Cũng như thời Lý, tháp thời Trần được dựng khá nhiều và có vị trí quan trọng trong kiến trúc Phật giáo nói chung: thường được lựa chọn những địa thế trên đồi lớn, núi cao để xây dựng. Vị trí những ngôi chùa xây dựng thời kỳ đó chẳng những xa lánh cuộc sống trần tục mà còn gợi nên không khí trầm mặc, thanh tịnh và u nhã phù hợp với sự thiêng liêng của Thần Phật mà nhu cầu tôn giáo đòi hỏi. Với địa hình núi cao thì các kiến trúc được xây dựng theo các lớp nền tương tự như thời Lý với các cao độ khác nhau như chùa Yên Tử hay chùa Lấm (Quảng Ninh). Nhiều chùa được dựng trên địa thế rộng như chùa Lân (chân núi Yên Tử), chùa dựa vào chân núi, trước mặt hướng ra suối lớn, vườn chùa rộng rãi chạy dài từ cổng vào. Chùa Hoa Yên được dựng trên hai nền đất bạt ở sườn núi. Các ngôi chùa quay hướng Nam, lấy núi làm hậu chẩm, những dãy núi trùng điệp hai bên như tay long, tay hổ ôm lấy Thái cực. Trước mặt lấy suối Giải Oan làm minh đường.
Vườn tháp Huệ Quang – Yên Tử
Ở giai đoạn đầu thời Trần, các thiền gia nổi tiếng tập trung ở tầng lớp trên, nên chùa tháp thường được xây dựng dưới sự chỉ đạo trực tiếp của nhà nước, như chùa Phổ Minh. Chúng được dựng lên cũng không ngoài mục đích làm nơi thờ Phật, có tính chất kỷ niệm, như tháp Phổ Minh, tháp Bình Sơn , tháp Bảo Thắng... hoặc để làm mộ cho các sư tăng như các tháp của Trần Nhân Tông, Pháp Loa, Huyền Quang ở núi Yên Tử. Ngoài ra còn có nhiều tháp nhỏ, hoặc nói đúng hơn, các mô hình tháp thu nhỏ được làm ra để trong vật thờ cúng các chùa làm như tháp gốm tráng men ở chùa Chò (Bình Xuyên, Vinh Phú) hoặc tháp đất nung ở hang Thiện Kế (Tuyên Quang) và các tháp tìm thấy ở quanh Hà Nội.
Trong số các tháp thời Trần, cũng có những tháp vốn đã có từ thời Lý bị hư hỏng, mà trùng tu lại chút ít như tháp Báo Thiên, hay làm lại hoàn toàn trên nền tháp cũ như tháp Linh Tế.
Đến cuối thời Trần, do sự phân hoá xã hội mạnh, chùa làng phát triển còn để lại một số điện thờ và nhiều bệ thờ bằng đá. Do quan niệm “vô chấp ” nên chùa là nơi đàm đạo Phật pháp của chư tăng và Phật tử, có khi thờ Phật mà không cần đến pho tượng nào. Chùa không gắn với hình Phật mà không cần đến cả tượng Phật nên ngày nay chưa tìm được pho tượng nào. Chùa không gắn hành cung nữa mà thuần tuý làm nơi tu hành.
Từ một số vị trí hiện nay của các công trình xây dựng vào thời Trần, ta thấy các công trình đều được xây dựng ở các vùng tách biệt với xóm làng, nhưng lại là trung tâm của nhiều vùng lân cận (ví dụ chùa Phổ Minh, chùa Vĩnh Khánh). Thứ hai, các công trình đều được xây dựng ở nơi phong cảnh thoáng đãng. Ví dụ, chùa Bối Khê nằm giữa vùng đất trù phú cửa ngõ phía Tây của kinh thành Thăng Long, thuộc tả ngạn sông Đáy, từng một thời là con đường giao thông huyết mạch trong vùng đồng bằng Bắc Bộ. Trước chùa xưa kia có sông Đỗ Động làm nơi tụ thủy, rất đẹp và tạo nên những phong cảnh non nước hữu tình cho cả các công trình xây dựng trên đất bằng. Ngay cả những ngôi chùa đồng bằng cũng rất chú trọng đến lựa chọn vị trí phù hợp với cảnh quan chung. Ví dụ tháp chùa Phổ Minh được dựng trong phủ Thiên Trường xưa (hiện ở tỉnh Nam Định) hòa chung vào tổng thể xung quanh, xóm làng ở phía sau, đồng ruộng phía trước tạo nên điểm nhìn cho toàn bộ công trình.