Ứng dụng chỉ thị phân tử liên kết gần trong chọn giống lúa chịu ngập chìm

Ứng dụng chỉ thị phân tử liên kết gần trong chọn giống lúa chịu ngập chìm Vũ Thị Thu Hằng Trƣờng Đại học Khoa học Tự nhiên Khoa Sinh học Luận văn Thạc sĩ ngành: Di truyền học; Mã số: 60 42 70 Ngƣời hƣớng dẫn: TS. Lƣu Thị Ngọc Huyền Năm bảo vệ: 2011 Abstract. Tổng quan về ảnh hƣởng của biến đổi khí hậu, nƣớc biển dâng đến sản xuất lúa gạo; các vùng trồng lúa ở Việt Nam có khả năng bị ngập theo kịch bản biến đổi khí hậu. Nghiên cứu về cơ chế tính chống chịu ngập của cây lúa: gen chịu gập của cây lúa và cơ chế hoạt động; sinh lý học tính chịu ngập của cây lúa; di truyền tính chịu ngập của cây lúa. Tìm hiểu một số loại chỉ thị phân tử thƣờng đƣợc sử dụng trong nghiên cứu Genome và chọn giống thực vật, đồng thời nghiên cứu chọn tạo giống chụi ngập trên thế giới và ở Việt Nam. Nghiên cứu về giống lúa cho gen: IR64Sub1 và giống lúa nhận gen: AS996 trong môi trƣờng chịu ngập nƣớc ở Việt Nam. Trình bày các phƣơng pháp nghiên cứu: phƣơng pháp lai hữu tính -lai trở lại giữa giống cho và nhận gen chịu ngập nƣớc; phƣơng pháp tách chiết ADN tổng số; phƣơng pháp PCR với mồi SSR; phƣơng pháp điện di trên gel agarose 0,8%; phƣơng pháp điện di trên gel polyacylamide; phƣơng pháp xử lý số liệu. Đƣa ra kết quả nghiên cứu và thảo luận: tách chiết và tinh sạch ADN tổng số; khảo sát đa hình giữa hai giống bố mẹ; quy tụ gen chịu ngập chìm SuB1 vào giống lúa AS996. Keywords. Di truyền học; Phân tử; Giống lúa chịu ngập chìm; Cây lúa Content MỞ ĐẦU Cây lúa (Oryza Sativa) là một trong những cây lƣơng thực quan trọng cho khoảng 2/3 dân số thế giới. Theo thống kê của Bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ, thế giới có khoảng 156,1 triệu ha đất dùng cho việc trồng lúa, sản lƣợng là 697,9 triệu tấn, 90% diện tích này thuộc các nƣớc châu Á với 651 triệu tấn thóc chiếm 92% tổng sản lƣợng lúa gạo thế giới. (Bộ Nông nghiệp và PTNT, 2010)[3] Trên thế giới, an ninh lƣơng thực không chỉ là vấn đề với các nƣớc nghèo mà nó đang trở thành vấn đề có tính toàn cầu. Dân số thế giới liên tục tăng (khoảng 7 tỷ ngƣời năm 2011) trong khi diện tích đất dành cho việc trồng lúa hầu nhƣ không tăng mà ngày càng giảm do đất đƣợc chuyển sang sử dụng cho các mục đích khác nhƣ xây dựng khu công nghiệp, trƣờng học, nhà ở, khu du lịch Bên cạnh đó, các dấu hiệu về sự biến đổi khí hậu hiện nay đã có thể nhận thấy nhƣ trái đất đang nóng lên, băng tan ở hai cực, bão lũ xảy ra thƣờng xuyên. Ở Việt Nam nhiệt độ trung bình hàng năm tăng 0,1 0 C và mực nƣớc biển tăng 2,5 – 3,0 cm mỗi năm trong thập kỷ qua. Tính đến cuối thế kỷ 21, nhiệt độ ở Việt Nam sẽ tăng khoảng 2,3 0 C và mực nƣớc biển tăng 75 cm tính theo mức trung bình các năm 1980 – 1999. Đối với gen chống chịu ngập cho đến nay các nhà khoa học ở Viện Nghiên cứu Lúa Quốc tế đã xác định đƣợc một số các chỉ thị phân tử liên kết chặt với gen có thể ứng dụng trong chọn giống, sử dụng phƣơng pháp MABC để chọn giống chịu ngập chìm. Để góp phần tạo ra giống lúa có khả năng chịu ngập chìm ứng phó với biến đổi khí hậu trong thời gian tới, ứng dụng kết quả nghiên cứu vào sản xuất, chúng tôi thực hiện đề tài: ―Ứng dụng chỉ thị phân tử liên kết gần trong chọn giống lúa chịu ngập chìm”. Đề tài đƣợc đề ra với mục tiêu cụ thể sau: - Sử dụng phƣơng pháp chọn giống nhờ chỉ thị phân tử kết hợp lai trở lại để quy tụ gen chịu ngập (Sub1) đã đƣợc xác định trƣớc vào giống lúa năng suất cao đang đƣợc trồng phổ biến ở Việt Nam với thời gian ngắn đáp ứng nhu cầu giống trong sản xuất. Chƣơng 2. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU 2.1.1. Các giống lúa nghiên cứu - Giống lúa cho gen: IR64Sub1 là giống chịu ngập chìm là Giống lúa chống chịu ngập đầu tiên tại Philippines đã đƣợc công nhận trong cuộc Họp Hội đồng thƣ ký lần thứ 27 ngày 7 tháng 7 năm 2009. - Giống lúa nhận gen: AS996 là giống lúa chất lƣợng cao đƣợc bộ Bộ môn Di truyền chọn giống Viện nghiên cứu Lúa ĐBSCL, đƣợc công nhận giống chính thức theo Quyết định số 5310 QĐ/BNN-KHCN, ngày 29 tháng 11 năm 2002 của Bộ Nông Nghiệp & PTNT. - Một số giống lúa đang đƣợc trồng phổ biến ở Việt Nam nhƣ Q5c, Q5l, OM5472, FL478, IR64SUB1, AS996, KDDB, BT. 2.1.2. Hóa chất và thiết bị thí nghiệm - 372 chỉ thị SSR phân bố rải rác trên12 NST (phụ lục 1) - Các vật tƣ, hóa chất sinh học phân tử chuyên dụng (phụ lục 2) 2.2. PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU - Phƣơng pháp lai hữu tính đối với các giống lúa cho và nhận gen kháng. Kết hợp với phƣơng pháp lai trở lại để chọn lọc và làm thuần nhanh những dòng mang gen kháng và nền gen tối đa của giống nhận gen. - Tách chiết và tinh sạch ADN theo phƣơng pháp CTAB cải tiến - Chọn lọc cây con mang gen kháng thông qua phƣơng pháp PCR đối với các chỉ thị SSR liên kết với QTL quy định tính chịu ngập chìm (Sub1). Chọn lọc nền gen thông qua phƣơng pháp PCR đối với các chỉ thị phân bố trên 12 NST lúa. - Điện di trên gel agarose 0,8% nhuộm Ethidium Bromide. - Điện di trên gel polyacrylamide biến tính 4,5% nhuộm bạc. - Điện di trên gel polyacrylamide không biến tính 6% nhuộm Syber safe. - Phân tích dữ liệu trên chƣơng trình Graphical Genotyper (Van Berloo, 2008)[89]. Chƣơng 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 3.1. TÁCH CHIẾT VÀ TINH SẠCH ADN TỔNG SỐ Tách chiết ADN là bƣớc đầu tiên khá quan trọng trong mọi nghiên cứu về sinh học phân tử. Nếu có ADN đủ độ tinh sạch là điều kiện tốt cho các bƣớc nghiên cứu tiếp theo. Trong nghiên cứu này, chúng tôi chọn phƣơng pháp tách chiết ADN bằng CTAB. Nồng độ và độ tinh sạch của ADN đƣợc kiểm tra bằng điện di trên gel agarose 0,8% cùng với ADN chuẩn. Nhuộm gel bằng dung dịch ethidum bromide và ghi nhận kết quả trên máy soi cực tím. Hình 3. Kết quả kiểm tra ADN tổng số tách chiết theo phương pháp CTAB trên gel agarose 0,8%. Giếng số 1: Lambda ADN nồng độ chuẩn (200ng/  l), Các giếng từ 2 -17: ADN mẫu nghiên cứu. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 Kết quả tách chiết ADN cho thấy phƣơng pháp tách chiết ADN bằng CTAB cho hiệu quả cao, 100% số mẫu ADN đủ độ tinh sạch. Nồng độ trong khoảng từ 200 – 300ng/l khi so sánh với lambda ADN chuẩn nồng độ 200ng/l giếng số 1. Các mẫu ADN không bị đứt gãy, việc loại bỏ RNA bằng RNase tiến hành khá tốt thể hiện các băng điện di gọn, rõ. Những mẫu ADN này đủ điều kiện để sử dụng cho những thí nghiệm sinh học phân tử tiếp theo. 3.2. KHẢO SÁT ĐA HÌNH GIỮA HAI GIỐNG BỐ MẸ Đa hình giữa hai giống lúa có thể đƣợc phát hiện bằng chiều dài khác nhau của các đoạn lặp lại đƣợc khuyếch đại bởi phản ứng PCR khi sử dụng cùng một cặp mồi SSR. Giống IR64Sub1 có mang gen chịu ngập Sub1. Nhằm mục đích tìm kiếm chỉ thị có thể sử dụng để phát hiện gen chịu ngập trong các cá thể con lai tiến hành phản ứng PCR với ADN của các giống lúa 1.Q5c; 2.Q5l; 3.OM5472; 4. IR64Sub1; 5.FL478; 6.KDDB; 7.AS996, 8. BT. Sử dụng 372 chỉ thị SSR trên 12 nhiễm sắc thể kết quả có 53 chỉ thị cho băng đa hình giữa giống AS996 và IR64Sub1 đƣợc nêu ở bảng 7. Bảng7. Các chỉ thị SSR cho đa hình giữa giống cho và nhận gen chịu ngập Tt Tên mồi NS T Trình tự xuôi Trình tự ngược Kích thước 1 RM237 1 caaatcccgactgctgtcc tgggaagagagcactacagc 130 2 RM10115 1 acaagacgaggtaacacgcaagc gcgaaggatcaacgatgatatgg 245 3 RM7075 1 tgtgaagcacatccagtgatcc gggatgagtgacacttgttaatgg 317 4 S01132a 1 caatgacgacgcatgtatgt tgcttgaatgtttttcgagg 196 5 RM6 2 gtcccctccacccaattc tcgtctactgttggctgcac 163 6 RM154 2 gacggtgacgcactttatgaacc cgatctgcgagaaaccctctcc 271 7 RM341 2 caagaaacctcaatccgagc ctcctcccgatcccaatc 172 8 RM109 2 gccgccggagagggagagagag ccccgacgggatctccatcgtc 97 9 RM300 2 gcttaaggacttctgcgaacc caacagcgatccacatcatc 121 10 RM6318 2 tgctgcttctgtccagtgag ggatcataacaagtgcctcg 199 11 RM60 3 agtcccatgttccacttccg atggctactgcctgtactac 165 12 RM3867 3 tttgactggaacatcgagctc atcccctctacaccgtaccc 120 13 SO3068 3 gggatgggagaagggaataa gccagctaggatgttgaagg 178 14 RM307 4 gtactaccgacctaccgttcac ctgctatgcatgaactgctc 174 15 RM124 4 atcgtctgcgttgcggctgctg catggatcaccgagctcccccc 271 16 R4M13 4 tacacggtagacatccaaca atgatttaaccgtagattgg 169 17 R4M17 4 agtgctcggttttgttttc gtcagatataattgatggatgta 169 18 RM3367 4 ggatccatccatccactgac ggatatgtgctgctgtgtgc 126 19 RM437 5 acaccaaccagatcagggag tgctcgtcaatggtgagttc 275 20 RM18877 5 accactgctgcaaagaacattgg gcgagaataagatgagacacaagag g 190 21 R5M20 5 ctcgctgtttactgactgg tttgatgtactgcctgctct 175 22 S06061 6 gtcagtcgaggagtcggaga ggcgtacagcacaaaacaca 178 23 S06065a 6 ccccttcatcattgcaactt agtctctccatcacccgtct 164 24 RM508 6 ggatagatcatgtgtggggg acccgtgaaccacaaagaac 235 25 RM19840 6 ttatacacagatgacgcacacg tgggttaagggacacacttagg 200 26 RM3635 7 cgtgagagcgtgagagacag actttggtgttccctccctc 109 27 RM18 7 ttccctctcatgagctccat gagtgcctggcgctgtac 157 28 S07053 7 cgaaactttgggacgaaatg cgtccaccattcactgtcac 223 29 RM149 8 ggaagcctttcctcgtaacacg gaacctaggccgtgttctttgc 253 30 RM310 8 ccaaaacatttaaaatatcatg gcttgttggtcattaccattc 105 31 RM337 8 gtaggaaaggaagggcagag cgatagatagctagatgtggcc 192 32 RM105 9 gtcgtcgacccatcggagccac tggtcgaggtggggatcgggtc 134 33 RM215 9 caaaatggagcagcaagagc tgagcacctccttctctgtag 148 34 RM257 9 cagttccgagcaagagtactc ggatcggacgtggcatatg 147 35 RM316 9 ctagttgggcatacgatggc acgcttatatgttacgtcaac 192 36 RM23662 9 gagaggacgatggcactattgg cgaggaacttgattcgcatgg 149 37 RM24013 9 tccatcttcctctcctagagcttcc ctccctgtcccgagttagtgc 192 38 R9M10 9 ctttggattcaggggga aacttgaaacggaggcag 135 39 RM7175 9 acagtaaacgtggtgcctcc agaagtagcctcgaggaccc 105 40 ART5 9 cagggaaagagatggtgga ttggccctaggttgtttcag 159 41 SC3 9 gctagtgcagggttgacaca ctctggccgtttcatggtat 165 42 R9M30 9 cacatggcaccaacctcc gccaagtcattcactactctgg 123 43 RM296 9 cacatggcaccaacctcc gccaagtcattcactactctgg 123 44 RM228 10 ctggccattagtccttgg gcttgcggctctgcttac 154 45 RM271 10 tcagatctacaattccatcc tcggtgagacctagagagcc 101 46 RM25271 10 agacgctactcccacctgtaacc atatcattgccgcaacacaagc 185 47 S11117C 11 caaccatgtctatgatcgatgt ggctgtctccatgttgaggt 205 48 RM287 11 ttccctgttaagagagaaatc gtgtatttggtgaaagcaac 118 49 RM206 11 atatgagttgctgtcgtgcg caacttgcatcctcccctcc 134 50 RM224 11 atcgatcgatcttcacgagg tgctataaaaggcattcggg 157 51 RM17 12 tgccctgttattttcttctctc ggtgatcctttcccatttca 184 52 RM7558 12 cagtagcaggctcccttttg atcaggaacaccagagacgg 149 53 RM7102 12 ttgagagcgtttttaggatg tcggtttacttggttactcg 169 Tổng số 53 chỉ thị cho đa hình giữa giống cho gen (IR64 Sub1) và giống nhận gen (AS996) đã đƣợc sử dụng để đánh giá xác định kiểu gen ở các thế hệ con lai. Hình 4. Kết quả khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận gen với chỉ thị RM17; RM186; RM257; RM510 ADN: 1.Q5c; 2.Q5l; 3.OM5472; 4. IR64Sub1; 5.FL478; 6.KDDB; 7.AS996 Để lựa chọn gen đích (Sub1) tiến hành khảo sát một nhóm chỉ thị nằm ở vị trí của gen và về hai phía của gen Sub1 trên nhiễm sắc thể số 9. Đã xác định đƣợc hai chỉ thị là ART5 và SC3 cho đa hình. Hai chỉ thị này liên kết rất chặt với gen Sub1. Chỉ thị ART5 đƣợc thiết kế từ vùng promoter của gen Sub1 ở vị trí 6,3 Mb và chỉ thị SC3 ở ở vị trí 6,6Mb trên nhiễm sắc thể số 9. Sau đó, để lựa chọn các cá thể tái tổ hợp tiến hành sử dụng 10 chỉ thị cho đa hình trên nhiễm sắc thể số 9, những chỉ thị này nằm về hai phía của gen Sub1 có khoảng cách gần nhất là 1,8 Mb ở đầu trên tại vị trí của R9M10 và 2,8Mb ở đầu dƣới tại vị trí của RM24013 so với gen Sub1 (vị trí của gen Sub1 là 6.3–6.6 Mb hoặc 4.4–6.8 cM). (Xu et al. 2006)[93] Những mồi cho đa hình trên các nhiễm sắc thể còn lại không liên kết với gen Sub1 đƣợc sử dụng để kiểm tra nền di truyền của giống nhận gen. Kết quả đánh giá đa hình đƣợc tổng kết lại ở bảng 8. Bảng 8. Các bước chọn lọc sử dụng chỉ thị SSR cho đa hình trong các quần thể lai trở lại Các bước chọn lọc Các mồi đa hình sử dụng cho quần thể BC 1 F 1 đến BC 3 F 1 1 Lựa chọn cá thể mang gen đích (Sub1) ART5, SC3 2 Lựa chọn cá thể tái tổ RM23662, RM316, R9M10, RM24013, RM105, RM7175, Hình 5. Kết quả khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận gen với chỉ thị RM18; RM118; RM152; RM223; RM284 ADN: 1.Q5c; 2.Q5l; 3.OM5472; 4. IR64Sub1; 5.FL478; 6.KDDB; 7.AS996 hợp RM257, RM215, RM296, R9M30 3 Lựa chọn nền di truyền cây nhận gen RM6, RM17, RM18, RM60, RM109, RM124, RM149, RM154, RM206, RM224, RM228, RM237, RM311, RM287, RM300, RM307, RM310, RM341, RM6318, RM7558, RM10115, RM7102, RM25271, SO6061, SO6065A, SO7053, S1117C, SO1132A, R4M13, R4M17, R5M20, RM7075, SO3068, RM3367, RM3867, RM437, RM508, RM19840, RM3635, RM337, RM7102. 3.3. QUY TỤ GEN CHỊU NGẬP CHÌM SUB1 VÀO GIỐNG LÚA AS996 3.3.1. Xác định con lai F 1 Thế hệ F 1 lai tạo đƣợc 22 cá thể. Các cá thể này đƣợc trồng, tách chiết ADN để xác định cây lai nhờ sự trợ giúp của chỉ thị phân tử. Để xác định các cá thể F 1 mang gen kháng, tiến hành phản ứng PCR với AND của mẹ (AS996) và bố (IR64Sub1) và các con lai F 1 với hai chỉ thị cho đa hình liên kết chặt với gen Sub1 là SC3, ART5. Kết quả kiểm tra xác định cá thể mang gen đƣợc minh họa ở hình 10. Trong tổng số 22 cá thể F 1 đƣợc đánh số từ 1-22 tƣơng ứng từ giếng số 3 đến giếng số 24, ghi nhận có 11 mẫu ADN của 11 cá thể có mang 2 băng: 1 băng đặc trƣng cho AS996, một băng đặc trƣng cho IR64Sub1 là các cá thể số: 4, 5, 6, 7, 9, 16, 17, 19, 20, 21, 22. Các cá thể này đƣợc chọn làm mẹ để tiến hành lai trở lại với giống nhận gen tạo thế hệ BC 1 F 1 . 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 Hình 10. Kiểm tra cá thể mang gen kháng ở thế hệ F 1 với chỉ thị SC3 Giếng số 1: AS996, giếng số 2: IR64Sub1, giếng 3-24 con lai F 1 3.3.2. Quy tụ gen Sub1 vào giống AS996 ở thế hệ BC 1 F 1 Dựa trên bản đồ vùng QTL chịu ngập thì chỉ thị tốt nhất trong khu vực Sub1 là ART5 đƣợc thiết kế từ vùng promoter của gen và SC3 đƣợc thiết kế ở phía dƣới của gen Sub1 trên NST số 9 đƣợc sử dụng để lựa chọn những cá thể mang gen. Phản ứng PCR đƣợc tiến hành giữa ADN các giống lúa AS996, IR64Sub1 và các con lai với hai chỉ thị trên. Tổng số 497 cá thể của quần thể BC 1 F 1 đƣợc tiến hành tách chiết ADN và kiểm tra sự có mặt của gen đích (Sub1) bằng hai chỉ thị liên kết chặt là ART5 và SC3. Kết quả đƣợc minh họa ở hình 11 và 12. Kết quả trên hình 11 thể hiện khi phân tích các cá thể BC 1 F 1 với chỉ thị SC3 những cá thể dị hợp tử mang 2 băng của cả giống nhận gen ở giếng số 49 và giống cho gen ở giếng số 50 là các giếng số 2, 4, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 16, 18, 23, 25, 27, 29, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 48. Giếng số 5, 11, 15, 17, 19, 20, 21, 22, 24, 28, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 41, 46, 47 chỉ mang băng của giống nhận gen, những cá thể này không mang gen kháng đƣợc loại bỏ ở các bƣớc sàng lọc sau. Hình 11. Kết quả sàng lọc các cá thể BC 1 F 1 (AS996/IR64Sub1) với chỉ thị SC3. Giếng 1, 26: 25bp ladder, 2-25 và 27-48: các cá thể BC 1 F 1 Giếng 49:AS996, giếng 50: IR64Sub1 Hình 12. Kết quả sàng lọc các cá thể BC 1 F 1 (AS996/IR64Sub1) với chỉ thị ART5.Giếng 1, 50: 25bp ladder, giếng 2:AS996, giếng 3:IR64Sub1, 4-49: các cá thể BC 1 F 1 Kết quả trên hình 12 thể hiện khi phân tích các cá thể BC 1 F 1 với chỉ thị ART5 những cá thể dị hợp tử mang 2 băng của cả giống nhận gen ở giếng số 2 và giống cho gen ở giếng số 3 là các giếng số 5, 6, 7, 9, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 22, 23, 24,26, 27, 33, 34, 39, 45, 47, 48. Kết quả thu đƣợc 165 cá thể BC 1 F 1 dị hợp tử với cả hai chỉ thị ART5 và SC3. Những cá thể dị hợp tử mang cả hai băng của giống nhận gen và giống cho gen với cả hai chỉ thị ART5 và SC3 đƣợc lựa chọn để chọn lọc các cá thể tái tổ hợp. Sàng lọc cá thể tái tổ hợp từ 165 cá thể dị hợp tử mang gen đích Sub1 tiến hành sử dụng 10 chỉ thị cho đa hình trên nhiễm sắc thể số 9. Kết quả phân tích để sàng lọc cá thể tái tổ hợp trên NST 9. Sàng lọc các cá thể BC 1 F 1 với chỉ thị RM23662 ở hình 13 cho thấy cá thể tái tổ hợp mang băng đồng hợp tử giống nhận gen ở giếng số 44 và giếng số 46. Hình 13. Sàng lọc các cá thể BC 1 F 1 (AS996/IR64Sub1) với chỉ thị RM23662 Giếng 1,26: 25bp ladder, 2-25 và 27-48: các cá thể BC 1 F 1 giếng 49:AS996, giếng 50: IR64Sub1 Hình 14. Sàng lọc các cá thể BC 1 F 1 (AS996/IR64Sub1) với chỉ thị RM24013 Giếng 1,26,51: 25bp ladder, 2-25 và 27-48: các cá thể BC 1 F 1 , giếng 49:AS996, giếng50:IR64Sub1 [...]... Nguyễn Thị Lang, Bùi Chí Bửu (2004), Ứng dụng marker phân tử đánh dấu gen mùi thơm trên lúa , Di truyền học và Ứng dụng (2) 18 Lã Tuấn Nghĩa, Vũ Đức Quang, Trần Duy Quý (2004), Cơ sở lý thuyết và ứng dụng công nghệ gen trong chọn giống cây trồng Anh tuấn 19 Lã Tuấn Nghĩa (2011), chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ôn có năng suất chất lƣợng cao bằng chỉ thị phân tử, Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển... đƣợc nghiên cứu bằng chỉ thị phân tử, đánh giá ngập nhân tạo, kết hợp với chọn giống truyền thống để tạo các dòng AS996- Sub1 có thể trồng ở các vùng ngập nƣớc, lũ lụt góp phần vào công tác chọn tạo giống lúa ứng phó với biến đổi khí hậu References Tài liệu tiếng Việt 1 Nguyễn Duy Bảy, Nguyễn H.T., Bùi Chí Bửu và Bùi Bá Bổng (2001), Chọn giống nhờ Marker và Phân tích QTL, Viện lúa Đồng Bằng Sông Cửu... Việt Nam 15 Lƣu Thị Ngọc Huyền, Vũ Đức Quang, Lƣu Minh Cúc, Phạm Thị Minh Hiền, Vũ Thị Thu Hằng, Nguyễn Thị Trang, Đinh Văn Thành (2010), Chỉ thị phân tử trợ giúp trong chọn giống lúa kháng rầy nâu‖ Tạp chí khoa học và công nghệ nông nghiệp Việt Nam số 6 (19), trang 11-17 16 Nguyễn Thị Lang (2002), Phương pháp cơ bản trong nghiên cứu công nghệ sinh học, Nxb Nông nghiệp, TPHCM 17 Nguyễn Thị Lang, Bùi... nghiệp TP Hồ Chí Minh 6 Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (2003), Cơ sở di truyền tính chống chịu đối với thiệt hại do môi trƣờng của cây lúa, Nxb Nông nghiệp TPHCM 7 Lƣu Minh Cúc, Nguyễn Thị Kim Liên, Vũ Thị Thu Hằng, Nguyễn Quang Đàm, Phạm Thị Minh Hiền, Lƣu Thị Ngọc Huyền, Vũ Đức Quang (2010) ―Khảo sát đa dạng di truyền một số giống lúa nếp bằng chỉ thị phân tử SSR‖ Tạp chí khoa học và công nghệ nông... Đình Đạt (2006), Công nghệ sinh học tập 4, Nxb Giáo dục 10 Nguyễn Thị Lan Hoa, Nguyễn Thị Minh Nguyệt, Nguyễn Thanh Quân, Phạm Thị Hoa, Nguyễn Thị Nhài, Nguyễn Thị Tân Phƣơng, Trịnh Minh Hợp, Nguyễn Duy Bảy, Nguyễn Văn Giang, Nguyễn Thị Thanh Thủy (2009), Phân tích và xác định các chỉ thị phân tử đa hình phục vụ lập bản đồ các nhóm liên kết genome và xác định vị trí gen kháng bệnh xanh lùn ở cây bông... P39-17, P39-25 đƣợc chọn để lai tạo quần thể BC3F1 3.3.4 Quy tụ gen Sub1 vào giống AS996 ở thế hệ BC3F1 Tƣơng tự nhƣ với quần thể BC2F1 cho thế hệ BC3F1 với 445 cá thể Sử dụng hai chỉ thị ART5 và SC3 là hai chỉ thị liên kết chặt với gen Sub1 để lựa chọn cá thể mang gen Sub1 ở thế hệ BC3F1 Kết quả đƣợc minh họa ở hình 23 và 24 Hình 23 Sàng lọc các cá thể BC3F1(AS996/IR64Sub1) với chỉ thị SC3 Giếng 1: 25bp... giếng2, 46: IR64Sub1 Sàng lọc các cá thể BC3F1 với chỉ thị RM24013 ở hình 26 cũng cho thấy tất cả các cá thể là tái tổ hợp mang băng đồng hợp tử của giống nhận gen Sàng lọc từ 10 chỉ thị cho đa hình trên NST số 9 với 124 cá thể Kết quả chọn đƣợc 22 cá thể tái tổ hợp Những cá thể này đƣợc tiếp tục chọn lọc nền di truyền của giống nhận gen Sử dụng 19 chỉ thị trên 11 nhiễm sắc thể còn lại Thí nghiệm này... thể BC1F1với chỉ thị RM240113 ở hình 14 cho thấy cá thể tái tổ hợp mang băng đồng hợp tử giống nhận gen ở giếng số 14, 27, 34, và giếng số 46 Tƣơng tự sàng lọc các cá thể BC1F1 với chỉ thị RM7175 ở hình 15 cho thấy cá thể tái tổ hợp mang băng đồng hợp tử giống nhận gen ở giếng số 2, 6, 10, 11, 14, 15, 16, 18, 20, 24, 27, 30, 31, 32, 33, 34, 40, 42 và giếng số 46 Sử dụng 10 chỉ thị lựa chọn đƣợc tổng... bày Hội thảo Việt Nam thích ứng với biến đổi khí hậu, Hội An – Quảng Nam 31/7/2009 12 Lê Thị Ánh Hồng (2002), Bệnh học phân tử thực vật, Nxb Nông nghiệp 13 Hội thảo về Biến đổi Khí hậu, Kịch bản biến đổi khí hậu nước biển dâng cho việt nam, Hội An, 31/7/2009 phần II 14 Lƣu Thị Ngọc Huyền (2003), Nghiên cứu lập bản đồ gen kháng rầy nâu ở giống lúa CR203 và ứng dụng trong chọn giống, Luận án Tiến sĩ Nông... 3:IR64Sub1, 4 26, 28-49: các cá thể BC1F1 Khi phân tích các cá thể BC3F1 với chỉ thị ART5 những cá thể dị hợp tử mang 2 băng của cả giống nhận gen và giống cho gen là giếng số 5, 6, 10, 16, 17, 19, 22, 23, 24, 25, 28, 31, 32, 34, 35, 36, 38, 41, 43, 44, 45, 50, 51 Các giếng còn lại các cá thể chỉ cho băng của AS996 Lựa chọn những cá thể dị hợp tử với cả hai chỉ thị chúng tôi xác định đƣợc 124 cá thể mang . Ứng dụng chỉ thị phân tử liên kết gần trong chọn giống lúa chịu ngập chìm Vũ Thị Thu Hằng Trƣờng Đại học Khoa. hậu trong thời gian tới, ứng dụng kết quả nghiên cứu vào sản xuất, chúng tôi thực hiện đề tài: Ứng dụng chỉ thị phân tử liên kết gần trong chọn giống lúa