Baovietbank đã lựa chọn mô hình tổ chức ngân hàng theo thông lệ quốc tế với các nguyên lý cơ bản là quản lý tập trung cao tại Hội sở cính, đề cao quản trị rủi ro, tổ chức kinh doanh và hạch toán đánh giá hiệu quả theo hệ thống riêng đối với ba mảng kinh doanh: ngân hàng bán lẻ, ngân hàng doanh nghiệp và kinh
doanh tiền tệ. Các chức năng khởi tạo kinh doanh, phê duyệt và kiểm soát, tác nghiệp được tổ chức tách biệt để đảm bảo hiệu quả hoạt động và quản lý rủi ro. Với mô hình tổ chức đó, mạng lưới các chi nhánh và phòng giao dịch của ngân hàng được tổ chức gọn nhọ, chủ yếu để thực hiện chức năng “bán hàng” nhằm tạo nên một hệ thống các kênh bán và chăm sóc khách hàng, tập trung vào nhiệm vụ phát triển kinh doanh với sứ mệnh mang lại sự hài lòng cho khách hàng và duy trì hiệu quả kinh doanh tốt nhất. Theo mô hình này, Baovietbank tập trung xây dựng bộ máy điều hành mạnh tại Hội sở chính, đủ năng lực để vận hành tập trung cho toàn hệ thống, từ đó tạo cơ sở cho việc mở rộng mạng lưới, tăng trưởng quy mô hoạt động một cách nhanh chóng nhưng vẫn bảo đảm quản lý rủi ro hiệu quả.
Năng lực quản lý của ban lãnh đạo Baovietbank khá tốt. Ban lãnh đạo đều là những người có trình độ đại học trở lên, có nhiều kinh nghiệm trong lĩnh vực ngân hàng. Tuy nhiên, nếu so với các ngân hàng khác trong nước và nước ngoài thì vẫn bộ máy quản trị của Baovietbank vẫn còn khá khiêm tốn.
Hội đồng quản trị Baovietbank quyết định chiến lược, kế hoạch phát triển dài hạn, trung hạn và phê duyệt kế hoạch hàng năm của ngân hàng. Hội đồng quản trị thông qua các vấn đề tổ chức, bộ máy điều hành của toàn ngân hàng; đưa ra các quyết định về thành lập các đơn vị thuộc Baovietbank; ban hành các quy chế về tổ chức, quản trị và hoạt động trong ngân hàng theo đúng điều lệ của Baovietbank đã. được Thống đốc NHNN chuẩn y theo quyết định số 3130/QĐ- NHNN ngày 16/12/2008. Hội đồng quản trị gồm 5 thành viên. Ban kiểm soát thực hiện kiểm toán nội bộ, kiểm soát, đánh giá việc chấp hành quy định của pháp luật, quy định nội bộ, Điều lệ và nghị quyết, quyết định của Đại hội đồng cổ đông, Hội đồng quản trị. Ban kiểm soát của gồm 3 thành viên. Ban điều hành của Baovietbank hội tụ các thành viên được đào tạo căn bản trong và ngoài
nước, từng đảm nhận những vị trí quan trọng tại các định chế tài chính có uy tín tại Việt Nam.
Ban lãnh đạo đã ý thức về áp lực cạnh tranh ngày càng khốc liệt trong quá trình hội nhập quốc tế của ngân hàng Việt Nam; từng bước xây dựng và triển khai các chiến lược cạnh tranh nhằm nâng cao khả năng cạnh tranh của ngân hàng Bảo Việt.