Sau khi phong trào Đông Du bị giải tán, tháng 3-1909, Phan Bội Châu và các đồng chí về Trung Quốc hoạt động ( chỉ còn 5 người ở lại Nhật Bản).
Cuối năm 1910, Phan Bội Châu cùng đại bộ phận đồng chí ở Quảng Đông sang Xiêm xây dựng cơ sở ở Bạn Thầm ( Đông Bắc Thái Lan).
Năm 1911, Cách mạng Tân Hợi thành công, lật đổ triều đình Mãn Thanh ở Trung Quốc và Chính phủ Dân quốc lâm thời được thành lập ở Nam Kinh.
Sự kiện đã đem lai cho Phan Bội Châu và các đồng chí của ông một nguồn phấn khởi và tin tưởng mới, họ xem đây là cơ hội tốt cho Cách mạng
Việt Nam. Vì vậy Phan Bội Châu cùng hơn 1000 đồng chí tử Xiêm, Nhật Bản trở lại Trung Quốc để tiếp tục cuộc vận động cứu nước.
Tháng 6-1912, tại Quảng Đông ( Trung Quốc), Phan Bội Châu cùng các đồng chí mở Hội nghị tuyên bố giải tán Duy Tân Hội, từ bỏ lập trường quân chủ, đề ra Nghị án dân chủ chủ nghĩa và thành lập Việt Nam Quang Phục Hội.
Tôn chỉ duy nhất của Hội là: Đánh đuổi giặc Pháp bằng con đường vũ lực, khôi phục nước Việt Nam, thành lập nước Cộng hòa Dân quốc Việt Nam.
Hội trưởng là Cường Để và Tổng lí là Phan Bội Châu.
Bộ máy lãnh đạo chung là Việt Nam Quang Phục Hội chính phủ ( giống như một chính phủ lâm thời của nước Việt Nam sau này), đặt ở hải ngoại, gồm ba bộ phận chính:
- Bộ Tổng vụ: Do Cường Để kiêm nhiệm làm Bộ trưởng và Phan Bội Châu làm Phó Bộ trưởng.
- Bộ Bình Nghị: Gồm đại biểu của ba xứ ( Nguyễn Thượng Hiền đại biểu Bắc Kì, Phan Bội Châu đại biểu Trung Kì, Nguyễn Thần Hiến đại biểu Nam Kì).
- Bộ Chấp hành: Gồm 10 ủy viên đặc trách các mặt quân sự, kinh tế, giao tế, văn thư, thứ vụ, vận động, tuyên truyền…
Để chuẩn bị cho cuộc đấu tranh vũ trang sắp tới, Việt Nam Quang phục Hội đã tiến hành lập ra một đội “Quang phục quân”, cán bộ chỉ huy đều là các sĩ quan và học viên quân sự đã tốt nghiệp từ các trường sĩ quan Bắc Kinh, Quân nhu Bắc Kinh, Cán bộ lục quân Quảng Tây.
Hội cũng đã soạn thảo Phương lược Quang phục quân, quy định tổ chức, kỷ luật và hoạt động của quân đội; quy định Quốc Kì ( hình chữ nhật nền vàng có 5 ngôi sao đỏ), Quân Kì (nền đỏ 5 ngôi sao trắng). Để tạo nguồn tài chính, Hội đã phát hành Quân dụng phiếu.
Nhằm tranh thủ sự giúp đỡ của Đảng cách mạng Trung Quốc đối với cách mạng Việt Nam, tháng 8-1912, Phan Bội Châu đã xúc tiến thành lập Hội
Chấn Hoa hưng Á, do Đặng Cảnh Á người Trung Quốc làm Hội trưởng và Phan Bội Châu làm Phó Hội trưởng. Chương trình hành động của hội nhằm chủ yếu giúp cho Việt Nam Quang phục Hội thực hiện nhanh chóng việc đánh đổ thực dân Pháp xâm lược; trong đó bước 1 là viện trợ cho Việt Nam ; bước 2 viện trợ cho Ấn Độ, Miến Điện và bước 3 là viện trợ cho Triều Tiên.
Ngay sau khi ra đời, Hội cử người về nước để vận động đấu tranh vũ trang. Để gây tiếng vang “kinh thiên động địa”, nhằm “thức tỉnh đồng bào”, “kêu gọi hồn nước”, Hội chủ trương ám sát những tên thực dân đầu sỏ, kể cả Toàn quyền Đông Dương Anbe Xarô ( Albert Saraut) và những tên tay sai đắc lực của chúng. Các phái viên của Hội về nước đã dùng tạc đạn giết được tên Tuần phủ Thái Bình là Nguyễn Duy Hàn (4-1913) và 2 tên trung tá Pháp ở khách sạn Hà Nội (4-1913).
Cũng trong năm 1913, Hội liên tiếp phái nhiều nhóm Quang phục quân tiến đánh các đồn binh của Pháp dọc biên giới Việt – Trung, như các đồn Tà Lùng (Cao Bằng), Bình Liêu (Đông Triều), nhưng không thu được kết quả. Từ đó, hoạt động vũ trang của Việt Nam Quang phục Hội tạm lắng, đến chiến tranh thế giới thứ nhất mới hoạt động trở lại. Bản thân Phan Bội Châu cũng bị bọn quân phiệt Trung Quốc bắt ở Quảng Đông (24-12-1913) và bị giam đến tháng 2-1917 mới ra khỏi tù.
Cùng với Duy Tân Hội trước đó, sự ra đời và hoạt động của Việt Nam Quang phục Hội khẳng định xu hướng bạo động là hạt nhân tư tưởng cứu nước của Phan Bội Châu. Mặt khác, sự ra đời của tổ chức này đánh dấu một bước tiến mạnh hơn trong tư tưởng chính trị của những người lãnh đạo cách mạng Việt Nam lúc bấy giờ trên con đường dân chủ tư sản. Lần đầu tiên vấn đề chủ trương thành lập chế độ dân chủ cộng hòa được nêu lên trong cương lĩnh của một tổ chức cách mạng.