Quyền của tổ chức, cá nhân khai thác, sử dụng TNN được quy định tại Điều 22 Luật TNN, Điều 17 Nghị định 149/2004/NĐ-CP, cụ thể như sau:
- Được khai thác, sử dụng TNN cho các mục đích sinh hoạt, sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, công nghiệp, khai khoáng, phát điện, giao thông thủy, nuôi trồng thủy, hải sản, sản xuất muối, thể thao, giải trí, du lịch, y tế, an dưỡng, nghiên cứu khoa học và các mục đích khác theo quy định của pháp luật.
- Được hưởng lợi từ việc khai thác, sử dụng TNN; được chuyển nhượng, cho thuê, để thừa kế, thế chấp tài sản đầu tư vào việc khai thác, sử dụng và phát triển TNN theo quy định của pháp luật.
Như vậy, tổ chức, cá nhân chỉ được Nhà nước trao quyền khai thác, sử dụng TNN cho các mục đích khác nhau và chỉ được phép chuyển nhượng, cho thuê, để thừa kế, thế chấp tài sản đầu tư vào việc khai thác, sử dụng TNN mà không được chuyển nhượng quyền khai thác, sử dụng TNN.
Tuy nhiên, trong điều kiện hội nhập kinh tế, quốc tế sâu rộng như hiện nay thì Việt Nam không thể nằm ngoài xu thế coi quyền khai thác, sử dụng TNN là tài sản có thể chuyển giao như ở nhiều nước trên thế giới, ví dụ như Pháp, Chi Lê, Úc… Việc coi quyền sử dụng TNN là tài sản được xem xét ở khía cạnh người có quyền sử dụng TNN sẽ có điều kiện tiếp cận, khai thác các thuộc tính có ích của nước để tạo ra của cải trong quá trình sử dụng. Tức là, khi quyền khai thác, sử dụng TNN được coi là tài sản thì bản thân nó đã vượt ra khỏi khuôn khổ chật hẹp của quan niệm truyền thống là quyền khai thác các thuộc tính có ích của TNN để bước vào các giao dịch mang tính dân sự và thương mại trên thị trường như được dùng làm tài sản để thế chấp, chuyển nhượng, cho thuê... Nếu quyền khai thác, sử dụng TNN được coi là tài sản
thuộc sản nghiệp của tổ chức, cá nhân thì TNN sẽ được sử dụng một cách tiết kiệm và hiệu quả hơn.
- Được bồi thường thiệt hại trong trường hợp giấy phép khai thác, sử dụng TNN bị thu hồi trước thời hạn vì lý do quốc phòng, an ninh hoặc vì lợi ích quốc gia, lợi ích công cộng theo quy định của pháp luật.
- Khiếu nại, khởi kiện tại cơ quan nhà nước có thẩm quyền về các hành vi vi phạm quyền khai thác, sử dụng TNN và các lợi ích hợp pháp khác;
- Được Nhà nước bảo hộ quyền lợi hợp pháp trong khai thác, sử dụng TNN.