Quản lý công tác KTT ựối với các doanh nghiệp bao gồm những nội dung sau: - KTT tại trụ sở cơ quan quản lý thuế: KTT tại trụ sở cơ quan quản lý thuế ựược thực hiện thường xuyên ựối với các hồ sơ thuế nhằm ựánh giá tắnh ựầy ựủ, chắnh xác của các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế.
- KTT tại trụ sở của người nộp thuế: Trường hợp hết thời hạn theo thông báo của cơ quan quản lý thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế không ựúng thì thủ trưởng cơ quan quản lý thuế quản lý trực tiếp ấn ựịnh số tiền thuế phải nộp hoặc ra quyết ựịnh KTT tại trụ sở của người nộp thuế.
- Quyền và nghĩa vụ của người nộp thuế trong KTT tại trụ sở của người nộp thuế
- Nhiệm vụ, quyền hạn của thủ trưởng cơ quan quản lý thuế ra quyết ựịnh KTT và công chức quản lý thuế trong việc KTT
Quản lý công tác thanh tra thuế ựối với các doanh nghiệp bao gồm những nội dung sau:
- Các trường hợp thanh tra thuế:
+ đối với doanh nghiệp có ngành nghề kinh doanh ựa dạng, phạm vi kinh doanh rộng thì thanh tra ựịnh kỳ một năm không quá một lần.
+ Khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
+ để giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan quản lý thuế các cấp hoặc Bộ trưởng Bộ Tài chắnh.
* Nguyên tắc KTT
- Thực hiện trên cơ sở phân tắch thông tin, dữ liệu liên quan ựến người nộp thuế, ựánh giá việc chấp hành pháp luật của người nộp thuế, xác minh và thu thập chứng cứ ựể xác ựịnh hành vi vi phạm pháp luật về thuế.
- Tuân thủ quy ựịnh của Luật này và các quy ựịnh khác của pháp luật có liên quan.
* Xử lý kết quả KTT
- Căn cứ vào kết quả KTT, thanh tra thuế, thủ trưởng cơ quan quản lý thuế ra quyết ựịnh xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chắnh theo thẩm quyền hoặc ựề nghị người có thẩm quyền ra quyết ựịnh xử phạt vi phạm hành chắnh trong lĩnh vực thuế.
- Trường hợp KTT, thanh tra thuế mà phát hiện hành vi trốn thuế có dấu hiệu tội phạm thì trong thời hạn mười ngày làm việc, kể từ ngày phát hiện, cơ quan quản lý thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền ựể ựiều tra theo quy ựịnh của pháp luật tố tụng hình sự. Cơ quan quản lý thuế có trách nhiệm phối hợp với cơ quan ựiều tra trong việc thực hiện ựiều tra tội phạm về thuế theo quy ựịnh của pháp luật.
* KTT tại trụ sở cơ quan quản lý thuế
KTT tại trụ sở cơ quan quản lý thuế ựược thực hiện thường xuyên ựối với các hồ sơ thuế nhằm ựánh giá tắnh ựầy ựủ, chắnh xác của các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế, sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế.
- Khi kiểm tra hồ sơ thuế, công chức quản lý thuế thực hiện việc ựối chiếu, so sánh nội dung trong hồ sơ thuế với các thông tin, tài liệu có liên quan, các quy ựịnh của pháp luật về thuế.
- Việc xử lý kết quả KTT ựược quy ựịnh như sau:
+ Trường hợp hồ sơ thuế có nội dung cần làm rõ liên quan ựến số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế ựược miễn, số tiền thuế ựược giảm, số tiền thuế ựược hoàn, cơ quan quản lý thuế thông báo yêu cầu người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu. Trường hợp người nộp thuế ựã giải trình và bổ sung thông tin, tài liệu chứng minh số thuế ựã khai là ựúng thì hồ sơ thuế ựược chấp nhận; nếu sau khi giải trình và bổ sung hồ sơ mà không ựủ căn cứ chứng minh số thuế ựã khai là ựúng thì cơ quan quản lý thuế yêu cầu người nộp thuế khai bổ sung.
+ Trường hợp hết thời hạn theo thông báo của cơ quan quản lý thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu hoặc không khai bổ
sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế không ựúng thì thủ trưởng cơ quan quản lý thuế quản lý trực tiếp ấn ựịnh số tiền thuế phải nộp hoặc ra quyết ựịnh KTT tại trụ sở của người nộp thuế.
+ Quyết ựịnh KTT phải ựược gửi cho người nộp thuế trong thời hạn ba ngày làm việc, kể từ ngày ký. Trong thời hạn năm ngày làm việc, kể từ ngày nhận ựược quyết ựịnh KTT mà người nộp thuế chứng minh ựược số thuế ựã khai là ựúng hoặc nộp ựủ số tiền thuế phải nộp thì cơ quan quản lý thuế bãi bỏ quyết ựịnh KTT.
* KTT tại trụ sở của người nộp thuế
- Các trường hợp KTT tại trụ sở của người nộp thuế:
+ Các trường hợp kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế mà NNT không giải trình và chứng minh ựược số thuế ựã kê khai là ựúng.
+ Các trường hợp kiểm tra sau thông quan, bao gồm kiểm tra theo kế hoạch, kiểm tra chọn mẫu ựể ựánh giá việc tuân thủ pháp luật về thuế và kiểm tra ựối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu ựã ựược thông quan có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
* Trình tự, thủ tục KTT ựược quy ựịnh như sau:
- Công bố quyết ựịnh KTT khi bắt ựầu tiến hành KTT;
- đối chiếu nội dung khai báo với sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chắnh, các tài liệu có liên quan, tình trạng thực tế trong phạm vi, nội dung của quyết ựịnh KTT;
- Thời hạn KTT không quá năm ngày làm việc, kể từ ngày công bố quyết ựịnh kiểm tra; trường hợp kiểm tra theo kế hoạch ựối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thì thời hạn không quá mười lăm ngày;
- Trong trường hợp cần thiết, quyết ựịnh KTT ựược gia hạn một lần; thời gian gia hạn không quá thời hạn quy ựịnh năm ngày làm việc
- Lập biên bản KTT trong thời hạn năm ngày làm việc, kể từ ngày hết thời hạn kiểm tra;
- Xử lý theo thẩm quyền hoặc chuyển cấp có thẩm quyền xử lý theo kết quả kiểm tra.