTCACCACGACCGGCAC : 4320 * 4340 * 4360 * 4380 * 4400 * 4420 * 4440 * 4460 * 4480 * 4500 PILO-JP-rT : TGCTGTCTGACTGCTGTGGTTAAACCGGACTTACAGAGCACCTGTGGCTTTGTATGGCCGGGAAGGCAGGTAGTTCGTTGGCTAGCTTGTGGTTTACCATAGGCGTTTGGCTTCCGAGCGTAATTCGCTGACCACGATTGTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTGTGGTGCGTG : 4500 * 4520 * 4540 * 4560 * 4580 * 4600 * 4620 * 4640 * 4660 * 4680 PILO-JP-rT : CATGCGTGCCGGTTCTGCTGGCGTGTTCGGGTTTGGTTGCCATGTTGCTTGTGAATGCAAGCCTGGTGATGGCTCGGATTCGTTTAGTTGACGGTTGCGTGTGTGGTGCCGTTAAGGGCCAACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGATTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGG : 4680 * 4700 * 4720 * 4740 * 4760 * 4780 * 4800 * 4820 * 4840 * 4860 PILO-JP-rT : AGAGTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGCGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGGCTTGGCTTGTCCAGGCTGAGGTGAGATCCCGTCGTTTTCATGCATGGTACCACCAAGCAACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAGTCTTCGGACCA : 4860 * 4880 * 4900 * 4920 * 4940 * 4960 * 4980 * 5000 * 5020 * 5040 PILO-JP-rT : GTGCACCGTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGTTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGT : 5040 * 5060 * 5080 * 5100 * 5120 * 5140 * 5160 * 5180 * 5200 * 5220 PILO-JP-rT : TCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAGTAAACAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGG : 5220 * 5240 * 5260 * 5280 * 5300 * 5320 * 5340 * 5360 * 5380 * 5400 PILO-JP-rT : CCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAACGCGACGCTCATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCC : 5400 * 5420 * 5440 * 5460 * 5480 * 5500 * 5520 * 5540 * 5560 * 5580 PILO-JP-rT : CTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGGGTCGGTAATGTGTGGTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAGGAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGG : 5580 * 5600 * 5620 * 5640 * 5660 * 5680 * 5700 * 5720 * 5740 * 5760 PILO-JP-rT : TGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGGTTCCATGGGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTCGGTACAGAGACGGGGTGCCTGACACTGTCAGGATTGCTGCTCGTACTGTTGCAAGGCAG : 5760 * 5780 * 5800 * 5820 * 5840 * 5860 * 5880 * 5900 * 5920 * 5940 PILO-JP-rT : CCCCCTGTAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTGTATTCCGGTCATGTGCTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGGCAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCATCCATCCCCTGGAATC : 5940 * 5960 * 5980 * 6000 * 6020 * 6040 * 6060 * 6080 * 6100 * 6120 PILO-JP-rT : GGGTTGTCCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAACGCTCTTGTCGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTA : 6120 * 6140 * 6160 * 6180 * 6200 * 6220 * 6240 * 6260 * 6280 * 6300 PILO-JP-rT : AGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAAATGGGCTGGGATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGGGGCTGGTTTTTCTGTTGCTCTGTTCGCTTCGGTGGATGGAGTTGATGGGATTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGAC : 6300 * 6320 * 6340 * 6360 * 6380 * 6400 * 6420 * 6440 * 6460 * 6480 PILO-JP-rT : GATCTCAGCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCGTCGTGCGTGGGAAACCGTGTGCGTCTGCGGCCTTGCTTCCTTCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGACCGGTTTTGACGCAATGTG : 6480 * 6500 * 6520 * 6540 * 6560 * 6580 * 6600 * 6620 * 6640 * 6660 PILO-JP-rT : ATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCA : 6660 * 6680 * 6700 * 6720 * 6740 * 6760 * 6780 * 6800 * 6820 * 6840 PILO-JP-rT : AGGGAACGGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAGGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGATCTCTCGAGATTTGGCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATTGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTAC : 6840 * 6860 * 6880 * 6900 * 6920 * 6940 * 6960 * 6980 * 7000 * 7020 PILO-JP-rT : CAATTTTGGTCCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTCATGTCAGATGAGCCGTGGCTTCGGCTGCGACGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACCCGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGT : 7020 * PILO-JP-rT : AACGCAGGTGTCCCAAGGTAAGCTCAGTCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTTACTTGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGATTTTGATATTCGG * PILO-JP-rT : GATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTCCCTAGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGA * PILO-JP-rT : TACAATGAAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCTACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : 7543 (7,7 TRU) ///-IGS-/// ======================================= Hình PL3.7 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome (rTU) loài Paragonimus miyazakii của Nhật Bản (Pmiy-OkuST1-JP), thiếu IGS (6.932 bp; ITS1 chứa RU) 18S (1974) * AACCTGGT TGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGA * Pmiy-OkuST : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGTGGTTTCGGCTGCTTCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCACTGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTACGATGGTAGGTGACCTGCCTA : * Pmiy-OkuST : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA : * Pmiy-OkuST : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTTTG : * Pmiy-OkuST : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGTTTTGCAGGTGCTGACTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTTCCGGATGCCTTTAAACGGGTGTCGGGGGCGGACGGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG : * Pmiy-OkuST : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCGAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA : 1080 * Pmiy-OkuST : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC : 1260 * Pmiy-OkuST : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG : 1440 * Pmiy-OkuST : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCTCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCCTCTTCGGGGGTGGTGGCGCCGTTCGCCGGCGGGTGCTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT : 1620 * Pmiy-OkuST : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCTGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCT : 1800 Pmiy-OkuST : ITS1 (634) * 1820 * 1840 Pmiy-OkuST : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGTTTCGGCAGCTCGACCGGCGCTGAGAAGACGACCAAATTTGAACATTTAGAAGTGAAAGTCGTGACAAAGTTTCCGTAGGTGAACCTGGAGAAGGATCATT * Pmiy-OkuST : TTGCCGAAATTCAAAATGCCTCGATGAGCAAATGGGCAAGTGTTCTCCACGGGTAGTCATACGCCTTAAATGCAGCTTCGGCTGCCTCAGGTAGAGCGTCTCTCCCCTGCCATTTGATTCAGCTGTGTCTGGCGAACTCCAGTGGCTGCATTCAGTTGAATCTTTTCCGACGAGCCTTCA : 2160 * Pmiy-OkuST : GTTTTGTTGGATGCAACCTCATCTGCATCAGGTGGAGCGTCTTTCCTATGCCATTTAATCCAGCTGTACCTGGCGCACATGCGTGCCAATGTACAGTTATCCTTGCAGCAAGGCACCTACCTATCCGATGCTCTTTGAGTTGCTTGCCATTTTCGGATAGCGAATGCATCTCGGGAGTGA : 2340 * Pmiy-OkuST : CGGGTTGTACTGTGCTCATAGACAGCGCCAGGCTTAATGGGTGGTGAGGCATATTGAGCTACAGATCGGCCACCGCCATGTTTTGTTCCAATCTATGCCATTTCACACTGTTCAAGTGGTCCAGGTCGGCCTGTCTGAATTGGTCCATTGCCCGACATGCATCCGGTTCCGTACTGGACT : 2520 * Pmiy-OkuST : GCATGTACAGTCGACTGGCGGTGCCTGATCCCGGGCTTGACTGGCTAACCATACGTCGTTCTTCTGGCTGACTGGATGT * Pmiy-OkuST : CATCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCCTGTCCGAGGGTCGGCTTATAAACTATCGCGACGCCCAAAAAGTCGCGGCTTGGGTTTTGCCAGCTGGCGTGATTTCCCCAACCTGGCCTCGTGGCTGTGGGGTGCCAGATCTGTGGCGTTTCCCTAAC : 2880 * 28S (3881) Pmiy-OkuST : ATATCCGGGCGTACCCATGTTGTGGCTGAAAGCTTTGATGGGGATGTGGCAACGGAATCGTGGCTCAGTGATTGATTTGTGCGCGTTCCGCTATCCTATCATCGTCTATGGTTGATGTTGCGCGTGGTGTGTGCCCGATGCTGACCTATGTATGTGCCATGTGGCTCATTC * Pmiy-OkuST : CGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTGAGTAACGGCGAGTGAACAGGGAAAAGCCCAGCACCGAAGCCTGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTGCTGCTCCACCC * Pmiy-OkuST : TAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGAT * Pmiy-OkuST : AGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGTAAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAGTTGAACTGCAAGCTTTGGGGATTCAGCTGGTGAGTGTGGTTTGAGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGGGGTCTGTGTAGCAGCAGGTCT * Pmiy-OkuST : CTGCCCTTGGGCAGGGATGCGCGATGCACTTATCAGGTGTTGTGCGCCTCTTTGTTTATCGGGCCAATTTGCCAGTGCACTTTCTCAGAGTGTTCACCACGACCGGCACTGCTGTCTGACTACTGTGGTTAAACCGGACTTACAGAGCACTTGTGGTTTTGTATGGCCGGGAAGGCAGGT * Pmiy-OkuST : AGCTCGTTGGCTAGCTTGTGGTTTACTGCAGGCGTTTGGTTTTCGAGTGTAATTAGCTGACCACGATTGTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTGTGGTACTTGCGTGCGTGCCGGTCCTGCTGGCGTGTTCGGGTTTGGTTGCCATGTTGCTTGTGAATGCAGGCCTGGTGATA * Pmiy-OkuST : GCTCGGATTCGTTCGGTTGGCGGTTGCGTGCGTGGTGCCGTTAAGGGCCAACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGACTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGAGTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGCGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGGCCCGGCTTG * Pmiy-OkuST : TCCAGGCTGAGGTGAGATCCTGTCGTTTTCACGCATGGTACCACCAAGCAACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAATCTTCGGACCAGTGCACCGTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGT * Pmiy-OkuST : TGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAATAAACAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGA * Pmiy-OkuST : TTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAACGCGACGCT * Pmiy-OkuST : CATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGAGTCGGTAATGTGTG * Pmiy-OkuST : GTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAGGAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGGTTCCATG * Pmiy-OkuST : GGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTCGGTACAGAGACGGGGTGCCTGACATTGTCAGGATTGCTGCTCGTATTGTTGCAAGGCAGCCCCCTGTAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTGTATTCCGGTCTT * Pmiy-OkuST : GTGCTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGGCAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCATCCATCCCCTGGAATCGGGTTGTCCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAACGCTCTTGT * Pmiy-OkuST : CGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTAAGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAAATGGGCTG * Pmiy-OkuST : GGATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGGGGCTGGTTTTTCTGTCACTCTGTTCGCTTCGGTGGATGGGGTCGATGGGATTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGACGATCTCAGCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCATCGCGCGTGGGAAACTGTGTGCGTTTGTGGCCTTGCTTCCT * Pmiy-OkuST : TCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGACCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACT * Pmiy-OkuST : ATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGA * Pmiy-OkuST : GGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGGTCCTTCGGGGTTTGGCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATTGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTGCCAATTTTGGTCCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTCATGTCAGA * Pmiy-OkuST : TGAGCCGTGGCTTCGGCTGCGGTGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACCCGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCCAAGGTAAGCTCAGCCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTTACT * Pmiy-OkuST : TGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTCCCT * Pmiy-OkuST : AGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAGTACAATGAAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGGAACCGCAGG * Pmiy-OkuST : TTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCTACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : 6932 bp (0 TRU) ///-IGS-/// : 3240 : 3420 : 3600 : 3780 : 3960 : 4140 : 4320 : 4500 : 4680 : 4860 : 5040 : 5220 : 5400 : 5580 : 5760 : 5940 : 6120 : 6300 : 6480 : 6660 : 6840 13 Hình PL3.8 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome (rTU) loài Paragonimus westermani (2n) của Ấn Độ (Pwes-Megha(2n)-IN), thiếu IGS (8.616 bp; ITS1 chứa 15,7 TRU) 18S (1977) * Pwes(2n)-I : AACATGGGTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACATACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC : * Pwes(2n)-I : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGTGGCCTTGGCTGCATCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCACTGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTGCGATGGTAGGTGACCTGCCTA : * Pwes(2n)-I : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA : * Pwes(2n)-I : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTGTG : * Pwes(2n)-I : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGGTTCACAGGTGCTGACTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTCCCACATGCCTTTAAACGGGTGTCTgGGGCGGACTGCACgTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAgGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG : * Pwes(2n)-I : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCgGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCgAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGTCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGgATCGCCGcCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA : 1080 * Pwes(2n)-I : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC : 1260 * Pwes(2n)-I : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG : 1440 * Pwes(2n)-I : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCCCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCCTCTTCGGGGGTAGTGGTGTCGTTCGCCGGCGGGTACTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT : 1620 * Pwes(2n)-I : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCT : 1800 * ITS1 (2313) Pwes(2n)-I : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGCTTCGGCAGCTCGACCGGCGCTGACAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATT * Pwes(2n)-I : GAATTCCCAAATCTAAAGGTGCCTAAATGAGCACAAGGGCAAGTGTTTTCTCAACGAGCAGTCATGCTCGTCAA * Pwes(2n)-I : * Pwes(2n)-I : ATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCC * Pwes(2n)-I : * Pwes(2n)-I : ATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCC * Pwes(2n)-I : * Pwes(2n)-I : ATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCC * Pwes(2n)-I : * Pwes(2n)-I : ATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCC * Pwes(2n)-I : : 2520 : 2880 : 3240 : 3600 * Pwes(2n)-I : ATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGAATCTTTTCCGATGAGCCTTCGGGTTTGTTGGATGCAGCCTCGTCTGCCTCGGGTGGAGCGTTCTCCTCTGCCATGTGATTCGGCTGTGCCTGGCGCACTCGTGTGCCTACGTACAGTTATGCTTGCAGCAGGGTGCC : 3960 * Pwes(2n)-I : TACCTGTCTGATGCCCTTCGTTTTGCTTGCCATCTTTTGATGGTCAGTCCATCTCGTGGGTGACGGGTTGTACTGTCTTCATGGACAGTGCTAGGCTTAATGAGTGGTACGGCATATTGAGCTACGGCTCGGCCACCGCCCTGTTTGTTATAATTTATGCCATTTTACACTGTTCAAGTG : 4140 * Pwes(2n)-I : GTTCAGGTCAGCTCGTCTGGGCTGTTCCATTGCCCGACATGCACCCGGTCTCGTACTGGACTGCATGTACAGTCGCCTGGCGGTGCCTTATCCCGGGCTAGACTGGTTAACCATACGTCGTTCGTCTGGGTGACTGGATGTTCGATGTGAGTACAACTCTGTGCGGTGGATCACTCGGCT : 4320 Pwes(2n)-I : CGTGTGTCGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGCGAACTGCATACTGCTTTGAACATCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCCTGTCCGAGGGTCGGCT * * Pwes(2n)-I : GCGTGATCTCCCCAATCTGGTCTTGTGCCTGTGGGGTGCCAGATCTATGGCGTTTCCCTAACATACTCGGGCGCACCCACGTTGCGGCTGAAAGCCTTGACGGGGATGTGGCGACGGAATCGTGGCTCAGTAAATGATTTATGTGCGCGTTCCGCTGTCCTGTCTTCATCTGTGGTTCAT : 4680 * Pwes(2n)-I : * Pwes(2n)-I : TGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTGCTGCTCCACCCTAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCGGGTTGTT * Pwes(2n)-I : TGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGTAAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAGTTGAACTGCAAGCTCTGGGAATTCAGC * Pwes(2n)-I : TGGTGAATGTGGTTTGGGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGAGGTCTGCGTACCGGCAGGTCTTTACCCTCGGGTAAGGATGCGCGATACACTTATCAAGTGTTGTGCGCCTCTTTGTTTATCGGGCCAATTCGCCAGTGCACTTTCTCGGAGTGTTCACCACGACCGGCACTGCTGTC * Pwes(2n)-I : TGATTGCTGTGGTTAAACCGGACTTACAGGGCTCTTGTGGCGTTGTATGGCCGGGAAGGCAGGTAGCTCGTTGGCTAGCTTGCGGTTTACCGCTGGCGTTCGGTCTTCGAGTGTAAATAGCTGACCACGATATTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTTTGGTACGTGCGTGCGT * Pwes(2n)-I : GCTGGTTCTGCTGGCGTGTCCGGGTTTGGTTGCCATGTTGCTTGTGAATGCAGGCCTGGCAATGGTTCGGATTCGTTTGGTGGGCGGTTGCGTATGTGGTGCCGTTAAGGGCCAACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGACTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGAGTAA * Pwes(2n)-I : CATGTGCGCGAGTCATTGGGCGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGGCTTGACTTGTTCAGGCTGAGGTGAGATCCTGTCGTTTTCACGCATGGTGCCACCAAGCAACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAATCTTCGGACCAGTGCACC * Pwes(2n)-I : GTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGTTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCC * Pwes(2n)-I : GAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAGTAAACAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGGCCATTTT * Pwes(2n)-I : TGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAACGCGACGCTCATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCCCTGAAAA * Pwes(2n)-I : TGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGGGTCGGTAATGTGTGGTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAGGAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGAT * Pwes(2n)-I : CTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGGTTCCATGGGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTCGGTACAGAGACGGGGTGCCTGACATTGTCAGGATTGCTGCTCGTATTGTTGCAAGGCAGCCCCCTG * Pwes(2n)-I : TAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTGTATTCCGGTCTTGTGCTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGGCAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCATCCATCCCCTGGAATCGGGTTGT * Pwes(2n)-I : CCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAACGCTCTTGTCGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTAAGGGAAG * Pwes(2n)-I : TCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAAATGGGCTGGGATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGGGGCTGGTTTTTCTGTCACTCTGTTCGCTTCGGTGGATGGGGTCGATGGGATTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGACGATCTCA * Pwes(2n)-I : GCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCATCGCGCGTGGGAAACTGTGTGCGTTTGTGGCCTTGCTTCCTTCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGACCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTG * Pwes(2n)-I : CCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAAC * Pwes(2n)-I : GGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAGGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGGTCCTTCGGGGTTTGGCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATTGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTGCCAATTTT * Pwes(2n)-I : GGTCCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTCATGTCAGATGAGCCGTGGCTTCGGCTGCGGTGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACCCGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAG * Pwes(2n)-I : GTGTCCCAAGGTAAGCTCAGCCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTTACTTGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACT * Pwes(2n)-I : GGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTCCCTAGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAGTACAATG * Pwes(2n)-I : AAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCTACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : : 5040 : 5220 : 5400 : 5580 : 5760 : 5940 : 6120 : 6300 : 6480 : 6660 : 6840 : 7020 : 7200 : 7380 : 7560 : 7740 : 7920 : 8100 : 8280 : 8460 8616 bp (15,7 TRU) ///-IGS-/// ======================================= Hình PL3.9 Trình bày diễn giải gen vùng giao gen của đơn vị mã hóa ribosome (rTU) loài Paragonimus westermani (3n) của Hàn Quốc (Pwes-Bogil(3n)-KR), thiếu IGS (7.292 bp; ITS1 chứa 4,7 TRU) 18S (1977) * Pwes-KR(3n : AACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAGAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTACATACCTCAAAACGGTGAAACCGCGAATGGCTCATTAAATCAGCTATGGTTCCTTAGATCGTACCTACTACATGGATAACTGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCACTATGC : * Pwes-KR(3n : CCTGACCCGCGAGGGAACGGGTGGATTTATTAGAACAGAACCAACCGGTTGTGGCTCCGGCTGCATCCGTTGTACTCTGTGATGACTCTGGATAACTTCAATGATCGCGTCGGCCTTGTGTCGGCGACGGATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAATTTACGATGGTAGGTGACCTGCCTA : * Pwes-KR(3n : CCATGGTGATAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACTTCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCAATCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATACGAATACGGGACTCAACAGAGGCTCCGTAATTCGAATGAGTACA : * Pwes-KR(3n : ATTTAAATCCTTTAACGAGGATCAACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCCAGAAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGGGTCGCATGGCTACGTGCCGTCGCTCACTTTCTCGGTTGGCTGTTAAGGCCCTGGGTGTG : * Pwes-KR(3n : GTGGGTCGGTGTCGTGGTTGTGTGGTCTTTCTGCCGTGTCTGGTTCACAGGTGCTGACTAGGCCTTCGGGTTTGTCGGCATGCTTCCAGATGCCTTTAAACGGGTGTCGGGGGCGGACGGCACGTTTACTTTGAACAAATTTGAGTGCTCAAAGCAGGCCCTTGTGCCTGAAAATTCTTG : * Pwes-KR(3n : CATGGAATAATGGAATAGGACTTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTTCGGATCCGAAGTAATGGTTAAGAGGGACAGACGGGGGCATTTGTATGGCGGTGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCTGGAGCGAA : 1080 * Pwes-KR(3n : AGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTGACGATCCGCGGTGGTTCTTTTATTGTCCCCGCGGGCAGTCCCCGGGAAACCTTTAAGTCTTTGGGCTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC : 1260 * Pwes-KR(3n : ACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTCGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTGAGGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTTTG : 1440 * Pwes-KR(3n : GCCTGCTAAATAGTATGCCTGTCCTCTGTGCCCGTGCGGGTGGCGGTGCTCGCTGCCTCTTCGGGGGTAGTGGTGCCGTTCGCCGGCGGGTACTGCGCAGGTGTTTACTTCTTAGAGGGACAAGCGGCGTGACAGTCGCACGAAAATGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGT : 1620 * Pwes-KR(3n : CCGGGGCCGCACGTGCGCTACAATGACGGTTTCAGCGAGTCTGGGAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGAGTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTGTTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCT : 1800 ITS1 (989) 14 * Pwes-KR(3n : TTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGCAAGGTCCTCGGATTGGTGCCATTGTAGTTGCTCCGGCAGCTCGACCGGCGCTGAGAAGACGACCAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATT Int seq (73) * Pwes-KR(3n : GAATTCCCAATTCTGAAACTGCCTCAATGAGCACAAAGGCGTGTTCTAAACGAGCAGTCATGCTCGTCAA * Pwes-KR(3n : G TRU2 GTTTGTTGG * Pwes-KR(3n : GGCTGTGCCTGGCACACTCGTGTGCCTACGTACAGTCGGATCTTCTCCGATGAGCCTTCGG * GTTTGTTGG Pwes-KR(3n : G TRU4.7 ATGCAGCCTTGTCTGCCT * Pwes-KR(3n : GGGTTGTGCTGTCTTCACCGACAGTGCTAGGCTTAATGAGTGGTATGGCATATTGAGCTACGGCTCGGCCACCGCCCTGTTTGTTTCAATTTATGCCATTTTACACTGTTCAAGTGGTTCAGGTCAGCTCGTCTGAGCTGTTCCACTGCCCGACATGCACCCGGTCTCGTGCTGGACTGC : 2880 * Pwes-KR(3n : ATGTACAGTCGCCTGGCGGTGCCTTATCCCGGGCTAGACTGGTTAACCATACATCGTTCGTCTGGGTGACTGGATGTTCGATGTGAGTACAACTCTGTGCGGTGGATCACTCGGCTCGTGTGTCGATGAAGAGCGCAGCCAACTGTGTGAATTAATGCGAACTGCATACTGCTTTGAACA : 3060 * Pwes-KR(3n : TCGACATCTTGAACGCATATTGCGGCCACGGGTTAGCCTGTGGCCACGCCTGTCCGAGGGTCGGCTTATAAACTATCGCGACGCCCAAAAAGTCGCGGCTTGGGTTTTGCCAGCTGGCGTGATCTCCCCAATCTGGTCTTGTGCCTGTGGGGTGCCAGATCTGTGGCGTTTCCCTAACAT : 3240 * 28S (3881) Pwes-KR(3n : ACTCGGGCGCACCCACGTTGCGGCTGAAAGCCTTGACGGGGATGTGGCAACGGAATCGTGGCTCAGTGAATGATTTATGTGCGCGTTCCGCTGTCCTGTCTTCATCTGTGGTTTATGTTGCGCGTGGTCTGCTTTCGATGCTGACCTACGTATGTGCCATGTGGTTCATTC Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : Pwes-KR(3n : * CGGATCAGACGTGAGTACCCGCTGAACTTAAGCATATCACTAAGCGGAGGAAGAGAAACTCACAAGGATTCCCTGAGTAACGGCGAGTGAACAGGGAAAAGCCCAGCACCGAAGCCTGTGGTCATTTGGTCACTAGGCAATGTGGTGTTCAGGTCGTTCCATAGAGGTGCTGCTCCACCC * TAAGTCCAGCAATGAGTACGGTGGTACGGACATGGCCCACAGAGGGTGAAAGGCCCGTGGGGGTGGAGATCAGGCAGGCCAGTGCCTCTCTGGGTAGACCTTGGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTTGCACGAGTCCGAT * AGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTACTTTGAAGAGAGAGTAAACAGTGCGTGAAACCGCTCAGAGGTAAACGGGTGGAGTTGAACTGCAAGCTTCGGGAATTCAGCTGGTGAGTGTGGTTTGGGCTTGGTCAAGTCGGTTGGACATTGAGGTCTGTGTAGCGGCAGGTCT * TTACTTTCGGGTAAGGATGCGCGATACACTTATCAAGTGTTGTGCGCCTCTTTGTTTATCGGGCCAATTTGCCAGTGCACTTTCTCGGAGTGTTCACCACGACCGGCACTGCTGTCTGATTGCTGTGGTTAAACCGGACTTACAGGGCTCTTGTGGCGTTGTATGGCCGGGAAGGCAGGT * AGCTCGTTGGCTAGCTTGCGGTTTACCGCTGGCGTTTGGTTTTCGAGTGTAAATAGCTGACCACGATATTTCTGTGCAGTGTGTCGGAGACGGCGGCTTGTGGTACGTGCGTGCGTGCCGGTTCTGCTGGCGTGTCCGGGTTTGGTTGTCATGTTGCTTGTGAATGCAGGCCTGGCAATG * GTTCGGATTCGTTTGGTGGGCGGTTGCGTATGTGGTGCCGTTGAGGGCCAACAGTCTGTGGTGTAGTGGTAGACTATCCACCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGAGTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGTGTAACGAAACCCACAGGCGCAGTGAAAGTAAAGGCTTGGCTTG * TCCAGGCTGAGGTGAGATCCTGTCGTTTTCACGCATGGTGCCACCAAGCAACGAGCGGCAGGCGCATCACCGGCCCGTCCCATGACGTAGACACATAATCTTCGGACCAGTGCACCGTCGGGGCGGAGCATGAGCGTACATGTTGAGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGCGCAGGT * TGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGACCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACGTGAGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGTTCGGAGAAGTAAACAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGA * TTAGAGGCCTTGGGGGCGAAACGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAAGCTGAACTCGCTTGAGCGGAGTTGGGCGTTGAATGTGAGTGCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTCCGGTTAAGGTGCCTAACGCGACGCT * CATCAGATACCACAAAAGGTGTTGGTTGGTCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACCAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGGACCTATACCGGACCGTTACTGCAAGCTGGGTCGGTAATGTGTG * GTGTGAGGGCAAGCCGCACGACTCAGGCACGGAGTGGTGGTAACGAGTAGGAGGGTCGCCGTGGTGAGCGGGAAGCTTCGGGCGTGAGCTTGAGTGGAGCCGCCACGGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAGTGAGAACCTTGAAGGCCGAGGTGGAGAAGGGTTCCATG * GGAACAGCAGTTGGCCATGGGTCAGGCGGTCCTAAGTGATCCGATAACTCGGTACAGAGACGGGGTGCCTGACATTGTCAGGATTGCTGCTCGTATTGTTGCAAGGCAGCCCCCTGTAGCGAAAGGGAATCGGGTTAATATTCCCGACCCTGCCCACGGAGATTGGTGTATTCCGGTCTT * GTGCTGGTTTGCATCTAGCGCGGTAACGCAACCGACCTCGGAGACGTCGGCAAGAGTTCTGGGAAGAGTTCTCTTTTCTTTATTAGGAGTGCATCCATCCCCTGGAATCGGGTTGTCCGGAGATAGGGGACTAGCCTCCGTAAAGCACCACCCCTCTTGTGGTGTCCGGAACGCTCTTGT * CGGCCCTTGAAAATCCGAGCAAGGCAATATAATTTTCGTGGCAGGCCGTACCCATATCCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGCATTTGAACAATGTAGGTAAGGGAAGTCGGCAAATTGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCCGAGTCAAATGGGCTG * GAATCAGATACGTGCCGGTCAAGTTGGGGGCTGGTTTTTCTGTTACTCTGTTCGCTTCGGTGGATGGGGTCGATGGGATTACTGGACTCTGACCAGGCCGGTCGTGGACGATCTCAGCTGTAGTGCTGCTTGGTTCGCATCGCGCGTGGGAAACCGTGTGCGTTTGTGGCCTTGCTTCCT * TCGTTTGGCGTTAAACGGCTAACTCAGAACTGGCACGGACCAGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGTCCACTGACCGGTTTTGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACT * ATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGA * GGAGACATGACGGGTGTAGAATAAGTGGGAGCCAGGTCCTTCGGGGTTTGGCGTCAGTGAAATACCACCACCGTCATTGTTTCTTTGCTTATTCAGTAAAGCGGGGTGCCAATTTTGGTCCTAAGCACATGCTGGCATGCGTGGCTTTGCTGCGGGTGTCGGTATCCTGGTCATGTCAGA * TGAGCCGTGGCTTCGGCTGCGGTGTTTGAGTTTGAATGTGATGTGCGACCCGTTCTGAAGACAATGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCCAAGGTAAGCTCAGCCAGGACGGAAACCTGGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTTACT * TGATTTTGATTTTCAGTACGAATACAGACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTTGATTTTGATATTCGGAGTTTGAAGCTAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTCCCT * AGCGTTGTGACGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTAATGAGTACAATGAAACAGTGAAGTACAAACTGGCCGTTGCTATGGTAATCCTGTTTAGTACGAGAGGAACCGCAGG * Pwes-KR(3n : TTCAGACATTTGGTATATGTGCCTGGTCGAAAGGCCAATGGTGCGAAGCTACCATCTGAGGGATTAGGACTGAACGCCTCTAAGTCTGAATC : 7292 bp (7,7 TRU) ///-IGS-/// ======================================= : 3600 : 3780 : 3960 : 4140 : 4320 : 4500 : 4680 : 4860 : 5040 : 5220 : 5400 : 5580 : 5760 : 5940 : 6120 : 6300 : 6480 : 6660 : 6840 : 7020 : 7200 15 PHỤ LỤC II PL2.1 Phương pháp tách chiết DNA tổng số từ mẫu nghiên cứu DNA tổng số từ SLP trưởng thành Paragonimus spp nguyên từng mẫu riêng biệt tách chiết bằng bộ sinh phẩm DNeasy Blood and Tisue kit (Qiagen Inc Mỹ) hoặc GeneJET™ Genomic DNA Purification Kit (Thermo Scientific Inc., MA, USA) theo hướng dẫn nhà sản xuất DNA tổng số thu nhận với dung tích khoảng 100 µL/mẫu, hàm lượng DNA 50 ng/µL Mơ tả cụ thể tách chiết DNA tổng số sinh phẩm DNeasy Blood and Tissue kit (Qiagen Inc Mỹ) : - Mỗi mẫu sán ruột nhỏ (1 con) nghiền 180 µL dung dịch o Tissue Lysis buffer (ATL) bở sung 20 µL Proteinase-K (100mg/ml) ủ 56 C/2 giờ cho đến mơ phân giải hồn tồn o - Tiếp tục bở sung 200 µL dung dịch AL lắc ủ 56 C/30 phút - Thêm 200 µL Ethanol (100%), trộn đều, sau chuyển tồn bộ hỗn dịch sang cột có màng lọc ly tâm 10.000 vòng/phút phút, loại bỏ phần dịch phía dưới cột lọc - Thêm 500 µL dung dịch Washing buffer (AW1) vào cột lọc, ly tâm 13.000 vòng/phút phút, bỏ dịch ly tâm bên dưới cột lọc - Tiếp tục thêm 500 µL dung dịch Washing buffer (AW2) vào cột lọc để rửa DNA, ly tâm 13.000 vòng/phút phút, bỏ dịch bên dưới, ly tâm lại 13.000 vòng/phút phút để làm khô màng - Chuyển cột sang Eppendorf mới, thêm 60 µL dung dịch Elution buffer (EL), để nhiệt độ phịng khoảng 2–3 phút, sau ly tâm 13.000 vòng/phút phút Bỏ cột, thu dịch bên dưới DNA tổng số, ghi ký hiệu mẫu bảo quản mẫu o DNA –20 C cho đến sử dụng - Kiểm tra hàm lượng DNA tổng số bằng cách đo hấp phụ quang học (OD, optical density) máy đo quang phở kế NanoDrop®ND-1000 UV-Vis Spectrophotometer (Thermo Scientific Inc.) DNA tổng số pha thành nồng độ 50 ng/µL, sử dụng 1–2 µL cho phản ứng PCR có dung tích 50 µL PL2.2 Phương pháp thiết kế mồi chung và mồi đặc hiệu mtDNA Các mồi chung (hay gọi mồi ty thể chung cho sán dẹt, universal- 16 platyhelminth primers) sử dụng cho đề tài thu toàn bộ mtDNA SLP từ thiết kế liệt kê công bố trước (Le et al., 2002; 2016; 2019) hoặc/và cải tiến bổ sung thêm để thực PCR dài (long-PCR/ L-PCR) với mục tiêu thu nhận đoạn mtDNA có độ dài cao nhất có thể, 4–6 kb hoặc dài (Bảng PL2.1) Một số cặp mồi đặc hiệu mtDNA từng loài Paragonimus spp thiết kế để thu nhận sản phẩm PCR ngắn (1,5–3 kb) từ khuôn DNA tổng số hoặc/và từ khuôn sản phẩm LPCR thu nhận primer sử dụng để giải trình tự Chuỗi mồi thiết kế bằng chương trình Primer3Plus (https://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/) Mời chung sử dụng để thu nhận mtDNA của P heterotremus P ohirai: Sử dụng cặp mồi chung: i) URNLF/URNSR thu vùng gen rrnL-rrnS (~1000 bp); ii) TRECOBF/TRECOBR thu đoạn gen cob (~650 bp); iii) PNAD1F/JNAD1R thu đoạn gen nad1 (~400 bp); iv) JB3F/JB4.5R thu đoạn gen cox1 (444 bp) giải trình tự Các chuỗi sử dụng để thẩm định loài theo danh pháp tiếp tục thiết kế mồi đặc hiệu khởi điểm cho phản ứng PCR/LPCR Một số gen có mức độ bảo tồn cao 16S (rrnL) hay 12S (rrnS) hay chuỗi nucleotide tRNA Gly định vị sau gen nad5 sử dụng thiết kế mồi lần lượt UNI16F UNI16R (trên rrnL), UNI12F UNI12R (trên rrnS), GLYF GLYR (trên tRNA Gly ) cho phản ứng L-PCR qua vùng mã hóa khơng mã hóa mtDNA (Bảng PL2.1) Bảng PL2.1 liệt kê tất mồi chung mồi đặc hiệu từng loài thiết kế sử dụng để thu sản phẩm PCR/LPCR có kích thước khác mtDNA P heterotremus P ohirai Trên sở trình tự nucleotide chuỗi thu nhận, tiếp tục thiết kế mồi giải trình tự bằng phương pháp kế tiếp lồng vào nhau, hay cịn gọi phương pháp “lao mời” trực tiếp từ sản phẩm hoặc/và sau tách dịng Giải trình tự thực sở dịch vụ: Macrogen (Hàn Quốc) (https://www.macrogen.com/en/main/); Công ty Nam Khoa (Việt Nam): (http://biotechem.com.vn/) PL2.3 Phương pháp thiết kế mời giải trình tự đơn vị mã hóa ribosome Bảng PL2.3 liệt kê tất mồi sử dụng để thu sản phẩm PCR/LPCR kích thước khác rTU chủng/5 loài P heterotremus, P ohirai, P iloktsuenensis, P miyazakii loài P westermani (2 chủng) Trên sở trình tự 17 nucleotide chuỗi thu nhận, tiếp tục thiết kế mồi giải trình tự bằng phương pháp kế tiếp lồng vào nhau, hay gọi phương pháp “lao mồi” trực tiếp từ sản phẩm hoặc/và sau tách dịng Giải trình tự thực sở dịch vụ: Macrogen (Hàn Quốc) (https://www.macrogen.com/en/main/); Công ty Nam Khoa (Việt Nam): (http://biotechem.com.vn/) Mồi sử dụng để thu nhận rTU chủng/5 loài P heterotremus, P ohirai, P iloktsuenensis, P miyazakii loài P westermani (2 chủng) (Bảng PL2.3) kế thừa từ nghiên cứu trước thiết kế bổ sung dựa một số công bố rTU có Ngân hàng gen hoặc liệu chúng tơi cơng bố có (Le et al., 2017; 2020b) hoặc sưu tầm để kết hợp sử dụng (Olson et al., 2003; Tkach et al., 2016) PCR/LPCR áp dụng bằng cách phối hợp cặp mồi khác lệch để thu phần DNA (phân đoạn) dài ngắn khác Toàn bộ đơn vị rTU (5’18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S-IGS 3’) sán lá, biết cho đến có độ dài khoảng từ 7–8 cho đến 9–10 kb, tùy thuộc lồi Phần mã hóa (coding region), tạm ký hiệu rTU* tính từ đầu 5’ gen 18S cho đến hết đầu 3’ gen 28S, độ dài thường khoảng 6–7 hoặc kb, dài ngắn khác tùy loài Paragonimus Các gen 18S, 5.8S, 28S rRNA có độ dài cố định lồi một chi, thậm chí một họ Tuy nhiên, vùng ITS-1 (giữa gen 18S gen 5.8S) ITS-2 (giữa gen 5.8S gen 28S) vùng lề IGS, một số loài có nhiều cấu trúc lặp liền kề có số lượng khác nhau, nên tởng kích thước sẽ khác Có một số mẫu thu giải trình tự tồn bộ phần mã hóa rTU*, không thu vùng lề (IGS) PL2.4 Thành phần phản ứng, thực PCR và kiểm tra sản phẩm Phản ứng PCR điều chỉnh thành phần chu trình nhiệt phù hợp để thu sản phẩm PCR tốt nhất thu nhận phân đoạn mtDNA rTU Chúng giới thiệu phản ứng có hiệu suất tốt nhất thực Phản ứng có tởng thể tích 50 µL, gồm: 25 µL PCR mastermix (Thermo Fisher Scientific, MA, USA), µL loại mồi (10 pmol/µL), µL khn DNA (25–50 ng/µL), µL DMSO (dimethyl sulfoxide) 17 µL nước khử ion DEPC, thực máy MJ PTC-100 (USA) Chu trình nhiệt gồm: chu kỳ o o o o 95 C/5 phút, 35 chu kỳ [94 C/1 phút, 52 C/1 phút; 72 C/2–6 phút], chu kỳ cuối o 72 C/10 phút 18 Phản ứng L-PCR thực với enzyme Phusion DNA polymerase (Thermo Fisher Scientific Inc.), sản phẩm thu có độ dài 4–6 kb với chất lượng tốt Sản phẩm PCR/LPCR thu được điện di kiểm tra thạch agarose 1% nhuộm ethidium bromide, so sánh độ dài với thị DNA Lamda (HindIII) Sản phẩm PCR đơn băng tinh trực tiếp bằng bộ sinh phẩm GeneJET PCR Purification Kit (Thermo Scientific Inc.) Với sản phẩm đa băng, băng DNA với kích thước dự tính phân lập từ thạch agarose bằng bộ sinh phẩm GeneJET Gel Extraction Kit (Thermo Scientific Inc.) Các sản phẩm PCR tinh bằng bộ sinh phẩm GeneJET™ PCR Purification Kit gửi giải trình tự sở dịch vụ giới thiệu PL2.5 Phương pháp thu nhận DNA ribosome loài sán phổi L-PCR áp dụng thu nhận toàn bộ hoặc một phần ba (1/3) đến một nửa ( vùng chép rTU (độ dài khoảng kb đến 4–5 kb, hoặc đến kb cho sản phẩm) với enzyme bộ sinh phẩm Phusion (Thermo Fisher Scientific) Các sản phẩm có kích thước dự tính có chất lượng tốt (rõ, đậm thạch agarose) tiếp tục sử dụng giải trình tự trực tiếp từ hai đầu biên hoặc/và làm khn cho PCR/LPCR mới bên để có sản phẩm tiếp tục giải trình tự Phần lớn sản phẩm PCR giải trình tự trực tiếp sau tinh sử dụng bộ sinh phẩm GeneJET PCR Purification Kit (Thermo Scientific Inc., MA, USA) theo hướng dẫn nhà sản xuất Chuỗi nucleotide từng phân đoạn sau biên tập (editing) bằng chương trình ChromasPro, lồng nối liên tiếp với để thu nhận hoàn toàn trình tự rTU lồi Sử dụng chuỗi nucleotide biên tập cuối để xác định gen, phân tích cấu trúc, xếp gen, vùng biên, đặc điểm chuỗi nucleotide nội gen vùng giao gen Các chương trình ChromasPro, BioEdit, GENEDOC2.7 sử dụng để thu nhận, xử lý, phân tích chuỗi nucleotide, đặc điểm gen ribosome (18S, 5.8S, 28S) vùng giao gen gồm ITS-1 ITS-2 vùng lề IGS PL2.6 Phương pháp tách dịng, thu DNA plasmid tái tở hợp Sản phẩm PCR hoặc giải trình tự trực tiếp, nếu có chất lượng tốt hàm lượng đủ theo yêu cầu Một số sản phẩm tách dòng sử dụng vector TA cloning thương mại pCR2.1TOPO (Invitrogen) hoặc TOPO® XL PCR Cloning Kit (Invitrogen Inc) (nếu sản phẩm PCR kb, cho đến kb), chọn lọc 19 plasmid tái tở hợp để giải trình tự DNA plasmid tái tổ hợp tách chiết với bộ hoá chất GeneJET Plasmid Miniprep Kit (Thermo Fisher Scientific Inc.) Nối sản phẩm PCR vào plasmid vector: Do sản phẩm PCR (sử dụng enzyme Taq DNA polymerase) thông thường gắn thêm Adenine (A) đầu 3’, nên nối với vector có đầu lồi Thymine (T) hãng sinh phẩm thiết kế từ trước, hai nucleotide sẽ gắn nối bở sung cho nhờ enzyme nối T4-DNA ligase hoặc enzyme topoisomerase Vị trí để nối sản phẩm PCR vào bố trí chuỗi gen lacZ, gen mã hóa sản xuất enzyme β-galactosidase, có tác dụng xúc tác thủy phân một loại hóa chất có tên gọi X-gal để tạo nên dẫn chất có màu xanh Vi khuẩn không mang plasmid tái tổ hợp sẽ tạo nên khuẩn lạc màu xanh Khi sản phẩm nối vào vị trí nối thành cơng, đoạn DNA ngoại lai làm bất hoạt gen lacZ không cho gen sản xuất enzyme β-galactosidase Do vậy, vi khuẩn mang plasmid tái tở hợp sẽ khơng có enzyme β-galactosidase phân giải chất X-gal tạo màu xanh, nên khuẩn lạc sẽ mang màu trắng ni mơi trường có chứa X-gal Chuyển nạp nuôi cấy thạch: Tế bào sử dụng để chuyển nạp tế bào khả biến (competent cells) E coli chủng DH5αT1 hoặc Top10 (Invitrogen) Lấy 2– µL sản phẩm phản ứng nối-ghép, chuyển vào ống chứa 50 µL hoặc 100 µL tế o bào khả biến DH5αT1; Ủ đá 45 phút, xử lý nhiệt (heat-shock) 42 C/45 giây lập tức chuyển vào đá để phút Thêm 150 µL dung dịch SOC o (dung dịch giàu dinh dưỡng), lắc 200 vòng/phút 37 C/1 giờ 30 phút; tiếp tục lấy toàn bộ hỗn hợp dàn mặt thạch (LB agar 1,5%) có chứa kháng sinh o Kanamycin (hay Ampicillin) X-gal ủ tủ ấm 37 C 18–20 giờ Sau ủ, nếu có khuẩn lạc phát triển mặt thạch (sau 18–20 giờ), đưa đĩa thạch vào o khoang lạnh (10 C) tủ lạnh để X-gal phân giải hoàn toàn, giúp nhận biết dễ dàng khuẩn lạc trắng xanh trình chọn lọc khuẩn lạc Chọn lọc khuẩn lạc nuôi cấy môi trường lỏng: Chọn lấy một số khuẩn lạc màu trắng (4–6 khuẩn lạc) để nuôi cấy ống chứa mơi trường LB lỏng có kháng sinh Kanamycin (10 µL Kanamycin (50mg/mL) cho ống LB nuôi cấy) Chọn khuẩn lạc màu trắng ngà tốt nhất Bở sung thêm µL X-gal (40mg/ml) vào môi trường để phân biệt vi khuẩn tái tổ hợp phát triển (khơng có màu xanh) loại bỏ vi kh̉n khơng tái tở hợp (ống có màu xanh) Sau cấy 20 o khuẩn lạc, ống môi trường lắc 220 vòng/phút 16–20 giờ 37 C cho vi khuẩn nhân lên Tách chiết DNA plasmid tái tổ hợp: Sử dụng bộ kit QIAprep Spin Miniprep hãng QIAGEN theo hướng dẫn nhà sản xuất - Lấy 1,5 mL dung dịch tế bào vi khuẩn tái tổ hợp nuôi cấy qua đêm, ly tâm 10.000 vòng/phút 4–5 phút để thu cặn tế bào Thêm 250 µL dung dịch P1 để hịa tan cặn, hút nhẹ nhàng lên xuống vài lần cho tiếp 250 µL dung dịch P2; để nhiệt độ phịng 3–4 phút - Thêm 350 µL dung dịch N3, trộn nhẹ; ly tâm 13.000 vòng/phút 10 phút Thu dịch bên (~ 800 µL) cho lên bề mặt màng cột lọc đặt ống hứng (collection tube); ly tâm 13.000 vòng/phút phút, bỏ dịch bên dưới - Thêm 500 µL dung dịch PB lên màng lọc để rửa màng lọc có DNA plasmid; ly tâm 13.000 vòng/phút phút, bỏ phần dịch bên dưới - Thêm 750 µL dung dịch PE lên màng lọc để tiếp tục rửa màng lọc; ly tâm 13.000 vòng/phút phút, bỏ phần dịch bên dưới - Cuối cùng, ly tâm tiếp 13.000 vòng/phút phút cho màng chứa DNA plasmid tái tổ hợp thật khô, bỏ phần dịch bên dưới Chuyển cột lọc sang ống Eppendorf mới thêm 50 µL dung dịch EB lên màng lọc, để nhiệt độ phòng 3–4 phút - Ly tâm 13.000 vịng/phút 1–2 phút DNA plasmid tái tở hợp “thơi” với dung dịch EB (50 µL) thu DNA plasmid tái tổ hợp o ống, ký hiệu bảo quản –20 C cho đến sử dụng Cắt kiểm tra DNA tái tổ hợp: Lấy µL DNA plasmid tái tở hợp, dùng o enzyme giới hạn EcoRI cắt DNA plasmid, ủ 37 C giờ; điện di thạch agarose 1% kiểm tra độ dài băng thu để tính tốn độ dài sản phẩm PCR ngoại lai có plasmid vector Sản phẩm DNA plasmid tái tở hợp giải trình tự sử dụng mồi chung M13F (5´- GTAAAACGACGGCCAG-3´) hoặc M13R (5´-CAGGAAACAGCTATGAC-3´) PL2.7 Phương pháp giải trình tự và xử lý ch̃i nucleotide Sản phẩm PCR ngắn (1,3 kb, đến vài kb), nếu sản phẩm có chất lượng đơn nhất, rõ, tốt, ngồi cặp mồi hai đầu biên tham gia giải trình tự, thiết kế mồi kế tiếp cho chuỗi sau lồng bám vào chuỗi trước (gọi “lao mồi”, “primerwalking” strategy) (Le et al., 2017) để thu chuỗi hai chiều Với đoạn DNA chèn vào plasmid tái tổ hợp, sử dụng mồi chung M13F (5´-GTAAAACGACGGCCAG-3 ´) M13R (5´-CAGGAAACAGCTATGAC-3´), hoặc mồi thiết kế thêm bên (internal primers) để giải trình tự Chuỗi nucleotide sơ cấp sở dịch vụ cung cấp biên tập (editing) từ giản đồ trình tự (chromatogram) để thu chuỗi thứ cấp bằng chương trình ChromasPro (http://technelysium.com.au/wp/chromaspro/), sau xếp thu chuỗi cuối bằng chương trình GENEDOC 2.7 (http://www.nrbsc.org/gfx/genedoc/) Phân tích phả hệ bằng chương trình MEGA hoặc MEGA X (https://www.megasoftware.net/) sử dụng phương pháp ”kết nối liền kề” (NeighborJoining, NJ) hoặc ”tiếp cận cực đại” (Maximum likelihood, ML) với hệ số tin cậy (bootstrap) 1000 lần lặp lại (Kumar et al., 2016; 2018) PL2.8 Phương pháp truy cập thu thập chuỗi so sánh và sắp xếp chỉnh Sau có chuỗi cuối cùng, việc đầu tiên xác định chuỗi có chuỗi lồi cần khơng Việc giám định chuỗi thực bằng cách truy cập vào Ngân hàng gen sử dụng chương trình BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) để xem xét thu nhận chuỗi tương ứng khác loài/chi/họ để so sánh đối chiếu Nhiều trường hợp, chuỗi giám định bằng cách so sánh với chuỗi kho liệu chúng tơi (Dữ liệu lồi sán dẹt) Một số lượng vài chục chuỗi (nếu có) chủng /loài gần gũi chủng /loài chi/họ/liên họ/phân bộ tương ứng thu nhận từ nguồn để sử dụng xếp chỉnh (alignment) Sắp xếp chỉnh thực trực tuyến (online) qua chương trình Gene Infinity (http://www.geneinfinity.org/) hoặc chương trình so sánh chuỗi có trang Web Expasy (https://www.expasy.org/) Tuy nhiên chúng tơi sử dụng chương trình GENEDOC 2.7 MEGA hoặc MEGA X Từng trường hợp sử dụng sẽ giới thiệu chi tiết mục tương ứng ...Nguyễn Thị Khu? ? NGHIÊN CỨU HỆ GEN TY THỂ, ĐƠN VỊ MÃ HÓA RIBOSOME CỦA SÁN LÁ PHỔI HỌ PARAGONIMIDAE TẠI VIỆT NAM VÀ MỘT SỐ KHU VỰC Ở CHÂU Á LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội – 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO... KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - N g u y ễ n Thị Khu? ? Lê Th an h Hò a NGHIÊN CỨU HỆ GEN TY THỂ, ĐƠN VỊ MÃ HÓA RIBOSOME CỦA SÁN LÁ PHỔI HỌ PARAGONIMIDAE TẠI VIỆT NAM. .. Việt Nam châu Á, tiến hành đề tài: ? ?Nghiên cứu hệ gen ty thể, đơn vị mã hóa ribosome của sán phổi họ Paragonimidae Việt Nam số khu vực châu Á? ??, với mục tiêu là: “Thu được toàn hệ gen