Thực hiện chỉđạo của Ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa, Ban Thượng vụ
Huyện ủy đã họp thống nhất bộ máy chỉ đạo, quản lý thực hiện Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới từ huyện, xã đến thôn. Ngày 30 tháng 8 năm 2010 Ban Thường vụ Huyện ủy đã ban hành quyết định số 296-QĐ/HU thành lập Ban chỉ đạo Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới gồm 27 thành viên do Bí Thư huyện ủy làm trưởng ban, phó trưởng ban là Phó bí thư, Chủ tịch UBND và các phó chủ tịch UBND huyện, Trưởng phòng Nông nghiệp - Phát triển nông thôn làm thường trực, Trưởng các phòng, ban ngành có liên quan làm thành viên; Giúp việc cho Ban chỉ đạo có tổ công tác giúp việc gồm 08 đồng chí. Ngày 16/7/2010 Ban chỉđạo Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới huyện đã ra quyết định số 01/QĐ-BCĐ ban hành quy chế hoạt động của ban chỉđạo Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới của huyện và phân công nhiệm vụ cho các thành viên ban chỉ đạo tại Thông báo số 02/TB- BCĐ. Ngày 11/7/2013 Ban chỉ đạo Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới huyện đã kiện toàn theo Quyết định số 402-QĐ/HU, ban chỉ đạo mới kiện toàn gồm 36 thành viên.
Ban chỉ đạo huyện chỉ đạo, hướng dẫn cấp xã thành lập Ban chỉ đạo xã, Ban quản lý xã và Ban phát triển thôn.
Đến ngày 25/7/2010, đã có 22/22 xã trên địa bàn huyện Bá Thước đã thành lập Ban chỉ đạo và Ban quản lý Chương trình xây dựng nông thôn mới (Ban chỉ đạo do Bí thư đảng ủy xã làm trưởng ban, Ban quản lý do Chủ tịch UBND xã làm Trưởng ban, các ủy viên Ủy ban phụ trách các lĩnh vực nông nghiệp, kinh tế, giao thông công chính, đại diện Mặt trận tổ quốc, các đoàn thể
quần chúng làm thành viên) và Ban giám sát công đồng (gồm đại diện của Hội
đồng nhân dân, Mặt trận tổ quốc, các tổ chức chính trị xã hội và đại diện của cộng đồng dân cư).
Cấp thôn bản: Đến ngày 20/6/2011 có 220/220 thôn trên địa bàn huyện Bá Thước đã thành lập Ban phát triển thôn để vận động nhân dân thực hiện xây dựng nông thôn mới, đồng thời thực hiện giám sát quá trình xây dựng các nội dung về
nông thôn mới ở xóm, bản.
Tình hình triển khai thực hiện ở các địa phương cho thấy, công tác thành lập bộ máy chỉđạo, quản lý thực hiện Chương trình được huyện quan tâm chỉđạo ngay sau khi có văn bản của Trung ương, tỉnh.