3. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn
3.3.2. Kết quả khuếch đại vùng gen matK và giải trình tự
trình tự - Kết quả khuếch đại vùng gen matK:
Để khuếch đại vùng gen matK, chúng tôi đã sử dụng cặp mồi matK-1F
và matK-1R. Kết quả điện di sản phẩm PCR cho thấy tất cả các mẫu kiểm tra
đều cho một băng sản phẩm duy nhất với kích thước khoảng 820 bp tương ứng với kích thước lý thuyết. Điều này chứng tỏ sản phẩm khuếch đại gen bằng cặp mồi matK-1F/matK-1R khá đặc hiệu (hình 3.15).
- Kết quả giải trình tự vùng gen matK:
Để xác đinh trình tự vùng gen matK, sản phẩm PCR được khuếch đại
(hình 3.15) được tinh sạch và giải trình tự gen. Kết quả so sánh trình tự gen
matK của các mẫu nghiên cứu với các trình tự đã công bố trên NCBI (phụ lục
2)và tỉ lệ Nucleotide của các mẫu nghiên cứu vùng gen matK được trình bầy
ở bảng 3.4.
Bảng 3.4 Tỉ lệ Nucleotide các mẫu nghiên cứu vùng gen matK
Tổng số Mẫu Nucle- otide HG1 825 HG2 829 HG3 850 HG4 813 BK 827 LS 821 LC 816 TN 848
có thể xem được ở bảng 3.4. Bên cạnh đó kết quả so sánh trình tự các mẫu nghiên cứu với các mẫu tham chiếu còn chỉ ra các mẫu nghiên cứu đều có khá nhiều điểm sai khác so với các mẫu tham chiếu. Kết quả BLAST các mẫu nghiên cứu với các trình tự có sẵn trên GenBank có mức độ tương đồng với một số trình tự tham chiếu lên tới 98%.
Hình 3.16 Cây phát sinh chủng loại được xây dựng dựa trên vùng gen matK của các mẫu nghiên cứu
Kết quả lập cây phát sinh chủng loại dựa trên kết quả giải trình tự vùng gen matK cho thấy 8 mẫu lan trong nghiên cứu đều bắt nguồn từ một nhánh trên cây phát sinh, trong đó có cả một loài trong các trình tự tham chiếu là
HG1 có quan hệ gần gũi với mẫu BK với giá trị bootstrap là 96, mẫu HG4 có quan hệ gần gũi với mẫu TN với chỉ số bootstrap là 15. Giá trị bootstrap cho thấy độ tin cậy khá thấp đối với cây phân loại.
Hình 3.17 Hệ số khác biệt di truyền của vùng gen matK giữa các mẫu nghiên cứu và các trình tự tham chiếu
Dựa vào bảng hệ số khác biệt di truyền, có thể thấy các mẫu nghiên cứu cũng không có quan hệ họ hàng quá gần với các trình tự tham chiếu, với chỉ số tương đồng giữa mẫu nghiên cứu và các trình tự tham chiếu thấp nhất là 96,2% và cao nhất là 98,4%.
3.3.3. Kết quả khuếch đại vùng gen rbcL và giải trình tự - Kết quả khuếch đại vùng gen rbcL: