Tài liệu Vi sinh học phần 2 docx

Bài 4 Các nhóm vi khuẩn chủ yếu Theo quan điểm hiện đại (NCBI- National Center for Biotechnology Information, 2005) thì vi khuẩn bao gồm các ngành sau đây : 1. -Aquificae 2. -Thermotogae 3. -Thermodesulfobacteria 4. -Deinococcus-Thermus 5. -Chrysiogenetes 6. -Chloroflexi 7. -Nitrospirae 8. -Defferribacteres 9. -Cyanobacteria 10. -Proteobacteria 11. -Firmicutes 12. -Actinobacteria 13. -Planctomycetes 14. -Chlamydiae/Nhóm Verrucomicrobia 15. -Spirochaetes 16. -Fibrobacteres /Nhóm Acidobacteria 17. -Bacteroidetes/Nhóm Chlorobia 18. -Fusobacteria 19. -Dictyoglomi Việc phân ngành dựa trên các đặc điểm hình thái, sinh lý, sinh hóa, sinh thái Căn cứ vào tỷ lệ G + C trong ADN người ta xây dựng được cây phát sinh chủng loại (Phylogenetic tree) và chia vi khuẩn thành 11 nhóm sau đây : 1. -Nhóm Oxy hoá Hydrogen 2. -Nhóm Chịu nhiệt 3. -Nhóm Vi khuẩn không lưu huỳnh màu lục 4. -Nhóm Deinococcus 5. -Nhóm Vi khuẩn lam 6. -Nhóm Proteobacteria 7. -Nhóm Chlamydia 8. -Nhóm Planctomyces 9. -Nhóm Spirochaetes (Xoắn thể) 10. -Nhóm Vi khuẩn lưu huỳnh màu lục 11. -Nhóm Cytophaga 12. Nhóm Vi khuẩn Gram dương Sơ đồ về các loài điển hình Để có khái niệm về các chi vi khuẩn thường gặp chúng ta làm quen với một số khoá phân loại đơn giản, dựa trên các đặc điểm về hình thái, sinh lý , sinh hoá. Trong thực tiễn với các loài vi khuẩn gây bệnh người ta thường chẩn đoán thêm bằng phản ứng huyết thanh (với các kháng thể đặc hiệu) 1.Vi khuẩn quang hợp (Phototrophic bacteria) : 1.1.Vi khuẩn lưu huỳnh màu tía (Purple sulfur bacteria): Thuộc nhóm này là các vi khuẩn kỵ khí bắt buộc, có khả năng quang tự dưỡng vô cơ (photolithoautotroph), tế bào có chứa chlorophyll a hoặc b , hệ thống quang hợp chứa các màng hình cầu hay hình phiến (lamellar) gắn với màng sinh chất. Để dùng làm nguồn cho điện tử (electron donors) trong quang hợp thường sử dụng H 2, H 2 S hay S . Có khả năng di động với tiên mao mọc ở cực, có loài chu mao, tỷ lệ G+C là 45-70%. a- Họ Chromatiaceae: 1.1.1- Chi Thiospirium 1.1.2. Chi Chromatium 1.1.3. Chi Thiocapsa 1.1.4. Chi Thiocystis 1.1.5. Chi Thiospirillum 1.1.6. Chi Thiorhodovibrio 1.1.7. Chi Amoebobacter 1.1.8. Chi Lamprobacter 1.1.9. Chi Lamprocystis 1.1.10.Chi Thiodyction 1.1.11.Chi Thiopedia 1.1.12. Chi Rhabdochromatium 1.1.13. Chi Thiorhodococcus Chromatium Thiocapsa Thiocystis Thiospirillum Lamprocystis Thiopedia b- Họ Ectothiorhodospiraceae: 1.1.14- Chi Ectothiorhodospirace 1.1.15- Chi Halorhodospira 1.2-Vi khuẩn không lưu huỳnh màu tía (Nonsulfure purple bacteria) Vi khuẩn không lưu huỳnh màu tía là nhóm vi khuẩn quang dị dưỡng hữu cơ (photoorganoheterotrophs) thường kỵ khí bắt buộc, một số loài là quang tự dưỡng vô cơ không bắt buộc (trong tối là hoá dị dưỡng hữu cơ- chemoorganoheterotrophs). Tế bào chứa chlorophyl a hoặc b, hệ thống quang hợp chứa các màng hình cầu hay hình phiến (lamellar) gắn với màng sinh chất. Để dùng làm nguồn cho điện tử (electron donors) trong quang hợp thường sử dụng chất hữu cơ, đôi khi sử dụng hợp chất lưu huỳnh dạng khử hoặc H 2 . Có khả năng di động với tiên mao mọc ở cực, hoặc không di động, một số loài có túi khí (gas vesicles), tỷ lệ G+C là 61-72%. 1.2.1- Chi Blastochloris 1.2.2- Chi Phaeospirillum 1.2.3- Chi Rhodobacter 1.2.4- Chi Rhodobium 1.2.5- Chi Rhodocista 1.2.6- Chi Rhodocyclus 1.2.7- Chi Rhooferax 1.2.8- Chi Rhodomicrobium 1.2.9- Chi Rhodoplanes 1.2.10-Chi Rhodopila 1.2.11- Chi Rhodopseudomonas 1.2.12- Chi Rhodospira 1.2.13- Chi Rhodospirillum 1.2.14- Chi Rhodothalassium 1.2.15- Chi Rhodovibrio 1.2.16-Chi Rhodovulum 1.2.17- Chi Rosespira 1.2.18- Chi Rubiviva Rhodospirillum Rhodospirillum dưới KHV điệntử Rhodopseudomonas Rhodopseudomonas dưới KHV điện tử Rhodobacter Rhodopila Rhodocyclus purpureus Rhomicrobium 1.3.Vi khuẩn lưu huỳnh màu lục (Green sulfure bacteria) Thuộc nhóm này là các vi khuẩn kỵ khí bắt buộc, có khả năng quang tự dưỡng vô cơ (photolithoautotroph), tế bào có chứa chlorophyll a cùng với b , c hoặc e, chứa caroten nhóm 5, hệ thống quang hợp liên quan đến các lục thể (chlorosom) và độc lập đối với màng sinh chất. Để dùng làm nguồn cho điện tử (electron donors) trong quang hợp thường sử dụng H 2, H 2 S hay S . Hạt lưu huỳnh tích luỹ bên ngoài tế bào Không có khả năng di động , một số loài có túi khí; tỷ lệ G+C là 48-58%. 1.3.1- Chi Chlorobium 1.3.2- Chi Prosthecochloris 1.3.3- Chi Pelodictyon 1.3.4- Chi Ancalichliris 1.3.5- Chi Chloroherpeton Chlorobium Pelodictyon Prosthecochloris 1.4.Vi khuẩn không lưu huỳnh màu lục (Green nonsulfur bacteria) Thuộc nhóm này là các vi khuẩn đa bào, dạng sợi,thường kỵ khí không bắt buộc ,thường là quang dị dưỡng (photoheterotroph), có loài quang tự dưỡng hoặc hoá dị dưỡng. Tế bào có chứa chlorophyll a và c, trong điều kiện kỵ khí thấy có chlorosom. Để dùng làm nguồn cho điện tử (electron donors) trong quang dị dưỡng là glucose, axit amin, axit hữu cơ; trong quang tự dưỡng là H 2, H 2 S. Di động bằng phương thức trườn (gliding) , tỷ lệ G+C là 53-55%. Chi điển hình là Chloroflexus., Chloronema [...]... -Pleurocapsales -Prochlorales 2- Vi khuẩn sinh nội bào tử (Endospore-forming bacteria): A -Vi khuẩn hình cầu 2. 1- Chi Sporosarcina AA -Vi khuẩn hình que B-Kỵ khí bắt buộc C -Sinh trưởng được ở nồng độ 3- 12% NaCl 2, 2- Chi Sporohalobacter CC-Không sinh trưởng được ở nồng độ 3- 12% NaCl D-Khử sulfat 2. 3- Chi Desulfotomaculum DD-Không khử sulfat E-Phân giải Axit 3-hydroxybenzoic 2. 4- Chi Sporomaculum EE- Không... Edwardisiella 3.18-Chi Citrobacter 3.19-Chi Budvicia 3 .20 -Chi Pragia 3 .21 -Chi Leminorella 3 .22 -Chi Serratia 3 .23 -Chi Xenorhabdus 3 .24 -Chi Klebsiella 3 .25 -Chi Kluyvera 3 .26 -Chi Yersinia 3 .27 -Chi Cedecea 3 .28 -Chi Ewingella 3 .29 -Chi Buttiauxella 3.30-Chi Moellerlla 3.31-Chi Leclecia 3. 32- Chi Escherichia 3.33-Chi Yokenlla 3.34-Chi Hafnia 3.35-Chi Tatumella Aeromonas Vibrio Pasteurella Morganella Photobacterium... 6.9- Chi Fervidobacterium DD-Không di động E-Sản phẩm lên men gồm H2/CO2 và hỗn hợp acid F-Sản phẩm lên men gồm acid acetíc, ethanol, H2/CO2 6.10- Chi Thermohydrogenum FF-Sản phẩm lên men gồm acid acetic và ethanol, hoặc acid acetic và H2/CO2 6.11- Chi Coprothermobacter EE-Không sinh khí, sản phẩm lên men gồm acid acetic, acid propionic, acid isopentanoic 6. 12- Chi Anaerobaculum II- Không sinh trưởng... oxy hoá ethanol tới CO 2 và H2O D-Có thể oxy hoá acid DL-lactic tới CO2 và H2O 4.7- Chi Frateuria DD-Không oxy hoá acid DL-lactic tới CO2 và H2O 4.8- Chi Gluconobacter BB-Không oxy hoá etanol thành acid acetic C-Có thể cố định Nitơ ngoài cơ thể D-Có thể cố định Nitơ trong điều kiện hiếu khí E-Có thể sinh bào xác (cysts) 4.9-Chi Azotobacter EE-Không sinh bào xác F-Có lipoid trong phần cực của tế bào 4.10-Chi... rộng của tế bào > 2, 5mm 2. 5- Chi Oscillosporia FF- Chiều rộng của tế bào < 2, 5mm G-Sử dụng axit béo bão hoà và axit butyric 2. 6- Chi Syntrophospora GG- Không sử dụng axit béo bão hoà 2. 7- Clostridium BB- Vi hiếu khí 2. 8-Sporolactobacillus BBB- Hiếu khí và kỵ khí không bắt buộc C- Phân giải lignin trên môi trường kiềm 2. 9- Amphibacillus CC- Không phân giải lignin trên môi trường kiềm D -Sinh trưởng trên... 10% NaCl 2. 10- Halobacillus DD-Không sinh trưởng trên môi trường > 10% NaCl E-Có thể phân giải Thiamin 2. 11- Aneurinibacillus EE- Không có thể phân giải Thiamin F-Có chứa acid béo vòng w trong lipid 2. 12- Alicycolobacillus FF- Không chứa acid béo vòng w G- Có thể tạp giao với 515F (chạy PCR) 2. 13- Paenibacillus GG- Không thể tạp giao với 515F H- Có thể tạp giao với 1741F (chạy PCR) 2. 14- Brevibacillus... ethanol, H2/CO2 6.4- Chi Halothermothrix CC- Di động nhờ tiên mao mọc bên cạnh hay gần cực tế bào, sản phẩm lên men chủ yếu là acid acetíc, acid lactic, acid succinic, H2/CO2 6.5- Chi Thermotoga BB- Không ưa mặn, không sinh trưởng ở nồng độ NaCl ≥ 4% C-Sản phẩm lên men chỉ là acid acetic D-Thành tế bào điển hình Gram âm, cần vitamin B 12 6.6- Chi Acetothermus DD-Thành tế bào không điển hình Gram âm, cần H2S... 4 .2- Chi Acidothermus DD-Không sinh trưởng được ở pH 4,5 4.3- Chi Thermus CC-Không thể dùng glucose làm nguồn carbon duy nhất 4.4- Chi Thermoleophilum AA- Không sinh trưởng được ở 60°C B-Có thể oxy hoá etanol thành axit axetic C-Có thể oxy hoá etanol tới CO2 và H2O D-Có thể oxy hoá acid DL-lactic tới CO2 và H2O 4.5- Chi Acetobacter DD-Không oxy hoá acid DL-lactic tới CO2 và H2O 4.6- Chi Acidomonas CC-Không... men pyridin và arginin 6 .20 - Chi Synergistes AA-Có thể đồng hoá và lên men hydrat carbon, sản sinh các loại axit hữi cơ 1 Sản phẩm chủ yếu lên men hydrat carbon là acid acetic hoặc acid acetic với ethanol và H2/CO2 B-Acid acetic là sản phẩm lên men duy nhất C- Di động nhờ chu mao 6 .21 - Chi Acetoanaerobium CC- Không di động D-Có thể lên men aminoacid, sinh indol từ tryptophan 6 .22 - Chi Acidaminobacter... 4 .26 -Chi Methylococcus II- Không thể dùng methane làm nguồn C duy nhất J-Catalase dương tính K -Sinh trưởng cần NaCl 4 .27 - Chi Methylophaga KK- Sinh trưởng không cần NaCl 4 .28 - Chi Methylophilus JJ-Catalase âm tính 4 .29 - Chi Methylobacillus GG- Không thể dùng hợp chất 1 carbon làm nguồn carbon duy nhất H -Sinh trưởng cần NaCl hay nước biển I- Không di động 4.30- Chi Mesophilobacter II- Di động J-Có gelatinase . 3.19-Chi Budvicia 3 .20 -Chi Pragia 3 .21 -Chi Leminorella 3 .22 -Chi Serratia 3 .23 -Chi Xenorhabdus 3 .24 -Chi Klebsiella 3 .25 -Chi Kluyvera 3 .26 -Chi Yersinia. 1 .2. 2- Chi Phaeospirillum 1 .2. 3- Chi Rhodobacter 1 .2. 4- Chi Rhodobium 1 .2. 5- Chi Rhodocista 1 .2. 6- Chi Rhodocyclus 1 .2. 7- Chi Rhooferax 1 .2. 8-