Làm thủ tục hải quan là một công cụ để quản lý hành vi buôn bán theo pháp luật của Nhà nước, nhằm ngăn chặn buôn lậu, kiểm tra sai sót giấy tờ, thống kê số liệu hàng XNK. Theo điều tra, 100% ý kiến cho rằng việc làm thủ tục Hải quan ở Việt Nam là phức tạp. Ý thức được điều này, công ty luôn cố gắng thực hiện việc khai báo hải quan một cách đầy đủ và cẩn thận nhất. Theo kết quả điều tra tại bảng 3.4, mức độ hiệu quả trung bình của nghiệp vụ này tại công ty là 2.5, nói cách khác công ty thực hiện việc làm thủ tục hải quan ở mức gần đạt yêu cầu. Các bước làm thủ tục hải quan bao gồm:
Khai và nộp tờ khai hải quan: Trong đó hồ sơ hải quan bao gồm: Tờ khai hải
quan với hàng hoá nhập khẩu; vận đơn; Hoá đơn thương mại (Commercial Invoice); Hợp đồng mua bán hàng hoá hoặc giấy tờ có giá trị tương đương; Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh; Giấy chứng nhận đăng ký mã số kinh doanh xuất khẩu. Các chứng
từ phải nộp thêm đối với các trường hợp cụ thể bao gồm: Bản kê chi tiết hàng hoá; Tờ khai trị giá hàng nhập khẩu; Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá; Hợp đồng uỷ thác nhập khẩu nếu nhận uỷ thác nhập khẩu; Giấy đăng ký kiểm tra chất lượng hàng hoá).
Việc chuẩn bị hồ sơ hải quan đóng vai trò rất quan trọng trong việc làm thủ tục thông quan hàng hoá. Theo kết quả điều tra về tần suất xảy ra các sai sót của công ty khi làm thủ tục HQ tại bảng 3.5, mức độ trung bình là 3.8 – gần với mức thường xuyên xảy ra. Điều này cho thấy, việc chuẩn bị hồ sơ hải quan là tương đối phức tạp và dễ dàng gặp phải các sai sót. Các sai sót thường gặp là chuẩn bị sai hoặc thiếu các giấy tờ cần thiết trong bộ hồ sơ. Cũng theo kết quả điều tra phỏng vấn tại công ty, tình trạng sai sót chủ yếu do sự thiếu trách nhiệm và tỉ mỉ của cán bộ phòng XNK khi thực hiện, nhất là với các chứng từ như Bản kê chi tiết hàng hoá, tờ khai giá trị hàng nhập khẩu … Trong một số trường hợp, do các đối tác nhập khẩu chậm gửi các tài liệu như giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá, vận đơn, các tài liệu đi kèm với hàng hoá, nên công ty không thể nhanh chóng thực hiện thủ tục thông quan cho hàng hoá. Cũng có không ít trường hợp, cán bộ hải quan cố tình gây khó dễ cho các cán bộ phòng XNK khi làm thủ tục hải quan, như yêu cầu cung cấp thêm nhiều tài liệu, văn bản, hoặc chậm trễ trong việc xử lý hồ sơ hải quan.
Một vấn đề nữa, Cán bộ nhân viên công ty cho biết hiện nay công ty đang áp dụng hình thức khai báo điện tử và về cơ bản, hình thức này nhanh gọn hơn khai báo truyền thống, thay vì cán bộ công ty phải đến tận nơi để khai báo thì với hình thức này chỉ cần chuyển các hồ sơ cần thiết qua mạng của cơ quan hải quan. Tuy vậy, đôi khi đường truyền bị lỗi, tắc nghẽn mạng thì lại gây không ít khó khăn cho quá trình thực hiện hợp đồng của doanh nghiệp. Công ty sẽ phải khai đầy đủ chi tiết các mục như: Loại hàng, tên hàng, số, khối lượng, giá trị hàng, tên công cụ vận tải, nhập khẩu với nước nào… Vướng mắc mà công ty vẫn gặp phải khi khai hải quan đó là việc áp biểu thuế cho mặt hàng nhập khẩu. Dù là những mặt hàng nhập khẩu thường xuyên và việc tính sai thuế phải nộp cũng ít khi xảy ra nhưng trong một số trường hợp bảng biểu thuế của Hải quan cũng không quy định rõ với một số mặt hàng, trong khi các mặt hàng nhập khẩu của công ty rất đa dạng. Do đó, đòi hỏi cán bộ XNK phải thường xuyên cập
nhật chính xác mẫu biểu thuế của cơ quan hải quan, cẩn thận, tỉ mỉ trong việc tính thuế phải nộp.
Thực hiện quyết định của hải quan: Theo như điều tra, các lô hàng của công ty
chủ yếu được phân vào luồng xanh, tỷ lệ phân vào luồng vàng và đỏ khá thấp, do vậy việc thực hiện quyết định kiểm tra hồ sơ hải quan và kiểm tra thực tế hàng hóa tại công ty là rất ít. Và nếu có, thông thường cơ quan hải quan sẽ áp dụng hình thức kiểm tra thực tế 10% lô hàng đối với công ty. Các khoản thuế phải nộp bao gồm thuế nhập khẩu, thuế GTGT và các chi phí khác sẽ được Phòng Kế toán tài chính chuyển cho Kho bạc Nhà nước và công ty luôn cố gắng hoàn thành các nghĩa vụ này đúng thời hạn quy định giúp cho 100% hàng hóa của công ty được thông quan.