(Luận văn thạc sĩ) ứng dụng chỉ thị DNA trong phân tích đa dạng di truyền loài lan kim tuyến tại vùng miền núi phía bắc việt nam

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM - NGUYỄN THỊ HỒNG NGỌC ỨNG DỤNG CHỈ THỊ DNA TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN LOÀI LAN KIM TUYẾN TẠI VÙNG MIỀN NÚI PHÍA BẮC VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thái Nguyên -2022 ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM - NGUYỄN THỊ HỒNG NGỌC ỨNG DỤNG CHỈ THỊ DNA TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN LỒI LAN KIM TUYẾN TẠI VÙNG MIỀN NÚI PHÍA BẮC VIỆT NAM Ngành: Công nghệ sinh học Mã số ngành: 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: TS NGUYỄN XUÂN VŨ 2.PGS.TS.NGUYỄNTIẾNDŨNG Thái Nguyên -2022 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan rằng: Số liệu kết nghiên cứu luận văn hoàn toàn trung thực chưa sử dụng công bố cơng trình khác Mọi giúp đỡ cho việc thực luận văn cảm ơn thơng tin trích dẫn luận văn ghi rõ nguồn gốc Tác giả luận văn Nguyễn Thị Hồng Ngọc ii LỜI CẢM ƠN Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến thầy cô môn Công nghệ sinh học - Công nghệ thực phẩm thuộc trường Đại Học Nông Lâm Thái Ngun tận tình giúp đỡ tơi q trình học tập nghiên cứu để hồn thành luận văn tốt nghiệp Đặc biệt, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS Nguyễn Xuân Vũ PGS TS Nguyễn Tiến Dũng dành nhều thời gian, tâm huyết, trực tiếp hướng dẫn tận tình tạo điều kiện thuận lợi cho suốt trình thực nghiên cứu đề tài hồn thiện luận văn Thạc sĩ Cuối cùng, xin chân thành cảm ơn gia đình, bạn bè động viên, khích lệ, chia sẻ, giúp đỡ, đồng hành trình học tập, nghiên cứu Trong trình học tập nghiên cứu khó tránh khỏi thiếu sót Do đó, tơi mong nhận đóng góp ý kiến thầy để luận văn hồn thiện Một lần xin chân thành cảm ơn! Thái Nguyên, ngày 05 tháng 01 năm 2022 Tác giả luận văn Nguyễn Thị Hồng Ngọc iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC TỪ VÀ THUẬT NGỮ VIẾT TẮT v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH ẢNH vii MỞ ĐẦU 1 Đặt vấn đề Mục tiêu đề tài Ý nghĩa khoa học thực tiễn 3.1 Ý nghĩa khoa học đề tài 3.2 Ý nghĩa thực tiễn đề tài CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan lan Kim Tuyến 1.2 DNA barcode 1.3 Một số DNA barcode thường sử dụng thực vật 1.3.1 DNA barcode thực vật 1.3.2 Gen ITS 1.3.3 Gen rbcL 1.3.4 Gen matK 1.4 Tình hình nghiên cứu DNA barcode thực vật 1.5 Ứng dụng DNA barcode loài lan CHƯƠNG ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 10 2.1 Đối tượng nghiên cứu 10 2.2 Vật liệu nghiên cứu 10 iv 2.3 Địa điểm thời gian nghiên cứu 12 2.4 Nội dung nghiên cứu 12 2.5 Phương pháp nghiên cứu 12 2.5.1 Phương pháp tách chiết DNA tổng số 12 2.5.2 Phương pháp kiểm tra nồng độ DNA 13 2.5.3 Phương pháp điện di gel agarose 15 2.5.4 Phương pháp phân tích trình tự gen mối quan hệ di truyền 16 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 17 3.1 Kết đánh giá hình thái 17 3.2 Kết tách chiết DNA 23 3.3 Kết khuếch đại DNA giải trình tự 24 3.3.1 Kết khuếch đại vùng gen ITS1 giải trình tự 24 3.3.2 Kết khuếch đại vùng gen matK giải trình tự 27 3.3.3 Kết khuếch đại vùng gen rbcL giải trình tự 30 Phần KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 34 4.1 Kết luận 34 4.2 Kiến nghị 35 TÀI LIỆU THAM KHẢO 36 v DANH Từ, thuật ngữ viết tắt IGS ITS PCR bp COI ORF DNA CTAB 40 110 120 130 140 150 | | | | | | | | | | TTGCCCAGTATTGTGCTGTGGTGCTGGTCTGAATGCGGAGAGTGGCCCTT T T T T T T T Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis 160 170 180 190 200 | | | | | | | | | | CGTGCACACTTGTGCGACGGGTTGAAGAACAATTTGCTTTCCTCTGGCCA T Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis 210 220 230 240 250 | | | | | | | | | | TGTTTTGATAAAGGGGTGGTGTATGCAGCCATTTGGCCCACACTATCATC A A A .A A A Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis 41 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus BK HG1 HG2 HG3 HG4 LC LS TN pingbianensis formosanus hainanensis sikkimensis calcareus roxburghii burmannicus chapaensis nandanensis malipoensis zhejiangensis 42 Phụ lục Kết so sánh hàng trình tự vùng gen matK mẫu nghiên cứu với số loài lan Kim Tuyến Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 43 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 44 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 45 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 46 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 47 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis emeiensis roxburghii hainanensis pingbianensis elatus koshunensis formosanus 48 Phụ lục Kết so sánh hàng trình tự vùng gen rbcL mẫu nghiên cứu với số loài lan Kim Tuyến Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 49 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN | zhejiangensis GAAACCAAAAGTACTGATATCTTGGCAGCATTCCGA hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 50 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 51 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 52 Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 53 Anoectochilus zhejiangensis HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis GTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTACGGTCGTCCCCTATTGGGATG-TA 54 Anoectochilus zhejiangensis TTATGAATGTTTACGGGG HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN 660 | | | | Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus Anoectochilus HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN zhejiangensis hainanensis chapaensis emeiensis elatus lylei sikkimensis calcareus burmannicus baotingensis albolineatus roxburghii malipoensis 670 ... đề này, lựa chọn đề tài ? ?Ứng dụng thị DNA phân tích đa dạng di truyền loài lan Kim Tuyến vùng miền núi phía bắc Việt Nam? ?? để xác định đa dạng di truyền loài lan Kim Tuyến, phục vụ cơng tác bảo... NGUYỄN THỊ HỒNG NGỌC ỨNG DỤNG CHỈ THỊ DNA TRONG PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN LOÀI LAN KIM TUYẾN TẠI VÙNG MIỀN NÚI PHÍA BẮC VIỆT NAM Ngành: Cơng nghệ sinh học Mã số ngành: 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC... lồi lan Kim Tuyến từ mẫu lan Kim Tuyến thu thập từ vùng khác Nội dung 2: Phân tích trình tự vùng gen tương ứng với mồi sử dụng DNA barcode Nội dung 3: Xác định mối quan hệ di truyền loài lan Kim