Khoang miệng giới hạn rõ với hầu. Tuyến nước bọt tiết dịch tẩm ướt mồi cho dễ nuốt. Bò sát có các tuyến nước bọt sau: tuyến khẩu cái, tuyến lưỡi, tuyến dưới lưỡi và tuyến môi. Tuyến nọc độc của rắn do tuyến môi trên biến đổi thành, còn ở Thằn lằn tuyến độc do tuyến dưới lưỡi biến thành. Cá sấu và Rùa biển bắt mồi trong nước nên tuyến nước bọt không phát triển
Lưỡi của rắn và Thằn lằn khá phát triển, thò được ra ngoài miệng, còn lưỡi của Rùa và Cá sấu ẩn trong miệng, không thò được ra ngoài. Lưỡi của tắt kè hoa Chameleon rất dài, có thể thò ra ngoài bắt sâu bọ ở khoảng cách xa hoặc đang bay. Rắn có một khe nhỏ ở dưới môi trên nên có thể thò lưỡi qua khe ra ngoài mà không cần phải mở miệng. Đầu kưỡi Thằn lằn hơi chẻ đôi.
Răng Bò sát so với Lưỡng cư ít hơn về mặt số lượng và có vị trí chỉ trên một số xương. Rắn, Thằn lằn có răng ở trên xương hàm, xương khẩu cái, xương cánh. Ở Chuỷ đầu có răng trên xương lá mía như ở ếch nhái. Răng của Cá sấu chỉ có xương hàm, trong lỗ chân răng và phân hoá rõ hơn. Rùa không có răng mà có mỏ sừng. Răng Bò sát nhìn chung là đồng hình và có thay răng. Một số loài có răng phân hoá thành răng độc như rắn, răng nanh độc ở Thằn lằn…
Thực quản so với Lưỡng cư dài hơn.
Dạ dày biệt lập rõ ràng với ruột. Riêng dạ dày của Cá sấu có một phần biến thành mề như ở chim.
Ruột non dài, có nhiều khúc.