(1) Vượt qua rào cản phi thuế quan, đáp ứng yêu cầu kĩ thuật: Thị trƣờng Hoa Kỳ là thị trƣờng có hệ thống luật pháp và các yêu cầu về tiêu chuẩn kỹ thuật, vệ sinh an toàn thực phẩm rất phức tạp. Nhƣ đã phân tích ở trên, các doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản của Việt Nam đã gặp không ít khó khăn khi vƣợt qua các rào cản phi thuế quan tại thị trƣờng này. Trong thời gian tới, khi xu thế hội nhập kinh tế quốc tế ngày càng sâu rộng, tự do hóa
thƣơng mại đƣợc đẩy mạnh, thêm vào đó yêu cầu của ngƣời tiêu dùng, đặc biệt là ngƣời tiêu dùng Hoa Kỳ ngày càng nâng cao và phát triển theo hƣớng coi trọng chất lƣợng sản phẩm, đặc biệt là quan tâm hơn đến vấn đề bảo vệ sức khỏe ngƣời tiêu dùng, bảo vệ môi trƣờng…vì vậy các loại rào cản phi thuế quan, yêu cầu về tiêu chuẩn kỹ thuật, các biện pháp kiểm dịch vệ sinh động thực vật cũng đa dạng, phong phú hơn. Điều này đặt ra thách thức lớn đối với các doanh nghiệp thủy sản Việt Nam khi xuất khẩu sản phẩm sang thị trƣờng này.
(2) Cạnh tranh giữa các thị trường ngày càng gay gắt.
Hoa Kỳ là thị trƣờng nhập khẩu thủy sản lớn thứ 2 trên thế giới, là thị trƣờng thu hút lƣợng lớn sản phẩm thủy sản nhập khẩu từ các nƣớc. Ngoài Việt Nam, có thể kể đến một số nƣớc có khối lƣợng xuất khẩu thủy sản lớn vào Hoa Kỳ nhƣ Thái Lan, Trung Quốc, Ấn Độ,… Đây chính là các đối thủ cạnh tranh của Việt Nam trên thị trƣờng này. Do các doanh nghiệp Việt Nam còn nhiều hạn chế trong việc đáp ứng các tiêu chuẩn chất lƣợng, tiêu chuẩn kỹ thuật của sản phẩm xuất khẩu; trang thiết bị, công nghệ sản xuất còn lạc hậu; việc xây dựng thƣơng hiệu cho sản phẩm xuất khẩu chƣa đáp ứng đƣợc yêu cầu thị trƣờng; các sản phẩm xuất khẩu có giá trị gia tăng cao còn ít,… Vì vậy, các sản phẩm thủy sản xuất khẩu của Việt Nam gặp nhiều khó khăn khi cạnh tranh với sản phẩm của các nƣớc xuất khẩu vào Hoa Kỳ khác.
Bên cạnh đó, những doanh nghiệp của Hoa Kỳ đang hoạt động trong ngành thuỷ sản cũng chính là những đối thủ cạnh tranh mà Việt Nam cần chú ý, vì họ có nhiều điều kiện phát triển sản xuất, am hiểu về môi trƣờng kinh doanh của Hoa Kỳ hơn đồng thời lại có đƣợc sự bảo hộ thƣơng mại của luật pháp Hoa Kỳ.
(3) Thách thức trong việc đáp ứng nguồn nguyên liệu cho sản xuất, xuất khẩu thủy sản: Hoạt động nuôi trồng, đánh bắt và chế biến thủy sản của
nƣớc ta trong những năm qua đã đạt kết quả tăng trƣởng khá tuy nhiên đã dần bộc lộ những tồn tại nhƣ điều kiện vật chất kĩ thuật, cơ sở hạ tầng và hậu cần nghề cá còn lạc hậu và thiếu thốn; hoạt động nuôi trồng thủy sản chƣa đảm bảo đáp ứng theo các tiêu chuẩn, yêu cầu của thị trƣờng từ nguồn nguyên liệu đến khâu sản xuất, chế biến sản phẩm; ở nhiều địa phƣơng đôi khi hoạt động nuôi trồng thủy sản còn manh mún, tự phát làm cho nguồn nguyên liệu cung cấp cho các doanh nghiệp chế biến không ổn định hoặc nguồn nguyên liệu không đảm bảo tiêu chuẩn để chế biến xuất khẩu. Bên cạnh đó, việc khai thác thủy sản tự nhiên từ biển cũng cần có biện pháp, kế hoạch hợp lý nhằm đảm bảo phát triển bền vững và bảo vệ tài nguyên biển.
(4) Vấn đề thương hiệu của thủy sản Việt Nam đƣợc coi là một thách thức lớn vì hiện nay các mặt hàng thủy sản Việt Nam đƣợc xuất khẩu thông qua các nhà nhập khẩu và đƣợc phân phối dƣới nhiều thƣơng hiệu khác nhau do đó không quảng bá đƣợc hình ảnh thƣơng hiệu. Đồng thời hiện nay vấn đề phát triển thƣơng hiệu các sản phẩm Việt Nam chƣa đƣợc đầu tƣ, quan tâm đúng mức do đó rất nhiều thƣơng hiệu có thể bị đánh mất khi kinh doanh trên thị trƣờng nƣớc ngoài. Thị trƣờng Hoa Kỳ lại là một thị trƣờng rất quan tâm đến vấn đề thƣơng hiệu và xuất xứ của sản phẩm nên đây thực sự là một yêu cầu thách thức đặt ra cho Việt Nam trong thời gian tới.