Vườn quốc gia Cúc Phương là đơn vị sự nghiệp thuộc Cục Kiểm Lâm, có
chức năng bảo tồn tài nguyên thiên nhiên và các giá trị văn hóa, lịch sử, cảnh quan; duy trì tác dụng phòng hộ của rừng; tổ chức các hoạt động nghiên cứu khoa học, môi trường sinh thái; giáo dục môi trường theo quy hoạch và pháp luật. Vườn quốc gia Cúc Phương có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, có kinh phí hoạt động, được mở tài khoản theo quy định của pháp luật. Lãnh đạo Vườn quốc gia Cúc Phương có Giám đốc Vườn làm Hạt trưởng hạt kiểm lâm và các Phó giám đốc do Cục trưởng Cục kiểm lâm bổ nhiệm, miễn nhiệm theo phân cấp quản lý cán bộ của Bộ. Giám đốc chịu trách nhiệm trước Cục trưởng và trước pháp luật về toàn bộ các hoạt động của Vườn. Phó giám đốc giúp việc cho Giám đốc, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và trước pháp luật về việc thực hiện nhiệm vụ được Giám đốc phân công. Giám đốc Vườn quốc gia Cúc Phương quy định chức năng, nhiệm vụ của các phòng, ban; xây dựng quy chế làm việc của Vườn; bổ nhiệm, miễn nhiệm cán bộ theo phân cấp quản lý cán bộ của Cục trưởng Cục kiểm lâm và quy định hiện hành của nhà nước.
Để thực hiện các chương trình du lịch có hiệu quả ngoài việc đảm bảo giữ vững tính ổn định của tài nguyên thiên nhiên, còn nhằm mục đích nâng cao chất lượng cuộc sống của cộng đồng dân cư vùng đệm Vườn quốc gia Cúc Phương. Ban quản lý Vườn cần phải có một cơ chế thực hiện một cách nghiêm ngặt và có
hiệu quả. Để thực hiện được điều đó một cách toàn diện cần có sự giúp đỡ từ người dân địa phương, chính sách Nhà nước, các bộ ngành chủ quản và liên quan, các công ty du lịch, các tổ chức Việt Nam cũng như quốc tế.