Bên cạnh những thành tựu đã đạt được, nền kinh tế VN đang đứng trước nhiều khó khăn, thách thức như nhịp độ tăng trưởng kinh tế chưa tương xứng khả năng phát triển, chất lượng phát triển còn thấp, năng lực cạnh tranh của nền kinh tế còn yếu. Chuyển dịch cơ cấu kinh tế còn chậm và chưa phát huy được lợi thế so sánh trong từng ngành, từng vùng, từng sản phẩm. Một số cân đối lớn như ngân sách, cán cân thương mại...chưa thật vững chắc. Chưa thật chủ động trong hội nhập kinh tế quốc tế. Một số vấn đề xã hội chưa được khắc phục và đẩy lùi. Ngoài ra hàng loạt vấn đề còn tồn tại khi bàn về việc thực hiện kế hoạch phát triển kinh tế xã hội giai đoạn 2010-2015 mà Việt
Nam cần phải đối mặt như hậu quả sau khủng hoảng, lạm phát, tham nhũng, tín dụng, đổi mới khu vực kinh tế Nhà nước và đặc biệt là nâng cao hiệu quả sử dụng vốn. Theo đại diện Anh, những khúc mắc này, nếu không được quan tâm giải quyết triệt để, sẽ ảnh hưởng tới niềm tin của nhà viện trợ. Anh đánh giá cao những bước tiến của Việt Nam trong công cuộc hiện đại hoá kinh tế, đổi mới hệ thống pháp luật. Song việc thực thi các cam kết WTO đòi hỏi những nỗ lực lớn hơn trong việc đẩy nhanh tiến trình cải cách thủ tục quản lý và cấp phát vốn vay ưu đãi cho từng đơn vị triển khai dự án.
Khi đã là thành viên của WTO, Việt Nam cam kết thực thi tốt những quy định về cải thiện môi trường chính sách pháp luật, giảm thiểu các thủ tục hành chính phức tạp. Đối với việc sử dụng ODA thì đó là minh bạch hoá các nguồn vốn viện trợ ở tất cả các khâu của quá trình sử dụng vốn: từ khâu thiết kế dự án, giải ngân vốn, thẩm định dự án và công tác kiểm tra sau khi hoàn thành. Thực tế xảy ra vụ tiêu cực, tham nhũng lớn ở PMU18 và nhiều dự án quan trọng thuộc ngành dầu khí thời gian vừa qua... đang đòi hỏi tăng cường công tác giám sát, nâng cao hiệu quả sử dụng nguồn vốn ODA.
Về thời kỳ hậu WTO, theo đại diện Tổ chức phi chính phủ, Chính phủ Việt Nam cần sử dụng những khả năng hiện có về tính mềm dẻo để thực hiện các cam kết WTO và giám sát chặt chẽ tác động của việc gia nhập tổ chức này đối với người nghèo.