Với phương châm " biết để không thực hiện" và "phòng tội hơn trị tội", cho nên pháp luật hình sự, một mặt liệt kê cụ thể, rõ ràng những hành vi nguy hiểm cho xã hội bị cấm, mặt khác đưa ra các quy định buộc mọi người phải tuyệt đối tuân thủ. Theo nghĩa đó, Điều 2 Bộ luật hình sự quy định" chỉ người nào phạm một tội đã được Bộ luật hình sự quy định mới phải chịu trách nhiệm hình sự". Đây là cơ sở thống nhất, duy nhất của trách nhiệm hình sự. Nó khẳng định "chủ thể của một hành vi tội phạm chỉ có thể là một thể nhân
cụ thể - tức là một cá nhân chứ không phải là một tập thể hay một kiểu cộng đồng nào" [67,4]. Nếu ai đó (bị cáo) đã phải chịu trách nhiệm hình sự thì ít nhiều, quyền con người, quyền công dân của họ cũng phải bị hạn chế. Cho nên, ở đây pháp luật quy định là: trách nhiệm hình sự chỉ được đưa ra áp dụng đối với người phạm tội, tức là khi mà người đó thực hiện hành vi vi phạm điều mà pháp luật hình sự cấm, hay nói cách khác một người chỉ phải chịu trách nhiệm hình sự bởi những hậu quả do hành vi của chính người đó gây ra. Ngoài việc vi phạm điều cấm của pháp luật hình sự - phạm tội ra, thì bất luận trong trường hợp nào, trách nhiệm hình sự cũng không thể được đưa ra áp dụng. Không những thế, chỉ có những dấu hiệu của hành vi được mô tả trong luật mới là cơ sở cho việc giải quyết trách nhiệm hình sự. Trách nhiệm hình sự thể hiện mối quan hệ giữa Nhà nước với công dân, là sự phản ứng của Nhà nước đối với hành vi cụ thể nguy hiểm cho xã hội được luật hình sự quy định, tức là đối với tội phạm. Hành vi có thể được coi là tội phạm nếu có các yếu tố của một cấu thành tội phạm và được luật hình sự quy định. Các yếu tố cấu thành tội phạm theo luật hình sự Việt Nam bao gồm: khách thể, mặt khách quan, chủ thể, mặt chủ quan. Vậy, cơ sở pháp lý của trách nhiệm hình sự là cấu thành tội phạm. "Cấu thành tội phạm là hệ thống các dấu hiệu cần và đủ cho việc thừa nhận rằng người nào đó đã thực hiện một tội phạm nhất định và phải bị truy cứu trách nhiệm hình sự. Chúng cần ở nghĩa rằng, thiếu sự có mặt của tất cả các dấu hiệu của cấu thành tội phạm ở sự tổng thể của chúng thì không thể buộc tội người đã thực hiện tội phạm và do đó không thể truy cứu trách nhiệm của người đó. Chúng đủ là vì rằng, không cần phải xác định thêm những số liệu bổ sung vào đó để có cơ sở buộc tội người tương ứng trong việc thực hiện tội phạm [38,291]. Như vậy "hành vi của người nào không có đầy đủ dấu hiệu của cấu thành tội phạm - cơ sở của trách nhiệm hình sự thì người đó không phải chịu trách nhiệm hình sự và hình phạt" [57, 45]. Đây là một bảo đảm quan trọng cho trách nhiệm hình sự không thể đặt ra tràn lan, vô cớ.
Tuy vậy, cấu thành tội phạm mới chỉ là cơ sở cần và đủ cho việc thừa nhận con người có lỗi và phải chịu trách nhiệm đối với hành vi, còn chưa đủ đối với việc lựa chọn biện pháp trách nhiệm đối với người đó. Để cho việc cân nhắc, quyết định biện pháp trách nhiệm đối với người phạm tội - bị cáo, Toà án không thể không xem xét nhân thân của họ. Nhưng ở đây, để bảo đảm công bằng của pháp luật đối với tất cả mọi người, cũng có nghĩa là bảo vệ mọi người nói chung thì pháp luật chỉ thừa nhận cơ sở trách nhiệm hình sự là hành vi phạm tội.
Khác với các hệ thống pháp luật khác, pháp luật hình sự nước ta không chấp nhận nguyên tắc "tương tự", "án lệ" có thể trừng phạt con người một cách tràn lan, mà khẳng định, mô tả tất cả mọi tội phạm vào một đạo luật duy nhất: Bộ luật hình sự. Do đó mà quyền con người, quyền công dân được bảo đảm vững chắc hơn.
Song Bộ luật hình sự mới dừng lại ở việc quy định "Cơ sở của trách nhiệm hình sự" (Điều 2 BLHS) mà chưa đưa ra được định nghĩa thế nào là trách nhiệm hình sự. Nếu đưa ra định nghĩa về chế định này bên cạnh các chế định "tội phạm" và "hình phạt" đã được định nghĩa thì sức thuyết phục của Bộ luật hình sự sẽ cao hơn.
Tư tưởng bảo vệ quyền con người được phản ánh thông qua các đặc điểm của trách nhiệm hình sự, biểu hiện của nó là: Trách nhiệm hình sự chỉ phát sinh khi có người phạm tội thực hiện tội phạm; Trách nhiệm hình sự bao giờ cũng phải được thực hiện trong phạm vi của quan hệ pháp luật hình sự giữa nhà nước và người phạm tội. Trong quan hệ này, nhà nước có quyền xử lý người phạm tội, nhưng chỉ được xử lý dựa trên các căn cứ và trong các giới hạn do pháp luật quy định, còn người phạm tội mặc dù phải chịu sự tước bỏ hoặc hạn chế quyền, tự do nhất định, nhưng đồng thời cũng có quyền yêu cầu nhà nước bảo vệ các quyền và lợi ích của con người và của công dân mà pháp
luật đã quy định; Hình phạt được quy định trong BLHS và cơ quan duy nhất có quyền áp dụng hình phạt đối với người phạm tội là Tòa án; Trách nhiệm hình sự là trách nhiệm cá nhân; Hình phạt không nhằm trả thù hay gây đau đớn về thể xác người phạm tội.
Tuy nhiên, tư tưởng bảo vệ quyền con người bằng các quy định về trách nhiệm hình sự trong BLHS năm 1999 vẫn còn chứa đựng những hạn chế nhất định.
Trước hết về các trường hợp không áp dụng thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự (điều 24), đó là những trường hợp phạm các tội xâm phạm an ninh quốc gia và các tội phá hoại hòa bình, chống loài người và tội phạm chiến tranh. Quy định này rõ ràng không hoàn toàn phù hợp với tinh thần bảo vệ quyền con người ở chỗ việc quy định các trường hợp không áp dụng thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự không dựa vào tính nguy hiểm cho xã hội của tội phạm mà chỉ dựa vào tính chất của khách thể bị tội phạm xâm hại. Thứ hai, Về quyết định hình phạt nhẹ hơn (điều 47) cũng còn nhiều bất cập, chưa đầy đủ và chưa phù hợp với thực tiễn, đó là:
- Người phạm tội phải có ít nhất hai tình tiết giảm nhẹ quy định ở khoản 1, điều 46 BLHS.
- Chỉ được quyết định hình phạt dưới mức thấp nhất của khung hình phạt mà điều luật quy định nhưng phải trong khung liền kề.
- Nếu điều luật chỉ có một khung hình phạt hoặc người phạm tội bị truy tố, xét xử ở khung hình phạt nhẹ nhất, thì tòa án có thể quyết định một hình phạt dưới mức thấp nhất của khung hình phạt hoặc chuyển sang một hình phạt khác thuộc loại nhẹ hơn.
- Không có quy định riêng về quyết định hình phạt nhẹ hơn quy định của BLHS trong trường hợp đồng phạm và trong trường hợp người phạm tội là người chưa thành niên…
Đây là những bất cập, hạn chế không chỉ làm phát sinh nhiều ý kiến khác nhau về điều 47 mà còn không bảo đảm được các nguyên tắc cá thể hóa hình
phạt và nguyên tắc công bằng trong Luật hình sự Việt Nam dẫn đến có một số trường hợp tòa án đã không thực hiện và không thể thực hiện đúng quy định tại điều 47 BLHS nên đã “xé rào”, áp dụng cả mức hình phạt dưới mức thấp nhất của khung hình phạt liền kề nhẹ hơn cả điều luật; không ít tòa khi xét xử, mặc dù biết là trái với quyết định tại điều 47, nhưng không thể xét xử tất cả các bị cáo cùng một mức hình phạt như nhau khi vai trò của các bị cáo trong cùng một vụ án là khác nhau.
Ngoài ra, trong các quy định về trách nhiệm hình sự đối với người chưa thành niên có những hạn chế như:
- Quy định về hình phạt tù có thời hạn đối với người chưa thành niên phạm tội tại điều 47 mới chỉ dừng lại ở việc khống chế mức hình phạt tối đa mà chưa xác định cụ thể mức hình phạt tối thiểu được áp dụng đối với người chưa thành niên phạm tội trong các trường hợp cụ thể không thống nhất.
- Bộ luật hình sự hiện hành không có những quy định thể hiện đường lối xử lý phân hóa giữa những trường hợp người chưa thành niên phạm tội ở những giai đoạn phạm tội khác nhau. Trong các quy định về người chưa thành niên phạm tội, ngoài quy định mang tính nguyên tắc về việc áp dụng hình phạt là phải căn cứ vào tính chất của hành vi phạm tội, vào những đặc điểm về nhân thân và yêu cầu của việc phòng ngừa tội phạm, không có quy định nào cụ thể hóa yêu cầu giảm nhẹ hình phạt đối với người chưa thành niên phạm tội ở giai đoạn chuẩn bị phạm tội và phạm tội chưa đạt so với trường hợp tội phạm hoàn thành. Do đó, khi quyết định hình phạt đối với các trường hợp đó, tòa án phải căn cứ vào quy định về quyết định hình phạt trong trường hợp chuẩn bị phạm tội và phạm tội chưa đạt tại điều 52 BLHS. Tuy nhiên, do cả cách giới hạn hình phạt tù đối với người chưa thành niên phạm tội theo quy định tại điều 74 và cách giới hạn hình phạt đối với trường hợp chuẩn bị phạm tội, phạm tội chưa đạt theo quy định tại điều 52 đều dựa vào khung hình phạt
chung được quy định tại điều luật về tội phạm cụ thể nên thực ra so với người đã thành niên phạm tội ở các giai đoạn không được giảm nhẹ hình phạt.
-Trong các quy định về người chưa thành niên phạm tội không có quy định về việc quyết định hình phạt nhẹ hơn quy định của BLHS nên điều 47 sẽ được vận dụng chung cho cả người đã thành niên phạm tội và người chưa thành niên phạm tội. Do đó, sẽ là bất hợp lý trong việc giới hạn giảm nhẹ hình phạt cho người chưa thành niên phạm tội.