Cuộc vận động Duy Tân cũng diễn ra mạnh mẽ ở Nam Kì. Những người có công lớn nhất tiến hành cuộc vận động là Trần Chánh Chiểu và Nguyễn
Thần Hiến, Nguyễn Thành Út, Nguyễn An Khương. Họ đều xuất thân từ tầng lớp trên trong xã hội lúc bấy giờ.
Hoạt động mạnh mẽ của phong trào ở đây là sự hưởng ứng phong trào Đông Du, với số học sinh chiếm một nửa trong số 200 thanh niên Việt Nam đi Đông Du lúc bấy giờ. Để đưa học sinh đi du học, Nguyễn Thần Hiến đã thành lập “Khuyến du học hội”. Số tiền ủng hộ Đông Du từ trong nước gửi ra thì Nam Kì chiếm nhiều nhất. Nhiều phụ huynh học sinh của Nam Kì đã sang Nhật động viên du học sinh.
Kinh doanh công, thương nghiệp cũng đã diễn ra sôi nổi. Nguyễn Thành Út, Trần Chánh Chiểu thành lập Minh Tân công nghệ xã (6/1908). Đây là một công ty cổ phần có điều lệ gần giống như các công ty Pháp lúc bấy giờ. Trụ sở chính của công ty đặt tại chợ Mỹ Tho, kinh doanh các ngành nghề: kéo sợi, dệt vải, làm xà phòng, thuộc da, chế tạo đồ pha lê, sản xuất diêm. Một số hàng hóa của công ty như diêm, xà phòng đã có thể cạnh tranh trên thị trường, song đến cuối tháng 10-1908, Trần Chánh Chiểu bị bắt, công ty ngừng hoạt động.
Ngoài Minh Tân công nghệ xã, Trần Chánh Chiểu còn lập Minh Tân khách sạn ở Mĩ Tho và Nam Trung khách sạn ở Sài Gòn. Đây vừa là cơ sở kinh doanh, đồng thời cũng là nơi hội họp của những người cùng chí hướng. Những tác phẩm của Phan Bội Châu như Kỉ niệm lục, Sùng bái giai nhân… được phổ biến gần như công khai tại đây.
Nguyễn An Khương đã tích cực ủng hộ phong trào Đông Du, hô hào kinh doanh công, thương nghiệp và lập ra Chiêu Nam Lầu (gần chợ Sài Gòn). Cơ sở của doanh nghiệp gồm ba tầng kinh doanh ăn uống ( cả bình dân và thượng lưu) và khách sạn.
Ngoài các cơ sở kinh doanh nêu trên, việc lập quán ăn, các cửa hàng bám lúa gạo, lập nhà in, bào chế thuốc Bắc, vận tải đường sông, cho vay nhẹ lãi, diễn ra phổ biến ở Sài Gòn và rải rác khắp các tỉnh Nam Kì.
Hình thức hoạt động có tính chất độc đáo của phong trào Duy Tân ở Nam Kì là xuất bản tờ báo Lục tỉnh tân văn bằng chữ Quốc ngữ do Trần Chánh Chiểu làm chủ bút. Báo ra mỗi tuần một số, đều đặn từ tháng 11-1907 đến 11- 1908, được 52 số với sự cộng tác của nhiều nhân sĩ Việt Nam ở Nam Kì, Nam Trung Kì và Campuchia. Báo công khai cổ xúy cho phong trào Duy Tân: hô hào bỏ cờ bạc, hút sách…, giảm bớt nghi thức khi cưới xin, ma chay, thực hiện thuần phong mĩ tục, kêu gọi giành quyền lợi kinh tế trong thương mại, dịch vụ, đấu thầu…đang nằm trong tay Hoa kiều và Ấn kiều được chings phủ Pháp bảo trợ. Mặt khác, Lục tỉnh tân văn còn lên án bọn quan lại tham nhũng, kêu gọi đồng bào hợp quần, tương thân tương ái. “ Có thể nói đây là tờ báo đối lập đầu tiên của làng báo Việt Nam ra đời trong hoàn cảnh chính trị , kinh tế đặc biệt của xứ Nam Kì”.
Phong trào Duy Tân ở Nam Kì ra đời ở một miền đất sớm trở thành thuộc địa khai thác của thực dân Pháp nên về phương diện kinh tế và văn hóa có những yêu cầu và hình thức tổ chức ở mức độ cao hơn so với phong trào Duy Tân ở Bắc Kì và Trung Kì. Động lực chính của phong trào là những người thuộc tầng lớp trên của xã hội, còn nhiều gắn bó về tinh thần với nhà Nguyễn và tư tưởng quân chủ. Chủ trương của Phan Bội Châu và danh nghĩa Cường Để có vai trò quan trọng trong việc tập hợp lực lượng này.