• Môi trường cảnh quan:
Môi trường cảnh quan có vai trò rất lớn đối với hoạt động du lịch nhưng thực tế môi trường cảnh quan Vườn quốc gia Cúc Phương đang bị giảm sút do tác động của khách du lịch. Lượng khách tham quan ngày càng tăng, sự tập trung về thời gian gây nên sự quá tải với môi trường tự nhiên Vườn quốc gia. Đa số đối tượng khách du lịch là học sinh, sinh viên chiếm tới 70%, thời gian tham quan của các đối tượng này tập trung vào ngày lễ, ngày nghỉ cuối tuần, hình thức tác động mạnh nhất của họ vào rừng là: bẻ cây, cành, lá, khắc lên cây. Các loài cây thường bị tác
động là : cây Chò, cây Búng báng, cây Tầm gửi... Cảnh quan môi trường của Vườn quốc gia còn bị ảnh hưởng bởi rác thải và hình thức xử lý rác thải. Đa số khách du lịch thường mang theo đồ uống và thức ăn. Điều này không những làm hạn chế nguồn thu cho ngân sách của Vườn từ các dịch vụ ăn uống mà còn ảnh hưởng không nhỏ tới môi trường Vườn quốc gia từ rác và vấn đề xử lý rác. Trên dọc các tuyến đường đi bộ tới các điểm du lịch, và tại điểm du lịch còn có nhiều vỏ bánh, kẹo, vỏ chai... mặc dù có thùng rác đặt gần đó. Bên cạnh đó hố chôn rác lại ở gần khu vực cổng vườn, gần khu vực nhà nghỉ, nhà ăn gây mùi khó chịu vào những ngày thu gom rác mà chưa xử lý và gây mất mỹ quan. Để phục vụ nhhu cầu của khách du lịch thì các cơ sở vật chất ngày càng được tăng cường. Việc xây dựng các cơ sở lưu trú, đường xá phục vụ nhu cầu du lịch diễn ra giữa một vùng tự nhiên gần như nguyên sinh đã làm cho diện mạo cảnh quan môi trường Vườn quốc gia bị thay đổi. Sự bê tông hóa con đường nối dài từ cổng vườn vào khu trung tâm Bống dài 18 km làm đe dọa đến hoàn cảnh sống, sự di chuyển và kiếm ăn của một số loài động vật bị thu hẹp cùng mối quan hệ giữa chúng trong hệ sinh thái cũng bị ảnh hưởng. Ngoài ra sự lưu thông của phương tiện giao thông trên đường cũng khiến một số loài động vật bị chết hoặc tiếng động cơ, tiếng còi xe làm động vật sợ hãi và tránh xa nơi đây nên hầu như trên đường khách tham quan không nhìn thấy loài động vật nào.
• Không khí và tiếng ồn:
Môi trường không khí và tiếng ồn cũng là một vấn đề môi trường đang được
quan tâm rất nhiều trong công tác quản lý và bảo tồn tại Vườn quốc gia Cúc Phương. Sự ảnh hưởng tới môi trường không khí được thể hiện rõ nét nhất vào mùa du lịch. Lượng khách tới Cúc Phương ngày càng nhiều kéo theo sự gia tăng của các phương tiện giao thông sinh ra nhiều khí thải gây ô nhiễm môi trường không khí. Cũng với lượng khí thải từ các phương tiện giao thông thì tiếng ồn cũng gia tăng theo. Theo ước tính của cán bộ Vườn quốc gia Cúc Phương, vào những ngày bình thường bình quân có khoảng 3 – 4 ô tô khách vào tham quan vườn, đỉnh điểm vào mùa du lịch và những ngày nghỉ lễ, lượng xe ô tô khách lên tới 30 – 40
xe/ngày. Ngoài ra còn một lượng lớn ô tô con và xe máy. Lượng khách gia tăng kéo theo sự gia tăng chất thải khí vào môi trường không khí và gây áp lực lón vào hệ sinh thái rừng. Bên cạnh đó hoạt động đun nấu phục vụ khách du lịch gia tăng cũng làm tăng lượng khói thải ra môi trường không khí.
• Nguồn nước và đất: