Hiện nay các tổ chức tín dụng nói chung và các ngân hàng thương mại nói riêng tổ chức bộ phận kiểm soát nội bộ và kiểm toán nội bộ dựa trên cơ sở pháp lý và Luật các tổ chức tín dụng sửa đổi, bổ sung năm 2004, Quyết định số 36/2006/QĐ-NHNN và Quyết định số 37/2006/QĐ-NHNN về kiểm soát và kiểm toán nội bộ. Tuy nhiên các qui định nêu trên vẫn còn bộc lộ những bất cập nhất định như: một là, qui định TCTD phải thành lập bộ phận chuyên trách KSNB trực thuộc Tổng giám đốc đã vô tình tạo ra hai bộ máy kiểm soát trong TCTD đó là bộ phận chuyên trách KSNB dưới sự lãnh đạo của Giám đốc hoặc Tổng giám đốc và Ban kiểm soát chịu sự giám sát trực tiếp của Đại hội cổ đông; hai là việc cho phép bộ phận kiểm soát độc lập chuyên trách trực thuộc Tổng Giám đốc sẽ không tạo ra cơ chế đánh giá khách quan. Để công tác kiểm soát, kiểm toán nội bộ của ngân hàng thương mại mang tính độc lập, khách quan có thể phát hiện phát hiện mang tính ngăn ngừa, dự báo cho việc quản trị điều hành hoạt động của NHTM nhằm nâng cao hiệu quả sử dụng nguồn lực hiện có của NHTM một cách tốt nhất. Cần phải thực hiện các giải pháp sau:
- Hoàn thiện qui định của pháp luật về hoạt động kiểm soát và kiểm toàn nội bộ.
- Hoàn thiện bộ máy giám sát rủi ro hoạt động của ngân hàng trên cơ sơ hình thành một bộ phận độc lập không tham gia vào quá trình tạo ra rủi ro, có chức năng quản lý, giám sát rủi ro cho các ngân hàng; nhận diện và phát hiện rủi ro; phân tích và đánh giá các mức độ rủi ro trên cơ sơ các chỉ tiêu, tiêu thức được xây dựng đồng thời đề ra các biện pháp phòng ngừa, ngăn chặn giảm thiểu rủi ro.
- Qui định rõ hơn nữa chức năng, nhiệm vụ quyền hạn của của bộ phận chuyên trách để kiểm soát nội bộ trực thuộc Tổng Giám đốc và Ban kiểm soát chịu sự giám sát trực tiếp của Đại hội cổ đông hoặc Hội đồng thành viên của TCTD.