Với quan điểm “nợ máu chỉ có thể trả bằng máu”, ngay từ đầu, Phan Bội Châu đã kiên trì chủ trương giành độc lập bằng con đường bạo lực. Từ 1902 đến 1904, Phan đã ra Bắc vào Nam tìm cách liên kết đồng chí để thực hiện mục đích.
Tháng 5/1904, Phan Bội Châu, Cường Để và hơn 20 đồng chí (Nguyễn Hàm, Đặng Tử Kính, Thái Thân, Lê Võ…) họp tại nhà của Nguyễn Hàm (Nguyễn Thành) ở Quảng Nam, thành lập một hội đảng bí mật, sau này có tên là Duy Tân Hội. Cường Để được cử làm Hội chủ để “thu phục nhân tâm”, tập
hợp sĩ phu yêu nước, tranh thủ sự đồng tình và giúp đỡ của những người trong nước.
Mục đích chính của Hội là đánh Pháp, giành lại độc lập cho Tổ quốc. Căn cứ vào việc tôn Cường Để làm Hội chủ, chứng tỏ Duy Tân Hội vẫn chưa thoát khỏi ảnh hưởng của chủ nghĩa quân chủ, nhưng đây là quân chủ lập hiến, vua chỉ có danh mà không có thực quyền. Mọi công việc quan trọng đều do Phan Bội Châu, Nguyễn Thành, Đặng Thái Thân và các hội viên quyết định.
Để thực hiện mục đích trên, Hội đã đề ra kế hoạch hành động gồm ba điểm:
- Mở rộng thế lực của Hội về người và tài chính. - Xúc tiến công việc chuẩn bị bạo động.
- Trù liệu cử người xuất dương cầu viện.
Trong kế hoạch hành động, chủ trương xuất dương cầu viện là quan trọng nhất, được giao cho Phan Bội Châu và Nguyễn Thành định liệu. Tuy nhiên, việc cầu viện “không thể thay thế cho công việc vận động và tổ chức trong nước”1, bởi vì “ngoại viện chẳng qua là làm thanh thế cho nội lực”.
Vì vậy, Phan Bội Châu chủ trương muốn đánh đuổi Pháp thì nhân dân phải chung sức, chung lòng. Ông đã liên kết với nghĩa quân Yên Thế và kêu gọi 10 giới đồng tâm (các nhà hào phú, các quan tại chức, con em các nhà quyền quý, giáo đồ Thiên Chúa giáo, Đồ đảng và Hội đảng, thủy lục quân, giới phụ nữ, thông ngôn, kí lục và bồi bếp, con em các nhà bị tàn sát, học sinh hải ngoại) hô hào:
“Nghìn muôn ức triệu người chung sức, Xây dựng lên cơ nghiệp nước nhà”2.
Về biện pháp đấu tranh, tuy kiên trì con đường bạo động trong toàn quốc, Phan Bội Châu còn chủ trương tiến hành các biện pháp cải cách kinh tế, văn
1 Phan Bội Châu – Niên biểu, tr 45
hóa, tư tưởng. Ông kêu gọi “Phải tổ chức các hội công, nông, thương, học là người trong nước biết có đoàn thể, dễ dàng cho cuộc vận động”1.
Sự thành lập Duy Tân Hội đánh dấu một bước tiến quan trọng về tư tưởng và tổ chức cứu nước của những người yêu nước Việt Nam trên con đường chống Pháp, phù hợp với quy luật phát triển của nước ta lúc bấy giờ, trong điều kiện phương Đông mới thức tỉnh theo con đường dân chủ tư sản do các sĩ phu yêu nước tiếp nhận và giai cấp công nhân Việt Nam mới ra đời chưa trở thành một giai cấp tự giác.
Thực hiện kế hoạch xuất dương cầu viện, Phan Bội Châu và các hội viên của Duy Tân Hội đều cho rằng nên cầu viện Nhật Bản là nước đồng văn, đồng chủng. Ý kiến của Nguyễn Thành có thể đại diện cho ý kiến chung và giải thích sự lựa chọn này: “Tôi tưởng tình thế liệt cường bây giờ, nếu không phải nước đồng văn đồng chúng tất không ai chịu giúp chúng ta. Nước Tàu đã chịu nhượng Việt Nam cho Pháp, lại thêm hiện nay quốc thể suy hèn, cứu mình không xong mà còn cứu được ai. Duy nước Nhật là một nước tân tiến ở trong nòi giống da vàng mới đánh được Nga, dã tâm đang hăng lắm. Qua tới đó đem hết lợi hại tỏ với nó, tất nó ứng viện cho ta. Nếu nó không xuất binh nữa mà tư lương mua khí giới, tất có thể dễ lắm. Vậy nên chúng ta muốn khóc sân Tần không chi bằng Nhật Bản là phải”2.
Ngày 23/2/1905, Phan Bội Châu cùng Tăng Bạt Hổ và Đặng Tử Kính lên đường sang Nhật để cầu viện. Tại đây, Phan đã được gặp hai nhân vật quan trọng của Đảng Tiến Bộ đang cầm quyền là Bá tước Đại Ôi Trọng Tín và Thủ tướng Khuyển Dưỡng Nghị để trực tiếp đặt vấn đề xin Thiên hoàng và Chính phủ Nhật giúp Việt Nam đánh Pháp, nhưng họ đều thoái thác, từ chối việc giúp đỡ về quân sự, chỉ khuyên nên kiên trì chờ đợi thời cơ mới.
1 Phan Bội Châu – Niên biểu, tr 59.
Trước hết, họ khuyên Phan nên viết sách báo nói rõ thảm trạng xã hội trong nước để tranh thủ sự đồng tình, ủng hộ của dư luận thế giới và cổ động thanh niên ra nước ngoài học tập.
Tháng 6/1905, Phan Bội Châu cùng Đặng Tử Kính trở về nước để tiến hành cuộc vận động xuất dương, lập các hội Nông, hội Thương, và hội Học để tập hợp quần chúng và nhanh chóng đưa Cường Để sang Nhật. Đến tháng 10/1905, Phan trở lại Nhật Bản cùng ban thanh niên: Nguyễn Thúc Canh, Nguyễn Điền và Lê Khiết. Năm 1906, Cường Để sang Nhật. Đến 1908, số học sinh du học lên đến 200 người (Bắc Kỳ: 50 người, Trung Kỳ: 50 người, Nam Kì: 100 người). Được sự giúp đỡ của các chính khách Nhật, du học sinh Việt Nam được vào học ở Đông Á đồng văn thư viện do Đông Á đồng văn Hội sáng lập. Chỉ có 5 người là Cường Để, Lương Ngọc Quyến, Lương Nghị Khanh, Trần Hữu Công, Nguyễn Điển được học ở Chấn Vũ quân sự học hiệu. Du học sinh được đào tạo về văn hóa và quân sự cần thiết cho công cuộc đánh Pháp, cứu nước và kiến thiết đất nước sau này.
Để quản lý, điều hành hoạt động của du học sinh, giữa năm 1907, Phan Bội Châu tổ chức Công hiến Hội do Cường Để làm Hội trưởng, Phan Bội Châu làm Tổng lí kiêm Giám đốc trực tiếp chỉ đạo tổ chức này. Đến giữa năm 1908, việc học tập của học sinh Việt Nam tại Nhật Bản đã ổn định và phát triển thuận lợi.
Nhằm thức tỉnh quốc dân, Phan Bội Châu và các nhà lãnh đạo Duy Tân Hội đã sáng tác nhiều thơ văn, như: Việt Nam vong quốc sử (1905), Khuyến quốc dân tự trợ du học văn (1906), Hải ngoại huyết thư (1906), Kính cáo toàn quốc phụ lão (1906), Đề tỉnh quốc dân hồn (1907).
Nhiều thanh niên yêu nước du học như Đặng Tiểu Mẫn, Lương Lập Nham, Lương Nghị Khánh, Đoàn Kì Sinh, Hoàng Trọng Mậu, Trần Hữu Lực, Lâm Quán Trung… đã trở thành những chiến sĩ tận tụy với sự nghiệp giải phóng dân tộc.
Đứng trước sự phát triển của phong trào Đông Du, thực dân Pháp một mặt tiến hành khủng bố, mặt khác câu kết với Nhật trục xuất các nhà yêu nước Việt Nam ra khỏi đất Nhật. Tháng 9/1908, Bộ Nội vụ Nhật ra lệnh giải tán Đông Á đồng văn thư viện, Công hiến Hội và trục xuất du học sinh Việt Nam. Tháng 3/1909, Phan Bội Châu cũng bị trục xuất khỏi nước Nhật.
Song song với phong trào Đông Du, Phan Bội Châu còn trở về nước vào cuối năm 1906 để cùng các đồng chí tổ chức vận động đánh Pháp trong nước. Phan đã gặp Hoàng Hoa Thám ở Phồn Xương (Yên Thế, Bắc Giang) để bàn kế hoạch hợp tác đánh Pháp; sau đó, Phan đã gặp các đồng chí ở Trung Kỳ và Bắc Kỳ định kế hoạch hành động chung. Một số chuyên lo diễn thuyết, tuyên truyền, mở các nông, thương, học hội để lo kinh phí cho Hội, thúc đẩy việc duy tân đất nước; một số lo vận động những người yêu nước trong quân đội Pháp phản chiến, chuẩn bị tiến tới bạo động.
Mặt khác, tổ chức liên minh hợp tác quốc tế chống kẻ thù chung, Phan Bội Châu đã cộng tác với Vân Nam Tạp chí – một trong những tờ báo của Đảng cách mạng Trung Quốc nhằm tuyên truyền chủ nghĩa dân chủ, phản đối sự xâm lược của đế quốc Anh, Pháp.
Tiếp đó, năm 1909, Phan Bội Châu đã cùng với các chí sĩ lưu vong Trung Quốc, Triều Tiên, Ấn Độ, Phi Luật Tân hiện sống ở Nhật thành lập tổ chức Đông Á đồng minh Hội để liên hiệp các nước Châu Á cùng giúp đỡ nhau trong công cuộc cứu nước. Phan Bội Châu được bầu làm Phó Hội trưởng trực tiếp lãnh đạo Hội.
Bên cạnh đó, Phan Bội Châu còn sáng kiến thành lập Hội Điền – Quế - Việt liên minh nhằm thu hút sự tham gia của các học sinh người Vân Nam, Quế Châu và các nhà hoạt động cách mạng Việt Nam với mục đích giúp đỡ nhau giải phóng đất nước khỏi ách thống trị và ràng buộc của đế quốc.
Những hoạt động trên đây chứng tỏ rằng, Phan Bội Châu đã nhận thức được mối quan hệ khăng khít giữa phong trào cách mạng Việt Nam với phong
trào cách mạng Châu Á, mở đầu cho sự hiểu biết và giúp đỡ lẫn nhau giữa những người cách mạng các nước (chủ yếu là Trung Quốc) với các chiến sĩ cách mạng Việt Nam sau này.