Một điểm khác biệt rõ nét nhất giữa hình phạt tù chung thân và hình phạt tử hình là mức độ nghiêm khắc của hình phạt. Điều này được thể hiện ở thứ tự của hai hình phạt này trong hệ thống hình phạt. Hình phạt tù chung
thân dù rất nghiêm khắc nhưng cũng chỉ có thể có nội dung là tước đi quyền tự do của người phạm tội, cách ly họ khỏi đời sống xã hội bình thường. Còn, tử hình là hình phạt tước đoạt tất cả mọi quyền và lợi ích, kể cả quyền được sống của người phạm tội. Do vậy, tử hình là hình phạt nghiêm khắc nhất trong hệ thống hình phạt nên chỉ dành cho những tội phạm có tính nguy hiểm cao nhất trong số các tội phạm được quy định.
Khác với hình phạt tù chung thân, hình phạt tử hình chỉ có tác dụng trừng trị và phòng ngừa mà không có tác dụng giáo dục, cải tạo người phạm tội. Bởi vì, hình phạt tử hình khi được thi hành, người phạm tội sẽ chấm dứt sự sống, không tạo cơ hội cho người bị kết án ăn năn, hối cải, sửa chữa lỗi lầm đã gây ra.
Xét dưới góc độ xã hội, hình phạt tù chung thân có thể mang lại một số lợi ích nhất định cho xã hội từ sự đóng góp của người bị kết án trong quá trình chấp hành hình phạt, lao động, cải tạo (ví dụ như: các sản phẩm họ làm ra trong quá trình lao động tại trại giam cũng là một nguồn khá lớn cung cấp hàng hóa cho xã hội). Hình phạt tử hình sẽ triệt tiêu hoàn toàn khả năng đó vì khi hình phạt này được áp dụng, người phạm tội đã hoàn toàn bị loại trừ khỏi xã hội.
Xét dưới góc độ tư pháp, một khi hình phạt tử hình được thi hành, các cơ quan tiến hành tố tụng không còn có thể khắc phục những sai sót khách quan (nếu có) trong quá trình tố tụng. Vì nếu sau khi thi hành án tử hình mà phát hiện sai sót thì những việc làm sau này chỉ mang tính chất bồi thường, có tác dụng đối với người thân của người bị tử hình chứ không phải đối với chính bản thân người đó. Hình phạt tù chung thân thì hoàn toàn có khả năng sửa sai (nếu có) trong khi đang thi hành án.
Đoạn 4 Điều 35 Bộ luật Hình sự năm 1999 quy định: "Trong trường hợp người bị kết án tử hình được ân giảm, thì hình phạt tử hình chuyển thành hình phạt tù chung thân" [33]. Như vậy, hình phạt tù chung thân là "hình phạt
đệm" để thay thế hình phạt tử hình trong trường hợp được Chủ tịch nước ân giảm án. Chế định ân giảm án tử hình theo luật hình sự Việt Nam trước tiên thể hiện chính sách nhân đạo của Đảng và Nhà nước ta đối với mọi công dân, dù đó là người phạm tội bị tuyên án tử hình. Quy định này mang tính nhân đạo kế thừa tinh hoa của pháp luật hình sự cổ (tức là vua có quyền lực tối cao có thể quyết định mọi vấn đề của đất nước, kể cả tha tội chết cho một người phạm tội tử hình).
Đoạn 3 Điều 35 Bộ luật Hình sự năm 1999 quy định: "Không thi hành án tử hình đối với phụ nữ có thai, phụ nữ đang nuôi con dưới 36 tháng tuổi. Trong trường hợp này hình phạt tử hình chuyển thành tù chung thân" [33]. Quy định này có nghĩa là phụ nữ có thai, phụ nữ đang nuôi con dưới 36 tháng tuổi (nếu phạm tội) có thể bị áp dụng hình phạt tù chung thân và không bao giờ bị áp dụng hình phạt tử hình. Việc không áp dụng hình phạt tử hình đối với người mẹ trước hết và cơ bản là vì đứa trẻ. Đối với bà mẹ đang mang thai, nếu chúng ta xử bà mẹ tội chết thì đứa trẻ đang nằm trong bụng - công dân tương lai của đất nước cũng chấm dứt sự sống. Như vậy, quả là một việc làm không công bằng đối với đứa trẻ. Trong trường hợp người phụ nữ đang nuôi con nhỏ, nếu xử bà mẹ tội chết, mặc dù không tước đi mạng sống của đứa trẻ nhưng sẽ tước đi nguồn nuôi sống cơ bản của nó. Hơn nữa, ảnh hưởng của người mẹ đối với trẻ chẳng những về sự phát triển về thể chất mà còn cả về tinh thần, trí tuệ, tình cảm về sau này. Do đó, chúng ta không thể nào tước đi mạng sống của người mẹ, chỗ dựa vững chắc cho tương lai một mầm sống của xã hội.
Một điểm khác biệt nữa là, đối với người bị thi hành hình phạt tù chung thân vẫn còn cơ hội để họ được xét giảm án, sớm tái hòa nhập với cộng đồng nếu họ có quyết tâm cải tạo, sửa chữa lỗi lầm, có biểu hiện tiến bộ trong khi đang thi hành bản án. Còn đối với hình phạt tử hình, một khi được áp dụng và thi hành thì không thể thay đổi hoặc giảm bớt mức án đã tuyên.
Ranh giới về điều kiện áp dụng giữa hình phạt tù chung thân và hình phạt tử hình là không rõ ràng, rành mạch, bởi vậy Tòa án khi xét xử cần phải xem xét vụ án một cách khách quan, toàn diện, chính xác để đảm bảo khi áp dụng đạt được mục đích phòng ngừa riêng và phòng ngừa chung, cũng như đảm bảo nguyên tắc công bằng, nguyên tắc nhân đạo được quy định trong Luật hình sự. "Khi cân nhắc giữa hình phạt tù chung thân với hình phạt tử hình mà thấy còn băn khoăn thì cương quyết không áp dụng hình phạt tử hình mà áp dụng hình phạt tù chung thân" [29, tr. 192].