Sau công cuộc đổi mới của đất nước hệ thống ngân hàng được phân thành hai cấp: Ngân hàng nhà nước và ngân hàng thương mại. Năm 1990, Chính phủ cho phép thành lập 4 ngân hàng thương mại quốc doanh, đó là ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn Việt Nam (Agribank), Ngân hàng Ngoại thương Việt Nam (Vietcombank), Ngân hàng Công thương Việt Nam (Incombank) và Ngân hàng Đầu tư và phát triển Việt nam (BIDV) với xuất phát điểm là sự phủ kín thị trường tín dụng trong cả nước. Sau đó ít lâu, có khoảng 40 ngân hàng thương mại cổ phần ra đời. Đến tháng 6/2008 thì ngân hàng Ngoại thương trở thành ngân hàng Cổ phần.
Mặc dù, các ngân hàng quốc doanh được đánh giá là những doanh nghiệp đặc biệt, là lực lượng chủ đạo trên thị trường tiền tệ nhưng vốn tự có của các ngân hàng này tăng trưởng chậm, chủ yếu bằng con đường bổ sung từ vốn của ngân sách. Các ngân hàng quốc doanh có thể tự hài lòng với quy mô của mình trong nước, nhưng so với khu vực thì quy mô vốn các ngân hàng Việt Nam còn rất nhỏ, thiếu kinh nghiệm, chưa được uy tín nên trong thời gian đầu hoạt động chưa hiệu quả.
Nhìn chung, các ngân hàng Việt Nam đang trong tình trạng vốn nhỏ, năng lực tài chính yếu, chất lượng tài sản có thấp, trình độ quản lý ngân hàng còn yếu và khả năng chống đỡ rủi ro còn thấp. Hầu hết các ngân hàng còn thiếu chiến lược kinh doanh bền vững, chủ yếu tăng theo chiều rộng bằng tăng tài sản có, mở rộng
tín dụng, không chú trọng nâng cao chất lượng và khả năng sinh lời. Bên cạnh đó, công nghệ ngân hàng còn lạc hậu, các ngân hàng cũng chưa thiết lập được hệ thống quản lý rủi ro hữu hiệu, hệ thống thanh toán nội bộ còn yếu, việc kiểm tra, kiểm toán chưa hiệu quả; hệ thống thông tin quản lý tập trung vvà hệ thống kế toán, quản lý tài chính chưa phù hợp với thông lệ quốc tế.