Ở Việt Nam, khái niệm kiểm toán môi trường (KTMT) vẫn còn là một khái niệm mới và chưa được hiểu đúng nghĩa. Nguyên nhân là do luật pháp bảo vệ môi trường nước ta chưa có những quy định về KTMT, hơn nữa thuật ngữ “Environmental Audit” bị dịch không sát nghĩa thành “Đánh giá môi trường”.
Khi nhắc tới KTMT người ta thường liên tưởng tới lĩnh vực kiểm toán tài chính. Nước ta đã có Luật Kiểm toán nhưng đối tượng của bộ luật này chỉ là những báo cáo tài chính, các hoạt động có sử dụng nguồn kinh
phí của nhà nước. Các nội dung của KTMT đã và đang được thực hiện ở các cơ sở công nghiệp và các công ty dưới nhiều tên gọi khác nhau (Trịnh Thị Thanh & Nguyễn Thị Hà, 2003) như: Rà soát môi trường, Tổng quan
môi trường, Kiểm toán môi trường hay Đánh giá tác động môi trường. GS. Lê Văn Khoa khi phân tích HTQLMT trên thế giới và ở Việt Nam cũng đã chỉ rõ sự khác biệt là trên thế giới các hoạt động KTMT là bộ phận cuối cùng của HTQLMT, trong khi đó ở nước ta hoạt động KTMT được thay thế bằng các hoạt động thanh kiểm tra. Tuy nhiên nhờ có sự hợp tác quốc tế mà hoạt động KTMT được thực hiện và hiểu biết nhiều hơn ở nước ta. Một số dự án quốc tế đã mở các lớp tập huấn về HTQLMT, KTMT, các hoạt động trình diễn công nghiệp như: Dự án môi trường Việt Nam – Canada (1997); khóa đào tạo về hệ thống quản lý môi trường và các công cụ hỗ trợ do giảng viên Hy Lạp trình bày ở Tổng cục Đo lường chất lượng (1999), ... Những hoạt động này đã giúp cho những nghiên cứu về môi trường Việt Nam và những lĩnh vực có liên quan có thêm những kiến thức mới và cách tiếp cận trong lĩnh vực này (Phạm Thị Việt Anh, 2006).
Hiện nay KTMT ở Việt Nam chủ yếu dừng lại ở vấn đề kiểm toán chất thải công nghiệp mà chưa tiếp cận các mục tiêu kiểm toán khác đã được thực hiện trên thế giới như kiểm toán HTQLMT, kiểm toán các chương trình quan trắc, kiểm toán các tác động môi trường, ... Kiểm toán chất thải công nghiệp ở nước ta có thể kể tới như: Nhà máy giấy Vạn Điểm, Nhà máy hóa chất Việt Trì, Nhà máy bia Đông Nam Á, ... Mặc dù các nghiên cứu ban đầu đã thu được một số kết quả nhất định như là cải thiện được môi trường một cách kinh tế và hữu hiệu thông qua việc quản lý bằng khu vực sản xuất trên cơ sở nâng cao ý thức của cán bộ, công nhân trong các cơ sở sản xuất; nhưng quá trình kiểm toán không tránh khỏi những khó khăn, hạn chế. Nguyên nhân là do các cơ sở này đã cũ, không có đủ số liệu quan trắc liên tục làm ảnh hưởng đến quá trình phân tích đánh giá. Mặt
khác, do thiếu quy chế về kiểm toán môi trường nên các số liệu thu được cũng chưa đảm bảo độ tin cậy (Phạm Thị Việt Anh, 2006).
Trong những năm gần đây, do các quy định pháp luật về bảo vệ môi trường ở nước ta ngày càng hoàn thiện và chặt chẽ hơn nên các nhà máy, công ty sản xuất công nghiệp chú trọng tới việc bảo vệ môi trường trong các hoạt động của mình. Hệ thống ISO 14000 về HTQLMT ngày càng được nhiều các cơ sở sản xuất, kinh doanh đăng ký áp dụng. Trong quy định của bộ ISO này thì các công ty, nhà máy tham gia buộc phải tiến hành KTMT nội bộ HTQLMT của họ. Đây là cơ hội để cho hệ thống KTMT phát triển ở nước ta trong thời gian tới.
Việc đẩy mạnh các hoạt động nghiên cứu, giảng dạy về KTMT ở nước ta cũng góp phần nâng cao nhận thức và hiểu biết của mọi người về lĩnh vực này. Một số trường đại học như: Đại học Khoa học tự nhiên Hà Nội, Đại học Mỏ Địa chất, Đại học Nông nghiệp Hà Nội, ... đã đưa môn học Kiểm toán môi trường vào trong chương trình đào tạo cho sinh viên ngành môi trường. Trung tâm Công nghệ môi trường thuộc trường Đại học Bách khoa Hà Nội đã triển khai hướng nghiên cứu mới: Thử nghiệm kiểm toán HTQLMT cho các nhà máy công nghiệp (Phạm Thị Việt Anh, 2006). Sự hỗ trợ của tiêu chuẩn quốc tế ISO 14000 (hay Tiêu chuẩn Việt Nam TCVN 14000) quy định về hệ thống KTMT, trong đó có các quy định về KTMT; cùng với sự vào cuộc của các trường đại học, nhà nghiên cứu hứa hẹn trong tương lai gần kiểm toán môi trường sẽ trở thành một công cụ quản lý môi trường hữu hiệu và phổ biến ở nước ta.
