Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh

Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh Nghiên cứu tính kháng kháng sinh ở mức độ phân tử của Salmonella spp. phân lập từ thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HCM TRƯƠNG HUỲNH ANH VŨ NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH Ở MỨC ĐỘ PHÂN TỬ CỦA SALMONELLA SPP PHÂN LẬP TỪ THỰC PHẨM TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Chun ngành: CƠNG NGHỆ SINH HỌC Mã số ngành: 9.42.02.01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh – Năm 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HCM  TRƯƠNG HUỲNH ANH VŨ NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH Ở MỨC ĐỘ PHÂN TỬ CỦA SALMONELLA SPP PHÂN LẬP TỪ THỰC PHẨM TẠI THÀNH PHỚ HỜ CHÍ MINH Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 9.42.02.01 LUẬN ÁN TIẾN SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS NGUYỄN HOÀNG KHUÊ TÚ Thành phố Hồ Chí Minh – Năm 2022 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan luận án “Nghiên cứu tính kháng kháng sinh mức độ phân tử Salmonella spp phân lập từ thực phẩm tại thành phố Hờ Chí Minh” là cơng trình tơi thực với sự hướng dẫn PGS TS Nguyễn Hoàng Khuê Tú Các số liệu và kết trình bày luận án này là trung thực và chưa từng người khác công bố cơng trình nào khác TÁC GIẢ LUẬN ÁN TRƯƠNG HUỲNH ANH VŨ LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án này, trước tiên xin chân thành bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến Cơ PGS TS Nguyễn Hoàng Khuê Tú dành nhiều thời gian, cơng sức và tận tình hướng dẫn, truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm quý báu suốt thời gian thực luận án Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám hiệu Trường Đại học Nông Lâm TP HCM; q Thầy/Cơ Khoa Khoa học Sinh học; Phịng Đào tạo Sau đại học nhiệt tình giúp đỡ, hướng dẫn thực thủ tục theo quy chế đào tạo nghiên cứu sinh để tơi hoàn thành chương trình học tập tiến độ Tơi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc Sở Khoa học và Công nghệ; Quỹ Phát triển Khoa học và Công nghệ TP HCM; Ban Giám đốc và toàn thể Anh/Chị/Em Phịng Vi sinh; Phịng Hành Quản trị, Trung tâm Dịch vụ Phân tích Thí nghiệm TP HCM ủng hộ và hỗ trợ kinh phí, trang thiết bị, dụng cụ, hóa chất,…để thực nghiên cứu Tơi xin cảm ơn Ban Giám đốc Trung tâm Kiểm nghiệm Vệ sinh An toàn Thực phẩm Khu vực phía Nam, Viện Y tế Công cộng TP HCM; quý Thầy/Cô và bạn sinh viên Viện Công nghệ Sinh học và Thực phẩm, Đại học Công nghiệp TP HCM động viên, giúp đỡ và chia kinh nghiệm trình thực luận án Cuối cùng, sự thành công luận án khơng thể khơng kể đến sự đóng góp khơng nhỏ thành viên gia đình, người ủng hộ, động viên và giúp vượt qua nhiều khó khăn, trở ngại suốt thời gian học tập Chân thành cám ơn./ i TÓM TẮT Luận án “Nghiên cứu tính kháng kháng sinh mức độ phân tử Salmonella spp phân lập từ thực phẩm tại thành phố Hờ Chí Minh” thực tại Trung tâm Dịch vụ Phân tích Thí nghiệm thành phố Hờ Chí Minh Tỷ lệ nhiễm Salmonella spp nhóm thực phẩm thu thập tại chợ bán lẻ địa bàn thành phố Hờ Chí Minh từ 09/2019 đến 09/2020 16,84% (256/1.520) Nhóm mẫu thịt có tỷ lệ nhiễm cao nhất, là nhóm mẫu thủy hải sản và cuối là nhóm mẫu rau củ có tỷ lệ là 43,16% (164/380), 23,95% (91/380), 0,26% (01/380) Chưa ghi nhận trường hợp nào thuộc nhóm mẫu trứng có nhiễm Salmonella Các kháng sinh TE, AMP, STR, C SXT có tỷ lệ Salmonella spp kháng từ 34,67% đến 52,00% Ngược lại, 96,00% nhạy với CAZ Từ 21 chủng Salmonella spp có kiểu hình đa kháng định danh 07 serovar, phổ biến là S Kentucky (8 chủng); S Infantis (4 chủng); S Agona S Potsdam (2 chủng); S Saintpaul, S Braenderup S Indiana (01 chủng) Các integron nhóm 1, và serovar Salmonella đa kháng phát là 100% (21/21), 52,38% (11/21) và 100% (21/21) Tỷ lệ Salmonella mang lúc ba nhóm integron 52,38% (11/21) Kết khảo sát vùng gen cassette dương tính với integron nhóm chiếm 85,71%; nhóm 72,73% Kết khảo sát phát 100% serovar mang plasmid không tương hợp Serovar mang nhiều plasmid là Kentucky (08 plasmid); Potsdam (07 plasmid); Infantis, Saintpaul, Braenderup, Agona 7:1,z6:UT (05 plasmid); Indiana OMF:1,z6:UT (04 plasmid) Gen mã hóa sinh ESBL phát blaTEM chiếm tỷ lệ cao 52,38%, đột biến tại vị trí codon 90 (Asp90Gly) chủng SA11/19 3497 Gen blaCTX có tỷ lệ 19,05%, đột biến tại vị trí codon 80 (Ala80Val) chủng SA07/20 1066, SA07/20 1067 SA12/19 1600 Gen kháng nhóm quinolon, đột biến phát gen gyrA (Ser83Phe; Asp87Asn) parC (Thr57Ser; Ser80Ile; Ser395Asn; Ala469Ser; Thr620Ala) Ngồi ra, chúng tơi cịn ghi nhận tính đa kháng Salmonella enterica sups serovar Kentucky có liên quan đến yếu tố di truyền chuyển vị là Tn21 mã hóa Urf2 chưa có công bố mô tả chi tiết chức hoạt động chúng ii SUMMARY The thesis “Research on molecular characteristics of antibiotic resistance in Salmonella spp isolated from food in Ho Chi Minh City” was performed at the Center of Analytical Service and Experimentation Ho Chi Minh City The results showed that the contaminated rate of Salmonella spp was 16.84% (256/1,520) Meat samples had the highest contamination rate, followed by the seafood samples and finally fruit and vegetable samples which were 43.16% (164/380), 23.95% (91/380), 0.26% (01/380), respectively There was no Salmonella detected in the egg samples Testing the antibiotic sensitivity of 150 isolated Salmonella strains showed that of the resistantt rates to AMP, STR, C, and SXT were from 34.67% to 52.00% In contrast, Salmonella spp were highly susceptible to CAZ (96.00%) There were 07 serovar phenotypes determined from 21 strains of multidrug-resistant Salmonella spp in which the most common ones were S Kentucky (8 strains); S Infantis (4 strains); S Agona and S Potsdam (2 strains); S Saintpaul, S Braenderup, and S Indiana (01 strain) Specifically, all integrons (I, II, and III) were found in multidrug-resistant Salmonella serovars isolated from food groups at 100% (21/21), 52.38% (11/21), and 100% (21/21), respectively The rate of Salmonella carrying all three integron groups was 52.38% (11/21) The assessment of the gene cassette region of integron I was accounted for 85.71%; group was 72.73% We found that 100% of serovars carried plasmids incompatibility Serovar carrying the most plasmids was Kentucky (8 plasmids); Potsdam (7 plasmids); Infantis, Saintpaul, Braenderup, Agona and 7:1,z6:UT (5 plasmids); Indiana and OMF:1,z6:the UT (4 plasmids) In the detection of ESBL encoding genes, the blaTEM gene accounted for the highest rate of 52.38%, mutations at codon position 90 (Asp90Gly) on strain SA11/19 3497 The blaCTX gene had the rate of 19.05%, mutations varying at codon position 80 (Ala80Val) on strains SA07/20 1066, SA07/20 1067 and SA12/19 1600 The resistance genes against the quinolone group, mutations were detected in the gyrA (Ser83Phe; Asp87Asn) and parC (Thr57Ser; Ser80Ile; Ser395Asn; Ala469Ser; Thr620Ala) genes Interestingly, we noted the multi-resistance of Salmonella enterica sups iii Kentucky serovars which were related to the translocation genetic factor Tn21 encoding Urf2 that was not studied or described the function in detail iv KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT Viết tắt Ala AMC AMP Asn Asp AX C CAZ CRO CS CI CIP CLSI CTX DNA ECDC EFSA ESBL FX Gly GM Ile K kbp MLST MIC m-PCR NA NARMS Tiếng Anh Tiếng Việt Alanine Amoxicillin/Clavunic acid Ampicillin Asparagine Aspartic acid Amoxicillin Chloramphenicol Ceftazidime Ceftriaxone Conserved segment Confidence Interval Ciprofloxacin Clinical and Laboratory Standards Institute Cefotaxime Deoxyribonucleic Acid European Centre for Disease Prevention and Control European Food Safety Authority Extended Spectrum Betalactamase Furazolidone Glycine Gentamycin Isoleucine Kanamycin Kilobase pairs Multi Locus Sequence Typing Minimal Inhibited Concentration Multiplex-PCR Nalidixic acid National Antimicrobial Resistance Monitoring System v Kháng sinh Amoxicillin/Clavunic acid Kháng sinh Ampicillin Kháng sinh Amoxicillin Kháng sinh Chloramphenicol Kháng sinh Ceftazidime Kháng sinh Ceftriaxone Vùng bảo tồn Khoảng tin cậy Kháng sinh Ciprofloxacin Viện tiêu chuẩn lâm sàng và xét nghiệm Kháng sinh Cefotaxime Trung tâm Phòng chống Dịch bệnh châu Âu Cơ quan An toàn Thực phẩm châu Âu Beta lactamase phổ rộng Kháng sinh Furazolidone Kháng sinh Gentamycin Kháng sinh Kanamycin Cặp bazơ Giải trình tự nhiều locus Nờng độ ức chế tối thiểu PCR đa mồi Kháng sinh Nalidixic acid Hệ thống giám sát kháng khuẩn quốc gia Hoa Kỳ NOR NTS OFX orf P PCR Phe RA RNA RNAi Ser SMZ SPI SPT STR Norfloxacin Non-typhoidal Salmonella Ofloxacin Open reading frame Penicillin Polymerase Chain Reaction Phenylalanine Plasmid Mediated Quinone Resistance Parts Per Million Quaternary ammonium compounds Rifampin Ribonucleic Acid RNA interference Serine Sulphamethoxazole Salmonella Pathogenicity Islands Spectinomycin Streptomycin SXT Sulfamethoxazole/Trimethoprim PMQR ppm qac s-PCR T TE Thr TMP TOB Val WHO Simplex-PCR Oxytetracycline Tetracycline Threonine Trimethoprim Tobramycin Valine World Health Organization Kháng sinh Norfloxacin Salmonella không gây sốt thương hàn Kháng sinh Ofloxacin Khung đọc mở Kháng sinh Penicillin Phản ứng chuỗi polymerase Gen kháng quinolone nằm plasmid Phần triệu Hợp chất amoni bậc Kháng sinh Rifampin Sự can thiệp RNA Kháng sinh Sulphamethoxazole Đảo gây bệnh Salmonella Kháng sinh Spectinomycin Kháng sinh Streptomycin Kháng sinh Sulfamethoxazole/Trimethoprim PCR đơn mồi Kháng sinh Oxytetracycline Kháng sinh Tetracycline Kháng sinh Trimethoprim Kháng sinh Tobramycin Tổ chức y tế giới vi MỤC LỤC TRANG LỜI CẢM ƠN i TÓM TẮT - ii SUMMARY - iii KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT - v MỤC LỤC vii DANH MỤC CÁC BẢNG xi MỞ ĐẦU - Đóng góp luận án CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Tình hình thực phẩm nhiễm Salmonella spp giới 1.2 Tình hình thực phẩm nhiễm Salmonella spp tại Việt Nam -4 1.3 Thực trạng sử dụng và tồn dư kháng sinh 1.4 Tình hình kháng kháng sinh Salmonella spp giới -6 1.5 Tình hình kháng kháng sinh Salmonella spp tại Việt Nam 1.6 Đặc điểm sinh học Salmonella spp 1.6.1 Đặc điểm hình thái 1.6.2 Đặc tính ni cấy -9 1.6.3 Đặc tính sinh hóa 1.6.4 Phân loại - 10 1.6.5 Hệ gen Salmonella spp - 11 1.7 Cơ chế kháng aminoglycoside Salmonella spp 12 1.8 Cơ chế kháng β-lactam Salmonella spp 13 1.9 Cơ chế kháng phenicol Salmonella spp 14 1.10 Cơ chế kháng quinolone Salmonella spp - 15 1.11 Cơ chế kháng tetracycline Salmonella spp - 15 1.12 Cơ chế kháng sulfonamide/trimethoprim Salmonella spp 16 vii A3 Thành phần môi trường BHI Mueller Hinton Tên môi trường Canh thang BHI MuellerHinton Thành phần Sản phẩm thủy phân từ mô tế bào động vật enzym Bột não bê Bột tim bò Glucose Natri clorua Dinatri hydrophosphat, khan (Na2HPO4) Dịch thủy phân mô động vật enzym Dịch thủy phân casein enzym Tinh bột, hịa tan Thạch Hàm lượng (g/l) Ghi 10,0 12,5 5,0 2,0 5,0 2,5 300,0 17,5 1,5 17,0 pH 7,4±0,2 25oC pH 7,3±0,1 25oC A4 Mơi trường thử nghiệm sinh hóa * Thạch TSI (Triple Sugar Iron Agar) Cấy ria bề mặt nghiêng thạch và cấy đâm sâu xuống đáy Ủ 37 oC (24±3) Diễn giải thay đổi môi trường sau: a) Cấy đâm sâu - màu vàng glucose dương tính (lên men glucose) - màu đỏ không đổi màu glucose âm tính (khơng lên men glucose) - màu đen sinh hydro sulfid - bọt khí nứt thạch sinh khí từ glucose b) Bề mặt nghiêng thạch - màu vàng - màu đỏ không đổi màu lactose và/hoặc sucrose dương tính (lên men lactose và/hoặc sucrose) lactose và sucrose âm tính (khơng lên men lactose sucrose) Phần lớn chủng cấy Salmonella điển hình thể tính kiềm (màu đỏ) bề mặt nghiêng thạch và tính axit (màu vàng) có sinh khí (bọt khí), (với khoảng 90% trường hợp) sinh hydro sunfua (thạch bị đen) cấy đâm sâu * Thạch urê Cấy ria bề mặt nghiêng thạch Ủ 37oC/24 Nếu phản ứng dương tính urê phân giải thành amoniac, làm phenol đỏ chuyển thành màu hờng và sau chuyển thành màu đỏ anh đào sẫm Phản ứng thường xuất sau đến Các chủng cấy Salmonella điển hình khơng phân giải urê, thạch urê không đổi màu * Môi trường LDC (L-Lysin Decarboxylase) Cấy phía bề mặt mơi trường lỏng Ủ 37oC (24±3) Môi trường đục và có màu đỏ tía sau ủ cho thấy phản ứng dương tính Màu vàng cho thấy phản ứng âm tính Phần lớn chủng cấy Salmonella điển hình có phản ứng LDC dương tính A5 Diễn giải phép thử sinh hóa của Salmonella spp Phép thử Sinh axit từ glucose Sinh khí từ glucose Sinh axit từ lactose Sinh axit từ sucrose Sinh H2S Thủy phân ure Lyzin khử nhóm cacboxyl β-galactosidase Sinh indol Chủng Salmonella S typhi S paratyphi A S paratyphi B S paratyphi C Khác + + + + + + + + + + + + + + - + + + - - - - - A6 Diễn giải kết phép thử khẳng định Phản ứng sinh hóa Tự ngưng kết Điển hình Khơng Điển hình Khơng Điển hình Có Khơng điển hình - Phản ứng huyết Kháng nguyên O H dương tính (và Vi dương tính thử nghiệm) Kháng nguyên O và/hoặc H âm tính Khơng thử nghiệm tự ngưng kết (xem 9.5.4.2) - Diễn giải Các chủng coi Salmonella Có thể Salmonella Không coi Salmonella A7 Quy trình xác định typ huyết chủng phân lập Salmonella spp cách ngưng kết với kháng huyết OMA OMB đa giá Bước Phân tích kháng nguyên-O Sử dụng kháng huyết đa giá Bước Phân tích kháng ngun-O 2.1.1 O:4,5 nhóm B Sử dụng Nếu dương tính: bước 3.1.1 nhóm Nếu âm tính: bước 2.1.2 kháng huyết 2.1.2 O:9 nhóm D đặc Nếu dương tính: bước 3.1.2 hiệu-dùng Nếu âm tính: bước 2.1.3 cho 2.1.3 O:3,10,15 nhóm E chủng phân Nếu dương tính: bước 3.1.3 lập Nếu âm tính: bước 2.1.4 nhóm huyết 2.1.4 O:21 nhóm L b Nếu âm tính: bước 2.1.5 2.1.5 O:1,2 nhóm A 1.1 OMA 1.2 OMB Nếu dương tính: bước 2.1.1 Nếu dương tính: bước 2.2.1 Nếu âm tính: sang bước 1.2 Nếu âm tính: xem thích a 2.2.1 O:6,7,8 nhóm C Nếu dương tính: bước 3.2.1 Nếu âm tính: bước 2.2.2 2.2.2 O:13.22,23 O:13 Nếu dương tính: bước 3.2.2 Nếu âm tính: bước 2.2.3 2.2.3 O:11 3.2.1 Chủng phân lập nhóm 3.1.1 Chủng phân lập nhóm B: Sử dụng C O:5, O:27 kháng huyết O:7 nhóm C1 3.1.2 Chủng phân lập nhóm D: Bước đơn O:8, O:61, O:20 O:46 nhóm D2 Phân tích giá - nhận nhóm C2-3 O:27 nhóm D3 kháng biết serovar O:14, O:24, O:25 3.1.3 Chủng phân lập nhóm E: nguyên-O kháng nhóm H O:10, O:15, O:34 nguyên-O 3.2.2 Chủng phân lập nhóm nhóm E1 đặc hiệu G O:19 nhóm E4 O:22, O:23 Sử dụng H đa giá (pha pha 2) kháng huyết H đa giá (pha 2) đa giá H:1(1,2) → (H:2, H:5, H:6, H:7)d Bước H:a, H:b, H:c, H:d, Phân tích H:E→(H:h, H:n, H:x, Hz15)d Sử dụng kháng H:G(g.m) → (H:f, H:g, H:m; H:p, H:q H:s, H:t, H:u]d kháng huyết nguyên lông H:i, H:k đơn H:L→(H:v, H:w, H:l,z13, H:l,z28)d giá H:y H:z, H:Z4→ (H:z23, H:z24, H:z32)d H:z6, H:z10, H:z29, H:z35, v.v a Trong trường hợp âm tính với hai kháng huyết đa giá phân lập tiếp với kháng huyết đa giá nhóm kháng huyết đặc hiệu cho phép nhận biết lên đến nhóm O:67 gửi chủng phân lập đến phòng thử nghiệm chuẩn b Nếu Bước kháng huyết đa giá kháng thể khác với OMA và OMB sử dụng kháng huyết nhóm đặc hiệu bước phải sửa lại tương ứng c Có thể bỏ qua việc sử dụng kháng huyết đa giá kháng H và chọn kháng huyết đơn giá tương ứng với chứng phân lập serovar nhóm huyết ước tính d Kháng huyết ngoặc đơn cần thiết để nhận biết kháng nguyên phức hợp kháng nguyên H tương ứng A8 Mức độ nhạy của vi khuẩn với số kháng sinh (CLSI, 2018) Đường kính vịng vơ khuẩn (mm) STT 10 11 Tên kháng sinh Hàm lượng (g) Kháng (R) Trung gian (I) Nhạy (S) Amoxicillinclavulanate Ampicillin Ceftazidime Chloramphenicol Nalidixic acid Ciprofloxacin Ofloxacin Gentamicin Streptomycin Tetracycline Trimethoprim/ Sulfamethoxazole AMC (20/10 g) ≤13 14-17 ≥18 AMP (10 g) CAZ (30 g) C (30 g) NA (30 g) CIP (5 g) OFX (5 g) GM (10 g) STR (10 g) TE (30 g) ≤13 ≤17 ≤12 ≤13 ≤15 ≤12 ≤12 ≤11 ≤11 14-16 18-20 13-14 14-18 16-20 13-15 13-14 12-14 12-14 ≥17 ≥21 ≥15 ≥19 ≥21 ≥16 ≥15 ≥15 ≥15 SXT (1.25/23.75 µg) ≤10 11-15 ≥16 PHỤ LỤC B: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN B1 Hình ảnh kháng kháng sinh của chủng Salmonella spp B2 Kiểu hình kháng kháng sinh chung của chủng Salmonella spp Kiểu hình kháng kháng sinh AMP, CAZ, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT CAZ, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE AMC, AMP, C, NA, CIP, OFX, STR, TE AMP, C, NA, CIP, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, CIP, OFX, STR, TE, SXT AMP, C, NA, CIP, GM, STR, TE AMC, AMP, CAZ, C, STR, TE, SXT AMP, C, NA, GM, STR, TE, SXT AMP, NA, CIP, GM, STR, TE, SXT AMP, CIP, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, STR, TE, SXT AMP, C, NA, CIP, OFX, SXT AMP, C, NA, GM, STR, TE AMP, C, NA, CIP, STR, TE AMP, C, NA, STR, TE AMP, C, STR, TE, SXT AMP, C, NA, STR, SXT AMP, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, TE, SXT Số lượng kháng sinh kháng 10 09 08 07 06 05 Số chủng Tỷ lệ (%) 03 03 01 02 01 01 01 01 01 06 01 01 04 01 01 01 02 04 01 02 01 3,19 3,19 1,06 2,13 1,06 1,06 1,06 1,06 1,06 6,38 1,06 1,06 4,26 1,06 1,06 1,06 2,13 4,26 1,06 2,13 1,06 AMP, C, TE, SXT AMP, CIP, TE, SXT AMP, C, STR, TE GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, SXT AMP, STR, TE, SXT AM, NA, CIP, OFX AMC, AMP, C, NA AMP, STR, TE C, STR, TE C, TE, SXT STR, TE, SXT AMP, C, STR AMP, TE, SXT NA, SXT AMC, TE STR, TE TE, SXT AMP, TE NA, TE AMC AMP CAZ C GM STR TE SXT 04 03 02 01 08 01 03 01 02 03 01 01 03 01 01 01 01 01 01 01 05 01 01 01 01 01 01 02 01 01 09 01 B3 Kiểu hình kháng của Salmonella spp theo nguồn phân lập Nguồn phân lập Thịt heo (38) Số chủng 01 01 01 01 01 01 05 01 01 01 01 Kiểu hình kháng kháng sinh CAZ, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT AMC, AMP, C, NA, CIP, OFX, STR, TE AMP, CIP, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, STR, TE, SXT AMP, C, NA, STR, TE AMP, C, STR, TE, SXT AMP, C, TE, SXT AMP, CIP, TE, SXT AMP, C, STR, TE AMP, STR, TE NA, SXT 8,51 1,06 3,19 1,06 2,13 3,19 1,06 1,06 3,19 1,06 1,06 1,06 1,06 1,06 1,06 1,06 5,32 1,06 1,06 1,06 1,06 1,06 1,06 2,13 1,06 1,06 9,57 1,06 Thịt gà (36) Thịt bò (18) Cá tươi (43) 01 01 01 01 01 01 04 01 02 02 01 01 02 01 01 02 01 01 03 02 01 01 01 01 01 01 02 01 01 01 01 01 02 01 01 03 01 02 01 01 01 03 AMC, TE STR, TE TE, SXT GM CAZ AMP TE C AMP, CAZ, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, GM, STR, TE, SXT AMC, AMP, CAZ, C, STR, TE, SXT AMP, C, NA, GM, STR, TE AMP, C, NA, STR, TE, SXT AMP, C, NA, CIP, OFX, SXT AMP, C, NA, STR, SXT AMP, C, STR, TE, SXT GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, SXT AMP, C, TE, SXT AMP, C, STR, TE AMP, C, NA, SXT AMP, STR, TE, SXT AMP, STR, TE C, STR, TE C, TE, SXT STR, TE, SXT STR, TE C AMP, C, NA, CIP, OFX, STR, TE, SXT AMP, C, STR, TE, SXT AMP, GM, STR, TE, SXT AMP, STR, TE STR, TE TE AMP, CAZ, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, CIP, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, CIP, OFX, GM, STR, TE AMP, C, NA, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, CIP, GM, STR, TE AMP, NA, CIP, GM, STR, TE, SXT AMP, C, NA, GM, STR, TE, SXT Mực tươi (05) Tôm tươi (10) 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 04 01 01 01 01 AMP, C, NA, CIP, STR, TE AMP, C, NA, STR, TE, SXT AMP, C, NA, STR, TE AMP, C, NA, TE, SXT AMP, STR, TE, SXT AMP, NA, CIP, OFX AMP, C, STR AMP, TE, SXT AMP, TE NA, TE AMC AMP STR TE AMP, GM, STR, TE, SXT AMP, STR, TE, SXT AMC, AMP, C, NA SXT B4 Mức độ kháng loại kháng sinh của serovar Serovar S Kentucky S Indiana S Infantis S Agona S Saintpaul S Braenderup S Potsdam OMF:1,z6:UTa 7:1,z6:UTa Ký hiệu 11/19 3497 11/19 3514 12/19 501 12/19 1600 02/20 1524 07/20 1066 07/20 1067 08/20 2058 11/19 4221 06/20 1809 12/19 1584 07/20 3335 05/20 210 11/19 3498 06/20 1808 11/19 3515 11/19 4205 01/20 66 05/20 1114 07/20 460 07/20 462 AMC AMP R R S R S R S R S R S R S R S R S I S R S R S R S R R R S R S R S R S R I R S R S R CAZ S S S R S R R S R S S S S R S S S S S S S C R R R R R R R R R R R R R R R R R I R R R Kháng sinh NA CIP OFX R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R I R S S R R R R S S I S S R S S R R I R S S R R I R I I R R R R S S GM STR S R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R I R R R S R R R R R R R R R R R R R R R TE R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R R SXT S R R R S R R S R S R R R R R R R R R R R B5 Tỷ lệ xuất loại plasmid theo kiểu gen kháng Salmonella blaTEM n=11 n % blaCTX n=4 n % tet n=20 n % cml n=02 n % str n=11 n % aad n=13 n % gyr n=21 n % par n=21 n % sul n=13 n % dhfr n=5 n % N 09 81,82 04 100,00 17 85,00 02 100,00 09 81,82 12 92,31 18 85,74 18 85,74 12 92,31 05 100,00 FIB 02 18,18 00 00 02 10,00 01 50,00 02 18,18 00 00 02 9,52 02 9,52 00 00 01 20,00 W 11 100,00 04 100,0 20 100,00 02 100,00 11 100,00 13 100,00 21 100,00 21 100,00 13 100,00 05 100,00 Y 11 100,00 04 100,00 20 100,00 02 100,00 11 100,00 13 100,00 21 100,00 21 100,00 13 100,00 05 100,00 P 02 18,18 00 07 35,00 01 50,00 02 18,18 05 38,46 08 38,10 08 38,10 06 38,46 01 20,00 A/C 05 45,45 01 25,00 06 30,00 02 100,00 05 45,45 04 30,77 06 28,57 06 28,57 01 30,77 01 20,00 T 07 63,64 03 75,00 13 65,00 00 00 07 63,64 11 84,62 14 66,67 14 66,67 09 84,62 04 80,00 Frepb 01 9,09 00 00 01 5,00 01 50,00 01 9,09 00 00 01 4,76 01 4,76 00 00 00 00 K/B 01 9,09 00 00 01 5,00 00 00 01 9,09 01 7,69 01 4,76 01 4,76 01 7,69 00 00 B/O 01 9,09 00 00 01 5,00 00 01 9,09 01 7,69 01 4,76 01 4,76 01 7,69 00 00 Loại plasmid B6 Số lượng plasmid phân bổ theo kiểu gen kháng của vi khuẩn Salmonella blaTEM n=11 n % blaCTX n=4 n % tet n=20 n % cml n=02 n % str n=11 n % aad n=13 n % gyr n=21 n % par n=21 n % sul n=13 n % n % 06 02 18,18 00 02 10,00 01 50,00 02 18,18 01 7,69 02 9,52 02 9,52 01 7,69 00 00 05 04 36,36 01 25,00 08 40,00 01 50,00 04 36,36 07 53,85 08 38,10 08 38,10 04 30,77 03 60,00 04 03 27,27 02 50,00 07 35,00 00 00 03 27,27 04 30,77 08 38,10 08 38,10 06 46,15 01 20,00 03 02 18,18 01 25,00 03 15,00 00 00 02 18,18 01 7,69 03 14,29 03 14,29 02 15,38 01 20,00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 Số lượng plasmid dhfr n=5 B7 Kết quả so sánh cấu trúc lắp ráp contigs SA11/19 3497 với chủng tham chiếu có mã số CP043667.1 (Salmonella enterica subsp enterica serovar Kentucky strain 162835 chromosome, complete genome) B8 Kết quả so sánh cấu trúc lắp ráp contigs SA12/19 1600 với chủng tham chiếu có mã số CP043667.1 (Salmonella enterica subsp enterica serovar Kentucky strain 162835 chromosome, complete genome) B9 Kết quả so sánh cấu trúc lắp ráp contigs SA07/20 1066 với chủng tham chiếu có mã số CP043667.1 (Salmonella enterica subsp enterica serovar Kentucky strain 162835 chromosome, complete genome) B10 Kết quả so sánh cấu trúc lắp ráp contigs SA07/20 1067 với chủng tham chiếu có mã số CP043667.1 (Salmonella enterica subsp enterica serovar Kentucky strain 162835 chromosome, complete genome) B11 Các vùng integron xác định SA12/19 3497 ID_integron integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 Contigs Pos_beg Pos_end 17 6963 7310 17 7413 7472 17 7474 8271 17 8275 8352 17 8347 8721 Strand -1 -1 -1 -1 -1 Type protein attC protein attC protein Annotation emrE attC ANT3 attC AAC3-I Vị trí integron contig 17 B12 Các vùng integron xác định của SA12/19 1600 ID_integron integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 Contigs 20 20 20 20 20 Pos_beg 8813 9263 9324 10125 10197 Pos_end Strand 9160 -1 9322 -1 10121 -1 10202 -1 10571 -1 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 39 39 39 39 43 90 982 1043 102 911 1041 2053 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 40 40 40 40 40 237 714 830 1134 1289 719 799 1282 1234 1402 Type protein attC protein attC protein Annotation emrE attC ANT3 attC AAC3-I -1 -1 -1 -1 attC protein attC protein attC protein attC ANT3 1 1 protein attC protein attC attC protein attC protein attC attC Vị trí integron contig 20 Vị trí integron contig 39 Vị trí integron contig 40 B13 Các vùng integron xác định của SA07/20 1066 1067 ID_integron integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 Contigs 19 19 19 19 19 Pos_beg 371 452 1251 1413 integron_01 integron_01 integron_01 37 37 37 20 1032 1162 Pos_end Strand Type 376 protein 448 attC 1249 protein 1310 attC 1760 protein 1030 1091 1983 1 protein attC protein Annotation AAC3-I attC ANT3 attC emrE ANT3 attC protein integron_01 37 1971 2030 attC attC integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 integron_01 38 38 38 38 38 237 714 830 1134 1289 719 799 1282 1234 1402 1 1 protein attC protein attC attC protein attC protein attC attC Vị trí integron contig 19 Vị trí integron contig 37 Vị trí integron contig 38 ... EFSA ESBL FX Gly GM Ile K kbp MLST MIC m-PCR NA NARMS Tiếng Anh Tiếng Việt Alanine Amoxicillin/Clavunic acid Ampicillin Asparagine Aspartic acid Amoxicillin Chloramphenicol Ceftazidime Ceftriaxone... Nalidixic acid National Antimicrobial Resistance Monitoring System v Kháng sinh Amoxicillin/Clavunic acid Kháng sinh Ampicillin Kháng sinh Amoxicillin Kháng sinh Chloramphenicol Kháng sinh Ceftazidime... chia chúng thành bốn nhóm dựa cấu trúc DNA: nhóm IncF (bao gờm IncC, IncD, IncF, IncJ, DNA IncS), nhóm IncI (bao gờm IncB, IncI, DNA IncK), nhóm IncP (bao gờm IncM, IncP, IncU, DNA IncW)