3. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn
3.3.1. Kết quả khuếch đại vùng gen ITS1 và giải trình tự
- Kết quả khuếch đại vùng gen ITS1:
Hình 3.11 Kết quả PCR khuếch đại gen ITS1
Để khuếch đại vùng gen ITS1, chúng tôi đã sử dụng cặp mồi ITS1F và ITS1R. Kết quả điện di sản phẩm PCR cho thấy tất cả các mẫu kiểm tra đều
cho một băng sản phẩm duy nhất với kích thước khoảng 400 bp tương ứng với kích thước lý thuyết. Điều này chứng tỏ sản phẩm khuếch đại gen bằng cặp mồi ITS1F/ITS1R khá đặc hiệu (hình 3.11).
- Kết quả giải trình tự vùng gen ITS1:
Để xác đinh trình tự vùng gen ITS1, sản phẩm PCR được khuếch đại
(hình 3.11) được tinh sạch và giải trình tự gen. Kết quả so sánh trình tự gen
ITS1 của các mẫu nghiên cứu với các trình tự đã công bố trên NCBI (phụ lục
1) và tỉ lệ Nucleotide của các mẫu nghiên cứu vùng gen ITS1 được trình bầy
ở bảng 3.3.
Bảng 3.3. Tỉ lệ Nucleotide các mẫu nghiên cứu vùng gen ITS1
Mẫu HG1 HG2 HG3 HG4 BK LS LC TN
Qua kết quả phân tích sắp cột thẳng hàng trình tự ITS1của 8 mẫu lan Kim Tuyến trong nghiên cứu cho thấy 8 mẫu lan Kim Tuyến đã được giải trình tự vùng ITS1 với tổng chiều dài thu được là từ 384 đến 387 nucleotide, chi tiết có thể xem được ở bảng 3.3. Bên cạnh đó kết quả so sánh trình tự các mẫu nghiên cứu với các mẫu tham chiếu còn chỉ ra ngoài 2 vùng đầu bị nhiễu và sai khác khá nhiều, thì mẫu HG4 còn có sự sai khác ở trình tự thứ 124 so với các mẫu tham chiếu, mẫu HG2, HG3 có sự sai khác ở vị trí thứ 288 so với các mẫu tham chiếu.
kết quả sắp hàng trình tự cho thấy các loài khác lan Kim Tuyến khác nhau đều có trình tự vùngITS1 khá tương đồng, chỉ sai khác từ 1 đến 2 nucleotide hoặc
giống nhau hoàn toàn, có thể nhận thấy vùng gen ITS1 khá bảo thủ và có thể
giúp nhận dạng các loài thuộc chi lan Kim Tuyến nhưng khó có thể nhận biết các đơn vị loài hoặc dưới loài một cách hoàn hảo.
Hình 3.12 Cây phát sinh chủng loại được xây dựng dựa trên vùng gen ITS1 của các mẫu nghiên cứu
Kết quả lập cây phát sinh chủng loại dựa trên kết quả giải trình tự vùng gen ITS1 cho thấy 8 mẫu lan trong nghiên cứu có quan hệ không quá gần gũi
với các loài nào trong các loài tham chiếu có sẵn trên GenBank. Mẫu LS có quan hệ gần gũi với mẫu TN với giá trị bootstrap là 96, mẫu HG2 có quan hệ gần gũi với mẫu HG4 với giá trị bootstrap là 59, mẫu BK có quan hệ gần gũi với mẫu LC với giá trị bootstrap là 71, mẫu HG1 có quan hệ gần gũi với mẫu HG3 với giá trị bootstrap là 81.
Hình 3.13 Hệ số khác biệt di truyền của vùng gen ITS1 giữa các mẫu nghiên cứu và các trình tự tham chiếu
Bên cạnh đó bảng hệ số khác biệt di truyền hình 3.13 còn chỉ ra sự khác biệt giữa trình tự các mẫu nghiên cứu với các trình tự tham chiếu có sẵn trên GenBank, với độ tương đồng từ 94,3% cho đến cao nhất là 96,2%.