Đới sụt phía Đông gồm diện tích rộng lớn ở trung tâm và phần Đông bể Nam Côn Sơn, với đặc tính kiến tạo sụt lún, đứt gãy hoạt động nhiều pha chiếm ưu thế. Địa hình móng phân dị mạnh với chiều sâu thay đổi từ 2500m trên phụ đới nâng Mãng Cầu đến hơn 10.000m ở trung tâm của trũng sâu. Mặt khác ở trung tâm các trũng sâu, đặc trưng cấu trúc của móng cũng chưa được xác định. Đới sụt phía Đông được phân chia làm 5 đơn vị cấu trúc (phụ đới) sau:
- Phụ đới trũng Bắc (A1): Nằm ở giữa phụ đới nâng Mãng Cầu (ở phía Nam và Tây Nam) và phụ đới phân dị Bắc (ở phía Bắc, Tây – Bắc) là phụ trũng Bắc. Nó phát triển như một trũng giữa đới nâng tới cuối Miocen giữa – đầu Miocen muộn. Ranh giới phía Đông của phụ đới chưa xác định tõ. Phụ đới này được đặc trưng bởi phương cấu trúc và đứt gãy Đông Bắc – Tây Nam có biên độ từ vài trăm đến hơn 1000m. Các đứt gãy đã chia cắt móng, tạo địa hình không cân xứng, dốc đứng ở cánh Nam và Tây Nam, thoải dần ở cánh Bắc – Tây Bắc. Bề dày trầm tích Kainozoi thay đổi từ 4000m đến 10000m và có mặt đầy đủ các trầm tích từ Eocen – Oligocen đến Đệ Tứ. Trên phần rìa Tây Bắc phụ đới trũng này phát hiện được các cấu trúc vòm nâng kề đứt gãy, còn ở phần phía Đông ngoài các vòm kề áp đứt gãy còn phát hiện được một số nâng dạng vòm. Các cấu trúc vòm nâng đều có độ sâu chôn vùi lớn.
- Phụ đới nâng Mãng Cầu (A2): Phụ đới Mãng Cầu gồm những lô 04-2, 04-3, một phần các lô 05-1A, 10 và 11-1. Phụ đới nâng Mãng Cầu phát triển kéo dài hướng Đông Bắc – Tây Nam dọc hệ thống đứt gãy cùng phương ở phía Bắc. Trong quá trình tiến hóa phụ đới bị chia cắt thành nhiều khối bởi các hệ đứt gãy chủ yếu có phương Đông Bắc – Tây Nam dọc hệ thống đứt gãy cùng phương ở phía Bắc. Trong quá trình tiến hóa phụ đới bị chia cắt thành nhiều khối bởi các hệ đứt gãy chủ yếu có phương Đông Bắc – Tây Nam và á kinh tuyến. Địa hình móng phân dị mạnh, biến đổi từ 2500m ở phía Tây đến 7000m ở phần rìa Đông phụ đới. Thành phần móng chủ yếu là các thành tạo granit, granodiorit tuổi Mosozoi muộn. Nhiều cấu tạo vòm, bán vòm và thành tạo Carbonat phát triển kế thừa trên các khối móng ở đây. Trong suốt quá trình phát triển địa chất từ Eocen đến Miocen, phụ đới nâng Mãng Cầu đóng vai trò như một dải nâng giữa trũng, ngăn cách giữa hai trũng lớn nhất ở bể Nam Côn Sơn (phụ đới trũng Bắc và phụ đới trũng Trung Tâm). Nhưng từ Pliocen đến Đệ Tứ nó tham gia vào quá trình lún chìm khu vực chung của bể - giai đoạn phát triển thềm lục địa hiện đại.
- Phụ đới trũng Trung Tâm (A3): Phụ đới này nằm giữa 2 phụ đới: phụ đới nâng Dừa (ở phía Nam) và phụ đới nâng Mãng Cầu (ở phía Bắc), chiếm một diện tích rộng lớn gồm các lô 05-1, 05-2, 05-3 và một phần các lô 11,12E, 06. Ranh giới về phía Đông còn chưa đủ tài liệu để xác định cụ thể. Phụ đới trũng trung tâm phát triển chủ yếu theo phương Đông – Đông Bắc, mở rộng về phía Đông, thu hẹp dần về phía Tây. Theo hướng từ Tây sang Đông trũng có dạng lòng máng, trũng có xu hướng chuyển trục lún chìm từ á vĩ tuyến sang á kinh tuyến. Phụ đới trũng Trung Tâm có bề dày trầm tích Kainozoi dày từ 5000-14000m và có đầy đủ các trầm tích từ Eocen – Oligocen đến Đệ Tứ. Trên phụ đới này đã phát hiện được nhiều cấu trúc vòm, vòm kề đứt gãy, song độ sâu chôn vùi của các cấu trúc này khá lớn. Ngoài ra, tồn tại khá nhiều cấu trúc dạng khối đứt gãy, dạng vòm cuốn và dạng hình hoa .
- Phụ đới nâng Dừa (A4): Phụ đới nâng Dừa giữ vai trò ngăn cách giữa phụ đới trũng Trung Tâm và phụ đới trũng Nam, phát triển theo hướng Đông Bắc – Tây Nam. Trên phụ đới này phát hiện nhiều cấu trúc vòm nâng liên quan đến thành tạo Carbonat
- Phụ đới trũng Nam (A5): Phụ đới nằm ở phía Nam, Đông Nam bể Nam Côn Sơn thuộc diện tích các lô 06, 07, 12E và 13, phía Tây tiếp giáp với phụ đới cận Natuna. Ranh giới phía Đông chưa xác định cụ thể, song có lẽ được lưu thông với trũng phía Tây bể Sarawak. Chiều sâu của móng ở đây thay đổi từ 4000m đến 6000m.