(LUẬN văn THẠC sĩ) nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn ở hai vùng siêu biến HVS i và HVS II trên d loop ty thể của một số dân tộc việt nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC QUY NHƠN LÊ VĂN TÀU NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN Ở HAI VÙNG SIÊU BIẾN HVS-I VÀ HVS-II TRÊN D-LOOP TY THỂ CỦA MỘT SỐ DÂN TỘC VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Bình Định - Năm 2019 download by : skknchat@gmail.com BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC QUY NHƠN LÊ VĂN TÀU NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN Ở HAI VÙNG SIÊU BIẾN HVS-I VÀ HVS-II TRÊN D-LOOP TY THỂ CỦA MỘT SỐ DÂN TỘC VIỆT NAM Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 8420114 Người hướng dẫn: HD1: TS Nguyễn Thị Mộng Điệp HD2: TS Nguyễn Thùy Dương download by : skknchat@gmail.com LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi, hướng dẫn khoa học TS Nguyễn Thị Mộng Điệp, TS Nguyễn Thùy Dương Các nội dung nghiên cứu, kết đề tài trung thực chưa cơng bố hình thức Luận văn sử dụng thông tin, số liệu từ báo nguồn tài liệu tác giả khác có trích dẫn thích nguồn gốc đầy đủ Nếu có gian lận tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm nội dung luận văn Học viên Lê Văn Tàu download by : skknchat@gmail.com LỜI CẢM ƠN Xin tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến TS Nguyễn Thị Mộng Điệp trường Đại học Quy Nhơn, TS Nguyễn Thùy Dương tập thể cán phòng Hệ gen học người, Viê ̣n Nghiên cứu ̣ gen, Viện Hàn lâm Khoa Học Cơng Nghệ Việt Nam, tận tình hướng dẫn, bảo tạo điều kiện giúp đỡ tơi q trình thực luận văn Xin chân thành trân trọng cảm ơn Ban giám hiệu, phòng Đào tạo Sau đại học, khoa Sinh - KTNN, quý Thầy Cô trường Đại học Quy Nhơn quý Thầy Cô trực tiếp giảng dạy suốt trình học tập Học viên Lê Văn Tàu download by : skknchat@gmail.com MỤC LỤC TRANG PHỤ BÌA LỜI CAM ĐOAN LỜI CẢM ƠN DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC CÁC BẢNG BIỂU DANH MỤC CÁC HÌNH MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài Mục tiêu nghiên cứu Ý nghĩa đề tài Chương TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 1.1 Hệ gen ty thể 1.1.1 Đặc điểm cấu trúc di truyền hệ gen ty thể 1.1.2 Cấu trúc vùng điều khiển D-loop 1.1.3 Tình hình nghiên cứu hệ gen ty thể giới 1.1.4 Tình hình nghiên cứu hệ gen ty thể Việt Nam 10 1.2 Tổng quan đa hình nucleotide đơn (SNPs) 12 1.2.1 Các dạng đa hình nucleotide đơn (SNP) 13 1.2.2 Tính chất SNP 14 1.2.3 Ứng dụng tầm quan trọng đa hình đơn nucleotide 15 1.3 Đặc điểm dân tộc học người Kinh, La Hủ, Si La 19 1.3.1 Dân tộc Kinh 19 1.3.2 Dân tộc La Hủ 20 1.3.3 Dân tộc Si La 22 Chương ĐỐI TƯỢNG, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 24 download by : skknchat@gmail.com 2.1 Đối tượng nghiên cứu 24 2.2 Hóa chất thiết bị 24 2.3 Nội dung nghiên cứu 25 2.4 Phương pháp nghiên cứu 25 2.4.1 Tách chiết DNA tổng số 25 2.4.2 Phương pháp điện di gel agarose 26 2.4.3 Phương pháp nhân đoạn DNA phản ứng PCR 26 2.4.4 Phương pháp tinh sản phẩm PCR 28 2.4.5 Phương pháp giải trình tự DNA 28 2.4.6 Phương pháp xử lý số liệu thống kê so sánh 29 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 30 3.1 Tách chiết tinh DNA tổng số từ mẫu máu 30 3.2 Khuếch đại hai vùng siêu biến HVS-I HVS-II D-loop ty thể kỹ thuật PCR 31 3.3 Phân tích xử lý số liệu trình tự hai vùng siêu biến HVS-I HVS-II trênD-loop DNA ty thể mẫu nghiên cứu 34 3.3.1 Xác định đa hình thuộc hai vùng siêu biến HVS-I HVS-II D-loop DNA ty thể mẫu nghiên cứu 34 3.3.2 Phân tích thống kê đa hình thuộc vùng siêu biến HVS-I HVS-II dân tộc Kinh, La Hủ Si La 55 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 62 KẾT LUẬN 62 KIẾN NGHỊ 63 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO 64 QUYẾT ĐỊNH GIAO ĐỀ TÀI LUẬN VĂN THẠC SĨ (Bản sao) download by : skknchat@gmail.com DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ARN: Ribonucleic acid bp: base pair (cặp base) DNA: Deoxyribonucleic acid ddNTP: Dideoxynucleoside triphosphate dNTP: Deoxynucleoside triphosphate ETDA: Ethylene diamine tetra-acetic acid HVS-I: Hypervariable segment HVS-II: hypervariable segment mtDNA: mitochondrial deoxyribonucleic acid nDNA: Nucleic deoxyribonucleic acid NADH: Nicotinamide ademine dinucleotide OXPHOS: Phosphoryl oxy hóa PCR: Polymerase chain reaction r CRS: Revised Cambridge Reference Sequence rARN: Ribosome ribonucleic acid RFLP: Ristrition Fragment Length Polymorphism SNP: Single nucleotide polymorphism tARN: Transfer ribonucleic acid download by : skknchat@gmail.com DANH MỤC CÁC BẢNG BIỂU Số hiệu Tên bảng Trang 2.1 2.2 Thành phần phản ứng PCR Chu trình nhiệt PCR Tỷ lệ % sai khác so sánh trình tự đoạn HVS-I HVS-II 90 mẫu dân tộc Kinh, La Hủ Si La với trình tự chuẩn 28 38 3.1 49 3.2 Các vị trí đa hình phát đoạn HVS-I HVS-II quần thể nghiên cứu (gồm 30 người Kinh, 30 53-56 người La Hủ 30 người Si La) 3.2 Các đa hình phổ biến (frequency ≥ 0,1) có tần suất khác dân tộc Kinh La Hủ 56 3.3 Các đa hình phổ biến (frequency ≥ 0,1) có tần suất khác dân tộc Kinh Si La 57 3.4 Các đa hình phổ biến (frequency ≥ 0,1) có tần suất khác dân tộc La Hủ Si La 58 3.1 Biểu đồ thống kê đa hình đoạn HVS-I HVSII vùng D-loop phát nhóm cá thể người Kinh, La Hủ người Si La so sánh với trình tự tham chiếu rCRS 52 download by : skknchat@gmail.com DANH MỤC CÁC HÌNH Số hiệu Tên hình Trang 1.1 Cấu trúc DNA ty thể 1.2 Cấu trúc vùng điều khiển (D-loop) DNA ty thể 1.3 Đa hình T146C đoạn HVS-II 12 1.4 Các dạng SNP 14 1.5 Cách thiết lập đồ SNP 16 3.1 Kết điện di kiểm tra sản phẩm tách DNA tổng số từ 30 mẫu máu nhóm dân tộc Si La 31 3.2 Kết điện di kiểm tra sản phẩm tách DNA tổng số từ 30 mẫu máu nhóm dân tộc La Hủ 32 3.3 Kết điện di kiểm tra sản phẩm tách DNA tổng số từ 30 mẫu máu nhóm dân tộc Kinh 32 3.4 Sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen HVS-I nhóm dân tộc Kinh (kích thước lý thuyết 543 bp) gel agarose 1% 33 3.5 Sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen HVS-II nhóm dân tộc Kinh (kích thước lý thuyết 429 bp) gel agarose 1% 33 3.6 Sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen HVS-I nhóm dân tộc La Hủ (kích thước lý thuyết 543 bp) gel agarose 1% 33 3.7 Sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen HVS-II nhóm dân tộc La Hủ (kích thước lý thuyết 429 bp) gel agarose 1% 34 3.8 Sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen HVS-I nhóm dân tộc Si La (kích thước lý thuyết 543 bp) 34 download by : skknchat@gmail.com gel agarose 1% 3.9 Sản phẩm PCR khuếch đại đoạn gen HVS-II nhóm dân tộc Si La (kích thước lý thuyết 429 bp) gel agarose 1% 34 3.10 Kết so sánh trình tự vùng siêu biến HVS-I 90 mẫu thuộc nhóm dân tộc Kinh, La Hủ Si La với trình tự chuẩn 35-42 3.11 Kết so sánh trình tự vùng siêu biến HVS-II 90 mẫu thuộc nhóm dân tộc Kinh, La Hủ Si La với trình tự chuẩn 43-49 download by : skknchat@gmail.com 54 16111 HVS-I C T 0 16129 16136 HVS-I HVS-I G T A C 21 15(29,4%)(Nguyễn Thy Ngọc et al, 2018) 16140 16147 16148 16157 16162 16166 16172 16174 16175 16178 16180 16181 HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I T C C T A A T C A T A A C T T C G G C T G C C C 1 1 1 0 0 3 0 0 0 0 17 20 0 1 9(17,6%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) 16182 HVS-I A C 11 16183 16184 HVS-I HVS-I A C C A 15 20 7 16189 16192 16209 16213 16214 HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I T C T G C C T C A T 19 1 0 21 10 16217 16218 HVS-I HVS-I T C C T 19 16223 16234 16235 16243 16249 HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I C C A T T T T G C C 11 2 10 0 16261 HVS-I C T 3 16266 16271 16272 16273 HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I C T A G A C G A 1 1 0 0 6(11,7%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) 9(17,6%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) (50%) (Huỳnh Thị Thu Huệ et al., 2005) 24(47%) (Nguyễn Thy Ngọc et al., 2018) (50%) (Huỳnh Thị Thu Huệ et al., 2005) 29(56,8%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) (50%) (Huỳnh Thị Thu Huệ et al., 2005) 6(11,7%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) (50%) (Huỳnh Thị Thu Huệ et al.,2005) 20(39%) (Nguyễn Thuy Ngọc et al,.2018) 5(98%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) (100%) (Huỳnh Thị Thu Huệ et al.,2005) 5(9,8%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) download by : skknchat@gmail.com 55 16274 16278 16290 16292 16293 HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I G C C C A A T T T T 1 0 0 16295 16296 HVS-I HVS-I C C T T 0 0 3(5,9%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) 16297 HVS-I T C 6(11,7%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) 16298 HVS-I T C 5(9,8%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) 16304 16309 HVS-I HVS-I T A C G 17 11(21,5%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) 16311 16327 16335 16342 16344 16352 16354 16356 16357 HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I HVS-I T C A T C T C T T C T G C T C T C C 0 2 1 1 0 0 0 1 0 7(13,7%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) 16362 16362 16381 HVS-I HVS-I HVS-I T T T C G C 0 3 7(13,7%) (Nguyễn Thy Ngọc et al,.2018) 3.3.2 Phân tích thống kê đa hình thuộc vùng siêu biến HVS-I HVS-II dân tộc Kinh, La Hủ Si La Sau xác định, đa hình phổ biến vùng siêu biến HVS-I HVS-II dân tộc (có tần suất dân tộc nghiên cứu từ 10% trở lên) lựa chọn để thực phân tích thống kê, sử dụng kiểm định Fisher Exact Phân tích thống kê đa hình dân tộc Kinh La Hủ Bảng 3.3 Các đa hình phổ biến (frequency ≥ 0,1) có tần suất khác dân tộc Kinh dân tộc La Hủ Đa hình A214G Dân tộc Kinh (Số cá thể = 30) (0%) Dân tộc La Hủ (Số cá thể = 30) (20%) download by : skknchat@gmail.com Giá trị p '*' 0,0098 56 T16140C A368G C16147T T16178C C16184A T16217C A16235G (26,7%) (0%) (3,33%) (0%) (0%) (13,3%) (0%) (6,67%) (20%) (26,7%) (20%) (23,3%) 19 (63,3%) (26,7%) 0,03766 0,0098 0,01138 0,0098 0,0048 0,000068 0,00237 Ghi chú: (*) Giá trị p tính kiểm định Fisher exact phía Kết phân tích thống kê đa hình xác định khác biệt có ý nghĩa thống kê dân tộc Kinh La Hủ đa hình, bao gồm: đa hình T16140C; C16147T; T16178C; C16184A; T16217C; A16235G nằm HVS-I đa hình A214G; A368G nằm HVS-II (Bảng 3.3) Trong đó, đa hình có khác biệt lớn dân tộc T16217C với giá trị p = 6,8 x 10-5 Gía trị p thu so sánh đa hình cịn lại dao động khoảng từ 2,37 x 10-4 - 3,76 x 10-2 Đáng ý, đa hình A214G; A368G; T16178C; C16184A; A16235G xuất người La Hủ mà không xuất người Kinh Tuy nhiên khơng có đa hình xuất người Kinh mà không xuất người La Hủ Phân tích thống kê đa hình hai dân tộc Kinh Si La Bảng 3.4 Các đa hình phổ biến (frequency ≥ 0,1) có tần suất khác dân tộc Kinh Si La Đa hình A210G C16108T G16129A T16140C A16162G T16172C A16183C T16189C C16266A T16304C T16311C Dân tộc Kinh (Số cá thể = 30) (13,3%) (3,33%) (26,7%) (26,7%) (0%) (10%) 15 (50%) 19 (63,3%) (13,3%) (20%) (16,67%) Dân tộc Si La (Số cá thể = 30) (0%) 17 (56,67%) 21 (70%) (0%) 17 (56,67%) 20 (66,67%) (23,3%) 10 (33,3%) (0%0 17 (56,67%) (0%) Giá trị p '*' Ghi chú: (*) Giá trị p tính kiểm định Fisher exact phía download by : skknchat@gmail.com 0,0384 0,0000065 0,00078 0,00237 0,00000113 0,0000063 0,032 0,02 0,0384 0,00349 0,0195 57 Tương tự dân tộc Kinh La Hủ, xác định khác biệt có ý nghĩa thống kê hai dân tộc Kinh Si La 11 đa hình, bao gồm: 10 đa hình C16108T; G16129A; T16140C; A16162G; T16172C; A16183C; T16189C; C16266A; T16304C HVS-I A210G HVS-II (Bảng 3.4) Trong đó, đa hình C16108T; T16172C; A16162G HVS-II xác định đa hình có khác biệt đáng kể với giá trị p tương ứng 6,5 x 10-6; 6,3 x 10-6; 1,13 x 10-6) Gía trị p thu đa hình cịn lại dao động khoảng 7,8 x 10-4 - 3,84 x 10-2 Đáng ý, có đa hình A210G; T16140C; C16266A; T16311C xuất người Kinh không xuất Si La Tuy nhiên đa hình A16162G xuất hiên người Si La mà không xuất người Kinh Phân tích thống kê đa hình dân tộc La Hủ Si La Bảng 3.5 Các đa hình phổ biến (frequency ≥ 0,1) có tần suất khác dân tộc La Hủ Si La Dân tộc La Hủ (Số cá thể = 30) (6,67%) (3,33%) (20%) (20%) (16,67%) (20%) (26,7%) (10%) (10%) (20%) 20 (66,67%) (23,3%) 21 (70%) 19 (63,3%) (26,7%) (13,3%) Dân tộc Si La Đa hình (Số cá thể = 30) Giá trị p’*’ C150T (30%) 0,01951 T199C (20%) 0,0443 A214G (0%) 0,0098 A368G (0%) 0,0098 C16108T 17 (56,67%) 0,0013 G16129A 21 (70%) 0,000099 C16147T (0%) 0,00237 A16162G 17 (56,67%) 0,000126 T16172C 20 (66,67%) 0,0000063 T16178C (0%) 0,0098 A16183C (23,3%) 0,00074 C16184A (0%) 0,0048 T16189C 10 (33,3%) 0,00448 T16217C (10%) 0,000018 A16235G (0%) 0,00237 T16304C 17 (56,67%) 0,000433 Ghi chú: (*) Giá trị p tính kiểm định Fisher exact phía download by : skknchat@gmail.com 58 Bằng phân tích thống kê xác định khác biệt có ý nghĩa thống kê dân tộc La Hủ Si La 16 đa hình vùng siêu biến HVS-I HVS-II2, bao gồm: 12 đa hình C16108T; G16129A; C16147T; A16162G; T16172C; T16178C; A16183C; C16184A; T16189C; T16217C; A16235G; T16304C) đoạn HVS-I đa hình C150T; T199C; A214G; A368G HVS-II (Bảng 3.5) Trong đa hình T16172C thể khác biệt lớn tần suất xuất hai dân tộc với giá trị p = 6,3 x 10-6; 15 đa hình cịn lại giá trị p nằm khoảng 1,8 x 10-5 - 1,9 x 10-2 Điều cho thấy thuộc nhóm ngơn ngữ Tạng - Miến (ngữ hệ Hán - Tạng) có nhiều đặc điểm văn hóa, phong tục tập quán giống nhau, người La Hủ người Si La có nhiều điểm khác biệt mặt di truyền Sự khác biệt di truyền dân tộc Kinh, La Hủ Si La Bằng phân tích thống kê, chúng tơi xác định khác biệt có ý nghĩa thống kê nhiều đa hình vùng siêu biến HVS-I HVS-II dân tộc Kinh, La Hủ Si La nghiên cứu (Bảng 3.2, 3.3 3.4) Kết cho thấy: Sự khác biệt di truyền lớn xác định dân tộc La Hủ Si La dân tộc thuộc nhóm ngơn ngữ Tạng Miến (hay gọi ngữ hệ Hán - Tạng) chia sẻ nhiều đặc điểm chung văn hóa, phong tục tập qn Số lượng đa hình có khác biệt dân tộc 16 đa hình so với 11 đa hình so sánh Kinh - Si La Kinh - La Hủ Các đa hình tạo nên khác biệt dân tộc nằm chủ yếu vùng HVS-I ( chiếm 6/8 đa hình Kinh - Si La; 10/11 Kinh - La Hủ 12/16 La Hủ - Si La) Điều giải thích tốc độ đột biến cao vùng HVS-I kéo theo vượt trội mặt số lượng đa hình thơng thường download by : skknchat@gmail.com 59 đa hình tạo nên khác biệt dân tộc khu vực HVS-I so với HVS-II Có đa hình khơng xuất nhóm dân tộc Kinh Si La xuất phổ biến người La Hủ, bao gồm: A214G (20%); A368G (20%); C16147T (26,7%); T16178C (20%); C16184A(23,3%) Các đa hình xác định không xuất số dân tộc Việt Nam khu vực Đông Nam Á Đông Á như: người Mảng [7]; số dân tộc nhánh ngữ hệ Kravet (thuộc ngữ hệ Bahnar) Thái Lan Campuchia; [36] quần thể người Đài Loan [22] Có đa hình xuất phổ biến dân tộc Si La xác định có khác biệt rõ rệt với dân tộc Kinh La Hủ, bao gồm: C16108T; G16129A; A16162G; T16172C; A16183C; T16189C; T16304C số đa hình (T16304C, A16162G T16172C) xuất người Mảng với tần suất cao (29,7% - 40%) nghiên cứu Nguyễn Thy Ngọc (2018) Đa hình A16162G phát quần thể người Thái Lan nghiên cứu Sangthong năm 2015 [29] đa hình cịn lại (C16108T, A16183C T16189C) khơng tìm thấy cá thể xuất cá thể đơn lẻ khơng có ý nghĩa thống kê người Mảng người Thái nghiên cứu Có đa hình xác định có khác biệt so sánh dân tộc Kinh với dân tộc lại nghiên cứu, bao gồm: T16140C, C16266A, C16295T, T16311C, T146C; T152C, T199C, T204C T210C Trong đó, đa hình C16295T tìm thấy 3/30 cá thể nhóm dân tộc Kinh (chiếm tỉ lệ 10%) khơng thấy xuất cá thể dân tộc La Hủ Si La đa hình T16140C T16311C xuất dân tộc Kinh với tần số tương đối cao (26,7% và16,67%) xuất với tần suất thấp dân tộc La Hủ không xuất người Si La Hai đa hình phát hệ gene ty thể người Hán miền Nam Trung Quốc với tần suất 7,6% 17,6% download by : skknchat@gmail.com 60 [15] Đa hình T16140C xuất quần thể người Đài Loan [22] Đối chiếu đa hình C16266A, T204C T210C cho kết tương tự Chúng xuất với tần số thấp cá thể người Kinh (chiếm 13,3%; 10% 13,3%) không xuất xuất cá thể đơn lẻ người La Hủ khơng tìm thấy người Si La Đa hình C16266A phát người Hán Trung Quốc [36], đa hình T204C T210C tìm thấy số dân tộc nhánh ngữ hệ Kravet (thuộc ngữ hệ Bahnar) Thái Lan Campuchia [29] đa hình cịn lại T146C, T152C T199C xuất người Kinh xuất người Si La khơng xuất người La Hủ Tương tự đa hình trên, đa hình phát nhiều quần thể lân cận như: Thái Lan, Campuchia [36], Đài Loan [22]và người Trung Quốc đảo Hải Nam [35] Như vậy, nghiên cứu này, xác định đa hình ty thể nằm vùng siêu biến HVS-I HVS-II dân tộc Kinh, La Hủ Si La có khác biệt rõ rệt Đáng ý, đa hình đặc trưng cho 30 mẫu dân tộc Kinh nghiên cứu phát đồng thời nhiều dân tộc khác sinh sống Việt Nam khu vực lân cận như: Trung Quốc, Thái Lan, Campuchia, Đài Loan Trong đó, hầu hết đa hình đặc trưng người La Hủ người Si La phát quần thể lân cận xuất số quần thể với tần số thấp Hiện tượng giải thích phần dựa lịch sử hình thành phát triển dân tộc Người Kinh có dân số lớn (chiếm khoảng 86,2% dân số Việt Nam), sinh sống khu vực trải rộng có lich sử phát triển lâu đời Họ sớm có tiếp xúc, giao lưu với dân tộc khác từ hình thành nên tảng di truyền đa dạng, đồng thời chia sẻ đặc điểm di truyền với dân tộc khác Trong đó, người La Hủ người Si La có dân số thấp nhiều, tập trung sinh sống khu vực địa lý cách biệt kết download by : skknchat@gmail.com 61 hôn với người ngoại tộc [1] Điều dẫn đến cách ly mặt di truyền, hình thành nên tảng di truyền đặc trưng đa dạng dân tộc download by : skknchat@gmail.com 62 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN  Đã thu thập tách chiết thành công DNA tổng số từ 90 mẫu máu dân tộc Kinh, La Hủ Si La Việt Nam  Khuếch đại giải trình tự thành cơng hai vùng siêu biến HVS-I (543 bp) HVS-II (429 bp) D-loop ty thể 90 mẫu thuộc dân tộc Kinh, dân tộc La Hủ dân tộc Si La  Xác định tổng cộng 817 điểm sai khác 102 vị trí đa hình khác hai vùng siêu biến HVS-I HVS-II 90 mẫu thuộc dân tộc Kinh, La Hủ, Si La Khẳng định tính đa dạng đa hình nằm vùng siêu biến dân tộc  Xác định khác biệt di truyền dân tộc Kinh, La Hủ Si La liên quan đến đa hình hai vùng siêu biến HVS-I HVS-II DNA ty thể download by : skknchat@gmail.com 63 KIẾN NGHỊ Chúng tiếp tục mở rộng cỡ mẫu số lượng dân tộc để khẳng định chắn đa dạng di truyền hai vùng siêu biến HVS-I HVS-II dân tộc Kinh, La Hủ Si La dân tộc khác Việt Nam Ngoài ra, nghiên cứu tiến hành khảo sát thêm vùng gen khác thuộc ty thể nhằm khảo sát đánh giá đa hình toàn hệ gen ty thể người Việt download by : skknchat@gmail.com 64 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO [1] Ban đạo Tổng điều tra dân số nhà Trung Ương (2009) Ban đạo Tổng điều tra dân số nhà Trung Ương Tổng điều tra dân số nhà Việt Nam - Kết toàn bộ: 3-5 [2] Đái Duy Ban, Lê Thanh Hịa, Nguyễn Văn Vũ, Hồng Minh Châu, Nguyễn Bích Nga, Đái Hằng Nga, Lê Kim Xuyến, Đoàn Thanh Hương, Phạm Công Hoạt, Phan Xuân Đọc, Lê Trung Dũng, Lê Quang Huấn, Nguyễn Thanh Đạm, Nguyễn Bá Đức, Nguyễn Cơng Hồng (2003), “Bước đầu nghiên cứu ung thư vú bệnh nhân Việt Nam phương pháp sinh học phân tử sử dụng thị di truyền hệ gen ty thể đoạn D-Loop”, Những vấn đền ghiên cứu khoa học sống Báo cáo khoa học Hội nghị toàn quốc lần thứ 2, Nghiên cứu sinh học, nông nghiệp, y học, Huế 25-26/7/2003 Nhà xuất Khoa học kỹ thuật, Hà Nội, tr 825-829 [3] Phan Văn Chi, Nghiên cứu giải mã genome ty thể tộc người Việt Nam định hướng ứng dụng [4] Huỳnh Thị Thu Huệ, Hoàng Thị Thu Yến, Nguyễn Đăng Tơn, Lê Thị Thu Hiền, Nguyễn Đình Cường, Phan Văn Chi, Nơng Văn Hải (2005), “Phân tích trình tự vùng điều khiển (Dloop) genome ty thể cá thể người Việt Nam”, Tạp chí Cơng nghệ Sinh học, [5] Trương Thị Huệ, Phạm Minh Huệ, Lê Ngọc Yến, Phạm Thị Vân Anh, Ngô Diễm Ngọc, Phan Tuấn Nghĩa Phát đoạn bp hệ gen ty thể số bệnh nhân nghi hội chứng não Tạp chí sinh học, 2012, 34(2): 246-252 [6] Hoàng Hiếu Ngọc, Phạm Hùng Vân, Huỳnh Viết Lộc Phát đột biến DNA ti thể bệnh lý thần kinh thị giác di truyền leber kỹ thuật download by : skknchat@gmail.com 65 giải trình tự gen,Y Học TP Hồ Chí Minh, Tập 18, Phụ Số 2014 [7] Nguyễn Thy Ngọc, Nguyễn Bảo Trang, Nguyễn Quang Huy, Nguyễn Đăng Tơn, Nguyễn Thùy Dương, Đa hình vùng d-loop hệ gen ty thể cá thể dân tộc Kinh Mảng nhóm ngữ hệ Nam Á,Tạp chí Cơng nghệ Sinh học 16(2): 231-240, 2018 [8] Nguyễn Đăng Tôn, Nguyễn Thị Tú Linh, Vũ Hải Chi, (2008) Đa hình đơn bội DNA ty thể cá thể người Việt Nam.Tạp chí Cơng nghệ sinh học 6, 579 - 590 [9] Abd Rashid Nur Haslindawaty., Sundararajulu Panneerchelvam., Hisham Atan Edinur et al (2010) Sequence polymorphisms of mtDNA HV1, HV2, and HV3 regions in the Malay population of Peninsular Malaysia Int J Legal Med, 124, 415 - 426 [10] Andrews RM, Kubacka I, Chinnery PF et al Reanalysis and revision of the Cambridge reference sequence for human mitochondrial DNA Nat Genet 1999;23:147 [11] G Bailliet, F Rothhammer, F R Carnese, C M Bravi, and N O Bianchi Founder mitochondrial haplotypes in Amerindian populations.,Am J Hum Genet 1994 Jul; 55(1): 27–33 [12] Ballinger SW , Schurr TG , Torroni A , Gan YY , Hodge JA , Hassan K, Chen KH, Wallace DC Southeast Asian mitochondrial DNA analysis reveals genetic continuity of ancient mongoloid migrations.Genetics 1992 Jan;130(1):139-52 [13] Brown, W M., Prager, E M., Wang, A.,Wilson, A C (1982), "Mitochondrial DNA sequences of primates: tempo and mode of evolution." J Mol Evol 18(4), download by : skknchat@gmail.com 66 [14] Chen, M H., Lee, H M.,Tzen, C Y (2002), "Polymorphism and heteroplasmy of mitochondrial DNA in the D-loop region in Taiwanese." J Formos Med Assoc 101(4), 268-276.225-239 [15] Fang H, Liu X, Shen L, Li F, Liu Y, Chi H, Miao H, Lu J, Bai Y (2014) Role of mtDNA haplogroups in the prevalence of knee osteoarthritis in a southern Chinese population Int J Mol Sci 15(2): 2646-2659 [16] Fucharoen G, Horai S (2001) Mitochondrial polymorphisms in Thailand J.Hum.Genet, 46 (3), 115 - 125 [17] Giles, R E., Blanc, H., Cann, H M.,Wallace, D C (1980), "Maternal inheritance of human mitochondrial DNA." Proc Natl Acad Sci U S A 77(11), 6715-6719 [18] Hirst J Why does mitochondrial complex I have so many subunits? Biochem J 2011;437:e1–3 [19] Horai S, Hayasaka K, Kondo R et al (1995) Recent African origin of modern humans revealed by complete sequences of hominoid mitochondrial DNAs Proc Natl Acad Sci USA, 92 (2), 532 - 536 [20] Ivanova R, A.V.T (1999) Mitochondrial DNA polymorphism in the Vietnamese populaton European Journal of Immunogenetics, 26, 417 422 [21] Jin HJ, Chris TS, Kim W, (2009) The peopling of Korea revealed by analyses of mitochondrial DNA and Y-chromosomal markes PloS ONE, (1), 4210 [22] Liou CW, Chen JB, Tiao MM, Weng SW, Huang TL, Chuang JH, Chen SD, Chuang YC, Lee WC, Lin TK, Wang PW (2012) Mitochondrial download by : skknchat@gmail.com 67 DNA coding and control region variants as genetic risk factors for type diabetes Diabetes 61(10): 2642-2651 [23] Lutz S, Weisser HJ, Heizmann J, Pollak S.Location and frequency of polymorphic positions in the mtDNA control region of individuals from Germany.Int J Legal Med 1998;111(2):67-77 Erratum in: Int J Legal Med 1999;112(2):145-50 [24] Manish Anand, Nihar Sheth,Jim Costello Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), Haplotypes, Linkage Disequilibrium, and the Human Genome, ,Univ of Indiana ,24th November, 2003, [25] M.A Varela & W Amos (2010) "Heterogeneous distribution of SNPs in the human genome: Microsatellites as predictors of nucleotide diversity and divergence" Genomics 95 (3):151-159 [26] Nachman, Michael W (2001) "Single-nucleotide polymorphisms and recombination rate in humans" Trends in Genetics 17 (9): 481–485 [27] Nihon Hoigaku Zasshi Polymorphism of hypervariable region in D-loop of mitochondrial DNA.1999 Jun;53(2):199-206 [28] Robin, E D.,Wong, R (1988), "Mitochondrial DNA molecules and virtual number of mitochondria per cell in mammalian cells." J Cell Physiol 136(3), 507-513 [29] Sangthong P, Jansom A, Chinnabanchonchai N (2015) Sequence analysis of mitochondrial DNA hypervariable region I in Thai individuals Aust J Forensic Sci 47(3): 345-354 [30] Smith PM, Fox JL, Winge DR Biogenesis of the cytochrome bc(1) complex and role of assembly factors Biochim Biophys Acta 2012;1817:276–86 download by : skknchat@gmail.com 68 [31] Sutovsky P Ubiquitin-dependent proteolysis in mammalian spermatogenesis, fertilization, and sperm quality control: killing three birds with one stone Microsc Res Tech 2003;61:88–102 [32] Stenson, P D, Mort, M, Ball, E V., Howells, K, Phillips, A D., Thomas, N S.,Cooper, D N (2009), "The Human Gene Mutation Database: 2008 update." Genome Med 1(1), 13 [33] Van der Giezen M, Tovar J Degenerate mitochondria EMBO Rep 2005;6:525–30 [34] V.Troesch.I.Clisson.M.Petraud,E.Jaeck-Brignon.Polymorphism of Dloop mitochondrial DNA: study of HV1 and HV2 regions in unrelated individuals living in the East of France, January 2003, Pages 529-534 [35] Yang K, Zheng H, Qin Z, Lu Y, Farina SE, Li S, Jin L, Li D, Li H (2011) Positive selection on mitochondrial M7 lineages among the Gelong people in Hainan J Hum Genet 56(3): 253-256 [36] Yao YG, Kong QP, Bandelt HJ et al (2002) Phylogeographic Differenatiation of Mitochondrial DNA in Han Chinese Am J Hum Genet, 70, 635 - 651 [37] Zhang X, Qi X, Yang Z, Serey B, Sovannary T, Bunnath L, Seang Aun H, Samnom H, Zhang H, Lin Q, van Oven M, Shi H, Su B (2013) Analysis of mitochondrial genome diversity identifies new and ancient maternal lineages in Cambodian aborigines Nat Commun 4: 2599 [38] Zhonghua Yi Xue Yi Chuan Xue Za Zhi A study on polymorphism of mitochondrial DNA D loop in the Han nationality in China, 1999 Aug;16(4):246-8 [39] http://www.mitomap.org download by : skknchat@gmail.com ...BỘ GIÁO D? ??C VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG Đ? ?I HỌC QUY NHƠN LÊ VĂN TÀU NGHIÊN CỨU ĐẶC ? ?I? ??M ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN Ở HAI VÙNG SIÊU BIẾN HVS- I VÀ HVS- II TRÊN D- LOOP TY THỂ CỦA MỘT SỐ D? ?N TỘC VIỆT NAM Chuyên... Việt Nam, chúng t? ?i thực đề t? ?i ? ?Nghiên cứu đặc ? ?i? ??m đa hình nucleotide đơn hai vùng siêu biến HVS- I HVS- II D- loop ty thể số d? ?n tộc Việt Nam? ?? download by : skknchat@gmail.com 2 Mục tiêu nghiên cứu. .. mẫu nghiên cứu 3.3.1 Xác định đa hình thuộc hai vùng siêu biến HVS- I HVS- II D- loop DNA ty thể mẫu nghiên cứu Trình tự hai vùng siêu biến HVS- I, HVS- II 90 mẫu thuộc d? ?n tộc Kinh, La Hủ Si La sau